两品种鹌鹑IGF-1基因的克隆测序及序列分析

根据GenBank中鸡胰岛素样生长因子(insulin-like growth factor-1,IGF-1)基因序列设计1对引物,对北京白羽蛋用鹌鹑和法国沙维玛特肉用鹌鹑IGF-1基因部分序列进行PCR扩增及克隆测序,获得的序列长度分别为806和804 bp。结果表明,所测的两段序列经GenBank中的BLAST分析与鸡(Gallus gallus)IGF-1基因同源性均为93%;在IGF-1基因核苷酸水平上,北京白羽蛋用鹌鹑与法国沙维玛特肉用鹌鹑的同源性为99.38%。     

蛋用鹌鹑黑素皮质素受体-3(MC3R)基因的克隆与测序

为了研究鹌鹑MC3R基因的序列,试验对北京白羽蛋用鹌鹑MC3R基因的部分片段进行了克隆、测序。结果表明:序列长度分别为204bp和210bp,已提交到GenBank上;北京白羽蛋用鹌鹑MC3R基因与鸡MC3R基因的同源性为100%。     

鹅黑素皮质素受体-4基因的克隆与序列分析

黑素皮质素受体-4（Melanocortin receptor-4,MC4R）是其黑素皮质素受体MCR（MC1-5R）家族成员之一,属G蛋白偶联受体。它可与瘦蛋白、神经肽、α-黑素细胞刺激素等一起调节动物体重和采食量。参考鸡MC4R基因序列设计引物,克隆并测序了鹅MC4R基因。结果表明,鹅MC4R基因编码区全长996 bp,其核苷酸序列与鸡的同源性为95.3%,与人、牛、猪等哺乳动物同源性在75%-79%;其氨基酸序列与鸡的同源性达到98.5%。构建哺乳类、鸟类和鱼类MC4R基因核苷酸进化树显示,鹅较早地与哺乳类动物分化开来。分析MC4R蛋白的氨基酸残基特性参数表明,MC4R的7次跨膜结构与MC4R的亲水性区域、电荷密度以及氨基酸残基位于表面概率的变化规律相一致。     

水貂黑素皮质素受体-4基因部分序列的克隆测序

对水貂黑素皮质素受体-4(MC4R)基因进行了克隆和序列分析,以期为进一步开展水貂MC4R基因与其肥胖性状的相关分析及基因定位等研究提供理论基础。首先采用特定引物对水貂MC4R基因进行PCR扩增、克隆和测序,然后用DNAMAN软件拼接MC4R基因全序列,并进行序列的同源性分析。试验获得水貂MC4R基因序列816 bp。水貂MC4R基因序列与同一种属的水獭的同源性最高,达96%,而与犬、狐、大熊猫、河马、野猪、山羊、人及小鼠这些哺乳动物的同源性在89%～95%之间,另外,与贝加尔湖海豹和加州海狮的同源性也较高,均为94%。本研究成功克隆了水貂的MC4R基因,结果表明,其在物种间具有较高的保守性。     

鸽黑素皮质素受体4基因多态性与生长性状及体组成的相关研究

通过比对GenBank中鸡、鹅黑素皮质素受体4（MC4R,melanocortin receptor）基因DNA序列,找出保守序列设计引物,克隆了鸽的MC4R基因编码区985bp序列,与鹅、鸡、短尾猊、北极狐和犬类的同源性分别为94%、94%、91%、84%和84%。利用PCR-SSCP技术和DNA测序方法检测两群体鸽MC4R基因编码区序列的单核苷酸多态性,共检测出两个多态位点,最小二乘分析表明,T933C基因型对肉鸽群体活重、屠体重、全净膛有显著影响（P＜0.05）,对野生鸽群体生长性状无影响（P＞0.2）,多重比较显示,该位点AA基因型个体的活重、屠体重、全净膛显著高于BB基因型个体（P＜0.05）。MC4R基因可能是影响鸽生长性状和体组成的主效基因或与主效基因相连锁。     

鹌鹑MC3R基因的SNPs及其与生长和屠体性状的目关研究

以法国沙维玛特肉用鹌鹑为试验材料,对MC3R基因进行PCR扩增,采用PCR-SSCP技术结合测序分析了MC3R基因在该鹌鹑群体中的多态性.结果表明:该鹌鹑群体中存在3个突变位点,分别是T46C、G73A和T62A,检测到了AA、BB、CC、AB、AC、BC 6种基因型,A等位基因频率为0.429,B等位基因频率为0.335,C等位基因频率为0.236.经过基因型与体重的关联分析得知:各基因型对2、3、5周龄的体重影响显著(P＜0.05)；与屠体性状相关分析结果显示,各基因型对宰前活重、全净膛重影响显著(P＜0.5),对半净膛重影响极显著(P＜0.01),但对其相应的产率无影响(P＞0.5).因此推测MC3R基因可能为影响鹌鹑体重和屠体性状的主效基因或与主效基因相连锁.     

