深县猪全基因组选择信号检测分析

本研究旨在通过基因组重测序技术从分子层面深入了解地方猪种深县猪的种质遗传特性。实验以10头深县猪和10头梅山猪作为研究对象进行全基因组重测序,采用滑动窗口方法进行群体选择信号分析,结合群体遗传分化指数(Fst)和核酸多样性(θπ)2种参数筛选出受选择位点,调取相应的基因,并进行生物信息学分析。研究结果表明,深县猪独有的SNP变异位点有21 602 538个,对受选择区域筛选后得到受选择位点580个,定位于23个基因。GO和KEGG富集结果显示,与深县猪肉质、繁殖及免疫相关的候选基因有7个,这些候选基因通过参与激素合成、卵细胞成熟、脂质代谢以及免疫等信号通路发挥作用。基于全基因组重测序技术对候选基因的挖掘为揭示深县猪遗传特性以及保种选育工作的开展提供了参考。     

鹅产蛋性状全基因组选择信号分析

【目的】利用选择信号分析方法在伊犁鹅和霍尔多巴吉鹅中筛选与产蛋性状相关的候选基因。【方法】选取健康状况良好、饲养管理水平一致的2岁伊犁鹅母鹅和霍尔多巴吉鹅母鹅各24只,采集血液样本,提取基因组DNA,利用全基因组重测序技术进行选择信号检测分析,筛选出受到选择的候选区域,针对注释基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选出与鹅产蛋性状相关的候选基因。【结果】全基因组重测序的平均测序深度为15.28×,与参考基因组比对率在97.31%以上。通过群体分化指数(Fst)对伊犁鹅和霍尔多巴吉鹅2个群体进行分析,共筛选到1 231个候选区域。与核苷酸多样性(Pi)进行联合分析后,伊犁鹅群体共筛选出10个候选区域,得到5个注释基因;霍尔多巴吉鹅群体中共筛选出353个候选区域,得到263个注释基因。GO功能和KEGG通路富集分析发现,初步筛选出6个可能与鹅产蛋性状相关的候选基因(BMP2、BMP6、MIS、ENO1、LIF、EP300),还发现了IL-18基因可能与禽类的免疫有关。【结论】本研究筛选出6个可能与鹅产蛋性状相关的候选基因,为揭示鹅产蛋性状的分子调控机制提供了参考。     

京星黄鸡103与北京油鸡屠体性能及肉品质比较

京星黄鸡103肉鸡配套系是目前唯一含有北京油鸡血缘的黄羽肉鸡培育品种（配套系）。本研究选取京星黄鸡103肉鸡商品代和纯种北京油鸡各120只（公母各半）,比较培育品种和纯种在屠体性能、肉品质和肌肉主要营养成分上的差异。试验鸡同批次孵化出雏,饲养管理条件和饲料营养水平均一致。分别于90和120日龄选取接近各组平均体重的鸡各20只屠宰,检测相关指标。结果表明,京星黄鸡103的生长速度显著快于北京油鸡纯种（P<0.05）,其中90日龄平均体重达1.48 kg,120日龄达1.88 kg,分别比纯种的高24.4%和24.5%;90日龄胸肌重和腿肌重比北京油鸡纯种分别提高24.5%和19.2%,120日龄的分别提高了30.7%和28.9%,但两品种间无显著差异（P>0.05）;90日龄京星黄鸡103胸肌肌内脂肪和粗蛋白质含量显著高于北京油鸡（P<0.05）;胸肌脂肪酸中以硬脂酸和棕榈酸等饱和脂肪酸和花生四烯酸、亚油酸和油酸等不饱和脂肪酸为主,品种之间无显著差异（P>0.05）。综上,京星黄鸡103商品代肉鸡与北京油鸡纯种相比生长速度较快,90日龄达中速型黄羽肉鸡标准,胴体载肉量提升,且基本保持了北京油鸡纯种的肌内脂肪含量高等优良肉品质特性。     

