国家冬油菜区试新品种的SSR指纹图谱分析

以2006-2007年度全国冬油菜区试的89份参试品种为材料,运用筛选确定的25对多态性好、带纹清晰的SSR引物对这些品种进行分子标记分析,共获得106个多态性片段,平均每对引物4.2个,多态性比率平均达到77.7%,PIC平均值为0.7991,利用106个多态性片段构建了这些品种的SSR指纹图谱。遗传聚类和主成分分析结果显示,在相似系数为0.95时,89份区试品种完全区分开;同一单位育成的品种的遗传距离较近,不同地区或单位育成的品种间遗传距离较大,揭示的遗传结构与品种系谱来源相吻合;除了少数品种外,大部分品种都具有很高的特异性。对不同类型及不同区片的品种（品系）遗传多样性指数分析,结果显示,杂交种的多样性水平要明显高于常规种;长江中游区品种（品系）遗传多样性指数最高,长江上游区和长江下游区次之,黄淮区最低。     

四川省2005-2006年区试小麦品种(系)的SSR遗传多样性

为明确四川近年来普通小麦的遗传差异情况,本研究采用微卫星分子标记(SSR)对四川省2005～2006年参加区试的66个小麦品系进行了遗传多样性研究,用18对扩增谱带稳定的SSR引物,共检测到106个等位位点,每对引物等位位点数为2～13个,平均5.89个.SSR引物的PIC介于0.22～0.91之间,平均多态性信息0.498.聚类分析表明,品种间遗传相似系数(GS)变异范围为0.390～0.834,平均值为0.608,品种间遗传相似性变幅较大,表明这次小麦区试品种(系)间存在着不同程度的遗传多样性差异.根据品种间遗传相似系数聚类,66份材料被聚成五类.     

甘肃省主栽马铃薯品种的SSR遗传多样性分析

本研究利用SSR标记技术,对42份甘肃省主栽的马铃薯品种进行了遗传多样性分析。研究表明,从206对SSR引物中筛选出11对多态性高、谱带清晰的引物,共扩增出124个等位位点,其中112个为多态性位点,多态性比率为89.5%。每对SSR引物扩增的多态性位点数为4~16个,平均10.2个;经NTsys 2.10聚类分析,在遗传相似系数0.611 8处,所有参试材料分为4个类群,显示甘肃省主栽马铃薯品种之间的遗传相似性较高,遗传基础较狭窄。     

中国88个马铃薯审定品种SSR指纹图谱构建与遗传多样性分析

为对马铃薯品种鉴别、优良杂交组合选配提供分子水平上的依据,利用SSR标记构建了中国2000-2007年审定的88个马铃薯品种的指纹图谱并进行了遗传多样性分析。以138对SSR引物对16份遗传差异较大的马铃薯材料的基因组DNA进行了扩增,筛选出10对多态性高、谱带清晰的引物。利用10对SSR引物对全部供试材料进行扩增及电泳检测,共检测到135个等位位点,其中133个为多态性位点,多态性比率达98.52%。每对SSR引物扩增出的等位位点数7~22个,平均13.5个,多态性信息量变化范围为0.7604~0.9375,平均0.8501。通过对电泳检测结果的统计分析,利用S180、S25、S7、S151、S184及S192等6对引物构建了88份供试材料的SSR指纹图谱。聚类分析表明,在相似系数0.620处,所有供试材料被被聚为一类,在相似系数0.652处,81.8%的材料仍然聚在一起,从分子水平上表明供试材料遗传基础非常狭窄。聚类分析结果与供试材料系谱来源有较好一致性,同一栽培区域育成的品种在不同程度上聚在一类。     

SSR分子标记对24个春小麦育成品种的聚类分析

为了进一步了解新疆春小麦品种的遗传基础,给春小麦育种工作提供有益参考,利用SSR分子标记技术对24个新疆春小麦育成品种进行了遗传背景分析。结果表明：41对SSR引物共检测到432个等位位点,其中多态性位点占93.1%,引物多态性信息量（PIC）平均0.86;聚类分析在遗传距离0.8处,供试春小麦品种可分为4个大类,具有亲缘关系的品种并不一定能聚成一类,说明新疆春小麦育成品种间具有很丰富的遗传差异。     

