桑属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对桑属的 9个种 3个变种共 13份桑种质和构属构树的ITS序列进行了测定。结果表明 :桑属植物ITS1长度平均约为 189bp;桑属 5 8SrRNA为 15 2bp ;ITS2长度平均为 2 12bp ;桑属植物ITS序列G +C含量为 6 0 %左右。用DNASTAR软件构建了桑属植物ITS序列的系统发育树 ,并探讨了参试桑种质的亲缘关系。     

草食动物肠道厌氧真菌生物学特性研究进展

厌氧真菌依赖其侵袭性生长特性和强大的纤维降解酶体系,在饲料消化过程中发挥着重要作用.自20世纪70年代厌氧真菌被首次准确定性和描述以来,学界对这种独特的真菌的了解也越来越深入.详细了解厌氧真菌的生物学特性对理解其在肠道微生态环境中发挥的作用及其对宿主健康和生产性能的影响,以及它们相关的生物技术开发方面至关重要.本文从生...     

瘤胃厌氧真菌与产甲烷菌的关系及应用研究进展

反刍动物的瘤胃是一个天然的发酵系统,里面栖息着大量的微生物.微生物在长期的进化过程中形成动态平衡关系,共同维持着瘤胃的机能.瘤胃厌氧真菌与产甲烷菌是瘤胃中主要的产氢菌和氢利用菌,他们之间的营养互作关系一直都是研究热点.文章综述瘤胃厌氧真菌与产甲烷菌的关系,以及二者共培养体系的特点及未来应用,为瘤胃厌氧真菌与产甲烷菌的关...     

细口杯环线虫形态学和分子特征分析

为探讨细口杯环线虫(Cylicocyclus leptostomum)的分类地位和系统发育关系,本试验利用数码显微镜对细口杯环线虫进行了形态观察,运用PCR扩增其核糖体DNA内部转录间隔区(rDNA-ITS)序列,并从GenBank中下载12种圆线虫的ITS序列,以马圆形线虫(Strongylus equinus)为外群,运用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统发育树。结果显示,细口杯环线虫中等大小,口囊呈圆柱形,宽度大于深度,口囊底部有小齿;口囊壁前端薄,后端基部有明显的环箍形增厚;外叶冠由20～24个小叶组成,内叶冠由50～60个小叶组成;食道漏斗较小;雄虫生殖锥较长,呈圆锥形;雌虫尾部直,尾尖呈指形;所测ITS序列总长度为837bp,其中ITS1长366bp,5.8S长153bp,ITS2长318bp;ITS1的GC含量(46.0%)明显高于ITS2(39.8%);经BLAST同源性比对分析,本研究线虫ITS序列与GenBank上登录的同种线虫序列(登录号:AJ004849、Y08587)同源性达99.85%,与阿氏杯环线虫的同源性达99.0%,与杯环属内其他线虫的同源性仅为93.33%～98.45%;ITS序列种间差异远大于种内差异;系统进化分析显示,细口杯环线虫与阿氏杯环线虫的亲缘关系较近,而与杯环属内其他线虫的亲缘关系相对较远。综上所述,ITS序列可作为鉴定寄生线虫的分子遗传标记,证实所采标本是细口杯环线虫,并首次在国内报道了细口杯环线虫的ITS序列,为该线虫的进一步研究奠定基础。     

基于ITS基因分析蛇源曼氏迭宫绦虫种系发育关系

为了开展曼氏迭宫绦虫(Spirometra mansoni)种系发育分析,本试验基于18S rRNA和5.8S rRNA基因保守区设计引物用于扩增包含18S rRNA、5.8S rRNA及核糖体内部转录间隔1区(ITS-1)的靶片段,对蛇体内分离的绦虫进行基因组DNA提取,然后采用PCR方法扩增目的基因,将所得序列进行测序比对并构建进化树分析。PCR结果显示,扩增片段大小为737 bp,序列经分析发现包括18S rRNA 17 bp,5.8S rRNA 421 bp,ITS-1片段为304 bp。同源性分析显示,其与猬迭宫绦虫同源性最高,高达86%;遗传进化树表明,其与猬迭宫绦虫广州株(FJ886754.1)最为接近,与微小膜壳绦虫(AF461124.1)关系最远。综上所述,本次分离的绦虫为曼氏迭宫绦虫,ITS-1基因可作为良好的分类工具区别不同种的迭宫绦虫。     

