鸭肠炎病毒基因组末端的克隆及序列分析

根据已知的鸭肠炎病毒基因组序列设计2对引物RTLT1、RTLT2,取基因组自连产物进行PCR反应,分别得到全长16071、978 bp的序列。将PCR产物克隆至pMD18-T载体,对重组质粒进行PCR和酶切鉴定,将阳性质粒测序,结果显示2对引物扩增的重叠序列部分完全一致。该段序列G+C含量高达75%,含有大量直接和反向重复序列,并发现4个末端特征序列,分别为具有回文结构的α序列、包含两测末端接合位点的β序列、高度保守序列的γ序列和AnTn序列。将该序列与马疱疹病毒Ⅰ型(EHV-1)、牛疱疹病毒Ⅰ型(BHV-1)、水痘带状疱疹病毒(VZV)、猪伪狂犬病毒(PRV)末端序列进行比较,证实所得到的序列为鸭肠炎病毒基因组末端序列,这些特征序列的发现对进一步了解DEV复制机制有很大帮助。     

含绿色荧光蛋白基因的鸭肠炎病毒SD-01株US2基因缺失转移载体的构建

以鸭肠炎病毒(DEV)SD-01株DNA为模板,根据Gen Bank上已发表的基因序列设计一对引物,利用PCR技术扩增出US2全基因,将PCR产物连入pGM-T载体。用BamHI和EcoR V双酶切重组载体,使US2基因缺失约130bp,将含双loxP酶切位点的EGFP完整表达盒插入BamH I和EcoR V酶切位点之间,成功构建了以US2基因为重组臂的含EGFP基因的转移质粒载体pUS2-loxP-EGFP-loxP。     

实时荧光定量PCR快速检测鸭病毒性肠炎标准方法的建立

根据GenBank(登录号:EF417996)中鸭病毒性肠炎病毒U31基因的序列,设计了1对特异性引物及TaqMan探针,扩增片段长度为76 bp.以鸭病毒性肠炎弱毒疫苗株DNA为阳性标准品模板,建立了实时荧光定量PCR检测鸭病毒性肠炎病毒的方法.该方法能在鸭病毒性肠炎病毒DNA样本中检出荧光信号,定量范围为:2.1×109～2.1×100个拷贝数,最小检出量为2.1×100个拷贝;用该方法对人工感染试验的4只鸭组织器官、粪便、血液等样品重复测定3次,病毒模板DNA的检出率为100%,对鸭正常组织、巴氏杆菌、大肠杆菌、沙门菌和鸭病毒性肝炎、鹅源禽流感H5毒株、新城疫、小鹅瘟病毒等DNA检测不出现特异性荧光信号.经过重复性和实际临床样本检验证实,该方法真实可靠,而且从核酸提取到报告检测结果耗时不超过4 h,不仅实现了对鸭病毒性肠炎的快速诊断,也实现了对该病毒DNA由定性到定量的检测.     

商品肉鸭鸭瘟病毒的分离与鉴定

采用鸭胚成纤维细胞培养从山东和北京两地暴发的鸭瘟临床病例中分离到两株鸭肠炎病毒（DEV），分别命名为SD和BJ。以单抗介导的间接免疫荧光（IFA）检测方法，对两个分离株感染细胞滴片进行间接IFA检测，可见感染细胞内有明显的蓝绿色荧光。试验感染7日龄北京鸭可引起鸭瘟的典型临床症状．死亡率为100％（3／3），取试验感染死亡鸭肝脏、法氏囊和脑组织等制备石蜡包埋切片，利用单抗进行免疫组化检验，除脑组织外均检测到病毒抗原。根据在GenBank上已发表的DEV两段序列设计两对引物，采用聚合酶链式反应（PCR）对野毒sD株人工感染鸭肝脏和BJ珠自然发病鸭肝脏病科提取核酸为模板进行扩增，得到预期大小为765bp和1954bp的目的片段，对长片段进行测序，与发表序列进行比较，毒株间的碱基序列同源性达到99．73％。     

