齿突斜纹蟹线粒体DNA中12S rRNA基因序列的研究

于１９９６年８月在日本东京水产大学坂田试验场海岸岩礁地带采集齿突斜纹触（Ｐｌａｇｕｓｉａ ｄｅｎｔｉｐｅｓ）样品,参考果蝇（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｙａｋｕｂａ）线粒体ＤＮＡ中１２ＳｒＲＮＡ基因片段序列进行了其引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定。得到齿突斜纹触线粒体ＤＮＡ中１２ＳｒＲＮＡ基因片段的碱基序列为４４７ｂｐ,其中腺嘌呤（Ａ）、胸腺嘧啶（Ｔ）、鸟嘌呤（Ｇ）、胞嘧啶（Ｃ）含量分别为１６０ｂｐ（３５     

鸡传染性支气管炎病毒地方-分离株S1基因克隆和基因型鉴定

利用ＩＢＶ全长Ｓ１基因特异性引物,以纯化的３个标准株Ｍ４１、Ｈ５２、Ｔ和６个地方分离株（ＱＤ、ＺＺ、ＧＺ、ＧＪ、ＤＬ和ＹＣ）的基因组ＲＮＡ为模板,用ＲＴ－ＰＣＲ方法扩增出预期大小约１．７３ｋｂｃＤＮＡ片段,经ＢＡＭＨＩ和ＨｉｎｄⅢ酶切插入到质粒ｐＵＣ１８中,并在大肠杆菌ＪＭ８３中实现了克隆。对６个分离株的Ｓ１基因ＰＣＲ产物进行ＨａｅⅢＲＦＬＰ分析,表明ＱＤ、ＴＪ属于Ｍ４１基因型,ＺＺ和ＧＺ与Ｔ基因     

甜菜夜蛾GOBP2基因的克隆及序列测定

 比较已报道的 ５种昆虫的 ＧＯＢＰ２基因序列，设计了一对简并引物，以甜菜夜蛾 Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｅｘｉｇｕａ的触角ｃＤＮＡ为模板进行ＰＣＲ扩增，获得了一条４００ｂｐ左右的特异性条带。将以上片段克隆到Ｔ－ｅａｓｙ载体上，获得重组子ＧＯＢＰ２Ｓｅｘｉ，序列测定和结构分析结果表明，ＧＯＢＰ２Ｓｅｘｉ阅读框全长４２６ｂｐ，编码１４１个氨基酸残基，预测分子量和等电点分别为１６．０７ｋｕ和５．０９。另外，序列中有６个保守的半胱氨酸位点，具有气味结合蛋白的典型特征。同时以基因组 ＤＮＡ为模板进行ＰＣＲ扩增，得到了一条 ２ｋｂ左右的特异性条带，同样克隆到 Ｔ－ｅａｓｙ载体上进行测序，结果表明，在该蛋白的第２２和第２３个氨基酸之间及第８２和第８３个氨基酸之间分别插入了一个１６０ｂｐ和１４０３ｂｐ的内含子。Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交结果表明，ＧＯＢＰ２基因在甜菜夜蛾触角中特异性表达，并且在雌雄蛾触角中表达水平相当。该基因已在ＧｅｎＢａｎｋ／ＥＭＢＬ中登记，序列号为ＡＪ２９４８０９。     

桃ACC氧化酶cDNA片段扩增及其克隆和鉴定

采用“富集ＰＣＲ”方法,用单个特异引物和ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）１５从桃伤处理叶片ｃＤＮＡ 中扩增出特异性片段⒚将扩增产物分离并克隆筛选到１３ 个重组克隆,其中有６ 个克隆能与ＡＣＣ氧化酶基因组ＤＮＡ 杂交,对其中一个阳性克隆ｐＧＥＭＡＣ１２ 作酶切分析,发现其酶切图谱与已报道的桃果实成熟相关的ＡＣＣ氧化酶ｃＤＮＡ 基本一致⒚ＤＮＡ 序列分析表明,插入片段两端ＤＮＡ 序列均是 ５＇端特异引物序列,表明是由５＇端特异引物单个引物扩增出来,全序列分析表明插入片段全长８３３ ｂｐ,是ＡＣＣ 氧化酶ｃＤＮＡ 基因编码区的一部分,５＇端缺少启始密码子ＡＴＧ,３＇端缺少部分编码序列和终止密码子ＴＡＡ⒚     

