2020—2022年闽粤赣地区PRRSV ORF5基因的分子流行病学调查

【目的】了解闽粤赣地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行动态,为该疫病的科学防控提供参考。【方法】采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法对2020—2022年闽粤赣地区1 475份临床猪组织和血清样品进行检测,对PRRSV阳性样品进行ORF5基因扩增和测序,并对ORF5基因的序列进行系统发育分析。【结果】2020、2021、2022年闽粤赣地区发病猪PRRSV的阳性率分别为24.23%(95/392)、27.69%(162/585)、18.07%(90/498),2020—2022年福建、广东、江西地区PRRSV的阳性率分别为23.20%(272/1 172)、23.96%(52/217)、26.44%(23/87)。挑选来自不同猪场的86份阳性样品进行PCR扩增,成功获得62株PRRSV ORF5基因序列,并下载GenBank已发布的18株2020—2022年闽粤赣地区PRRSV的ORF5基因序列,与127株PRRSV国内外参考株ORF5基因序列构建系统发育树。系统发育树显示,80株闽粤赣PRRSV分离株均属美洲株。其中,40株分布在谱系1(NADC30-like株...     

健康断奶仔猪携带猪繁殖与呼吸综合征病毒的流行病学调查

为进一步了解我国规模化猪场健康断奶仔猪携带猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的情况,对2017年采自我国25个省(市)38个规模化猪场的断奶仔猪咽拭子、肛拭子、血清共4 059份样品进行了高通量测序,然后对检测到的病毒进行RT-PCR或PCR验证。基于高通量测序的宏基因组学结果显示,健康断奶仔猪的咽拭子、肛拭子、血清中共出现1 706条动脉炎病毒科的病毒基因Reads,其中包括PRRSV。通过RT-PCR扩增从咽拭子和肛拭子中共检测出46个PRRSV样品,样品阳性率为1.1%,猪场阳性率为39.5%。同时,试验成功扩增出7个毒株的ORF5基因,并进行了序列测定。基于ORF5基因核苷酸序列的系统进化分析发现,该试验获得的PRRSV流行毒株为高致病性毒株,属于TypeⅡ中的Subgroup 4。对健康断奶仔猪携带PRRSV的研究结果可为猪繁殖与呼吸综合征的防控提供科学数据。     

2014—2016 年广东省PRRSV GP5 基因遗传变异分析

为监测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况,采集了2014—2016年间广东地区46个猪场317份疑患PRRS的临床样品进行检测,并对阳性样品的GP5基因进行了RT-PCR扩增、克隆和测序,选出21株PRRSV GP5基因进行序列比对和遗传进化分析。结果表明:所分离的PRRSV均属于美洲株,21株PRRSV GP5基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为82.4%~98.7%和78.6%~98.5%,其中2株与美国NADC30分离株同属亚群Ⅲ,10株与近几年广东省内分离的PRRSV毒株QYYZ和GM2同属于亚群Ⅳ。PRRSV GP5基因的遗传进化分析结果表明,亚群Ⅲ和亚群Ⅳ是近几年在广东省内流行的新兴亚群,研究结果将为PRRSV疫苗的选择以及防控方案的制定提供参考。     

PRRSV辽宁分离株ORF3基因的克隆与序列分析

以辽宁地区某猪场猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)病料为材料,采用RT-PCR方法特异性扩增编码猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)GP3蛋白的ORF3基因全长cDNA,结果该分离株ORF3基因cDNA编码区长765bp,可编码254个氨基酸残基,与美洲型代表株VR-2332和欧洲型代表株LV进行同源性比较,氨基酸同源性分别为87.8%和54.5%,因此推测辽宁分离株属于美洲型。     

