雅江报春天然居群RAPD遗传多样性

用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记检测3个雅江报春天然居群的遗传多样性。结果表明,28个引物共扩增出173条片段,平均每个引物扩增出6条,其中多态性带纹为82条(47·4%)。材料间的平均遗传距离为0·4584,17个植株可被聚为四类。居群间随海拔差异的增大,遗传距离增大,遗传关系较远。居群内木格措居群遗传多样性较高,木格错居群与理塘居群遗传关系较近,康定居群与木格错居群分离出差异较大的个体。     

应用微卫星标记分析东乡野生稻遗传多样性初探

 利用SSLP标记对东乡野生稻进行多样性分析。结果表明 ,在 14对SSLP标记引物中 ,12对引物扩增的产物呈现多态 ,多态性探针百分率为 85 .71% ,共扩增出 70条多态性带 ,平均每对引物扩增出多态性带 5 .83条 ,表明东乡野生稻具有较丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明 ,东乡野生稻 9个居群内及居群间存在一些差异较大的材料 ,同时也存在一些相同或遗传距离很小的材料 ;居群内平均遗传距离为 0 .2 3～ 0 .4 7,居群间平均遗传距离为0 .4 0～ 0 .5 5 ,居群间的遗传距离略大于居群内的遗传距离 ,为此 ,必须对东乡野生稻现有居群进行严格的保护。     

沙地云杉与近缘种红皮云杉和白扦遗传多样性的RAPD分析

应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对内蒙古沙地云杉8个居群及其近缘种红皮云杉10个居群、白扦10个居群的遗传多样性进行了研究,所用的16个随机引物在28个居群中共检测到172个位点,平均每个引物扩增带数为10.75条,其中多态位点119个,占69.19％,表现出丰富的RAPD多态性。运用Neis多样性指数(h)和Shannons多样性指数(i)估算出28个居群的遗传多样性水平,且反映出遗传变异主要存在于居群内。根据遗传距离和聚类分析,3种云杉聚为三大类,沙地云杉与白扦的亲缘关系较与红皮云杉近,表明经过漫长的进化,沙地云杉产生了较大的遗传变异,因此支持将沙地云杉划分为独立种。     

东乡野生稻核基因组SSLP分析

利用SSLP标记对东乡野生稻进行了多态性分析 ,结果表明 :在 1 4对SSLP标记引物中 ,1 2对引物扩增的产物产生多态 ,总共扩增出了 70条多态性带 ,平均每对引物扩增的多态性带数为 5.83。聚类分析结果表明 :取自同一居群的部分材料遗传差异较小 ,甚至有些材料完全相同 ,但也有些材料遗传差异较大 ,不同程度地分布在各个类群组。这些结果表明“东野”9个居群的天然小群体可能就是一个大的群落。阐述了对“东野”原生地现有居群进行保护的紧迫性。     

应用RAPD技术分析女贞种质资源的遗传多样性与遗传结构

本研究采用RAPD分子标记技术对我国7个野生居群共121份女贞种质材料进行遗传多样性分析。10条有效引物对121份女贞种质材料进行RAPD-PCR扩增,共扩增出94条DNA谱带,其中80条为多态性带,占总扩增带数的85.11%,平均每个引物扩增出9.4条谱带。分析结果表明,供试女贞材料在物种水平上具有丰富的遗传多样性,有效等位基因数Ne=1.4344,Nei’s基因多样性H=0.2591,Shannon信息指数I=0.3959;但在居群水平上,女贞的遗传多样性水平较低,PPB=37.08%,Ne=1.2590,H=0.1455,I=0.2127。女贞居群内的遗传变异大于居群间的遗传变异,居群间遗传分化指数Gst=0.4067,总的遗传变异中有40.67%的变异存在居群间,有59.33%的遗传变异存在于居群内。女贞居群间基因交流有限,基因流(Nm)为0.7294<1。     

