RT-PCR检测番茄不孕病毒

根据番茄不孕病毒 (TAV)RNA3上外壳蛋白基因序列设计、合成引物 ,以感病组织和健康组织总RNA为模板 ,进行cDNA合成和PCR扩增 ,结果从感病组织中扩增出与预期的6 42bp大小一致的目标片段 ,而健康组织无此扩增产物 ;将PCR产物插入 pGEM T载体克隆并测序 ,序列分析表明与TAV不同株系的序列同源性达到 96 2 %以上 ;将感病组织总RNA以 1 0倍梯度稀释成不同浓度 ,测出RT PCR检测TAV的灵敏度为 1 0 -5 ;PCR产物克隆作为RT -PCR反应的阳性对照 ,解决了毒源保存和传播的问题 ,从而建立了TAV快速、灵敏、准确的RT -PCR鉴定和检测技术     

两重RT-PCR同步检测菊花B病毒和番茄不孕病毒

根据已报道的菊花B病毒（CVB）和番茄不孕病毒（TAV）外壳蛋白基因序列合成两条寡核苷酸引物,用RT-PCR的方法对这两种病毒的外壳蛋白基因进行了扩增,得到与预期大小相符的特异扩增条带。将其克隆到pGEM T中,经序列分析表明所克隆的是CVB和TAV的CP基因,与已知的序列相比,CVB的同源性分别为82%、85％,而TAV的同源性为98%。利用两重RT-PCR成功同步检测这两种病毒,从而建立了一种能同时检测两种病毒的快速、简便、灵敏的分子检测方法。     

地被菊品种对镰孢菌侵染的响应差异及抗性综合评定

地被菊枯萎病由镰孢菌引起,是一种土传性病害,严重威胁地被菊生产.本试验用2个强致病力镰孢菌菌株,即尖孢镰孢菌(Fusarium oxysporum)、茄镰孢菌(F.solani)接种5个地被菊品种的幼苗,测定了病菌侵染下不同品种的形态、生理和生化响应的差异,以建立抗病品种筛选的生理和生化指标.地被菊品种间抗性水平可根据...     

应用常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测柑桔衰退病毒

 根据柑桔衰退病毒(CTV)P20基因序列设计cquctv9/cquctv10特异引物对,以柑桔RNApolymeraseⅡ基因作为内参照,建立了柑桔衰退病的常规RT-PCR快速检测体系;依据柑桔衰退病毒P20基因序列设计cquctv1/cquctv2特异引物对和TaqMan探针cquctvp1,建立了柑桔衰退病荧光定量RT-PCR快速检测体系。常规RT-PCR检测下限是含有CTV的50pg总RNA,荧光定量RT-PCR法的检测下限是2fg纯CTV片段。荧光定量RT-PCR的灵敏度相对比常规RT-PCR高100倍。利用常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR体系对从2005年3月到2006年7月采自田间的样品进行检测,结果表明,2种检测体系都有很好的特异性和准确性;对183个田间柑桔苗木样品带毒率检测结果表明,荧光定量RT-PCR检出率为(82.5%),比常规RT-PCR检出率(73.2%)高。     

RT-PCR和实时荧光RT-PCR一步法检测大豆中菜豆荚斑驳病毒

针对进口大豆的菜豆荚斑驳病毒(Bean pod mottle virus,BPMV)检测,建立了一步法RT-PCR和一步法实时荧光RT-PCR检测方法.依据BPMV的外壳蛋白编码基因设计了特异引物和特异Taqman探针,特异引物的扩增片段约为500bp,阳性质粒的实时荧光PCR方法的检测下限为20fg/μL,是一步法RT-PCR方法的100倍,检测时间由约8 h缩短至4 h.种脐灰色斑驳的大豆种子BPMV检测呈阳性,种脐黑色斑驳的大豆种子BPMV检测呈阴性.     

库尔勒香梨主要病毒多重RT-PCR检测技术研究

 利用nad5基因作为内标系统,研究建立了库尔勒香梨上苹果茎痘病毒(ASPV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)和苹果茎沟病毒(ASGV)等的RT-PCR检测技术,在此基础上研究建立了库尔勒香梨多重RT-PCR内标检测系统。并对回收的特异片段进行了克隆、鉴定和测序。测序结果表明:库尔勒香梨上的ACLSV与GenBank中D14996序列(日本苹果上的ACLSV分离物)中的6860~7536bp片段有116个碱基的差异,序列相似性为83.75%;库尔勒香梨上的ASPV与GenBank中D21828序列(德国梨脉黄病毒相关分离物)中的8869~9238bp片段有72个碱基的差异,序列相似性为79.5%;库尔勒香梨上的ASGV与GenBank中AB004063序列(日本ASGV分离物)中的6039~6311bp片段有21个碱基的差异,序列相似性为92.3%。     

