不同品种马ELA-DQA* exon2的多态性分析

通过PCR—SSCP技术检测了7个品种300匹马ELA—DQA＊^exon2的多态性。用12％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳将已变性的PCR扩增产物分离，银染法显色。结果300匹马中共出现27种基因型：10种纯合子和17种杂合子；7个品种马的He和PIC值均表现为高度多态；等位基因序列分析得到10个等位基因间的Kimura双参数遗传距离为0．015～O．147，符合（dN：〉dS）的正选择检验。因此表明马的ELA—DQA＊^exon2多态性丰富。     

乌珠穆沁羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP技术检测乌珠穆沁羊123个样本的FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性（SNP）。结果未发现多态。测序后获得该羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,通过DNA序列分析结果表明：绵羊FSHR基因第10外显子序列与小尾寒羊、牦牛、水牛和小鼠的同源性分别为100%、98%、98%和86%。提示：为FSHR基因第10外显子能否作为绵羊高繁殖力相关的侯选基因提供依据。     

马生长激素(GH)基因的PCR-SSCP研究

选取4个蒙古马地方品种、1个国内培育品种和1个国外引人品种共281匹马，采用PCR—SSCP技术，检测了GH基因5’侧翼区、第1内含子、第2外显子和第5外显子4个位点的遗传多态性。结果显示：仅第5外显子出现多态性，表现出AA、BB和AB3种基因型，其余位点未检测到多态。群体遗传学分析结果表明：除纯血马外，其余品种都是等位基因A为优势基因；Hardy-Weinberg平衡检验显示，乌审马、乌珠穆沁马、巴尔虎马处于平衡状态，锡尼河马、三河马、纯血马处于非平衡状态；各品种马的多态信息含量均为中度多态（0．25〈PIC〈0．5）。本研究为今后马的分子育种奠定一定基础。     

乌珠穆沁羊FS H R基因第10外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP技术检测乌珠穆沁羊123个样本的FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性(SNP).结果未发现多态.测序后获得该羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,通过DNA序列分析结果表明:绵羊FSHR基因第10外显子序列与小尾寒羊、牦牛、水牛和小鼠的同源性分别为100%、98%、98%和86%.提示:为FSHR基因第10外显子能否作为绵羊高繁殖力相关的侯选基因提供依据.     

ESRα基因外显子7和外显子8的多态性分析

为了寻找繁殖主效基因雌激素受体(ESR)α基因新多态性(SNP)位点,试验采用PCR-单链构象多态性(RCR-SSCP)以及测序的方法检测了60头糯谷猪母猪ESRα基因外显子7和外显子8的多态性。结果表明:在外显子7中未发现多态性,外显子8中发现了2个新的多态性位点,在3’UTR区检测到1个多态性位点,分别是472位点的胸腺嘧啶(T)→胞嘌啶(C)突变,562位点的腺嘌呤(A)→鸟嘌呤(G)突变,623位点的T→C突变,A、B基因频率分别为0.816 7,0.183 3,初步推测这3个位点具有连锁效应。     

5个水貂品种间MuLu-DQB_1基因第2外显子PCR-SSCP多态性分析

根据NCBI公布的其他物种DQB1基因序列,设计了1对特异性引物,采用PCR-SSCP方法对5个水貂品种血液DQB1基因第2外显子365 bp扩增片段进行分析,并构建了系统发育树。结果显示:5个品种中共检测到6种基因型,4个等位基因;多态信息含量(PIC)为0.4997～0.641 8,平均为0.561 4,美国短毛黑最高(0.641 8),咖啡色水貂最低(0.499 7)。期望杂合度(He)在0.480 1～0.760 0之间,平均为0.582 5。聚类分析在一定程度上反映了5个水貂品种间的亲缘关系,为下一步开展抗病育种提供了数据基础。     

中国美利奴羊内皮型一氧化氮合酶基因3个外显子多态性的PCR-SSCP鉴定

本试验旨在研究中国美利奴羊内皮型一氧化氮合酶（endothelial nitric oxide synthase,eNOS）基因第7、13、14外显子上的单核苷酸多态性（SNPs）和单氨基酸多态性（SAPs）。利用生物信息学方法对人、小鼠和中国美利奴羊eNOS基因上的第7、13、14外显子进行了相似性比较,并对GenBank SNP数据库上已公布的人和小鼠eNOS基因外显子多态性进行了统计分析,然后采用PCR-SSCP方法对120只中国美利奴羊eNOS基因的这3个外显子的扩增片段进行分析,通过分析发现在120只中国美利奴羊这3个外显子上并没有SNPs位点,说明中国美利奴羊eNOS基因上的这3个外显子区域相对保守。     

4个品种绵羊Pit-1基因第5内含子和第6外显子多态性分析

采用PCR-SSCP技术研究绵羊生长发育候选基因Pit-1基因第5内含子和第6外显子序列在乌珠穆沁羊、杜泊羊、无角陶赛特羊和萨福克羊中的单核苷酸多态性.结果表明:Pit-1基因第5内含子和笫6外显子序列并不存在多态性,推断该位点与这4种羊的生长发育差异无关.     