猪ESR基因一个外显子DNA片段的分子克隆

参考人、鸡,鼠的ＥＳＲ基因序列,设计一对引物,采用ＰＣＲ技术扩增出猪的ＥＳＲ基因一段ＤＮＡ片段,将该片段克隆到ｐＧＥＭ－Ｔ Ｅａｓｙ质粒载体中,重组质粒经ＰＣＲ鉴定和酶切分析确定克隆成功,经测序结果分析确定该片段为猪ＥＳＲ基因与其他动物第４号外显子相对应的一段ＤＮＡ片段,大小为３３２ｂｐ。     

用聚合酶链反应技术鉴别猪的氟烷基因型

选择３３头猪（１４头基因型已知，１９头未知）提取血液ＤＮＡ，进行聚合酸链反应扩增得到含有突变位点的６５９ｂｐ的ＣＲＣ基因特异片段，经过ＨｈａＩ酶切和电泳检测，可以鉴别氟烷基因型。１４头猪通过氟烷测验与氟烷测交鉴别的基因型与ＰＣＲ－酶切鉴别氟烷基因型结果完全吻合。     

猪生长激素基因座位BspⅠ、HhaⅠ酶切片段多态特征的研究

生长激素 (ｇｒｏｗｔｈｈｏｒｍｏｎｅ ,ＧＨ)在多种生理功能中起着重要的作用 ,对调节动物的新陈代谢、加快生长速度、提高饲料报酬以及改善胴体组成等方面均有显著的作用。猪的生长激素基因已定位于 1 2号染色体的Ｐ1 .2 ～Ｐ1 .5区域内[1 ] ,由 5个外显子和 4个内含子组成 ,基因全长 2 2 31ｂｐ[2 ] 。对该基因遗传多态性的研究报道已经表明 ,在猪生长激素基因的编码区和非编码区的核苷酸序列上存在着差异 ,表现出了丰富的多态性 ,有的碱基突变引起了氨基酸的变异[3～ 6] 。因此本研究采用了ＰＣＲ ＲＦＬＰｓ方法检测了 5个品种猪生长…     

牛生长激素cDNA的克隆与序列分析

从平脑垂体中分离总ＲＮＡ，经ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）一纤维素柱纯化ｍＲＮＡ，反转录合成ｃＤＮＡ，经ＰＣＲ技术扩增牛生长激素（ｂＧＨ）ｃＤＮＡ序列，长度为６２０ｈｐ，将ＰＣＲ产物克隆于ｐＵＣ１９Ｓｍａｌ位Ⅰ点转化大肠杆菌ＤＨ５α，经蓝白斑筛选，获得重组克隆，分离重组质粒，经限制性内切酶酶切分析后，进行序列分析。结果表明，一质粒中所含克隆片段为ｂＧＨｃＤＮＡ全序列，与国外所发表的ｂＧＨ核旮酸序列基本相同     

含有尿嘧啶DNA糖苷酶基因表达载体的构建

采用自行设计的带酶切位点的上下游引物,用ＰＣＲ技术,从大肠杆菌ＴＡＣＣ２３７４３的ＤＮＡ中,获得了含有编码尿嘧啶ＤＮＡ糖苷酶（ＵＮＧ）基因的ＰＣＲ产物,以该ＰＣＲ产物构建了重组克隆质粒ｐＧＥＭ／ＵＮＧ,ＤＮＡ序列分析结果确证其中含有完整的ＵＮＧ基因。利用该重组质粒,进一步构建了重组表面质粒ｐＢＶ／ＵＮＧ。     

传染性囊病病毒CJ801VP2基因cDNA的序列分析

用ＲＴ－ＰＣＲ从传染性囊病病毒ＣＪ８０１的第１４代囊毒中扩增编码ＶＰ２蛋白的ｃＤＮＡ基因片断，长度为１５００ｂｐ，，并对该片断进行了ＤＮＡ序列分析。结果表明，ＣＪ８０１与ＩＢＤＶ标准Ⅰ型毒株５２／７０，ＳＴＣ和Ｃｕｌ的同源性最高，分别为９７．４％，９７．６％和９６．９％，与变异株，Ａ，Ｅ，ＧＬＳ的同源性稍低，分别为９６．５％，９６．３和９６．７％。     