新疆三种葡萄病毒RT-PCR检测及序列分析

为研究新疆葡萄中沙地葡萄茎痘伴随病毒(Grapevine rupestris stem pitting associated virus,GRSPa V)、葡萄斑点病毒(Grapevine fleck virus,GFk V)及葡萄病毒A(Grapevine virus A,GVA)的发生情况和新疆分离株系统进化关系,分别克隆3种病毒新疆分离株部分基因区域,应用RT-PCR对新疆64份葡萄样品中上述3种病毒进行检测,并进行系统进化分析。结果显示,GRSPa V、GFk V和GVA的检出率分别为31.3%、62.5%和25.0%。新疆GRSPa V分离株(KJ801847)与美国GRSPa V分离株(AY368590)同源性达96.59%;新疆GFk V分离株(KJ801846)与日本GFk V分离株(AB222861)及中国辽宁GFk V分离株(JF927942)的同源性分别为91.70%和91.03%;新疆GVA分离株(KJ801845)与波兰GVA分离株(JN860997)同源性为93.88%,与中国四川GVA分离株(HQ671655)及辽宁GVA分离株(FJ445220)的同源性分别为92.92%和89.53%。表明3种葡萄病毒在新疆发生比较普遍,且新疆分离株与国内其它地方的分离株存在较大差异。     

葡萄卷叶病毒RT-PCR检测技术

为调查葡萄植株携带葡萄卷叶病毒(GLRaV)的情况，以带毒和非带毒指示植物“品丽珠”为试验材料提取总RNA，并以此总RNA为模板进行RT—PCR扩增，建立了GLRaV的RT—PCR检测体系，并对GLRaV cDNA序列进行测定，结果成功地检测到了GLRaV。经多次试验证明，该检测结果准确可靠，可以用于GLRaV的检测。     

利用内标为基础的RT-PCR技术检测草莓斑驳病毒

 利用改进的CTAB法提取出优质的草莓总RNA,可以稳定地进行RT PCR。针对草莓斑驳病毒(SMoV)基因组序列设计筛选引物,对病毒基因组的不同区域进行扩增,扩增产物经克隆、测序证明为SMoV的特异片段,与国外序列的同源性为91%~97%。为了监测RNA的质量和RT PCR反应的正常进行,在检测体系中引入线粒体NADH脱氢酶基因ND2亚基作为内标,内标引物跨越内含子区域,只对剪接后的mRNA进行特异扩增,可以较好地监测整个检测过程。在国内首次建立了SMoV的RT PCR检测体系,以优质的草莓总RNA为模板,结合扩增内标的检测体系,对草莓病毒指示植物和草莓栽培品种都可以进行快速稳定的检测。     

梨褪绿叶斑伴随病毒的RT-PCR和巢式RT-PCR检测技术建立

 梨褪绿叶斑伴随病毒(Pear chlorotic leaf spot-associated virus,PCLSaV)是新近发现的为害梨树的欧洲花楸环斑病毒属(Emaravirus)病毒,该病毒基因组由5条负义单链RNA组成。本研究比较分析了反转录引物pd(N)6、3C和5H及基于该病毒基因组RNA3和RNA5链序列设计的4对引物用于RT-PCR检测梨样品中PCLSaV的效果,结果显示,采用与该病毒基因组RNA链3′末端互补的引物3C用于cDNA合成及基于该病毒RNA5链序列的引物5-F/R用于PCR扩增时,检测PCLSaV的灵敏度相较采用引物pd(N)6和5H合成cDNA为模板时高10~100倍;不同部位和不同发病状况的梨树组织中PCLSaV检测结果差异明显。进一步建立了具有高灵敏度的巢式RT-PCR技术,采用外侧引物5-F/R和内巢引物5-IF/IR结合可用于梨不同组织样品中PCLSaV的检测。本研究为系统分析PCLSaV在我国栽培梨树上的危害状况及无病毒梨种质培育奠定了技术基础。     

