南阳牛mtDNA D-loop序列多态性分析

本文以3头南阳牛线粒体DNA D-loop区910bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现，3头南阳牛D－loop区的核苷酸序列有3种单倍型。南阳牛1、2和3号D－loop区的平均核苷酸变异率分别为0.44%、4.84%和0.44%，其高变区的平均核苷酸变异率分别为0.81%、7.57%和0.00％。南阳牛1号的核苷酸变异类型只有转换一种式，南阳牛2号的核苷酸变异类型有转换、颠换、插入和缺失四种形式，南阳牛3号的核苷酸变异类型有转换和插入两种形式。在3头牛的核苷酸变异类型中，均以转换最常。说明南阳牛mtDNA D-loop区表现出丰富的核苷酸变异多态性。从线粒体D－loop区核苷酸序列的3种单倍型分析，提出南阳牛可能有两种不同的母系起源。     

德国荷斯坦牛与中国荷斯坦牛性能比较

选择德国荷斯坦育成牛95头（12～18月龄），成母牛129头（1-6胎）及中国荷斯坦育成牛111头（12～18月龄）、成母牛164头（1—6胎）；分别测定其体尺、体重及生产性能，并对两国荷斯坦牛体型、生长发育、生产性能和繁殖性能等指标进行比较分析，研究现行饲养管理水平对德国荷斯坦牛性能的影响。结果表明：德国荷斯坦牛早期生长发育快，12月龄体尺、体重极显著地大于中国荷斯坦牛（p〈0．01），德国荷斯坦牛各胎次产乳量、乳脂率均极显著地高于中国荷斯坦牛（p〈0．01），德国荷斯坦牛情期受胎率较中国荷斯坦牛低（p〈0．01），育成牛初配月龄明显晚于中国荷斯坦育成牛（p〈0．05）。产间距德国荷斯坦牛较中国荷斯坦牛略长，但差异不明显（p〉0．05）。     

荷斯坦牛TLR6基因多态性分析

为研究中国荷斯坦牛TLR6基因的多态性,确定其等位基因数以及核苷酸变异位点,探讨其遗传特性,采用PCR-SSCP技术对303头荷斯坦牛的TLR6基因进行了遗传多态性检测。结果表明:TLR6基因在扩增区域的209 bp处发生G→A的错义突变,导致TLR6蛋白中第70位天冬氨酸(Asp)变为天冬酰胺(Asn),并产生AA、BB、AB三种基因型,基因型频率分别为0.214 5、0.122 1和0.663 4,经χ~2适合性检验,荷斯坦牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。说明中国荷斯坦牛TLR6基因多态性丰富,该位点可以作为荷斯坦牛抗病育种的分子标记位点。     

不同品系荷斯坦牛抗热应激能力的研究

随机选择20～24月龄的中国荷斯坦牛、以色列荷斯坦牛(♂)×中国荷斯坦牛(♀)F1、新西兰荷斯坦牛各6头,测定其在热应激条件下生理生化指标的变化情况。结果表明,以色列荷斯坦牛(♂)×中国荷斯坦牛(♀)F1代的直肠温度显著低于中国荷斯坦牛和以列荷斯坦牛(P<0.05),呼吸频率显著低于新西兰荷斯坦牛(P<0.05),其对热应激有较强的适应能力。     

荷斯坦牛LF基因5’UTR区多态性分析

本研究采用PCR-SSCP技术对303头奶牛的乳铁蛋白基因5’UTR区进行遗传多态性检测,以确定其等位基因数以及核苷酸变异位点,探讨其遗传特性结果表明,LF基因在扩增区域的64bp处发生G→C的突变,形成AA、AB、BB三种基因型,其基因型频率分别为0.2541、0.4455和0.3004,等位基因A和B的频率分别为0.4796和0.5231。群体遗传学分析发现荷斯坦牛LF基因的有效等位基因数(Ne)、遗传杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别是0.4989、0.4455和0.3745。经卡方适合性检验表明该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。中国荷斯坦牛LF基因5’UTR区的多态性相对较高,遗传变异相对较大,提示该位点有望作为荷斯坦牛乳腺炎抗病育种的标记位点之一。     

秦川牛线粒体DNA高变区序列分析

本文对秦川牛线粒体DNA D－loop高变区的核苷酸序列进行了分析，结果发现，秦川牛D－loop高变区的核苷酸变异率约为1．08％，其核苷酸变异类型包括转换、颠换和插入3种形式，其中转换最常见。     

