猪源牛病毒性腹泻病毒SH-28分离株的全基因组序列及遗传进化分析

为了解猪源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)与牛源BVDV在遗传特性上的差异,本试验对实验室分离保存的1株猪源BVDV(SH-28)进行了全基因组测序.利用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法分段扩增了SH-28分离株的18条cDNA片段,分别克隆于pGEM-T质粒载体并进行测序,用CLUSTX(1.8)和Lasergene软件进行序列的剪切和拼接,最终获得SH-28基因组序列全长为12 279个核苷酸(nt),开放阅读框(ORF)长11 685 nt,编码3 895个氨基酸(aa),5'-UTR和3’-UTR分别长385 nt和206 nt.全基因组进化树结果表明,虽然SH-28与HLJ-10同处于一个分支上,但其与XJ-04的全基因组核苷酸同源性最高(92.3％),而与另外2株猪源BVDV-1(ZM-95、SD0806)的亲缘性较远(70.0％、70.1％).5’-UTR进化树结果显示,SH-28分离株属于BVDV-2a2基因亚型,而HLJ-10和J-04株属于BVDV-2a1.由此,我们推测SH-28很有可能是由牛源BVDV-2进化而来的,但不同于已发表的BVDV-2分离株.     

牦牛病毒性腹泻病毒全基因测序及生物信息学分析

从牦牛(Yak)体内分离出牛病毒性腹泻/黏膜病病毒(BVDV/MDV),参考GenBank中已收录的BVDV-Ⅰ型的全基因组序列,设计了19对引物,通过RT-PCR方法,对牛病毒性腹泻病毒牦牛株进行克隆及测序,得到其全基因组序列(GenBank登录号:JQ799141),序列全长12214 nt,其中5'-UTR长288 nt,3'-UTR长232 nt。将牦牛株BVDV全基因序列与GenBank中登录的其他8株BVDV病毒全基因序列进行同源性比对及系统进化分析,结果表明,牦牛株BVDV与BVDV-Ⅰ型毒株出于同一分支,但与其他8株BVDV毒株全基因序列同源性均不高,有可能属于新的独立基因型或基因亚型,仍需进一步研究证实。     

猪瘟疫苗中牛病毒性腹泻病毒2型的检测

为对上海某猪场送检的一份猪瘟疫苗进行牛病毒性腹泻病毒(BVDV)检测,本研究将猪瘟疫苗样品接种于MDBK细胞,盲传15代后仍无致细胞病变效应,但间接免疫荧光试验表明接种该疫苗后的MDBK细胞能够被单克隆抗体BZ-53(BVDV-2)识别。采用BVDV-1和BVDV-2的5’-UTR的通用检测引物和针对BVDV E2的引物,对样品RNA进行RT-PCR检测,结果显示,样品能够扩增出约288 bp的BVDV特异性片段;此外,5’-UTR和E2基因片段的测序分析结果表明分离株属于BVDV-2,并且其E2基因与牛源XJ-04株(BVDV-2)的E2基因同源性最高(92.3%),而与猪源ZM-95株(BVDV-1)的E2基因同源性较低(64.5%)。由此证明,该猪瘟疫苗中的确污染有一株BVDV-2株。     

基因2型牛病毒性腹泻病毒新疆及山东分离株的鉴定

将疑似为基因2型牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus genotyp02,BVDV-2)感染阳性的不同地区源病料样品接种马-达氏牛肾细胞(Mardin-Darby bovine Kidney,MDBK)单层细胞,进行病毒分离培养和传代.通过BVDV-2型特异性RT-PCR检测结果表明,共分离到2株细胞源BVDV-2病毒,命名为XJ-04和SD-06分离株.间接免疫荧光试验表明,上述分离的细胞源BVDV-2病毒能被鼠源BVDV-2重组E2蛋白抗血清或鼠抗BVDV-2单克隆抗体特异性识别,产生特异性胞内荧光.XJ-04和SD-06分离株分别盲传至13代和8代,光镜下观察到病毒感染的MDBK细胞内空泡化、细胞脱落、呈现拉网状的典型细胞病变.2株细胞源BVDV-2病毒感染的MDBK细胞制备超薄切片,在透射电镜下,细胞内质网中观察到约60 nm大小的病毒粒子.经差速离心、20%蔗糖垫底超速离心提纯的病毒粒子,经磷钨酸染色,负染电镜下观察到病毒有囊膜、粒子大小约60 nm的病毒颗粒.     

