猪ATIC基因SNPs位点分析和表达规律的研究

为了进一步探索氨基咪唑氨甲酰核苷酸转甲酰基酶/次黄嘌呤核苷酸环水解酶ATIC基因与肉质风味性状的关系,寻找猪肉质风味性状相关分子标记,研究采用PCR-SSCP的方法对ATIC基因进行序列扫描,寻找SNP位点并分析不同等位基因在不同品种猪间的分布规律,同时采用荧光定量PCR的方法对ATIC基因在猪子宫、背肌、肠、肺、脾脏...     

圩猪OB基因SNPs检测及其与产仔性能的关系

为探讨圩猪OB基因的单链核苷酸多态性及其与产仔性状之间的关系,本试验采用PCR-SSCP方法检测了70头圩猪OB基因第2、3外显子的遗传多态性.结果表明:1)圩猪群体OB基因外显子2上没有检测到突变,而外显子3所扩增的片段中存在3个突变位点(C3619G、G3620C和G3714T);2)在G3714T突变位点上检测出AA、AB和BB 3种基因型,其频率分别为0.7000、0.2286和0.0714;群体中A的基因频率为0.8143,B的基因频率为0.1857;3)x2检验表明,本研究群体OB基因外显子3的多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态;4)最小二乘分析表明,G3714T位点3种基因型在初产总产仔数、初产产活仔数及经产总产仔数、经产产活仔数性状上差异不显著(P>0.05),但呈现出BB>AB>AA的趋势.     

柑橘类植物GPAT基因片段克隆和SNP分析

甘油-3-磷酸酰基转移酶基因是与植物抗冷性强弱密切相关的基因。根据已报道的各种植物GPAT基因的氨基酸序列上前后两个保守区设计1对简并引物,采用RT-PCR技术,分别从琯溪蜜柚、马家柚、莽山野橘等8种柑橘类植物中克隆得到315bp的GPAT基因片段。使用DNA Star5.0软件对8个片段序列进行同源性比较,8个片段的核苷酸同源性高达97.8%,与其它植物GPAT基因核苷酸序列的同源性都在72.5%以上;经过氨基酸序列推导,每个GPAT基因片段分别编码105个氨基酸,8个片段的氨基酸同源性为95.2%,与其它植物GPAT基因的氨基酸序列同源性在68.9%以上。试验克隆所得8种柑橘类植物GPAT基因片段序列存在明显的单核苷酸变异,在14个核苷酸位点存在SNPs(single nucleotide polymorphisms),导致6个氨基酸位点发生变异,多态性频率为1SNP/22.5bp,核苷酸变异度为4.45%,氨基酸变异度为5.71%。采用NJ聚类法对克隆片段的核苷酸序列进行了遗传多样性分析。     

柑橘类植物和其它植物的GPAT和SOD基因分子进化分析

甘油-3-磷酸酰基转移酶(GPAT)基因和超氧化物歧化酶(SOD)基因是与植物抗寒和抗逆密切相关的2个基因.为了研究柑橘类植物之间以及和其它植物之间上述两基因的分子进化的异同,已经获得的数种柑橘类植物的GPAT基因、SOD基因氨基酸序列和通过检索GenBank数据库获得的相关序列为试验数据,使用PAUP4.0软件,通过...     

民猪PGD和LDHA基因的表达与冷诱导研究

葡萄糖-6-磷酸脱氢酶基因(6-phosphogluconate dehydrogenase,PGD)是戊糖代谢途径中的一个关键酶,乳酸脱氢酶A (Lactate dehydrogenase A,LDHA)是动物体内参与糖酵解的重要酶类之一.为了探讨PGD和LDHA基因在民猪抵御寒冷气候的过程中是否起着一定的生物学作用...     

猪MB基因外显子3的多态性分析

以MB基因作为影响猪肉肉色的候选基因,利用PCRS-SSCP技术,以野猪、野家杂种猪、民猪、大白猪、长白猪5个猪种为研究对象.根据GenBank上猪的MB序列设计了3对引物,对此基因的3个外显子进行SNPs检测.基因型检测结果表明:MB基因在第1、第2外显子上没有发现多态,在第3外显子上检测到了多态.在第3外显子上的第437 bp处存在一个T→C的碱基突变,该突变未导致氨基酸的改变,属沉默突变.经计算各基因型频率、基因频率和试验统计表明:随野猪、野家杂种猪、民猪、长白猪、大白猪肉色的变浅,等位基因N的基因频率也呈下降趋势.     

