木薯EST资源的SSR信息分析

为了进一步利用现有木薯 EST-SSR 资源.笔者从 NCBI 公共数据库下栽了 38411 条木薯 EST,去除低质量的和冗余的的序列后,得到全长为 4.16×103kb 的无冗余序列5401条.在无冗余序列中发现含有 SSR 的 EST 序列595条.共691个SSR,平均相隔 6.02 kb 出现一个 SSR.这些 SSR 的出现频率和平均长度分别是 11.02%和 18.89 bp.在 1～6 bp的重复基元中,二核苷酸重复基元出现频率最高(36.03%),其次是三核苷酸重复基元(31.84%)、单核苷酸重复基元(30.10%).出现较多的重复基元是 A/T(29.23%),其次是 AG/CT(24.75%).结果说明,木薯的 EST-SSR 出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值.     

猕猴桃冷藏花粉的初步研究

分别观察开花前1～3d、开花当天和开花后6h、12h、24h的猕猴桃花粉在离体培养条件下的萌发状况,发现开花前3d的花粉在培养基上不能萌发,而开花前1d、2d的花粉具有一定的萌发能力;当天开花的花粉在0～4℃条件下贮藏7d仍具有50%以上的萌发能力,但贮藏至第8d其萌发率急剧下降;开花前1d的花粉在0～4℃下贮藏5d仍保持近50%的萌发能力,贮藏6d后萌发率急剧下降至10%以下;开花24h后花粉基本上不能萌发.     

番茄果实EST资源SSR信息分析

表达序列标签( Expressed sequence tags,EST)中存在广泛的微卫星或简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR),为SSR标记的开发提供了宝贵的资源.以NCBI中与番茄(Solanum lycopersicum)果实性状相关EST序列为材料,对EST序列进行聚类去冗余、...     

蓝莓花粉转录组SSR位点信息分析

基于'灿烂'、'顶峰'、'蒂芙蓝'、'杰兔'和'园蓝'5个兔眼蓝莓花粉转录组数据,开展SSR信息分析及引物设计,为开展蓝莓的基因定位及花粉直感效应形成的分子机制等研究提供理论依据.本研究采用MIcroSAtellite(MISA)和Blast2GO对无冗余Unigene进行SSR筛选、识别及富集分析,采用Primer ...     

猕猴桃花粉活力测定条件的优化研究

人工辅助授粉是猕猴桃优产高效栽培的重要保障之一,而花粉质量是其中最为重要的限制因素。本研究以不同电商平台销售的猕猴桃花粉为材料,基于正交试验、响应面试验设计对TTC法测定猕猴桃花粉活力的条件进行优化,同时对萌发率、授果率与花粉活力进行相关性分析。结果表明,不同电商销售的花粉在花粉数量、花粉活力、萌发率及坐果率上均存在较大差异;TTC法检验猕猴桃花粉活力的最佳条件为TTC浓度、染色温度、染色时间分别为0.7%、30℃、25 min;花粉萌发最佳条件为0.2%硼酸、15%蔗糖;在猕猴桃人工授粉过程中,花粉萌发率与坐果率的相关性最高,而花粉活力与萌发率并非完全一致;部分电商平台销售花粉的花粉活力低、坐果率低。因此,在互联网背景下,涉及农业生产的相关产品应加强管理。     

从小麦EST序列中开发新的SSR引物

小麦EST数量的迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的数据资源,本实验从国际小麦族EST协作网（ITEC）上公布的10 380条EST序列中检索到444条含有SSR的序列,检出率为4.1%。其中含二核苷酸重复单元和三核苷酸重复单元的SSR-ESTs分别为34条（7.7%）和347条（78.0%）。利用这些SSR-ESTs序列共设计135对cSSR引物,其中82对在小     

