不同猪种背部皮下脂肪中miR-1和miR-369的表达差异及其与胴体、肉质性状相关性分析

为了研究miRNA表达量与猪胴体及肉质性状的相关性,采用荧光定量PCR技术(qRT-PCR)检测了引进猪种大约克夏猪和6个四川省地方猪种背部皮下脂肪中miR-1和miR-369的差异表达情况。结果:除miR-1与藏猪差异不显著外,2种miRNA在大约克夏猪背部皮下脂肪中的表达水平显著高于地方猪种(P<0.05);地方猪种中,miR-1和miR-369表达水平分别在藏猪和雅南猪中最高;相关性分析显示,miR-1和miR-369在背部皮下脂肪中表达水平均与瘦肉率、多不饱和脂肪酸含量呈极显著正相关(P<0.01),与单不饱和脂肪酸含量均呈显著负相关(P<0.05),miR-369表达水平还与平均背膘厚呈极显著负相关(P<0.01)。试验表明miR-1和miR-369可能对猪脂肪沉积和单不饱和脂肪酸生成起负调控作用,对多不饱和脂肪酸生成起正调控作用。     

中外不同猪种皮下脂肪miR-128、miR-133b差异表达研究

为了研究miRNA表达量与猪胴体及肉质性状的相关性,试验采用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对引进猪种大约克夏猪和6个四川省地方猪种(丫杈猪、内江猪、成华猪、青峪猪、雅南猪和藏猪)背部皮下脂肪中miR-128和miR-133b的差异表达情况进行测定和分析。结果表明:大约克夏猪miR-128相对表达量显著或极显著高于除雅南猪以外的其余地方猪种(P0. 05或P0. 01),地方猪种中雅南猪miR-128相对表达量最高,显著高于丫杈猪(P0. 05);大约克夏猪miR-133b相对表达量最高,显著高于青峪猪(P0. 05),地方猪种间差异不显著(P0. 05)。相关分析结果表明,miR-128、miR-133b与瘦肉率呈显著正相关(P 0. 05),miR-128与单不饱和脂肪酸、多不饱和脂肪酸含量分别呈极显著负相关(P0. 01)和极显著正相关(P0. 01)。说明miR-128和miR-133b可能对猪脂肪沉积有抑制作用,miR-128还可能抑制单不饱和脂肪酸的生成,促进多不饱和脂肪酸的生成。     

不同猪种背最长肌中miR-27a和miR-378的差异表达研究

为了研究miRNA表达量与肉质风味表型指标的相关性,试验采用实时荧光定量PCR(qRTPCR)检测了藏猪和大约克夏猪背最长肌中miR-27a、miR-378的差异表达。结果表明:藏猪在6月龄时背最长肌中miR-27a和miR-378的表达量均极显著低于大约克夏猪(P0.01)。相关性分析显示,miR-27a、miR-378与肌内脂肪含量和硫胺素呈负相关,而与肌纤维直径、眼肌面积和瘦肉率呈显著或极显著正相关(P0.05或P0.01)。说明miR-27a和miR-378对猪肉品质具有重要的负调控作用。     

miR-1、miR-27a、miR-369和miR-378在7个地方猪种背最长肌中的表达与肉质性状的关系研究

实验采用荧光定量PCR技术(q-PCR)检测藏猪、成华猪、雅南猪、丫杈猪、青峪猪、内江猪和乌金猪7个地方猪种背最长肌中miR-1、miR-27a、miR-369、miR-378的差异表达,旨在研究miRNA表达量与肉质风味表型指标的相关性。结果表明:背最长肌组织中4种miRNA的表达水平在7个猪种中趋于一致,在藏猪、内江猪、雅南猪和成华猪中相对表达量较高,在丫杈猪和乌金猪中相对表达量较低;相关性分析显示,4种miRNA在背最长肌中的表达水平与肌内脂肪含量和硫胺素含量呈正相关,与肌纤维直径、眼肌面积和瘦肉率呈负相关,表明miR-1、miR-27a、miR-369和miR-378对猪肉品质具有正调控作用,而对猪胴体品质具有负调控作用。本研究可为阐明miRNA在猪肌肉生长和脂肪沉积过程中的调控机制提供基础数据。     

