昆虫共生菌沃尔巴克氏体(Wolbachia)的wsp基因密码子使用模式分析

沃尔巴克氏体(Wolbachia)主要感染昆虫等节肢动物,是一类革兰阴性共生细菌。为探讨昆虫纲共生菌Wolbachia的系统发育,研究Wolbachia基因组中进化速度较快的外膜蛋白基因wsp的密码子使用模式及影响因素,统计分析该基因的GC含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)等指标。结果显示:昆虫纲共生菌Wolbachia的wsp基因密码子偏好性均不强,昆虫纲不同目间共生菌Wolbachia的wsp基因碱基组成及ENc值差异较小;多数基因数据点沿标准曲线或在其附近分布,突变对碱基组成的影响较弱;18种由多个密码子编码的氨基酸中有11种氨基酸的偏好性密码子在昆虫纲7个目及对照蛛形纲1个目间均相同,有2种氨基酸的偏好性密码子在7个目间相同,这些密码子均以A/U结尾;供分析的140个wsp基因中仅编码6个半胱氨酸(Cys);对应分析中第1、第2向量轴贡献率均不高,分别为13.53%和12.49%,均与碱基组成(GC1、GC2、GC3)显著相关。综合各项分析认为,Wolbachia的wsp基因密码子偏好性不具有宿主分类特异性,密码子使用模式主要受碱基组成影响,而碱基组成主要受选择影响。     

5种家蚕病毒的密码子及密码对使用模式分析

通过分析5种家蚕病毒基因组密码子和密码对使用模式,初步探讨5种家蚕病毒的基因组进化和对宿主的适应策略。采用生物信息学方法对碱基含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、密码对(codon-pair)等进行统计分析的结果表明:5种家蚕病毒的密码子偏好性均较低,病毒间的碱基组成及ENc值差异较小,碱基组成对密码子使用模式影响较小;不同病毒选择不同的偏好性密码子,不同病毒的密码对偏好性程度不同,其中,家蚕类葡萄斑点病毒(Bombyx mori macula-like virus,BmMLV)密码对偏好性最强,家蚕质型多角体病毒(Bombyx mori cypovirus,BmCPV)和家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)密码对偏好性最弱。聚类分析表明BmCPV和家蚕浓核病毒(Bombyx mori densovirus,BmDNV)的密码子使用模式相似,BmNPV和家蚕传染性软化病病毒(Bombyx mori infec-tious flacherie virus,BmIFV)的密码子使用模式相似;BmMLV、BmNPV和BmDNV的密码对使用模式相似,BmIFV和BmCPV的密码对使用模式相似。5种病毒的偏好性密码子和偏好性密码对不同,显示不同病毒的密码子和密码对的进化路径不同,对宿主的适应策略不同。     

亚洲带绦虫基因组密码子使用偏性分析

为了解亚洲带绦虫基因组的密码子用法及影响密码子使用模式的主要因素,以亚洲带绦虫基因组注释的13323条CDS序列为数据来源,利用CodonW软件对其密码子碱基组成、有效密码子数(ENC)和同义密码子相对使用频率(RSCU)各项指标进行统计分析.结果显示:①从亚洲带绦虫基因组数据中筛选获得11203条CDS序列,平均长度...     

15个物种Toll样受体5基因密码子使用偏好性分析

【目的】探究Toll样受体5(TLR5)基因的密码子使用模式，并分析TLR5基因密码子使用偏好性的影响因素。【方法】综合运用CodonW、BioEdit和R等软件对筛选的15个不同物种TLR5基因完整编码区(CDS)序列核苷酸组成和密码子使用模式进行计算和统计，再基于同义密码子相对使用度(RSCU)和CDS分别进行聚类分析，推测TLR5基因发挥相似生物学功能的物种，并通过ENC-plot、Neutrality-plot和PR2-plot 3种绘图分析造成密码子偏好性现象的可能因素。【结果】9个物种TLR5基因CDS密码子第3位碱基GC含量(GC3)>0.5,14个物种有效密码子数(ENC)值>35,15个物种密码子AU偏斜度(AU skew)和GC偏斜度(GC skew)值<0;不同物种TLR5基因CDS有31个高频密码子，其中21个以G或C结尾，此外GCC、AGA、AGG和CUG表现为较高的RSCU值，为优势密码子；RSCU层次聚类和系统发育聚类结果不完全相同，但两种聚类方法均提示猪、牛和羊TLR5基因的密码子使用特点相似，鸡和绿头鸭相似，虹鳟和鲫鱼相似；ENC-p...     

