山羊和绵羊GDF9基因FecG~E突变检测

FecGE是巴西Santa Ines绵羊生长分化因子9(GDF9)基因编码区1 034位发生的G→T突变(G1034T),能引起排卵数和产羔数的增加。采用PCR-RFLP方法检测FecGE突变在26个山羊品种(文登奶山羊、辽宁绒山羊、济宁青山羊、贵州白山羊、板角山羊、成都麻羊、金堂黑山羊、古蔺马羊、大足黑山羊、南江黄羊、马头山羊、川东白山羊、关中奶山羊、内蒙古绒山羊、陕南白山羊、太行山羊、雅安奶山羊、圭山山羊、天府肉羊、云岭黑山羊、安徽白山羊、河南奶山羊、波尔山羊、安哥拉山羊、萨能奶山羊、努比山羊)和6个绵羊品种(湖羊、小尾寒羊、洼地绵羊、杜泊绵羊、黑萨福克、白萨福克)中的分布状态。结果表明:在所检测的26个山羊品种和6个绵羊品种中均未检测到FecGE突变。     

绵羊GDF9基因FecTT突变检测

FecTT是冰岛Thoka绵羊GDF9基因外显子2编码区1279位发生的A→C突变(A1279C),导致编码GDF9蛋白C末端成熟肽第109位丝氨酸改变为精氨酸(S109R),该突变纯合子母羊不育,杂合子母羊产羔数比野生型多0.6只。本研究采用PCR-RFLP方法分析了GDF9基因FecTT突变在小尾寒羊、洼地绵羊、湖羊、考力代、白萨福克、黑萨福克、东弗里生、杜泊绵羊、特克塞尔、多赛特和中国美利奴11个绵羊品种中的分布。结果表明在11个绵羊品种中都没有检测到GDF9基因的FecTT突变,提示GDF9基因影响Thoka绵羊高繁殖力的FecTT突变对以上11个绵羊品种的繁殖力均没有显著影响。     

绵羊GDF9基因G1突变可视化检测方法的建立

为了建立快速可视化检测绵羊生长分化因子9基因(Growth differentiation factor 9,GDF9)G1突变的方法,针对绵羊GDF9基因G1突变设计扩增阻滞突变系统(Amplification refractory mutation system,ARMS)特异性引物,并在其下游引物3′端的第2—4位碱基处设计额外的错配以筛选特异性最佳的引物对,将改良的ARMS与核酸染料SYBR GreenⅠ结合,可视化检测GDF9基因G1突变。结果显示,改良的ARMS特异性引物能够区分突变型和野生型,通过整合改良的ARMS与SYBR GreenⅠ可视化检测G1突变,发现已知突变型样本显示亮绿色,而已知野生型样本显示橙黄色,两者颜色变化明显。采用建立的可视化检测绵羊GDF9基因G1突变的方法检测25个小尾寒羊样本,结果表明,该方法能够准确区分绵羊GDF9基因G1突变的野生型和突变型,其检测结果与测序结果相符,准确度高达100%。可见,建立的可视化检测方法可用于检测绵羊GDF9基因G1突变。     

五个山羊品种GDF9基因部分片段的多态性分析

以影响Belclare羊和Cambridge羊高产性能的生长分化因子9基因(GDF9)的FecGH突变片段作为候选基因,采用PCR-RFLP方法研究其在麻城黑山羊、宜昌白山羊、马头山羊、南江黄羊、波尔山羊5个品种中的多态性,结果未在5个山羊品种中检测到GDF9的FecGH突变,说明所检测的GDF9片段序列比较保守。     

绵羊高繁殖力候选基因GDF9的多态性分析

为寻找与绵羊产羔数相关的分子遗传标记,根据生长分化因子9(GDF9)基因序列设计引物,采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因突变位点的多态性,研究不同基因型和小尾寒羊产羔数间的相关性.检测结果表明:小尾寒羊、白萨福克和特克赛尔绵羊都检测出AA、AB和BB 3种基因型,而在藏羊中只检测到AA、AB 2种基因型.测序结果表明,BB型为突变纯合型,其外显子2的75个碱基发生了C→T的突变(G2突变),没有引起氨基酸的改变,为沉默突变.小尾寒羊产羔数的最小二乘均值关系为AB>AA>BB,但3种基因型间差异不显著(P>0.05).GDF9基因的G2突变对小尾寒羊高繁殖力没有显著影响.     