不同饲养方式对京星黄鸡103屠宰性能和肉品质的影响

本试验旨在研究不同饲养方式对京星黄鸡103屠宰性能和肉品质的影响。选取49日龄京星黄鸡103公鸡200只,随机分成2组,每组5个重复,每个重复为20只鸡。对照组(笼养组)为笼养,试验组(散养组)为林下散养,2组饲粮一致。试验鸡120日龄时,对2组的屠宰性能、肉品质、脂肪酸组成和挥发性风味物质含量进行测定。结果表明：1)散养组的腹脂率极显著低于笼养组(P<0.01),腿肌率极显著高于笼养组(P<0.01)。笼养组的活体重和胸肌率显著高于散养组(P<0.05)。2)散养组的胸肌亮度值和肌苷酸含量极显著高于笼养组(P<0.01),黄度值和肌内脂肪含量极显著低于笼养组(P<0.01)。3)笼养组的胸肌亚油酸含量显著高于散养组(P<0.05),γ-花生四烯酸和二十二碳六烯酸含量显著或极显著低于散养组(P <0.05或P <0.01)。4)散养组的胸肌十四烷、正十九烷、3-甲基十五烷、苯甲醛、十二醛、正十八醛和正十七烷含量显著或极显著高于笼养组(P<0.05或P<0.01),正己醛、反式-2-癸烯醛、癸醛、1-辛烯-3-醇、2,6,10-...     

基于RAD-seq测序的狼山鸡基因组选择信号分析

试验旨在分析狼山鸡基因组选择信号,发掘狼山鸡重要种质特性基因。采用简化基因组RAD-seq测序鉴定狼山鸡及其他18个地方鸡种基因组SNP标记,构建系统进化树阐明狼山鸡的遗传结构,采用ZHp选择信号检测方法鉴定狼山鸡基因组受选择区域（基因）。结果显示,在狼山鸡中鉴定出320 874个SNPs。19个地方鸡种总体上聚为五大类,与品种形成历史和区域分布基本一致。狼山鸡16个常染色体上的46个区域受到选择作用（ZHp<-3.5）,包含122个受选择基因,其中部分区域在遗传聚类同分支的安义瓦灰鸡（15个区域）、边鸡（14个区域）、大骨鸡（11个区域）和北京油鸡（13个区域）中也受到选择。GO分析结果显示,狼山鸡122个受选择基因显著富集在血细胞生成、转录调控、嗜酸性粒细胞趋化、骨化等生物学过程（P<0.05）。KEGG分析结果显示,狼山鸡122个受选择基因显著富集在心肌细胞肾上腺素能信号传导、Toll样受体信号通路、Ca²⁺信号通路、细胞质DNA传感通路、NOD样受体信号通路等（P<0.05）。选择作用主要体现在对狼山鸡刺激响应、先天免疫、代谢、神经系发育等方面的塑造。研究结果可为狼山鸡品种评价、保护及利用提供重要遗传信息。     

鸡肌内脂肪性状研究的方法和策略

近年来，随着人们消费水平的提高，在追求肉品高瘦肉率的同时，对其香味、感观满意程度以及保健功能也提出了更高的要求。肌内脂肪不仅是畜禽机体能量贮备物质，而且与肌肉的风味品质和食用价值有很大的关系，是影响肉质的重要因素。因此进行肌内脂肪性状的研究，是改善快大鸡种肉质和保持地方鸡种特殊肉质风味的重要举措。     

优质鸡肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量比较分析

本文选取8个优质鸡新品系70日龄和92日龄鸡98只,将胸肌肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量进行了比较。结果显示:不同品系、性别和日龄鸡肌内脂肪和肌苷酸含量均有较大差异。92日龄时D系肌内脂肪和肌苷酸显著高于其它各系(P<0.05)。70日龄和92日龄时肌内脂肪和肌苷酸含量在母鸡和公鸡间差异未达显著水平(P>0.05),但母鸡的肌苷酸含量均高于公鸡。肌内脂肪含量在70日龄时公鸡高于母鸡,而92日龄时母鸡高于公鸡。不同日龄间肌内脂肪和肌苷酸差异均不显著(P>0.05),但都有随日龄的增加而增加的趋势。     