黑龙江省粳稻种质资源遗传结构分析

选用分布于水稻12条染色体上多态性好的44对SSR引物,对黑龙江省近年主栽品种和其他省份粳稻及国外粳稻品种共96份材料进行遗传多样性和群体结构分析,旨在了解黑龙江省水稻品种遗传结构和亲缘关系。结果表明,44对SSR引物共检测到141个等位基因,每个位点1~5个,平均3.2个;遗传相似系数(GS)变化范围为0.46~0.97,平均0.77;试验中第1,2,4,6号染色体SSR位点多态性高,而第12条染色体SSR位点多态性低;利用SSR标记分析数据和STRUCTURE2.2软件分析,全部供试品种可划分为7个亚群,分别命名为POP1,POP2,POPS,POP4,POPS, POPE和POP7;STRUCTURE模型群体结构分析与Nei’s遗传距离构建邻位相连聚类图分析结果基本一致。     

32个甜菜品种指纹图谱构建与遗传多样性分析

为了对国外引进的甜菜品种进行鉴别以及分析不同甜菜品种之间的亲缘关系,利用SSR标记构建了32份引进甜菜品种的指纹图谱并进行了遗传多样性分析。从101对SSR引物中筛选出了21对谱带清晰、易于识别的引物,这21对引物共检测出127个等位位点,其中多态性位点为107个,多态性比率为83.6%,每对SSR引物扩增出的等位位点数为2~11个,平均每对引物扩增出6.1个基因型,扩增的条带大小在90~500 bp之间。利用3对引物SB04,S6和S7的引物组合构建的指纹图谱就能够区分32个品种。聚类分析结果表明,在遗传距离0.17处,所有的供试品种被分为3类,从分子水平上说明甜菜品种之间的遗传基础比较狭窄。聚类分析结果与甜菜品种的来源具有很好的一致性,基本上是同一公司或者同一国别的品种被聚在了一起。     

利用SSR荧光标记构建20个高粱品种指纹图谱

为建立高粱种子纯度及真实性鉴定技术体系,构建高粱栽培品种DNA指纹图谱数据库是必要的。利用SSR荧光标记技术筛选出36对SSR荧光标记引物,构建我国高粱杂种优势利用以来中晚熟区主推的20个品种的SSR指纹图谱。36对SSR引物共扩增出235个等位基因,平均每个等位基因检测到多态性位点7个,多态性位点变化范围为2~12个。20个高粱品种36个SSR位点的遗传多样性指数和多态性信息量的变化范围分别为0.3490~0.8813和0.3144~0.8696,平均值分别为0.6976和0.6571。从36对SSR引物中筛选到多态性丰富的2对引物作为高粱品种鉴定的特征引物,2对SSR特征引物组合可区分所有供试品种。20个高粱品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种特定的图谱,为品种鉴别提供依据。     

利用SSR标记分析山东省花生区试品种的遗传多样性特点

摘要:利用SSR标记对山东省花生区试品种进行遗传多样性分析,以参加国家北方区试的17份省外花生品种为对照。结果表明,10对SSR引物在45份花生品种共扩增出57条带,其中45条呈现多态,多态性比率为78.95%。引物的多态性信息含量（PIC）变幅为0.369～0.857,平均值为0.683。多样性指数比较表明,山东省的基因多样性指数H（0.2476）和Shannon指数I（0.3723）均低于河南省（0.2928、0.4241）和省外（0.2929,0.4268）。山东省内品种间的遗传相似系数介于0.440-1.000之间,平均为0.730,省外品种间的遗传相似系数变化范围为0.311-0.962,平均为0.638,显著性测验表明山东省区试品种内的相似性极显著高于省外品种内的相似性。聚类分析表明山东省花生区试品种遗传基础较近,绝大部分品种聚在第II类群;河南省和河北省的部分品种与其他品种亲缘关系较远。与省外区试品种相比,山东省花生区试品种遗传基础较近,应不断引入省外亲缘关系较远的品种以拓宽其遗传基础。     