绵羊BMP15和GDF9基因多态性与产羔性能间的关系

本研究采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术分别对骨形态发生蛋白15（BMP15）基因FecXG突变和FecXL突变、生长分化因子9（GDF9）基因外显子Ⅰ、外显子Ⅱ部分核苷酸多态性及其与小尾寒羊、中国美利奴（新疆型）绵羊多胎品系、肉用品系、体大品系、萨福克、无角陶赛特、中国美利奴（新疆型）和德国肉用美利奴产羔数间的关系进行了分析,结果发现：（1）利用PCR-RFLP技术分析了小尾寒羊等8个品种BMP15 FecXG突变,在该位点未发现多态性;（2）利用PCR-SSCP技术分析了小尾寒羊等8个品种BMP15 FecXL所在区域的多态性,在BMP15基因存在G1047A转换,但并不引起BMP15氨基酸序列的改变,该突变与FecXL（G962A）不同,是在BMP15中新发现的一个突变。G1047A突变对小尾寒羊等7个品种的平均产羔数无显著影响;（3）在小尾寒羊等8个群体的GDF9外显子Ⅰ均未发现多态性;（4）在小尾寒羊等8个群体中发现存在G4突变,该突变对绵羊平均产羔数均无显著影响。以上结果提示：上述2个基因的4个分析区域不宜用于小尾寒羊等7个品种绵羊多羔性状的分子标记位点。     

4个山羊品种GDF9、BMP15、FSHR基因的多态性分析

采用RFLP和SSCP 2种方法研究了生长分化因子9(GDF9)基因、骨形态发生蛋白15(BMP15)基因和促卵泡素受体(FSHR)基因在河北绒山羊、美姑黑山羊、承德黑山羊、河南槐山羊4个山羊品种中的多态性.结果显示,在4个山羊品种中未检测到GDF9的突变位点;BMP15基因出现1处突变位点(890 bp处,G→T),但未引起基因型改变;FSHR基因出现3种基因型HH、HK、KK,存在1处突变位点(1 568 bp处,C→G).河南槐山羊Hardy-Weinberg不平衡,且为中度多态.表明检测的FSHR基因在4个山羊品种中存在多态性.     

山羊GDF9基因多态性与产羔数关联分析研究

采用PCR-SSCP技术检测山羊GDF9基因外显子突变位点,发现编码序列第183 bp、719 bp、959 bp、1189bp处分别发生了C→A、C→T、A→C、G→A的单碱基突变。序列分析显示C183A突变没有引起氨基酸的改变,C719T突变使蛋白质第240位氨基酸残基由缬氨酸变为丙氨酸,A959C突变使第320位氨基酸残基由谷氨酰胺变为脯氨酸,G1189A突变导致第397位氨基酸残基由缬氨酸变为异亮氨酸。应用LDR技术对济宁青山羊(234只)、鲁北白山羊(90)只、沂蒙黑山羊(84只)进行GDF9四个突变位点的群体检测,利用SAS软件GLM过程对四个位点的基因型效应和产羔数进行了最小二乘分析,结果表明C183A突变对济宁青山羊和鲁北白山羊产羔数没有显著影响,但对沂蒙黑山羊的产羔数有显著影响(P<0.05),CC型产羔数比AC型多0.11只(P<0.05);C719T突变和A959C突变对济宁青山羊、鲁北白山羊、沂蒙黑山羊的产羔数均没有显著影响(P>0.05);G1189A突变对山羊产羔数没有显著影响(P>0.05),对鲁北白山羊产羔数有显著影响(P<0.05),AG型产羔数比AA型多0.42只(P<0.01),G1189A突变对沂蒙黑山羊产羔数有极显著影响(P<0.01),AA型产羔数分别比AG型、GG型多0.34只(P<0.05)、0.38只(P<0.05)。     

江苏地方山羊品种GDF9基因第二外显子SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测了长江三角洲白山羊、黄淮山羊及波尔山羊等3个繁殖力不同品种的187只个体GDF9基因第二外显子的遗传多态性.结果表明,3个山羊品种群体GDF9基因第二外显子在引物3和引物4扩增片段中均发现多态性.引物3扩增片段中,3 个山羊品种都出现AA、AB和BB 3种基因型,长江三角洲白山羊还出现了AC基因型.测序结果表明,引物3的扩增片段中,与AA基因型相比,BB基因型在第二外显子的562 bp处发生了A→C的单碱基突变,导致谷氨酰胺→脯氨酸的改变;AC基因型在第二外显子的421 bp处发生了C→T的单碱基突变,导致丙氨酸→缬氨酸的改变.引物4扩增片段中,3个山羊品种都出现DD和DE 两种基因型,黄淮山羊还出现EE基因型,长江三角洲白山羊及波尔山羊还出现DF基因型.测序结果表明,与DD基因型相比,DE基因型在第二外显子的792 bp处发生了G→A的单碱基突变,导致缬氨酸→异亮氨酸的改变;DF基因型在第二外显子的791 bp、792 bp处均发生了G→A的单碱基突变,其中791 bp处的突变是沉默突变.     