山蜡梅复合体的遗传多样性和居群遗传分化研究

将山蜡梅、浙江蜡梅、突托蜡梅统称为山蜡梅复合体,应用RAPD和ISSR标记分别对来自7个不同居群共201个山蜡梅复合体单株进行DNA多样性检验。结果显示:从38个ISSR引物中筛选出12个条带清晰、重现性好、多态性高的引物,扩增出总条带数142条,大小在300～2800bp,多态率达94.37%,PIC0.31,MI3.33。在80个RAPD引物中,选出了12条合适的引物,扩增出条带数226条,大小在150～2200bp,多态率达95.13%,PIC0.37,MI4.91。两种分子标记计算出山蜡梅复合体居群的Nei’s基因多样性指数为0.2952,Shannon信息指数为0.4884,反映出山蜡梅复合体丰富的遗传多样性。进一步的AMOVA分析显示,山蜡梅复合体遗传变异大部分来自居群内变异,并且都达到极显著水平,这表明7个地理居群间存在着比较明显的遗传分化。UPMGA聚类分析发现,7个山蜡梅复合体居群被归为明显的3大支,且地理距离相邻的居群遗传距离也近,说明居群的聚类和地理距离有关。同时分析结果还为解决存在争议的新种的分类工作提供分子水平的有力证据。     

中国西北内陆干旱区大叶白麻野生居群遗传多样性研究

[目的]研究大叶白麻野生居群的遗传多样性。[方法]采用RAPD技术对分布于新疆、甘肃和青海的5个大叶白麻野生居群的遗传多样性水平进行检测。[结果]经筛选的20条引物共扩增出165条清晰、重复性好的DNA条带,其中多态性条带为110条,多态位点百分率(PPB)为66.67%。居群间Nei′s多样性指数为0.2205,Shannon’s信息指数为0.3047,遗传分化系数(Gst)为0.9082。大叶白麻具有较高的遗传多样性水平,遗传分化主要发生在居群间。聚类分析显示居群间的相似度与分布区的地理和气候特征相关。[结论]在利用大叶白麻资源的同时,应根据各居群的品质和遗传特征,对这些居群尤其是青海居群加以保护。     

秭归空心李RAPD反应体系的建立及其遗传多样性分析

采用RAPD分子标记技术对湖北省秭归县杨林桥镇秭归空心李4个居群的21个样品进行了多态性分析,从100个随机引物中筛选出6个引物对秭归空心李进行了扩增并对扩增结果进行了聚类分析.结果表明:当遗传距离取 0.266 2～0.346 2 cM时,所有的群体聚为一类;当遗传距离取 0.059 5～0.063 9 cM时,4个居群各为一类;4个居群的相似性系数为 0.707 3～0.942 3,说明杨林桥镇4个居群的秭归空心李遗传背景比较一致,亲缘关系很近.     

盾叶薯蓣居群亲缘关系的RAPD分析

用随机扩增多态DNA标记(RAPD)技术对华中农业大学薯蓣资源圃中收集的11个盾叶薯蓣居群及4个薯蓣属植物居群的混合样品进行了遗传多样性的检测。对于11个盾叶薯蓣居群,19个RAPD引物扩增出153条带,其中113条为多态带,占73.86%。UPGMA聚类分析结果揭示了各居群间的亲缘关系。     

新疆野杏种质资源遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

为了探讨新疆野杏种质资源的遗传多样性和亲缘关系,利用ISSR分子标记技术,对新疆伊犁地区3个居群、135份野杏种质资源进行了PCR扩增。研究表明,22条引物共扩增出465条多态性条带,多态性位点百分率为99.49%;从物种水平分析,新疆野杏种质资源的多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数分别为99.57%,1.9957,1.3879,0.2449,0.3874;从居群水平分析,各居群的多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数各指标的平均值分别为76.80%,1.7680,1.3463,0.2120和0.3287;3个居群的各项指标均为霍城居群最高,新源居群最低,巩留居群居中;新疆野杏种质资源的遗传变异主要来自于居群内(86.43%),少部分来自于居群间(13.57%);各居群中霍城居群和新源居群亲缘关系最近,遗传分化程度小;新源居群和巩留居群间亲缘关系最远,遗传分化程度大。     

