陕西省榆林地区鸡蛔虫核糖体18S rRNA与ITS-2序列分析及种系发育关系研究

为了探究陕西省榆林地区鸡蛔虫核糖体18S rRNA、ITS-2基因序列特征及其种系发育关系，试验以采集于该地区的28条鸡蛔虫为样品，PCR扩增其18S rRNA、ITS-2基因的部分序列，测序后分别对鸡蛔虫18S rRNA、ITS-2基因序列的碱基组成进行分析，计算A、T、G和C的含量，并对这两个基因的遗传多样性进行分析，比较其种内、种间差异，构建种系发育树。结果表明：测序所获得的鸡蛔虫18S rRNA、ITS-2基因序列的长度分别为637,350 bp;其中18S rRNA基因序列的A、T、G和C的含量分别为24.5%～25.2%、26.1%～26.4%、28.3%～28.7%和20.3%～20.9%,A+T含量为50.6%～51.6%,G+C含量为48.6%～49.6%,种内差异为0～1.6%;与猪蛔虫(MF358962)、人蛔虫(LC422643)、犬弓首蛔虫(FJ418788)及狮弓蛔虫(JF837179)种间差异为5.18%～61.38%;ITS-2基因序列中的A、T、G和C的含量分别为28.9%～29.1%、38.0%～38.6%、19.1%～19.7%与12.9%～13....     

湖南省怀化地区白纹伊蚊核糖体18S rRNA和线粒体cox1基因的序列测定及分析

为探究湖南省怀化地区白纹伊蚊的基因变异、遗传多样性及其遗传进化关系,本试验以收集于怀化地区的30只白纹伊蚊为研究对象,利用PCR技术扩增其核糖体18S rRNA及细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)基因序列,并对其基因变异、遗传多样性及遗传进化关系进行分析。结果显示,所获全部样品的18S rRNA和cox1基因序列长度均为489和1 004 bp;基于18S rRNA基因序列,怀化地区白纹伊蚊的种内差异为0～2.9%,种间差异为28.74%～61.46%;基于cox1基因序列,怀化地区白纹伊蚊的种内差异为0～0.2%,种间差异为6.08%～12.65%。基于18S rRNA、cox1基因序列所构建的进化树发现,来自于怀化市的白纹伊蚊全部位于同一分支上。结果表明,怀化地区白纹伊蚊之间存在一定程度的基因变异和遗传多样性,但它们之间的亲缘关系较近,且其18S rRNA、cox1基因序列的种内差异小、种间差异大,可作为白纹伊蚊鉴定的理想遗传标记。     

陕西省榆林地区犬弓首蛔虫的流行情况调查及其遗传多样性与种系发育关系分析

为了调查陕西省榆林地区犬弓首蛔虫的流行情况，并研究其基因变异、遗传多样性及种系发育关系，试验采用饱和盐水漂浮法对采自该地区的402份犬粪便进行虫卵检查，利用IBM SPSS Statistics 22软件对虫卵检测数据进行统计和分析，并采用χ²检验分析各地区、各类型犬感染犬弓首蛔虫的差异性；PCR扩增犬弓首蛔虫的cox1、18S rRNA基因序列并测序；运用Clustal X与DNAStar软件分析2个基因的碱基组成与遗传多样性；运用Clustal X及PhyML 3.0软件分析犬弓首蛔虫的种系发育关系。结果表明：陕西省榆林地区犬对弓首蛔虫的总感染率为20.65%,其中宠物犬的感染率为8.42%,而流浪犬的感染率为33.00%,各地区、各类型犬感染犬弓首蛔虫的情况存在一定差异；cox1基因序列长度为1 044 bp, A+T含量为61.5%～62.2%,G+C含量为37.8%～38.5%,种内差异为0～1.3%,种间差异为9.87%～14.37%;18S rRNA基因序列长度为598 bp, A+T含量为50.0%～50.5%,G+C含量为49.5%～50.0%,...     