马麝朊蛋白(PrP)基因的克隆和序列分析

从马麝的全血中提取基因组总DNA,用所设计引物以聚合酶链式反应扩增出细胞型朊蛋白(PrPC)基因,并克隆到pMD18-T载体。序列分析表明所克隆的马麝PrP基因片段大约为771bp,包含了朊蛋白基因的完整编码区序列,即包含在单一外显子内的完整开放阅读框,与国外报道的同科动物PrP基因序列基本相同。马麝PrP基因含5个短而富含G-C的元件,可编码5个八肽(九肽)重复Pro-His-Gly-Gly-Gly-Trp-Gly-Gln或Pro-Gln/His-Gly-Ala/Gly-Gly–Gly-Trp-Gly-Gln,其氨基酸序列含有24个氨基酸的N-端信号肽和23个氨基酸的C-端信号肽。与白尾鹿(Odocoileusvirginianus)和麋鹿(Cervuselaphus)的PrP基因相比,其核苷酸序列和推导氨基酸序列同源性分别为97.4%、97.9%和98.1%、97.7%。共发生15个碱基替换,其中10个为同义码替换,5个为异义突变,即G57A、S100N、N173S、T177N和M208I。     

济宁青山羊MTNR1A基因外显子2的克隆与序列分析

对常年发情的山羊品种济宁青山羊和季节性发情的山羊品种辽宁绒山羊共20只母羊的褪黑激素受体1A(melatonin receptor 1A,MTNR1A)基因外显子2的824 bp扩增产物进行了克隆测序及序列比较分析.结果表明,济宁青山羊MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列与已发表的山羊序列(GenBank登录号AF419334)完全相同.济宁青山羊与辽宁绒山羊MTNR1A基因外显子2的差异由11个核苷酸变化(A52G、T232C、T253C、A256G、T358G、T410A、A414T、C424T、A554G、T559C和C589A)组成,核苷酸同源性为98.7%.济宁青山羊与绵羊、母牛、猪、人、小鼠、挪威大鼠、西伯利亚仓鼠、鸡之间MTNR1A基因外显子2的核苷酸序列同源性为73.5%～98.4%,氨基酸序列同源性为79.2%～98.5%.     

山羊GDF9基因多态性与产羔数关联分析研究

采用PCR-SSCP技术检测山羊GDF9基因外显子突变位点,发现编码序列第183 bp、719 bp、959 bp、1189bp处分别发生了C→A、C→T、A→C、G→A的单碱基突变。序列分析显示C183A突变没有引起氨基酸的改变,C719T突变使蛋白质第240位氨基酸残基由缬氨酸变为丙氨酸,A959C突变使第320位氨基酸残基由谷氨酰胺变为脯氨酸,G1189A突变导致第397位氨基酸残基由缬氨酸变为异亮氨酸。应用LDR技术对济宁青山羊(234只)、鲁北白山羊(90)只、沂蒙黑山羊(84只)进行GDF9四个突变位点的群体检测,利用SAS软件GLM过程对四个位点的基因型效应和产羔数进行了最小二乘分析,结果表明C183A突变对济宁青山羊和鲁北白山羊产羔数没有显著影响,但对沂蒙黑山羊的产羔数有显著影响(P<0.05),CC型产羔数比AC型多0.11只(P<0.05);C719T突变和A959C突变对济宁青山羊、鲁北白山羊、沂蒙黑山羊的产羔数均没有显著影响(P>0.05);G1189A突变对山羊产羔数没有显著影响(P>0.05),对鲁北白山羊产羔数有显著影响(P<0.05),AG型产羔数比AA型多0.42只(P<0.01),G1189A突变对沂蒙黑山羊产羔数有极显著影响(P<0.01),AA型产羔数分别比AG型、GG型多0.34只(P<0.05)、0.38只(P<0.05)。     

Investigation of Genetic Variation of B-G Gene with PCR-SSCP and RFLP in Chinese Indigenous Chickens

