6个复叶槭品种间亲缘关系的RAPD分析

采用RAPD法对复叶槭5个品种及1个芽变品种进行基因组DNA多态性分析,从300个引物中筛选出具有丰富多态性的20个10bp的随机引物,这20个引物共扩增出170个DNA片段,片段大小在200bp～2800bp之间,其中多态性谱带为112条,多态率为65.88%,表现出较为丰富的RAPD多态性;利用UPGMA进行遗传距离计算的结果表明,6个复叶槭品种间的亲缘关系和遗传距离均有较大差异.     

4组形态相似川茶花品种的分子鉴别

采用ISSR分子标记,对重庆南山植物园中花色、花型十分相似的4组10个川茶花品种进行分子鉴别。从23条引物中筛选出5条谱带清晰、重复性好的引物用于PCR扩增,共获得72条谱带,其中64条谱带呈现多态性,多态位点百分率为88.89%。利用5条引物所建立的DNA指纹图谱显示,第Ⅰ组的氅盔和吊金钟是2个独立的品种;第Ⅱ组的胭脂莲、胭脂鳞和鱼鳞甲是3个独立的品种;第Ⅲ组的泸州大红和泸州二红也是2个不同的品种;第Ⅳ组的红佛鼎与紫金冠、似紫冠可以区分,但后两者难以区分,很可能就是同一个品种。     

平阴玫瑰组织培养褐变控制研究

以5个代表性的平阴玫瑰品种为试材,对不同芽位外植体的褐变度以及不同的褐变抑制剂的抗褐变效果进行了研究。结果表明,平阴玫瑰不同品种、同一品种不同芽位的外植体在组培中褐变发生情况不同,但5个品种各芽位的平均褐变度均呈单峰型变化,且峰值均在第4芽;1.5g/L的活性碳(Ac)是初代培养和生根培养的最佳褐变抑制剂,0.2g/L的抗坏血酸(Vc)是增殖培养的最佳褐变抑制剂。     

几个桉树优良无性系的ISSR指纹图谱分析

利用ISSR-PCR方法对尾叶桉广林4号、巨尾桉广林5号、巨尾桉广林9号3个优良桉树品种(无性系)及粗皮桉的34个个体进行了基因组多态性分析,从100个ISSR引物中筛选出4个多态性引物用于正式扩增,共扩增出63条DNA条带,其中多态性DNA条带54条,占其总扩增带数的85.7 %,平均每个引物扩增的DNA带的数目为13.5条.实验不仅检测到3组无性系之间、无性系和实生苗之间的特异性条带,还根据ISSR扩增结果,利用UPGMA法构建了3个桉树品种(无性系)及1个桉树外缘种的聚类树状图,在一定程度上反映了其种间的遗传关系.     

切花月季芽变品种的分子标记与鉴别研究

现代月季的基因型高度杂合，目的基因的定位如同大海捞针，形态指标模棱两可的描述比比皆是。为此，特别收集了组别17个，品种45个及相对的芽变品种进行随机增护多态DNA（Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD）基因分析。结果表明：11个经筛选的人工全盛随机引物（10－base）共增扩出基因位点143个，其中多态性位点93个，平均多型性比率高达66.0％；切花月季品种与品种之间，特异性RAPD图带清晰稳定，极易识别；由同一品种变异而来的芽变品种之间，特异性位点极少，相似性遗传距离非常接近，最小为0.8607，最大为1；幼叶DNA双步CTAB提取法有助于提高基因指纹图谱的重现性。这为表型性状较为相近的切花月季芽变品种的分子鉴别提供了可靠的技术手段，也为转基因品种的育成奠定了基础。     