miR-27a和miR-378在中外猪种背最长肌中的差异表达研究

为了研究miRNA表达量与肉质风味表型指标的相关性,试验采用荧光定量PCR技术(Q-PCR)检测了4个猪种背最长肌中miR-27a和miR-378的差异表达。结果表明:背最长肌组织中2种miRNA的表达水平在4个猪种中趋于一致。相关性分析显示,2种miRNA在背最长肌中的表达水平与肌内脂肪含量和硫胺素含量呈正相关,与肌纤维直径、眼肌面积和瘦肉率呈负相关。表明miR-27a和miR-378对猪肉品质具有正调控作用,而对猪胴体品质具有负调控作用。该研究可为阐明miRNA在猪肌肉生长和脂肪沉积过程中的调控机制提供基础数据。     

IGF-1和PPARγ在不同猪种皮下脂肪中的差异表达研究

为了研究mRNA表达量与猪胴体及肉质性状的相关性,试验采用荧光定量PCR技术(QRT-PCR)检测了引进猪种大约克夏猪和6个四川省地方猪种背部皮下脂肪中IGF-1和PPARγ的差异表达情况。结果显示:大约克夏猪IGF-1相对表达量显著或极显著高于所有地方猪种(P0.05或P0.01),地方猪种中藏猪最高,显著高于丫杈猪、内江猪、青峪猪(P0.05);大约克夏猪PPARγ相对表达量极显著高于青峪猪、藏猪(P0.01),显著高于雅南猪(P0.05),地方猪种中成华猪、丫杈猪显著高于青峪猪和藏猪(P0.05)。相关分析显示,IGF-1、PPARγ分别与体脂率呈极显著和显著负相关(P0.01,P0.05),与多不饱和脂肪酸含量呈极显著正相关(P0.01);此外,IGF-1与单不饱和脂肪酸含量呈极显著负相关(P0.01),PPARγ与肌内脂肪含量呈显著负相关(P0.05)。     

不同地方猪种背部皮下脂肪中miR-206差异表达研究

试验采用荧光定量PCR技术(QRT-PCR)对6个四川省地方猪种背部皮下脂肪中miR-206的差异表达情况进行测定和分析。结果表明:藏猪miR-206相对表达量最高,成华猪次之,青峪猪最低;藏猪miR-206相对表达量显著高于内江猪(P<0.05),极显著高于丫杈猪和青峪猪(P<0.01)。     

不同猪种背最长肌中miR-23a、miR-151、miR-299、miR-199a和miR-497的差异表达研究

为研究miRNA表达量与肉质风味的相关性,试验采用荧光定量PCR技术(Q-PCR)检测了4个猪种背最长肌中miR-23a、miR-151、miR-299、miR-199a和miR-497的差异表达。结果表明,miR-23a、miR-151在藏猪背最长肌中表达最高,miR-299、miR-199a和miR-497在约克夏猪背最长肌中表达最高;相关性分析显示,miR-23a、mi R-151在背最长肌中的表达水平与肌内脂肪含量和硫胺素含量呈正相关,与肌纤维面积、眼肌面积和瘦肉率呈负相关,miR-299、miR-199a和miR-497在背最长肌中的表达水平与肌内脂肪含量和硫胺素含量呈负相关,与肌纤维面积、眼肌面积和瘦肉率呈正相关。综上表明,miR-23a、miR-151对猪肉品质具有正调控作用,miR-299、miR-199a和miR-497对猪胴体品质具有正调控作用。     