To reveal genetic variation of MHC B-G gene at Chinese native chickens, two PCR primer pairs were designed to hybridize specifically with conserved sequences surrounding hypervariable regions within the B-G gene and used to amplify two DNA fragments in ten Chinese indigenous chicken breeds and one introduced breed. The fragments were cloned and sequenced to assure that the expected sequences of chicken B-G gene were isolated. Of which the 189 bp fragment encompassing the most variable region within exon 2 of B-G gene was employed for PCR-SSCP assay, this method provided evidence for the presence of at least 56 B-G genotypes in the Chinese chickens sampled. It revealed a high degree of diversity in B-G genes of Chinese local breeds; particularly, high variation of B-G gene was confirmed with the presence of 48 B-G genotypes within Tibetan chicken population. Not only can the B-G genotypes be used to preliminarily screen new B-G alleles, but also they would be utilized to investigate MHC haplotypes and matched unrelated donors for bone marrow transplantation in immune researches. Another fragment of 401 bp size spanning over partial intron 1 and exon 2 of B-G gene was employed for PCR-RFLP analysis with two restriction enzymes of Msp Ⅰ and Tas Ⅰ in the breeds sampled. In this part of the gene, three novel SNPs were detected at the two restriction sites. It was more generally found the transition of two nucleotides of A294G and T295C occurred at Tas Ⅰ restriction site, and consequently led to a non-synonymous substitution of asparagine into serine at position 54 within the deduced amino acid sequence of immunoglobulin variable-region-like domain encoded by the exon 2 of B-G gene. It was observed at rare frequency that an alone mutation of A294G occurring at the site, which also caused the substitution of amino acid, asparagine 54-to-serine;and we haven't found only single mutation occurred at position 295 of the restriction site. At the Msp Ⅰ site, the transversion of G318C led to a non-synonymous substitution, glutamine 62-to-histidine. The variations at expression level caused by the genetic variability of B-G gene may bring about the changes in immune specificity of B-G antigen finally. Furthermore, two alleles, A and B, were identified at Msp Ⅰ and Tas Ⅰ loci of B-G gene, respectively. The allele frequencies were estimated, which gave a nonsymmetrical distribution either in the eight Chinese local breeds or in the introduced breed. By comparison, allele A at Msp Ⅰ locus was tended to be dominative, while, the allele B at Tas Ⅰlocus was tended to be prevalent in the breeds analyzed. It is concluded that the genetic variability of B-G gene revealed by the PCR-SSCP and RFLP assays in Chinese native chickens provide molecular data for further investigating the varied immune functions of B-G antigen; and the PCR-RFLPs at Msp Ⅰ and Tas Ⅰ loci of B-G gene might be used as genetic markers in selecting for the traits of disease resistance in chicken breeding.     

金定鸭FSHR基因第1～7外显子的克隆及SNP位点的筛查

动物的繁殖活动主要受内分泌生殖激素的调控,FSHR存在于卵泡颗粒细胞膜上,属于G蛋白偶联受体家族,对动物卵巢细胞的发育、成熟和排卵具有重要的作用。本研究以高产和低产金定鸭基因组为模板,通过PCR扩增、目的基因片段克隆和测序等方法,获取金定鸭FSHR基因1~7外显子序列,并对基因序列进行比对分析。结果显示,序列a包含第1外显子(185bp)的完整序列,第1内含子(145bp)的部分序列;序列b包含第2(75bp)、3外显子(75bp)、第2内含子(463bp)的完整序列,第1(40bp)、3内含子(47bp)的部分序列;序列c包含第4外显子(75bp)的完整序列,第3(180bp)、4内含子(55bp)的部分序列;序列d包含第5外显子(78bp)的完整序列,第4(232bp)、5内含子(56bp)的部分序列;序列e包含第6(69bp)、7外显子(75bp)、第6内含子(117bp)的完整序列,第5(133bp)、7内含子(146bp)的部分序列。根据基因序列特征,对获取的5段金定鸭FSHR基因序列进行扩增序列测序比对。结果发现:在外显子1第50bp处存在A/G突变;在外显子2第30bp处存在A/G突变;在外显子4第33bp处存在C/T突变;在外显子5第45bp处存在A/G突变,第19bp处可能存在A/T突变,33bp处可能存在C/T突变。金定鸭FSHR基因序列的克隆及SNP突变位点的发现可为后续开展FSHR基因的多态性与金定鸭产蛋性能的相关研究奠定一定的基础。     