柑橘类植物GPAT基因片段克隆和SNP分析

甘油-3-磷酸酰基转移酶基因是与植物抗冷性强弱密切相关的基因。根据已报道的各种植物GPAT基因的氨基酸序列上前后两个保守区设计1对简并引物,采用RT-PCR技术,分别从琯溪蜜柚、马家柚、莽山野橘等8种柑橘类植物中克隆得到315bp的GPAT基因片段。使用DNA Star5.0软件对8个片段序列进行同源性比较,8个片段的核苷酸同源性高达97.8%,与其它植物GPAT基因核苷酸序列的同源性都在72.5%以上;经过氨基酸序列推导,每个GPAT基因片段分别编码105个氨基酸,8个片段的氨基酸同源性为95.2%,与其它植物GPAT基因的氨基酸序列同源性在68.9%以上。试验克隆所得8种柑橘类植物GPAT基因片段序列存在明显的单核苷酸变异,在14个核苷酸位点存在SNPs(single nucleotide polymorphisms),导致6个氨基酸位点发生变异,多态性频率为1SNP/22.5bp,核苷酸变异度为4.45%,氨基酸变异度为5.71%。采用NJ聚类法对克隆片段的核苷酸序列进行了遗传多样性分析。     

冰糖橙优良芽变的AFLP分析

应用AFLP技术,筛选了40对引物,其中EcoR I AGC M seI CGA,EcoR I AGC M seI CAC,EcoR I AGG M seI CAC,EcoR I AGG M seI CCA,EcoR I ACG M seI CAC,EcoR I ACG M seI CCA等共12对引物经PCR扩增,效果理想,共扩增出4 227条带,带型清晰、丰富、可靠性强。在EcoR1-ACG M seI-CAC这对引物下,果实性状优良的单株变异与普通对照(即普通冰糖橙)有明显的带型差异,多态性比例达10.2%。应用AFLP技术进行柑橘芽变的分析和鉴定获得成功。     

福州地区柑橘种质资源的ISSR分析

研究利用ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记技术对21份福州地区柑橘种质资源进行遗传多样性分析,以期为福州地区柑橘的品种鉴定及育种提供理论依据和技术支持。试验从27条ISSR引物中筛选出多态性好、条带清晰的14条引物,对供试材料进行遗传多态性分析。获得162条总条带,其中多态性条带129条,多态位点百分率为79.63%;聚类结果显示21份资源可分为5个组,13份福橘被聚为同一组,进而可划分为4个亚组。ISSR标记能较好地区分福州地区柑橘资源,且福州柑橘地方资源遗传多样性丰富。     

福建柑桔种质的RAPD分析

从100条随机引物中筛选出21条能扩增出清晰的具有多态性DNA谱带的引物,通过RAPD分析,在分子水平上对福建54份柑桔种质进行鉴定、分类和亲缘关系分析。结果表明:这些种质的相异系数为0.01493-0.48172,说明它们之间的亲缘关系较近;在遗传相似系数为0.45的水平上,54份柑桔种质被分为三大类,其中,太田芦柑(C itrus reticulataB lanoocv.Tiantian lugan)和晚熟芦柑(C itrus reticulataB lanoo cv.W anshu lugan)的亲缘关系最近,柠檬(C itrus lim onBurm.F.)与枳(Poncirus trifoliateRaf.)的亲缘关系最远,与形态学观察及传统分类结果相吻合。此外,还对福建引进的一些杂柑品种的遗传多样性进行了探讨。     

柑橘转基因成分多重PCR检测体系的建立(英文)

