基于EST-SSR标记的龟峰山杜鹃花种质资源的遗传多样性研究（英文）

杜鹃是杜鹃花科(Ericaeae)杜鹃花属(Rhododendron)植物,具有较高的观赏价值和生态维持价值。该研究采用EST-SSR标记对湖北龟峰山32个天然杜鹃花样品进行遗传多样性分析,旨在为龟峰山杜鹃的育种研究及新品种选育提供理论基础。7对EST-SSR引物共扩增出31条多态性条带,平均每个位点的等位基因数为4.43个,平均观察杂合度Ho和期望杂合度He的值分别为0.679 58和0.723 14。该研究开发的EST-SSR标记不仅丰富了现有的SSR数据库,也为后续分子标记辅助育种、遗传多样性和遗传结构分析、亲缘关系分析奠定了基础。     

杨树Genomic-SSR与EST-SSR分子标记遗传差异性分析

利用16个杨树无性系对Genomic-SSR和EST-SSR两种SSR标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,Genomic-SSR平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-SSR平均检测到的等位基因数为2.8、Shannon指数为0.6985、观测杂合度为0.2330、期望杂合度为0.4684。聚类分析结果显示,EST-SSR相对Genomic-SSR能更精准地鉴别基因型。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面EST-SSR与Genomic-SSR均具有显著的遗传差异性。通过对两种分子标记遗传差异的比较分析,可为合理利用SSR标记进行物种遗传多样性等相关研究提供依据。     

龟峰山古杜鹃群落遗传多样性的ISSR研究

采用简单序列重复区间扩增多态性分子标记(Inter-simple sequence repeat,ISSR)技术,对龟峰山3个野生杜鹃(Rhododendron simsii Planch.)居群共23个种质材料进行了遗传多样性分析与评价。运用40条ISSR引物共筛选出7条扩增条带清晰、重复性好和多态性高的引物;筛选出来的7条ISSR引物共扩增出79条清晰的条带,其中多态性条带有74条,平均多态性位点比率为93.67%,等位基因数Na和有效等位基因数Ne分别为1.962 0和1.555 4,奈氏基因多样性指数h为0.330 8,香农氏信息指数I为0.499 0,表明龟峰山古杜鹃群落具有较高的遗传多样性,其中Rho-M和Rho-H两个居群之间的遗传距离小至0.069 8,亦即这两个居群之间的分化最小。试验从分子层面对古杜鹃的遗传多样性分析将对龟峰山古杜鹃种质资源的评价、保存以及杜鹃新品种的选育提供理论支撑。     

杜鹃花种质资源遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP分子标记分析了30个杜鹃花物种的遗传多样性。20对引物共检测到306个位点,平均每对引物扩增出15.3个位点,多态位点百分率为100%。物种水平的Nei’s基因多样性指数(H)为0.352,Shannon’s信息指数(I)为0.525,相似系数在0.543至0.761之间,表明参试的30份杜鹃花材料具有较高的遗传多样性。主坐标分析(PCA)结果和UPGMA法构建的系统树显示,30份杜鹃花材料可分为5类,其中云锦杜鹃和光枝杜鹃、井岗山杜鹃和皱叶杜鹃、迎红杜鹃和兴安杜鹃、露珠杜鹃和大果杜鹃分别聚为一组,结果与基于表型特征的分类基本一致,表明SRAP标记具有较准确的鉴别能力,是进行杜鹃花属植物遗传多样性分析的有效分子标记。     

两个罗氏沼虾种群的遗传多样性研究

为了解罗氏沼虾广东种群和广西种群的遗传多样性,指导罗氏沼虾的遗传育种工作,利用12个微卫星标记对罗氏沼虾广西和广东2个种群的遗传多样性进行了分析。结果表明,12个微卫星位点在2个罗氏沼虾种群中的扩增产物均具有多态性,共获得71个等位基因,每个位点平均等位基因数为5.92个。广西种群的平均有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、平均多态信息含量分别为3.9183、0.9505、0.7376、0.6558,广东种群的平均有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、平均多态信息含量分别为4.4374、0.9413、0.7609、0.6834,高于广西种群。结果表明,两个罗氏沼虾种群均具有较高的遗传多样性,具有较大的育种潜力。     