贵州省猪繁殖与呼吸综合征流行病学调查

为了解猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)在贵州的流行特点,2007年3月至2009年10月对贵州省PRRS的流行地区、流行季节、感染猪群及临床症状和病理变化进行了调查。结果表明:贵州省9个地区均有PRRS疫情的发生,但主要集中在中部和邻近省市的周边县;一年四季都可发生,但以夏秋两季(5-10月)多发,其发生率达82.0%;不同猪群均可感染发病,以仔猪和怀孕母猪较多;猪群接种PRRS疫苗后可产生一定的免疫效果,但抗体阳性率不高,且在临床健康猪群中存在PRRS隐性感染。临床上主要表现出体温升高、食欲减退、全身出血和母猪流产特征,发病率和死亡率高;剖解可见气管、肺、心、肝、脾、肾、淋巴结以及膀胱、胃、肠道等呈现明显的病变。可为贵州省PRRS的预防与控制提供依据。     

豫西地区PRRSV新近流行株ORF5基因变异及Nsp2基因特征分析

为研究豫西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)新近流行株ORF5基因的变异情况及Nsp2基因的结构特征,采用RT-PCR方法扩增了26份近期采自豫西地区猪场疑似PRRS猪肺脏样品中的ORF5全序列和Nsp2部分序列,并对其生物信息学和结构进行了分析。结果表明:成功扩增出的21株PRRSV流行株间ORF5全基因同源性为96.6%～100%,氨基酸同源性为97.5%～100%;与参考毒株JXA1、MLV、VR-2332和LV的核苷酸同源性分别为96.6%～98.9%、88.4%～89.2%、88.0%～89.5%和66.8%～67.3%;对阳性病料进行了部分Nsp2基因的扩增,测序结果显示,所有流行株的Nsp 2基因与已报道的美洲株VR-2332相比,不存在核苷酸的插入或突变,但存在2个位点共90个碱基的缺失;遗传衍化分析表明,流行毒株属于美洲型。研究结果揭示了豫西地区新近流行的PRRSV ORF5基因的变异情况及Nsp 2基因的特征,为该地区的PRRS防控工作提供了理论依据。     

2014—2016年广东省规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征的流行病学调查

【目的】研究广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的流行情况。【方法】2014—2016年共采集广东省各规模化猪场猪组织样品1 137份进行抗原检测,血清样品9 432份进行抗体检测。对不同年份、不同季度、不同区域的PRRSV抗原抗体检测情况进行比较分析,对分离的病毒进行遗传进化分析。【结果】2014、2015和2016年的PRRSV抗原阳性率分别为30.86%、34.35%、37.50%;抗体阳性率为82.86%、68.87%、74.56%。从季度分析来看,第1季度抗原阳性率最高,为40.27%;第2季度抗原阳性率最低,为28.66%;各季度抗体水平均在70%以上。不同区域间的PRRSV感染率差异明显,粤东粤西感染率显著低于珠三角和粤北;在抗体水平上,粤东地区较低,抗体阳性率为69.51%,其他3个区域均高于75%。抗原检测阳性的样品中共分离到69株PRRSV毒株,其中有39株位于Subgenotype I亚群。【结论】广东地区PRRSV抗原阳性率呈逐年上升趋势,抗体水平较高但并不稳定,从病毒分离结果看,Subgenotype I亚群为省内主要流行亚群。     

两株高致病性PRRSV河南分离株ORF5基因克隆及遗传变异分析

从河南信阳和新乡两地区猪场疑似猪繁殖与呼吸综合征病料中分离出能引起Marc145细胞病变的病毒,命名为HN1和HN2。采用RT-PCR方法从分离的2株PRRSV中均分别扩增出ORF5基因,并将其克隆、测序。用DNAStar软件分析所测序列,并与北美洲型VR-2332株及国内分离株进行核苷酸和推导的氨基酸同源性比较,绘制系统进化树,结果表明,ORF 5核苷酸与北美洲型的同源性为81.2%～99.1%,与欧洲型Lv株的同源性分别为35.9%和35.3%,推导氨基酸与北美洲型的同源性为84.5%～99.5%,与欧洲型Lv株的同源性分别为46.0%和45.5%。证明新分离到的PRRSV毒株仍属北美洲型。与国内分离的高致病性PRRSV毒株JXA1、HUB1、JX0612、GDZC1、ZQ、SX-1、HB1、HEB1、Hnyz核苷酸同源性达96.5%～99.1%,氨基酸同源性为96.0%～99.5%。分析结果表明,所获得的2个毒株GP5蛋白氨基酸序列中的抗原表位已经发生变异。     

