2017-2019年四川地区猪A群轮状病毒的分子流行病学调查

[目的]通过对四川地区规模化猪场A群轮状病毒(RVA)的分子检测,从而了解RVA流行情况及分子特征,为猪RVA疫苗研制提供理论基础.[方法]2017-2019年从四川省14个地区40个猪场采集303份仔猪腹泻样本,用荧光定量RT-PCR方法调查RVA的分子流行率,用RT-PCR方法对RVA阳性样本进行分型和VP4和VP...     

华南地区猪流行性腹泻病毒的分子流行病学调查与分析

为了解华南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行、变异及进化情况,从该地区的不同猪场采集2 159份样品,利用RT-PCR方法检测PEDV,扩增了部分PEDV阳性样品中的S、M和ORF3基因并测序,利用生物信息学软件进行序列分析.结果显示,PEDV在猪场中的检出率为100％,在所有样品中的平均检出率为53.0％,在哺乳仔猪、断奶仔猪、育肥猪和母猪样品中,PEDV平均阳性率分别为67.6％、42.8％、12.8％和47.2％.根据S、ORF3和M基因建立的进化树,PEDV可分为2个基因群,其中当前样品株为一群,韩国、美国和中国的参考毒株为一群.结果表明,PEDV在华南地区猪场普遍存在,其基因也在不断发生变化.     

上海郊区猪戊型肝炎病毒分子流行病学调查

为了解上海郊区猪场戊型肝炎病毒(HEV)的感染情况,从3个猪场随机采集180份新鲜粪便样本,用逆转录巢式聚合酶链反应对HEV ORF2部分基因片段进行扩增、克隆及测序。结果表明:HEV RNA的PCR检测总阳性率为15.6%,个别猪场HEV RNA检出率达30%,且存在基因3型和4型同时检出的情况。经NCBI数据库BLAST比对分析,23份样本为基因4型,5份样本为基因3型。遗传进化分析显示,基因3型和4型毒株与来源于上海地区的参考毒株遗传关系最近,核苷酸同源性分别为97.9%和96.3%。研究表明,上海郊区某些猪场HEV感染率仍较高,且存在基因3型与4型共感染的现象,应注意加强防控。     

广西副猪嗜血杆菌病分子流行病学调查

根据副猪嗜血杆菌（Haemophilus parasuis,Hps）16S rRNA（M75065）序列设计1对引物,对从广西9个市26个地县采集的305份病料进行PCR鉴定。结果表明,305份病料有14份为阳性,阳性率为4.59%,扩增片段大小为822 bp;经Sph I、BamH I双酶切进一步鉴定,可以确定检测到的14份阳性材料均为Hps;将PCR扩增产物连接pMD18-T载体并转化DH5α感受态细胞,然后进行测序及同源性比较分析,发现14份阳性材料之间的核苷酸同源性均在94.5%以上,与国外Hps的核苷酸同源性均在94.3%以上,说明Hps已在广西发生存在。     

湖北地区猪细小病毒流行病学调查

[目的]探究猪细小病毒在湖北省的流行情况.[方法]2018—2019年,从湖北省荆州、随州、黄冈、恩施、咸宁5个地区的规模化猪场收集出现繁殖障碍症状和有繁殖障碍史猪群的病料共1407份,采用巢式PCR法和PCR检测试剂盒进行检测,并分析PPV阳性率与不同地区、年龄段及季节之间的感染差异,最后对PPV阳性样品进行猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪圆环病毒2型(PCV2)及猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)3种猪繁殖障碍性疾病的检测.[结果]1407份样品中,巢式PCR法检出率为16.70％(235/1407),PCR检测试剂盒的检出率为16.35％(230/1407),2种检测方法的符合率为97.87％(230/235).湖北各地区均有不同程度的感染,其中恩施地区的阳性率最高,为30.48％(57/187);其次为咸宁、黄冈、荆州地区,阳性率分别为20.60％(62/301)、17.41％(47/270)、14.04％(33/235);随州地区阳性率最低,为8.70％(36/414).对不同年龄段猪群的检测结果表明,育肥猪的阳性率最高,为30.95％(65/210);其次为后备猪和初产母猪,阳性率分别为17.97％(78/434)、15.71％(55/350);经产母猪、0～30日龄仔猪的阳性率分别为9.05％(21/232)、8.84％(16/181).PPV一年四季均流行,但春季(23.14％,121/523)和秋季(17.39％,68/391)是PPV感染的高峰期,而夏季(11.04％,33/299)和冬季(6.70％,13/194)感染率较低.PPV与其他繁殖障碍性疾病二重感染(42.13％,99/235)和三重感染(11.49％,27/235)较为常见,其中与PRRSV二重感染(21.70％,51/235)最为严重,三重感染以PPV+PRRSV+PCV2(5.53％,13/235)较多,四重感染在此次采集的样品中未检测到.[结论]该研究对湖北省PPV的流行情况及特点进行了调查,为PPV的防控提供了参考数据.     

