与PPAR基因连锁的5个微卫星标记与猪肉质性状的相关性*

从已公布的猪13号染色体连锁图谱中选择与PPAR(peroxisome proliferator activated receptor)基因连锁的5个微卫星位点，在苏太猪群体中对这些位点进行群体遗传学特性分析。结果表明, 各位点等位基因数6~9个，杂合度0.59~0.81，多态信息含量0.51~0.76；背膘厚与嫩度、系水力和肌内脂间的相关系数分别为-0.358、0.020和0.311，且背膘厚与嫩度及肌内脂间的相关性达到极显著水平(P <0.01）。方差分析结果显示, 微卫星位点SW482对背膘厚影响显著(P <0.05)；SW937对系水力影响达到极显著水平(P <0.01)；其它位点S0222、S0281和S0021对各性状影响均未达到显著水平(P >0.05)。     

垂体腺苷酸环化酶激活多肽基因(PACAP)G3909A突变对秦川牛部分生长性状的影响

利用PCR-SSCP技术检测垂体腺苷酸环化酶激活多肽基因（PACAP）在257头秦川牛（Bos tarurs）群体中的多态性,并构建最小二乘分析模型,分析基因型与部分生长性状的相关性。结果表明,在该基因3909bp处发生G/A突变,基因型检测结果共发现3种基因型,AA、AB和BB,A和B等位基因的频率分别为0.5992和0.4008。卡方检测结果显示该位点在所检测秦川牛群体中处于Hardy-Weinbery平衡状态。方差分析结果显示：体斜长,AA、AB和BB基因型个体之间差异均达到极显著（P〈0.01）;体高,AA和AB基因型个体极显著高于BB基因型个体（P〈0.01）,AA基因型个体显著高于AB基因型个体（P〈0.05）;体重,AA和AB基因型个体极显著高于BB基因型个体（P〈0.01）;胸围,AA基因型极显著高于BB基因型个体（P〈0.01）,AA基因型个体显著高于AB基因型个体（P〈0.05）,AB基因型个体显著高于BB基因型个体（P〈0.05）;胸宽,AB基因型个体显著高于BB基因型个体（P〈0.05）;而其它性状差异均不显著。该位点可能是影响秦川牛体斜长、体高、体重、胸围和胸宽的主效QTN或与之紧密连锁,可作为秦川牛选育的侯选分子标记。     

鸡C/EBPα基因的多态性与生长和体组成性状的相关研究

CCAAT增强子结合蛋白α（CCAAT/enhancer-binding protein α,C/EBPα）在脂肪细胞分化过程中起重要作用,是生长和体组成性状的重要候选基因。以东北农业大学肉鸡（Gallusgallus）高、低腹脂双向选择品系的第9、10世代肉仔鸡为材料,采用测序方法对鸡C/EBPα基因的部分5′侧翼区、编码区和部分3′侧翼区序列进行多态性检测,研究该基因多态性与鸡生长和体组成性状之间的关系。研究发现在C/EBPα基因编码区552bp位置存在一个沉默突变c.＊552G〉A。统计分析结果表明,该突变对肉鸡的腹脂重、腹脂率、肝脏重、肝脏率、胫围、胫骨重等性状具有显著影响（P〈0.05）。相对于GG基因型个体,AA基因型个体具有较高的腹脂重和腹脂率（P〈0.05）;对于肝脏重、肝脏率、胫围、胫骨重等性状,GG基因型个体则显著高于AA基因型个体（P〈0.05）。初步推断C/EBPα基因可能是控制腹脂沉积、骨骼生长发育的主效基因或与主效基因紧密连锁。     

脂滴包被蛋白基因(PLIN)多态性与鸡胴体及脂肪性状的相关性

脂滴包被蛋白基因(perilipin,PLIN)对脂质代谢和脂肪沉积具有重要调控作用。为揭示PLIN基因多态性对鸡(Gallus gallus)胴体及脂肪性状的遗传效应,本研究以384只鲁禽B3系为研究材料,采用DNA测序和PCR-RFLP技术对PLIN进行多态性检测,在供试群体中检测到3个SNPs位点g.2272CT、g.2319CT和g.2467GA。基于这3个SNPs位点,采用PHASE2.0软件构建了7个单倍型,其中C-C-G为最主要单倍型,频率高达71.94%;C-C-A和C-T-A单倍型频率最低,不足1%。基于7个单倍型构建了11个双倍型,H1H1频率最高,为52.60%;关联分析结果表明,双倍型对活体重、屠体重和腿肌重影响极显著(P0.01),对腹脂重和腹脂率影响显著(P0.05),对胸肌肌内脂肪含量有一定影响(P=0.094 9)。最小二乘分析结果表明,H1H3组合的活体重、屠体重、腿肌重、腹脂重和腹脂率最高,H4H6组次之,H6H6组合最低;H4H6组合胸肌肌内脂肪含量最高,H1H3组合最低。表明双倍型H6H6为劣势组合,在实际生产中应该去除,H4H6可以作为提高鲁禽鸡胴体性能和肉质风味的分子标记,在选育过程中应加强选择。本研究结果为PLIN基因应用于鸡分子育种提供了理论基础。     