策勒黑羊GDF9和BMP15基因多态性与产羔数关联分析

为了鉴定策勒黑羊BMP15和GDF9中的多态位点,并与产羔数性状进行关联分析,对相同饲养条件下81只具有产羔记录的策勒黑羊BMP15和GDF9基因完整ORF区进行测序。结果显示,在两个重要候选基因中共存在16个多态位点。GDF9基因有7个SNPs（分别为g.41769976G＞A、g.41769833G＞A、g.41769898G＞A、g.41769246A＞G、g.41769008T＞C、g.41769002A＞G）和g.41769723 TCAA缺失,其中：g.41769833G＞A 位点AA型比GG型平均多0.22只（P＜0.05）,其余6个突变位点均与产羔数不存在显著相关（P＞0.05）。BMP15基因存在9个突变位点：g.50986052C＞A、g.50985229A＞G、g.50985162T＞C、g.50985071C＞T、g.50983056C＞G、g.50982538T＞C、g.50981129A＞G、g.50980656T＞C和g.50981170T＞A,且这9个SNP位点与产羔数均不存在显著相关（P＞0.05）。结果可为策勒黑羊种群的保种育种提供理论参考。     

5个山羊品种GoLA-DQA 1基因的多态性分析

【目的】比较和揭示崂山奶山羊、西农萨能奶山羊、关中奶山羊、板角山羊和贵州白山羊5个地方山羊品种GoLA-DQA1基因的遗传多态性。【方法】采用PCR-RFLP技术对5个山羊品种231个样本的GoLA-DQA1基因部分内含子1、外显子2和部分内含子2的385 bp片段进行了多态性分析,运用Popgen32软件计算了相应的遗传参数。【结果】在TaqⅠ-RFLP位点上,5个山羊品种A、B等位基因频率的平均值分别为0.846和0.154,A为优势等位基因;除了关中奶山羊和崂山奶山羊外,其他品种在该位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态。在HaeⅢ-RFLP位点上,5个山羊品种M、N等位基因频率的平均值分别为0.819和0.181,M为优势等位基因,5个山羊品种在该位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态。经双酶切分析,共发现9种组合基因型,其中AAMM、ABMM和AAMN 3种组合基因型存在于5个品种中。遗传参数分析表明,GoLA-DQA1基因外显子2的2个酶切位点在西农萨能奶山羊表现为中度多态,而在其他品种表现为低度多态。【结论】5个山羊品种GoLA-DQA1基因外显子2在TaqⅠ和HaeⅢ2个酶切位点具有较低的遗传多样性。     

安徽白山羊、波尔山羊GDF9和BMP15基因的RFLP分析

以绵羊高繁殖性能主效基因,生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)和骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)基因为候选基因,采用PCR-RFLP方法检测其在安徽白山羊、波尔山羊中的多态性。结果表明,均未能检测至GDF9基因的G8突变(C→T)及BMP15基因的B4突变(G→T)。这2个山羊群体中均为野生型,由此表明这2个候选基因检测位点在安徽白山羊、波尔山羊中没有多态性。     

德国肉用美利奴羊BMPR-IB、BMP15和GDF9基因10个突变位点的多态性检测分析

以影响不同绵羊品种产羔数的BMPR-IB、BMP15和GDF9基因作为候选基因,采用连接酶检测反应(LDR)法,检测10个突变位点在德国肉用美利奴羊上的多态性及其对产羔数的影响。结果表明:在德国肉用美利奴羊中未发现BMPR-IB基因的FecB突变和BMP15基因的FecXI、FecXB、FecXL、FecXH、FecXG、FecXR突变及GDF9基因的FecGH(G8)、FecTT突变,但在GDF9上检测到G1突变,该突变处于Hardy-Weinberg平衡状态,达到中度多态水平,但其多态性与产羔数无显著性相关。     

6个山羊品种高繁殖力候选基因BMP15多态性研究

骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15,BMP15)基因为控制Belclare和Cambridge绵羊高繁殖力的主效基因.采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术检测BMP15基因中与绵羊高繁殖力相关的两个突变位点在高繁殖力山羊品种济宁青山羊(130只母羊、20只公羊)以及低繁殖力山羊品种(波尔山羊30只母羊、文登奶山羊30只母羊、辽宁绒山羊30只母羊、内蒙古绒山羊50只母羊、北京本地山羊30只母羊)中的单核苷酸多态性,同时研究这两个突变位点对济宁青山羊高繁殖力的影响.结果表明,在6个山羊品种中都没有检测到BMP15的B2突变(C→T);检测到的BMP15的B4突变(G→T)在6个山羊品种中均呈现杂合子状态.这表明BMP15基因中影响Belclare和Cambridge绵羊高繁殖力的突变位点对济宁青山羊的高繁殖力没有显著影响.     

