秦川牛LXRα基因第二外显子多态性及其与部分胴体、肉用性状关联性研究

旨在分析秦川牛肝X受体基因(LXRα)第二外显子的遗传变异与部分酮体、肉用性能指标的相关性。随机选择相同饲养条件下的497头18～20月龄秦川牛阉牛,采用PCR-SSCP技术进行了LXRα基因部分区段遗传变异检测,运用SPSS程序中的GLM模型分析所检测到的遗传变异与秦川牛部分肉用性能指标的关联性。结果,找到了LXRα基因DNA序列中的一个突变位点T1530C(NC_007313)。对该遗传变异结果进行分型并与114头秦川牛的肉用性状进行关联分析,结果表明,该位点的多态性与胴体长、大理石花纹评分和背膘厚之间存在显著相关(P0.05);BB和AB基因型个体胴体长显著高于AA基因型个体(P0.05),BB基因型个体大理石等级和背膘厚显著高于AA基因型个体(P0.05),与AB基因型个体差异不显著(P0.05)。试验结果表明该SNP位点的BB基因型为优势基因型,与胴体长、背膘厚、大理石花纹等肉用性状有相关性,提示LXRα基因能够作为分子标记辅助选择的候选基因。     

深县猪mtDNA CytB基因的遗传多样性与母系起源研究

 研究过氧化物酶体增殖激活受体α (PPARα) 基因第7外显子SNP位点与牛的部分胴体、肉质性状的相关性。以6个牛品种(秦川牛、南阳牛、郏县红牛、鲁西牛、安格斯、夏南牛) 共计717个个体为研究对象,采用PCR SSCP结合DNA测序方法对PPARα基因第7外显子进行SNP检测,并该SNP位点与108头秦川牛的部分胴体、肉质性状的相关性进行分析。结果发现在PPARα基因第7外显子的184位检测到C→T突变,在南阳牛、秦川牛、郏县红牛、安格斯、鲁西牛、夏南牛这6个群体中等位基因E/F的频率分别是0.225/0.775,0.151/0.849,0.125/0.875,0.123/0.877,0.070/0.930, 0.157/0.783;遗传学指标结果显示：秦川牛、郏县红牛、安格斯、鲁西牛和夏南牛这5个群体属于低度多态(PIC<0.25),南阳牛为中度多态（PIC=0.288）;相关分析结果显示：该位点与秦川牛的背膘厚和胴体长两个性状显著相关,表现为FF基因型个体在背膘厚性状方面显著高于EE和EF基因型个体(P<0.05),FF基因型个体的胴体长显著高于EE基因型个体(P<0.05)。这一位点可能是影响牛背膘厚和胴体长的主效QTN或与之紧密连锁,可做为肉牛选育的候选分子标记。     

延边黄牛PLIN基因多态性及其与胴体和肉质性状的相关性分析

为探究延边黄牛脂滴包被蛋白（perilipin，PLIN）基因遗传多态性及其对胴体和肉质性状的影响，试验选取70头30月龄健康延边黄牛公牛，采集颈静脉血液及其12~13肋间背最长肌以提取延边黄牛DNA样本，并测定胴体与肉质性状，采用直接测序方法检测PLIN基因SNP位点，结合延边黄牛胴体、肉质数据与PLIN基因遗传多态性进行关联分析。结果显示，在延边黄牛PLIN基因外显子3 103与156 bp处存在2个突变位点：g.103 C→T和g.156 T→C，均为错义突变。g.103 C→T位点存在CC、CT两种基因型，CC基因型为优势基因型（0.81），C基因为优势等位基因（0.90），表现为CT基因型个体脂肪含量、宰前重、胴体重、背膘厚均显著高于CC基因型个体（P<0.05）；g.156 T→C位点存在TC、TT两种基因型，TT基因型为优势基因型（0.83），T基因为优势等位基因（0.92），表现为TC基因型个体的宰前重、胴体重及背膘厚均显著高于TT基因型个体（P<0.05）。卡方检验结果表明，延边黄牛在PLIN基因外显子3的2个SNPs位点均达到Hardy-Weinberg平衡（P>0.05），杂合度较低，属于低度多态（PIC<0.25）。综上，PLIN基因g.103 C→T和g.156 T→C位点对延边黄牛部分胴体与肉质性状存在一定影响，该位点可作为延边黄牛胴体、肉质性状的潜在标记，PLIN基因可以作为延边黄牛品种选育的候选基因和潜在分子标记。     