獭兔Tyr基因部分外显子多态性分析

Tyr基因编码的酪氨酸酶(TYR)是黑色素形成过程中的限速酶,在黑色素的生物合成过程中催化特定的反应,从而影响动物的毛色。本试验通过基因序列扩增测序,检测了白色獭兔、青紫蓝獭兔Tyr基因第1、第2和第5外显子的多态性。结果显示:獭兔Tyr基因第1,第5外显子未检测出多态位点。在第2外显子发现2个多态位点:SNP1(885 GA),SNP2(886 AC),SNP1为同义突变,SNP2为有义突变。研究表明Tyr基因突变可能与獭兔毛色有关联,但是该突变位点可能影响毛色变异的分子机理需进行一系列更加深入的研究。     

牛FSHR基因第4外显子多态性检测及序列分析

以西门塔尔和夏洛莱种公牛为对象,采用PCR-SSCP技术检测了促卵泡素受体(FSHR)基因第4外显子在西门塔尔、夏洛莱种公牛45个个体中的遗传多态性,结果发现多态性,旨在为研究该基因多态性与西门塔尔和夏洛莱种公牛繁殖性状的相关性提供理论依据,为筛选繁殖性状分子标记奠定基础.结果表明,牛FSHR基因第4外显子存在2个等位基因A和B,3种基因型分别为AA型、AB型和BB型.对多态片段的测序分析表明,FSHR基因第4外显子第38位碱基处发生碱基C→G的颠换,使得FSHR基因编码的受体胞外域部分出现一个脯氨酸到丙氨酸的变化,结合FSHR蛋白空间结构分析发现该氨基酸变化不直接影响FSHR与FSH的结合及FSHR转导信号能力.此外,据牛、绵羊、猪、马、人和大鼠FSHR基因第4外显子序列同源性比较表明:牛与绵羊该部分序列的同源最高为100%,与大鼠同源性最低为83%.     

PCR-SSCP对我国鲁道夫对盲囊线虫的分子鉴定

对来自青海湖的鲁道夫对盲囊线虫（Contracaecum rudolphii）核糖体DNA第一、第二内转录间隔区（ITS-1、ITS-2）进行PCR扩增、DNA单链构象多态性（SSCP）分析及序列分析。并与来自欧洲的2个姊妹种鲁道夫对盲囊线虫进行了比较。结果显示，我国青海湖的鲁道夫对盲囊线虫与来自意大利的（.rudolphii B具有一样的SSCP带型及ITS序列，但不同于C．rudolphiiA．因此属于C.rudolphii B。本试验证实了ITS片段可作为遗传标记用于鉴别鲁道夫对盲囊线虫的姊妹种，从而为鲁道夫对盲囊线虫的进一步研究奠定了基础。     

山羊催乳素基因PCR-SSCP分析

设计5对引物，采用PCR SSCP技术检测催乳素（prolactin，PRL）基因外显子1~外显子5在高繁殖力山羊品种（济宁青山羊、波尔山羊、文登奶山羊）和低繁殖力山羊品种（内蒙古绒山羊）中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。通过克隆测序首次获得了山羊PRL基因外显子全序列。结果表明PRL基因在研究的4个山羊品种中都不存在单核苷酸多态性，提示检测的PRL基因座位对济宁青山羊高繁殖力没有显著影响。     

固始鸡与安卡鸡F2资源群Myf5基因PCR-SSCP分析条件的优化

为进行固始鸡与安卡鸡F2资源群Myf5基因的多态性研究,建立适合于该资源群的Myf5基因PCR-SSCP分析方法,对影响单链构象多态性（SSCP）图谱分辨率的凝胶浓度、甘油浓度、电泳电压、电泳温度、电泳时间、PCR产物与上样缓冲液的比例、电泳缓冲液浓度、上样量等影响因素进行了比较系统的优化试验研究。结果表明：凝胶浓度10%、甘油浓度50%、上样量10μL、PCR产物与变性缓冲液比例为10∶10、电泳缓冲液为1×TBE、室温下300 V预电泳10 min后120 V电压电泳16 h,染色后条带细而清晰,能够准确分辨各基因型,为试验SSCP分析的最佳条件组合。     

