雷琼牛Cyt b基因序列分析及其分子系统发生探讨

通过对20头雷琼牛(Bos indicus)细胞色素b(Cyt b)基因序列(1 140 bp)的比对和分析,共发现7个变异位点,定义了6种单倍型。经与GenBank上6个牛种的Cyt b基因序列进行比较,分析其碱基组成和核苷酸序列变异,计算不同牛种间的kimura双参数遗传距离。以亚洲水牛(Bubalusbubalis)为外群,应用邻接法构建牛属动物分子系统发育树。结果表明:雷琼牛与印度瘤牛(Bos indicus)一样同属于典型的瘤牛,但两者有明显的区别,推测中国可能是世界瘤牛的发源地之一,不支持雷琼牛含有爪哇牛(Bos javanicus)血统的观点。     

西北马鹿群体遗传多样性及系统地位

【目的】揭示西北马鹿(Cervus elaphus)群体的遗传多样性及系统地位,为科学地保护和利用我国西北地区马鹿资源提供基础研究材料。【方法】对塔里木马鹿、阿尔泰马鹿、天山马鹿、甘肃马鹿及阿拉善马鹿5个群体108个个体的D-loop全序列进行扩增、测序,分析其碱基组成及变异,构建系统发育树,研究西北马鹿群体遗传结构、群体遗传多样性及其系统地位。【结果】共检测到40个单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.998±0.006,平均核苷酸多样度(Pi)为0.041±0.005,平均核苷酸差异数(K)为36.08。构建NJ和MP分子系统发育树发现,塔里木马鹿与其他马鹿遗传距离较远,分属于不同的类群;阿尔泰马鹿、天山马鹿及甘肃马鹿之间均存在基因交流,可能是群体间引种杂交所致。【结论】西北地区马鹿整体遗传多样性丰富;中国马鹿可能起源于欧洲;部分马鹿群体间存在基因交流情况。     

基于Cytb基因的家养双峰驼分子系统发育研究

【目的】探讨我国家养双峰驼系统进化及其与野生双峰驼的进化关系,为科学评价、保护和利用我国双峰驼的遗传资源奠定基础。【方法】测定了37峰家养双峰驼线粒体细胞色素b(Cytb)的部分基因序列,并结合GenBank中已有的家养和野生双峰驼线粒体细胞色素b基因序列,对家养双峰驼进行系统发育分析。【结果】测得的家养双峰驼Cytb基因序列1 024 bp的位点中,有14个变异位点,核苷酸多样度(Pi)为0.002 27±0.001 27,共定义了11种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.820±0.044,平均核苷酸差异数(k)为2.327,表明家养双峰驼群体的Cytb基因遗传多样性比较丰富。构建的NJ系统进化树显示,家养双峰驼起源于同一母系,但与野生双峰驼不是同一母系起源。【结论】我国家养双峰驼的祖先与现存的野生双峰驼并非同一个亚种。     

新疆的马鹿及其开发利用

<正> 鹿是一种经济价值很高的药用动物,其产品是制药工业的重要原料,其中鹿茸是名贵药材,既是医疗剂,又是滋补品,具有极高的应用价值。 马鹿(Cervus elaphus Linnaeus)又名赤鹿,是鹿的一种,在鹿科动物中是一种较大型的鹿。它广泛分布于我国的东北、内蒙古及西北地区,因受分布地区生态环境的影响,又形成了许多亚种,多以产地命名,如东北马鹿、青海马鹿、天山马鹿等。     