SH2B1基因及miR-276-3p对猪背部脂肪沉积的影响

本试验旨在研究SH2B衔接因子蛋白1(SH2B adaptor protein 1,SH2B1)基因在猪不同组织和生长发育各阶段背部脂肪中的表达情况,预测调控该基因的miR-276-3p对猪背部脂肪表达的影响。应用实时荧光定量PCR技术检测SH2B1基因在猪脂肪、下丘脑等6种组织,以及在30、60、90、120和180 d猪背部脂肪组织中的相对表达量。靶标预测SH2B1基因的调控miRNA,并通过实时荧光定量PCR检测miR-276-3p对该基因的调控作用。结果显示,SH2B1基因在猪的6种组织中均有表达,且在脂肪组织中表达量最高,在肌肉组织中表达量最低。在猪生长发育各阶段背部脂肪中SH2B1基因均有表达,在前期(30和60 d)表达量较低,在中、后期(90、120和180 d)持续高表达,且显著高于前期表达量(P0.05)。高、低背膘厚组背部脂肪中miR-276-3p与SH2B1基因均呈差异表达,且两者表达呈相反趋势,miR-276-3p在高背膘厚组中的表达量显著低于低背膘厚组(P0.05),而SH2B1基因在高背膘厚组中的表达量却显著高于低背膘厚组(P0.05)。miR-276-3p可通过靶向负调控SH2B1基因,影响猪背部脂肪的沉积。本试验结果为进一步深入研究猪背部脂肪沉积和背膘厚差异的分子机制提供参考。     

miR-181a和miR-181d-5p对猪前体脂肪细胞成脂分化调控的研究

【目的】 探究miR-181a和miR-181d-5p在荣昌猪原代前体脂肪细胞分化中的作用及机制。【方法】 通过比对种子序列差异分析miR-181a和miR-181d-5p在猪、人、大鼠和小鼠不同物种间的序列保守性；实时荧光定量PCR检测miR-181a和miR-181d-5p在猪肌肉和背部皮下脂肪组织中表达；利用miRandn和TargetScan在线软件预测miR-181a和miR-181d-5p的靶基因，并进行GO和KEGG富集分析；使用RNAhybrid在线软件预测miR-181a和miR-181d-5p与其靶基因的结合自由能。取7日龄雄性荣昌猪背部皮下脂肪组织分离原代前体脂肪细胞。分别设计miR-181a和miR-181d-5p的靶基因野生型和突变型载体，并与对应的miRNA共转染前体脂肪细胞，进行双荧光素酶报告基因试验验证miRNA与靶基因的靶标关系，测定miR-181a和miR-181d-5p与其靶基因的结合情况。构建miR-181a和miR-181d-5p的模拟物（miR-181a mimics、miR-181d-5p mimics）、抑制物（miR-181a inhibitor、miR-181d-5p inhibitor）、阴性对照（NC）及其靶基因的干扰siRNA （Gene-siRNA），转染细胞6 h后进行诱导分化。6 d后，分别对不同处理的细胞通过实时荧光定量PCR检测基因表达情况，油红O染色鉴定甘油三酯生成情况。【结果】 保守性分析结果表明，miR-181a和miR-181d-5p在猪、人、大鼠和小鼠间具有高度序列保守性；miR-181a与miR-181d-5p在猪不同组织中定量结果显示，miR-181a与miR-181d-5p在猪脂肪组织中特异性高表达；靶基因预测结果表明，miR-181a与miR-181d-5p的靶基因分别为线粒体甘油3-磷酸脱氢酶（GPD2）和环腺苷酸反应元件（CREB1）；GO和KEGG功能富集分析发现，miR-181a和miR-181d-5p的靶基因可以抑制甘油三酯生成，调节脂肪细胞分化，且miR-181a和miR-181d-5p与其靶基因的自由结合能均<－87.8 kJ/mol；双荧光素酶报告基因试验结果表明，转染miR-181a与miR-181d-5p的mimics可以极显著抑制靶基因3'-UTR野生型双荧光素酶报告载体中的荧光素酶活性（P<0.01），但不影响靶基因突变型双荧光素酶报告载体中的荧光素酶活性。诱导分化结果表明，与未分化脂肪细胞（0 d）相比，miR-181a表达量在分化的第4天显著升高（P<0.05），到第6天达到极显著差异（P<0.01）；miR-181d-5p及GPD2和CREB1基因表达量在分化的第4、6天均极显著升高（P<0.01）。miR-181a和miR-181d-5p的细胞转染试验均得到相似结果，与NC组相比，mimics组miR-181a与miR-181d-5p的表达量均极显著上升（P<0.01），inhibitor组miR-181a与miR-181d-5p表达量均极显著下降（P<0.01）；mimics和siRNA组的GPD2与CREB1基因表达量均极显著下降（P<0.01），inhibitor组GPD2与CREB1基因表达量均极显著上升（P<0.01）；mimics和siRNA组PPARγ和C/EBPα基因的相对表达量均显著或极显著上升（P<0.05；P<0.01），inhibitor组PPARγ和C/EBPα基因的表达量均显著下降（P<0.05）；油红O染色结果表明，与NC组相比，mimics和siRNA组细胞脂滴数目增加，inhibitor组细胞脂滴数目减少。【结论】 miR-181a和miR-181d-5p可以分别靶向结合GPD2和CREB1基因3'-UTR区域序列，降低GPD2和CREB1基因的表达，促进猪前体脂肪细胞成脂分化。     

