攀西地区葛藤根瘤菌的RFLP遗传多样性

利用16S rDNA PCR-RFLP和16-23S IGS PCR-RFLP技术对分离自四川攀枝花的43株葛藤根瘤菌进行了遗传多样性研究。供试菌株的16S rDNA用HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和TaqⅠ酶切后具有16种遗传图谱类型。16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,在53%的相似性水平上,供试菌株与参比菌株分为两个分支,在81%的相似水平上所有菌株分为13个群。     

四川花生根瘤菌的遗传多样性

用IAR、RAPDs和16S-23S PCR-RFLP 3种方法对采集自四川省4个不同地点的22株慢生型花生根瘤菌的遗传多样性进行了研究。供试菌株对8种抗生素的抗药性测定表明,22个菌株中存在7个抗药性类群。来自同一采集地的菌株天然抗药性存在着差异。IAR的结果证明了四川花生根瘤菌表型性状的多样性。4个随机引物的扩增图谱有明显的多态性。聚类分析的结果表明菌株内部存在不同水平的遗传多样性。全部菌株在58%的相似性水平上被分为6群,采集地相同的菌株聚为一类,表明环境对根瘤菌的系统发育和遗传分化有影响。用PHR和P23S R01这一对引物对供试菌株16S-23S rDNA基因间隔区进行了扩增,得到2.0kb和2.1kb两种大小不同的片段。用3种内切酶酶切后的图谱分为6种类型。根据各菌株带型相似性进行的聚类分析结果表明,供试菌株的16S-23S rDNA PCR-RFLP相似性很高,说明16S-23S rDNA基因保守,在进化过程中受环境的影响比其它基因组序列相对要小。     

中国北方地区甘草根瘤菌表型及遗传多样性研究

【目的】了解中国北方地区甘草根瘤菌的生物多样性。【方法】采用表型数值分类、16S rDNA PCR-RFLP分析和BOX-PCR指纹图谱分析的方法对北方地区的甘草根瘤菌进行表型、遗传多样性分析。【结果】供试菌株在数值分类聚类分析中约85％的相似水平上产生2个表观群，有11株菌未与已知参比菌株聚群。16S rDNA PCR-RFLP分析表明，供试的20株菌共产生14种遗传型，表现出丰富的遗传多样性。BOX-PCR指纹图谱分析进一步证明与甘草共生的根瘤菌的基因组也具有多样性。【结论】在中国北方地区与甘草共生的根瘤菌在Sinorhizobium、Rhizobium和Mesorhizobium属中均有分布。     

正阳县花生根瘤菌遗传多样性及其共生特性研究

从河南省正阳县土壤中捕捉67株根瘤菌,根据IGS-RFLP结果分成9个基因内间隔区(intergenic spacer,IGS)类型,通过16S rRNA基因序列系统发育分析鉴定菌株为慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),并依据持家基因多位点序列分析(multilocus sequence analysis,M...     

枣庄地区豌豆根瘤菌遗传多样性分析

为揭示枣庄市山亭区豌豆种植基地的豌豆共生根瘤菌的遗传多样性,本研究采取了土壤样品采集、盆栽捕捉豌豆根瘤菌、分离、纯化等方法获得根瘤菌菌株,然后采用 IGS 基因的PCR-RFLP分析、16S rRNA 基因序列测定及系统发育分析、持家基因（atpD、recA、glnII）多位点序列分析,以及结瘤基因nodC系统发育分析等,对分离纯化得到的55株豌豆根瘤菌进行分类鉴定。结果表明,获得的根瘤菌共包含3种不同的IGS酶切类型,经过对代表菌株的16S rRNA 基因进行系统发育分析,分离获得的豌豆根瘤菌可以被鉴定属于根瘤菌属（Rhizobium）,进一步经持家基因多位点序列分析被鉴定为Rhizobium anhuiense和Rhizobium sophorae。该研究丰富了对该地区豌豆共生根瘤菌遗传多样性的认识。     