利用全基因组选择信号方法鉴别影响猪肉滴水损失的候选基因

旨在鉴定影响猪群体滴水损失变异的相关候选基因,为猪肉质选育奠定基础。本研究利用478头体质健康,平均日龄为237.95 d的苏淮猪个体,其中阉公猪290头,母猪188头。采集所有个体的背最长肌样本后,采用吊袋法测定滴水损失(drip loss, DL)表型,计算群体滴水损失估计育种值(estimated breeding value, EBV),选择其中EBV极高(N=48)和极低(N=48)各10% 的个体进行猪80K芯片基因分型。借助群体分化指数(fixation index, Fst)和基于单倍型信息的单倍型积分值(integrated haplotype score, iHS)方法对苏淮猪进行全基因组选择信号检测,选择 iHS值在前5%,同时Fst值≥0.15的SNP位点作为受选择的位点,接着对受选择SNP上、下游各50 kb的区域进行基因注释,并对所有基因进行KEGG和GO富集分析,鉴别与猪滴水损失相关的候选基因。通过对芯片分型数据质控后,96个样本的51 705个有效SNPs用于后续分析。通过Fst和iHS选择信号合并分析,共筛选出175个受选择的SNPs,主要位于1、6、7、11号染色体上,其中仅有27个SNPs位于已报道的影响猪滴水损失的QTL区域上。对受选择SNP 位点附近区域进行基因注释显示,175个SNPs涉及到 73 个基因,其中多个基因被报道与肌肉发育以及细胞氧化应激等功能相关,包括PACRG、EZR、MRTFA、LCP1和VKORC1L1基因,这5个基因都是新发现的功能上与猪滴水损失有关的候选基因。选择3个位于功能候选基因上,同时又位于QTL区域内的SNPs进行苏淮猪全群分型,并与滴水损失进行关联性分析。结果发现,位于MRTFA 基因上的rs340037952位点与苏淮猪群体滴水损失存在显著关联(P<0.05),位于VKORC1L1基因上的rs320624660与苏淮猪群体滴水损失存在极显著关联(P<0.01)。本研究通过选择信号分析找到175个受选择的SNPs,基因功能注释鉴别到5个影响滴水损失的候选基因,还分别在MRTFA和VKORC1L1基因上鉴别到与苏淮猪群体的滴水损失存在显著关联的位点：rs340037952和rs320624660,为后续猪滴水损失性状的选育提供了前期基础。     

鸡肉质风味性状相关候选基因的研究进展

家禽的肉质性状已经成为育种工作者一个重要的研究方向,而影响家禽肉质的因素有很多,如:遗传、营养、环境、疾病等。研究结果表明,肌内脂肪与肉的嫩度及肉质相关;另外,肌苷酸(IM P)是鸡肉质鲜味特性的主要物质基础,影响IM P生成的各种基因都是潜在的候选基因。作者综述了与肌内脂肪及肌苷酸合成代谢相关的脂蛋白脂酶(LPL)、细胞外脂肪酸结合蛋白(EX-FABP)、瘦蛋白受体(OBR)、解偶联蛋白(UCP)、腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)、腺苷一磷酸脱氨酶1(AM PD 1)等基因的研究进展。     

中国地方品种杏花鸡的群体全基因组选择印记分析

试验旨在挖掘杏花鸡品种的群体特征性选择印记,筛选杏花鸡特征性基因和核心基因。研究基于已报道的来源于22个群体的157只鸡的全基因组数据,通过窗口内群体间遗传分化系数（ZFst）及群体内杂合度（ZHp）,对其中的杏花鸡群体（n=9）进行全基因组选择印记分析,挖掘杏花鸡群体特征性选择印记,对候选基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,蛋白相互作用网络分析和核心基因的筛选。结果显示：通过ZFst与ZHp,分别鉴定到172个杏花鸡群体基因组潜在受选择基因,其中包含29个共同受选择基因,包括COL3A1、LMO3、TBC1D14、COL22A1、EP300、TMTC3、KCNE5、PAICS、SGK1、DERA、GPR20、LHFPL6、PREX1、PIK3C2G、HEPACAM2、KITLG、KIAA0232、SMAD1、RIMKLB、SLIT2、LONRF1、NXT2、LDB2、TSNARE1、ABLIM2、VPS50、TCF12、ACSL4与FOXJ2;两种方法共鉴定到的受选择基因进行GO分析,分别富集到68条、82条和16条通路,主要涉及磷和含磷化合物代谢、细胞分化的调节、连接酶活性...     