猪GHR基因两个SNPs位点多态性与生长性状的关联分析

[目的]探讨猪GHR基因两个SNPs位点多态性与其生长性状的相关性,为保护广西巴马小型猪的遗传资源及推进猪分子标记辅助育种技术的发展奠定基础.[方法]采用PCR-RFLP和错配PCR-RFLP(CRS-PCR-RFLP)检测巴马小型猪×长白猪杂交F2代(简称巴×长F2代)资源家系中猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点的多态性,并对其相关生长性状进行关联分析.[结果]猪GHR基因G1248A和A1801G两个SNPs位点在巴×长F2代资源家系中均表现出AA、AG和GG 3种基因型.G1248A位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除2月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体(P<0.05,下同),4月龄GG基因型个体的体重显著高于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异均不显著(P>0.05,下同).A1801G位点对巴×长F2代生长性状的影响表现为:除1和6月龄GG基因型个体的体高显著低于AA、AG基因型个体,3和6月龄GG基因型个体的胸围尺寸显著大于AA、AG基因型个体外,其他月龄的相关生长性状在不同基因型个体间差异也不显著.[结论]猪GHR基因G1248A位点的G等位基因对个体体重、胸围有正选择作用,而A1801G位点的G等位基因对个体体高有负选择作用,对个体胸围有正选择作用,均可作为猪分子标记辅助育种的遗传选择标记.     

猪H-FABP基因内含子3多态片段的序列分析

[目的]为确定影响肌内脂肪（IMF）沉积的主效基因奠定理论基础。[方法]以马身猪、大白猪、长白猪、杜洛克猪和山西白猪5个品种共383头猪为试验动物,应用PCR-SSCP方法分析猪H-FABP基因内含子3部分片段的多态性,并对每个多态片段进行测序分析。[结果]在猪H-FABP基因内含子3的346位上具有2个等位基因A和B,该位点的变异由碱基A→G的替换造成。[结论]在猪H-FABP基因内含子3发现1个多态位点,为进一步研究H-FABP基因与IMF含量的关系奠定了基础。     

猪TGF-β1基因多态性及组织表达谱分析

转化生长因子β1(transforming growth factor-β1,TGF-β1)是TGF-β超家族的重要成员,是一类多功能的细胞因子,在细胞生长、分化、迁移、免疫调节和细胞外间质(ECM)形成等过程中具有重要作用。因此,本研究通过采用PCR-SSCP方法,对猪TGF-β1基因内含子6的单核苷酸多态性进行检测和分析。结果表明:在晋汾白猪中检测到两种基因型(AA、AB),而在新山西黑猪中检测到三种基因型(AA、AB、BB),晋汾白猪和新山西黑猪在TGF-β1基因的多态位点的基因型分布差异极显著(P0.01)。研究成功建立了TGF-β1基因变异信息及其组织表达情况,将为进一步分析猪TGF-β1基因变异与猪繁殖性能的相关分析提供基础资料。     

猪LXRα基因多态性及其与生长性状的相关性分析

肝X受体α(LXRα)是-类与脂类代谢有关的核受体,是重要的脂质传感器,LXRα基因参与调节生命代谢活动的诸多方面并且对动物生长发育过程起着重要作用.本研究采用PCR-SSCP的方法分析LXRα基因单核苷酸多态性与生长性状的相关性.结果发现TB3多态位点的BB基因型对法系长白猪个体的出生胸围的效应值最大.TB4多态位点...     

民猪NUMB基因克隆与组织表达分析

研究采用RT-PCR技术结合克隆测序方法,克隆出全长2 004 bp NUMB基因序列,其中包括1 782 bp开放读码框,该基因编码592个氨基酸。利用生物信息学分析软件对该基因氨基酸序列预测与分析发现:NUMB蛋白二级结构中,转角占很大比例,且蛋白亲水性较强,结构功能域分析发现该蛋白多肽链存在一个N端磷酸酪氨酸结构域(PTB),位于第37~162氨基酸之间。基于不同物种NUMB蛋白序列所构建分子进化树表明,猪与牛、骆驼亲缘关系最近,而与斑马鱼最远。在m RNA水平上,NUMB基因肺中表达量最高,大肠中表达量最低。     

猪CACNA1S基因内含子37的克隆及多态性研究

根据不同物种间保守性及相似性的特点,跨内含子设计引物,利用聚合酶链式反应(PCR)技术对猪CAC-NA1S内含子37进行克隆;采用PCR-SSCP技术,检测金华与皮特兰杂交F_2代猪(JP F_2)和苏钟猪CALCN1S基因内含子37的单核苷酸突变点(SNP),并结合JP F_2猪生产性状进行相关分析.结果表明:(1)克隆得到猪CACNA1S基因内含子37完整DNA序列(235 bp);(2)在猪CACNA1S基因内含子37中检测到6个SNP;(3)相关分析显示,位点1S-76对体长存在显著性影响(0.01相似文献   