秦川牛及其杂种牛UCP3基因SNPs检测及其与胴体、肉质性状的相关性

采用PCR-SSCP技术对秦川牛(QQ)及其杂种牛西秦(XQ)、安秦(AQ)、德秦(DQ)4个群体共计229头个体UCP3基因进行SNPs多态性检测,发现了AA、AB、AC、AD 4种基因型.测序结果表明,AA基因型为纯合型;AB摹因型在第820位发生C→T突变;AC基因型在第775位发生G→A突变;AD基因型在951位发生G→T突变.方差分析结果表明,4个群体中AA基因型个体在宰前活体质量、胴体质量、胴体长、眼肌面积、系水力、大理石花纹中显著高于AB、AC、AD基因型个体(P<0.05);AB基因型个体的背膘厚显著高于AA、AC、AD基因型个体(P<0.05).初步推断,AA基因型为优势基因型,A为优势等位基因,对选择有正向效应.     

中国西门塔尔牛GH基因SNPs与经济性状的关联分析

本试验采用PCR-RFLP和DNA测序等技术检测牛生长激素基因P3位点(growth hormone,GH-P3)在中国西门塔尔牛群体中的多态性,并利用最小二乘法拟合线性模型对该位点与牛经济性状进行关联分析。结果表明,BB基因型个体胴体重和净肉重极显著高于AA和AB基因型个体(P<0.01),屠宰率和净肉率显著高于AA和AB基因型(P<0.05),AA基因型背膘厚极显著低于AB、BB基因型(P<0.01)。本研究结果显示,GH-P3位点对中国西门塔尔牛个体胴体重、屠宰率、净肉重、净肉率及背膘厚等经济性状有显著或极显著的影响,为中国西门塔尔牛重要经济性状的分子标记辅助选择(MAS)及品系培育提供理论依据。     

PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达规律及基因多态性与肉质性状的关联分析

试验旨在研究围脂滴蛋白2(PLIN2)基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄(6~60月龄)秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性(SNP)和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著(P0.05),CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异(P0.05),CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型(P0.05);3′UTR区域g.T8496C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型(P0.05);g.C8578T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型(P0.05)。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

中国西门塔尔牛GH基因SNPs与经济性状的关联分析

本试验采用PCR-RFLP和DNA测序等技术检测牛生长激素基因P3位点（growth hormone,GH-P3）在中国西门塔尔牛群体中的多态性,并利用最小二乘法拟合线性模型对该位点与牛经济性状进行关联分析。结果表明,BB基因型个体胴体重和净肉重极显著高于AA和AB基因型个体（P＜0.01）,屠宰率和净肉率显著高于AA和AB基因型（P＜0.05）,AA基因型背膘厚极显著低于AB、BB基因型（P＜0.01）。本研究结果显示,GH-P3位点对中国西门塔尔牛个体胴体重、屠宰率、净肉重、净肉率及背膘厚等经济性状有显著或极显著的影响,为中国西门塔尔牛重要经济性状的分子标记辅助选择（MAS）及品系培育提供理论依据。     