日粮不同蛋能比对黄羽黄鸡脂肪沉积和肠道酶活性影响

为研究不同蛋能比日粮对黄羽黄鸡脂肪沉积和肠道消化酶活性的影响,进行了2个试验。试验一(1~25d)选用1d改良型岭南黄鸡2000羽,随机分成4组,分别饲喂蛋能比(CMR)为15.63、16.13、16.50g/MJ和16.95g/MJ的日粮,每组5个重复,公、母混养;试验二(46~65d)选用46d黄鸡1920羽,随机分成4组,每组8个重复(公、母各4个),日粮CMR分别为12.94、13.81、13.43g/MJ和13.61g/MJ。结果表明:25d时,各CMR水平对黄鸡皮脂厚度、胸肌和腿肌肌内脂肪含量无影响(P0.05);65d时黄鸡腹脂重和腹脂率各组差异不显著(P0.05),皮脂厚度第Ⅰ组比第Ⅳ组高84.73%(P0.05),母鸡腿肌肌内脂肪含量第Ⅰ组比第Ⅳ组高93.49%(P0.05)。25d时黄鸡血清胆固醇和血糖水平无显著性差异(P0.05),甘油三酯水平Ⅱ组显著降低(P0.05);65d时公鸡血清胆固醇水平第Ⅱ组比第Ⅰ组高30.0%(P0.05),母鸡各组间无显著性差异(P0.05)。25d时黄鸡小肠食糜内淀粉酶、胰蛋白酶和脂肪酶活性各组无显著性差异(P0.05);65d时,母鸡3种酶活差异不显著(P0.05),公鸡脂肪酶活性第Ⅰ组显著提高(P0.05)。综合分析各试验结果,黄鸡日粮中适宜蛋能比水平前期为16.13g/MJ;后期母鸡为13.43g/MJ,公鸡为12.94g/MJ。     

优质鸡肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量与屠宰及肉质性状的相关分析

选取92日龄不同优质新品系鸡50只,分析了肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量与屠宰性状和肉质性状的相关性。结果显示:肌内脂肪(IMF)含量与腹脂率的相关系数最高(r=0.3234,P=0.0220),与腿肌率的相关系数达到了显著水平(P<0.05);肌苷酸(IMP)含量与胸肌率的相关系数最高(r=0.3604,P=0.0102)。总体上肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量与肉质性状的表型相关较弱,其中肌内脂肪(IMF)含量与水分呈显著水平的表型负相关(P<0.05),肌苷酸(IMP)含量与水分呈显著水平的表型正相关(P<0.05),与pH值的相关系数也达到了显著水平(P<0.05)。     

新疆黑蜂基因组选择信号分析

【目的】分析新疆黑蜂(Xinjiang Black bee)与4个引进西方蜜蜂品种间的遗传进化关系,并通过检测基因组选择信号,发掘新疆黑蜂重要种质特性相关的候选基因。【方法】对新疆黑蜂、意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)、高加索蜂(Apis mellifera caucasica)、卡尼鄂拉蜂(Apis mellifera carnica)、欧洲黑蜂(Apis mellifera mellifera)共5个蜂种50个蜂王个体和1个长白山中华蜜蜂蜂王(Apis cerana cerana)样本进行全基因组重测序数据分析,鉴定新疆黑蜂的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)标记,以长白山中华蜜蜂为外群利用邻接法构建系统进化树以阐明新疆黑蜂的进化关系,利用SNP信息进行新疆黑蜂的主成分分析、群体遗传结构分析及连锁不平衡分析;采用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(θπ)方法检测新疆黑蜂与其他西方蜜蜂群体间的选择信号,并对提取到的受选择区域候选基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】在新疆黑蜂中共鉴...     