山茶‘赤丹’及其芽变品种花瓣中花青苷成分与花色的关系

【目的】研究山茶‘赤丹’及其芽变品种花瓣中花青苷成分与含量,结合花色表型分析,明确其花色形成的物质基础,揭示其花青苷成分与花色关系,为山茶花色芽变育种提供依据。【方法】按照CIE L~*a~*b~*表色系法测量山茶‘赤丹’及其芽变品种花色,利用高效液相色谱-光电二极管阵列检测(HPLC-DAD)和超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱(UPLC-Q-TOF-MS)联用技术定性定量分析其花瓣中花青苷成分与含量,运用多元线性回归方法研究花青苷成分与花色之间的关系。【结果】山茶‘赤丹’及其芽变品种花瓣中共检测到7种花青苷,分别是矢车菊素-3-O-β-半乳糖苷(Cy3Ga)、矢车菊素-3-O-β-葡萄糖苷(Cy3G)、矢车菊素-3-O-[6-O-(E)-咖啡酰]-β-半乳糖苷(Cy3Ga ECaf)、矢车菊素-3-O-[6-O-(E)-咖啡酰]-β-葡萄糖苷(Cy3GECaf)、矢车菊素-3-O-[6-O-(Z)-p-香豆酰]-β-葡萄糖苷(Cy3GZp C)、矢车菊素-3-O-[6-O-(E)-p-香豆酰]-β-半乳糖苷(Cy3Ga Ep C)和矢车菊素-3-O-[6-O-(E)-p-香豆酰]-β-葡萄糖苷(Cy3GEp C)。山茶‘玉丹’花瓣中未检测到花青苷,山茶‘金碧辉煌’中未检测到Cy3GECaf。【结论】山茶‘赤丹’及其芽变品种花瓣的花色随其总花青苷及主要花青苷成分含量增大而加深;粉红色和红色花瓣中主要花青苷成分为Cy3G和Cy3GEpC,黑红色花瓣中主要花青苷成分为Cy3G和Cy3Ga;随着花瓣中Cy3Ga和Cy3G比例的增大花色加深。Cy3G和Cy3GEp C是决定山茶‘赤丹’及其芽变品种花色的主要花青苷,其含量的增大显著增加花瓣的红色程度。     

桉树SRAP标记体系的优化及遗传多样性分析

为确立按树SRAP-PCR反应体系,并对桉树品种进行遗传多样性分析,以巨尾桉GL -9号嫩叶提取的DNA为模板,进行Mg2+、dNTP、引物和Taq DNA聚合酶4个因素3个水平L9(34)正交试验,并比较了不同浓度模板DNA对PCR扩增效果的影响.结果显示:桉树的SRAP-PCR最佳反应体系为Mg2+2.5 mmol/L、dNTP 0.20mmol/L、引物0.4μ mol/L、Taq DNA聚合酶1.5U,DNA模板最佳浓度为10ng.利用最佳反应体系对桉树品种进行引物组合多态性筛选,从40个引物组合中筛选出多态性引物组合17个.挑选12个多态较高的引物组合对11个按树品种进行遗传多样性分析,通过PCR扩增,得到109个谱带.其中多态性条带95条,平均每个引物组合产生7.92个多态性条带,显示了相对较高的多态性.表明SRAP标记可应用于按树分子生物学研究.     

锥栗农家品种的遗传多样性及亲缘关系分析

采用ISSR技术对37个锥栗农家品种进行遗传多样性及亲缘关系分析。从65条通用引物中筛选出13条扩增效果较好的引物进行扩增,每条引物的扩增谱带从9(引物828) 16条(引物821)不等,平均每个引物产生12个ISSR片段,共扩增出156条谱带,其中多态性条带129条,占82.69%,平均每个引物扩增的DNA多态性条带为9.9条。结果表明:锥栗农家品种具有丰富的遗传多样性水平;供试农家品种的观测等位基因数1.826 9,有效等位基因数1.509 7,Nei's基因多样度(H_e)为0.292 3,Shannon信息指数为 0.434 4;13条引物可区分37份农家品种及其优株。根据遗传一致度构建反映品种间亲缘关系的UPGMA聚类图,37个锥栗品种可划分为2大类群7个亚类。     

广东银杏遗传多态性的RAPD分析

采用RAPD分析法对32个银杏品种或群体的叶片DNA进行遗传多态性分析,从56个随机引物中筛选出8个单引物和4对双引物进行RAPD扩增及琼脂糖凝胶电泳,并进行UPGMA聚类分析.结果表明,8个单引物和4对双引物的RAPD扩增共得到85条DNA带,其大小主要分布于300～2 500 bp之间,其中81条具有多态性,多态百分率为95%,每条(对)引物产生DNA带的平均数为7.08.根据聚类分析的结果,供试的样品可分为两大类,北京梅核、南雄上矽(雄)、华口大白果为一类,其它的为第二类.在四个泰兴品种中,泰兴2号和泰兴3号的相似性系数达0.97,表明它们的遗传关系非常接近,可能为同一品种;而原产广东的不同品种或群体之间的遗传差异较大,可能有不同的起源.此外,若将32个银杏品种或群体按照综合分类法进行品种类群划分,不同品种类群之间的界限并不清晰,有较多的品种交叉.     