[目的]建立柑橘转基因成分的多重 PCR 检测体系。[方法]根据 GenBank 中 pBI121 质粒序列和柑橘(Citrus.)Actin 基因序列,分别设计CaMV35S 启动子、NOS 启动子、NOS 终止子特异引物和 Actin 基因的特异引物,建立能同时检测出 4 种序列的多重 PCR 检测体系,同时通过正交试验确定该体系的最佳引物浓度和比例及 PCR 反应体系中各因素的浓度及反应程序,并对该方法的灵敏度进行验证。[结果]试验得到的最佳MPCR 反应体系为:10×buffer 2.5 μl,25 mmol/L MgCl22.0 μl;dNTP Mixture (2.5 mmol/L each)2.0 μl,10 μmol/L 的 Actin 基因、35S 启动子、NOS 启动子、NOS 终止子引物分别加入 1.0、1.0、1.5、0.5 μl,模板 DNA 0.1 μg,Taq DNA 聚合酶 1.25 U,加 ddH2O 至 25 μl。PCR 反应程序为:94 ℃预变性5 min;94 ℃ 30 s,64.1 ℃ 45 s,72 ℃ 50 s,31个循环;72 ℃ 10 min。试验中,经正交优化后的4重PCR反应灵敏度达0.1%。[结论]该研究建立的MPCR检测体系,理论上已能满足柑橘或其深加工产品的转基因成分检测。     

柑橘转基因成分多重PCR检测体系的建立

[目的]建立柑橘转基因成分的多重PCR检测体系。[方法]根据GenBank中pBI121质粒序列和柑橘(Citrus.)Actin基因序列,分别设计CaMV35S启动子、NOS启动子、NOS终止子特异引物和Actin基因的特异引物,建立能同时检测出4种序列的多重PCR检测体系,同时通过正交试验确定该体系的最佳引物浓度和比例及PCR反应体系中各因素的浓度及反应程序,并对该方法的灵敏度进行验证。[结果]试验得到的最佳MPCR反应体系为:10×buffer 2.5μl,25 mmol/L MgCl22.0μl;dNTP Mixture(2.5 mmol/L each)2.0μl,10μmol/L的Actin基因、35S启动子、NOS启动子、NOS终止子引物分别加入1.0、1.0、1.5、0.5μl,模板DNA 0.1μg,Taq DNA聚合酶1.25U,加ddH2O至25μl。PCR反应程序为:94℃预变性5 min;94℃30 s,64.1℃45 s,72℃50 s,31个循环;72℃10 min。试验中,经正交优化后的4重PCR反应灵敏度达0.1%。[结论]该研究建立的MPCR检测体系,理论上已能满足柑橘或其深加工产品的转基因成分检测。     

柑橘类植物SOD基因片段的克隆和SNP分析

[目的]对柑橘类植物遗传多样性进行精确分析研究。[方法]根据已报道的各种植物Mn/Fe-SOD基因的氨基酸序列上前后2个保守区设计1对简并引物,采用RT-PCR技术,分别从岭南沙田柚、柠檬等6种柑橘类植物中克隆得到长426bp的Mn/Fe-SOD基因片段,并对所得序列进行了SNP分析。[结果]柑橘类植物核苷酸同源性高达97.2%,与其他植物Mn/Fe-SOD基因核苷酸序列的同源性都在77.7%以上;经过氨基酸序列推导,每个基因片段分别编码142个氨基酸,6个基因片段的氨基酸同源性为97.9%,与其他植物Mn/Fe-SOD基因的氨基酸序列同源性在79.0%以上。在Mn/Fe-SOD基因片段中有18个核苷酸位点存在SNPs,导致3个氨基酸位点发生变异,多态性频率为1SNP/23.7bp,核苷酸变异度为4.23%,氨基酸变异度为2.38%。[结论]该研究为丰富构建柑橘类植物基因图谱标记和抗逆性状的遗传标记奠定了基础。     