基于线粒体细胞色素b基因序列的骨舌鱼科鱼类分子系统发育的研究

为阐明骨舌鱼科鱼类的遗传结构和进化关系,测定了美丽硬仆骨舌鱼Scleropages formosus的3个品种金龙(Gold arowana)、红龙(Red arowana)、青龙(Green arowana)细胞色素b(cyt b)基因全序列(1 141 bp),结合来自GenBank中珍珠龙Scleropages leichardti、星点珍珠龙S.jardini、非洲龙Heterotis niloticus、黑龙Osteoglossum ferrerirai、银龙O.bicirrhosum、海象Arapaima gigas的全序列,用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统树,初步分析了骨舌鱼科鱼类的系统发育关系.NJ树和MP树均一致表明,骨舌鱼类为单系类群,分为4支,支持骨舌鱼科下设4个属(坚体鱼属Scleropages、异耳鱼属Heterotis、骨舌鱼属Osteoglossum、巨骨舌鱼属Arapaima)阶元的分类系统,4个属的系统关系与其形态、生态特征表型进化和地理分布较为一致.而金龙、红龙和青龙的mtDNA Cytb的碱基差异小于1%,说明这3个龙鱼品种还在同一种的水平上.     

利用mtDNA Cyt b基因探讨黔东南小香羊系统地位

黔东南小香羊和贵州白山羊之间的遗传关系一直存在争议,为此,对黔东南小香羊16个个体和贵州白山羊13个个体细胞色素b基因全序列进行了测定,通过遗传多样性和系统发育分析,探讨黔东南小香羊系统地位.结果表明:在2个贵州山羊群体中共观察到8种单倍型,2种单倍型共享,其中,贵州白山羊有7种单倍型,黔东南小香羊有3种单倍型;黔东南小香羊单倍型多样性(Hd)为 0.625,核苷酸多样性(Pi)为0.00189,贵州白山羊的Hd和Pi分别为0.923 和0.00324,贵州白山羊遗传多样性比黔东南小香羊丰富.结合从GenBank 中检索获得的野生山羊、岩羊、绵羊细胞色素b基因序列构建分子系统发生树,结果显示,黔东南小香羊和贵州白山羊与胃石山羊亲缘关系最近,与我国野生岩羊亲缘关系较远.     

基于cytb基因探讨家绵羊和多角绵羊的系统发育

 【目的】研究中国家绵羊起源进化以及多角绵羊和普通家绵羊的亲缘关系。【方法】测定8个省区42个绵羊个体的细胞色素b基因全序列。【结果】本试验的绵羊个体可定义为40个单倍型,单倍型多样度为0.997±0.006,核苷酸多样度为0.793%。中国绵羊群体可分为4个支系(A、B、C 和D),其中支系D首次在中国绵羊群体中被检测到;支系B与支系C的差异最大,分化时间大约为595±150万年。多角绵羊与家绵羊聚在一起,而与野绵羊亲缘关系较远,分属于支系A、B和D。【结论】系统发育分析表明,中国绵羊有多个母系起源或经过多次驯化,未发现盘羊、东方盘羊和亚洲摩佛伦羊与绵羊母系祖先形成相关的分子证据。     

基于细胞色素b基因序列的中国牛亚科家畜系统发育关系

 【目的】探讨中国牛亚科家畜物种间的系统发育关系,为牛亚科家畜的系统演化历史提供分子证据。【方法】采用PCR产物直接双向测序法,获得普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛、沼泽型亚洲水牛和河流型亚洲水牛共6个物种的线粒体DNA Cyt b基因全长序列,运用分子进化软件分析物种间的系统发育关系。【结果】6个牛种的Cyt b基因序列长度均为1 140 bp,没有观察到插入/缺失突变,共检测到220个变异位点,包含213个简约信息位点;Cyt b基因序列变异中转换数明显高于颠换数,转换数和颠换数的比值为5.2,突变没有达到饱和状态。由遗传距离可知,普通牛与瘤牛的亲缘关系最近,而它们与大额牛、牦牛、沼泽型亚洲水牛、河流型亚洲水牛的亲缘关系依次逐渐疏远。牛亚科家畜6个物种分布于4个主要的单系群分支,可划归为家牛属、牦牛属、准野牛属和水牛属;牛种间的分歧时间在0.775—6.43 MYA,亚洲水牛与其它牛种间的分歧时间最长,普通牛与瘤牛的分歧时间最短。大额牛和印度野牛的单系性都没有得到显现,大额牛和印度野牛在线粒体DNA水平上不能清晰地相互区分。【结论】中国牛亚科6个牛种划分为4个分支,分别对应于家牛属、牦牛属、准野牛属和水牛属,家牛属与准野牛属、牦牛属、水牛属的亲缘关系逐渐疏远;6个牛种间的进化分歧时间在0.775—6.43 MYA。大额牛与印度野牛的亲缘关系非常近,两者在较早的世代具有共同的母系起源;不支持大额牛是印度野牛的家养型或驯化种的观点,它们有可能都是现已灭绝的某种野生牛的后代。     