1株牛病毒性腹泻病毒河北株的分离鉴定与遗传演化分析

从河北省保定市某养殖场采集疑似患病毒性腹泻/黏膜病(BVD)的犊牛粪便6份,进行牛病毒性腹泻病毒(BVDV)的分离培养,根据GenBank上登录的BVDV5'-UTR片段设计引物,利用RT-PCR技术对目的片段进行扩增,扩增得到的目的基因片段送至公司测序,测序结果进行同源性分析和系统进化树构建.结果:分离出1株致细胞病...     

一株牛病毒性腹泻/黏膜病毒株的分离与鉴定

从云南某牛场疑似BVDV感染的病料通过接种MDBK细胞分离到1株BVDV,为了解分离毒株的特性,进行了病原学和分子生物学研究。该分离毒株连传15代均不产生CPE,为NCP型BVDV。通过电镜检测可观察到直径为40~60 nm病毒粒子。该分离病毒能被牛病毒性腹泻标准阳性血清中和,且能被BVDV IFA荧光抗体识别;采用BVDV 5'-UTR基因特异性引物,经RTPCR可扩增出288 bp特异性片段。将该片段测序后与Gen Bank已发表的30株BVDV 5'-UTR序列进行同源性比较,同源性为68.7%~89.2%。与我国分离的BJ1202株(登陆号:KF925514.1)和Y2株(登陆号:KY964311.1)同源关系最近,均为89.2%。与2014年以来我国分离的BVDV毒株亲缘关系在88%左右。5'-UTR遗传进化分析证实该分离毒株为BVDV-1型。动物回归试验显示,该分离毒株可引起出现体温升高、腹泻、粘膜病等典型的BVD/MD症状。结果表明,分离的毒株为BVDV,命名为BVDV/W株。     

牛病毒性腹泻病毒JY株分离鉴定

为了对疑似含有牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)的种公牛精液进行检测并分离病毒,本研究采用细胞培养、免疫荧光及纳米PCR技术,对采自吉林省某牛病毒性腹泻(BVD)发病牛场中使用的种公牛精液进行检测与病毒分离。共采公牛精液8份,接种牛肾细胞系(MDBK)进行分离培养。分离得到阳性毒株为非致细胞病变(NCP)型,测得第4代病毒效价为10^6.25TCID₅₀/mL。纳米PCR检测5′-UTR和E2基因,测序后与GenBank上已发表的BVDV流行毒株核酸序列比对和进化分析。结果表明,分离毒株属于BVDV-1型,与BVDVJL株亲缘关系最近,5′-UTR核苷酸同源性为100%,E2基因核苷酸同源性为99.3%,命名为BVDVJY株。研究显示,本次采集的种公牛精液携带BVDV-1型毒株。该牛场BVD的发生疑似与种公牛精液带毒有关,对牛场BVD的防治起到警示作用。     

1株牛病毒性腹泻病毒的分离鉴定及其结构蛋白E2序列分析

为了解河北省唐山市规模化奶牛场中牛病毒性腹泻病毒(BVDV)流行毒株的基因特征，本试验于唐山市2个规模化奶牛场采集了49份临床样品进行逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)检测，并对阳性样品进行病毒的分离，最终成功分离到1株非致细胞病变的BVDV毒株，命名为HB-1株。电镜观察结果显示，HB-1株具有典型的BVDV病毒粒子形态。对HB-1株全基因组序列进行扩增和测序，基因遗传进化分析结果显示，HB-1株属于BVDV-1m亚型。HB-1株结构蛋白E2全长序列糖基化位点和抗原表位预测结果显示，HB-1株E2蛋白含有4个保守的糖基化位点，其中抗原表位1高度保守。本试验为河北省进一步开展牛病毒性腹泻(BVD)流行病学调查、疫苗株筛选以及检测方法建立提供数据支撑。     

