基于线粒体DNA序列探讨中国紫貂的起源

为了研究中国紫貂的起源,试验利用PCR方法和直接测序技术对中国境内分布的18只野生紫貂线粒体DNA控制区全序列进行了测定和群体分析。结果表明:所获得的7个单倍型序列长度介于1 073～1 134 bp之间,在保守序列区CSB1与CSB2之间存在AC串连重复序列,长度介于198～258 bp,这是导致紫貂线粒体控制区序列长度异质性的原因;序列中具119个碱基插入/缺失位点、2个颠换位点以及26个转换位点;其整体单倍型多样性(H)为0.880±0.045、核苷酸多样性(Pi)为0.039±0.004,种群总体遗传多样性水平较高。3个地理亚种间存在明显的遗传分化,尤其是长白山和阿尔泰亚种间FST(遗传分化指数)=0.989 49(P>0.01),种群间基因流极低(Nm=0.005);阿尔泰亚种、长白山亚种分别与大兴安岭亚种的个别种群存在较近的亲缘关系,该结论与紫貂化石证据结合即可推测出紫貂大兴安岭亚种是我国境内分布的3个紫貂种群中首先分化形成的,然后以大兴安岭为中心向南分化形成长白山亚种以及向西分化形成阿尔泰亚种。     

中国部分山羊品种线粒体DNA D-loop序列遗传多样性分析

分析了中国部分本地山羊品种(18个品种200个体)以及在中国饲养的引入品种(4个品种25个体)线粒体DNA控制区(D-loop)的全序列,结合已报道的世界其它地方的山羊(15个品种77个体)以及2只野山羊的线粒体DNA控制区(D-loop)全序列共304个体,研究结果表明:山羊线粒体DNA控制区约为1 212 bp,检测到228个变异位点,203种单倍型,单倍型多样度为0.993±0.001;核苷酸多样度0.018±0.001。中国部分山羊的变异类型主要为类型A和B,而在巴基斯坦山羊中还检测到类型C和D。比较分析结果表明中国山羊遗传多样性和基因交流比中国黄牛品种要高。     

藏绵羊线粒体DNA遗传多样性研究

本文用ＡｐａＩ,ＡｖａⅡ,ＢａｍＨＩ,ＢｃｌⅡ,ＣｌａＩ,ＥｃｏＲⅤ,ＨｉｎｄⅢ,ＨｐａＩ,ＫｐｎＩ,ＰｓｔＩ,ＰｖｕⅡ,ＸｂａＩ,ＸｈｏＩ等１４种内切酶,分析了１２头藏绵羊ｍｔＤＮＡ的限制性片断长度多态性,共检测了３５个酶切位点,发现ＡｖａⅡ,ＣｌａＩ,ＰｖｕⅡ三种酶切类型具有多态性,根据不同个体的ｍｔＤＮＡ的酶切类型,发现藏绵羊存在三种ｍｔＤＮＡ单倍型,计算ｍｔＤＮＡ多态度π值为０．００１２,     

贵州威宁黄牛线粒体DNA D-loop区全序列分析

为了解贵州威宁黄牛的遗传多样性及遗传背景，我们分析测定了19个个体线粒体DNA D-loop区序列。结果检测到8种单倍型，7种为普通牛血统的单倍型，1种为瘤牛血统的单倍型，表明威宁黄牛同时受普通牛和瘤牛的影响。本研究同时构建了19个威宁黄牛个体的系统发生树，结果发现它们明显分为普通牛血统单倍型组和瘤牛血统单倍型组两组。     

基于线粒体DNA D-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系

为了研究儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系,本研究对36只儋州鸡样品的线粒体DNA(mtDNA) D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的部分品种鸡的mtDNA D-loop区全序列,利用生物信息学方法进行数据处理,分析儋州鸡的遗传多样性及其起源进化关系。结果显示,儋州鸡mtDNA D-loop区扩增片段长度为1 210 bp,A+T含量为59.9%,C+G含量为40.1%,变异区在167～1 215 bp之间,高变区主要集中在167～367 bp之间,存在6种单倍型,共有20个变异位点,单倍型变异度(Hd)为0.571,平均核苷酸差异(k)为6.449,核苷酸多样度(Pi)为0.00537,中性检验的Tajima’s D值为1.61643,6种单倍型可分为A、B、C 3个世系,以B世系为主。研究结果表明,儋州鸡群体遗传多样性和单倍型多样性相对偏低,结合群体构建的系统进化树发现,儋州鸡的遗传组成来自3个母系祖先,缅甸红原鸡、爪哇红原鸡及红原鸡海南亚种均是其潜在的祖先,受外来鸡种影响较小,是一个较为封闭的原始鸡种。     