内蒙古绒山羊角蛋白5基因启动子克隆及序列分析

试验旨在了解角蛋白5(keratin 5, K5)可能的调控序列。本研究根据UCSC公布的牛K5基因5'侧翼区设计PCR引物,扩增了内蒙古绒山羊K5基因部分启动子序列。通过产物纯化、连接、转化,并对测序结果进行了生物信息学分析。结果扩增得到内蒙古绒山羊K5基因启动子序列长度为1452 bp(GenBank登录号为:JQ277735),与牛和人相应序列的相似性分别为91.5%和74%。转录起始位点位于翻译起始密码子ATG上游－101 bp位置;含有两个TATA 盒,分别位于翻译起始位点上游－129—－124 bp(ATAAAA)和－178—－174 bp(TTAAT)位置;通过在线分析软件预测发现(按5'→3')SRY,MZF1,v-Myb,SRY,AP-1,CDP CR,HNF-4,AML-1a,HSF2,AP-4,AP2,AP2,Sp1,Nkx-2,Sp1和GATA-1转录因子结合位点。其中,转录因子SRY(TGTGTTT),和CDP CR(GATTGATGGC)是绒山羊特有的;转录因子HNF-4,AML-1a,HSF2,AP-4,AP2,Sp1,Nkx-2和GATA-1(AGCCATCATG)在绒山羊、牛和人K5启动子上的结合位点高度保守。两个最小增强子分别位于翻译起始位点ATG上游－140—－91 bp和－114—－67 bp位置,含有24 bp(GCGGCTCCCAGGTAACAGAGCCGC)重叠区,预测其与绒山羊K5基因的转录调控有关。试验确定了内蒙古绒山羊K5基因启动子的转录起始位置、转录因子结合位点及最小增强子序列,为进一步研究绒山羊K5基因的表达调控机制奠定了理论基础。     

土耳其东毕吸虫原肌球蛋白基因的克隆

根据日本血吸虫原肌球蛋白cDNA序列和曼氏血吸虫的原肌球蛋白cDNA序列M27512的保守区设计引物，采用RT-PCR方法，成功克隆了土耳其东毕吸虫的原肌球蛋白全长cDNA序列。测序结果表明，TM序列全长1125bp，5’非翻译区为1bp～124bp，3’非翻译区为980bp～1125bp，开放阅读框为125bp～979bp，编码284个氨基酸。将该序列与其他血吸虫的序列进行同源性比较，结果与埃及血吸虫的TM同源性为90％，与曼氏血吸虫、日本血吸虫的TM同源性均为88％，该基因已经提交GenBank，序列号为》N560898。     

鹅副粘病毒F和HN基因的克隆及原核表达载体的构建

根据发表的鹅副粘病毒SF02株全基因组序列,分别设计合成一对引物和二对引物,分别采用RT-PCR方法和RT-套式PCR扩增出与预期设计大小相符的F基因和HN基因特异性条带.将扩增出的DNA片段克隆到pMD18-T载体中,转化TGI感受态细胞,经AMP/IPTG/X-Gal平板筛选,酶切鉴定,获得阳性重组质粒.对重组质粒进行序列测定,结果表明:鹅副粘病毒JS/1/97/Go株F基因全长1662bp,编码553个氨基酸残基;F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,与NDV的强毒株特征相符.HN基因全长1716bp,编码571个氨基酸残基.将F基因插入到原核表达质粒pGEX-6P-1的EcoR Ⅰ、Xho I多克隆位点之间,转化到TGI感受态细胞中,获得了表达F基因的阳性亚克隆重组质粒;将HN堪因插入原核表达质粒pProEX HTb的XBaⅠ、XhoⅠ多克隆位点之间,转化到TGI感受态细胞中,获得了表达HN基因的阳性亚克隆重组质粒.     