中国荷斯坦牛TLR_2基因SNPs快速筛查及...等位基因频率估算

为了探讨Toll样受体2基因与荷斯坦牛乳腺炎抗性的相关性,本研究选取中国荷斯坦牛为试验对象构建DNA池,设计4对特异性引物,并结合克隆测序法对中国荷斯坦牛TLR_2基因编码区进行多态性筛查。结果显示,荷斯坦牛TLR_2基因编码区有6个核苷酸突变位点,分别为T602A-Intron2、G10900C-Exon2、G11047C-Exon2、A11076T-Exon2、C12077T-Exon2、T10634G-Exon2,其中T10634G-Exon2为错义突变,其余均为同义突变,SNPs突变前后等位基因频率有明显差异。6个SNPs等位基因频率分别由0.8067、0.7843、0.7959、0.7647、0.6897、0.8413突变为0.1933、0.2157、0.2041、0.2353、0.3103、0.1587。研究结果可为中国荷斯坦牛的分子抗病育种提供理论依据。     

荷斯坦种公牛女儿主要性状的分析

<正>新疆呼图壁种牛场是"国家级重点种畜场"、"全国奶牛示范养殖场"、"全国农垦现代化示范区"和"畜牧行业优秀企业";饲养着中国荷斯坦牛和中国西门塔尔牛共7000头,其中荷斯坦牛6000头,荷     

应用广西黄牛作受体进行奶牛胚胎移植的研究

本试验通过超排11头荷斯坦牛,获得42枚可用胚胎,分别移植到19头广西本地黄牛和18头低产奶牛中,广西黄牛受体的妊娠率为36.81%,其中母犊5头,公犊2头。荷斯坦牛受体的妊娠率为44.44%,流产2头,流产率25%,产犊6头,公母各3头。黄牛受体与荷斯坦牛受体生下的荷斯坦胚胎牛初生重差别明显,但经培育后,体重差距逐步缩小;产奶性能无差别。广西本土黄牛可以用于荷斯坦牛胚胎移植的受体牛,加强饲养管理可获得好的受胎率;做好胚胎移植出生犊牛培育,可获得良好的经济效益。     

奶牛朊病毒基因克隆与序列分析

根据已报道正常牛朊蛋白(PrP^c)基因(PRNP)序列设计引物，采用PCR法扩增了6头荷斯坦奶牛的PRNP基因，将其克隆到T-Vector。序列测定及分析表明所克隆的奶牛PRNP基因片段为795bp，该基因内无内含子，包含了牛PRNP完整编码区序列，编码264个氨基酸的前体蛋白，推测其分子量约34ku。其中2头共同含有未曾报道的牛PRNP多态性位点M120I，无义突变G234A，但未引起酶切位点变异，未发现插入或缺失变异；与已报道牛PRNP序列(GenBank收录号为DI0613)相比，两者核苷酸序列同源性为99％，其编码的氨基酸同源性为99％。     

中国地方猪种线粒体基因组遗传多样性及其系统发育分析

为从分子水平上探究中国地方猪种遗传多样性和分类地位,本试验采用生物信息学方法比较了6个类型共22个中国地方猪种的线粒体基因组全序列,分析了其多态性,并构建了6个类型猪种线粒体D-loop区单倍型的网络中介图以及基于线粒体D-loop序列、Cytb基因、完整编码区序列的系统进化树。结果表明,6个类型22个猪种中共检测到了144个多态位点,22种单倍型,说明地方猪种具有丰富的遗传多样性;地方猪线粒体基因组序列中核苷酸变异以转换为主,且Ti/Tv大于转换/颠换比临界值（2.0）,变异位点均符合中性突变。6个类型猪种间遗传距离均较小,且有共享单倍型。系统进化树结果表明,6种类型地方猪种主要聚为两个支系。表明线粒体D-loop序列及Cytb基因均可作为研究种内系统发育、起源进化的分子标记。     

Genetic Diversity and Phylogenetic Relationships of the Complete Mitochondrial Genome in Chinese Indigenous Pig Breeds

In order to explore the genetic diversity and the classification status of the Chinese domestic pigs at the molecular level, the complete mitochondrial DNA (mtDNA) genomic sequences of 22 Chinese indigenous pig breeds from 6 types were downloaded from GenBank for the analysis using the bioinformatics method. The polymorphism of nucleic acid sequences was analyzed,the molecular phylogenetic tree based on D-loop sequences, Cytb gene, complete coding region mtDNA sequences and the Median-Joining network of the mtDNA D-loop haplotypes were constructed for 22 pig breeds from 6 types. The results showed that a total of 144 mutation sites among 22 pig breeds were detected, 22 haplotypes were discovered, which indicated that Chinese indigenous pig breeds had abundant genetic diversity. According to the complete mtDNA genomic sequences analysis, which suggested that the main mutations was transition, the transition/transversion ratio was greater than 2.0 and all mutations were in line with the neutral mutation. Our findings clearly demonstrated that there was a near genetic distance among 6 types, meanwhile, the shared haplotypes were found. The phylogenetic tree showed that Chinese indigenous pigs from 6 types were diverged from two ancestors.The results indicated that mtDNA D-loop and Cytb gene might serve as molecular markers for phylogenesis, origin and evolution.     

