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相似文献
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1.
根据大豆基因组信息,从大豆品种吉林32中克隆了1个转录因子基因,该基因对应大豆基因组中的CDS Glyma02g03020。生物信息学分析表明,该基因编码的蛋白属于MYB转录因子类型,主要分布在细胞核中;进化树分析将它与1R-MYB蛋白聚为一类,并与大豆MYB138亲缘关系最近,同源性可达96%,将其命名为GmMYB138A;进一步利用qRT-PCR分析GmMYB138A响应冷胁迫的表达模式,结果表明随着胁迫处理时间的延长,该基因表达逐渐增加,并在胁迫24 h达到高峰,提示GmMYB138A可能参与大豆的冷胁迫应答过程。  相似文献   

2.
【目的】克隆大豆MYB转录因子基因,进行序列分析和表达模式分析,并对其功能进行鉴定。【方法】通过对盐胁迫相关的数字表达谱(DGEP)数据分析,获得一个MYB转录因子GmMYB111;以盐胁迫处理的cDNA为模板,利用RT-PCR法分离克隆MYB基因cDNA编码序列;根据GmMYB111蛋白序列进行同源性搜索,得到与GmMYB111蛋白序列相似度较高的其他物种的蛋白序列;使用 MEGA5.05对GmMYB111蛋白序列及其同源序列进行多序列比对分析并构建同源物种间系统进化树;利用实时荧光定量PCR方法检测目的基因在大豆中受非生物胁迫诱导表达情况及组织特异性表达情况;利用拟南芥原生质体转化体系分析GmMYB111的亚细胞定位情况;通过酵母杂交系统检测其转录激活活性以及体外结合活性。【结果】根据前期江苏省农业科学院农业生物技术研究所盐土农业研究室盐胁迫相关的数字表达谱(DGEP)数据获得盐胁迫响应显著上调(27倍)的GmMYB111,利用RT-PCR方法从栽培大豆根组织中克隆该基因片段,序列比对发现其与已公布的Williams82基因组数据库序列一致,生物信息学分析表明,其编码的氨基酸序列具有MYB类转录因子的共同特征,其N端具有R2、R3两个MYB结构域,同时其C-端还存在一个富含酸性氨基酸的转录激活区;系统进化树分析表明,该基因编码的蛋白与GmMYB76、GmMYB12a以及苜蓿MtMYB61的亲缘关系最近; GmMYB111在大豆中的表达受高盐、干旱、冷害和ABA诱导表达,实时荧光定量PCR检测结果显示,在高盐和冷害胁迫下,GmMYB111呈上调表达,在干旱胁迫诱导后呈先上调后下调的表达模式,在ABA诱导下其表达量呈现波动式上调和下调表达;时空表达分析表明,GmMYB111为组成型表达,在大豆幼苗期和成熟期的表达量相对较强,成熟期的表达量相对较低,从不同组织来看,GmMYB111在茎、叶和花中表达量最高,在根中表达量相对较低,在豆荚中不表达;亚细胞定位结果显示GmMYB111定位于细胞核中,为典型的转录因子;酵母杂交系统检测表明,GmMYB111具有转录激活功能,并且能够与顺式作用元件TAACTG基序相结合。【结论】GmMYB111为典型的R2R3-MYB转录因子基因,具有转录激活活性及DNA结合活性,在大豆中的表达可能与大豆的非生物胁迫和ABA信号转导途径有关,推测其可能通过调节下游基因的表达来调控大豆对非生物胁迫的应答。  相似文献   

3.
[目的]GmSg-5是大豆A类皂苷合成途径的关键酶基因。对大豆GmSg-5基因进行克隆、生物信息学分析及基因表达模式分析,为今后深入研究A类大豆皂苷的合成及大豆品质改良提供参考。[方法]以晋遗30为试验材料,采用ExPASy-Protparam等软件对GmSg-5基因和蛋白质序列进行生物信息学分析,利用PlantCARE对GmSg-5基因启动子序列进行分析,qRT-PCR方法分析GmSg-5基因在根、茎、叶不同组织、籽粒不同发育时期、激素及非生物胁迫诱导的表达情况。[结果]GmSg-5基因CDS全长1 536 bp,编码511个氨基酸,编码蛋白主要由HEME和CPR两个结构域构成,相对分子量为58.6 kD,等电点(pI)为8.95。qRT-PCR分析表明,GmSg-5基因在根中表达量最高;开花后50 d籽粒中GmSg-5基因表达量最高。MJ、ABA诱导根中GmSg-5基因的表达,抑制叶中该基因的表达,H2O2、PEG和NaCl胁迫诱导根和叶中GmSg-5基因的表达。[结论]大豆GmSg-5基因参与多种非生物胁迫应答,在大豆响应和抵制非生物胁迫及激素诱导过程中发挥重要的作用。  相似文献   