猪A组轮状病毒HN2019-01株的分离鉴定及VP6基因序列分析

为了解猪轮状病毒(RV)在河南省的流行情况及其分子遗传特征,利用反转录PCR方法,从河南某猪场腹泻样品中扩增得到RV特异性核酸片段,并将腹泻样品利用MA-104细胞进行RV的分离和传代,将分离得到的RV命名为RVA/Pig-wt/HN2019-01.对分离毒株VP6基因片段的序列测定及生物信息学分析结果表明,分离毒株V...     

云南某农村猪戊型肝炎病毒分子流行病学调查

目的了解昆明市某猪场戊型肝炎病毒感染情况,进一步探究病毒基因型及分子进化情况,为戊型肝炎防控提供参考。方法从该猪场随机采集39份新鲜粪便,用逆转录巢式聚合酶链反应对HEV ORF2部分基因片段扩增、克隆及测序;应用生物信息学软件进行同源性分析并构建系统进化树。结果PCR检测结果发现：该猪场核酸阳性率达35.9% (14/39)。同源性分析结果表明：14株流行毒株核苷酸序列与GenBank中HEV I~IV 型参考株的同源性分别为77.4%~83.9%、81.0%~83.2%、78.8%~86.9%和90.5%~98.5%,全部流行株均属基因IV型。进化分析结果表明：YN-KM-9与该猪场其他流行毒株同源性较远,应属不同基因亚型。结论该猪群HEV IV感染率较高,对公共卫生安全构成潜在威胁。     

福建省部分地区副猪嗜血杆菌病的流行病学调查

为了解副猪嗜血杆菌病在福建省的流行情况,通过间接血凝检测方法对福建省部分猪场猪副猪嗜血杆菌病的流行情况进行了调查,结果表明,福建部分地区猪副猪嗜血杆菌病的阳性率为6.5%,其中母猪阳性率偏高,为8.75%。     

2011—2015 年我国南方地区PEDV 分子流行病学调查及S 基因遗传变异分析

应用RT-PCR方法对南方地区五省(广东、广西、福建、四川、江苏)18个猪场7日龄以内发病仔猪的小肠组织和粪便样本进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)检测,对9个猪场进行为期5年的动态监控,并对2011-2015年期间分离的35个PEDV流行株的S基因进行测序,与GenBank中的PEDV参考序列进行比较,并绘制了系统进化树.结果显示,上述地区五省存在Group1和Group 2两种类型毒株.Group1与美国、韩国毒株较为接近,可分为G1-1、G1-2、G1-3和G1-4等4个亚群,Group 2与2004年国内分离毒株较为接近,可分为G2-1、G2-2两个亚群.25个中国南方地区毒株集中于G1-2和G1-3,而另外8株与2004年国内毒株(JS-2004-2)同属G2-2亚群.不同类型的毒株引发的PEDV临床表现及死亡率不同,G2-2亚群的毒株引发的PED相对缓和,死亡率较低且病程较短,而位于G1-2和G1-3亚群(尤其是G1-3)的毒株则引起大规模急性暴发,病程较长,死亡率较高.     

河南省及周边地区猪圆环病毒2型分子流行病学调查

为了解河南及周边地区猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行病学情况,运用PCR方法对2014—2015年采集到的河南及周边地区山东、山西、河北、甘肃5省共158份病料进行PCV2检测,将PCR扩增得到的PCV2 ORF2基因片段进行测序,分析研究PCV2遗传变异情况。结果显示,158份样品中,有69份样品为PCV2阳性,得到19株病毒的ORF2基因序列;将检测到的PCV2 ORF2序列与国内外分离株进行比对发现,核苷酸序列的同源性为89.9%~99.9%,其氨基酸序列同源性为88.0%~99.6%。综上可知,河南及周边地区PCV2流行广泛,病毒变异频繁。     