鹅IGF-Ⅰ基因5′调控区单核苷酸多态性分析

以皖西白鹅和朗德鹅为素材,设计引物对鹅的IGF-Ⅰ基因5′端非编码区序列克隆测序,运用PCR-SSCP方法检测IGF-Ⅰ基因5′调控区的单核苷酸多态性。检测发现该区域存在4个SNP位点,分别是：A-26T、A-215G、A-314G、A-325T。     

西门塔尔牛肌肉生成抑制素基因编码序列的克隆与序列分析

本研究根据Genbank中牛肌肉生成抑制素基因序列设计引物，在设计的引物两端分别加上限制性内切酶BarnHI和EcoRI的识别位点序列。利用RT—PCR技术从西门塔尔牛肌肉组织的总RNA中扩增出MSTN基因的CDNA序列，扩增出1125bp片段，该片段与pMD18-T载体连接，转化JM109感受态细胞，所得阳性克隆进行酶切和PCR鉴定，并进行了测序分析，得到的克隆序列与设计的序列基本一致，表明成功地克隆了西门塔尔牛的肌肉生成抑制素基因的蛋白编码序列。     

禽呼肠孤病毒C-98分离株L1基因的克隆与序列分析

参考禽呼肠孤病毒S1133株（GenBank）L1基因序列设计3对特异性引物,采用RT-PCR方法对禽呼肠孤病毒内蒙古分离株C-98的L1基因进行了克隆和序列测定。结果表明：获得的C-98 L1基因全长3959 bp,其中包括21 bp的5’非编码区和56 bp的3’非编码区,阅读框位于5’端第22位核苷酸与3’端第3903位核苷酸之间。将C-98株与国内外禽呼肠孤病毒群和哺乳动物呼肠孤病毒群的不同分离株进行序列比较,结果显示：C-98与台湾地区分离株919和美国分离株1733、2408、S1133亲缘关系最近,其核苷酸同源性分别为99.8%、99.7%、99.7%、99.4%;与哺乳动物呼肠孤病毒L3基因核苷酸及其编码的氨基酸同源性较低,为43%～45%。     

蓝狐MITF-M基因序列扩增及生物信息学分析

试验旨在研究蓝狐MITF-M基因核心启动子活性区、转录因子结合位点、基因编码蛋白结构及功能,为探究该基因的表达调控机制提供理论依据。从成年蓝狐背部皮肤组织中采集1 cm×1 cm样品,采用RT-PCR扩增及测序技术首次获得MITF-M基因序列3 880 bp（包括5'侧翼区2 262 bp、CDS区1 260 bp、3'侧翼区358 bp）,编码419个氨基酸残基。生物信息学分析结果显示,蓝狐MITF-M基因5'侧翼区存在潜在的启动子区域（-86~-336 bp）,且发现TATA框、CAAT框、GC框和CRE等调控元件及CREB、LSF和Sp1等多种转录因子。MITF-M基因编码的蛋白是定位于细胞核和细胞质的不稳定、可溶性亲水蛋白质。亚细胞定位结果提示该蛋白在细胞核、细胞质和线粒体的概率较高,分别为65.2%、17.4%和8.7%。DNAMAN软件对MITF-M基因编码蛋白的二级结构预测发现,该蛋白由α螺旋（33.66%）、β折叠（16.66%）和无规卷曲（49.68%）组成,且不存在跨膜区域和信号肽。蓝狐与其他物种MITF-M基因编码的氨基酸序列同源性对比和系统进化树分析均提示蓝狐与犬的遗传亲缘关系最近,与哺乳动物和禽类均具有较高的同源性（>89.1%）,说明MITF-M基因编码区在物种进化过程中较为保守。本研究为深入研究MITF-M基因调控狐狸被毛颜色的分子遗传机制奠定了理论基础。     

猪SP-A基因启动子区的克隆与序列分析

为了探明猪SP-A基因的启动子及其转录调控机制,设计6条特异性引物,采用染色体步移、克隆测序以及序列比对分析,从大白猪基因组中扩增出一段长度为1 033 bp的猪SP-A基因的上游序列(DQ985806),其GC含量约为55%.经过生物信息学分析,确定了其转录起始位点及活性区域;发现在转录起始位点上游-33 bp处存在1个TATA-box,另外还发现了GC-box、CAAT-box、GT-box以及转录起始子;该序列还包含Spl、TF和NF-κB等转录因子结合位点以及1个特殊重复序列5'-CATCACTGT-3'.上述试验结果表明,所克隆的1 033 bp的DNA序列是大白猪SP-A基因的启动子区序列.     