基于COS Marker分析柑橘属及其近缘、远缘属植物的遗传与进化

【目的】研究柑橘属及其近缘、远缘属种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为柑橘类果树的遗传和进化关系提供新的视点,也为遗传育种以及种质资源深入的收集、保护及评价利用提供新工具和参考。【方法】下载Phytozome网站公布的全部克里迈丁Conserved ortholog sequences,并在NCBI中与测序甜橙序列比对,获得具有Gap的序列,从中设计60对COS引物,筛选并利用多态性标记对柑橘属及其近缘、远缘属植物进行扩增检测,通过Structure、Power Marker和Gen Al Ex等软件进行数据分析。【结果】从设计引物中筛选出谱带清晰、稳定性好、具有多态性且分布在柑橘不同连锁群的引物25对,对45份柑橘属及其近缘、远缘属种质资源进行扩增检测,共得到584条谱带,平均每对引物约为23.36条;基因多样性为0.26—0.88,平均0.49;PIC为0.26—0.87,平均0.48。群体遗传结构分析显示,在K=9时,群体结构图清晰地揭示了柑橘属及其近、远缘属植物间的遗传组成关系,可区分为宽皮柑橘类群、柚类群、枸橼类群、大翼橙类群、金柑类群、枳及澳沙檬澳圆檬类群、花椒类群、黄皮酒饼簕九里香类群以及印度野橘和莽山野柑杂合类群,类群关系与聚类分析结果总体比较一致。UPGMA聚类分析显示,COS Marker能够明确地区分柑橘属及其近缘、远缘属种质资源,柑橘属在较高分类层次与金柑属、枳属、澳沙檬属、澳圆檬属、花椒属以及黄皮、酒饼簕、九里香等近、远缘植物分离;在柑橘属内,枸橼和大翼橙类首先聚类,然后与宽皮柑橘、柚类等其他柑橘属植物聚类;宽皮柑橘类群里,道县野橘、岑溪酸橘等半野生宽皮柑橘与椪柑等栽培宽皮柑橘可以明确区分,而莽山野柑和印度野橘不在本类群。【结论】根据甜橙和克里迈丁基因测序信息设计的COS引物,在柑橘近缘、远缘属植物中均能获得有效扩增,能够有效区分柑橘属及其近缘、远缘属种质资源;莽山野柑和印度野橘的遗传组成表现杂合,聚类分析中与宽皮柑橘距离比较远,可能并非宽皮橘类群最原始类型。     

柑桔黄龙病PCR检测技术体系优化分析

根据柑桔黄龙病病菌亚洲种16S rDNA基因序列设计特异引物,建立了检测柑桔黄龙病的快速PCR方法,并研究了PCR体系的各主要组分对PCR反应的影响,确立了黄龙病菌的PCR检测优化体系。应用PCR检测方法对大田植株及柑桔脱毒苗进行抽样检测,结果表明:PCR检测优化体系具有快速、灵敏度高、重复性好、检测成本低等优点,适用于柑桔黄龙病的早期诊断及无病毒苗木的大量检测。     

晚熟温州蜜柑NBS-LRR类抗病基因同源序列的克隆及分析

为加深对柑橘黄龙病抗性机理的了解和为黄龙病抗性基因的克隆提供依据,根据已知植物抗病基因NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以柑橘黄龙病抗性品种"晚熟温州蜜柑"为供试材料,对其基因组DNA进行PCR扩增、克隆和序列测定,结果共获得17条抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),其在NCBI中的登录号为KJ019189~KJ019199,KR815564~KR815569。序列分析表明,这17个RGAs与甜橙、柚等柑橘属中推测的一些抗病蛋白基因或其他相关蛋白基因具有显著高的同源性。其中一些RGAs与拟南芥抗霜霉病RPP13基因、柑橘抗衰退病毒基因Ctv或烟草抗TMV基因N具有51.7%~79.0%的氨基酸序列同源性。依据论文结果,笔者认为,晚熟温州蜜柑中存在较丰富的NBS-LRR类抗病基因,但具体哪些病基因与抗黄龙病相关尚需进一步研究。