2019—2022年天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因遗传演化分析

为分析研究天津地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）的分子遗传进化关系,对2019—2022年收集的20份天津地区PRRSV阳性样品进行ORF5克隆测序,以开展遗传变异研究和系统发育分析。遗传进化结果显示,20株毒株有11株属于谱系1.8,3株属于谱系1.5,5株属于谱系8,1株为谱系5,表明该地区PRRSV毒株流行呈现多样性。ORF5基因及推导氨基酸同源性和位点进行分析,其中11株谱系1.8毒株与NADC30毒株核苷酸同源性为91.2%～93.0%,氨基酸同源性为89.6%～93.5%;3株1.5谱系毒株与NADC34毒株核苷酸同源性为93.4%～96.5%,氨基酸同源性为92.5%～95.5%;4株分离株与HP-PRRSV毒株同源性最高,核苷酸同源性为90.0%～95.5%,氨基酸同源性为86.6%～91.0%;1株分离株与经典毒株CH-1a同源性最高,核苷酸和氨基酸同源性分别为90.0%和89.1%,1株谱系5毒株与VR2332毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为97.8%和96....     

2010-2019年中国猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的遗传进化与重组分析

<正>猪繁殖与呼吸综合征(PRRS),俗称“猪蓝耳病”,是由猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)引起的一种急性、具有高度传染性疾病,其主要临床症状表现为持续高热、母猪繁殖障碍以及仔猪呼吸困难和高死亡率^[1-2]。PRRS最早发现于美国的北卡罗来纳州,随后世界各国陆续报道,中国于1996年首次报道该病。2006年出现了由高致病性PRRSV引起的“猪无名高热症”疫情的大面积暴发和流行,导致猪群高发病率及高死亡率,给养猪业造成了巨大的经济损失^[3]。     

2006年-2008年河南省PRRSV分子流行病学调查

根据GenBank公布的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ATCC VR-2332株的NSP2,ORF5-7基因的核苷酸序列,设计合成5对特异性引物,用RT-PCR方法扩增出10株PRRSV河南地方株的NSP2和ORF5-7片段,将扩增片段克隆到pMD-18T载体并进行测序。应用DNAStar序列分析软件对分离株的NSP2和ORF5-7基因和其推导的氨基酸序列与不同来源的PRRS毒株进行了同源性比较,结果表明PRRSV河南分离株的NSP2和ORF5-7基因与不同来源美洲型毒株之间的同源性分别为89.1%-98.1%和81.4%-96.1%,而与欧洲型毒株之间的同源性仅为46.7%-61.7%和44.7%-45.9%;同时将PRRSV河南分离株NSP2和ORF5-7基因的推导氨基酸序列与其他美洲型PRRSV毒株进行变异分析比较,证实了PRRSV河南分离株NSP2和ORF5-7基因发生了变异。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒FJ04A株的分离及其结构蛋白基因特性分析

从临床表现为繁殖障碍的猪群中分离到一株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)FJ04A株,用RT-PCR方法进行鉴定,扩增出该分离毒的结构蛋白基因并进行了序列测定.预测其推导的结构蛋白相对分子质量、等电点、抗原位点和糖基化位点等.序列比较结果表明:该分离毒ORFs2-7与美洲型代表株VR2332核苷酸同源性为98.1%-99.5%,氨基酸同源性为96.5%-99.2%;而与欧洲代表株LV的核苷酸同源性为57.3%-63.4%,氨基酸同源性为54.7%-77.6%.表明该分离毒为PRRSV美洲型毒株.     