河北地区花生根瘤菌的系统发育多样性研究

 【目的】了解中国北方地区花生根瘤菌的多样性状况。【方法】采用16S rDNA PCR-RFLP、16S～23S IGS PCR-RFLP和16S rRNA基因的序列分析方法对分离自河北地区的58株花生根瘤菌以及Rhizobium、Agrobacterium、Sinorhizobium、Mesorhizobium和Bradyrhizobium的参比菌株进行系统发育多样性比较分析。【结果】16S rDNA PCR-RFLP方法在细菌属水平上聚群良好；而16S～23S IGS PCR-RFLP则适于属和种水平上的聚群。3种方法在系统发育上得到基本一致的结果。其中有38株花生根瘤菌是与Bradyrhizobium关系密切的慢生菌株，并且与B. japonicum和B. liaoningense的关系最为接近，与有关中国西南地区和华中地区花生根瘤菌的报道结果相似。然而供试菌株中还存在6株快生和10株中慢生花生根瘤菌，其中快生菌在系统发育关系上接近R. yanglingense、R. mongolense和R. gallicum。【结论】河北地区的花生根瘤菌具有更大的多样性。     

河地区花生根瘤菌的系统发育多样性研究

[目的]了解中国北方地区花生根瘤菌的多样性状况.[方法]采用16S rDNA PCR-RFLP、16S～23S IGS PCR-RFLP和16S rRNA基因的序列分析方法对分离自河北地区的58株花生根瘤菌以及Rhizobium、Agrobacterium、Sinorhizobium、Mesorhizobium和Bradyrhizobium的参比菌株进行系统发育多样性比较分析.[结果]16S rDNA PCR-RFLP方法在细菌属水平上聚群良好;而16S～23S IGS PCR-RFLP则适于属和种水平上的聚群.3种方法在系统发育上得到基本一致的结果.其中有38株花生根瘤菌是与Bradyrhizobium关系密切的慢生菌株,并且与B. japonicum和B. liaoningense的关系最为接近,与有关中国西南地区和华中地区花生根瘤菌的报道结果相似.然而供试菌株中还存在6株快生和10株中慢生花生根瘤菌,其中快生菌在系统发育关系上接近R. yanglingense、R. mongolense和R. gallicum.[结论]河北地区的花生根瘤菌具有更大的多样性.     

采用PCR-RFLP技术对费氏中华根瘤菌的遗传多样性研究

 用西方大豆品种 Willimas和中国大豆品种黑龙 3 3从河南郑州花园口和山东潍坊多年种植大豆但未接种根瘤菌的土壤中捕集土著大豆根瘤菌。从分离株中选出 5 0株费氏中华根瘤菌 ( Sinorhizobium fredii)进行 16S r DNA和 16S- 2 3 Sr DNA IGS的 PCR- RFL P比较分析结果表明 :全部供试菌株的 16Sr DNA的 PCR产物均为一条 1.5 kb的扩增带 ,16S- 2 3 Sr DNA IGS的 PCR产物也为一条 2 .1kb的带。用 H inf 、Msp 、H ae 3种四碱基识别序列的限制酶作 RFL P分析结果表明 :供试菌的 16S r DNA酶切分析均产生相同的电泳谱带 ,表现为相同的 16S r DNA基因型 ;但其 16S- 2 3 S r DNA IGS的 RFL P分析却有较明显的差异 ,通过对酶切谱带的聚类分析 ,自动生成的树状图谱将供试菌分为 6个聚类群     

一株高效慢生型花生根瘤菌的筛选

[目的]为筛选出一株更加高效促生的花生根瘤菌。[方法]从山东、河北、河南、辽宁4个花生种植地区的20个土样中分离出20株野生型花生根瘤菌。[结果]与现有生产使用的花生根瘤菌144相比,高效固氮的慢生型花生根瘤菌单株结瘤数提高27.4%,单株干重提高8.7%,单株全氮含量提高6.5%,单株产量提高30.45%。[结论]经过16s鉴定及盆栽试验比较,最终筛选出一株高效固氮的慢生型花生根瘤菌。     