miR-192进化分析、靶基因预测及组织表达分析

【目的】研究miR-192的生物进化进程和潜在靶基因功能,以及miR-192在大围子猪(脂肪型猪)和大约克夏猪(瘦肉型猪)脂肪组织中的差异表达。【方法】利用miBase数据库获取miR-192成熟序列,并利用Ensembl数据库定位miR-192在不同物种基因组的分布特征;采用Mega 11.0软件程序构建miR-192系统进化树;通过实时荧光定量PCR检测miR-192在大围子猪和大约克夏猪背部脂肪组织中的表达情况,并比较表达差异;利用不同在线网站预测猪miR-192靶基因,并对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】miR-192在生物进化过程中具有高度保守性;实时荧光定量PCR结果显示,miR-192在大围子猪背部脂肪组织的表达量极显著高于大约克夏猪(P<0.01));GO功能和KEGG通路富集分析结果表明,miR-192靶基因主要起转录前调节和结合的作用,且主要在染色质和细胞核中发挥作用,多数基因富集在与脂肪代谢相关的信号通路;对3个网站不同物种预测结果取交集共获得猪miR-192保守靶基因5个。【结论】miR-192在生物进化过程中具有高度保守性,可能通过靶向...     

SH2B1基因及miR-276-3p对猪背部脂肪沉积的影响

本试验旨在研究SH2B衔接因子蛋白1（SH2B adaptor protein 1，SH2B1）基因在猪不同组织和生长发育各阶段背部脂肪中的表达情况，预测调控该基因的miR-276-3p对猪背部脂肪表达的影响。应用实时荧光定量PCR技术检测SH2B1基因在猪脂肪、下丘脑等6种组织，以及在30、60、90、120和180 d猪背部脂肪组织中的相对表达量。靶标预测SH2B1基因的调控miRNA，并通过实时荧光定量PCR检测miR-276-3p对该基因的调控作用。结果显示，SH2B1基因在猪的6种组织中均有表达，且在脂肪组织中表达量最高，在肌肉组织中表达量最低。在猪生长发育各阶段背部脂肪中SH2B1基因均有表达，在前期（30和60 d）表达量较低，在中、后期（90、120和180 d）持续高表达，且显著高于前期表达量（P<0.05）。高、低背膘厚组背部脂肪中miR-276-3p与SH2B1基因均呈差异表达，且两者表达呈相反趋势，miR-276-3p在高背膘厚组中的表达量显著低于低背膘厚组（P<0.05），而SH2B1基因在高背膘厚组中的表达量却显著高于低背膘厚组（P<0.05）。miR-276-3p可通过靶向负调控SH2B1基因，影响猪背部脂肪的沉积。本试验结果为进一步深入研究猪背部脂肪沉积和背膘厚差异的分子机制提供参考。     