蓖麻蚕核型多角体病毒和柞蚕核型多角体病毒的密码子使用模式分析

蓖麻蚕核型多角体病毒(Phcy NPV)是柞蚕核型多角体病毒(Anpe NPV)的变种,不能感染柞蚕。通过病毒基因组GC含量、GC3s含量、有效密码子数、相对同义密码子使用度、密码子偏好参数的计算及ENc-plot分析、中性绘图分析、对应分析等,比较Phcy NPV和Anpe NPV的密码子使用模式。Phcy NPV、Anpe NPV分别只有1个和4个ORF的密码子偏好性较强。与Anpe NPV比较,Phcy NPV少数ORF的GC含量、GC3s含量、有效密码子数量和密码子偏好参数变化较大,但2种病毒ORF组间的GC含量、GC3s含量、有效密码子数和密码子偏好参数均无统计学差异(P=0.135、P=0.189、P=0.192、P=0.200)。2种病毒ORF组间,由同义密码子编码的18种氨基酸的密码子使用均无统计学差异(P0.05),鉴定的17种偏好性密码子也均相同。GC碱基组成是影响2种病毒ORF组密码子使用模式的主要因素,而自然选择对GC碱基组成的影响大于突变压力,但2种病毒间自然选择的影响程度无统计学差异(P=0.770)。Phcy NPV在适应新宿主蓖麻蚕的进化过程中密码子使用模式变化较小,尚不能通过密码子使用模式分析解释杆状病毒在不同宿主间的交叉感染机制。     

杆状病毒与昆虫和沙雷氏菌间的几丁质酶基因密码子使用模式分析

为阐明杆状病毒几丁质酶基因(v-Chi A)密码子使用在病毒基因组进化的基因水平转移中发生的适应性变化,比较分析了杆状病毒v-Chi A与昆虫几丁质酶基因(Chi-h)、沙雷氏菌几丁质酶基因(Chi A)以及杆状病毒以lef-8、lef-9和polh/gran基因为代表的基因组(表示为lef8-lef9-pg)的密码子使用模式。结果表明,杆状病毒v-Chi A与昆虫Chi-h的GC含量、GC3s含量、有效密码子数(ENc)及与沙雷氏菌Chi A的GC含量均无统计学差异(P0.05);与杆状病毒lef8-lef9-pg的GC含量、GC3s含量、ENc值以及沙雷氏菌Chi A的GC3s含量、ENc值均有统计学差异(P0.05)。杆状病毒v-Chi A与lef8-lef9-pg、昆虫Chi-h和沙雷氏菌Chi A的同义密码子使用均高度相似(相似性系数分别为0.992、0.870、0.862)。选择与突变共同影响杆状病毒v-Chi A和lef8-lef9-pg的密码子使用,而昆虫Chi-h和沙雷氏菌Chi A的密码子使用完全由选择所影响。综上所述,杆状病毒v-Chi A的碱基组成及密码子偏好性与昆虫Chi-h相似,与lef8-lef9-pg不同;密码子使用的影响因素与lef8-lef9-pg相似,与昆虫Chi-h和沙雷氏菌Chi A不同。上述结果从密码子使用角度证实了杆状病毒v-Chi A来源于昆虫Chi-h的水平转移。     

猪FUT2基因密码子使用偏好性分析及优化

为了揭示猪α-（1,2）岩藻糖转移酶2（FUT2）基因密码子使用特性并提高其在外源宿主内的表达量,本研究综合运用EMBOSS Explorer网站和CodonW软件包分析了猪FUT2基因的密码子使用偏好性的相关参数,并与3种模式生物（大肠杆菌、酵母菌和果蝇）基因组密码子使用模式进行比较,最后参照与之最为相近的模式生物基因组密码子使用方式,利用JCat和OPTIMIZER两个密码子优化网站对猪FUT2基因密码子进行优化。结果显示,猪FUT2基因表达水平不高,存在24种偏好密码子,且这24种偏好密码子中有23种以G/C结尾;猪FUT2基因与果蝇基因组密码子使用模式的差异小于大肠杆菌和酵母基因组,表明果蝇更适合猪FUT2基因的外源表达;根据果蝇基因组密码子使用模式优化猪FUT2基因密码子,优化后其适应指数有了明显提高,而整体GC含量没有明显变化,说明在理论上猪FUT2基因优化成功。本研究从翻译水平上揭示了猪FUT2基因的密码子使用特性,为其在遗传改良中选择最佳外源表达系统及提高其在宿主细胞内的表达水平提供一定的理论依据。     