秦川牛IRS-1基因多态性与体尺和肉质性状的相关性

旨在研究秦川牛IRS-1基因外显子的多态性,及其与秦川牛体尺和肉质性状的相关性。选取384头同等饲养条件下的18～24月龄健康秦川牛母牛为研究对象,采用PCR-SSCP技术结合DNA测序技术检测IRS-1基因外显子上存在的SNPs位点,并将其与秦川牛体尺和肉质性状进行关联分析。经DNA测序发现,在IRS-1基因外显子的2 346(B1位点)和2 394bp处(B2位点)分别发生了G→A和C→G突变,经分析发现,分别为氨基酸序列第782处Glu和798处Leu的同义突变。通过SSCP带型分析分别出现CC、CD和AA、AB 2种基因型,均未检测出第3种纯合基因型;卡方检验显示,B1位点在所检测牛群中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而B2位点则处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态(P<0.01);且B1处CC基因型为优势基因型,C为优势等位基因,处于低度多态状态;B2处基因型AA为优势基因型,A为优势等位基因,处于低度多态状态;关联分析表明,B1位点不同基因型个体间在体斜长、腰角宽、胸围和眼肌面积方面差异显著(P<0.05),B2位点在腰角宽、胸深和背膘厚方面差异显著(P<0.05)。将2个突变位点合并基因型进行单倍型分析发现,双杂合基因型个体(ABCD)除背膘厚和肌间脂肪含量外其他所分析的各性状均显著高于其他基因型组合,且多标记位点的组合效应值高于单标记位点。结果提示,IRS-1基因对秦川牛体尺及部分肉质性状有显著的影响,可以作为秦川肉牛新品系培育早期选择的候选基因,其中组合ABCD可能是影响秦川牛体尺和胴体性状的最佳基因型组合。     

PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达规律及基因多态性与肉质性状的关联分析

试验旨在研究围脂滴蛋白2（PLIN2）基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况及基因多态性与肉质性状的关联分析。采用实时荧光定量PCR检测PLIN2基因mRNA在不同月龄（6~60月龄）秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达情况;选取18~24月龄的健康秦川肉牛536头,采集血样并测定肉质性状指标,研究PLIN2基因单核苷酸多态性（SNP）和氨基酸突变,并与秦川肉牛肉质性状进行关联分析。结果发现,PLIN2基因在秦川肉牛皮下脂肪组织中的表达量呈先上升后下降趋势,18月龄时表达量最高。测序共发现9个SNPs位点,其中g.C7919>T位点不同基因型肌内脂肪含量差异显著（P<0.05）,CT基因型显著高于TT和CC基因型;g.C7933>T位点不同基因型背膘厚及肌内脂肪含量均呈显著差异（P<0.05）,CC和CT基因型个体背膘厚显著高于TT基因型,CT基因型个体肌内脂肪含量显著高于TT和CC基因型;g.G8015>C位点CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GG和GC基因型（P<0.05）;3'UTR区域g.T8496>C位点TC基因型个体肌内脂肪含量显著高于CC和TT基因型（P<0.05）;g.C8578>T位点TT基因型个体背膘厚显著高于CT和CC基因型（P<0.05）。综上,PLIN2基因对秦川肉牛肉质性状发育有一定影响,可作为秦川肉牛现代分子选育的候选参考基因。     

A-FABP基因5′侧翼区多态性及其与秦川牛肉用性状的关联分析

本研究通过对牛脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因5′侧翼区的1441bp序列进行SNPs检测,结果在转录起始位点上游-389bp处发现T→C突变,进而利用PCR-SSCP的方法在秦川牛、南阳牛、鲁西牛、夏南牛和郏县红牛共5个牛群体中进行个体基因型分析,结果发现3种基因型,分别命名为AA、AB和BB。χ2检验表明,除秦川牛外其它各品种在该基因座均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。基因型与秦川牛肉用性状的关联分析发现,AB基因型个体的宰前活体质量、胴体质量、含水率均显著低于AA和BB基因型个体(P0.05),AA和BB基因型个体之间差异不显著;BB基因型个体大理石花纹等级极显著优于AB基因型个体(P0.01),显著优于AA基因型个体(P0.05)。推测这一位点可能是影响牛肉大理石花纹及含水率的主效QTL或与之紧密连锁,可尝试做为肉牛肉质性状的候选分子标记。     

早胜牛A-FABP基因SNPs与胴体品质和肉质性状的关系

为研究早胜牛（Bos taurus）A-FABP基因多态性与胴体品质和肉质性状的相关性,采用PCR-SSCP方法对5个早胜牛群体（庆阳群体、平凉群体、南德温与庆阳杂种群体、西门塔尔与平凉杂种群体、秦川与平凉杂种群体）A-FABP基因型进行了测定,并分析其多态性与胴体品质和肉质性状的相关性。结果表明,A-FABP基因第2外显子区c.280AG,并检测到3种基因型AA、AG和GG。对屠宰后胴体和肉质性状相关分析表明,基因型AG屠宰率极显著高于AA（P0.01）,而净肉率GG极显著高于AA（P0.01）;基因型AG剪切力显著低于AA（P0.05）。由此认为A-FABP基因突变位点可作为早胜牛胴体性状和肉质性状遗传标记。     