4.
为了进一步了解FtsH基因在大豆中的表达特性和功能,通过GenBank中拟南芥等其他植物FtsH基因序列设计1对简并引物,从盐处理的大豆叶片中克隆GmFtsH2的全长cDNA序列,并利用在线生物信息学软件对其进行分析.采用实时荧光定量PCR方法分析GmFtsH2在低温、盐、干旱和高温处理下的表达情况.从大豆中克隆到一条...  相似文献   

5.
【目的】七彩神仙鱼(Symphysodon aequifasciatus)具有特殊的亲代抚育行为,克隆并定位七彩神仙鱼催乳素基因,分析其在亲代抚育中的表达模式,为理解催乳素在七彩神仙鱼亲代抚育中的作用提供依据。【方法】通过 BLASTP 对七彩神仙鱼全基因组进行分析,鉴定出 1 个催乳素基因,命名为 dfprl。基于 dfprl 基因的 CDS 区,设计克隆和 PCR 引物,通过 RACE 技术克隆获得 dfprl 基因全长,并利用生物信息学对 dfprl 基因进行结构分析,对其氨基酸序列进行理化性质和进化分析。对不同抚育阶段七彩神仙鱼的脑、性腺和皮肤进行转录组分析,探究dfprl 基因在亲代抚育中的表达特征,并利用原位杂交技术对 dfprl 基因在七彩神仙鱼皮肤中的表达进行定位。【结果】dfprl 全长为 1 282 bp,cDNA 序列开放阅读框长度为 639 bp,共编码 212 个氨基酸,5''-UTR 为 309 bp,3''-UTR 为334 bp。dfprl 蛋白存在 PRL 家族的典型结构域 Hormone_1,dfprl 蛋白与慈鲷科其他鱼类 PRL 蛋白相似性较高,与尼加拉瓜湖始丽鱼(Archocentrus centrarchus)对应的氨基酸序列同源性最高、为 96.70%。亲鱼进入抚育阶段后,dfprl 在性腺和皮肤中的表达水平逐渐上升,抚育结束时表达水平下降。原位杂交结果显示,dfprl 在皮肤粘液细胞中表达,且与七彩神仙鱼催乳素受体(dfprlr)表达位点重叠,在抚育早期阶段高表达。【结论】七彩神仙鱼 dfprl基因高度保守,存在稳定的 Hormone_1 结构域。七彩神仙鱼 dfprl 基因在亲代抚育阶段的皮肤中高表达,且在亲代抚育阶段的皮肤粘液细胞中与 dfprlr 表达位点重合,表明 dfprl 可能通过作用于 dfprlr 进而促进七彩神仙鱼独特抚育行为的发生。  相似文献   

6.
大豆食心虫28SrDNA基因的克隆及表达分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
文章克隆并分析鳞翅目大豆食心虫(Leguminivora glycinivorella Matsumurav)28S 核糖体 RNA 基因(28SrDNA)全序列.系统进化树分析表明,大豆食心虫28SrDNA与其他鳞翅目昆虫的28SrDNA同源性较高.利用荧光定量PCR对28SrDNA在大豆食心虫不同生育时期和幼虫不同组织的表达量进行分析.结果表明,28SrDNA基因在成虫期表达量最高,卵中表达量最低;在幼虫脂肪体和睾丸的表达量最高,中肠和卵巢的表达量最低.为进一步干扰大豆食心虫28SrDNA基因表达,将28SrDNA序列片段亚克隆到RNAi载体L4440中,经PCR和酶切鉴定证明,成功构建表达大豆食心虫28SrDNA dsRNA的RNAi载体L4440-28SrDNA  相似文献   