德国肉用美利奴羊全基因组选择信号检测

旨在研究德国肉用美利奴羊基因组选择信号。利用绵羊高密度SNPs芯片,运用iHS方法检测德国肉用美利奴羊基因组选择信号,并通过生物信息学分析揭示其潜在受选择基因。选择信号检测结果表明,在全基因组范围内共检测到220个具有选择信号的基因组区段,这些区段内与895个候选基因紧密相关。基因富集结果表明,这些基因主要与蛋白翻译、骨骼发育、生物合成调控、肌肉器官发育、视黄酸受体活性、转录因子结合、核糖体组分等相关。研究结果为充分利用德国肉用美利奴羊的种用价值以及高效开展该品种羊的群体改良工作提供了参考依据。     

德南牛全基因组变异解析和功能基因挖掘

[目的]研究德南牛的群体遗传结构和解析影响其重要性状的关键基因。[方法]通过主成分分析、群体进化树分析、群体遗传结构分析等方法,研究德南牛的遗传结构和与其他品种的亲缘关系;同时,利用全基因组SNP数据,计算德南牛与德国黄牛、南阳牛群体固定指数(Fst)和核苷酸多样性比值(π ratio)、复合似然比(CLR)、XP-EHH等多种选择信号指标,以筛选出德南牛基因组上受到选择的信号,鉴定出重要的候选基因。[结果] 德南牛具有欧洲普通牛(0.789)、东亚牛(0.176)、中国瘤牛(0.035)的混合血统。在θπ和CLR方法中鉴定出93个共有基因,使用FST和XP-EHH方法鉴定出17个共有基因。进行富集以及基因功能注释后,发现这些基因可能与生殖性能(TUBB3、NSD2、GRM1、ERBB4)、生长性状(RFX3、FGFR3、GABRB1、PDE4D)、环境适应性(PGR、GRIA4)和免疫系统反应(P2RY12、P2RY13、GPR87、P2RY14、GPR171)有关。[结论]本项研究发现德南牛血统受德国黄牛影响较多,且挖掘了德南牛基因组内可能具有经济意义的性状相关的选择特征,为德南牛种群的选育提高提供理论支撑。     

鸭胸肌肌内脂肪含量全基因组关联分析

肌内脂肪含量与肉品质密切相关.本研究构建了北京鸭×绿头野鸭F2代群体,利用索氏提取法测定了F2代130只个体(66♂,64体)的胸肌肌内脂肪含量,并分析该性状与胸肌厚度、腹脂重、肌纤维面积和肌纤维直径的相关性,之后采用全基因组关联分析(GWAS)鉴定胸肌肌内脂肪相关基因.结果显示:MTDFREML软件估计北京鸭×绿头野...     

动物肌内脂肪沉积相关候选基因的研究进展

肌内脂肪(IMF)含量是评价肉品质的重要因素,对风味、嫩度、纹理等肉类感官品质起着重要作用,而IMF的沉积主要受脂肪摄取、合成、分解3条代谢途径的调控。本文综述了影响IMF沉积的相关候选基因,初步揭示了影响脂肪代谢的机理,旨在为今后调控IMF沉积的相关研究提供理论依据。     

鸡肌内脂肪性状的多基因聚合效应分析

以如皋鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术对影响鸡肌内脂肪性状的3个候选基因(H-FABP,A-FABP和△9-FAD)进行单核苷酸多态性和基因聚合效应分析.结果发现,在3个基因中分别检测到A2980G,A1763G和C197T的SNP突变及3种基因型.肌内脂肪最小二乘差异显著性检验表明,H-FABP和△9-FAD基因中BB型与A-FABP基因中AB型为优势基因型,显著高于其他两种类型(P<0.05);但聚合基因型(两基因和三基因)并未表现出其相应的优势,无明显遗传规律可循,可见简单的优势基因型聚合并不是最佳的聚合方案,应建立在单个候选标记遗传效应明确且一致的基础上,尤其是针对复杂的肉质性状如肌内脂肪等.     

全基因组选择信号检测方法在家畜研究中的应用进展

长期的自然和人为选择使家畜品种经济性状得到了显著改善,其相关的基因组区域也发生了特定遗传变异。随着时间的推移部分基因多态性已经下降或消失,而在群体中保留包含单一单倍型的多个基因。这种基因组上特定区域基因多态性频率的变异被称为选择信号。识别选择信号可以提供家畜驯化机制并进一步揭示表型相关的基因变异。目前,高密度SNP芯片及大规模重测序技术已成功应用于家畜选择信号鉴定研究。全基因组选择信号检测方法有等位基因频率检测法、连锁不平衡检测法和群体分化分析法。作者综述了全基因组范围内选择信号检测方法及其在家畜研究中的应用进展,为从事家畜育种及生物进化研究人员提供参考。