猪印记基因MKRN3的SNPs筛选及胴体性状关联分析

以梅山猪、大白猪和长白猪为研究对象,筛选出MRKN3基因的单核苷酸多态位点(SNPs)并进行PCR-RFLP验证,利用PCR-Bst UI-RFLP对大白×梅山F2代资源家系(285头)DNA样品酶切分型,将分型结果与猪胴体性状进行关联分析。结果表明:猪MRKN3基因编码区有7个SNPs,分别为293CG、361GA、497GA、630GA、678TC、1376CT、和1407TA;其中678TC位点等位基因频率在中外不同猪种中存在差异;猪MRKN3基因678TC位点与内脂率及臀部膘厚显著相关(P0.05);678TC位点对内脂率具有显性效应(P0.05),表现为该位点杂合子比纯合子具有更高的内脂率;而该位点对臀部膘厚具有加性效应(P0.05),表现为等位基因678C的累加具有降低臀部膘厚的效应。因此,猪MKRN3基因的678TC位点可为猪的分子育种实践提供一定指导作用。     

新干特早柚GPAT基因5'端克隆及序列分析

采用5'-RACE技术从新干特早柚(Citrus grandis cv. Xingantezaoyou)叶片中克隆出一条长832 bp的GPAT基因5'端cDNA片段(GenBank 登录号:DQ193970).序列分析结果表明:该cDNA片段序列与其它科属植物的GPAT基因序列的同源性差异较大,除与同类植物--温州蜜柑(Citrus unshiu)的同源性高达98.9%,与红花(Carthamus tinctorius)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)、非洲油棕榈(Elaeis guineensis)、豌豆(Pisum sativum)、蚕豆(Vicia faba)的同源性分别为62.5%、54.6%、48.2%、47.4%、46.9%;其所编码的氨基酸序列与红花、拟南芥、非洲油棕榈、豌豆、辣椒的同源性分别为51.6%、60%、45.1%、48%、52.3%,与细菌(Bacillus amyloliquefaciens)的同源性仅为18.9%,说明GPAT基因的氨基酸序列具有种属特异性.     

牦牛CAPN1基因部分序列的SNPs研究

本研究采用PCR-SSCP技术,设计了2对引物分别对牦牛钙激活蛋白酶基因内含子8、外显子9、内含子9和外显子10部分序列以及第12内含子和13外显子部分序列进行单核苷酸多态性分析.结果表明:与牛基因序列(AF252504S2)相比,牦牛基因在10 581bp处发生了G→A转换,位于第12内含子,表现出3种基因型,其中A、B基因频率分别为0.698 9和0.301 1,AA、AB和BB基因型频率分别为0.475 1、0.447 5和0.077 3,遗传杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.420 9和0.332 3;在5 837bp处发生G→T的转换,位于第9内含子,表现出3种基因型,A、B基因频率分别为0.908 8和0.091 2,AA、AB和BB基因型频率分别为0.828 7、0.160 2和0.011 1,遗传杂合度(He)多态信息含量(PIC)分别为0.165 7和0.152 0;牦牛在这2个位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态.     

大豆油脂的合成途径及关键酶 GPAT 基因的研究进展

大豆油脂的主要成分为三酰甘油,其合成过程中的关键合成酶基因是甘油三磷酸酰基转移酶(GPAT)基因。如今国内大豆油脂的需求量日渐提高,如何增加大豆油脂的产量将成为油料作物育种的重要目标之一。对大豆油脂、油脂合成途径以及GPAT基因进行了阐述,并介绍了GPAT基因在油脂合成途径中的应用,为进一步筛选可稳定遗传且高效表达的转基因高油脂大豆优良品系奠定基础,对大豆油脂的生产具有重要意义。     

GPAT基因表达载体的构建及对非洲菊的遗传转化

运用已克隆的强抗冷植物兵豆的甘油-3-磷酸转酰酶(GPAT)基因构建表达载体,将GPAT和QS115质粒中的诱导型启动子串联后,插入带有终止子PinⅡ的表达载体pCAMBIA1300质粒中。并用PCR和酶切等多种方法进行鉴定。构建后的载体经PCR和酶切鉴定表明目的基因和启动子均已按预计方式插入载体的指定位置。用农杆菌介导的方法将它们转化到非洲菊中,获得了潮霉素的抗性植株,并通过PCR扩增验证,有抗性苗含有这个抗冷基因。