广西仔猪腹泻病毒病原流行病学调查

[目的]了解引起广西仔猪腹泻的主要病毒病原及其分子流行病学特点,为其防控提供理论依据.[方法]采用RT-PCR对2011年至2012年7月从广西11个城市的养猪场采集的232份病料进行猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪轮状病毒(PoRV)检测和流行病学调查;对部分PEDV阳性病料的M基因进行克隆,并与国内部分省(市)及国外的一些M基因序列进行比对和遗传进化分析.[结果]广西11个城市采集的232份病料中PEDV、PoRV的阳性率分别为37.50%和0.03%,而TGEV均为阴性.对部分PEDV阳性病料进行M基因扩增,获得14条M基因,其核苷酸同源性及推导氨基酸序列同源性分别为97.4%~100.0%和96.0%~100.0%.将扩增获得的14条PEDV M基因与GenBank上发表的40条国内外PEDV M基因进行比对分析,发现有13条同位于一大支上(G1),其中9条与我国2011年分离获得的广东、四川、江苏参考株及泰国2008年分离获得的5条参考株、韩国2007年分离获得的两条参考株同位于G1-1上,4条与我国2011年分离获得的江西、江苏、广东、福建毒株及江苏2004年分离株JS-2004-2同位于G1-2上.另外一条PEDVM基因(NNA-11)却与其余13条相距较远,位于G2上.[结论]从2011年至今致使广西仔猪腹泻的病毒主要是PEDV,各市均有不同程度感染,且感染全年存在;大部分广西流行毒株与2011年以来我国广东、福建、江苏、江西四省流行毒株的亲缘性较高,与2007年以来泰国、韩国的流行毒株亲缘关系也非常密切,但与我国2006年前分离获得的北方毒株、经典疫苗株、韩国疫苗株相距较远.     

广西仔猪腹泻病毒病原流行病学调查

【目的】了解引起广西仔猪腹泻的主要病毒病原及其分子流行病学特点,为其防控提供理论依据。【方法】采用RT-PCR对2011年至2012年7月从广西11个城市的养猪场采集的232份病料进行猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、猪轮状病毒（PoRV）检测和流行病学调查;对部分PEDV阳性病料的M基因进行克隆,并与国内部分省（市）及国外的一些M基因序列进行比对和遗传进化分析。【结果】广西11个城市采集的232份病料中PEDV、PoRV的阳性率分别为37.50%和0.03%,而TGEV均为阴性。对部分PEDV阳性病料进行M基因扩增,获得14条M基因,其核苷酸同源性及推导氨基酸序列同源性分别为97.4%~100.0%和96.0%~100.0%。将扩增获得的14条PEDV M基因与GenBank上发表的40条国内外PEDV M基因进行比对分析,发现有13条同位于一大支上（G1）,其中9条与我国2011年分离获得的广东、四川、江苏参考株及泰国2008年分离获得的5条参考株、韩国2007年分离获得的两条参考株同位于G1-1上,4条与我国2011年分离获得的江西、江苏、广东、福建毒株及江苏2004年分离株JS-2004-2 同位于G1-2上。另外一条PEDV M基因（NNA-11）却与其余13条相距较远,位于G2上。【结论】从2011年至今致使广西仔猪腹泻的病毒主要是PEDV,各市均有不同程度感染,且感染全年存在;大部分广西流行毒株与2011年以来我国广东、福建、江苏、江西四省流行毒株的亲缘性较高,与2007年以来泰国、韩国的流行毒株亲缘关系也非常密切,但与我国2006年前分离获得的北方毒株、经典疫苗株、韩国疫苗株相距较远。     

长春地区绵羊和兔隐孢子虫分子流行病学调查

采用抗酸染色法分别对长春地区287份兔粪便样品和167份绵羊粪便样品进行隐孢子虫检查,确认阳性的样品用巢武PCR-RFLP方法扩增隐孢子虫Small-Subunit rRNA基因,选择限制性内切Ssp Ⅰ和Vsp Ⅰ分别对该目的片段单酶切,PCR产物测序后进行RFLP及系统发育分析.结果共检出97份兔粪便和45份羊粪便含有隐孢子虫卵囊,感染率为33.8%和26.9%.巢式PCR-RFLP检测发现由绵羊和兔粪便中分离的隐孢子虫分别是C.parvum和C.bovis,系统发育分析显示隐孢子虫虫种形成了2个群,一个群包括C.parvum,C.boris,C.baileyi,C.meleagridis,C.feti,和C.wrairi,另一个群包括C.andersoni,C.muris和C.serpentis.     