基于SSR和InDel标记的海南荔枝种质资源遗传多样性分析

为了解232份主要来自海南的栽培荔枝、半野生荔枝和野生荔枝的遗传多样性及其演化地位,摸清荔枝品种中存在的同名异物和同物异名问题;本研究依据获得的荔枝EST序列和基因组序列开发了一批SSR和InDel标记,利用这些标记对232份荔枝种质资源进行了遗传多样性研究;取6个荔枝品种DNA为模板,筛选出18对SSR引物和12对InDel引物应用于遗传多样性研究,检测到基因位点141个,等位基因变异数范围为2~11个,平均4.70个,多态性位点为139个,多态性位点比率是98.58%。UPGMA聚类分析发现,232份荔枝种质资源的遗传相似系数是0.66~1.00;发现SSR引物的多态性大于InDel引物;在遗传相似系数为0.76处,供试材料分为15类,多数来自海南的荔枝资源能一起聚类,海南11份野生荔枝资源分别聚类在5个类群中,说明海南野生荔枝资源的遗传多样性较丰富。研究将为进一步开展荔枝遗传改良和育种提供依据。     

黄瓜种质资源遗传多样性的AFLP分析

对23份不同来源的黄瓜材料进行了AFLP分析。18对引物组合共扩增出543条谱带,其中,多态性带为106条,多态率为19.5%。UPGA分类结果将23份黄瓜材料划分为三大类群:第1类群为野生型黄瓜的聚类;第2类群为美国类型黄瓜、荷兰类型黄瓜以及具有荷兰血统的黄瓜的聚类;第3类群中包含所有中国类型黄瓜和2个前苏联类型黄瓜。遗传相似性分析和聚类结果表明:野生黄瓜和栽培黄瓜之间的亲缘关系较远,AFLP标记的分类结果与材料的主要性状特点基本一致。     

西洋梨二倍体及其人工诱导同源四倍体遗传差异的SSR分析

以西洋梨‘丰产’二倍体及其10个同源四倍体株系为材料,通过微卫星(SSR)分子标记技术对西洋梨二倍体与同源四倍体之间的遗传差异性进行了研究。应用10对SSR引物对11份材料进行扩增,共扩增出23条谱带,其中有8条呈多态性,多态性比例为34.78%;10对引物中有3对引物为多态性引物。聚类分析显示,不同同源四倍体株系与二倍体的遗传差异大小亦不同;在10个同源四倍体株系中有3个株系扩增的条带与二倍体完全相同,7个同源四倍体株系与二倍体相比产生了差异性条带。研究结果表明,西洋梨二倍体与其同源四倍体之间以及10个同源四倍体株系之间在DNA水平上表现出了一定的多态性。本研究能够为进一步进行西洋梨多倍体的育种实践提供理论指导。     

Identification of polymorphic DNA markers in cultivated peanut (Arachis hypogaea L.)

The detection of DNA polymorphism in cultivated peanut (Arachis hypogaea L.) is reported here for the first time. The DNA amplification fingerprinting (DAF) and amplified fragment length polymorphism (AFLP) approaches were tested for their potential to detect genetic variation in peanut. The AFLP approach was more efficient as 43% of the primer combinations detected polymorphic DNA markers in contrast to 3% with the DAF approach. However, the number of polymorphic bands identified using primers selected in both approaches was comparable. In the DAF study, when 559 primers of varying types were screened, 17 (mostly 10-mer types) detected polymorphism producing an average of 3.7 polymorphic bands per primer with a total of 63 polymorphic markers. In the AFLP study, when 64 primer combinations (three selective nucleotides) corresponding to restriction enzymes Eco RI and Mse I were screened, 28 detected polymorphism. On an average, 6.7% of bands obtained from these 28 primer pairs were polymorphic resulting in a total of 111 AFLP markers. Our results demonstrate that both AFLP and DAF approaches can be employed to generate DNA markers in peanut and thus have potential in the marker-assisted genetic improvement and germplasm evaluation of this economically important crop. This revised version was published online in July 2006 with corrections to the Cover Date.     