瘤胃厌氧真菌的作用及其分子生物学研究方法

瘤胃厌氧真菌这一特殊的菌群除在瘤胃中发挥重要作用外,其分泌的高活性纤维素酶的应用价值也备受关注,因传统培养的局限性,因此,利用分子生物技术开展的研究逐渐深入。作者主要从瘤胃厌氧真菌的特点和多样性出发,厌氧真菌对结构性碳水化合物、淀粉和蛋白质的降解及在瘤胃生态环境中的作用进行了分析,并对研究瘤胃厌氧真菌的分子生物学方法如内转录间隔区(ITS)、变性梯度凝胶电泳(DGGE)、限制性片段长度多态性(RFLP)、实时荧光定量PCR(Real-time PCR,RT-PCR)和宏基因组学(metagenomics)等进行了阐述,以期为瘤胃厌氧真菌的研究提供参考。     

兔皮肤病原真菌的分离及其ITS序列的分析

分离发病兔场皮肤真菌病的病原,并对其内转录间隔区(ITS)序列进行分析鉴定.采集病兔患病部位的皮屑、痂皮进行培养,并根据形态学的特点进行鉴定;然后采用真菌内转录间隔区通用引物对该区域进行PCR扩增测序,并将该区域序列与GenBank中的核酸数据库进行比对分析,确定病原真菌的生物学分类,最后对其亲缘关系进行系统发育分析....     

小耳花猪蛔虫ITS及5.8S rDNA序列扩增与分析

以分离自小耳花猪消化道内的蛔虫为研究对象,提取虫体的DNA片断,然后用引物对核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区ITS-1、ITS-2及5.8S序列进行PCR扩增。结果显示,目的片段ITS总长为1441 bp,2个不同样品之间的I TS序列没有差异。通过BLAST检索,与相关蛔虫I TS序列进行比较,发现与拜林蛔线虫(Bayl i sascari s t ransfuga)、猪蛔虫(Ascari s suum)和人蛔虫(Ascari s l umbri coi des)的ITS序列相似性分别为88%、98%和86%,与其他蛔虫的相似性均小于90%。     

金荞麦内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析

以2份金荞麦为材料,对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增,均获得长约700 bp的特异性产物。测序结果表明,金荞麦1号样品包含ITS序列660 bp,金荞麦2号样品包含ITS序列646 bp,在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金荞麦ITS的序列比对表明,其同源率为80.2%~93.1%,变异位点主要在ITS1,表现出较丰富的遗传多样性。采用邻接法构建了金荞麦的系统进化树。     

3种冠环线虫rDNA-ITS的PCR扩增及序列分析

本试验利用PCR扩增3种冠环线虫5个样品的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S片段,将PCR扩增产物纯化后直接进行序列测定和分析。序列比对和分析结果显示,所测样品ITS1-5.8S-ITS2的长度范围为748~843 bp,总变异位点(包括gaps)119个,简约信息位点18个;其中ITS1和ITS2的长度范围分别为367~370 bp和228~320 bp,变异位点分别为14个和105个,简约信息位点均为9个。所有测试样品的5.8S片段完全相同,长度为153 bp。5条序列ITS1区的G+C含量(48.0%~48.5%)明显高于ITS2区(37.7%~40.3%)。通过序列两两比对,3种冠环线虫ITS1和ITS2的种间差异性分别为1.9%~3.5%和5.6%~31.8%;而种内差异性分别为0~0.5%和0~0.9%。并且所测序列与GenBank中已知序列的同源性为99.07%~99.41%。本研究认为,ITS序列可以作为冠环线虫种类鉴定的分子标记。     

Molecular characterization of Ascaridia galli from Bangladesh and development of a PCR method for distinguishing A. galli from Heterakis spp.