大别山特有种都支杜鹃的遗传多样性和遗传结构

利用24对EST-SSR引物对濒危物种都支杜鹃(Rhododendron shanni Fang)5个自然种群的158个个体进行基因组DNA扩增,并对其遗传多样性和遗传结构进行分析。结果表明：(1)都支杜鹃5个自然种群的期望杂合度、观测杂合度、平均等位基因数、近交系数的均值分别为0.712、0.665、7.602、-0.05;石壁沟(SBG)种群的遗传多样性最低,白马尖(BMJ)种群的遗传多样性最高,且5个天然种群的观测杂合度均大于期望杂合度。(2)5个天然种群间的遗传分化系数为0.041,基因流为6.400;Mantel检验结果显示种群间的遗传距离和地理距离不存在相关性(R²=0.157,P=0.666)。(3)UPGMA聚类分析、Structure聚类分析和主坐标分析(PCoA)均表明都支杜鹃的5个种群可以分为两个群系,即都支尖(DZJ)种群聚为一个群系,剩下的4个种群聚为另一个群系。(4)分子方差分析(AMOVA)表明两个群系之间的遗传差异不明显,且有92.97%的遗传变异存在于种群内。提示针对都支杜鹃的保护工作应以就地保护为主,都支尖(DZJ)种群应重点保...     

基于EST-SSR的广东与广西茶树资源遗传结构和遗传分化比较分析

 【目的】通过揭示茶树资源遗传多样性、遗传结构和遗传分化关系,为资源的有效保护和充分利用提供理论依据。【方法】利用109对核心EST-SSR标记对广东、广西的105份茶树核心资源进行遗传多样性和遗传分化比较分析;同时对广东和广西资源组群间、组群内白毛茶和茶种群间、种群内进行AMOVA分子方差分析,进一步剖析遗传结构,并绘制群体遗传结构图。【结果】109对核心EST-SSR标记共检测到435个等位基因,平均等位基因（NA）3.99个,平均有效等位基因（NE）为2.12,平均Nei's基因多样性（H）为0.59,平均观测杂合度（Ho）为0.32,平均期望杂合度（He）为0.46,平均多态性信息含量（PIC）为0.56。广东茶树资源遗传多样性的上述6个参数均小于广西茶树资源。广东白毛茶NA和H低于广东茶,NE、He、Ho和PIC与茶较为接近;广西白毛茶NA大于广西茶,但是NE、He和H低于茶。F-统计量分析表明白毛茶与茶种群内近交系数（Fis）、种群间近交系数（Fit）和种群遗传分化（Fst）都较低,基因流（Nm）都较高。广东白毛茶与广西白毛茶Fst为0.04,基因交流相对较低为6.26。AMOVA分析显示组群间遗传变异为3.09%,组群内种群间遗传变异为2.22%,种群内遗传变异为94.69%。群体遗传结构显示105份茶树资源可分为3个类群,类群Ⅰ由6份选育品种组成;类群Ⅱ由43份广东资源和16份广西资源组成;类群Ⅲ包括广西36份和广东4份资源。【结论】广东茶树资源遗传多样性程度低于广西。广东白毛茶遗传多样性比广东茶丰富,种群遗传分化低,存在较频繁的基因交流。广东白毛茶遗传多样性低于广西白毛茶,遗传分化相对较高,基因流较低。AMOVA分析显示遗传变异主要分布于广东、广西茶树资源群体内。     