柞蚕核型多角体病毒和家蚕核型多角体病毒的同义密码子使用模式分析

基因组中的基因和基因密码子组成不同使柞蚕核型多角体病毒(ApNPV)与家蚕核型多角体病毒(BmNPV)间不能交叉感染。通过计算有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、GC含量、GC3s含量、密码子适应指数(CAI),比较分析ApNPV和BmNPV同义密码子使用模式差异。ApNPV和BmNPV的密码子偏好性均较弱,但二者的ENc值和GC含量差异显著;除碱基组成外,还存在其它因素影响密码子使用模式,但各影响因素的贡献率均较低,在基于密码子使用频率的对应分析中BmNPV的第1、第2向量轴贡献率均低于ApNPV;ApNPV的基因表达水平与GC含量、GC3s含量以及ENc值极显著相关(r分别为0.418、0.735、-0.628,P=0.000),而BmNPV的基因表达水平只与GC3s含量呈弱相关(r=0.214,P=0.010)。分析结果显示,ApNPV和BmNPV的密码子偏好性虽均较弱,但同义密码使用模式及其影响因素存在差异。     

水牛瘦素受体基因密码子使用偏好性分析

试验选取27头河流型水牛和41头沼泽型水牛,以从NCBI数据库中下载的家牛、野牦牛、野牛、绵羊、山羊、小鼠和人的序列作对照,对编码瘦素受体（leptin receptor,LEPR）基因的密码子偏好性及水牛与其他物种间密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果发现,所有的密码子在河流型水牛和沼泽型水牛LEPR基因中均有使用,两种类型水牛偏好使用的密码子有28个,其中使用偏好性较强的密码子为AGA（RSCU≥2）,表明河流型水牛和沼泽型水牛LEPR基因密码子使用特征相似。水牛及参考物种LEPR基因均偏好使用以A/U结尾的密码子,但水牛与其他参考物种间偏好使用密码子的种类和数目有差异。密码子使用偏好聚类分析表明,河流型水牛与沼泽型水牛亲缘关系最近,先聚为一类,然后与家牛、野牦牛和野牛聚为一类,再与绵羊、山羊、小鼠和人等物种聚为一类。在密码子使用频率上,河流型水牛LEPR基因与酵母密码子偏好性差异小于与大肠杆菌和小鼠密码子偏好性差异,从而揭示酵母更适合作为水牛LEPR基因的外源表达系统。     

不同物种肌细胞生成素基因序列结构与功能特性的生物信息学分析

为探讨不同物种肌细胞生成素(MyoG)基因的组成结构与功能特性,利用比较基因组学方法,对GenBank中已报道的猪、牛、绵羊、家兔和家鸡myoG基因完整编码区核苷酸及其氨基酸序列的分子结构、理化特性、糖基化位点、信号肽、跨膜区、二级结构、高级结构域以及基于该基因编码氨基酸序列的5个物种之间的进化关系进行了系统的生物信息学分析。结果表明:猪、牛、绵羊、家兔和家鸡myoG基因核苷酸序列组成结构特点及其编码蛋白质的理化特性基本一致,均属于疏水性不稳定蛋白质;猪、牛和绵羊均含有6个潜在的N-糖基化位点,而家兔和家鸡则包括7个不同的N-糖基化位点;均不含信号肽,属于非分泌型蛋白质,不含跨膜结构域;均含有Basic和H-L-H保守结构域;α-螺旋和无规卷曲为myoG多肽链中的主要二级结构元件,三维结构预测均存在2个Helix与1个Loop结构单元;猪与其他4个物种氨基酸序列的同源性分别为96.0%,95.5%,95.5%和72.2%,牛与绵羊myoG基因进化关系最近。本研究为深入探讨myoG基因调控畜禽骨骼肌的生长发育机制提供了理论基础。     

肌生成抑制素(MSTN)的研究进展

本文较全面地介绍了肌生成抑制素的发现历程、基因特点、表达与调控、作用机理以及与脂肪积累、肌肉消长等研究的进展情况,并对肌生成抑制素在畜牧业、医学上的应用作了介绍.     

优质鸡肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量比较分析

本文选取8个优质鸡新品系70日龄和92日龄鸡98只,将胸肌肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量进行了比较。结果显示:不同品系、性别和日龄鸡肌内脂肪和肌苷酸含量均有较大差异。92日龄时D系肌内脂肪和肌苷酸显著高于其它各系(P<0.05)。70日龄和92日龄时肌内脂肪和肌苷酸含量在母鸡和公鸡间差异未达显著水平(P>0.05),但母鸡的肌苷酸含量均高于公鸡。肌内脂肪含量在70日龄时公鸡高于母鸡,而92日龄时母鸡高于公鸡。不同日龄间肌内脂肪和肌苷酸差异均不显著(P>0.05),但都有随日龄的增加而增加的趋势。     