We analyzed the nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) 1 and ITS2 sequences for Bangladesh isolates of Ascaridia galli, and we determined that the sequences were unreliable as molecular markers for distinguishing A. galli from other Ascaridia species, because the sequences showed high identity with that of A. columbae. However, the ITS1 sequences were available for designing PCR primers distinguishable between Ascaridia galli and Heterakis spp. Bangladesh isolates of A. galli constituted a monophyletic clade along with other geographical isolates in the cytochrome c oxidase subunit I (COI) phylogenetic tree, however, we could not clarify the phylogenetic relationships between A. galli and other Ascaridia spp., because their available sequences in GenBank were very few. The developed PCR method using DNA from A. galli and Heterakis spp. eggs would enable differential diagnosis of the individual infections in the future.     

桂林蛇源裂头蚴分离株的分子鉴定及种系发育关系分析

为研究从桂林草花蛇中分离到的裂头蚴的分子分类地位,对其核糖体18 S rDNA、28 S rDNA、ITS全基因及线粒体coxl部分基因进行了克隆和序列分析.从GenBank获取相应基因序列,应用CLUSTAL W2软件进行多重比对分析序列差异,应用MEGA 4.0软件构建种系发育树.结果表明,在基于18 S、28 S...     

基于ITS-1序列的5种兔球虫系统进化分析

利用核糖体DNA内转录间隔区1(ITS-1)序列对兔艾美耳球虫进行系统进化分析,并探讨生物学和形态学特征在兔球虫进化中的意义。单卵囊分离大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫卵囊,接种无球虫兔获得纯种卵囊,CTAB法提取卵囊基因组DNA,PCR扩增ITS-1区后克隆、测序。将测序结果与GenBank发布的兔球虫ITS-1序列进行比对和遗传距离分析,绘制系统进化树。结果显示:大型、黄、肠、中型及穿孔艾美耳球虫河北株ITS-1序列分别长320、330、351、336和341bp。5种兔球虫河北株与GenBank中同种兔球虫ITS-1序列相似性分别为96.9%、97.3%、96.9%、99.1%和99.4%。兔球虫形成单系群,该单系群分为2个姐妹谱,与卵囊残体有无相对应,其它形态学和生物学特征与系统进化无相关性。研究结果表明外残体的有无可作为兔球虫进化分类的特征。     

黑龙江与广州颚口线虫幼虫分离株的形态学观察及其分子鉴定

本研究从来自黑龙江及广州地区的泥鳅中分离到10条颚口线虫幼虫,采用光学显微镜观察幼虫的形态特征,并对虫体的ITS2与CO1基因进行扩增测序、系统发育分析以鉴定虫种。结果显示10条颚口线虫幼虫头球均有3环小钩,其形态学特征与日本颚口线虫(Gnathostoma nipponicum)第3期幼虫相符。序列分析结果显示与GenBank中登录的日本颚口线虫ITS2和CO1基因的同源性分别为100%和99%。邻位连接法构建的50%一致树也均与日本颚口线虫处于同一分支。表明从黑龙江及广州地区泥鳅中分离的颚口线虫幼虫为日本颚口线虫幼虫,首次证明了中国存在日本颚口线虫。     

驱除瘤胃真菌对绵羊瘤胃内纤维物质降解的影响

选取3只体况良好,带有永久性瘤胃瘘管的蒙古羊与小尾寒羊的杂交一代公羊,运用尼龙袋法研究全部驱除瘤胃真菌对绵羊瘤胃内稻草纤维物质降解的影响.结果表明：全部驱除瘤胃厌氧真菌后,改变了瘤胃内纤维物质的降解动力学参数,显著降低了瘤胃内稻草DM、NDF、ADF的降解速率（P＜0.05）,显著提高了三者的消化延滞时间（P＜0.05）,显著降低了稻草NDF、ADF的降解率,而DM的降解率有所降低,但差异不显著（P＞0.05）.说明瘤胃真菌在纤维物质降解中发挥了重要的作用.     