陕西省PRRSV与CSFV、PCV2、PRV混合感染的检测

运用RT-PCR和PCR技术对高热病期间陕西西安、宝鸡、渭南、榆林、汉中、商洛等地区猪场送检的146 份样品进行猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(CSFV) 、猪圆环病毒2 型( PCV2) 和猪伪狂犬病毒(PRV)检测.结果显示:被检样品中PRRSV的阳性率达46.6%(68/146);PRRSV与CSFV、PCV2 和PRV 3种病毒均有混合感染现象, PRRSV + CSFV混合感染率为25%(17/68),PRRSV +PCV2为19.1%(13/68),PRRSV + PRV为4.4% (3/68),PRRSV + PCV2+ CSFV为14.7%(10/68), PRRSV + PCV2+ CSFV+PRV为2.9%(2/68).结果表明以PRRSV为主要病原的混合感染在所检测的高热病发病猪群的存在是非常普遍的.     

2008-2010年中国华东地区PRRSV ORF5基因遗传变异分析(英文)

[目的]对来自2008～2010年中国华东地区7个不同省市的疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场送检的病料进行PRRSV检测,并对其ORF5基因进行测序,确定当前PRRSV在中国华东地区的分子流行病学特征,并分析PRRSV在中国的遗传演化规律。[方法]利用RT-PCR方法对采集的样品进行PRRSV检测,并对PRRSV检测呈阳性的36份病料进行ORF5基因的序列测定和分析。[结果]260份病料中共检测到118份PRRSV阳性样品,阳性率为45.4%。ORF5序列分析和系统进化树分析结果表明,本试验所获得的36株PRRSV毒株序列均属于北美型,与GenBank中高致病性PRRSV(HP-PRRSV)参考毒株的氨基酸同源性为94.6%～100%,并可分为5个亚群,亚群III与HP-PRRSV同源性最高,几乎所有的亚群中和表位(primaryn eutralizing epitope,PNE)都存在变异,亚群III和IV相对于其它亚群具有更多的糖基化位点。由于36个毒株是于2008～2010年间采集自安徽、江苏、上海等7省,进化树分析结果表明,病毒的分型并没有呈现明显的地域性。[结论]2008-2010年间中国华东地区普遍存在PRRSV感染,PRRSV流行株为HP-PRRSV,其遗传演化相对稳定,但也具有不同的遗传特征。来源于不同省市的PRRSV毒株的遗传关系存在交叉,虽然亚群IV和V只出现在部分省市,但PRRSV的分布没有呈现明显的地域特征。     

2010年云南PRRSV分离株ORF5基因的遗传变异分析

 为了了解云南猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）流行毒株的遗传变异情况及其与猪繁殖与呼吸综合征的分子流行病学关系,对2010年分离到的10个云南PRRSV流行毒株进行了ORF5基因序列的测定与分析。结果显示云南分离株与中国大陆首次分离株CH1a,北美代表株VR2332和欧洲型代表株LV之间的核苷酸同源性分别为93.2%-94.2%,87.4%-89.6%和62.5%-64.0%;氨基酸同源性为90.0-91.5%,87.1-88.6%和51.7-57.7%。遗传进化分析显示,云南10株分离株属于美洲型,并分为两个基因亚型。与传统毒株相比,云南分离株ORF5基因及其推导的氨基酸的变异主要以点突变为主,但关键氨基酸位点未见明显改变,表明目前云南省所流行的PRRSV仍以经典毒株为主。研究结果为云南猪繁殖与呼吸综合征的控制提供了依据。     

豫西南猪主要病毒性传染病流行病学调查

为了解豫西南地区规模化猪场主要病毒性疾病的流行情况和抗体水平,从而制订科学合理的疾病综合防控措施,采用PCR和ELISA方法对南阳、驻马店、信阳市2017—2019年57个猪场送检的723份病猪组织样品(淋巴结、肺脏、脾脏、肾脏、脑等)和2476份血液样品进行猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、...     

猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪圆环病毒2型混合感染的流行病学调查

为研究猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪圆环病毒2型(PCV2)在我国猪场混合感染的发病情况,根据Gen Bank中PRRSV ORF5及PCV2 ORF1基因序列设计合成引物,建立了分别用于检测PRRSV、PCV2的RT-PCR及PCR方法,对2013—2015年采自吉林、辽宁、黑龙江、山西、山东、广东6省192份样品进行检测。结果发现:PRRSV感染率为22.9%,PCV2感染率为64.3%,28份样品为混合感染阳性,阳性率达14.58%。猪群中PRRSV和PCV2的感染比较普遍,混合感染率也较高,加重了疫病防控的难度。     

猪繁殖与呼吸综合症流行株ORF_5基因遗传变异分析

[目的]分析猪繁殖与呼吸综合症发病原因,流行趋势,为预防和控制猪繁殖与呼吸综合症病毒（PRRSV）提供理论依据。[方法]根据GenBank上的PRRSV的ATCCVR-2332的全基因序列,设计并合成引物,采用RT-PCR技术扩增了7株流行株中的ORF5基因序列。应用DNAStar软件分析所测序列,并与ATCCVR-2332、CH-1a、BJ-4、LV及疫苗株MLV进行序列比较。同时用系统进化树分析了分离株之间的系统进化树。[结果]核苷酸序列分析表明这7株流行株中ORF5基因与VR-2332、CH-1a、BJ-4等代表株的同源性分别为88.1%～98.8%,89.9%～95.2%,85.6%～98.7%;与LV的同源性为54.7%～56.9%。氨基酸序列分析表明,这7株流行株与VR-2332、CH-1a、BJ-4等代表株的同源性分别为88.1%～96.8%,88.1%～94.5%,86.1%～96.5%;与LV的同源性为54.7%～56.2%。[结论]流行株在ORF5基因区域的变异较大,同一地域分离株间ORF5基因序列同源性较高且亲缘关系较近,不同地域则较远。     

猪繁殖与呼吸综合征流行株ORF5基因遗传变异分析

[目的]分析猪繁殖与呼吸综合症（PRRS）发病原因、流行趋势,为预防和控制PRRSV提供理论依据。[方法]根据GenBank上的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）ATCCVR-2332的全基因序列,设计并合成引物,采用RT—PCR技术扩增了7株流行株（HIJ10,HL148,HLJ64,HLJ76,HL177,HLJ85,HLJ87）中的ORF5基因序列。应用DNAStar软件分析所测序列,并与ATCCVR-2332、CH-1a、BJ-4、LV及疫苗株MLV进行序列比较。同时用系统进化树分析了分离株之间的亲缘关系。[结果]核苷酸序列分析表明这7株流行株中ORF5基因与VR-2332、CH—1a、BJ-4等代表株的同源性分别为88．1％～98．8％,89．9％～95．2％,85．6％～98．7％;与LV的同源性为54．7％～56．9％。氨基酸序列分析表明这7株流行株与VR-2332、CH-1a、BJ4等代表株的同源性分别为88．1％～96．8％,88．1％～94．5％,86．1％～96．5％;与LV的同源性为54．7％～56．2％。通过系统发育进化树分析可知HLJ48、HL164、HLU6、HLJ77、HLJ85与CH-1株亲缘关系密切,同属一亚群,表明所获得的毒株与参考株CH．1亲缘关系较近,可能由CH-1演化而来。HLJ10、HU87与疫苗株MLV关系较近,而且HLJ10、HLJ87的同源性高达100％,可能由于使用疫苗而感染,说明黑龙江省存在疫苗毒的隐性感染。[结论]流行株在ORF,基因区域的变异较大,同一地域分离株间ORF,基因序列同源性较高且亲缘关系较近,不同地域则较远。