酵母pac1基因介导对葡萄B病毒的抗性

为明确广谱性抗病毒基因—酵母pac1基因对葡萄B病毒(Grapevine virus B,GVB)的抗性效果,通过农杆菌介导的遗传转化,将pac1基因导入西方烟37B,对转基因植株进行PCR鉴定及Southern blot分析,通过病毒摩擦接种观察症状以及实时荧光定量RT-PCR检测植株体内病毒含量,并对转基因植株抗病性进行初步鉴定。结果表明,目的基因pac1成功导入并整合至西方烟37B基因组,共获得10个转基因株系。不同株系的T1代烟草中阳性植株比例为16.7%~72.7%,表明目的基因可成功遗传到子代。接种病毒后转基因植株普遍延迟发病,但后期症状与非转基因对照相似,其中仅1个转基因株系B6具有不表现典型症状等抗性反应。接种植株病毒含量检测中,所有转基因植株均检测到病毒存在,但表现为抗病的B6株系中病毒含量显著低于非转基因对照,表明该转基因植株虽不能完全抵抗GVB侵染,但对GVB具有耐病性。     

应用实时荧光定量RT-PCR高效检测葡萄病毒B

 本研究建立了葡萄病毒B的 SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测技术。该技术标准曲线扩增效率102.4%,相关系数0.999,最低检测限达10^-4倍稀释cDNA,灵敏度为常规RT-PCR的100倍。重复性试验组内和组间变异系数分别为0.00%~0.65%和0.02%~2.00%,表明检测稳定性好。该技术对田间葡萄样品检测适用范围广,对枝条和老叶柄检测效果最好,冬季枝条和春夏秋季所有老叶柄样品检出率均为100%,与常规RT-PCR检测结果一致。对于其他季节或部位样品,RT-qPCR检出率(43% ~74%)则普遍高于常规RT-PCR(5% ~71%),特别是春季样品和春夏秋季所有嫩叶样品,检出率比常规RT-PCR分别高31% 和38%。对来自我国13个省21个品种的52份田间葡萄样品检测结果表明, RT-qPCR共检测到6个样品为阳性,检出率11.5%,为常规RT-PCR(检出率5.8%)的2倍。     

应用实时荧光定量RT-PCR高效检测葡萄病毒B

 本研究建立了葡萄病毒B的 SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测技术。该技术标准曲线扩增效率102.4%,相关系数0.999,最低检测限达10^-4倍稀释cDNA,灵敏度为常规RT-PCR的100倍。重复性试验组内和组间变异系数分别为0.00%~0.65%和0.02%~2.00%,表明检测稳定性好。该技术对田间葡萄样品检测适用范围广,对枝条和老叶柄检测效果最好,冬季枝条和春夏秋季所有老叶柄样品检出率均为100%,与常规RT-PCR检测结果一致。对于其他季节或部位样品,RT-qPCR检出率(43% ~74%)则普遍高于常规RT-PCR(5% ~71%),特别是春季样品和春夏秋季所有嫩叶样品,检出率比常规RT-PCR分别高31% 和38%。对来自我国13个省21个品种的52份田间葡萄样品检测结果表明, RT-qPCR共检测到6个样品为阳性,检出率11.5%,为常规RT-PCR(检出率5.8%)的2倍。     

柑橘黄化脉明病毒巢式RT-PCR检测方法的建立及应用

为探索柑橘黄化脉明病毒(Citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)引起的柑橘新病害—柑橘黄脉病的早期快速检测技术,针对CYVCV核酸结合蛋白基因的保守序列设计2对特异性引物,通过优化退火温度,建立了CYVCV巢式RT-PCR检测方法,并对采自不同柑橘品种的54个CYVCV疑似样品进行了检测。结果表明,CYVCV巢式RT-PCR检测中,以55℃和60℃分别作为第1轮和第2轮扩增的退火温度时检测效果最佳;该方法检测样品中病毒总核酸的最低浓度为2.40μg/L,灵敏度较RT-PCR提高100倍。在CYVCV疑似样品检测中,巢式RT-PCR和RT-PCR的阳性检出率分别为59.26%和57.41%,前者更适用于检测不同来源的CYVCV。当尤力克柠檬、锦橙北碚-447、天草和台湾椪柑嫁接接种CYVCV后,巢式RT-PCR比RT-PCR提前10~30 d检测出病毒。表明所建立的CYVCV巢式RT-PCR检测方法适用于田间病树的早期诊断。     

Verbena as a trap crop to suppress thrips-transmitted Tomato spotted wilt virus in chrysanthemums

The effect of verbena as a trap crop on the occurrence of western flower thrips, Frankliniella occidentalis, and the incidence of Tomato spotted wilt virus (TSWV) in chrysanthemums were investigated. Verbena cvs. Pink Parfait and/or Fancy Parfait were cultivated alongside chrysanthemum cv. Jimba in a greenhouse in the proportion of 17%–25% of the chrysanthemum plants. Verbena plants attracted vector thrips, reducing western flower thrips colonization of chrysanthemum until flower bud initiation, and markedly suppressing TSWV incidence on chrysanthemums until flowering. Significant quantities of linalool oxide pyran were produced by the flower of cv. Fancy Parfait; and the ratio of cis-linalool oxide pyran, an attractant for vector thrips, to the trans-type was approximately 1 : 5. Our results suggest that cultivation of verbena as a trap crop may be useful in integrated pest management programs as a control for thrips-transmitted TSWV in chrysanthemums.     