广西牛病毒性腹泻病毒GX4分离株全基因测序及序列分析

牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)属于瘟病毒属,是养牛业中常见的病原体。通过MDBK细胞首次从广西分离获得1株牛源牛病毒性腹泻病毒,命名为GX4。设计引物对其全基因组进行扩增,获得其全基因序列,测序结果表明,GX4全基因组为12 218bp,编码3 898个氨基酸,GenBank登录号JN704144.1。对全基因序列进行分析,根据其5′-UTR,确定GX4属于BVDV-1b基因亚型;与BVDV其他参考毒株的比对发现,GX4与巴西分离株IBSP4ncp同源性最高,核苷酸同源性为94.4%,推导氨基酸同源性为96.2%,并且P125基因无外源序列插入,属于非细胞病变型。分子流行病学的结果,揭示了目前流行株的差异性,为该病的防控措施的制定提供参考。     

牛病毒性腹泻病毒BVDV-JL分离株全基因序列测定与分析

为了解中国农业科学院特产研究所分子生物学重点实验室前期分离的牛病毒性腹泻病毒BVDV-JL毒株完整的基因序列信息,本试验对BVDV-JL F6代毒株进行了完整基因序列测定。利用反转录—聚合酶链式反应(RT-PCR)方法分段扩增了BVDV-JL分离毒株的7段cDNA片段,分别克隆于pMD18-T载体并进行测序。BVDV-JL株基因组序列全长为12276 bp,编码3901个氨基酸。基因组两端为非编码区5'UTR和3'UTR。基因比对及进化树分析结果表明BVDV-JL与BVDV CP7同源性最高,核苷酸同源性为93.2%,归类于BVDV-1b2基因亚型。BVDV-JL是第1个在中国报道的BVDV-1b2亚型毒株。了解BVDV-JL完整基因序列有利于中国BVDV流行病学调查。     

5'端非病毒核苷酸对猪繁殖与呼吸综合征病毒感染性克隆拯救的影响

为研究猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)5'端非病毒核苷酸对感染性克隆拯救的影响,优化PRRSV反向遗传操作平台,本试验构建了含有CMV启动子的PRRSVJXA1-R株全长克隆质粒,在CMV启动子的下游引入锤头核酶序列,并在PRRSV基因组的5'端上游和锤头核酶下游之间引入非病毒核苷酸,分别构建成5'端含有非病毒核苷酸GG和GCTAGC的PRRSV全长感染性cDNA克隆Pgg-PRRSV和PNhe-PRRSV。新构建的两株克隆质粒直接转染BHK-21细胞拯救,48h后用间接免疫荧光检测病毒M蛋白,结果表明两株克隆均可拯救成活,测定Pgg-PRRSV和PNhe-PRRSV转染上清的病毒毒价分别为3.0和1.25TCID₅₀/mL,拯救病毒在Marc-145细胞上传3代后均稳定在6.5TCID₅₀/mL,病毒滴度无明显差异。本研究成功构建了两株5'端上游含有非病毒核苷酸的PRRSV基因组全长感染性cDNA克隆,表明PRRSV的5'端上游含有两个非病毒核苷酸GG拯救效率较高,且5'端的病毒外源核苷酸对拯救的影响仅存在于拯救的最初阶段。     

Cloning and sequence analysis of US1gene in duck enteritis virus

In this paper,a 1,860 bp sequence in IRs region of duck enteritis virus(DEV) was amplified by single oligonucleotide nested PCR with a single primer designed according to partial sequence of US1 and then a pair of primers designed according to the 3' UTR of US8 gene and 5' end of the new getting sequence were used to amplify a 2,426 bp sequence toward the TRs region.Sequence analysis revealed that the both sequences contained an identical 990 bp open reading frame of DEV US1 gene.The two ORFs were in opposi...     