山羊生长激素基因部分序列的PCR-SSCP分析

以鲁北白山羊、波尔山羊和波尔山羊与鲁北白山羊的杂交一代、回交一代共计 2 74个个体为研究材料 ,对山羊生长激素基因 5′调控区 - 4 0 6～ - 1 93片段进行PCR扩增 ,扩增产物经SSCP分析发现存在多态性。结果表明发现波尔山羊及杂交后代以AA型占多数 ,而鲁北白山羊则BB型个体较多 ,基因型频率在品种间存在显著差异 (P <0 .0 5 )。对该片段的两种纯合型克隆测序发现 :AA型在第 6 0位发生了C→T的突变 ,第 2 1 1位发生碱基C的丢失     

5个猪种DECR1基因外显子2单链构象多态性的群体遗传学分析

试验利用PCR-SSCP技术检测了山西马身猪、山西白猪、长白猪、大白猪和杜洛克猪5个品种共490头猪的DE-CR1基因外显子2的多态性。结果显示,DECR1基因外显子2位点存在多态性,表现出AA、BB和AB 3种基因型。群体遗传学分析结果表明,5个猪种都是等位基因B为优势基因;Hardy-Weinberg平衡检验结果显示,山西白猪和杜洛克猪处于平衡状态,山西马身猪、长白猪和大白猪处于非平衡状态;各品种猪的多态信息含量均为中度多态。     

7个牛品种PON2基因第9外显子SSCP分析及其外显子多态性扫描

对氧磷酶2（Paraoxonase-2,PON2）产物是脂肪代谢过程中的抗氧化酶,被确定为影响相关重大心血管疾病和人类寿命的重要候选基因。本研究利用直接测序法对PON2基因所有外显子进行多态位点扫描,利用PCR-SSCP技术对中国西门塔尔牛、鲁西牛、秦川牛、晋南牛、荷斯坦牛、摩拉水牛和尼里-拉菲水牛7个品种的478头个体PON2基因第9外显子T98C位点进行多态性分析。结果表明,PON2基因外显子上共发现4个单核苷酸突变位点,但均未引起氨基酸的改变;第9外显子扩增大小为167bp的片段存在单链构象多态性。除鲁西牛和荷斯坦牛外,其它5个品种牛在该基因座位都处于Hardy—Weinberg平衡状态（P〉0．05）。鲁西牛、南阳牛、晋南牛和荷斯坦牛4个群体处于中度多态（0．25〈PIC〈0．50）,其它3个牛种为低度多态。除摩拉水牛和尼里-拉菲水牛不存在AA基因型外,其它5个牛品种中均存在AA、AB、BB3种基因型,但优势等位基因在7个品种牛群体中存在差异,基因型频率在鲁西牛和南阳牛中AA〉AB〉BB;晋南牛则3种基因型频率之比约为1：1：1;中国西门塔尔牛则出现严重的偏态,B等位基因为绝对优势等位基因;2种水牛中,BB基因型为优势基因型,B等位基因为优势等位基因。利用SAS9．1软件GLM过程分析基因型均值,用邓肯法（Duncan’s）进行基因型间的多重比较,将该基因座不同基因型与7个牛品种间和鲁西牛6个年龄组（n=238）进行了差异分析,结果表明,不同基因型在品种间存在极显著的差异（P〈0．01）;鲁西牛各年龄组与各基因型间差异不显著（P〉0．05）,但各种基因型间存在有着极显著的差异（P〈0．01）。结合各种基因型个体在不同年龄组间的变化趋势,AA型个体可能具有相对较长的使用寿命。     

绵羊催乳素受体基因外显子10的多态性分析

将催乳素受体(prolactin receptor, PRLR)基因作为绵羊高繁殖力的候选基因,对其外显子10设计2对引物, 采用PCR SSCP 技术检测其在常年发情的湖羊及季节性发情的中国美利奴羊、罗米丽羊和罗米丽×中国美利奴（新疆军垦型）中的单核苷酸多态性。结果表明,引物P1、P2 的扩增片段均有多态性。与已知序列相比,P1扩增片段的AB型在第53 bp处出现A→G突变、在81 bp处出现G→A突变, BB型在该片段第53 bp处发生A→G的突变;对于P2扩增片段, CC、DD、CE和EF型均在第89 bp处发生C→T的突变,导致氨基酸由脯氨酸变为亮氨酸(Pro→Leu),DD型还在146 bp处出现了C→G的突变,此突变导致氨基酸由丙氨酸变为甘氨酸(Ala→Gly);CE型在该片段第132 bp处发生G→A的突变,未导致氨基酸的改变;EF型还在第132 bp处和第167 bp处分别发生了G→A、C→T突变,第167 bp处的突变导致氨基酸由脯氨酸变为亮氨酸(Pro→Leu)。通过卡方独立性检验结果发现,4种绵羊在P1、P2引物扩增片段上各基因型的构成与品种间有极显著差异(P<0.01),说明PRLR基因对绵羊的繁殖性状有一定的影响。