基于ITS分析云南光叶桑和钦州长果桑在桑属中的亲缘关系及分化时间

云南光叶桑、钦州长果桑在形态分类学上均属同一桑种Morus macroura。通过PCR扩增2份地方品种资源材料的ITS序列并分析序列差异及构建系统进化树,阐明各自在桑属中的遗传分化关系。2份材料的ITS序列长度均为576 bp,其中:云南光叶桑的G+C含量为59.90%,碱基序列45位A变G,560位T变G,与昆明奶桑(Morus macroura)、荥经川桑(Morus notabilis)、云南毛叶奶桑(Morus macroura var.mawa)、云南长穗桑(Morus wittiorum)、云南奶桑(Morus macroura)、雅安华桑(Morus cathayana)同在第Ⅰ类群,有较近的亲缘关系;钦州长果桑的G+C含量为59.72%,碱基序列45位为A,560位T变G,与云南华桑(Morus cathayana)同在第Ⅱ类群,有较近的亲缘关系。应用松散分子钟方法估算云南光叶桑与荥经川桑、雅安华桑、云南长穗桑的分化时间为8.23 Ma,钦州长果桑与云南华桑的分化时间为9.67 Ma,二者起源的地质年代是新第三纪中新世与上新世之交,是为了抵御地球寒冷、旱化,向南、向山地迁移形成的物种。     

进境太平洋鳕鱼寄生的异尖科线虫rDNA-ITS 序列的PCR扩增及分析

以日本进境的冻太平洋鳕鱼体内分离出的异尖科线虫为研究对象,采用寄生虫通用引物NC5和NC2扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)序列,进行克隆、转化、测序和序列分析,并对样品进行分子鉴定。结果表明,扩增的异尖科线虫样品的ITS序列片段大小为906 bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS1(353 bp)、5.8S(157 bp)和ITS2(299 bp)序列,ITS1和ITS2序列与GenBank登录的伪新地蛔线虫(Pseudoterranova decipiens)同源性均为在99.7%以上,与其他线虫的相似性较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从鳕鱼中分离到的线虫ITS1和ITS2均与伪新地蛔线虫处于同一分支。本研究结果为异尖科线虫种属的确定及进一步的分子生物学研究奠定基础。     

二月兰叶斑病病原甘蓝链格孢的分离鉴定及生物学特性研究

2017年10月在河北省黄骅市发现二月兰的一种叶部病害,感病叶片初生黑褐色、形状不规则的小病斑,后逐步发展成为具有明显同心轮纹状病斑,平均病株率和病叶率分别为96.2%和87.6%。为了明确该病害的致病菌,以组织分离法进行病原物的分离培养,对分离得到的菌落进行纯化和单孢分离后,选取代表性菌株GS1-1、HH2-1和HH3-1按照柯赫氏法则进行致病性测定,均能引起二月兰叶斑病。并对这3个菌株进行rDNA-ITS和EF-1α(tef)序列分析,结果表明,菌株GS1-1、HH2-1和HH3-1的ITS序列均与甘蓝链格孢(MN173824、MN173825、MN173823、MF462311)相似性达99%以上,其中与甘蓝链格孢(MF462311)相似性达100%;GS1-1、HH2-1和HH3-1的EF-1α基因序列与甘蓝链格孢(JX213350、KF889266、KT895946、KC584642、LC480212和KT895946)的亲缘关系最近,同源性达99%,且和以上各自对应的菌株在系统发育树上聚为一类,与形态学鉴定结果相一致。选取菌株GS1-1进行生物学特性研究,结果表明该菌株最适营养生长和产孢的培养基为马铃薯蔗糖琼脂培养基,最适营养生长的碳源和氮源分别为麦芽糖和蛋白胨,最适产孢的碳源和氮源分别为葡萄糖和酵母膏;最适菌丝生长温度为25 ℃(在5~35 ℃均可生长),最佳产孢温度为28 ℃;12 h光暗交替条件促进菌丝营养生长和产孢。     

河北兔场皮肤病原真菌rDNA-ITS序列分析

利用皮肤真菌核糖体内转录间隔区（ITS）序列通用引物,对采自河北省兔场的5种皮肤真菌病进行了PCR扩增,ITS区的克隆、测序、序列变异及遗传进化关系分析。经与GenBank核酸序列数据库数据比对和形态学观察结果表明：有4种真菌被鉴定,分别为须毛癣菌、多聚曲霉、球孢白僵菌和产黄青霉,1种未鉴定;不同病原菌的5.8SrDNA序列高度保守,而ITS区的变异性则较高。该研究确定ITS区序列分析可用于兔皮肤病原真菌的分离。