基于线粒体细胞色素b基因的3个兰州鲇群体的遗传多样性分析

测定了3个兰州鲇群体,即野生兰州鲇(WS)、兰州鲇亲本(Qs)、人工繁育鲇子一代(ZS),共56尾样本的线粒体细胞色素b基因,运用MEGA 4.0、DNASP等软件对样本的968 bp线粒体Cytb基因序列进行了分析.结果显示:共检测到17种单倍型、99个变异位点,其中有93个是多态位点(包含74个简约信息位点),总变...     

塔里木马鹿、天山马鹿和梅花鹿同期发情调控技术研究

试验采用CIDR(阴道药栓) PMSG(孕马血清促性腺激素)的方法分别对塔里木马鹿(Cervusela-phusyarkandensis)、天山马鹿(Cervuselaphussongaricus)和梅花鹿(Cervusnippon)进行了同期发情处理,目的是将自行研制的CIDR与新西兰产CIDR从处理效果与成本上进行比较。此外,还将GnRH与hCG对母鹿的促排卵作用进行了比较,其中重点对塔里木马鹿进行了较深入的研究。结果表明,本试验设计的CIDR及配套处理方案与新西兰进口CIDR的处理效果无明显差异(P>0.05),但成本价格降低约50%;GnRH与hCG均可显著提高母鹿排卵率(P<0.05),而二者在处理效应上无明显差异(P>0.05)。     

马鹿卵母细胞的超微结构研究

目的通过对马鹿卵母细胞的超微结构进行研究,旨在为马鹿繁殖育种的研究提供基础理论依据。方法用FSH对母马鹿进行超数排卵,采用抽吸法和切割法采集卵母细胞,利用透射电镜观察其超微结构。结果在光镜下,马鹿卵母细胞的平均直径为172.958±17.298μm,卵丘细胞厚度为67.750±33.107μm,透明带厚度为13.782±2.516μm。电镜下,卵母细胞外的卵丘细胞紧紧包裹卵母细胞,且与卵母细胞之间有大量细长的微绒毛相联系;卵丘细胞核呈卵圆形,其长径为4.250±0.042μm,短径为2.750±0.071μm;透明带均匀,与卵母细胞结合紧密;在皮质区集中分布大量的多嵴型线粒体、脂滴和空泡,线粒体长径为0.600±0.106μm,短径为0.490±0.117μm;细胞核中颗粒状的核质分布非常均匀。     

梅花鹿品种(品系)鉴定的分子生物学策略

中国目前培育成的三个梅花鹿品种(品系)间在外型差异上并不显著，单从形态学特征尚不能达到品种(品系)鉴别的目的。当今分子遗传标记被公认为能够最真实地反映个体及群体遗传信息。提出了可用于品种(品系)鉴别的几种分子生物学策略，并且对其进行了评估。分子生物学策略将为梅花鹿品种品系鉴定提供新途径。     

完达山林区马鹿的冬季食性

2003～2004年在黑龙江省完达山林区,根据野外啃食痕迹调查,对马鹿冬季食性进行了研究。结果表明,榆、紫椴、榛、暴马丁香、杨、黄檗是马鹿主要的冬季食物(44．31％、10．07％、7．60％、7．17％、6．56％、6．38％),组成马鹿冬季大宗食物。马鹿对榆、核桃楸、龙牙楤木、紫椴、毛接骨木、黄檗、水曲柳、狗枣猕猴桃、柳、托盘、疣枝卫矛表现出正选择。杨、榛和暴马丁香虽然是马鹿的主要食物,但相对于它们较高的可获得性而言,马鹿对它们表现出负选择。     