厚皮甜瓜品种组合SSR指纹图谱构建

采用SSR(Simple sequence repeat )标记技术对21份厚皮甜瓜品种(Cucumis melo ssp. melo) 组合进行分析,初步建立其DNA指纹图谱,为厚皮甜瓜品种DUS测试和品种鉴定奠定基础。从700对SSR引物中筛选23对多态引物组合,对所有供试材料进行分析,共检测出63条多态性条带,平均每个引物多态性条带为2.74条;多态信息含量（PIC）在0.52～0.69,平均0.61。应用其中6对引物组合（CMGAN12、MU7161、F22_85、F21_16、ECM79和MU5499）获得了每个品种组合的SSR特征带,可以将所有供试材料区分,初步建立21份厚皮甜瓜品种组合的SSR指纹图谱,为品种的真伪鉴定和知识产权保护提供有效的科学依据。     

7个柱花草品种的AFLP和SSR遗传多样性分析

旨在阐明不同柱花草品种的遗传差异。利用AFLP、SSR两种分子标记技术对7个柱花草品种进行遗传多样性分析。12对AFLP引物组合共扩出966个条带,其中多态性条带有850条,平均每对引物的多态性条带为70.8条,多态性比率为87.99%。10对SSR引物共扩出26个条带,其中多态性条带有23个,多态性比率为88.46%;10对引物的观察杂合度(Ho)的范围是0~0.7143,平均为0.1857,Shannon’s遗传多样性指数(I)平均值为0.6545,平均多态性含量(PIC)为0.727。根据非加权成对平均数法(UPGMA)进行聚类分析,获得品种聚类树形图,AFLP与SSR分析的聚类图相似性显著,7个品种明显分成两类。‘矮柱花草’与‘西卡柱花草’的遗传关系最为疏远,‘奥克雷柱花草’与‘爱德华柱花草’、‘格拉姆柱花草’与‘热研5号柱花草’关系最为密切。     

内蒙古胡麻地方品种资源遗传多样性分析

为了揭示内蒙古胡麻地方品种的遗传多样性和亲缘关系,采用SRAP分子标记对23份胡麻地方品种进行了遗传多样性分析。结果表明：胡麻25.0μL SRAP-PCR最佳反应体系为10μmol/L正反向引物0.3μL、2×Taq Master Mix 9.0μL、DNA模板量40ng;18对SRAP引物扩增得到219个条带,平均每对引物扩增的条带为12.17,多态性条带为136,多态性比率为62.10%,观测等位基因数为2.00,平均每个位点有效等位基因数1.59,多态性信息量（PIC）平均为0.61;有效等位基因数（N_e）、香农信息指数（I）和Nei’s遗传相似系数（H）分别为1.5630、0.6715和0.4738;在遗传相似系数0.55处供试胡麻分为两大类,在遗传相似系数0.38处,第一大类群分为3个亚群。结论认为,内蒙古胡麻地方品种的遗传多样性丰富,同一个地区培育的胡麻品种亲缘关系较近。     

中棉所48的SSR数字指纹图谱的构建

利用25对核心引物对中棉所48及其亲本进行多态性检测,共有16对引物在2个亲本间具有多态性,其中,有14对引物在两亲本间扩增出大小不同的带,且这些标记位点在F1中均表现为杂合带,为共显性标记;另外2个引物的F1带型与母本或父本一致,为显性标记。以这25对引物在不同材料间扩增得到的01(二进制)数据转换成十进制数据,构建了中棉所48的数字指纹图谱,为杂交种的真伪鉴定和纯度检测提供了方法。为了构建准确、稳定和实用的棉花DNA指纹图谱,指出了需要规范分子标记类型和数量,DNA、Taq酶等试剂数量和质量,统一PCR反应,电泳和染色条件,统一提供标准品种和标准DNA,标准化电泳条带的识别、数据处理方式和编码方式。     

中国白菜AFLP分子遗传图谱的构建

以白菜高抗TuMV白心株系91 112和高感TuMV桔红心株系T12 91为亲本建立的小孢子DH系作为图谱构建群体,以AFLP标记来构建白菜连锁图谱。通过对64对AFLP引物组合的筛选,利用20对引物得到了263个AFLP多态性位点。经Mapmaker/EXP3.0软件处理,构建了1张含255个标记位点,10个连锁群,覆盖长度为883.7cM的连锁图。255个AFLP位点中偏离孟德尔遗传的比率(P<0.05)为15 0%和27 5%(P<0.01)。