Molecular characterization of reticuloendotheliosis virus insertions in the genome of field and vaccine strains of fowl poxvirus

Evidence of the widespread occurrence of reticuloendotheliosis virus (REV) sequence insertions in fowl poxvirus (FPV) genome of field isolates and vaccine strains has increased in recent years. However, only those strains carrying a near intact REV provirus are more likely to cause problems in the field. Detection of the intact provirus or REV protein expression from FPV stocks has proven to be technically difficult. The objective of the present study was to evaluate current and newly developed REV and FPV polymerase chain reaction (PCR) assays to detect the presence of REV provirus in FPV samples. The second objective was to characterize REV insertions among recent "variant" FPV field isolates and vaccine strains. With REV, FPV, and heterologous REV-FPV primers, five FPV field isolates and four commercial vaccines were analyzed by PCR and nucleotide sequence analysis. Intact and truncated REV 5' long terminal repeat (LTR) sequences were detected in all FPV field isolates and vaccine strains, indicating heterogeneous REV genome populations. However only truncated 3' LTR and envelope sequences were detected among field isolates and in one vaccine strain. Amplifications of the REV envelope and 3' LTR provided strong evidence to indicate that these isolates carry a near intact REV genome. Three of the four FPV vaccine strains analyzed carried a solo complete or truncated 5' LTR sequence, indicating that intact REV provirus was not present. Comparison of PCR assays indicated that assays amplifying REV envelope and REV 3' LTR sequences provided a more accurate assessment of REV provirus than PCR assays that amplify the REV 5' LTR region. Therefore, to differentiate FPV strains that carry intact REV provirus from those that carry solo 5' LTR sequences, positive PCR results with primers that amplify the 5' LTR should be confirmed with more specific PCR assays, such as the envelope, or the REV 3' LTR PCR.     

DNA分子标记检测家蚕苏菊、明虎品种和纯度的研究

利用单粒卵微量DNA抽提法,从江苏省家蚕主要品种苏菊、明虎及其一代杂交种蚕卵快速提取出基因组DNA,用筛选出的 RAPD随机引物S77稳定扩增出苏菊、明虎的DNA特异性片段RS和RM,克隆和测序后大小分别为1694bp和1303bp,使用Blastn程序在NCBI 数据库检索发现,Rs的nt30-429与一个家蚕WGS(whole genome shotgun sequence)(dbj|BAAB01119085．1,contis504766)的nt472-874有92％的同源性,其中存在11个空缺位点(Gaps);RM的nt1070-1301与另一个家蚕WGS(dbj|BAAB01141578．1,contig554782)的nt262-31有91％的碱基相同,其中存在2个Gaps。进一步根据RS和RM序列合成SCAR标记引物PS-1(FP:5’ttccccccagtacgcaataac3’,RP:5’ ttccccccagacgtcacgtact3’)和PM-1(FP:5’ttcccccagtgatggaatttacg3’,RP:5’ttccccccagtccaatgttaca3’),能够准确、快速地鉴别所标记的苏菊、明虎及其F1蚕品种。     

山羊地方性鼻内肿瘤病毒全基因组序列分析及其gag基因促肿瘤发生的机制研究

本研究旨在获得山羊地方性鼻内肿瘤病毒（enzootic nasal tumor virus 2,ENTV-2）全基因组序列并进行分析。从福建某羊场的山羊鼻内肿瘤组织取样,针对ENTV-2设计引物,通过RT-PCR方法从肿瘤组织中分段扩增出6个特异性产物,测序后利用生物学软件DNAStar进行拼接,获得长度为7 443 bp全基因组序列,将其命名为ENTV-2-FJ。ENTV-2-FJ基因组结构与其他逆转录病毒类似,具有5'-U5-gag-pro-pol-env-U3-3'典型结构,包含4个开放阅读框和侧翼非编码区以及末端重复序列。为制备兔抗ENTV-2 gag蛋白多克隆抗体,将特异性扩增的gag基因克隆至pET-21a （+）载体,构建重组质粒pET-21a-gag,鉴定后转化至BL21（DE3）细胞并经IPTG诱导成功表达分子量约为70 ku的融合蛋白。Western blot分析表明,制备的兔抗gag蛋白抗体能在患病山羊肿瘤组织和表达gag基因的细胞中特异性地检测出gag蛋白。为了深入研究ENTV-2-FJ致瘤机制,作者构建了过表达gag基因的K562细胞系,并进行裸鼠致瘤试验。结果显示, gag蛋白通过激活JAK2-STAT5信号通路促进肿瘤的生长。综上,本研究获得了ENTV-2-FJ全基因组序列并对其进行分析,制备并验证了gag蛋白的多克隆抗体,揭示了gag蛋白的作用机制,这些结果为阐明ENTV-2的致病机制提供了科学依据。     