一种高效的苹果褪绿叶斑病毒TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法

为建立一种检测苹果褪绿叶斑病毒(Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV)的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法,根据ACLSV外壳蛋白基因(coat protein,cp)保守序列设计了特异性引物和Taq Man探针,以构建的ACLSV-cp重组质粒为阳性标准品绘制标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏性、重复性进行检验。结果显示,以ACLSV-cp重组质粒为标准品建立的标准曲线相关系数达0.999,扩增效率为103.7%;建立的Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法特异性好,与苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)、苹果茎痘病毒(Apple stem pitting virus,ASPV)、苹果锈果类病毒(Apple scar skin viroid,ASSVd)均无交叉反应;灵敏度为100拷贝/μL,比常规RT-PCR高100倍;批内和批间变异系数均小于0.84%。表明Taq Man探针实时荧光定量RT-PCR方法具有特异性强、灵敏性高、重复性好的优点,适用于实际样品中ACLSV的快速准确检测。     

Construction of an infectious full-length cDNA clone of Chrysanthemum virus B

An infectious full-length cDNA clone of Chrysanthemum virus B (CVB, genus Carlavirus), was constructed. Four cDNA fragments covering the whole genome of CVB-S were cloned between the Cauliflower mosaic virus 35S promoter and the nopaline synthase (NOS) terminator. Chrysanthemum and garland chrysanthemum were inoculated with the constructed plasmid, named pCVB, using a gene gun system. As is the case in wild-type, CVB-infected plants, no visible symptoms were observed on plants inoculated with pCVB; however, western blotting and electron microscopy indicated the presence of the progeny virus of pCVB. pCVB could be a useful tool for analyzing the functions of carlaviral proteins.     

微滴数字RT-PCR检测南芥菜花叶病毒

为建立一种快速、灵敏、特异的定量检测南芥菜花叶病毒(arabis mosaic virus,ARMY)的微滴数字RT-PCR方法,根据ArMV外壳蛋白基因保守序列设计了特异性引物和探针,并对该方法的特异性、灵敏度和重复性进行评估.结果 表明,该数字RT-PCR检测方法的特异性好,与其他对照病毒均无交叉反应;检测灵敏度可...     

向日葵黄萎病病原菌轮枝菌的多重DPO-PCR检测方法

为建立可同时快速检测引起向日葵黄萎病害的2种检疫性病原菌大丽轮枝菌Verticillium dahliae Kleb.和黑白轮枝菌V.albo-atrum Reinke et Berthold的方法,根据2种病原菌的β-tubulin基因分别设计特异性DPO引物,建立多重DPO-PCR检测方法,并对其特异性和灵敏度进行评价。结果表明,所设计的DPO引物特异性强,仅大丽轮枝菌和黑白轮枝菌可分别扩增出225 bp与151 bp的特异性条带,其它向日葵病害的7种病原菌及阴性对照均无目的条带;反应体系中引物终浓度为0.2μmol/L、退火温度为60℃时,30个扩增循环的检测灵敏度均可达0.05 ng菌丝DNA量;在45~65℃退火温度范围内均可高效扩增靶基因片段,表明该方法退火温度范围宽。所建立的检测方法能够准确、高效地检测引起向日葵黄萎病的大丽轮枝菌和黑白轮枝菌,可用于向日葵种子带菌筛查及田间病害诊断检测。     

Molecular characterization and in planta detection of Fusarium moniliforme endopolygalacturonase isoforms

The activation of Fusarium moniliforme endopolygalacturonase (endoPG) was studied during infection of maize plants. EndoPG is a plant cell wall degrading enzyme that cleaves the pectin component causing cell death. The authors generated several hybridoma cell lines producing endoPG specific monoclonal antibodies. One monoclonal antibody was selected and successfully used in Western blotting analysis to detect F. moniliforme endoPG secretion in vitro and in planta. Two F. moniliforme strains (FC-l0 and 62264) were used for the studies. Both strains revealed the expression of a single endoPG in vitro as in planta. EndoPG from strain FC-10 presented four isoforms whereas only two isoforms were revealed in the endoPG from strain 62264. Differences were also found in the sequences of the two endoPG genes indicating the presence of endoPG variability among F. moniliforme strains.