基于松树EST序列的马尾松SSR引物开发

本文用生物信息学方法对松树359 521条EST进行处理,得到无冗余EST序列56 776条,其中有2 315个SSR分布于2 057条EST中,出现频率是4.08%,平均距离是22.06 kb.检测到二、三碱基重复SSR总数为1 631个,四碱基至六碱基重复SSR共117个.在所得二碱基以上重复SSR中,多态潜能高的有488个,占27.92%;多态潜能次高的有1 260个,占72.08%.选择整体长度不小于24个碱基的SSR位点用于开发马尾松SSR引物,设计出135对备选引物,最终有51对引物在马尾松中得到扩增,有效扩增率为37.78%;其中39对有多态性,多态率为28.89%.在51对可扩增引物所对应的SSR类型中,P型占74.51%,I型占3.92%,C型占21.57%.     

利用SSR标记鉴定主要梨栽培品种

为了维护生产者和育种者的利益,提供快速可靠的品种鉴定方法具有重要意义。笔者根据目前基因库中梨的DNA收录序列设计开发SSR引物,用筛选出的6对图谱清晰SSR引物对19个主要梨栽培品种进行SSR分析。通过类似于植物常规分类方法,编制19个梨品种的指纹检索表,可以将供试的19个主要梨栽培品种鉴别分开。通过检索GeneBank收录的DNA序列作为筛选SSR标记的途径,大大降低了引物开发的成本和缩短了SSR体系建立的时间,是一种简单、快速的方法。     

海滨雀稗EST资源的SSR信息分析及EST-SSR标记开发

本研究探讨海滨雀稗EST序列中SSR位点的分布特征,开发EST-SSR引物分析其在草坪草种质资源遗传多样性研究中的应用。利用SSRIT软件对81220条海滨雀稗EST序列进行SSR位点搜索,分析EST-SSR的分布和特点,并利用Primer 3.0软件设计50对引物,选择10份草坪草对引物进行有效性和多态性检测。结果表明,从13705条海滨雀稗EST序列中检测到了22721个SSR位点,出现频率为16.87%。三核苷和单核苷酸重复为主要类型,所占比例分别为31.71%和29.28%。在检测到的163种基元中,出现最多的重复基元是A/T,其次是CCG/CGG和AGC/CTG。选择合成了50对EST-SSR引物,以海滨雀稗‘Adalady’基因组DNA为模板进行PCR扩增,其中37对引物能扩增出条带。利用这些引物对10份草坪草品种进行多态性检测,其中12对引物的扩增结果具有多态性。利用开发的EST-SSR标记对10份草坪草进行聚类分析,可将其分为4类。利用海滨雀稗EST序列开发SSR标记是可行的,开发的EST-SSR标记能有效用于草坪草遗传多样性研究。     

猕猴桃高效离体再生体系的研究

为建立猕猴桃高效离体再生体系,试验以猕猴桃离体茎尖和茎段作外植体,在初代培养诱导试管苗成功的基础上,分别以MS和1/2 MS为基本培养基,附加不同的激素组合,研究不同培养基对猕猴桃叶片和叶柄芽诱导的影响和对猕猴桃生根的影响。试验发现：在MS+1.0 mg•L-1 6-BA+0.1 mg•L-1NAA的培养基中培养,初代苗诱导成功、生长良好;在MS+2.0 mg•L-1 6-BA+0.1 mg•L-1 NAA的培养基中,叶片和叶柄芽诱导率分别为137.50％和512.50％;在1/2 MS+0.9 mg•L-1 IBA和1/2 MS+ 0.6 mg•L-1 IBA的培养基诱导生根效果好,总根长,平均根长以及生根数均高于其他4组处理的结果;以消过毒的珍珠岩和草炭土（3∶7）为炼苗移栽基质,猕猴桃组培苗的成活率达到80%。试验结果为猕猴桃繁殖推广奠定了基础。     

烟剂防治贮藏期猕猴桃灰霉素之效果初探

灰霉病是猕猴桃贮藏期的重要病害，严重影响猕猴桃商品价值与经济效益。采用烟剂对贮藏期猕猴桃灰霉病（Botrytis cinerea）进行了毒力与防效研究，结果表明，3种烟剂对防治贮藏期猕猴桃灰霉病均具有较好的效果，其中烟剂2号效果好于其他2种烟剂。     