猎豹线粒体DNA控制区序列变异研究

18头猎豹线粒体DNA被测序,用来筛选影响猎豹神经衰退疾病的候选基因和候选位点。猎豹的线粒体DNA控制区全长525bp,本研究共发现了28个单核苷酸多态位点,9种单体型。通过构建系统进化树和DNA单体型的降维网的分析,控制区的基因序列根据来源不同明显地分成3个类。本研究为进一步筛选可能影响神经衰退疾病的候选基因和候选位点奠定了基础。     

陆川猪mtDNA D-loop序列遗传多样性分析

本研究测定了陆川猪17个个体mtDNA D-loop高变区序列,共检测到5个单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.640和0.0074,表明陆川猪有较高的遗传多样性。结合已报道的中国地方猪种的mtDNA D-loop序列进行分析,结果发现,陆川猪和属于华中型的宁乡猪、大花白猪有很近的遗传关系,但与传统上同属华南型的香猪和滇南小耳猪的遗传关系较远,这与传统的分类方法不一致。     

五指山猪线粒体控制区序列分析及遗传多样性研究

为了研究五指山猪遗传多样性和系统地位,本研究采用PCR产物直接测序法得到55条五指山猪线粒体控制区(mtDNA D-Loop)全序列,并结合GenBank中发表的1条五指山猪mtDNA D-Loop全序列进行结构分析、遗传多样性研究及系统发育分析。结果发现,56条序列中出现21次保守区变异,即"TTATAAAACAC"序列重复,共定义13个单倍型,发现14个变异位点,单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.838和0.00334,表明五指山猪遗传多样性较丰富。五指山猪线粒体控制区序列构建的系统发育树和Network网络分析呈现两大分支,推测有两个母系起源,且与GenBank中其他23个猪种的聚类结果表明,五指山猪与长江流域以南地区的猪种有着较近的亲缘关系。     

百宜黑鸡与兴义矮脚鸡线粒体DNA 控制区遗传多样性分析

采用PCR和直接测序的方法测定百宜黑鸡和兴义矮脚鸡线粒体DNA控制区全序列,比较分析两种贵州地方鸡种的遗传变异。结果表明,百宜黑鸡、兴义矮脚鸡mtDNA控制区全序列长均为1231 bp;共发现26个变异位点(不包含种内变异位点),占分析位点总数的2.11%,其中12个转换,14个颠换;百宜黑鸡mtDNA控制区的A、T、G、C碱基含量分别为27.096%、33.628%、13.117%、26.159%,矮脚鸡的A、T、G、C碱基含量分别是A26.916%、T33.409%、G13.387%、C26.288%,t检验结果显示,两种鸡mtDNA控制区的A和T含量差异显著。百宜黑鸡和兴义矮脚鸡的遗传距离是0.0379,根据分子钟计算,二者约在190万年前分歧进化。     

上海动物园非洲企鹅种群线粒体DNA序列分析及遗传管理建议

非洲企鹅(Spheniscus demersus)是一种濒危海鸟,也是动物园展出的重要物种。上海动物园从日本和荷兰引进非洲企鹅,种群不断扩大,并成为国内种群发展的基础。但对其遗传多样性和结构了解很少,无法开展有效的遗传管理。本研究分析了上海动物园39只非洲企鹅的mtDNA D-loop区430 bp序列,并与已发表的日本种群的数据进行比较。结果表明,该片段存在15个变异位点,占分析位点的3.5%;共定义了10个单倍型,其遗传距离为0.002~0.019。日本种群包含A、B两个mtDNA D-loop单倍型世系,上海种群的10个单倍型均属于A世系,且与日本种群有5个共享单倍型,其遗传多样性水平略低于日本种群。上海种群可以进一步分为3个小的世系,但置信度偏低(54%~87%)。上述结果提示,上海种群相对于日本种群的A世系而言有较好涵盖度,但仍有必要进一步引进建群个体,尤其是含有B世系单倍型的个体。     

东方蜜蜂线粒体DNA应用进展

【研究目的】为掌握线粒体DNA（mtDNA）在东方蜜蜂研究中的取得的进展。【方法】本文总结了蜜蜂mtDNA结构特征、mtDNA标记研究技术和东方蜜蜂非编码区和编码区标记的应用情况。【结果】RNA^leu-COⅡ区和部分COⅡ区的酶切和测序均发现了丰富的多态性。RNA^leu-COⅡ区和部分编码区标记能较好地解决泰国、菲律宾东方蜜蜂的种群遗传分化问题。根据RNA^leu-COⅡ区的系统发育关系将东方蜜蜂分成5个类型,并推测了他们的地理发育关系。【结论]mtDNA标记是解决东方蜜蜂遗传学和进化学问题较好的标记,增加样本量和研究的区段能解决mtDNA存在的不足。     