鹌鹑MC3R基因多态性与体重关系的研究

以MC3R基因为候选基因,根据鸡的MC3R基因序列(GenBank登录号:AB017137)在编码区设计2对引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测该基因在蛋用鹌鹑群体中的单核苷酸多态性(SNPs),同时对候选基因与鹌鹑体重的相关性进行分析。结果表明,鹌鹑MC3R基因在所测序列的27(G→A)和138(C→T)碱基处发生了2个突变,检测到AA、BB、CC、AB、AC、BC6种基因型;A等位基因频率为0.347,B等位基因频率为0.218,C等位基因频率为0.435。方差分析结果显示,MC3R基因型显著影响公、母鹌鹑的体重。因此推测MC3R基因可以作为影响和控制鹌鹑体重的候选基因。     

家兔MC1R基因5'-侧翼序列的克隆及测序

毛色作为家兔的一种遗传标记,在品种特征、纯度鉴定及品种选育中均具有重要的作用。MC1R基因作为控制动物毛色的重要基因之一,其核苷酸序列多态性与多种动物的毛色表型相关。本试验根据GenBank中已知的兔MC1R基因核苷酸序列(登录号:AM180881)设计引物RMCR₁和RMCR₂,采用PCR-末端加尾法获得了兔MC1R基因5'端930 bp的未知序列,该序列与GenBank数据库中的已知序列同源性为99%。     

鸡形目黑素皮质素受体1基因多态性研究

为了对已知的鸡形目禽类黑素皮质素受体1(MC1R)基因进行生物信息学和分子进化分析,根据已发表的12种鸡形目物种MC1R基因序列(包括棕色来航鸡、红色原鸡、土佐本地鸡、日系乌骨鸡、白色来航鸡、日本鹌鹑、火鸡、蓝胸鹑、珠鸡、朝鲜鹌鹑、河北柴鸡和略阳乌鸡),利用多种生物学软件进行遗传多态性研究。结果显示:12种鸡形目物种MC1R基因编码区碱基序列同源性和氨基酸序列同源性均较高(分别为98.84%,98.91%),蛋白质二级结构相似度极高,以α构螺旋为主(57.32%⁶7.83%),无规则卷曲次之(25.80%67.83%),无规则卷曲次之(25.80%²9.62%),β-折叠最少(6.05%29.62%),β-折叠最少(6.05%¹5.61%)。红色原鸡、土佐本地鸡和棕色来航鸡的二级结构组成相同,其中红色原鸡和土佐本地鸡的碱基CDS序列完全相同。分子进化分析发现,12个鸡形目物种可以明显地分为A、B、C 3个类群,火鸡、珠鸡、鹌鹑、蓝胸鹑、棕色来航鸡、红色原鸡和土佐本地鸡聚为A群;河北柴鸡、朝鲜鹌鹑和日系乌骨鸡聚为B群;白色来航鸡和略阳乌鸡聚为C群。火鸡较其他鸡形目起源较早,棕色来航鸡,白色来航鸡和略阳乌鸡起源较迟。但聚类结果中白色来航鸡和棕色来航鸡却属于不同类群,这可能是由于MC1R基因参与家禽羽色的调控,而白色来航鸡和棕色来航鸡羽毛色素存在明显差异,从而造成了二者在鸡形目MC1R基因分子进化树中的遗传距离较远。     

家鸽及边鸡的MC1R基因片段的克隆及分析

为了研究黑素皮质素受体1(MC1R)基因与家鸡、家鸽羽色的相关关系,根据Gen Bank上原鸡MC1R基因序列,利用在线引物设计软件Primer3(V.0.4.0)在编码区设计1对引物PE,试验以家鸽和边鸡DNA为模板,PCR扩增,测序,分别获得长度为303 bp和335 bp的基因片段。结果表明:家鸽与原鸡MC1R基因核苷酸序列存在10处变异,边鸡与原鸡存在3处变异,其序列相似性分别为95.71%、99.10%。二级结构分析结果表明,家鸽和边鸡α螺旋、β折叠、无规则卷曲所占比例分别为47.92%、31.25%、20.83%,64.80%、21.90%、13.30%,均有2个跨膜区。针对2个物种氨基酸序列同源与变异预测其三级结构,结果表明,MC1R基因可能是表达禽类羽色的主效基因。     

