6个地方鸡种线粒体COⅠ基因的DNA条形码

以我国6个地方鸡(Gallus gallus)品种为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ(cytochrome coxidaseⅠ,COⅠ)基因的2段序列,研究COⅠ这一特定基因的特定区段作为DNA条形码在识别地方鸡种方面的可行性和有效性。研究结果表明,所选择的2段序列中,经过多态性分析筛选,以Bar1序列(712～1359位)突变位点较多,为24个,为24种单倍型,其中22种单倍型为6个鸡品种所特有;品种间平均多态性3.860%,6个鸡品种均有其特异位点;6个品种的NJ聚类分析结果显示,6个鸡品种基本被聚为不同的类别,与形态学分类基本一致,COⅠ基因的Bar1序列用于这些品种鉴定是可行的。而对Bar2序列(1800～2314位)进行序列多态性分析,只发现5个突变位点,为5种单倍型,且大多品种没有其特异位点。由于其多态性低,且NJ聚类分析6个品种的聚类结果与形态学分类不一致,Bar2序列不利于品种鉴定。研究结果表明,COⅠ基因的Bar1序列更适合地方鸡品种鉴定条形码。     

3种野鲮亚科鱼类线粒体细胞色素b基因序列分析及种质鉴定

鲮、麦瑞加拉鲮和露丝塔野鲮隶属鲤形目（Cypriniformes）鲤科（Cyprinidae）中的野鲮亚科（Labeoninae）.这三种鱼类种苗外形相似,仅凭形态上的差别难以区分,而在实际生产、种苗引进及苗种放流时需要进行严格的鉴定.本研究利用PCR-RFLP技术对鲮、麦瑞加拉鲮和露丝塔野鲮进行种苗鉴定的分析,并利用三种鱼类cyt b基因序列的差异进行亲缘关系分析.     

基于线粒体细胞色素C氧化酶Ⅱ亚基基因(COⅡ)序列的不同地理种群桃蛀螟的系统发育研究

桃蛀螟Conogethes punctiferalis (Guenée)是一种食性杂,为害十分严重的害虫,近年来发现其对玉米的为害呈加重趋势.为了揭示桃蛀螟不同地理种群内及种群间的遗传分化和系统发育关系,本研究对来自我国广西、广东、四川、浙江、山东、河北、河南、北京和辽宁等省(市、区)的24个地理种群622头桃蛀螟个体的线粒体细胞色素C氧化酶Ⅱ亚基基因(COⅡ)片段(648 bp)进行了序列分析,共有51个变异位点,变异位点占分析总位点数的7.87％,形成了53种不同的单倍型(GenBank登录号为JQ363873～JQ363922).在桃蛀螟COⅡ基因片段的核苷酸序列中,A+T平均含量为75.32％,表现明显的A/T偏倚性.24个地理种群的平均基因流(Nm)为1.09,总群体的固定系数(Fst)为0.18629,表明我国桃蛀螟总群体产生了一定程度的遗传分化.北方和东部(Fst=0.01197)和西南地区(Fst=0.0133)遗传分化系数较小,而南方地区(Fst=0.24381)种群内部的遗传分化系数较大,基因流也呈现相对应的结果(北方和东部地区Nm=41.58,西南地区Nm=118.90,南方地区Nm=0.99),表明南方地区桃蛀螟的遗传分化程度明显大于北方和东部以及西南地区.对53种单倍型用邻接法构建系统发育树和单倍型网络结构关系图,结果发现,南方地区广东和广西的桃蛀螟和其他地区不同寄主上的桃蛀螟之间存在比较明显的遗传分化,而其他地区桃蛀螟单倍型与地理种群之间没有明显的对应关系;AMOVA分子方差分析结果表明,中国桃蛀螟的遗传分化主要来自种群内部(89.99％);对其群体进行核苷酸错配分布分析,并对地理种群的历史发生动态进行Tajima's D和Fu's Fs test中性检测,结果发现,群体核苷酸错配分布呈现一个不平滑的单蜂,并且桃蛀螟种群Taijima's D为负值(-2.5776),且达到显著水平,Fu's Fs值是绝对值很大的负值(-112.603),结果证明,桃蛀螟种群在演化历史中发生过种群扩张,并且扩张时间久远,发生在至今大约46700～116800年以前.     

基于线粒体COII-LrRNA基因对肾形肾状线虫种内群体的遗传多样性分析

肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis)是一种植物半内寄生线虫,分布于世界的热带和亚热带地区,是许多蔬菜和热带果树重要的病原线虫.为明确该线虫种内群体的遗传变异,本研究采用序列分析法,对采自浙江(ZJ)、福建(FJ)和重庆(CQ)3个地区的肾形肾状线虫的线粒体COII-LrRNA基因序列进行比较.结果表明,肾形肾状线虫线粒体COII-LrRNA基因片段序列为557～563 bp,AT含量为85.5％,明显高于GC含量.序列分析所得3个群体总的变异位点数、单倍型数、单倍型多样性指数(haplotype diversity,Hd)和核苷酸多样性指数(nucleotide diversity,π)分别为176、40、0.946和0.157 4.分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)结果显示,这3个肾形肾状线虫群体间遗传分化系数为0.058 15,遗传分化程度中等,没有明显的地理隔离.遗传变异结果显示,94.18％的变异来自群体内个体间,只有5.82％的变异发生在群体间.结果说明,我国肾形肾状线虫种群内COII-LrRNA基因序列变异较明显,具有丰富的遗传多样性,且对环境变化的适应能力较强.研究结果丰富了我国肾形肾状线虫的系统发育信息,为肾形肾状线虫危害植物的内在遗传因素的研究提供了资料.