新疆棉花根际土壤铁载体产生菌的遗传多样性及系统发育研究

 【目的】了解中国新疆地区铁载体产生菌的遗传多样性和系统发育,为筛选高效铁载体产生菌提供依据。【方法】采用BOXAIR-PCR、16S rRNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析方法对分离自新疆地区棉花根际土壤的铁载体产生菌的遗传多样性进行分析。【结果】在BOXAIR-PCR分析中,68株供试菌分为11个遗传群;在16S rRNA PCR-RFLP分析中,68株供试菌分10个遗传群;代表菌株的16S rDNA 全序列分析表明,供试菌分属于假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacter）、不动细菌属（Acinetobacter）、芽孢杆菌属（Bacillus）、产碱杆菌属（Alcaligenes）、短状杆菌属（Brachybacterium）和泛菌属（Pantoea）。其中,假单胞菌属（Pseudomonas）为优势属。【结论】分离自新疆地区棉花根际土壤铁载体菌存在极大的遗传多样性。     

豫北泥鳅线粒体DNA 16S rRNA和12S rRNA基因序列的遗传多样性分析

为了评价豫北地区泥鳅种质资源的多样性,以采自新乡地区泥鳅种群中的11个个体为材料,利用PCR技术扩增其线粒体16S rRNA和12S rRNA基因的部分序列,利用 Clustalw 2．0和DNAsp 4．10软件分析了不同个体间的差异和遗传多样性。结果表明：16S rRNA和12S rRNA基因种内个体间的差异分别为0．25％和0．97％,二者的分化程度较低;16S rRNA的进化速度约为12S rRNA基因的4倍。16S rRNA和12S rRNA种群群体的单倍型间平均遗传距离分别为0.0027、0.0016,单倍型多样度指数分别为0.873、0.327,核苷酸多样性指数分别为0.00265和0.00081,平均核苷酸差异数分别为1.636和0.327。可见,豫北泥鳅种群具有较低的遗传多样性。     

沙棘和沙枣根瘤中固氮放线菌物种多样性研究

[目的]以沙棘和沙枣根瘤为研究对象,深入研究固氮放线菌物种的多样性。[方法]以通常用于分离弗兰克氏菌属（Frankia）固氮放线菌的无氮BAP、S、JA、ISP4、CB-CcI3、DPM和FTW等为固体和液体培养基,对采集自内蒙古通辽和赤峰的沙棘（Hippophae）和沙枣（elaeagnus）植物根瘤进行放线菌的分离纯化,并依据16S rDNA序列测定结果对分离物进行系统发育分析。[结果]分离得到的8株放线菌分属于小单孢菌属（Micromonospora）、链霉菌属（Streptomyces）、野野村菌属（Nonomuraea）和假诺卡菌属（Pseudonocardia）,所有根瘤样品中均未分离到弗兰克氏菌属菌株;采用弗兰克氏菌属16S-23S rDNA间隔区序列的特异性引物对所采集的沙棘和沙枣植物根瘤总DNA进行PCR扩增,未出现特异性的16S-23S rDNA间隔区序列条带。[结论]非豆科植物根瘤内固氮放线菌具有物种多样性,为今后固氮放线菌物种多样性研究提供借鉴。     

我国北方地区花生品种的遗传多样性分析

利用SSR分子标记对我国北方地区育种品种以及区试品种共计68个栽培花生品种进行遗传多样性分析,结果表明,104对SSR引物中有15对在品种间存在多态,多态率为14.4%,平均每个标记产生3.8个位点。15对引物的多态信息量在0.397~0.667之间。山东地区花生品种的遗传多样性要高于我国北方其他地区供试品种。小粒组品种的遗传多样性要略高于大粒组品种。聚类分析表明我国北方68个育成和区试品种的遗传相似系数在0.64~0.91之间,分成两个大类,第一个大类可分成四小类,其中第三小类又可以分成六个亚类。这些结果表明我国北方地区现有育成和区试品种的遗传多样性较低,为拓宽花生育种的遗传基础,应从中发掘出有利用价值的品种。     

