3种番茄斑萎病毒属病毒多重RT-PCR检测方法的建立

利用LaserGene软件对Genbank数据库中已登陆的番茄斑萎病毒(TSWV)、凤仙花坏死斑病毒(INSV)和鸢尾黄斑病毒(IYSV)全基因组序列进行比对,选择最保守的区域,设计3种病毒的特异性引物,通过逐步调整优化PCR的反应条件,建立了多重RT-PCR检测TSWV、INSV和IYSV的技术体系。结果表明:可从约16μg的带毒烟草叶片中同时检测到3种病毒,具有较高的特异性和准确性。该方法可以同步、快速、特异地检测出受侵染寄主植物中的TSWV、INSV和IYSV。     

食物源SARS病毒的巢式PCR检测研究

本研究利用巢式RT-PCR技术,针对SARS病毒RNA序列保守区域设计并筛选出实用、可靠、灵敏度高、忠实性好的引物,对食品中的所有RNA进行扩增,并对扩增产物进行分析检测,从而确定食品中是否被SARS病毒污染。通过研究发现建立的巢式RT-PCR检测技术方法可以检测到10-6μg／μL的RNA量水平,并且,通过限制性酶切分析,表明RT-PCR扩增产物具有很好的忠实性;在研究中还发现,用普通RT-PCR对食品进行检测时,会有非特异扩增条带的产生,而用RT-nested PCR方法可以消除这些非特异扩增条带的产生,从而消除由于非特异扩增条带干扰造成的假阴性结果。通过对食品样品的检测没有发现这些食品受到SARS病毒的污染。     

番茄环斑病毒的普通RT-PCR和巢式PCR检测方法

根据番茄环斑病毒（ToRSV）外壳蛋白（CP）基因的保守序列设计了2对引物（引物对Ⅰ和Ⅱ）,利用RT—PCR分别扩增出预期大小的800bp和580bp的条带,其中引物对Ⅱ扩增效率较高、特异性较好。以引物对Ⅰ和Ⅱ进行2轮PCR扩增,建立了巢式PCR检测方法,其灵敏度比普通RT-PCR提高100～200倍。序列测定和分析表明所测定的序列为ToRSVCP基因的部分序列,在系统关系树上与ToRSV的其他分离物形成一簇,亲缘关系很近。     

半巢式RT-Realtime PCR检测番茄丛矮病毒

番茄丛矮病毒(ToBSV)是我国进境植物检疫对象,也是进境种子苗木等必检项目。该病毒能侵染番茄、曼陀罗、葡萄、豇豆等20余科120余种植物。该研究根据ToBSV全基因组中p33蛋白基因,设计引物和Taq Man探针,建立了半巢式实时PCR检测ToBSV的新方法。该研究巧妙地融合了巢式PCR和Taq Man探针技术,第二步半巢式-RT-Realtime PCR既进一步放大了第一步检测信号,也是对第一步PCR产物的确认,与单一的巢式PCR或Realtime PCR等方法相比其检测的准确性、灵敏度更高。该方法检测灵敏度可达50 fg/μL植物总RNA。     

犬瘟热病毒巢式RT-PCR检测方法的建立及初步应用

[目的]建立一种犬瘟热病毒(CDV) RT-nested PCR检测方法.[方法]根据CDV弱毒株Onderstepoort 的核衣壳蛋白(NP)基因序列设计套式引物,进行特异性、敏感性、重复性实验.[结果]特异性试验表明,该方法可以特异扩增出CDV NP基因片段,但从RNA病毒狂犬病病毒(RV),DNA病毒犬细小病毒(CPV)以及正常Vero细胞中均未扩增出该条带.敏感性试验表明,RT-PCR可以扩增10-3稀释度的病毒RNA,而建立的RT-nested PCR可以扩增10-6稀释度的病毒RNA,后者的敏感性明显高于前者.重复性实验表明,不同情况下的3次重复实验,结果相同.用RT-nested PCR对石河子地区疑似感染CDV的病料进行检测,结果表明,该研究建立的RT- nested PCR不仅能有效的检测CDV感染,而且能够检测不同组织的样品.[结论]建立的RT-nested PCR检测方法,适用于动物CDV的快速诊断和流行病学调查.     