基于线粒体DNA tRNAleu-COⅡ序列分析阿坝中蜂遗传多样性

为了解阿坝中蜂遗传多样性,对21个样点的347群阿坝中蜂样本进行线粒体DNA tRNA^leu-COⅡ序列扩增、测序,获得347条长度为335bp多序列片段包括36bp的非编码序列和299bp的COII基因编码序列,两个序列A+T碱基含量分别是99.8%、84.6%,分析出14个碱基变异位点,占总测定位点4.18%;划分出18个单倍型(Hap＿1～Hap＿18),单倍型Hap＿1在所有样点均有分布且数量最多,有231个样本,达到总样本的66.6%。总体单倍型多样度为0.536,核苷酸多样度为0.00200,平均核苷酸差异数0.666,汶川县威州镇万村样本单倍体多样度最低,黑水县芦花镇昌德村样本单倍体多样度最高;单倍型系统发育树构建显示18个单倍型聚为2个大类群,不存在单独聚类一起单倍型;说明阿坝中蜂种群内部存在不同程度分化,研究结果可为阿坝中蜂遗传多样性研究、保护与利用提供一定的理论基础。     

西藏小型猪线粒体DNA控制区的分子遗传学研究

通过扩增102头西藏小型猪以及16头巴马小型猪、17头贵州香猪的线粒体DNA控制区,测序并与国内其他猪种进行比较,研究西藏小型猪的遗传标记以及与其他国内地方猪种的亲缘关系.结果显示,两藏小型猪线粒体DNAD-loop区分3个区域.串联重复序列区处于中间位置,包含有15～29个10 bp的重复片段,分为A、B 2种类型.3'端340 bp,与国内其他猪种的序列相同,比较保守;D-loop 5'端704 bp,共有22个变异位点.由22个变异位点中归纳出25个单倍型,其中有2种主要的单倍型,分别占34.4%和36.6%.根据3个转换位点:305、500、691,将西藏小型猪分成了2组,几乎与串联重复序列所分的A、B 2组类型相对应.与西藏小型猪相比,巴马小型猪和贵州香猪D-loop 5'端变异位点较少,分别只有4种和2种单倍型,串联重复区也只有1个类型.说明西藏小型猪可能有2个母系祖先,并且与我国西南地区的猪种有较近的亲缘关系;不同的串联重复片段类型和5'端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记.     

线粒体DNA序列在畜禽遗传多样性与起源进化中的研究进展

线粒体DNA分析可用来探索种群的遗传变异、种群遗传结构和种的进化关系.利用动物种间和种内群体的线粒体多态性,可以进行物种亲缘关系、系统起源和进化关系等方面的分析.本文对近年来线粒体DNA序列在家养动物中的研究进展作一个简要综述.     

基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析贵妃鸡的遗传多样性

采用PCR产物直接测序技术对30只贵妃鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明,在所分析的D-loop区部分序列中(520 bp),A、G、C、T平均含量分别为26.8%、13.0%、31.1%和29.1%;共发现13个核苷酸多态位点,均为转换位点,未检测到插入/缺失和颠换,核苷酸多样度(Pi)为0.0059,单倍型变异度(Hd)为0.538,中性检验Tajima’s D值为-0.67065。通过群体构建的NJ聚类图分子系统树发现,贵妃鸡起源于红原鸡。     

基于线粒体控制区的鸡不同杂交组合遗传多样性研究

旨在探讨鸡不同杂交组合线粒体控制区（mtDNA D-loop区）的遗传多样性和单倍型特性。选取固始鸡和隐性白羽鸡及其正、反交F1代、藏鸡以及F2代等6个群体共387个个体的mtDNA D-loop区进行测序,分析其遗传规律和单倍型特性,并与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列大小为1 231 bp,共检测到28个多态位点和1个C碱基缺失,共构成19种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中,固始鸡和反交F1代主要为A、C单倍型,固始鸡A、C单倍型比例分别为53.42%和46.58%,反交F1代A、C单倍型比例分别为50.75%和49.25%;隐性白羽鸡、正交F1代和F2代优势单倍型均为E单倍型,占比分别为48.89%、48.84%和50.00%。6个鸡群体单倍型多样度（Hd）在0.496~0.729之间,核苷酸多样度（Pi）在0.003 40~0.005 41之间,Hd值和Pi值最大的均为正交F1代,其次为隐性白羽鸡和F2代,固始鸡和反交F1代群体遗传多样性接近。聚类分析显示,A、B单倍型群与滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型群与印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与印度亚种、指名亚种、印尼亚种以及滇南亚种聚为一枝。结果提示,mtDNA D-loop区遵循严格的母系遗传,后代的遗传多样性和单倍型比例与其母本基本一致;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,且主要起源于原鸡滇南亚种。     