Cloning and Sequence Analysis of Complete Genomes of Porcine Circovirus Type 2 (PCV-2) Jiangxi Strains

In order to understand the epidemiology and evolution of PCV-2 in Jiangxi province, a pair of primers was designed according to the PCV-2 gene sequence published in GenBank. After PCR amplification, we got the whole genome sequence of 9 strains PCV-2 isolates, and the nucleotide and protein sequences were analyzed, the genetic evolutionary tree was constructed. The results showed that the complete genome of 8 out of the 9 strains were 1 767 bp in length and one strain was 1 768 bp. By analyzing the whole genome sequences of the nucleotide,the homology of nucleotide sequences of the 9 strains was 94.7% to 99.9%.Compared with other whole genome sequences of PCV-2 in GenBank, the homology was 94.3% to 99.8%. The homology of nucleotide sequences of the ORF1 of the 9 strain was 96.9% to 100.0%. ORF2 and ORF3 encoding protein amino acid sequence had some locus mutation. Phylogenetic tree analysis showed that the 9 strains could be divided into 3 genotypes,5 strains belonged to PCV-2b, 3 strains belonged to PCV-2d, and 1 strain belonged to PCV-2a. This study was helpful to monitor and control of PCV-2 in Jiangxi province.     

猪圆环病毒2型江西株的全基因组克隆和序列分析

为了解江西地区猪圆环病毒2型（PCV-2）的流行和进化情况,根据GenBank上已发表的PCV-2全基因序列设计1对引物,PCR扩增后得到9条PCV-2全基因序列,并对其全基因序列核苷酸和蛋白序列进行分析,绘制遗传进化树。结果表明,江西地区流行的9株PCV-2中,基因组序列全长分为8株1 767 bp和1株1 768 bp,9株PCV-2的核苷酸同源性为94.7%~99.9%,与GenBank己发表的PCV-2分离株全基因组同源性介于94.3%~99.8%之间,而9株PCV-2的ORF1核苷酸序列同源性为96.9%~100.0%。ORF2和ORF3编码的蛋白氨基酸序列存在部分位点突变。遗传进化树显示为3种基因型：5株PCV-2b、3株PCV-2d、1株PCV-2a。本研究有助于江西地区PCV-2的监测和防制。     

鲤鱼外周血白细胞TLR5M全长cDNA克隆及序列分析

本试验以鲤鱼TLR5M的EST序列为基础进行5'-RACE试验,获得了其cDNA的全长序列。结果表明,该序列共3182 bp,包含38 bp的5'端非编码区,486 bp的3'端非编码区,1个2658 bp的开放阅读框(ORF),共编码885个氨基酸。序列同源性比对结果表明,该序列与麦瑞加拉鲮鱼TLR5基因同源性高达84.46%。     

新型鸭肝炎病毒分离株JFX08全基因组测定与分析

对我国鸭病毒性肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)分离株JFX08的全基因组进行了序列测定与分析。结果表明,JFX08毒株的基因组全长为7793nt,包括652nt的5’UTR,6753nt的ORF,366nt的3’UTR以及19nt的poly(A)尾巴。JFX08毒株的ORF编码2251个氨基酸,各基因均与韩国新型毒株的氨基酸序列相似性最高,与1型DHV和台湾新型DHV的序列相似性均较低。其中VP1较1型DHV存在2个氨基酸的插入和较多氨基酸位点的突变,高变区主要集中在180～194位和213～219位。JFX08毒株的非编码区核苷酸序列之间存在大量碱基突变和插入/缺失。多聚蛋白、VP0、VP3、VP1、2C和3D基因进化分析结果均表明,JFX08分离株与韩国新型DHV的遗传距离最近,属基因C型。