中国家鸡和红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性及系统进化分析

通过线粒体DNA控制区的结构和多态性来研究中国家鸡和红色原鸡的遗传多态性与系统进化。测定14个中国地方鸡种和红色原鸡2个亚种的256个个体线粒体DNA控制区部分序列约560bp,结果表明,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为25．∞％、37．40％、4．40％和33．20％。共发现44个变异位点,约占分析位点总数的7．86％,没有观测到插入／缺失,颠换和转换之比为0．13;共具有32种单倍型,9种为共享单倍型;16个群体内单倍型多样度从0到0．964,单倍型变异度总体为0．909&#177;0．014,整体的平均核苷酸差异数为7．276,核苷酸多样度为1．851％。群体间核苷酸分歧度（Dxy）在0．747％～3．125％之间变化,核苷酸净遗传距离（Da）为0．015％～2．633％。16个群体表现出较高水平的遗传多态性,群体间表现出显著的遗传分化。群体遗传多态性和亲缘关系分析表明,一些中国家鸡的群体（如固始鸡和仙居鸡）起源于泰国红色原鸡Gallus gallu sgallus亚种,一些中国家鸡的群体（如茶花鸡和藏鸡等）起源于中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种,在一些中国地方鸡种还同时具有这2种红色原鸡的遗传贡献;认为中国家鸡起源于泰国或单纯起源于中国的观点都是不全面的。     

关中驴线粒体DNA D-loop多态性分析

本文对 6头关中驴线粒体DNAD loop区 399bp的核苷酸序列进行了分析。结果发现 ,关中驴的D loop区核苷酸变异只有转换 1种形式。 6头关中驴D loop区的核苷酸序列组成 3种单倍型 ,单倍型比例为 5 0 .0 0 % ,说明关中驴mtDNA遗传多样性正逐步丧失 ,需要加强驴种质资源保护。以欧洲驴D loop序列为对照 ,关中驴 3种单倍型的核苷酸变异率分别为 4 .2 1%、4 .5 1%和 0 .2 5 %。在获得的 399bpD loop碱基序列中 ,共检测出核苷酸多态位点18个 ,多态位点比例为 4 .5 1%。从D loop区核苷酸序列的 3种单倍型分析 ,发现关中驴可能有 2种不同的母系起源     

4种鼢鼠线粒体DNA D-loop区全序列分析

采用PCR测序技术对采自甘肃境内的4种鼢鼠22个个体的线粒体DAND-loop区全序列进行了测定。结果表明：鼢鼠线粒体DNAD-loop序列长度为893、894、895、896或899bp,核苷酸位点突变类型有5种,即转换、颠换、插入、缺失及转换与颠换共存。碱基转换以T〈=〉C形式为主。其中T、C、A、G4种核苷酸的平均比例分别为34．1％、24．3％、30．1％、11．5％,A＋T含量（64．2％）明显高于G＋C含量（35．8％）。这4种鼢鼠22条线粒体DNAD-loop区发现20种单倍型,单倍型比例为81．82％,说明中国鼢鼠mtDNA遗传多态性很丰富。从系统发育树分析,4种鼢鼠明显聚为两类,推测鼢鼠可能有两个起源。     

泰国红色原鸡和中国红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性和分类关系研究

对泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种和中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种各16个个体mtDNAD-loop序列进行系统分析,测定线粒体D-loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为13.6%、43.2%、4.3%和38.9%,A+T含量高于G+C含量。结果共发现27个变异位点,颠换和转换之比为0.13,没有观测到插入/缺失情况。测定的6种单倍型中,2个红色原鸡亚种没有共享单倍型,单倍型多样度分别为0.250和0.695,平均核苷酸差异数分别为3.750和10.833,核苷酸多样度分别为0.954%和2.757%。泰国红色原鸡中性检验的Tajima'sD值为-1.800(P<0.05),不符合中性突变。2个红色原鸡亚种间核苷酸分歧度(Dxy)为2.847%,核苷酸净遗传距离(Da)为0.991%。序列群体间的方差组分(Va)占总变异的47.31%,Fst=0.473,差异极显著(P<0.01);群体间mtDNAD-loopFst值也差异显著(P=0.035)。红色原鸡2个亚种具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这2个亚种并非是同一个亚种的观点。     

