木薯总RNA提取初步研究

为了筛选适合木薯不同部位总RNA提取的方法,采用常规CTAB法、TRIZOL和RNAplant试剂对木薯叶片和块根总RNA进行提取,并采用两步法进行RT—PCR检测。结果表明,采用常规CTAB法提取木薯总RNA耗时长、效率低,不利于提取大批量材料,但其RNA纯度较高,能产生理想的条带。TRIZOL有利于提取木薯叶片的总RNA而不能提取块根总RNA;RNAplant试剂可以提取木薯各部位的RNA,但纯度不高,且有DNA污染,需要用DNase I处理才能进行RT—PCR检测。TRIZOL和RNAplant试剂混合可以很好地提取木薯各部位总RNA,条带清晰,很少出现降解现象,但仍然无法消除DNA。因此,可根据木薯不同部位要求,选用合适的方法提取总RNA。     

一种有效的沙棘总RNA提取方法

高质量RNA的提取是分子生物学和基因工程研究的必要前提.以盐胁迫过的沙棘叶片为实验材料,建立了一种有效的沙棘总RNA提取方法.该方法提取的沙棘总RNA得率较高,平均为213.94 μg/g(鲜叶),RNA的完整性好,纯度较好,利用丙酮和KAc有效的消除了多糖、多酚和黄酮的干扰.反转录实验证明,所提取的沙棘总RNA具有较强的反转录活性,能够运用到后续的分子生物学研究中.研钵等实验用品采用酒精燃烧的方式去除外源RNase,并且药品都是常规试剂,大大的节省了实验时间和降低了实验成本.     

延边黄牛体细胞克隆囊胚中总基因组RNA的提取

以延边黄牛体细胞克隆囊胚为试验材料,采用试剂盒GMS12106的使用方法提取试材的总基因组RNA,在琼脂糖凝胶电泳检测后,得到最适的囊胚数为5个。通过试验发现,生殖细胞的特殊生理结构限制了RNA提取的效果。为提取完整、纯度高的RNA,采用链蛋白酶对囊胚的透明带进行了消化处理,最终得出链蛋白酶处理的最适时间为10min,提取的RNA质量好,可为后续试验奠定基础。     

两种铁皮石斛总RNA提取方法的比较研究

 铁皮石斛是我国重点保护药材,因其富含多糖及次生代谢物,用普通的方法难以从叶中提取到能满足构建全长cDNA文库等分子生物学实验对高质量RNA需要的总RNA。分别通过对异硫氰酸胍法和CTAB法进行改良。异硫氰酸胍法：往裂解液中加入PVP,通过PVP去除多酚;用56℃热水水浴5min加速组织细胞裂解;抽提时间由原来15 min缩短为5min;根据材料多糖多酚的多寡情况适当增加裂解液。CTAB法：根据材料多糖多酚的多寡情况适当增加CTAB裂解液;用LiCl对RNA进行选择性过夜沉淀;灵活处理,适当增大LiCl浓度。结果表明用改良后的2种方法均可提取到总RNA,经对比发现,改良CTAB法提取效果更好,可重复性强,抽取到的RNA更适合于后续的分子生物学实验。     

海岸植物许树和单叶蔓荆提取total RNA的简便方法

[目的]介绍海岸植物叶片组织total RNA提取的一种简单、便捷方法。[方法]取800~1 000 mg许树和单叶蔓荆的鲜叶,加液氮研磨后制成提取液,提取液加试剂4℃下离心,冰浴后室温下离心,依次添加试剂后室温下离心,即得total RNA样品。[结果]分光光度计测试提取的total RNA的A260/A230大于2.10,A260/A280在1.93左右;RNA溶液中RNA浓度约为4.0μg/μl。该方法用了较少试剂种类;每根柱只需洗4次便可获得较好质量的total RNA;一次研磨800~1000 mg材料可提取约700μg total RNA;电泳检查表明提取的totalRNA符合分子生物学研究要求,可直接用于各种分子生物学试验。[结论]该方法是一种以较少试剂、较小费用、短时间内提取较高质量与产量的海岸植物叶片组织total RNA的简单、便捷方法。     