广西来宾市五里塘普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)居群遗传多样性与核心种质研究

以位于北回归线穿越的广西中部西江流域的来宾市五里塘285份普通野生稻样本为材料,利用平均分布于水稻12条染色体上的24个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示：24对微卫星标记引物共检测到73个等位基因,平均每对引物得到3个,平均多态信息含量（PIC）为0．4177,平均遗传杂合度（H）为0．4245,说明这些普通野生稻材料中有丰富的遗传多样性。通过逐步聚类分析,从285份材料中选出30份作为核心种质,该核心种质包含了24个微卫星标记能够检测到的所有基因突变位点,基本上可以代表该居群的遗传多样性。研究结果对居群的种质评估、遗传多样性保护和资源利用提供了参考依据。鉴于广西来宾市五里塘普通野生稻遗传多样性较丰富,建议对该原生地的现有居群进行重点保护和利用。     

青鱼生长相关SNP标记在不同地理群体中的验证

单核苷酸多态性分子标记（single nucleotide polymorphism, SNP）是目前常用的分子标记辅助育种的工具之一。本研究在前期构建的青鱼（Mylopharyngodon piceus）高密度连锁图谱和QTL定位结果的基础上,利用体重QTL区间中的2个SNP标记在3个青鱼群体中进行验证,目的是为了检测通过QTL定位得到的SNP是否存在并能应用于其他地理群体,利用对分子标记的侧翼序列进行基因型组成分析、遗传多样性分析及中性检验等方法,对3个群体的2个SNP侧翼序列进行分析。遗传多样性结果显示,snp8107的扩展片段的单倍型多样性（Hd）在邗江群体、湘江群体和石首群体中分别为0.782、0.515和0.497;各位点的观测杂合度（H0）介于0.067～0.533间,平均为0.239;期望杂合度（He）介于0.127～0.506,平均为0.306;多态信息含量（PIC）介于0.117～0.374间,平均为0.246。中性检验显示3个群体在历史上可能发生过瓶颈效应导致稀有等位基因丢失的现象,结合遗传多样性结果推测,邗江群体在经历瓶颈效应后保留下来的稀有等位基因更多,最终得出结论邗江群体是适合进行遗传改良的最优群体。     

11个鸭种(群)遗传变异的微卫星标记分析

利用9个微卫星标记对高邮鸭、金定鸭、荆江麻鸭、山麻鸭、白羽番鸭、黑羽番鸭（纯黑）、黑羽番鸭（白头）、苏牧麻鸭、苏牧白羽鸭、苏牧黑鸭及龙白鸭11个鸭种（群）的平均基因杂合度、平均多态信息含量进行了分析。结果表明：11个鸭种（群）在9个微卫星座位上的基因频率存在一定差异．其平均基因杂合度为0．6599.平均多态信息含量为0．5966。其中．黑羽番鸭（白头）平均基因杂合度最高．为0．6948．遗传多样性最丰富;荆江麻鸭平均遗传杂合度最低,为0．5757。     

云锦杜鹃转录组分析

云锦杜鹃Rhododendron fortunei具有很高的园艺观赏价值。由于缺乏相关的遗传信息,云锦杜鹃的多样性、分子辅助育种等工作进展较为缓慢。通过高通量测序技术（Illumina）,对云锦杜鹃的转录组进行了测定和分析。通过测序拼接和去冗余共获得84 633条单基因簇（unigene）序列,平均长度为691.4 bp。通过与公共数据库比对成功注释到了35 526条单基因簇,其中与葡萄Vitis vinifera基因相似的序列最多。根据基因本体论数据库（GO）可将23 215个单基因簇归类于生物学过程、细胞组分及分子功能等三大类的55个功能组;真核直系同源基因数据库（KOG）将11 085条单基因簇分为26个功能分类,涉及一般功能预测的单基因簇最多,多达1 970条;以京都基因与基金组百科全书（KEGG）作为参考,依据代谢途径可将9 887个单基因簇定位到272个代谢通路。进一步分析基因注释结果,挖掘获得24个编码MADS-box基因的单基因簇分属于10个不同亚家族。此外,检测到了21 900个简单序列重复（SSR）位点,可用于SSR标记开发。     