略阳乌鸡线粒体DNA控制区(D-loop)的遗传多样性分析

为了研究略阳乌鸡线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop）的遗传多样性和起源,本研究对30只略阳乌鸡样品的mtDNA D-loop全序列进行了PCR扩增和测序,结合GenBank中公布的其他鸡的D-loop区序列,分析略阳乌鸡线粒体多态性及其起源。结果表明,略阳乌鸡mtDNA D-loop区全序列中,A、C、G、T平均含量分别为26.6%、26.6%、13.4%和33.4%,26个核苷酸多态位点均为转换位点,核苷酸多样度（Pi）为0.00705,单倍型变异度（Hd）为1.000,中性检验Tajima's D值为-0.47272。通过群体构建的系统进化树发现,略阳乌鸡样品在系统进化树上聚为4大分支。研究结果表明,略阳乌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示略阳乌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。     

Genetic Diversity of Lueyang Black-bone Chicken Based on Mitochondrial DNA D-loop Region Sequence

This study was aimed to assess mitochondrial DNA D-loop sequence diversity and origin of Lueyang Black-bone chicken.The mtDNA D-loop sequence of 30 individuals from Lueyang Black-bone chicken were amplified by PCR and subsequently sequenced.The mtDNA D-loop sequence of other chicken were collected from GenBank and used as reference sequences to analyze the diversity and origin of Lueyang Black-bone chicken.The results revealed that the average values of base composition of A,C,G and T in mtDNA D-loop the sequence of Lueyang Black-bone chicken were 26.6%,26.6%,13.4% and 33.4%,respectively.26 nucleotide polymorphic sites were transition.The average nucleotide diversity (Pi) of the sites and haplotype diversity (Hd) were 0.00705 and 1.000,and the value of Tajima's D was -0.47272.Phylogenetic tree showed that samples were clusted in 4 clades. In the research, it could be concluded that the genetic diversity was relatively rich and wealthy and there were 4 maternal origins to Lueyang Black-bone chicken population.     

鸳鸯mtDNA D-loop序列分析

采用PCR和直接测序方法测定鸳鸯线粒体DNA(mtDNA)控制区全序列,与GenBank上已知序列相比较分析mtDNA D-loop 3个区的序列变异。结果发现,鸳鸯mtDNA控制区序列长1035 bp;与欧洲鸳鸯相比,鸳鸯(样品采集来自贵州省石阡县)mtDNA控制区共存在25处转换、12处颠换、2处插入和12处缺失;两种鸳鸯之间mtDNA控制区Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ区的序列变异率分别为14.5%、0.64%和0.8%,Ⅰ区的变异速率最快;mtDNA控制区的A、C、T、G碱基含量分别是26.6%、16.0%、26.6%和30.8%,A+T含量稍高于C+G含量,G含量最高,符合序列组成的碱基偏倚性。与其他鸭科物种进行了mtDNA控制区序列一致性的比较,结果均高于80%。     

Genetic diversity of mtDNA D-loop sequences in four native Chinese chicken breeds

1. To explore the genetic diversity of Chinese indigenous chicken breeds, a 585 bp fragment of the mitochondrial DNA (mtDNA) region was sequenced in 102 birds from the Xichuan black-bone chicken, Yunyang black-bone chicken and Lushi chicken. In addition, 30 mtDNA D-loop sequences of Silkie fowls were downloaded from NCBI. The mtDNA D-loop sequence polymorphism and maternal origin of 4 chicken breeds were analysed in this study.

2. The results showed that a total of 33 mutation sites and 28 haplotypes were detected in the 4 chicken breeds. The haplotype diversity and nucleotide diversity of these 4 native breeds were 0.916 ± 0.014 and 0.012 ± 0.002, respectively. Three clusters were formed in 4 Chinese native chickens and 12 reference breeds. Both the Xichuan black-bone chicken and Yunyang black-bone chicken were grouped into one cluster. Four haplogroups (A, B, C and E) emerged in the median-joining network in these breeds.

3. It was concluded that these 4 Chinese chicken breeds had high genetic diversity. The phylogenetic tree and median network profiles showed that Chinese native chickens and its neighbouring countries had at least two maternal origins, one from Yunnan, China and another from Southeast Asia or its surrounding area.