鸭肠炎病毒囊膜蛋白gB和gC主要抗原域的原核表达与鉴定

根据GenBank中已经发表的鸭肠炎病毒(DEV)基因组序列,在抗原性分析的基础上,设计5对引物,以DEV标准强毒株DPV-F37基因组DNA作为模板分别扩增DEV gB基因主要抗原域编码区(328～552 nt、667～1 164 nt和1 519～1 797 nt)和gC基因主要抗原域编码区(67～402 nt和472～837 nt).将目的片段克隆入原核表达载体pGEX-6P1中获得重组表达栽体pGEX-6P1-gB1、pGEX-6P1-gB2、pGEX-6P1-gB3、pGEX-6P1-gC1和pGEX-6P1-g02.将重组表达载体转化至BL21宿主菌,经IPTG诱导,外源基因获得了良好表达,融合蛋白大小分别为35、45、37、38和40ku左右.以兔抗DEV多抗血清进行Western blot分析,抗血清与表达的5种融合蛋白均能发生特异性反应.结果提示所有表达出的目的蛋白均具有与天然蛋白相似的反应原性.     

Correction of the Mutant SLA-1-632-TPK Gene from ToPigs Pig and Construction of SLA-1-TPK/pMD19-T Recombinant Plasmid

The swine leukocyte antigen (SLA) genes in pigs were the important immune gene group in antigen presentation, and studing on SLA could provide the references for the prevention of some infectious diseases. Earlier studies found that SLA-1-632-TPK gene in ToPigs pig had a deleted base in its coding sequence (a single base "C" was lost in 632 bp from the 5' end of the SLA-1-632-TPK gene), which lead to frameshift mutation. In order to correct the SLA-1-632-TPK gene, two pairs of gene-correction's primers were designed to correct the gene by the splicing overlap extension PCR (SOE-PCR) in template of recombinant plasmid of SLA-1-632-TPK/pMD18-T. Firstly,the 5'and 3'ends of SLA-1-632-TPK gene were amplified, respectively, then both of them were spliced and amplified to form an intact SLA-1-632-TPK gene. After detected by agarose electrophoresis, the interest of the product was further cloned into pMD19-T Simple vector. The positive clones were screened by colony PCR and then sequenced. The result showed that the 5'and 3' ends of the SLA-1-632-TPK gene were all amplified successfully by SOE-PCR, with the products of about 650 and 590 bp, which were consistent with the theoretical value of 648 and 585 bp, respectively. After spliced, the intact sequence of SLA-1-632-TPK gene was obtained with the product of about 1 200 bp, which was close to the theoretical value of 1 223 bp. The colony PCR result showed that the corrected gene was successfully inserted into pMD19-T Simple vector . After the sequence was analyzed by GENETYX version 9.0, it was shown that the nucleotide "C" in 632 bp numbered from the 5'end of the gene was added and the SLA-1-632-TPK gene was coded correctly. In this study, the SLA-1-632-TPK was corrected successfully, and the recombinant plasmid SLA-1-TPK/pMD19-T was constructed, which would lay a foundation to further study the protein expression and associated function of SLA-1-TPK.     

托佩克猪SLA-1-632-TPK基因的矫正及重组质粒SLA-1-TPK/pMD19-T的构建

猪白细胞抗原（swine leukocyte antigen,SLA）在猪免疫系统中起递呈抗原作用,对其展开研究可为猪相关传染病的预防提供依据。研究发现,托佩克猪SLA-1-632-TPK基因编码序列发生碱基缺失（距离SLA-1-632-TPK基因5'端632 bp处丢失1个碱基"C"）,导致移码突变。为矫正SLA-1-632-TPK基因,设计2对矫正引物,以原重组质粒SLA-1-632-TPK/pMD18-T为模板,利用剪切重叠延伸PCR（splicing overlap extention PCR,SOE-PCR）技术分别扩增SLA-1-632-TPK 5'和3'端,之后进行拼接,最后扩增全序列从而矫正目的基因,并进一步连接pMD19-T Simple载体,通过单菌落PCR筛选阳性克隆并测序,并通过GENETYX version 9.0软件对所测序列进行分析。结果显示,SOE-PCR成功扩增得到5'和3'端片段,大小约为650和590 bp,与理论设计值大小（648和585 bp）接近,经过拼接以后,得到全长约1 200 bp,与理论设计值1 223 bp接近。菌落PCR结果显示,矫正基因成功克隆入pMD19-T Simple载体。序列分析结果显示,托佩克猪SLA-1-632-TPK基因距离5'端632 bp处丢失的碱基"C"得到矫正并正确编码。本研究成功矫正了SLA-1-632-TPK基因,并构建其重组质粒SLA-1-TPK/pMD19-T,为下一步研究SLA-1-TPK蛋白表达和相关功能奠定基础。     