鸭催乳素基因外显子4单核苷酸多态性与就巢性状的相关分析

研究采用PCR—SSCP技术研究番鸭不时就巢群体（就巢1月群、就巢2月群、就巢3月群）、番鸭非就巢群和白改鸭5个群体250个个体PRL三基因第4外显子多态性与就巢性状之间的相关性。结果表明,在外显子4编码区内发现2个SNP位点,分别位于该基因的3777 bp（T/C）和3785 bp（A／G）处。基因型与就巢性状指标相关分析的结果表明,番鸭非就巢群体与各就巢群体间差异极显著（P〈0．01）,同时番鸭与白改鸭差异显著（P〈0.05）,推测PRL基因与就巢性有一定的相关。     

鸭催乳素基因外显子4单核苷酸多态性与就巢性状的相关分析

研究采用PCR-SSCP技术研究番鸭不同就巢群体(就巢1月群、就巢2月群、就巢3月群)、番鸭非就巢群和白改鸭5个群体250个个体PRL基因第4外显子多态性与就巢性状之间的相关性.结果表明,在外显子4编码区内发现2个SNP位点,分别位于该基因的3 777 bp (T/C)和3 785 bp(A/C)处.基因型与就巢性状指标相关分析的结果表明,番鸭非就巢群体与各就巢群体间差异极显著(P<0.01),同时番鸭与白改鸭差异显著(P<0.05),推测PRL基因与就巢性有一定的相关.     

藏猪生长激素基因(pGH)多态性研究

猪生长激素基因(pGH)是猪生长发育性状重要的候选基因之一。采用PCR-RFLP技术检测藏猪pGH基因+159~+734 bp片段的DraI、ApaI和MspI酶切多态性。结果显示,藏猪群体中DraI酶切全部切开,无多态;ApaI酶切具有4个等位基因,出现5种基因型,其中CC基因型(299A/432C)频率最高,为0.7857;藏猪群体MspI酶切出现3种基因型,杂合性CT基因型频率最高,为0.5089,等位基因C和T频率分别为0.5580和0.4420。经比较,藏猪pGH基因DraI酶切位点与其他猪种一样无多态性,而ApaI酶切出现了特异的432突变位点,MspI酶切等位基因分布相对均衡,表现出与其他猪种的差异。     

蕨麻猪生长激素基因的克隆及多态性分析

[目的]探索蕨麻猪生长激素基因与其生理学和生物学特性的关系。[方法]从蕨麻猪血液细胞中提取基因组DNA,通过PCR技术扩增出蕨麻猪生长激素基因序列,进行碱基组成多态性和突变分析。[结果]蕨麻猪生长激素（pGH）基因序列全长1671bp,有5个外显子和4个内含子。外显子1、2、3、4和5的碱基数依次是10、161、117、162和201bp,内含子1、2、3和4的碱基数分别是244、210、192和277bp。除第1外显子和第1内含子碱基剪切有明显的例外,其余全部符合GT-AG规则;蕨麻猪生长激素基因4种碱基含量依次为G〉C〉T〉A。（G＋C）含量和（A＋T）含量分别在62%和37%以上。蕨麻猪编码区第4外显子在＋1046位处A→G,为错义突变,其余均为同义突变。蕨麻猪生长激素基因编码的前体蛋白含216个氨基酸,成熟蛋白是由190个氨基酸残基组成的一个分泌性蛋白;二级结构中含有6个α螺旋结构,三级结构是结构松散的球状蛋白,含有6个α螺旋前区。[结论]为蕨麻猪生长激素基因序列的研究提供了参考依据和借鉴。     

山核桃FLOWERING LOCUST同源基因的克隆与序列分析

根据不同植物FLOWERING LOCUST（FT）同源基因序列的保守区,设计合成1对长度为18bp的PCR简并引物,以山核桃基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出长度为152bp的DNA片段,克隆到pMD19-T载体上。测序及序列分析结果表明,扩增所获得的片段序列为FT基因第四外显子部分序列,不含内含子,推测共编码50个氨基酸;其序列在GenBank中注册号为FJ858260．1,同源性比对结果表明,其氨基酸序列与其他植物FT基因的同源性高达88％～96％。