从江香猪miR-143-3P克隆及组织表达

为探究miR-143-3P对从江香猪的表达调控作用,本研究通过SWChen 2.3程序筛选出PRKAA1基因3'-UTR相关的miRNAs,利用生物信息学软件分析其保守性,采用茎环法设计引物克隆miR-143-3P序列,运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测该miRNA在从江香猪各组织中的表达水平。结果表明:通过SWChen2.3软件与高通量测序筛选出共同miRNAs有8个,以其中的miR-143-3P为研究对象;成功克隆出miR-143-3P成熟序列;生物信息学分析发现miR-143-3P在各物种中具有较高的保守性;miR-143-3P在从江香猪各组织均有表达,其中在肝、脾、胃组织中的表达量极显著高于其他组织。     

miR-10b对牛卵巢颗粒细胞凋亡的影响

颗粒细胞是卵巢中必需的体细胞,在卵泡发育过程中起重要作用。为探究miR-10b对牛卵巢颗粒细胞凋亡的影响,本实验中2个处理组分别转染miR-10b模拟物(miR-10b mimics)和miRNA模拟物(mimics NC),转染48h后,通过Quantitativereal-timePCR(qRT-PCR)检测内源miR-10b表达量,明确miR-10b mimics转染成功。利用qRT-PCR和Western Blot检测凋亡相关蛋白Caspase-3、Bcl-2和Bax表达量的变化;利用流式细胞术检测颗粒细胞凋亡率。结果显示:与mimics NC组相比,miR-10b mimics组Bcl-2 mRNA和蛋白表达水平显著降低,Bax和Caspase-3 mRNA和蛋白表达水平显著升高;同时miR-10b mimics组的细胞凋亡率较mimics NC组显著升高。结果表明,miR-10b可促进牛卵巢颗粒细胞凋亡。     

miR-15a对猪卵泡颗粒细胞BDNF基因表达的影响

为探索miR-15a对猪卵泡发育的影响,选取健康大卵泡、中等卵泡和闭锁卵泡,研究不同卵泡中miR-15a的相对表达量以及其是否对卵巢颗粒细胞中有BDNF表达具有调节作用。分别抽取直径3-5 mm、大于5 mm健康卵泡和3-5 mm闭锁猪卵泡,采用q PCR检测发现闭锁卵泡中miR-15a表达显著升高。免疫组化结果显示中等健康卵泡颗粒细胞上BDNF、Tr KB均有表达,而在靠近卵泡腔的凋亡颗粒细胞BDNF免疫阳性反应较弱。分离培养猪卵巢颗粒细胞,过表达miR-15a能显著上调BDNF基因表达水平,Bcl-2基因表达有下降趋势但差异不显著;抑制miR-15a表达能显著抑制BDNF、bcl-2基因表达水平。Western-Blot结果发现,过表达miR-15a显著下调BDNF蛋白水平,而抑制miR-15a表达则能显著上调BDNF蛋白水平。实验结果显示miR-15a可能经由其靶基因BDNF参与猪卵泡的发育和闭锁。     

香猪睾丸miR-449b和miR-222分子的发育性变化

为了阐明miR-449b和miR-222对贵州从江香猪睾丸发育的调节作用。运用qPCR方法检测香猪睾丸组织中miR-449b和miR-222表达量的发育性变化,通过miRSystem数据库、Kobas数据库对预测的靶基因进行信号转导通路富集分析。经克隆测序,得到香猪miR-222序列,与猪的相似性为100%,而且物种之间miR-449b和miR-222两个分子的保守性都很高。香猪睾丸中miR-449b于1~4月龄期间的表达量逐渐上升,4月龄时表达量达到峰值,之后下降;miR-222的表达量呈现相反的变化趋势,于1~4月龄期间表达量逐渐下降,1月龄时最高,4月龄时最低,之后的表达量有所回升;已知物种的miR-449b和miR-222序列高度保守;经预测miR-449b靶基因有420个,富集于卵母细胞减数分裂、Notch信号通路、Ras信号通路等100个途径(P0.05),miR-222的靶基因有429个,富集于细胞周期、Fox O信号通路、TGF-β信号通路等69个通路(P0.05);miR-449b和miR-222的靶基因共享的通路为Wnt信号通路、MAPK信号通路、雌激素信号通路等42个(P0.05)。     