中国地方品种丝羽乌骨鸡白细胞介素2基因的克隆及遗传进化分析

鸡白细胞介素2（ChIL-2)是近年来新发现的一类细胞因子。根据Sundick等发表的鸡IL-2基因序列设计一对特异性引物,从ConA体外激活的脾脏淋巴细胞中提取mRNA,通过RT-PCR方法扩增和克隆了我国地方品种丝羽乌骨鸡IL-2cDNA,丝羽乌骨鸡IL-2基因由734nt组成,编码-由143个氨基酸组成的前体蛋白,基因5’端含有17个核苷酸和3'端含有285个核苷酸组成的非编码区,3'UTR中含有4个重复的“ATTTA”序列。编码蛋白氨基酸与Kestrel,Obese和SC品系的来杭鸡比较,氨基酸的突变主要发生在28-32位,这一区域丝羽乌骨鸡和Kestrel来杭鸡相同,Obese和SC鸡相同,基因系统进化树分析表明丝羽乌骨鸡和Kestrel来杭鸡具有很近的亲缘关系,Lbese和SC鸡具有很近的亲缘关系。中国的药用鸡品种-丝羽乌骨鸡在非常保守的133位发生了氨基酸突变,我们推测这可能与该品种鸡具有很强的抗病能力有关。     

鸭肠炎病毒gL蛋白在鸡胚成纤维细胞中动态表达的检测

为研究鸭肠炎病毒(DEV)gL蛋白在感染鸡胚成纤维细胞(CEF)过程中的表达情况,本研究以DEVClone-03基因组为模板,应用PCR方法分别扩增得到截短的(gLt,181 bp～711 bp)和全长的gL(1 bp～711 bp)两个基因片段。将gLt基因片段克隆至pET-30a原核表达载体,转化E.coli BL21(DE3),经IPTG诱导表达并对表达产物进行纯化复性,免疫BALB/c小鼠,制备鼠抗gL蛋白多克隆抗体。同时将全长gL基因克隆至真核表达载体pcDNA3.1(+),构建真核表达重组质粒pcDNA-gL,转染293T细胞。采用获得的抗gL蛋白抗体检测DEV感染CEF后及真核表达质粒pcDNA-gL转染293T细胞后gL蛋白在不同时间点的表达情况。结果表明,在pcDNA-gL转染293T细胞后12 h应用western blot方法能够检测到gL蛋白的表达,其表达量随着转染时间增加而增加;在病毒感染CEF后24 h应用间接免疫荧光方法能够检测到gL蛋白少量的表达,western blot方法在病毒感染CEF48 h后检测到gL蛋白的表达,其表达量随着病毒感染时间增加而增加。上述结果提示,编码gL蛋白基因可能是病毒复制的晚期表达基因。     

贵州白山羊GDF9基因编码区1007位点的多态性

生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)基因是卵母细胞分泌的生长因子,调节卵泡的早期生长和分化。对贵州白山羊GDF 9基因的研究结果显示,编码区1007位碱基与已知山羊不同。为了研究1007位点对贵州白山羊繁殖力的影响,采用锚定PCR对GDF 9基因外显子2第18位氨基酸密码子所在区域进行了扩增、克隆测序和基因型分析,结果表明,GDF 9基因编码区1007位点表现出C/T多态性,使成熟肽第18位氨基酸为丙氨酸/缬氨酸替换;低产母羊均为杂合基因型,高产母羊中90%为杂合基因型,高产羊群与低产羊群之间基因型频率差异不显著（P＞0.05）,表明GDF 9基因1007位点的多态性与贵州白山羊产羔数之间没有直接的相关性。