微卫星DNA在分析核桃遗传多样性上的应用

研究不同核桃品种的遗传多样性,为今后新品种的培育和种质创新提供理论依据,以西北农林科技大学资源苗圃的18个核桃品种(包括3个实生优系)嫩叶做材料,选用SSR分子标记技术对其进行了遗传多样性研究。建立了最适PCR反应体系,从27对引物中筛选出多态性强重复性好的12对引物,共检测出174条条带,其中91条呈现多态性,多态性条带的比例平均为67.82%,平均每条引物扩增出多态性位点9.8个。新疆2号与辽宁4号的相似系数最大(0.803 6),青林和西林2号最小(0.159 4)。多态信息含量(PIC)变化范围在0.742 2~0.896 2,平均值为0.815 0,其值均大于0.500 0。基于遗传相似性系数的UPGMA聚类结果表明,在遗传相似系数阈值为0.39左右可将供试品种分成4大类。以上说明12条引物扩增的位点均表现出高度多态,同时表明供试样品遗传资源非常丰富,可作为育种来源。     

中国松树枯梢病菌遗传多态性的RAPD分析

运用随机增增多态ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术对发生于我国１３省区１６种松树和其它２种针叶树上的松枯梢病菌（Ｓｐｈａｅｒｏｐｓｉｓ ｓａｐｉｎｅａ）的５５个菌株进行基因组ＤＮＡ多态性分析。用１７个随机引物经ＰＣＲ扩增共得到２００个ＲＡＰＤ标记,其中９８．５％具有多态性。ＵＰＧＭＡ聚类分析确定了供试菌株间的亲缘关系,将５５个菌株分为３个类群。各菌株间的差异与其寄主种类无明显关系,与其地理来源在某些类群间有一定联系,但在大多数菌株间相关趋势不明显。     

Screening of heterozygous DNA markers in shiitake (Lentinula edodes) using de-dikaryotization via preparation of protoplasts and isolation of four meiotic monokaryons from one basidium

A suitable screening method for heterozygous DNA markers in shiitake,Lentinula edodes (Berk.) Pegler, is reported. Monokaryons were derived from a dikaryon by de-dikaryotization via protoplast formation. Compatibility of the monokaryons was determined by pairwise culture on agar plates. We selected the primers to amplify polymorphic fragments among the original strain (Hokken600H600) and two monokaryons (H600PP-39 and H600PP-67) showing compatibility. A total of 135 fragments were selected as specific random amplified polymorphic DNAs (RAPDs) resulting from 56 primers of the 147 primers tested. Furthermore, we tested whether the polymorphic fragments segregated into 22 among four strains isolated from a basidium. Most of the polymorphic fragments (about 97.8%) showed 22 segregation among the four strains. We concluded that the polymorphic fragments were heterozygous if they were detected in either of the monokaryons (H600PP-39 and H600PP-67) and segregated to 22 among four meiotic strains (H600B-1,-2, -3, and -4). A total of 132 heterozygous DNA markers were therefore selected from a dikaryon of shiitake (Hokken600H600).Part of this report was presented at the 8th Annual Meeting of Mushroom Science and Biotechnology and the 47th Annual Meeting of the Japan Wood Research Society, Kochi, 1997     

Micropropagation of Vitex negundo L. and Random Amplified Polymorphic DNA Analysis of Micropropagated Plants

A micropropagation protocol was established for a medicinal plant Vitex negundo. Genetic stability of micropropagated plants was investigated. Multiple shoots were induced from nodal explants cultured on Murashige and Skoog (MS) medium with 0.53 μM naphthalene acetic acid (NAA) and 11.0 μM benzyl aminopurine (BAP) along with additives (ascorbic acid, 283.9 μM; citric acid, 130.1 μM; and arginine, 143.6 μM). Shoots were further multiplied by repeated transfer of the mother explant. The shoots were further multiplied on MS medium + 0.57 μM indole-3-acetic acid (IAA) and 6.6 μM BAP. The micropropagated shoots were pulse treated with 122.5 μM indole-3-butyric acid (IBA), in liquid MS medium and then transferred to autoclaved soilrite. These rooted ex vitro. Shoots were also rooted in vitro on a half-strength MS medium + 2.45 μM IBA. The survival rate of in vitro rooted plantlets was poor during hardening compared to ex vitro rooted plantlets. About 95% of the ex vitro rooted, hardened plantlets survived in the field. Genetic stability of micropropagated plants was tested by using 25 random amplified polymorphic DNA primers. The cloned plants exhibited no variation in banding pattern in comparison with the mother plant.     