河田鸡与白绒乌骨鸡MC1R基因序列分析

为了比较白绒乌骨鸡和河田鸡的黑素皮质素受体1(melanocortin 1 receptor,MC1R)基因序列的差异,试验以NCBI上的红原鸡MC1R基因序列(AB201630)为参照,进行PCR扩增和基因序列比对,并分析了氨基酸序列与蛋白质结构。结果表明:白绒乌骨鸡和河田鸡MC1R基因的序列长度均为945 bp,河田鸡与红原鸡序列同源性为99. 70%,白绒乌骨鸡与红原鸡序列同源性为99. 20%,而河田鸡与白绒乌骨鸡序列同源性为99. 0%;河田鸡相对于红原鸡有2处突变(T143A和C213R),白绒乌骨鸡相对于红原鸡有6处突变(M71T、E92K、L133P、A137T、C213R和H215P),河田鸡相对于白绒乌骨鸡有6处突变(M71T、E92K、L133P、A137T、A143T和H215P);河田鸡和白绒乌骨鸡MCIR基因的二级结构区中α-螺旋、β-折叠、无规则卷曲所占比例分别为55. 73%、8. 92%、35. 35%和52. 55%、12. 42%、35. 03%,均有7个跨膜区,白绒乌骨鸡和河田鸡的三维结构差异主要发生在跨膜区;在鸡形目动物中,MC1R基因具有较高的保守性。说明白绒乌骨鸡MC1R基因突变导致其编码的氨基酸序列H215P异常,推测鸡体内抑制黑色素在羽毛沉积的表征可能由该突变导致。     

北京鸭×番鸭杂种优势差异表达基因GHR的克隆

以北京鸭、法国番鸭及其正反杂交1代为试验材料,采用mRNA差异显示(DDRT-PCR)方法分析不同试验组肌肉组织基因表达差异,结合抑制性消减杂交(SSH)加以验证,发现生长激素受体(GHR)基因在杂种中上调表达。鸭GHR基因3′端578bp片段测序及比对结果表明,该基因与鸡GHR基因核苷酸序列同源性为90%,氨基酸序列同源性为93%。     

白来航鸡IL-18和GM-CSF基因克隆与序列分析

根据GenBank中鸡白细胞介素18(IL-18)和粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)基因的序列设计2对特异引物,以白来航鸡脾淋巴细胞总RNA为模板进行RT-PCR扩增,克隆白来航鸡IL-18和GM-CSF工基因并进行序列分析.测序结果表明,白来航鸡IL-18基因开放阅读框为597 bp,编码199个氨基酸;序列分析表明,所获得的白来航鸡IL-18基因与GenBank中鸡IL-18的核苷酸同源性为99.0%～99.8%,氨基酸同源性为97.5%～99.5%.白来航鸡GM-CSF基因开放阅读框为435 bp,编码145个氨基酸;序列分析表明,所获得的白来航鸡GM-CSF基因与GenBank鸡GM-CSF的核苷酸同源性为99.3%～100%,氨基酸同源性为99.3%～100%,生物信息学分析表明,IL-18与GM-CSF基因编码的蛋白具有亲水性,都有很强的抗原性,IL-18共有2个潜在的N-糖基化位点,可能存在4个蛋白激酶C磷酸化位点,存在3个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点;GM-CSF共有1个潜在的N-糖基化位点,可能存在1个蛋白激酶C磷酸化位点,存在4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点.     

蓝狐与银狐褪黑激素受体1A基因的克隆及序列分析

根据其它物种褪黑激素受体（melatonin receptor, MTNR）1A基因核酸序列的同源性设计引物,PCR扩增蓝狐和银狐MTNR1A基因的546 bp DNA序列,GenBank登录号分别为EU170442和EU170443。蓝狐和银狐MTNR1A基因DNA序列同源性为99.1%,编码的氨基酸同源性为99.4%,与人、鼠及绵羊MTNR1A基因同源性为84%~86%,与鸡MTNR1A基因同源性为74%。     

羊驼MC1R基因克隆及其在不同毛色个体中表达水平研究

为了获取羊驼MC1R基因序列,探索MC1R基因表达水平与羊驼毛色之间的相关性,根据GenBank已发表序列(EU1358800)设计1对引物,以羊驼皮肤总RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增并成功获得了中华白色羊驼MC1R基因cDNA序列,长度为1 081 bp,编码317个氨基酸,与已发表序列进行对比,同源性为99%,发现7处突变.根据所克隆序列设计引物,采用实时荧光定量PCR技术(QRT-PCR),分析MC1R基因在白色和棕色羊驼皮肤中的基因表达量,并对结果进行统计分析.结果表明:经过内参基因校正后,棕色羊驼皮肤中MC1R基因的相对表达量是白色羊驼相对表达量的4.32倍(P<0.01).MC1R基因表达量的差异与羊驼毛色表型之间可能存在一定的相关性.     

鹌鹑育雏期的养殖技术

鹌鹑可分为蛋用和肉用鹌鹑,朝鲜蛋鹑、北京白羽蛋鹑就是比较优良的蛋用鹌鹑品种,中国白羽肉鹑是典型的肉用型鹌鹑品种.养殖鹌鹑投入少、产出多、资金周转快、风险小.     