7.
参考GenBank登录的猪肺炎支原体(Mhp)P46基因序列,利用Primer 5.0软件设计合成引物,通过重叠延伸PCR(SOE-PCR)对猪肺炎支原体P46基因的3个位点进行定点突变,将此突变基因插入到表达载体pET-32a( )中,经IPTG诱导后成功地在大肠杆菌Rosetta(DE3)宿主菌中表达分子量约为63 500的融合蛋白.Western blotting分析表明,该融合蛋白具有较好的免疫原性.为猪肺炎支原体抗体ELISA检测方法的建立奠定了基础.  相似文献   

8.
碱性亮氨酸拉链(bZIP)转录因子在调控植物生长发育及抵抗非生物胁迫过程中具有重要作用。本研究通过RACE技术,获得了全长1 317 bp的芒果bZIP转录因子基因(MibZIP46)。系统进化树分析结果表明,MibZIP46与同样是漆树科的阿月浑子的bZIP亲缘关系最为接近,同源性最高,与甜橙的同源性次之。构建了原核表达重组质粒pCZN 1-MibZIP46,经0.2 mmol/L IPTG诱导,目的蛋白以包涵体的形式表达,经镍柱纯化,获得高纯度(90%)的目的蛋白并成功进行Western blotting鉴定;MibZIP46蛋白的亚细胞定位分析结果表明,融合的目的蛋白在烟草叶片细胞中定位于细胞核;实时荧光定量PCR分析结果表明,200 mmol/L NaCl、15%PEG和0.1 mmol/L ABA胁迫处理,均能不同程度诱导MibZIP46的表达。本研究为进一步挖掘利用芒果的抗逆相关基因提供了理论依据。  相似文献   

9.
棉花抗细胞凋亡基因GhDAD1的克隆、定位及表达分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
【目的】克隆陆地棉抗细胞凋亡新基因GhDAD1,为陆地棉细胞凋亡的分子机制提供依据,为培育不早衰陆地棉品种提供理论基础。【方法】采用RT-PCR以及电子克隆获得陆地棉GhDAD1的基因组序列以及全长cDNA序列并进行生物信息学分析,然后通过荧光原位杂交(FISH)技术进行染色体定位,利用real-timePCR进行表达模式分析,分析6-BA、乙烯、H2O2、SA以及NO对GhDAD1表达量的影响。【结果】棉花GhDAD1编码阅读框全长354bp,包含5个外显子,4个内含子以及232bp的5′非编码区和280bp的3′非编码区。氨基酸序列分析表明,GhDAD1蛋白属于DAD家族,与柑桔、拟南芥GhDAD1蛋白的相似性分别为91%和88%,起始密码子区符合Kozark规则,内含子剪接位点符合GT-AG规则。FISH技术将GhDAD1定位于染色体长臂上。real-time PCR分析表明,陆地棉各组织中均表达该基因,花和种胚等幼嫩组织表达量较高,并且随着衰老的进行,表达量降低。利用6-BA、乙烯、水杨酸、一氧化碳以及双氧水处理中棉所10号,qRT-PCR分析表明,6-BA、水杨酸处理能够延缓衰老,增加GhDAD1的表达量;乙烯能够加速衰老,降低GhDAD1的表达量;H2O2对GhDAD1的表达量的影响不大;而NO不同浓度影响不一样,随着浓度的升高,GhDAD1的表达量先升高后降低【。结论】陆地棉中存在抗细胞凋亡基因(GhDAD1)。  相似文献   

10.
采用RT-PCR和RACE技术从奥林达夏橙[Citrus sinensis(L.)cv.Olinda]果萼离层中分离出1个低氧应答基因,命名为CsHRP.CsHRP基因的序列分析推测其编码98个氨基酸残基.CsHRP基因组序列与cDNA比对结果表明其含有2个内含子.Blastp分析发现,CsHRP含有保守的低氧应答保守结构域HIG1N,与可可、玉米、橡胶树等植物中的同源蛋白相似度达68%81%.亚细胞定位显示CsHRP是细胞膜/细胞壁锚定蛋白.qRTPCR试验结果显示CsHRP在幼苗子叶中的表达量明显高于根、茎、叶.在逆境处理条件下,CsHRP表达受低温,高盐,PEG6000,脱落酸,乙烯,甲基茉莉酸和水杨酸诱导,说明该基因响应多种信号转导.  相似文献   