白桦EST-SSR信息分析与标记的开发

对NCBI(美国国立生物技术信息中心)中2 5 48条欧洲白桦ESTs的序列进行分析,结果表明:其中260条ESTs中含有306个SSRs,为全部 ESTs序列的10.2%,SSR频率为12.01%.其中,二核苷酸重复比例为81.37%,三核苷酸重复比例为16.67%,四核苷酸重复比例为1.96%.不同软件设计引物的效率不同,Pri mer3设计出176对SSR引物,在白桦中扩增成功的引物比例为59.09%,而具有多态性的引物比例仅为25.96%;SSR Primer设计出100对引物,在白桦中扩增成功的引物比例为37%,而具有多态性的引物比例为48.65%.     

乐昌含笑不同类型鉴定的ISSR-PCR分析

利用inter -简单重复序列 (ISSR)标记对乐昌含笑 6种类型的遗传变异进行了研究 ,从 30个引物中筛选出 12个多态性引物用于正式扩增 ,共扩增出 134条DNA带 ,其中多态性DNA带 6 7条 ,占 5 0 % ,平均每个引物扩增的DNA带的数目为 11 16 7条。其中引物ISSR16、ISSR19能区分全部类型。引物ISSR16、ISSR19和ISSR2在不同的类型中扩增出了一些特有条带 ,对乐昌含笑类型和品种鉴定以及检验品种的真实性方面非常有价值。本研究对ISSR分析技术的关键步骤进行了讨论 ,并利用DNA扩增结果对供试类型进行了聚类分析     

Direct genotyping of the poplar leaf rust fungus,Melampsora medusae f. sp. deltoidae,using codominant PCR‐SSCP markers

Two anonymous DNA markers that are revealed by single‐strand conformational polymorphism (SSCP) analysis were developed for detection of polymorphisms in Melampsora medusae f. sp. deltoidae (Mmd). Mono‐uredinial isolates of Mmd were first obtained, DNA was extracted from urediniospores and random amplified polymorphic DNA (RAPD) products of eight mono‐uredinial isolates were separated on a SSCP gel to identify differences among them. Bands representing putative polymorphic loci among the eight isolates tested were excised from the SSCP gel and re‐amplified by polymerase chain reaction (PCR), and then cloned and sequenced. A primer pair was designed to amplify a DNA fragment of a size suitable for SSCP analysis (<600 bp) for two out of three DNA fragments sequenced. Each set of primers amplified a PCR product for all eight isolates that were initially used to generate them and the resulting PCR products were analysed by SSCP. Polymorphisms among isolates were identified for both putative loci. The two primer pairs amplified a PCR product of the expected size on an additional 32 mono‐uredinial isolates of Mmd tested. From the overall 40 mono‐uredinial isolates tested, 5 and 11 alleles were detected, and 12 and 34 isolates showed to be heterozygous, as indicated by the presence of more than two bands on the SSCP gel, at loci A and B, respectively. The primer pairs were tested for specificity against 106 fungal isolates belonging to various taxa, including other rusts, and against DNA extracted from greenhouse‐grown healthy poplar leaves. DNA amplification products of the expected size were obtained only when Mmd DNA was present. Optimization of PCR conditions with these two primer pairs allowed genotyping directly from single uredinia extracted from infected leaves, thus alleviating the need to culture the fungus to characterize individuals, hence making it possible to process large numbers of samples for population studies.     