三种猪病相关microRNAs的研究

本实验旨在探索繁殖与呼吸综合征(PRRS)、口蹄疫(FMD)和传染病胃肠炎(TGE)感染猪的microRNA(miRNA)变化,为疫病监测提供新途径。采用生物信息学方法预测可能的相关病毒miRNA,在MARC-145细胞系中转染10种miRNA mimic和inhibitor。相关实验结果发现过表达miR-125b、miR-147和miR-181降低了PRRSV的繁殖,而敲低miR-125b、miR-147和miR-181能促进PRRSV复制;感染猪口蹄病毒的样本中let-7a表达量明显上升,而miR-146b表达量明显下降;对照组中miR-142的表达量高于患有传染性胃肠炎样品。说明相关microRNAs可能参与病毒调控,可用作检测参考指标。     

鹿茸顶端组织miRNA芯片制备及差异表达miRNA的筛选

为制备梅花鹿鹿茸顶端间充质组织及软骨组织miRNA芯片,分离鹿茸间充质和软骨组织细胞,利用TRIzol试剂法分别提取细胞的总RNA,并进行miRNA生物素标记,将标记的小RNA在miRNA芯片上进行杂交反应,再进行芯片扫描及数据处理,应用相对荧光定量Real-time PCR法验证部分miRNA芯片结果的可靠性。研究结果显示:筛选得到鹿茸间充质和软骨组织miRNA差异表达谱。间充质部位存在的miRNA为289个,软骨部位存在的miRNA条数为304条。其中间充质组织中117个miRNA表达上调,71个miRNA表达下调;软骨组织中97个miRNA表达上调,87个miRNA表达下调;两个组织中共同存在且具有显著差异性表达的miRNA为158个。Real-time PCR法验证结果显示,相对于间充质细胞,miR-1、miR-18a、miR-18b、miR-19a、miR-19b、miR-20b和miR-let-7f的表达均上调;而miR-99b、miR-130b及miR-184的表达均下调,与芯片结果一致。     

从江香猪miR-146b-3p的组织表达、靶基因预测及其初步研究

本研究以从江香猪和大白猪为实验对象,用颈环qRT-PCR法分析miR-146b-3p在从江香猪和大白猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、大肠、小肠8种组织中的表达量,利用软件miRNA22.2和TargetScan预测从江香猪miR-146b-3p的靶基因及其结合位点,并用普通PCR技术对从江香猪miR-146b-3p前体序列进行克隆验证,构建其真核表达载体并转染至从江香猪肌细胞,同时采用qRT-PCR方法检测生长相关基因生长激素受体(Growth hormone receptor,GHR)与IGF-1的表达情况。结果显示:miR-146b-3p在从江香猪小肠组织中的相对表达量最高,显著高于其他组织,在背最长肌组织中表达量最低(P0.01);miR-146b-3p在大白猪肝脏和肺脏组织中表达量最高,心脏中最低(P0.01)。除心脏与大肠外,miR-146b-3p在从江香猪其余组织中的表达量均显著高于大白猪(P0.05)。分析发现miR-146b-3p与GHR 3'UTR存在靶位点;在从江香猪肌细胞中超表达miR-146b-3p后能极显著下调GHR的表达,而对IGF-1表达量的影响不显著。以上结果表明miR-146b-3p在动物生长发育过程中扮演着至关重要的角色,该结果为下一步研究miR-146b-3p调控相关基因参与动物生长发育的分子机制奠定了理论依据和实验基础。     

miR-15b在荣昌猪不同体组织中的表达差异及其在C_2C_(12)细胞中的动态表达分析

为探究miR-15b在荣昌猪不同体组织中的表达差异及其在C_2C_(12)细胞不同发育时期的动态表达变化,本研究采用RT-qPCR方法检测miR-15b在荣昌猪心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏、胃、肌肉、胸腺和小肠组织及其在C_2C_(12)细胞增殖和分化过程中的表达水平。结果表明:miR-15b在荣昌猪各组织中均有表达,其中在心脏和胸腺中的表达量最高,在肝脏和肾脏中的表达量最低;miR-15b的表达量在C_2C_(12)细胞的整个增殖过程中均显著升高,在C_2C_(12)细胞的整个分化过程中先显著升高再显著降低。综上所述,miR-15b在荣昌猪各组织广泛表达,其表达量在C_2C_(12)细胞的增殖和早期分化中显著升高,推测miR-15b在C_2C_(12)细胞的增殖以及分化早期发挥重要功能。