苹果组织总RNA提取方法的比较研究

本试验以苹果品种富士(Fuji)为材料,采用Trizol法、改良的SDS法和改良的CTAB法提取其茎尖总RNA,并用OD260/OD280值和1.2%琼脂糖凝胶电泳检测RNA的产量、纯度和完整程度。结果表明:通过改变CTAB法的提取缓冲液组成,缩短LiCl和乙醇沉淀的时间,可在2～3h内得到质量好、产量高、反转录和RT-PCR效果好的总RNA,该法是一种快速有效的适宜苹果组织总RNA提取的方法。     

核桃叶片总RNA提取方法的比较研究

通过对比Trizol、EASYspin和Qiagen 3种试剂盒提取方法,探讨适合核桃叶片总RNA提取的有效方法。结果表明EASYspin试剂盒提取的RNA纯度较高、完整性好,试验用时较短,且试剂盒成本较低。     

木薯块根总RNA提取方法的比较和改进

[目的]为更好地利用基因操作手段改良木薯品质和提取高质量的木薯总RNA提供科学依据。[方法]采用4种方法提取木薯块根RNA,筛选一种最简单、有效的方法,并利用RT-PCR技术克隆木薯淀粉分支酶,分析所提取RNA的质量。[结果]结果表明,用改进的CTAB法和plant RNAReagent kit均能提取高质量的RNA,用plant RNAReagent更能节省时间,而且纯度比较高。对plant RNAReagent提取的RNA进行RT-PCR克隆,克隆出了与木薯淀粉合成有关的SBEII基因。[结论]plant RNAReagent kit提取的RNA,其质量可以满足基本的试验要求。     

一种改良的真菌总RNA提取方法

以棉花黄萎病菌株VD8为试材,利用改良的CTAB提取RNA方法,应用LiCl选择性沉淀RNA,减少沉淀时间,在醋酸钠条件下用异丙醇祛除多糖,结果表明,利用该方法从富含多糖的黄萎病菌菌丝中获得了质量较好的总RNA,缩短了提取时间。     

小麦不同器官总RNA含量及提取方法的比较研究

采用4种方法分别对小麦幼叶、幼茎、幼根及乳熟期籽粒的总RNA进行了提取和分析。结果表明,4种方法所提取的总RNA均能满足一般的下游操作,其中TR Izo l法提取的总RNA产量最高,用该法提取的小麦叶片总RNA产量为其他方法的2~4倍;天为时代试剂盒提取时间短,可在常温下操作;而醋酸钠/乙醇沉淀法具有提取步骤少、操作时间短、可用于大量样品提取且价格便宜等优点,适于小麦不同器官的总RNA提取;经紫外分光光度计检测,各样品总RNA的A260/A280均在1.88~2.09,表明所提取的总RNA中没有蛋白质及其他有机溶剂的污染,且A260/A230在1.89~2.41,表明盐类小分子的污染也较少,所提取的总RNA质量较高。除了细胞质rRNA外,小麦中还存在叶绿体rRNA,且叶绿体rRNA占总rRNA的比例较高,在甲醛变性琼脂糖凝胶电泳时,幼叶、幼茎比幼根明显多出2条带。     

白菜总RNA的高效提取方法及常见问题分析

[目的]建立从白菜叶片组织中快速提取高质量RNA的方法,为进行LD—PCR、AnP、SRAP及其他分子生物学试验奠定基础。[方法]通过增加高速离心时间,用3％H2O2处理试验器皿等措施对Trizol试剂法进行优化,建立了一种简单、快捷、经济、高效的RNA提取方法。[结果]在1．5h左右可得到高质量的总RNA,经琼脂糖凝胶电泳、蛋白核酸分析仪检测,提取的总RNA具有清晰的28S、18S、5S3条带,且28S的宽度是18S的2倍左右,0D260／DD280比值为1．90—2．16。进一步以提取的总RNA为模板成功进行了单链cDNA的合成和LD—PCR。[结论]改良的Trizol试剂法所提取的RNA纯度和完整度极高,可用于LD—PCR、SRAP、基因克隆及表达分析等后续分子生物学试验。     

Heterogeneity of templae RNA in adrenal glands

Template RNA in adrenal glands appears to be heterogeneous in stability. The RNA that regulates synthesis of a large fraction of adrenal protein has a turnover time of 4 hours or less. The remainder of adrenal-protein synthesis, including synthesis of protein that mediates the rapid steroidogenic response to ACTH, depends on RNA with considerably greater stability.     