7个桉树杂交亲本RAPD位点多态性和杂合性的研究

利用RAPD分子标记技术对桉树杂交亲本的RAPD位点多态性和杂合性进行了比较研究.研究材料包括不同起源的3个尾叶桉母本和4个细叶桉父本及其杂交产生的5个全同胞家系,每家系10株子代.RAPD为显性标记,其检测一个杂交群体中分离位点的概率可以用分离位点至少在一个个体中出现的概率来表示,即1-(1/2)n-1(Aa×aa或aa×Aa)或1-(3/4)n-1(Aa×Aa)(n为群体内个体数),则利用10个个体的杂交群体,其概率分别为99.8%和92.5%,检测的有效性较高.各样品RAPD扩增结果统计中,以1代表一条谱带出现,以0代表不出现.9个随机引物共扩增出58条谱带,亲本间呈多态性的谱带42条,占72.4%,多态性较高.利用亲本的RAPD数据矩阵,计算了亲本间的遗传距离.根据亲本出现的谱带在子代中是否分离判断该位点是否为杂合位点,如果某谱带出现于亲本且在子代中分离,则亲本在该位点上的基因型为Aa,即杂合位点,从而统计出不同亲本的杂合位点数.以亲本的杂合位点数占其总位点数的百分比表示亲本的杂合性,检测各亲本的杂合性水平.7个亲本的杂合性平均为28.0%,杂合性较高.但不同亲本的杂合性有差异,介于16.2%和39.5%之间.并且,同一无性系在不同的家系中检测到的杂合位点数和计算的杂合性有差异,这主要是由于以下两个原因;一是RAPD为显性标记技术,不能有效探测样品本身的杂合位点,因此当另一亲本在该位点上基因型为AA时,则亲本的基因型即使为Aa,子代在该位点上的RAPD谱带也没有分离;二是10个个体的群体偏小,有些实际分离的位点需要更大的群体才能检测到(尤其是偏分离的位点).林木中,常用F1谱系和显性标记进行遗传连锁图谱构建,相应的作图策略为拟测交策略(Pseudo-testcross strategy),即可用于图谱构建的标记为只出现于一个亲本、而在子代中按1∶1分离的标记,类似于测交的分离方式.因此,亲本的较高杂合性表明其杂交时有大量的拟测交位点出现,这种位点在子代中的分离可以用显性标记有效检测.所以,本研究中亲本杂合性均较高的家系可以用作遗传图谱构建的材料(合适大小的群体,如100个以上的子代),这对增加图谱的标记数量和提高作图的效率具有重要意义.     

银白杨×N001杨杂交子代及亲本的AFLP分析

本研究在对选择性扩增引物进行筛选的基础上,对银白杨、N001杨及银白杨×N001杨杂交子代共10个样本进行了AFLP试验,并利用Popgene和NTsys软件分别对遗传多样性参数及个体聚类进行分析。结果表明:筛选出的8对选择性扩增引物,共扩增出969条谱带,多态性条带数929条,多态性比例为95.76%,平均有效等位基因数为1.4329,Nei's平均遗传多样性指数为0.2662,Shannon平均信息指数为0.4161。不同杂交子代在E-ACC/M-CAC引物对上均有特异位点,这些特异位点用于申报优良品种保护。在通过NTsys软件聚类后,在遗传相似系数为0.76时,将10个试样分为2个大支,其中N001杨为1个AFLP群,银白杨及8个杂交子代为1个AFLP群;当遗传相似系数为0.79时,银白杨与8个杂交子代的AFLP群又细化为2个亚群,其中杂交子代2和杂交子代6聚合为亚群1,银白杨和其余6个杂交子代为亚群2。本研究的结果多态性比例很高,对样品的区分率达到100%,为杨树AFLP分析检测提供了较好的应用和指导借鉴价值。     

基于芭蕉属EST序列的地涌金莲SSR引物开发

对31 308条来自NCBI的芭蕉属(Musa)EST序列进行拼接得到全长为13.51 Mb的21 129条无冗余EST序列(含3 818条contigs及17 311条singletons),其中,4 944条(23.40%)EST序列含有5 416条SSRs,SSR的出现频率为25.63%,平均分布距离2.49 Kb,有234条(1.11%)含有1个以上的SSR。在所检测的SSR中,二、三、四核苷酸重复是主导重复类型,分别占EST-SSR总数的21.80%(1 181条)、52.55%(2 846条)和14.55% (788条)。AG/CT、AAG/CTT与AGG/CCT和AAAG/CTTT与AAAT/ATTT分别是二、三、四核苷酸的优势重复基元。随机设计了238对EST-SSR引物在24个地涌金莲个体中进行筛选,116对有扩增产物,其中,78对EST-SSR引物扩增出清晰稳定的目的片段,49对引物表现出多态性。本研究检测的15对引物扩增等位基因数范围是2~7个,平均3.067个;表观杂合度(Ho)范围是0.042 0.750,平均0.250;期望杂合度(He)范围是0.232~0.823,平均0.522。     

白术不同居群亲缘关系RAPD分析

用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)技术对白术的3个居群进行基因组DNA多态性分析,从100个随机引物中筛选出20个10bp随机引物,共扩增出187个DNA片段,片段大小在200bp～2800bp之间,其中多态性谱带为135条,表现出了丰富的RAPD多态性(占72.2%),根据遗传距离,利用UPGMA构建了居群亲缘关系柱状图。结果表明:於术86和於术76的亲缘较近,而於术86和白术天台之间的亲缘关系较远。就单个样本来看,於术86的15个样都聚在了一起,表明了於术86较强的同源性,於术76的14个样也聚到了一起,也表明了於术76的同源性。而於术76第14个样与白术天台聚到了一起,表明了於术76与白术天台有一定的同源关系。