11.
利用同源克隆技术,对拟南芥再生相关基因PID作同源序列比对,从大豆中克隆PID基因全长CDS序列,得到大豆再生相关基因GmPID,分析大豆再生相关基因GmPID启动子序列、氨基酸序列、编码的蛋白质结构、亲疏水性、蛋白质结构及同源进化树。结果表明,GmPID编码区cDNA长度为1 359 bp,编码452个氨基酸,GmPID编码的蛋白为碱性亲水性蛋白;分析其蛋白功能结构域发现,GmPID蛋白含有丝氨酸/苏氨酸激酶催化结构域,为PKc-like超家族成员;构建系统进化树发现其与密花豆亲缘较近。研究结果有利于深入研究大豆再生相关基因GmPID在大豆再生过程中的关键作用,为提高大豆再生效率提供理论基础。  相似文献   

12.
【目的】 研究拟克隆薰衣草DXS基因,并分析其表达,为揭示该基因在调控薰衣草萜类物质合成中的分子机理提供研究基础。【方法】 以薰衣草杂花为试材,同源克隆薰衣草DXS基因,进行基因序列分析、表达量比较和原核表达。【结果】 (1)薰衣草DXS基因开放阅读框长为2 181 bp,编码由726个氨基酸组成的蛋白质序列;薰衣草DXS蛋白等电点为6.57,分子量约为78.39 KDa,具有高度的保守性,与狭叶薰衣草、冬凌草、毛喉鞘蕊花的DXS蛋白亲缘关系相近;(2)DXS基因在杂花花器官的衰败期表达量最高,在法国蓝花器官的盛开期表达量最高,DXS基因在杂花花器官五个不同发育时期的表达量均高于法国蓝;DXS基因在杂花花萼中表达量最高,在法国蓝雄蕊中表达量最高,DXS基因在杂花花器官5个不同组织表达量均高于法国蓝(雌蕊、雄蕊除外);(3)在37℃、IPTG 0.8 mM条件下诱导4 h后,DXS蛋白表达量最大。【结论】 DXS基因表达量与薰衣草精油产量存在正相关关系。  相似文献   

13.
大豆两个MYB 转录因子基因的克隆及表达分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
 【目的】克隆新的植物MYB转录因子基因,进行序列分析,并对其功能进行初步鉴定。【方法】RT-PCR法结合RACE-PCR法分离克隆MYB基因cDNA全长序列;酵母系统检测其转录激活活性;半定量RT-PCR检测目的基因在植物体中的表达情况,及对类黄酮代谢途径中生物合成酶的影响。【结果】根据植物中MYB基因DNA结合域保守区设计简并引物,以大豆品种中豆27的叶片为材料,RT-PCR扩增出两个MYB基因同源片段;据此设计基因特异引物,通过RACE-PCR分离克隆出两个新的MYB基因GmMYBZ1、GmMYBZ2。酵母系统检测表明,GmMYBZ2具有转录激活功能,β-半乳糖苷酶活性为10.35 U;半定量RT-PCR在中豆27的茎和叶中检测到GmMYBZ1的表达,而GmMYBZ2在植物的根、茎、叶及未成熟种子中均有表达;对转基因烟草的RT-PCR检测结果显示,GmMYBZ2的表达可抑制类黄酮代谢途径中PAL、C4H、4CL、CHS、CHI、F4H及FLS等生物合成酶基因的表达。【结论】从大豆栽培品种中豆27中克隆出了两个新的MYB基因GmMYBZ1、GmMYBZ2;功能研究表明,GmMYBZ2可能参与植物类黄酮合成调控。  相似文献   