月季SSR-PCR反应体系的建立和优化

采用L16(54)正交设计和二因素完全随机试验,分析了月季SSR-PCR反应体系的主要成分Taq DNA聚合酶、样本浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度以及引物浓度对扩增结果的影响,建立了适合月季的SSR反应体系.研究结果表明:在20μL反应体系中,Taq DNA聚合酶宜加入1.5U,样本最适宜浓度为30～40 ng,Mg2+的最适浓度为1～1.5 mmol/L,dNTP最适浓度为0.2 mmol/L,单引物的最适浓度均为1μmol/L.用建成的反应体系对19对引物筛选,对12个月季品种扩增,3%的琼脂糖凝胶电泳检测,品种间DNA谱带多态性丰富,证明该体系稳定可靠.     

薄壳山核桃转录组中的SSR位点信息分析

通过对薄壳山核桃转录组数据的分析,开发新的薄壳山核桃分子标记,为研究薄壳山核桃的遗传多样性、分子标记辅助育种提供科学依据。利用ESTtrimmer和cross-match对转录组测序获得的Unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余Unigene进行SSR搜索,并应用Primer3进行SSR引物设计。从搜索序列中发现了10 303个SSR,分布于9 871条Unigenes中,出现频率为18.31%,分布密度为1/4.06 kb。二核苷酸和单核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的44.27%和40.64%;优势重复基元为A/T、AG/CT和AAC/GTT,分别占单核苷酸的39.66%、二核苷酸的35.22%和三核苷酸的4.90%。88.86%的基序长度集中在10~20 bp。成功设计了5 547对SSR引物。通过对薄壳山核桃高通量转录组序列的SSR信息的研究,表明薄壳山核桃转录组SSR位点出现频率高、分布密度大,具有较高的多态性潜能,能提供丰富的重复类型,可以为研究薄壳山核桃的遗传多样性、分子标记辅助育种、遗传图谱绘制等方面提供有效的理论依据。     

AutoSSR：大批量、高效开发和分析SSR基元的软件

 为从大量的序列中快速发掘和利用简单序列重复(微卫星,SSRs),开发了一个软件工具——AutoSSR。该软件能够从一个包括大量FASTA格式的序列文件中发掘SSR,并分析不同SSRs类型的分布状况。与已开发的类似软件相比,该软件可以不受序列数量和不同系统平台的限制,高效、快速完成SSR信息的搜索和分析。利用该软件对GenBank上释放的来源于棉花、苹果和水稻的DNA序列进行了SSR发掘,得到了36000个SSRs。其中,对来源于棉花的SSRs信息,进一步利用Primer 3软件开发了位点特异性引物,为棉花基因组分析奠定了基础。     

利用SSR分子标记划分杂交籼稻亲本群的研究

杂种优势群和杂种优势利用模式可以为植物的杂种优势利用提供重要信息。与玉米相比,水稻杂种优势群的研究相对薄弱。本研究利用72对SSR引物对我国47个杂交籼稻骨干亲本进行了类群划分。共检测出328个等位基因变异,每对引物检测等位基因2~13个,平均4.56个;引物的多态性信息量（PIC）范围为0.120~0.878,平均值为0.567。材料之间的遗传相似系数(GS)范围在0.633~0.928,平均为0.741。用类平均法（un-weighted pair-group method using an arithmetic average）将亲本材料划分为保持系群、温敏核雄性不育系群、恢复系群,其中保持系群和恢复系群又各分为3个亚群,分群结果基本符合系谱信息。并结合杂交水稻生产实践提出了7种杂种优势组合配组模式。分子标记是一种划分杂交籼稻亲本群的有效途径,本研究结果对杂交籼稻的亲本选配具有一定指导意义。