Study on polymorphisms of microsatellite DNA of six Chinese indigenous sheep and goat breeds

The genomes of six populations were screened using microsatellites as molecular markers, including Ujmuqin sheep, small-tailed Han sheep, Tan sheep, Hu sheep, Tong sheep and Yangtse River Delta (YRD) white goat. A total of seven microsatellite markers were used and genetic diversity and genetic distance were also determined. The results showed that there were 224 alleles in six populations, all seven loci showed polymorphism in all populations. The average heterozygosity of all populations was 0.949 9, and the mean polymorphism information content (PIC) of all six populations was 0.842 5–0.929 4. The six sheep (goat) popualtions were lowly differentiated with all loci, and the coefficient of phaenotype differentiation (Fst) was 2.6%, which was consistent with the coefficient of gene differentiation (Gst). The global heterozygote deficit across of all populations (Fit) amounted to 0.5%. The overall significant deficit of heterozygotes because of inbreeding within breeds (Fis) amounted to −2.2%. Two Unweighted Pair-group Method using Arithmetic Averages (UPGMA) dendrograms were constructed on the basis of Nei’s standard genetic distance (DS) and Nei’s genetic distance (DA) respectively. Hu sheep and Tong sheep were grouped at first, Ujmuqin sheep and small-tailed Han sheep clustered and then clustered with Tan sheep. Finally, Yangtse River Delta white goat joined in with all above. From this study, Ujmuqin sheep belongs to “Mongolia sheep” group, which corresponds with the historical records exactly. Ujmuqin sheep and small-tailed Han sheep, Tan sheep, Hu sheep and Tong sheep all vest in the “Mongolia sheep” group.     

RIP140基因多态性及其与济宁青山羊产羔数关系的研究

根据牛RIP140基因mRNA序列,设计5对引物(P1～P5),利用每对引物分别扩增随机选取的济宁青山羊和辽宁绒山羊各5个个体,PCR产物克隆测序,获得山羊RIP140基因全部CDS序列。通过序列比对在此序列822位发现C→T的沉默突变。根据获得的山羊RIP140基因的CDS序列设计引物P6,采用PCR-RFLP技术检测C822T多态位点在高繁殖力品种(济宁青山羊、贵州白山羊)和低繁殖力品种(辽宁绒山羊、波尔山羊、内蒙古绒山羊)中的单核苷酸多态性,并研究该基因对山羊产羔数的影响。结果发现,引物P6扩增片段在济宁青山羊、贵州白山羊、辽宁绒山羊和波尔山羊中均检测到CC、CT和TT 3种基因型,内蒙古绒山羊中只检测到CT和TT两种基因型。济宁青山羊CC、CT和TT基因型频率分别为0.056、0.309和0.635,CC型和CT型母羊平均产羔数分别比TT型多0.81只(P0.05)和0.65只(P0.05),CC型比CT型多0.16只(P0.05)。研究结果初步表明,RIP140基因的C等位基因是提高山羊产羔数的一个潜在有效的DNA标记。     

日本白鲫BMP15和GDF9基因片段的克隆及组织表达分析

根据斑马鱼GDF9、BMP15基因的保守序列设计引物,采用RT PCR方法扩增获得日本白鲫GDF9、BMP15基因片段。日本白鲫GDF9基因片段长778 bp,编码145个氨基酸;BMP15基因片段长811 bp,编码270个氨基酸。氨基酸序列分析表明日本白鲫GDF9与斑马鱼的同源性最高,为78%,与其他物种的同源性在58%~78%之间;日本白鲫BMP15与斑马鱼同源性最高,为80%,与其他物种的同源性在30%~80%之间。系统进化树分析显示,鱼类的GDF9基因独立聚成一支,其中日本白鲫的GDF9基因与斑马鱼的GDF9基因聚成一支;鱼类的BMP15基因独立聚成一支,其中日本白鲫的BMP15基因与斑马鱼的BMP15基因聚成一支。半定量PCR结果显示,BMP15 mRNA在脾脏、肝脏、鳃、脑、心脏、肌肉、肾脏、卵巢中均有表达,其中卵巢中表达量最高;GDF9 mRNA在肝脏、脑、心脏、肌肉、卵巢中均有表达,而在脾脏、鳃、肾脏中表达量极低或不表达,在卵巢中表达量最高,为进一步研究日本白鲫GDF9与BMP15基因的结构与功能奠定了基础。     

5个山羊品种PRKAG3基因5’调控区和外显子13杂合度分析

以3个中国地方山羊品种和2个引入山羊品种为研究对象,采用PCR-RFLP方法检测山羊PRKAG3基因5’调控区和外显子13的多态性。结果在5个山羊品种PRKAG3基因的5’调控区发现C-525A和C-225T多态位点,在外显子13发现T90C和C102T多态位点,分别存在一对等位基因。5个山羊品种在C-525A、C-225T和C102T位点均为低度多态,但在T90C位点存在中度多态(0.25相似文献