应用巢式PCR检测鸭圆环病毒浙江株及其全基因序列分析

应用巢式PCR（nested PCR）技术对收集自浙江温州种番鸭进行鸭圆环病毒核酸扩增,并对测定的序列进行分析,结果用套式引物扩增出目的条带片段大小约为340nt。根据序列测定结果设计1对反向引物用于测定病毒基因组余下的基因片段。序列分析表明该圆环病毒基因组全长为1995nt,其ORF-V1编码292个氨基酸,ORF—C1编码257个氨基酸。序列分析表明,本试验株与番鸭分离株（GenBank登录号EF451157）和半番鸭分离株（GenBank登录号EU344804）的同源性最高,均高达99．2％,与鸭圆环病毒欧洲（德国）分离株和北美（美国）分离株在同一支遗传进化关系上。     

鸭黄病毒巢式PCR检测方法的建立和应用

参照GeneBank已登录的黄病毒基因序列设计通用引物,建立基于黄病毒通用引物的巢式PCR检测体系,为黄病毒特别是新发黄病毒提供了高效的检测方法。该方法通过基因组的比对,选择NS5基因保守区设计了4条通用简并引物Flav P1～Flav P4,在此基础上建立了巢式PCR反应体系,并应用到鸭黄病毒的检测中。该体系仅能扩增鸭黄病毒目的基因而不能扩增其他病毒,且敏感性达到90copies.μL-1,比普通PCR高出1 000倍。同源性和进化分析表明,鸭黄病毒属蚊媒黄病毒类恩塔亚病毒群,与坦布苏病毒及近期发现的BYD病毒关系最近。以上结果表明,设计的黄病毒引物具有良好的通用性和特异性,其巢式PCR敏感性高,该体系成功地进行了鸭黄病毒的检测,验证了该方法的敏感性和特异性。     

巢式PCR检测转基因小麦的研究

利用巢式PCR方法对转RSSP1-TiERF1基因的T0代小麦进行了DNA检测。结果表明,该方法对于检测基因组庞大、外源基因序列GC含量高且与内源基因同源性高的转基因小麦十分有效。     

犬细小病毒巢式PCR诊断方法的建立及应用

[目的]以期建立犬细小病毒巢式PCR诊断方法.[方法]根据基因库已发表的CPV VP2基因序列设计二对巢式引物,以临床上疑似CPV感染的犬粪样品中提取的总DNA作为模板,用巢式PCR方法扩增出CPV VP2基因的目的条带.[结果]扩增出的目的基因与国际标准序列的同源性为99.3;～ 100;.特异性试验发现该引物不能启动犬其它常见病毒基因的扩增.敏感性试验表明该引物能检测到10-9的CPV总RNA量.重复性试验显示该引物具有良好的稳定性.对采集的26份样品进行CPV巢式PCR检测,20份样品为阳性,阳性率为76.9;.[结论]建立的CPV的RT - PCR检测方法可于临床CPV的快速诊断和小规模的分子流行病学调查.     

芒果畸形病的巢式PCR检测

建立了检测芒果畸形病的有效方法。利用Fusarium proliferatum的钙调蛋白基因序列设计外侧引物PRO1/PRO2和内侧引物O1/O2,采用引物PRO1/PRO2可以从芒果畸形病病原菌基因组中扩增出527 bp的特异性基因片段,采用引物O1/O2可获得477 bp的基因片段。巢式PCR的检测灵敏度达5×10-5ng/μL,是常规PCR的100倍。此法具有良好的特异性和检测灵敏度,为芒果畸形病的早期诊断和及时有效的防治提供技术方法和理论依据。     

香石竹坏死斑点病毒的鉴定与检测

调查表明云南省昆明市团结乡香石竹普遍发生病毒病。电镜负染检测采自团结乡香石竹病毒病病样,病叶汁液中观察到弯曲长线型的病毒粒体,长度约1000~1600 nm,直径约12 nm。对这些病样的叶片进行间接ELISA检测,所有样品与香石竹坏死斑点病毒抗血清都呈阳性反应。按照报道的长线形病毒属简并引物合成引物,采用RT-PCR法对血清反应呈阳性的香石竹总RNA扩增了1059ntsHSP70基因部分编码序列,将其克隆到pMD18-T载体上,并进行序列分析。根据测序结果设计引物建立RT-PCR扩增检测方法并测定其灵敏度。结果表明,使用简并引物和新设计的引物均能从CNFV感病香石竹组织中扩增出与预期大小一致的目标片段,而健康组织无此扩增产物。灵敏性测定结果表明该特异性引物RT-PCR可从稀释106植物总RNA中检测出病毒。     

RT－PCR方法检测番茄环斑病毒的研究

根据番茄环斑病毒（TomRSV）外壳蛋白基因序列设计的引物P1，P2，用感病及健康组织总RNA为模板，进行RT-PCR试验，结果从感病组织中扩增出了470bp的目的片段，而健康组织中无此扩增带。摸索各项实验条件，建立了RT-PCR检测番茄环斑病毒（TomRSV）的方法。     