广西乌鸡线粒体DNA D-loop区序列遗传多样性分析

采用PCR和直接测序的方法测定广西东兰乌鸡线粒体DNA(mt DNA)D-loop第一高变区序列,比较分析东兰乌鸡(片羽、丝羽)的遗传变异。结果表明:在东兰乌鸡mt DNA D-loop区中,共发现27个变异位点,46种单倍型,其变异方式主要是转换和缺失;检测片段的G+C含量(60.59%)明显高于A+T含量(39.41%),具有偏倚性(P0.05);单倍型多样度和核苷酸多样度分别为(0.890±0.020)、(0.01653±0.02483),表明东兰乌鸡的遗传多样性较丰富,其中丝羽乌鸡的变异位点、单倍型数量、单倍型多样度和核苷酸多样度等均比片羽乌鸡高。在NJ系统发生树上,东兰乌鸡分为3大支,说明具有3个血统来源,起源于中国红色原鸡。     

基于线粒体DNA D-loop区序列分析中国及新西兰奶山羊遗传进化关系

[目的]分析我国地方培育奶山羊品种与国外引进品种的遗传进化关系。[方法]以4个国内奶山羊品种（文登奶山羊、关中奶山羊、崂山奶山羊、雅安奶山羊）和3个新西兰引进奶山羊品种（阿尔卑斯奶山羊、吐根堡奶山羊、萨能奶山羊）为研究对象,采集33只个体的外周血样本,提取血液基因组DNA,利用PCR法扩增线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）D-loop区全长序列,对测序获得的序列进行生物信息学分析,探究不同奶山羊品种的遗传多样性及进化关系。[结果]7个品种奶山羊的mtDNA D-loop区中A、T碱基含量高于G、C碱基含量。共检测到82个多态位点,25个单一多态位点,55个简约信息位点。各品种单倍型多样度（Hd）范围为0.905~1.000,核苷酸多样度（Pi）范围为0.001 51~0.013 32;共存在26种单倍型,文登奶山羊和萨能奶山羊各有5个单倍型,阿尔卑斯奶山羊有4个单倍型,崂山奶山羊、吐根堡奶山羊、关中奶山羊、雅安奶山羊各有3个单倍型;各品种核苷酸平均差异数（K_XY）范围为6.400 00~38.450 00,核苷酸歧异度（D_XY）范围为0.005 79~0.034 76,遗传分化系数（G_ST）范围为0.000 00~0.186 05,遗传分化指数（F_ST）范围为0.231 56~0.971 52。品种间系统发育树表明,文登奶山羊和崂山奶山羊聚为一支;关中奶山羊与3种新西兰奶山羊遗传距离较近,从遗传学角度证实了关中奶山羊由国外奶山羊与地方品种经杂交选育而成;雅安奶山羊与其他品种遗传距离最远。[结论]中国奶山羊存在2个支系起源且未发现群体扩张;中国培育奶山羊品种含有较多的国外奶山羊血统;文登奶山羊与崂山奶山羊亲缘关系较近,雅安奶山羊在遗传进化中可能存在地域隔离。     

中国7个绵羊品种mtDNA D-loop区序列的系统发育与起源研究

为探讨中国绵羊的起源、进化及遗传多样性,对新疆、内蒙古、西藏、云南、宁夏、山东等地区7个地方绵羊品种和1个外来品种共59个体的线粒体D-loop全序列进行了测序分析。7个地方绵羊群体的单倍型多样度（Hd）和核苷酸多样度（π）分别平均为0．9960和0．0306,表明我国地方绵羊品种的控制区遗传变异丰富。系统发育和网络进化分析均将中国绵羊分为3个明显的支系,揭示中国绵羊存在3个独立的母系起源;并发现欧洲摩佛仑羊与支系B聚在一起,表明摩佛仑羊与中国绵羊有较近的亲缘关系。对mtDNA D-loop的3个支系进行核苷酸不配对分布曲线分析和Fu’s中性检验,结果显示3个支系的分布曲线均呈单峰形,且中性检验差异显著,表明绵羊3个支系可能曾经历群体扩张。     

山羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

本研究利用PCR-SSCP技术对8个山羊品种分析了线粒体DNA D-loop区5′端部分序列的遗传多样性。378个个体共检测到A、B、C、D、E、F、G 7种单倍型,平均的单倍型比例为1.9%。单倍型多样度以太行黑山羊最高,为0.8003;洪洞奶山羊最低,为0.5772,但也属于较高的遗传多样性。结果表明,8个山羊品种均有较高的遗传多样性。