Elastic coupling between RNA degradation and unwinding by an exoribonuclease

Rrp44 (Dis3) is a key catalytic subunit of the yeast exosome complex and can processively digest structured RNA one nucleotide at a time in the 3' to 5' direction. Its motor function is powered by the energy released from the hydrolytic nuclease reaction instead of adenosine triphosphate hydrolysis as in conventional helicases. Single-molecule fluorescence analysis revealed that instead of unwinding RNA in single base pair steps, Rrp44 accumulates the energy released by multiple single nucleotide step hydrolysis reactions until about four base pairs are unwound in a burst. Kinetic analyses showed that RNA unwinding, not cleavage or strand release, determines the overall RNA degradation rate and that the unwinding step size is determined by the nonlinear elasticity of the Rrp44/RNA complex, but not by duplex stability.     

Trizol试剂法快速高效提取3种作物不同组织总RNA

[目的]建立适用于禾本科作物不同组织总RNA的快速、高效提取方法,为进行后续的分子生物学研究奠定基础.[方法]采用Trizol试剂法,通过改变抽提上清液吸取量、沉淀方法及沉淀漂洗次数,对甘蔗、玉米和水稻的叶片、茎尖和根尖的总RNA提取方法进行优化.[结果]与吸取0.4 mL上清液相比,吸取0.2 mL上清液的总RNA OD260/OD280、OD260/OD230值分别在1.95~2.00和2.11~2.44,所获得的总RNA纯度较高.沉淀漂洗两次的OD260/OD230值(2.11~2.47)明显高于沉淀漂洗1次的总RNA OD260/OD230值(1.01~1.61),总RNA纯度较高.经异丙醇沉淀所得的各材料的总RNA 28S、18S和5S谱带清晰,无拖尾现象,总RNA完整性较好;LiCl沉淀法的RNA条带较模糊粘连,5S条带明显弥散,总RNA产率相对较低.以Trizol-异丙醇法提取的甘蔗总RNA为模板进行GAPDH基因片段扩增,所获甘蔗的叶片、茎尖和根尖的GAPDH基因表达丰度很强,无特异扩增,目的片段长度为153bp.[结论]改良Trizol-异丙醇法提取甘蔗、玉米和水稻不同组织的总RNA带型清晰、完整性好、纯度和产率高,适用于快速、高效提取禾本科植物不同组织总RNA.     

落叶松RNA提取方法对比研究

以华北落叶松(Larix principis—rupprechtii Mayr)为试材，采用2种RNA提取方法，同时做了初提总RNA纯化对比试验，通过琼脂糖凝胶电泳和紫外光检测得到RNA的完整性和提取纯度，并计算RNA收率。试验结果表明，采用Concert试剂法提取和DNA酶提纯法纯化能够高效地从华北落叶松组织中分离获得纯度高、完整性好的RNA样品。     

影响RNA提取质量的因素分析

RNA提取技术已经成为分子生物学中一个基本技术.教学和有一定特殊要求的科学研究需要透彻了解影响RNA提取的详细因素.细节对RNA提取的质量至关重要.本文对CTAB法提取RNA的全过程中各种影响因子进行了分析:CTAB法可以被用于RNA的提取;在CTAB提取缓冲中的温育时间以及机械摇动力是影响所提RNA质量的两个主要因素...     

茶树RNA的提纯与鉴定

研究了一种可有效排除茶树叶片细胞所富含的茶多酚、茶多糖等杂质污染的茶树总RNA提取方法.即在Trizol法的基础上,于提取的初始阶段,重点防止褐化效应,用水不溶性聚乙烯吡咯烷酮(PVP)和β-巯基乙醇(β-Me)排除茶多酚干扰,同时用低含量乙醇去除茶多糖;在最后阶段,55-60℃热水浴10min,低温离心进一步去除茶多糖的干扰.利用这一方法提取的茶树总RNA,经琼脂糖电泳鉴定,可见清晰的18s和28sRNA的2条带型,证明RNA完整,无弥散或降解.     