猪诺如病毒巢式RT-PCR检测方法的建立与应用

为了解中国猪群中猪诺如病毒感染情况,本研究根据猪诺如病毒保守的RNA依赖性RNA多聚酶(RNA Dependent RNA Polymerase,RDRP)基因序列设计了一套巢式RT-PCR引物,用该引物从猪粪便样品中扩增出与预期目的产物大小一致的条带,经克隆、测序后获得的序列与GenB ank数据库序列比对,证明所扩增的序列属于猪诺如病毒,表明本研究成功建立了猪诺如病毒巢式RT-PCR检测方法。该检测方法具有高特异性和敏感性,应用该方法检测某猪场健康育肥猪粪便样品,阳性率为54.5%。通过RDRP基因进行核苷酸同源比对发现本文获得的猪诺如病毒Wuning 1株属于GII群诺如病毒,与美国猪诺如病毒毒株OH-QW101/03/US、中国猪诺如病毒毒株Norovirus pig/GII/Ch6/China/2009核苷酸序列同源性最近。值得注意的是猪诺如病毒Wuning1毒株与武汉人诺如病毒毒株E2120/CHN/2010核苷酸同源性高达77.1%,说明猪诺如病毒Wuning 1毒株与武汉人诺如病毒基因组上亲缘性较近。本研究成功建立了一种检测猪诺如病毒的巢式RT-PCR方法,并应用于临床猪粪便样品的检测,为猪诺如病毒的诊断与监测提供了可供借鉴的方法、为猪诺如病毒的进化、分子病毒学及与人诺如病毒关系的深入研究提供依据。     

桃树李矮缩病的RT-PCR检测

比较了4种桃叶片RNA提取方法,建立了RT-PCR桃李矮缩病检测体系。结果表明凯基TRIzol试剂法简便快捷,提取的RNA质量较好,可用于RT-PCR。RT-PCR最适反应体系为MgCl21.5 mmol/L,引物0.5μmol/L,模板1.0μg/50μL,退火温度为43℃。采集桃主产区北京、陕西、山东、河北、河南、新疆以及江苏的徐州、无锡、南京等地带叶芽的桃枝样品作为试材,利用RT-CR进行李矮缩病检测。结果显示,在北京大久保、山东春雪、陕西美引15#和江苏南京霞晖7号上发现PDV。     

桃树苹果花叶病(APMV)的RT-PCR检测

本试验比较了4种桃叶片RNA提取方法,建立了RT-PCR桃苹果花叶病检测体系.结果表明:凯基TRIzol试剂法简便快捷,提取的RNA质量较好,可用于RT-PCR.RT-PCR最适反应体系为MgCl2 1.5 mmol/L,引物0.5 μmol/L,模板1.0 μg/50 μl,退火温度为43.5 ℃.采集桃主产区北京、陕西、山东、河北、河南、新疆以及江苏的徐州、无锡、南京等地带叶芽的桃枝样品作为试材,利用RT-CR进行苹果花叶病检测.结果显示,在河北重阳红、山东春雪、无锡朝晖、新疆2号、新疆3号、新疆5号、徐州朝晖发现苹果花叶病毒(APMV).     

甘蔗黄叶病毒的RT-PCR检测技术

以甘蔗黄叶病毒(ScYLV)特异性引物YLSF111和YLSR462为引物,对福建蔗区8个罹病品种的疑似病株进行RT-PCR检测,扩增出352 bp特异性片段.将PCR产物克隆后测序,序列分析表明,该片段是ScYLV外壳蛋白(CP)基因的一部分,核苷酸和氨基酸序列同源性达95%以上,与美国、印度、巴西等国家ScYLV分离物(GeneBank登录号分别为AF157029、AY236971、AF141385)CP基因同源性达100%,证实我国福建地区甘蔗黄叶综合症的病原体为ScYLV.本研究同时建立了ScYLV的RT-PCR检测技术.     

应用RT—PCR检测辣椒上的黄瓜花叶病毒

根据黄瓜花叶病毒（CMV）的外壳蛋白基因序列设计、合成引物,运用两步法RT—PCR与一步法RT—PCR都可以从感病组织中扩增出与预期的780bp大小一致的目标片段。两种方法相比,一步法的特异性强、灵敏度高、省时经济、程序简单,达到了快速检测的目的。应用一步法RT—PCR对采集于山东辣椒产区的病毒病样本进行检测,结果表明6个采样地点的样本中均检测到CMV,在所采集的30个病毒病样本中CMV所占的比例为33．3％,说明CMV是山东省辣椒病毒病主要毒源之一。     

李矮缩病毒RT-PCR方法建立及检测应用

 以感病和健康指示植物GF305的总RNA为模板，进行cDNA的合成和PCR 扩增，结果从感病材料中扩增出与预期的172 bp大小一致的目的片段，而健康的材料无此扩增产物。对此PCR 扩增产物克隆测序，进一步佐证了RT-PCR检测结果。经过多次试验验证该检测体系，都可得到很好的重演性，从而建立了李矮缩病毒快速、灵敏、准确的RT-PCR检测技术，并进行了实际应用。     

RT-PCR方法检测烟草环斑病毒的研究

 根据烟草环斑病毒（TRSV）外壳蛋白基因非编序列设计的引物P1,P2,用感病及健康组织总RNA为模板,进行cDNA 合成和PCR试验,感病组织中扩增出了600 bp的目的片段,而健康组织中无此扩增带。摸索各项实验条件,建立了RT-PCR检测烟草环斑病毒（TRSV）的方法。