鸡卵细胞卵黄生成受体基因(ovr)SNPs检测及其与蛋用性状的关联分析

以6个鸡(Gallus gallus)品种混交群体390个个体为研究材料,采用PCR-SSCP、PCR-RF-SSCP及测序的方法进行鸡卵细胞卵黄生成受体(occyte vitellogenesis receptor,ovr)基因内含子单核苷酸多态性(SNPs)位点筛选,并与鸡群蛋用性状进行关联分析.结果表明,在鸡ovr基因中发现内含子2T3967G,内含子7C8099T和A8296G,内含子9A8839T和G9084A共5个突变位点;其中内含子2HinfⅠ突变位点与开产日龄和蛋壳厚度相关极显著(P＜0.01),与产蛋量、蛋重和蛋黄比例相关显著(P＜0.05);3种基因型中订个体在开产日龄、平均产蛋量、蛋重、蛋黄比例等方面都优于其它基因型个体.研究结果证实了ovr基因对鸡的产蛋性能和蛋品质性状有重要的影响.     

牛血管生成素样蛋白4基因(ANGPTL4)编码区SNPs检测及其与南阳牛生长性状的相关性

牛血管生成素样蛋白4(Angiopoietin-like protein4,ANGPTL4)是一种与脂肪代谢相关的分泌蛋白,为研究ANGPTL4基因在调节脂肪和能量代谢中的作用,本实验采用DNA测序技术和PCR-RFLP技术,对南阳牛、郏县红牛、鲁西牛、秦川牛共计789头个体该基因的多态性进行了分析,并对检测到的多态位点与南阳牛的生长性状进行了相关性分析。多态性检测结果显示,该基因(NC_007305.4)第3和第5外显子各存在1处SNP(1422T>C,4899C>T),分别为错义和同义突变。相关性分析结果表明,2处突变位点不同基因型对南阳牛12月龄平均日增重均有显著影响(P<0.05);且第3外显子突变位点不同基因型对南阳牛12月龄体重指标也有显著影响(P<0.05)。研究结果提示,该基因2处突变位点有可能对牛的生长性状产生影响,可作为牛潜在分析育种标记。     

鸭Toll样受体4基因(TLR4)第3外显子的多态性及其与免疫性状的关联分析

Toll样受体4(TLR4)是Toll样受体家族中重要的模式识别受体之一。为分析蛋鸭TLR4基因单核苷酸多态性(SNPs)及其免疫性状相关的分子标记,本研究采用直接测序方法在绍兴鸭与缙云麻鸭(Anas platyrhyncha domestica)TLR4基因第3外显子的2254bp序列搜寻,结果共发现10个SNP位点,χ2检验表明,其中7个SNP位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。采用最小二乘法对基因型与蛋鸭部分免疫性状关联分析发现,T141G与T398C位点AB基因型个体的法氏囊指数与白细胞介素-2(IL-2)水平显著高于BB基因型个体(P<0.05),A661G位点AA和AB基因型个体的胸腺指数极显著高于BB基因型个体(P<0.01),而BB基因型个体的IL-2水平显著高于AA基因型个体(P<0.05);T699C位点AB基因型个体的胸腺指数显著高于BB基因型个体(P<0.05);A1563G位点AA基因型个体的胸腺指数极显著高于AB和BB基因型个体(P<0.01),研究结果提示,这5个SNPs可能是蛋鸭免疫性状的重要分子标记,可尝试作为蛋鸭免疫性状的候选分子标记。     

寿光鸡褪黑素受体基因(MTNR1A)5'控区多态性与产蛋性状的关联分析

褪黑素(melatonin)是由松果体和视网膜分泌的一种内分泌激素,具有广泛的生物学功能.为研究褪黑素受体基因(MTNR1A)对寿光鸡产蛋性状的影响,本研究采用直接测序法检测MTNR1A基因5’调控区的单核苷酸多态性(SNPs),并分析对寿光鸡(Gallus gallus)产蛋性状的影响.结果表明,在MTNR1A基因5’调控区存在8个SNPs位点,其中-34、-151和-617位点多态信息含量(PIC)值分别为0.13、0.12和0.05,呈低度多态,-100、-110、-126、-329和-538位点PIC值分别为0.37、0.37、0.37、0.37和0.36,呈中度多态.-100、-110、-126和-329位点对寿光鸡开产日龄和前期20～25周龄的产蛋数均有显著影响(P＜0.01或0.05),-538位点仅对开产日龄有显著影响(P＜0.05).单倍型分析显示-100、-110和-126位点紧密连锁,构建了TTT、TTC和GCT 3种单倍型和6种双倍型.与单倍型GCT相比,单倍型TTC可使开产日龄提早2.6 d,早期产蛋数增加1.4枚.综上所述,寿光鸡MTNR1A基因5’调控区SNPs位点丰富,单倍型TTC可使开产日龄提前和早期产蛋数增加,是具有潜在应用价值的分子遗传标记,可为寿光鸡早熟性状的选育提供技术支持.     