绵羊MC4R基因的半定量RT-PCR及生物信息学分析

本研究旨在对绵羊MC4R基因进行组织表达谱和生物信息学分析。参考牛MC4R基因序列设计引物,采用PCR技术克隆绵羊MC4R基因序列,并利用半定量RT-PCR进行组织表达谱分析;同时对其进行生物信息学分析。结果表明,克隆的绵羊MC4R基因全长1 919 bp,含有999 bp的完整CDS编码区,编码332个氨基酸。其CDS编码区的核苷酸序列与牛、人、猪、大鼠、小鼠MC4R基因对应序列的同源性分别为95.2%、68.8%、82.7%、76.6%、77.1%,预测的氨基酸序列同源性分别为97.0%、92.8%、93.7%、92.2%、91.6%。组织表达谱分析表明MC4R基因在各组织均不同程度的表达,其中在大脑表达量很高,其他组织较低。生物信息学预测MC4R蛋白功能发现,绵羊的MC4R蛋白存在7个跨膜螺旋结构域,同时预测MC4R存在10个磷酸化位点和1个特异性蛋白激酶磷酸化位点。结果表明,MC4R是一个非常保守的蛋白,在绵羊的生长发育中起着重要作用。     

美洲水貂(Neovison vison)黑素皮质激素受体-1(MC1R)基因序列鉴定及生物信息学分析

旨在探明美洲水貂黑素皮质激素受体-1(Melanocortin-1receptor,MC1R)基因序列结构特征及其对皮毛颜色的调控机制。根据欧洲水貂MC1R基因(GenBank登录号:AB189820)核苷酸序列设计1对特异性引物,利用PCR及克隆技术测定美洲短毛黑水貂MC1R基因完整编码区序列(CDS),并对该序列进行了BLAST比对及生物信息学预测和分析。结果表明,获得的美洲水貂MC1R基因与欧洲水貂相似性为95%,为单一外显子基因,核苷酸序列长度为1 324bp,包括部分5′UTR(188bp)、CDS(954bp)和3′UTR(182bp),编码区碱基G+C含量高达66.04%,由CDS推导共编码317个氨基酸,预测的MC1R蛋白理论分子质量为34.49ku,等电点(PI)为8.97,不稳定系数是36.63,属于弱碱性稳定蛋白质。进一步分析发现,美洲水貂MC1R基因编码的蛋白存在1个低复杂度结构域和7个典型的跨膜区,N-端不存在信号肽,定位于细胞质膜,具有典型的细胞膜受体结构。分子进化分析显示,美洲水貂与欧洲水貂亲缘关系较近,与二者均属鼬科、鼬属动物的传统动物分类学一致。美洲水貂MC1R基因的获取及序列结构特征分析为揭示其皮毛颜色多样性的分子遗传学机制奠定了详细的生物信息学基础。     

鹅IGF-I基因cDNA的克隆、分析与原核表达

从GenBank中读取鸡、鸭、鹌鹑、火鸡等的胰岛素样生长因子-I(IGF-I)基因序列进行分析并设计引物,运用RT-PCR法从五龙鹅的总RNA中克隆了IGF-I基因的完整编码区序列(GenBank登录号为DQ662932).运用生物信息学技术对序列进行分析,结果显示:五龙鹅JGF-I基因的编码区长462 bp,与鸭和鸡基因序列同源性分别为99.6%和98.1%;分子进化树进一步揭示了五龙鹅与鸭、鸡及其他动物的进化关系;同源建模分析发现该基因有3个α-螺旋组成.克隆鹅IGF-I基因表达序列,然后连接到pET-32a载体上进行原核表达.经SDS-PAGE分析发现原核表达产物约为28 ku的融合蛋白,Western杂交分析表明,重组蛋白为目的蛋白.     

美洲水貂MC1R基因CDS区克隆与序列分析

为探讨水貂毛色差异形成的分子机制,试验利用美洲水貂肌肉组织对其黑色素皮质激素受体-1(MC1R)基因CDS区进行PCR扩增,并利用DNAMAN、ProtParam、TMHMM等生物信息学软件分析其氨基酸组成、与其他物种的同源性、跨膜区段等。结果表明:克隆获得的MC1R序列长度为954 bp,编码317个氨基酸;美洲水貂MC1R基因序列与欧洲水貂的同源性为95.49%,美洲水貂MC1R基因编码的氨基酸序列与欧洲水貂同源性为92.43%;得到带负电氨基酸13个,带正电氨基酸22个,极性氨基酸67个,疏水性氨基酸157个,为亲水性蛋白质;共得到7个蛋白质的跨膜结构域。