应用简化基因组技术对富民枳遗传多样性检测

富民枳是云南特有的极小种群野生植物,野生资源仅剩15株。通过二代测序技术,对其进行简化基因组测序,开发一批特异性高的单核苷酸多态性标记,分析天然种群和回归种群的遗传多样性。经过遗传变异检测,共获得SNP位点491 189个,通过样品最低测序深度>2,样品缺失率<0.5、次要基因型频率(MAF)>0.05筛选以后,得到有效SNP位点41 077个。基于过滤后的SNP,运用生物信息学分析方法,对富民枳完成了群体的遗传多样性分析,研究分析了富民枳天然种群和回归种群的私人等位基因数目、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)、核苷酸多样性(π)和平均近交系数(FIS)5个遗传多样性参数。结果表明,富民枳现存植株的遗传多样性较高,具有很高的遗传资源保存价值,但是回归种群的Ho值、He值、π值分别为0.398 3、0.291和0.330 6,分别仅是天然种群遗传多样性的87%、78%和73%,并未达到90%以上遗传多样性的标准。     

不同海拔牛皮杜鹃种群遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD标记技术对采自老白山和长白山不同海拔的牛皮杜鹃进行遗传多样性分析。结果表明:产地不同(长白山和老白山)的牛皮杜鹃种群间的遗传多样性水平较高,遗传距离较大;而产地相同(长白山不同海拔)的牛皮杜鹃种群间遗传多样性水平较低,具有较小的遗传距离,即遗传背景相对相似;长白山不同海拔的4个牛皮杜鹃种群还可分为两类。     

中国柚类生态分布多样性研究

利用分子标记AFLP技术分析了我国柚类生态分布遗传多样性,根据我国自然形成的西南及长江流域、东南沿海、华南柚产区等3个分布带,其中种群内平均预期杂合度为0.210 4,种群间平均预期杂合度为0.006 8,群体内遗传分化程度Fst为0.031 1,即种群内的遗传多样性所占的比例为96.87%,种群间变异占总变异的3.13%,3个中心产区间基因流Nm为7.79。以西南及长江流域遗传多样性最高,其次为东南沿海,华南柚产区遗传多样性最小。按照内陆性与海洋性两大系统进行柚类遗传多样性分析,所有位点总的预期杂合度为0.224 7,其中种群内平均预期杂合度为0.219 1,种群间平均预期杂合度为0.005 7,群体内遗传分化程度Fst为0.025 1,即种群内的遗传多样性所占的比例为97.51%,种群间变异占总变异的2.5%,2个系统间基因流Nm为9.7。预期杂合度内陆性系统(0.229)高于海洋性系统(0.209)。     

贵州省东方蜜蜂微卫星DNA遗传分化与遗传多样性分析

利用31个微卫星位点对贵州全省的东方蜜蜂进行分析.结果表明:贵州省东方蜜蜂遗传分化系数(FST)为0~0.03,没有发现贵州省东方蜜蜂发生遗传分化.贵州省东方蜜蜂微卫星平均期望杂合度为0.434 5±0.055 0,平均观察杂合度为0.419 6±0.011 4,平均等位基因数为5.56±4.34,平均有效等位基因数为2.693 0±2.113 5,平均香农指数为0.873 5±0.797 1.贵州省东方蜜蜂微卫星遗传多样性高于全国东方蜜蜂的平均水平.本文研究结果对了解我国东方蜜蜂遗传结构、遗传分化和遗传多样性水平具有重要的价值,对指导贵州省东方蜜蜂遗传资源保护与利用提供理论依据.     

比利时杜鹃栽培品种(系)的ISSR分析

采用ISSR标记对11个比利时杜鹃(Rhododendron hybridum)栽培品种(系)的遗传多样性进行研究.采用13条引物共获得多态性位点106个.POP-GENE 32软件分析结果表明,11个品种(系)的有效等位基因数为1.5564个,Nei's基因多样性指数为0.3207,Shannon多样性指数为0.47...     