7个牛品种对氧磷酶1基因(PON1)的EcoRV和Alu Ⅰ酶切多态性及其与部分性状的关联分析

应用RFLP技术对7个牛品种进行了对氧磷酶1(paraoxonase 1,PON1)基因的EcoRV和Alu Ⅰ酶切多态性检测;SAS 9.1的GLM过程中的Duncan's检验对不同基因型与部分性状之间进行了关联分析.结果表明,EcoR Ⅴ位点与体重、日增重、眼肌面积和嫩度之间存在显著相关,AG基因型个体与其它基因型相比在日增重和嫩度上存在显著差异(P<0.05),而AA基因型个体相对于其它基因型具有较大的眼肌面积(P<0.05);Alu Ⅰ位点则与体重、净肉重和嫩度之间具有显著的生物学意义(P<0.05),AA型个体相对来说均优于其它基因型个体(P<0.05).品种间的比较表明,除实验牛始重相对趋于一致外,国外肉牛专门化品种在其它方面均优于国内品种.研究结果提示两个位点可尝试作为牛肉多汁性(嫩度)的标记.     

黑素皮质素受体3基因(MC3R)多态性及其单倍型组合与京海黄鸡屠体性状的关联分析

本研究旨在探讨黑素皮质素受体3基因(melanocortin 3 receptor,MC3R)对鸡(Gallus gallus)屠体性状的影响。采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism,PCR-SSCP)检测及测序的方法,检测MC3R在京海黄鸡群体中的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),并对这些多态位点进行连锁不平衡和单倍型分析。结果表明,在MC3R编码区序列(coding sequence,CDS)共检测到6个SNPs位点,各位点间均不存在强连锁不平衡;6个SNPs位点在379只京海黄鸡的群体中形成了5种单倍型和11种单倍型组合。最小二乘法分析结果表明,不同单倍型组合间京海黄鸡屠体性状(包括活体重、屠体重、胸肌重、腿肌重、全净膛重、半净膛重和腹脂重)存在显著或极显著差异(P<0.05或P<0.01),其中单倍型组合H3H4和H3H3的各种屠体性状均极显著高于单倍型组合H4H5(P<0.01),也显著高于其他部分单倍型组合(P<0.05),为屠体性状优势组合;单倍型组合H4H5各屠体性状均为最低,均显著或极显著低于其他大部分单倍型组合(P<0.05或P<0.01),为屠体性状劣势组合。因此,MC3R可能是影响鸡屠体性状的主效基因或与主效基因连锁,本研究为京海黄鸡屠体性状分子标记辅助选择提供了参考依据。     

新疆褐牛Toll样受体基因(TLR4)外显子Ⅲ2021位点突变与奶牛体细胞评分的相关性研究

Toll-样受体(toll like receptors,TLRs)可以通过识别病原微生物启动天然免疫并激活适应性免疫.以中国荷斯坦奶牛和新疆褐牛为研究对象,对TLR4基因外显子3进行了序列分析,并对发现的多态性位点进行PCR-RFLP分析,共发现TLR4 E3+1656、TLR4 E3+2021和TLR4 E3+2414三个多态位点.对TLR4E3+1656和TLR4 E3+2021位点x2检验表明:2个品种的突变均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05).运用最小二乘法分析表明,TLR4E3+1656位点的各基因型个体间的体细胞评分(SCS)差异不显著(P>0.05);而TLR4 E3+2021位点中AA与AB基因型SCS水平差异显著(P<0.05),AA与BB基因型SCS水平差异极显著(P<0.01),但AB与BB基因型SCS水平差异不显著(P>0.05).研究结果提示,TLR4E3+2021位点的AA基因型可能与抗乳房炎的抗性有关,A等位基因是乳房炎抗性的有利基因.采用RT-PCR技术检测了不同基因型的新疆褐牛个体中TLRs信号通路下游的部分基因mRNA的表达水平,结果显示,NF-κB1、NF-κB2和IL-1β基因mRNA表达水平与TLR4 E3+2021位点AB和BB两种基因型差异显著(P<0.05),TLR4、IL-10和IL-8基因mRNA表达水平与TLR4 E3+2021位点AB和BB两种基因型差异不显著(P>0.05).