基于ITS的我国桑科植物分子系统学研究

[目的]基于ITS序列初步探讨我国桑科植物的分子系统学。[方法]测定33份桑科材料的ITS序列,通过最大简约法分析它们的分子系统学,并将分析结果与经典分类做比较。[结果]在原始类群和单系类群的确定上与经典分类基本一致;"刺桑、叶被木、圆叶刺桑与桑属的亲缘关系近"这一结果与经典分类不一致。[结论]该研究为我国桑科植物的系统学分析积累了分子生物学资料。     

鲤斜管虫的分子系统发育研究

测定了鲤斜管虫(Chilodonella cyprini)的ITS1-5.8S-ITS2基因序列,使用PHYLIP3.66软件及MEGA3.1软件构建了其NJ及UPGMA两种分子系统发育树。结果表明:无论采用何种软件,鲤斜管虫都表现出与四膜虫亲缘关系最接近,而与同一属的钩刺斜管虫亲缘关系较远。     

中国马鹿(Cervus elaphus)新疆三个亚种的研究现状及展望

马鹿(Cervus elaphus)是国家二级保护动物,是重要的经济动物.我国马鹿资源丰富,分布在新疆的有塔里木亚种(C.e. yarkandensis)、阿勒泰亚种(C.e.sibiricus) 和天山亚种(C.e.songaricus)三个.近年来随着当地人口数量的增加,使马鹿栖息地的破碎化程度不断加剧、面积不断缩减、环境质量不断下降,严重影响了该地区的马鹿生存条件、种群结构、营养状况乃至遗传组成等,使之在生理、行为和遗传等方面发生了一系列的适应特征.根据文献资料系统的总结有关新疆马鹿各个方面的研究,提出未来的各种研究问题,为了有效的保护和利用新疆马鹿资源提供科学依据.     

基于Cyt b基因序列的大叶蝉亚科部分种类分子系统学分析

为探讨吸汁类害虫大叶蝉亚科种类间的系统发生关系,选用线粒体Cyt b基因432 bp片段进行扩增、测序,分析大叶蝉亚科9属21种昆虫的系统发育关系.结果表明:Cyt b基因的多序列中,有227个核甘酸变异位点,变异率为52.5％,简约信息位点206个,占总位点数的47.7％;T、C、A、G碱基平均含量分别为38.8％、17.4％、33.2％、10.6％,A+T平均含量为72.0％,明显高于G+C含量(28.0％).T、C转换大于A、G,T、A颠换占主体.密码子第1、3位点转换已达到一定饱和.以横脊叶蝉亚科(Evacanthinae)的2种类(黑条脊额叶蝉、褐带横脊叶蝉)以及杆叶蝉(Hylicinae)作为外群,基于432 bp编码的144个氨基酸序列构建了系统树,MP树和NJ树结构基本一致,均支持大叶蝉各属的单系性,构建的系统树和雄性外生殖器一些特征演化吻合.故Cyt b基因是大叶蝉亚科属种系统发育十分有效的基因.     

东北地区狍种群的遗传变异

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记,对东北地区不同狍种群的遗传变异进行了研究。20个随机引物共检出123条带,其中114条带表现出多态性,多态率92.7%。多态条带比率(PPB)、Shannon多样性指数(I)及Nei′s基因多样性指数(h)均显示东北地区狍具有较为丰富的遗传多样性。东北地区长白山、大兴安岭和完达山3个地理种群中,大兴安岭种群遗传多样性最低。采用Nei′s遗传距离、基因分化系数(Gst)、Shannon多样性指数阶层分析和AMOVA分析各种群遗传分化,结果显示,东北地区狍种群存在一定的遗传分化,但分化程度不高,遗传变异主要来自种群内。