凡纳滨对虾三个亲本及其子代群体的SSR分析

利用微卫星标记技术,采用8对微卫星引物对凡纳滨对虾3个亲本群体（OIQ、SISQ、Kona Bay Q）及其子一代（OIZ、SISZ、Kona Bay Z）共计120个个体进行遗传分析。结果表明,8对微卫星引物在6个群体中共检测到28个等位基因,每个位点的等位基因数为2～6个,平均等位基因数为3.5;各位点的期望杂合度均比观测杂合度高;多态信息含量（PIC）值为0.4794～0.7699,说明这8个位点在凡纳滨对虾中具有较高的信息含量。在亲本和子代群体遗传结构分析中,子代的有效等位基因数、杂合度和多态信息含量等指标均略低于亲本群体,但子代的遗传多样性并未受到太大影响,仍保持较好的遗传力。     

西洋杜鹃SRAP体系优化及遗传多样性分析

以西洋杜鹃Rhododendron hybridum功能叶片为试验材料,采用改良的十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法提取西洋杜鹃基因组DNA,并且运用L16（4^4）正交试验设计,在4个水平上对影响西洋杜鹃相关序列扩增多态性（SRAP）反应的锾离子（Mg^2＋）浓度、Taq酶用量、三磷酸碱基脱氧核苷酸（dNTPs）浓度、引物浓度等4个因素进行了优化,确立了一套适用于西洋杜鹃的稳定可靠、重复性强的SRAP-PCR反应体系。实验发现,其最佳反应体系（20．0μL）为：Mgn浓度1．750mmol·L^-1,dNTPs浓度0．175mmol．L^-1,砌酶1．500×16．67nkat,引物0．200μmol·L^-1。利用该优化体系对24个西洋杜鹃花品种进行遗传多样性分析。从88对SRAP引物中筛选出10对扩增清晰且多态性高的引物,共扩增出217条带,其中多态性条带212条,多态性比率达97.35％。24个杜鹃品种的遗传相似系数变化范围为0．591～0．708,算术平均数的非加权配对算术平均法（UPGMA）聚类分析结果显示：在相似系数为0．590处将24个供试品种分为2个类群,在相似系数为0．623处又可分为2个亚群,说明该优化体系可应用于西洋杜鹃花品种鉴定及遗传多样性的研究。     

利用多重荧光PCR分析秦川牛遗传多样性

[目的]分析秦川牛的遗传多样性,加强对该品种资源的保护。[方法]利用15个微卫星座位,运用多重荧光PCR技术对59头秦川牛个体的基因组DNA进行扩增,通过等位基因频率、多态信息含量、基因杂合度和有效等位基因数分析秦川牛品种的遗传多样性。[结果]结果表明:在15个座位的等位基因数为5～18个,平均等位基因数为10.3个;各座位上的杂合度都较高,平均杂合度为0.7959;平均有效等位基因数为5.3066;15个座位中多态信息含量为0.6441～0.8649,均为高度多态。[结论]通过荧光标记可用于牛品种遗传多样性的分析,并可为进一步QTL定位和标记辅助选择研究提供参考。     

Genetic diversity and population structure of Commelina communis in China based on simple sequence repeat markers

Commelina communis (Asiatic dayflower) is a troublesome weed in China. Genetic variation of 46 C. communis populations from different collection sites in our country was investigated using 12 simple sequence repeat (SSR) primer pairs. Polymorphism analysis results showed high level of genetic diversity among these populations. The alleles (bands) were amplified by these primer pairs. The polymorphic proportion was 18.25%, and the average polymorphism information content was 0.1330. The highest effective number of alleles was 1.9915 at locus YP33, and the lowest value was 1.0000 at both loci YP25 and YP31. C. communis showed major average observed heterozygosity value (0.8655) than that of average expected heterozygosity (0.1330). C. communis populations were divided into three groups on the basis of unweighted pair-group method with arithmetic mean cluster analysis (Dice genetic similarity coefficient=0.772) and genetic structure analysis (K=3), and a principal coordinate analysis. The results of this study further illustrated that C. communis populations contained abundant genetic information, and the 12 SSR markers could detect the microsatellite loci of C. communis genomic DNA. These results might indicate that C. communis maintains high genetic diversity among different populations.