聚肌胞(poly:C)治疗鸭瘟试验报告

聚肌胞是一种高效干扰素诱生剂,以往曾有治疗鸡新城疫、鸭瘟、猪瘟的报道,为进一步证实该药的确切疗效,我们在临床上及实验室对此进行了治疗试验,试验证明,聚肌胞对鸭瘟有显著的紧急预防和治疗作用,这为病毒性传染病的紧急预防和治疗提供了可靠的证据。     

绵羊双肌臀(Callipyge)基因型的检测

绵羊的双肌臀(Callipyge,CLPG)基因表型为后臀肌肉增大近30%,是由位于绵羊18号染色体GTL2基因上游32.8kb处存在一个A→G的单核苷酸多态性(SNP)标记(命名为SNPCLPG)产生的,该SNP标记的存在与CLPG表型完全吻合。通过对SNPCLPG的分子检测,期望发现CLPG基因型种羊,为今后选育肉用性状更优异的新品系奠定基础。为此,选择设计合成了2对引物,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)和聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法,分别以引进的纯种澳洲陶塞特羊、德国美利奴羊以及陶塞特羊×新疆细毛羊杂交一、二代作为研究样本,进行了SNPCLPG位点的PCR检测。虽然获得了预期的两个497bp和165bp扩增片断,但未检测到CLPG基因型特征性的SNPCLPG突变(A→G)。     

濒危物种(动物类)搜查犬培训方法

正当前,濒危野生动植物走私屡禁不止,这种非法行为已成为继毒品和军火之后的世界第三大非法交易。目前各国执法部门,特别是海关对于濒危野生动植物种的走私常规的查验手段包括利用大型检查设备、利用情报和风险分析查获等,但这显然不足以有效应对当前不法分子多样化的走私手法。现今,世界上已有国家利用工作犬来搜查走私濒危物种。为进一步推进与支持中国海关在濒危物种搜查犬培训方面的工作,国际野生物贸易研究组织(英文简称TRAFFIC)于今年3月至7月与海关总署缉私     

优质鸡肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量与屠宰及肉质性状的相关分析

选取92日龄不同优质新品系鸡50只,分析了肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量与屠宰性状和肉质性状的相关性。结果显示:肌内脂肪(IMF)含量与腹脂率的相关系数最高(r=0.3234,P=0.0220),与腿肌率的相关系数达到了显著水平(P<0.05);肌苷酸(IMP)含量与胸肌率的相关系数最高(r=0.3604,P=0.0102)。总体上肌内脂肪(IMF)和肌苷酸(IMP)含量与肉质性状的表型相关较弱,其中肌内脂肪(IMF)含量与水分呈显著水平的表型负相关(P<0.05),肌苷酸(IMP)含量与水分呈显著水平的表型正相关(P<0.05),与pH值的相关系数也达到了显著水平(P<0.05)。     

美国养猪业抗生素(饲料预混剂)使用状况评估

本项目主要目的是为了评估美国养猪业抗生素预混剂的使用概况。本评估调查的数据主要来源于美国国家动物安全监控系统(NAHMS)2006年养猪业研究报告及2009年对养猪从业者的调查报告。调查数据主要包括各生产阶段猪群的存栏量、猪每日采食量、饲料中抗生素的添加剂量及用药周期等。主要对比计算了17种抗生素的107种不同配伍组合、2个生产阶段及3种不同的使用原因。调查评估首先依据猪场所提供的数据进行计算,然后再外推至整个美国养猪业的状况。     

兽用抗菌药物使用要点(二)

<正>(接上期)4联合用药,避免配伍禁忌联合用药是指同时或短期内先后应用两种或两种以上的药物,其目的在于增强药物疗效,减少、消除不良反应或防止细菌产生耐药性或分别治疗不同的症状与并发症。对混合感染或不能进行细     

兽用抗菌药物使用要点(一)

<正>抗菌药物主要是指抗生素和合成抗菌药。抗菌药物能干扰病原微生物细胞壁的合成、损伤菌体的细胞膜、影响菌体的蛋白质合成及核酸合成。合理应用抗菌药物指在明确指征的情况下选用适宜的药物,采用适宜的剂量和疗程,达到杀灭致病微生物和控制感染的目的。应用抗菌药物的同时应采取相应措施增强畜禽免疫力,防止发生各种不良反应。     

奥特奇赛乐硒~(TM)产品经美国食品药物管理局(FDA)认定为公认安全使用物质(GRAS)

【本刊讯】作为奥特奇的拳头产品,奥特奇就赛乐硒TM的使用安全提供了广泛的研究数据,FDA(美国食品药物管理局)食品安全和应用营养中心发出公告,认定赛乐硒TM为公认安全使用物质(GRAS),可添加在人类食品当中。赛乐硒TM是由特定酵母菌株CNCMI-3060生产的一种酵母硒。赛乐硒TM是唯一通过FDA审查的有