Polymorphism of PLIN Gene and Its Associaton with Carcass and Meat Quality Traits in Yanbian Yellow Cattle

This experiment was conducted to explore the association between perilipin (PLIN) gene and carcass and meat quality traits in Yanbian Yellow cattle.In this study,70 30-month-old healthy Yanbian Yellow cattle were used as experimental materials,the blood of jugular vein and its 12-13 intercostal longissimus muscle dorsi were collected to extract DNA samples of Yanbian Yellow cattle,and determine the carcass and meat quality characteristics.The SNP of PLIN gene was detected by direct sequencing,and the correlation analysis was conducted based on the carcass and meat quality data of Yanbian Yellow cattle and the genetic polymorphism of PLIN gene.The results showed that there were 2 SNPs of PLIN gene exon 3 in Yanbian Yellow cattle:g.103 C→T and g.156 T→C,both of them were missense mutations.g.103 C→T contained two genotypes:CC and CT,CC genotype was the dominant genotype,the genotype frequency was 0.81,C was the dominant allele,the gene frequency was 0.90.The intramuscular fat,pre slaughter weight,carcass weight and back fat thickness of CT genotype was significantly higher than those of CC genotype(P<0.05).g.156 T→C contained two genotypes:TT and TC,TT genotype was the dominant genotype,the genotype frequency was 0.83,T was the dominant allele,the gene frequency was 0.92.The pre slaughter weight,carcass weight and back fat thickness of TC genotype were significantly higher than those of TT genotype (P<0.05).Chi square test showed that the two SNPs of PLIN gene in Yanbian Yellow cattle reached Hardy-Weinberg equilibrium (P>0.05),and belonged to low polymorphism (PIC<0.25).In conclusion,g.103 C→T and g.156 T→C of PLIN gene had potential effect on carcass and meat quality traits in Yanbian Yellow cattle,and could be used as a candidate gene and potential molecular marker of Yanbian Yellow cattle.     

家兔HSL基因多态性及其与生产性状关联性分析

本实验采用PCR-SSCP方法对齐卡巨型白兔和齐兴肉兔HSL基因外显子1的遗传多态性进行研究,并进一步分析HSL基因对生产性状的遗传效应。结果表明:HSL基因外显子1第784位处发生了碱基突变(A→C),共出现AA、AB和BB 3种基因型,在2个品种兔群体中AA型均为优势基因型,A均为优势等位基因;卡方适合性检验表明,2个品种兔群体均显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.05);在齐卡巨型白兔中,HSL基因AA型和AB型个体的宰前活体重均显著高于BB型个体(P0.05),AA、BB型个体的全净膛屠宰率和半净膛屠宰率均显著低于AB型个体(P0.05);在齐兴肉兔中,HSL基因AA型个体的宰前活体重显著高于AB、BB型个体(P0.05),BB型个体的全净膛屠宰率和半净膛屠宰率均显著低于AA、AB型个体(P0.05);在2个品种兔群体中,不同基因型个体的滴水损失和剪切力差异均不显著(P0.05)。     

Study on Genetic Polymorphism and Ultrasound Measurements for Major Meat Quality Traits in Beef Cattle

In this study,we used PCR-SCCP connect with ultrasonic vivo assay techniques, analysis of correlation between Leptin gene exon Ⅱ E2JW polymorphism and part meat quality traits of backfat thickness, eye muscle area, fat content, plot eye height in Xinjiang Brown cattle at ante-mortem, post-mortem. The results showed that Leptin gene exon Ⅱ E2JW site PIC was moderate polymorphisms (0.25 < PIC < 0.5), there were three genotypes of AA, AB and BB, AB genotype were the predominant genotype, B was the predominant allele. In addition, the forecast value of AB and AA gennotypes individual muscle fat content were inconsistent with actual value.Leptin gene exon Ⅱ E2JW was identified the theroy of a candidate gene loci of beef quality traits in Xinjiang Brown cattle.Genetic polymorphism and ultrasound measurements could not only fastly and accurately measure portion meat traits, but also as a means of marker-assisted selection.     