信阳地区猪传染性胸膜肺炎血清流行病学调查

为了解信阳地区猪传染性胸膜肺炎流行情况,于2014年10月—2015年12月,采用ELISA方法对信阳地区58个猪场的1 247份猪血清样品进行检测分析。结果显示,猪传染性胸膜肺炎阳性场有23个,占检测猪场总数的39.7%,样品总体阳性率为12.4%;共调查经产母猪、公猪、哺乳仔猪、保育猪和育肥猪5个阶段猪群,阳性率分别为14.5%、14.1%、8.7%、10.9%和12.8%;不同月份均有抗体阳性猪检出,2月份感染率最高,达到19.5%,8月份感染率最低,为5.7%。     

2020—2022年闽粤赣地区PRRSV ORF5基因的分子流行病学调查

【目的】了解闽粤赣地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行动态,为该疫病的科学防控提供参考。【方法】采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对2020—2022年闽粤赣地区1 475份临床猪组织和血清样品进行检测,对PRRSV阳性样品进行ORF5基因扩增和测序,并对ORF5基因的序列进行系统发育分析。【结果】2020、2021、2022年闽粤赣地区发病猪PRRSV的阳性率分别为24.23%(95/392)、27.69%(162/585)、18.07%(90/498),2020—2022年福建、广东、江西地区PRRSV的阳性率分别为23.20%(272/1 172)、23.96%(52/217)、26.44%(23/87)。挑选来自不同猪场的86份阳性样品进行PCR扩增,成功获得62株PRRSV ORF5基因序列,并下载GenBank已发布的18株2020—2022年闽粤赣地区PRRSV的ORF5基因序列,与127株PRRSV国内外参考株ORF5基因序列构建系统发育树。系统发育树显示,80株闽粤赣PRRSV分离株均属美洲株。其中,40株分布在谱系1(NADC30-like株...     

2006年-2008年河南省PRRSV分子流行病学调查

根据GenBank公布的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ATCC VR-2332株的NSP2,ORF5-7基因的核苷酸序列,设计合成5对特异性引物,用RT-PCR方法扩增出10株PRRSV河南地方株的NSP2和ORF5-7片段,将扩增片段克隆到pMD-18T载体并进行测序。应用DNAStar序列分析软件对分离株的NSP2和ORF5-7基因和其推导的氨基酸序列与不同来源的PRRS毒株进行了同源性比较,结果表明PRRSV河南分离株的NSP2和ORF5-7基因与不同来源美洲型毒株之间的同源性分别为89.1%-98.1%和81.4%-96.1%,而与欧洲型毒株之间的同源性仅为46.7%-61.7%和44.7%-45.9%;同时将PRRSV河南分离株NSP2和ORF5-7基因的推导氨基酸序列与其他美洲型PRRSV毒株进行变异分析比较,证实了PRRSV河南分离株NSP2和ORF5-7基因发生了变异。     

猪群中牛病毒性腹泻病毒的流行病学调查

于2017—2020年间从上海不同区6个猪场采集1 078份仔猪腹泻样品,利用多重RT-PCR方法进行检测与分析,研究了上海地区猪群中牛病毒性腹泻病毒(Bovine viral diarrhea virus,BVDV)的感染现状。结果表明:上海地区猪群BVDV的总体检出率为7.14%(77∕1 078),且呈现逐年递增的趋势,BVDV与其他腹泻病原的混合感染率较高,其中二重感染率最高(65%,26∕40),以BVDV∕PAstV为主(61.54%,16∕26)。在此基础上,三重感染率为25%(10∕40),以BVDV∕PAstV∕PKoV(40%,4∕10)感染模式为主;四重感染率为10%(4∕40),以BVDV∕PAst V∕PEDV∕PSV(50%,2∕4)感染模式为主。猪群中BVDV流行存在一定的季节性,春季(10.36%)和秋季(13.59%)的流行率高于夏季(6.8%)和冬季(2.66%)。不同猪场BVDV阳性率存在较大差异,为0—24.07%。鉴于近年来监测发现猪场2中以PEDV为主的腹泻病原检出率一直较高,因此本研究进一步监测该猪场中BVDV的感染情况,发现该猪场在201...     

中国几省市猪萨佩罗病毒巢式RT-PCR检测与遗传进化分析

为了准确了解猪萨佩罗病毒(Porcine Sapelovirus,PSV)在中国流行情况及遗传进化规律,试验针对PSV 5'-NTR基因利用巢式RT-PCR方法对2015～2017年来自中国部分省市规模化猪场采集的368份样品进行检测,将阳性样品对VP1基因进行克隆、测序、构建进化树。巢式RT～PCR检测结果表明,368份样品中24份样品为阳性,总阳性率为6.52%;8份样品测序成功,序列分析结果表明核苷酸同源性为77.0%～99.7%,推导的氨基酸序列同源性为83.6%～100.0%,遗传进化分析结果显示,中国地区的PSV病毒呈现出遗传多样性,其中3个毒株与德国参考毒株亲缘关系较近,2个毒株与国内外参考毒株的亲缘关系均较远,变异较大。研究丰富了PSV分子流行病学资料,为进一步研究该病毒提供了参考。