14.
为了从大豆中克隆DAPD、DAPE和DHDPR 3个大豆赖氨酸合成关键酶基因,并完成其电子定位和结构分析,借助已构建的本地化表达序列标签(expressed sequence tag,简称EST)数据库,与不同物种的对应基因序列进行比对、拼接,同时利用已构建的大豆整合图谱,完成这3个关键酶基因的电子克隆及电子定位。结果表明,RT-PCR克隆、序列分析的结果与预测序列基本一致。通过电子定位,得到这3个基因分别在J、L和N 3个连锁群上。通过对基因的结构分析,得到DAPD、DAPE、DHDPR 3个基因的c DNA长度分别为1 467、1 080、1 035 bp,g DNA长度分别为4 662、3 728、3 158 bp,外显子数量分别为8、9、8个,内含子数量分别为7、8、7个。研究结果为其他氨基酸合成关键酶基因的克隆提供了参考依据,也为后续基因功能研究以及分子辅助育种打下了良好基础。  相似文献   

15.
对获得的苋菜环多巴5-糖基转移酶基因(AmaDOPA5-GT)进行生物信息学和蛋白亚细胞定位分析,并利用染色体步移技术克隆该基因的启动子。亚细胞定位结果表明,AmaDOPA5-GT定位于细胞膜。启动子分析结果表明AmaDOPA5-GT启动子中植物光响应元件多达8个,说明光对该基因的表达影响较大。色素含量测定及实时定量PCR结果显示:暗处理抑制苋菜苷合成和AmaDOPA5-GT表达;黄光和绿光抑制苋菜苷合成但对AmaDOPA5-GT表达影响不大;红光显著抑制苋菜苷合成但却显著诱导AmaDOPA5-GT表达;蓝光显著促进苋菜苷合成和AmaDOPA5-GT表达。本研究可为揭示AmaDOPA5-GT基因在苋菜苷的作用奠定基础并为富含甜菜红色素苋菜苷的苋菜育种提供线索。  相似文献   

16.
【目的】从番荔枝中分离花器官特征决定基因AGAMOUS,并进行亚细胞定位及基因表达分析,为进一步研究该基因参与调控花发育调控的分子机理,及解决番荔枝花发育异常问题奠定基础。【方法】以番荔枝成熟花为材料,通过试剂盒提取总RNA,并以RACE方法克隆获得基因AG的全长序列。序列拼接和氨基酸序列分析采用DNAMAN软件;相似性分析通过BLASTn和BLASTp程序进行;进化树构建采用MEGA 5.1软件;蛋白质二级结构预测与3D结构建模分别采用ExPaSy的SOPMA和Phyre2程序进行;亚细胞定位表达采用烟草上皮细胞瞬时转染系统和基因枪轰击洋葱表皮细胞方法;AG在花发育不同时期、不同器官及不同激素信号分子处理下的表达特性分析,利用实时荧光定量RT-PCR方法。【结果】从番荔枝中克隆得到AGAMOUS,其cDNA全长ORF序列长度为669 bp,编码222个氨基酸,命名为AsAG,序列提交到GenBank(登录号为KT159768)。二级结构预测发现AsAG所编码蛋白由延伸链结构(俄extended strand)、α-螺旋(alpha helix)、β-转角(beta turn)和不规则卷曲(random coil)组成,四者比例分别为14.41%、59.46%、8.11%和18.02%。生物信息学分析显示AsAG编码的蛋白与海枣(XP 008781978.1)、芦笋(BAD83772.1)、拟南芥(AT4G18960)、油棕(XP 010912706.1)、山玉兰(AFH74390.1)、石斛(ABQ08574.1)、红花玉兰(AEO52692.1)等同源蛋白的相似度达79%-84%。ASAG蛋白含有一个高度保守的MADS-box结构域和一个次级保守的K区,该蛋白分子量为25.7 kDa,等电点为9.15,为稳定蛋白,无信号肽。亚细胞定位显示AsAG编码蛋白定位于细胞核。实时定量RT-PCR结果表明,AsAG在不同的器官中表达量存在差异,在花中表达量最高。AsAG在番荔枝花发育的整个过程中都有表达,而在花蕾期Ⅳ中表达量最高。进一步分析发现AsAG的表达水平呈现花器官特异性分布(雄蕊>雌蕊>萼片>花瓣)。进一步研究表明,AsAG在畸形花中的表达量低于正常花。检测GA和ABA等不同信号分子分别处理番荔枝花芽2 h和4 h后AsAG的表达量,结果表明AsAG的表达受GA负调控,受ABA正调控。【结论】推测番荔枝AsAG可能参与雌蕊和雄蕊的发育及激素信号的响应。  相似文献   