草坪植物RNA提取方法的比较研究

用CTAB法、SDS法、快速SDS法、异硫氰酸胍法、Tris-硼酸法和Trizol一步法等6种方法．分别从草坪植物草地早熟禾（Poapratensis L．）、高羊茅（Festuca arundinacea Schreb．）以及马蹄金（Dichondra repens Forst．）叶片中提取总RNA．并比较各种方法提取RNA的质量。结果表明，由异硫氰酸胍法、SDS法和Tris-硼酸法3种方法获得的RNA纯度较低，存在降解和弥散现象，或混杂的DNA、蛋白质较多，效果均不理想；而用CTAB法、快速SDS法和Trizol试剂盒提取的RNA很少有降解．所得的28SrRNA和18SrRNA条带十分清晰．且D260／D280在1．871至2．021之间。快速SDS法是一种从草坪植物中有效提取高质量RNA的方法．在完整性、纯度、产率上均优于其他几种方法。     

RNA可视化原位杂交技术对感染细胞中猪瘟病毒RNA定位与分布

【目的】为研究CSFV RNA在体外感染细胞中的分布及定位,建立了一种准确、敏感的RNA可视化原位杂交技术。【方法】本研究通过比对GenBank公布的CSFV、BVDV和BDV全序列,避开BVDV和BDV的同源区,设计了CSFV RNA及内参基因β-actin的特异探针。以CSFV中等致病力毒株（HeBHH1/95）为参考毒株,在PK15细胞中培养病毒,加入RNA可视化原位杂交特异探针和相应试剂,采用荧光共聚焦显微镜进行成像观察。通过综合分析观测结果、荧光强度、重复性等因素,采用正交试验优化了对原位杂交过程中具有重要影响的蛋白酶K浓度和甲醛固定时间,建立了CSFV RNA可视化原位杂交技术,并与FAT方法比较该技术灵敏度;用我国目前流行的CSFV 1.1、2.1、2.2、2.3基因亚型及BVDV、PPV、PRV和PCV-2病毒进行特异性试验。最终,以CSFV强致病力毒株（SM）接种PK15细胞,病毒感染后0.5、1、3、6、8、10、14、18、24、36、48、72、96h(hours post inoculation,hpi)取样,每个时间点2个重复,采用CSFV RNA可视化原位杂交技术进行检测。为佐证病毒蛋白在细胞中的定位及分布,同时采用FAT方法对SM株E2蛋白在PK15细胞中的表达情况进行动态研究。【结果】采用该技术在荧光共聚焦显微镜下可观察到CSFV RNA在细胞中的定位;当蛋白酶K浓度为1:1 000、甲醛固定时间为30min时为最优反应条件;灵敏度试验表明该技术对病毒的检测极限为10-8/200μL,比FAT高3.5个数量级;特异性试验结果显示该探针能与CSFV 1.1、2.1、2.2、2.3亚型结合,与BVDV、PPV、PCV-2、PRV无交叉反应。采用该技术对CSFV RNA感染后在靶细胞中的定位与分布研究结果显示:0.5hpi在胞核和胞浆均能检测到RNA,0.5-6hpi RNA主要分布于胞核内并在核内富集;10hpi胞浆内RNA逐渐增多,胞核内RNA逐渐减少,24hpi RNA主要集中在胞浆内细胞核周围;36hpi核外RNA大量聚集增多,72hpi达到峰值;96hpi RNA总量有所下降。而FAT结果显示：8hpi在少数细胞的胞浆内检测到病毒E2蛋白,10-24hpi蛋白表达数量一直较少;36hpi蛋白表达量不断增多,72hpi到最大值;96hpi荧光信号由强变弱。病毒蛋白在细胞浆内的聚集数量与细胞浆中RNA含量成正相关。【结论】首次建立了CSFV RNA可视化原位杂交检测技术,并对CSFV强致病力毒株在细胞中的RNA定位分布进行了研究,发现病毒RNA吸附和进入靶细胞的时间早于0.5hpi,观察到CSFV RNA有在细胞核内的生活史。