1型和2型鸭疫里默氏菌的交叉保护

通过PCR扩增、克隆、序列测定获得29株鸭疫里默氏菌(RA)的16S rRNA和16S-23S rRNA间隔区的核苷酸序列.将16S rRNA和16S-23S rRNA间隔区序列连接后分析发现,1型菌株和大多数2型菌株分别处于不同的分支,而2型菌株中的RAf11、RAf3和RAf104不处在2型菌株的分支中,却与1型菌株非常接近.挑选RAf11菌株和2型分支中的RAf19菌株,分别制备灭活苗,免疫雏鸭后进行攻菌保护试验,RAf11菌株对1型菌株的攻击可产生较高的交叉保护率,达53.8%,而RAf19菌株对1型菌株攻击的保护率仅为23.1%.借助16S rRNA和16S-23S rRNA间隔区序列的分析,筛选到一株具交叉保护的RA菌株.     

烟草根际与非根际细菌的系统发育多样性研究

运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对烟草根际与非根际土壤中可培养细菌多样性进行了研究。用NA、1/10NA、R2A、1/10R2A培养基分别从烟草根际与非根际土壤中分离了17株与28株细菌。16S rRNA序列分析结果表明,17株根际细菌可分为5个属6个种,7株属于厚壁菌门(Firmicutes,41.18%),4株属于变形菌门α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,23.53%),4株属于放线菌门(Actinobacteria,23.53%),2株属于变形菌门β-变形菌纲(Betaproteobacteria,11.76%);28株非根际细菌可分为9个属17个种,15株属于厚壁菌门(Firmicutes,53.57%),6株属于放线菌门(Actinobacteria,21.43%),4株属于变形菌门β-变形菌纲(Betaproteobacteria,14.29%),2株属于变形菌门α-变形菌纲(Alphaproteobacteria,7.14%),1株属于拟杆菌门(Bacteroidetes phy.nov.,3.57%)。芽孢杆菌属(Bacillus)为优势菌属。1株细菌可能为新种或属。研究表明烟草根际与非根际土壤中含有较为丰富的微生物资源。     

中国马铃薯疮痂病病原菌16S rDNA的遗传多样性分析

 【目的】利用16S rDNA序列对来自中国8个省（区）的34株马铃薯疮痂病菌和15株参比菌株进行系统发育分析。【方法】采用链霉菌通用引物对34株测试菌株的基因组进行16S rDNA序列扩增,测序后在GenBank中进行BLASTn比对,选取同源性较高的菌株构建系统发育树。【结果】34个测试菌株均为链霉菌属,其中Streptomyces scabies 12株、S. galilaeus 8株、S. bobili 6株、S. turgidiscabies 1株、S. acidiscabies 1株、S. diastatochromogenes 2株、S. setonii 1株、S. enissocaesilis 3株。其中S. galilaeus、S. bobili和S. enissocaesilis等种均为新发现的疮痂病病原。对各菌株的分布分析发现,山东省的疮痂病菌有4种,内蒙古自治区和陕西省有3种,四川省、河北省和山西省均有2种,黑龙江省为1种。【结论】中国马铃薯疮痂病菌存在明显的遗传多样性,且分布较为复杂。     

污水处理池环境细菌遗传多样性分析

以碱加热裂解法从山西农业大学污水直接和间接排放处理池自然水样中分离细菌总DNA ,以细菌 16SrRNA基因特异性引物扩增 16SrRNA基因片段。采用T -A克隆系统克隆分子量为 1339bp的PCR产物 ,构建了rDNA亚克隆文库。用三种识别六碱基的限制性内切酶两两组合消化重组质粒。共分析了两个处理池自然水样各 30个rDNA重组质粒 ,分别发现 4种和 8种细菌rDNA基因型。各基因型频率的分布变化比较大 ,最高和最低的频率分别为 0 2 5和 0 0 1。部分基因型频率间差异显著 ,遗传多样性指数分别为 0 4和 0 9。