基因多态性与超声波活体测定相结合对肉牛主要肉质性状的研究

本试验采用PCR-SSCP与超声波活体测定相结合的方法,对Leptin基因外显子Ⅱ E2JW的SNP位点与宰前/宰后新疆褐牛背膘厚度、眼肌面积、脂肪含量、眼肌高度的部分肉质性状进行关联性分析。结果表明,外显子Ⅱ E2JW位点的PIC处于中度多态（0.25 < PIC < 0.5）,E2JW多态位点存在3个基因型：AA、AB和BB,其中AB为优势基因型,B为优势等位基因。相关性结果表明,除预测值中AB、AA基因型个体的肌肉脂肪含量与实测值的分析结果不一致外,其他均表现出新疆褐牛Leptin基因外显子Ⅱ E2JW多态性与预测肉质性状和实测肉质性状关系的一致性。因此,Leptin基因外显子Ⅱ E2JW是影响新疆褐牛肉质性状的候选基因位点,基因多态性结合超声波活体测定技术不仅可以快速、准确地测量部分肉质性状,而且可作为分子标记辅助选择的一种手段。     

延边黄牛脂蛋白脂肪酶基因多态性及其与肉质性状的关联分析

为探究延边黄牛脂蛋白脂肪酶（lipoprteinlipase,LPL）基因遗传多态性及其对肉质性状的影响,本试验以80头健康的30月龄延边黄牛背最长肌作为试验材料,运用PCR直接测序法和高分辨率熔解曲线技术（HRM）对LPL基因的SNP位点进行检测,分析了试验群体的遗传效应,并与延边黄牛的肉质性状数据进行关联分析。PCR直接测序结果表明,延边黄牛LPL基因存在2个多态性位点（g.6215 A>G和g.18341 C>T）,其中g.6215 A>G位点表现为2种基因型：AA与AG,优势等位基因为A;g.18341 C>T位点表现为2种基因型：CC和CT,C为优势等位基因;对文献中2个位点的检测结果表明,g.355427 T>A位点表现为2种基因型：AA与AT,A为优势等位基因;c.322 G>A位点的HRM分型结果显示并未分型。这些多态性位点全部呈中度多态（0.25<PIC<0.5）,并处于Hardy-Weinberg平衡状态。HRM分型结果显示,这3个SNPs位点与延边黄牛肉质性状存在显著相关：g.6215 A>G位点与延边黄牛胴体重及脂肪、蛋白、水分含量有显著关联,表现为AG基因型个体胴体重、脂肪含量显著高于AA基因型个体（P<0.05）,AA基因型个体蛋白及水分含量显著高于AG基因型个体（P<0.05）;g.18341 C>T位点与延边黄牛宰前活重、胴体重及背膘厚有显著关联,表现为CT基因型个体这些性状均显著高于CC基因型个体（P<0.05）;g.355427 T>A位点AT基因型个体宰前活重、背膘厚和脂肪含量均高于AA基因型个体（P<0.05）。综上,LPL基因g.6215 A>G、g.18341 C>T和g.355427 T>A位点对延边黄牛的肉质有显著影响,LPL基因可以作为延边黄牛品种选育改良工作的优势候选基因和有效分子标记。     

秦川牛CEBPA基因遗传变异对体尺和胴体性状的影响

试验以CCAAT增强子结合蛋白A(CEBPA)为候选基因,采用直接测序的方法寻找秦川牛CEBPA基因SNP,筛查到一个新的多态位点T963G,该突变位于基因的编码区。运用PCR-RFLP方法验证并分析该位点在215头秦川牛群体中的多态性。结果表明:在秦川牛群体中分布A、B 2个等位基因,处于中度多态。经过χ2适合性检验,秦川牛群体在该位点达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。将该T963G位点的基因型与体尺、胴体性状进行关联分析,表明该位点与胴体重显著相关(P0.05),BB为有利基因型,B等位基因为有利等位基因,提示该位点有可能作为秦川牛胴体性状标记辅助选择的标记之一。