17.
效应蛋白是线虫食道腺分泌物的重要组分,广泛存在于植物寄生线虫中,在线虫整个生长发育及侵染寄生中起到重要作用。根据水稻干尖线虫转录组测序结果,并通过RACE法从水稻干尖线虫中克隆到一SPRY基因,命名为Ab-SPRYSEC。该序列全长为2089 bp,包含一个1962 bp的开放阅读框(ORF)。预测编码653个氨基酸,蛋白相对分子量为72.009 kDA,理论等电点为4.82,不稳定指数41.5,属于不稳定性蛋白;保守区预测分析表明,该蛋白含有B302_SPRY和CTLH两个保守结构域,属于SPRY超家族;多序列比对分析表明,该基因编码蛋白与马来丝虫的SPRY(XP_001891979.1)蛋白相似度最高为43 %;蛋白结构分析表明,β-折叠与无规则卷曲是Ab-SPRYSEC蛋白主要结构元件;表达定位分析显示,Ab-SPRYSEC基因的表达位置在水稻干尖线虫食道腺附近。Ab-SPRYSEC基因作为水稻干尖线虫一效应因子,可能在水稻干尖线虫侵染宿主中发挥了重要作用。  相似文献   

18.
根据水稻干尖线虫转录组测序结果,采用c DNA末端快速扩增技术(RACE法)从水稻干尖线虫中克隆到效应因子SPRY同源基因,并将其命名为Ab–SPRYSEC(NCBI登录号为KT188820)。该基因全长为2 089 bp,包含1个1 962 bp的开放阅读框(ORF)。预测蛋白编码653个氨基酸,相对分子质量为72 009,理论等电点为4.82,不稳定指数为41.5,属于不稳定性蛋白。保守区预测分析结果表明,该蛋白含有B302_SPRY和CTLH 2个保守结构域,属于SPRY超家族。多序列比对分析结果表明,该基因编码蛋白与马来丝虫的SPRY(XP_001891979.1)蛋白的相似度为43%。蛋白结构分析结果表明,β–折叠与无规则卷曲是Ab–SPRYSEC蛋白的主要结构元件。表达定位分析结果表明,Ab–SPRYSEC基因的表达位置在水稻干尖线虫食道腺附近。Ab–SPRYSEC基因作为水稻干尖线虫效应因子,在水稻干尖线虫侵染宿主中发挥了重要作用。  相似文献   

19.
应用RT-PCR扩增技术从小鼠肺组织中成功克隆锌指蛋白ZBTB9基因;该基因含有1 380 bp的开放阅读框(ORF),编码459个氨基酸.为研究其生物学功能,构建pEGFP-C1/ZBTB9融合载体转染细胞,亚细胞定位显示ZBTB9定位于细胞核且呈斑点状分布.构建原核表达载体pGEX-4T-1/ZBTB9,转入大肠杆...  相似文献   

20.
【目的】克隆大豆天冬氨酸蛋白酶基因(soyAP1)启动子,并对其表达方式及活性进行分析。【方法】利用TAIL-PCR方法从大豆基因组DNA中克隆soyAP1基因启动子片段。利用启动子在线预测工具分析soyAP1基因启动子片段的启动子元件,并用克隆得到的SAP片段替换pCAMBIA1301中的CaMV35S启动子,构建表达载体pCAM-SAP。通过农杆菌介导法,使其在大豆各组织中进行瞬时表达,用GUS组织化学染色法分析SAP在各组织中的表达活性。【结果】克隆获得了大豆soyAP1基因的启动子片段,长1 650bp,并将之命名为SAP,其转录起始位点可能是553bp处的A;PLACE分析表明,SAP序列中含有多种典型的种子特异性表达元件;GUS组织化学染色显示,SAP驱动的GUS基因在大豆根、茎、叶中基本不表达,但在种子中有较高的表达活性,且表达强度与CaMV35S启动子相近。【结论】大豆SAP启动子可能具有种子特异表达特性。  相似文献   

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