鸡蛔虫线粒体cox1和nad4基因的遗传变异分析

为探究鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发育关系,对分离自四川省西昌市的15个鸡蛔虫分离株的线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基（cox1）基因部分序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅳ（nad4）基因全序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并用cox1和nad4基因部分序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的NJ树和贝叶斯树。测序结果显示,所获得的鸡蛔虫cox1和nad4基因全序列长度分别为1 152和1 236 bp,分别有33和40个变异位点,碱基变异率分别为0~2.1%和0~2.3%;分别检测到8和11个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.733±0.124和0.933±0.054,核苷酸多样性分别为0.00433±0.00153和0.00541±0.00157,平均遗传距离分别为0.004和0.005。构建的种系发育树均显示15个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且nad4基因比cox1基因更适合作为研究鸡蛔虫分离株遗传变异的分子标记。     

不同种群白纹伊蚊单倍型多态性、遗传分化及种系发育关系分析

【目的】试验旨在探究湖南怀化地区不同种群白纹伊蚊单倍型多态性、遗传分化情况及种系发育关系。【方法】于湖南怀化地区采集30只白纹伊蚊样本,PCR扩增其核糖体18S rRNA及线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)基因部分序列。利用ClustalX软件对其变异位点进行分析;运用Dnasp 5.0、Network 4.6及Arlequin version 3.0软件进行单倍型多态性与遗传分化分析;利用PhyML 3.0及Mega 5.0软件对白纹伊蚊的种系发育关系进行分析。【结果】所获全部样本的18S rRNA和cox1基因序列长度均为489和1 004 bp。白纹伊蚊18S rRNA基因序列中共存在30个变异位点,17个单倍型(A1～A17,Hd=0.9149),其中单倍型A5为最古老的单倍型,白纹伊蚊18S rRNA的基因分化系数(Gst)、遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.05614、0.24001和0.792;白纹伊蚊的cox1基因序列中共存在2个变异位点,3个单倍型(B1～B3,Hd=0.1908),其中单倍型B1为最古老的单倍型,白纹伊蚊cox1基因的Gst、Fs...     

基于12S rRNA基因序列的犬弓首蛔虫种系发育关系分析

本次研究旨在分析河南省不同地区犬弓首蛔虫分离株线粒体12S rRNA部分基因序列(plastiosome 12S rRNA,p12S rRNA)的遗传变异情况。通过PCR技术对犬弓首蛔虫p12S rRNA序列进行扩增并测序,应用Clustal X 2.0程序对序列进行比对,再利用Mega4.0程序进行NJ法绘制种系发育树。结果显示,所获得的18个犬弓首蛔虫分离株p12S rRNA序列长度为497~499 bp。种系发育分析结果显示,所有的犬弓首蛔虫分离株与已知犬弓首蛔虫位于同一分支,与其他蛔虫所属分支相隔较远。犬弓首蛔虫p12S rRNA序列种内相对保守,而种间差异较大,可以作为种间遗传变异研究的标记,从而为犬弓首蛔虫的分类与流行学调查奠定了基础。     

东北虎源蛔虫线粒体cox1基因序列进化分析研究

为了解东北虎源蛔虫与其他蛔虫的种群遗传关系,本研究对湖南省长沙生态动物园东北虎粪便中采集的蛔虫成虫的线粒体DNA中细胞色素I(cox1)基因序列进行扩增,将测序结果与GenB ank中登录的其他蛔虫cox1序列进行对比及种系发育树分析。结果显示,来自长沙生态动物园7个东北虎蛔虫样品cox1序列长度基本一致,为413 bp~414 bp,与猫弓首蛔虫同源性最高,达98.4%以上,而且系统进化分析显示所有样品均与猫弓首蛔虫位于同一分支。该结果表明,pcox1序列种内相对保守,种间差异较大,因此可以作为猫科弓首蛔虫的种间遗传变异研究的分子遗传标记,从而为蛔虫的群体遗传研究奠定了基础。     

鸡蛔虫线粒体cox1基因的克隆及序列分析

本研究旨在阐明鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,并用pcox1序列构建其与其他蛔虫的进化关系。应用聚合酶链反应(PCR)扩增鸡蛔虫虫株的pcox1,将测定获得序列应用Clustal X 1.81程序进行比对,然后用Phylip 3.67程序MP法和Mega 4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle 5.2程序构建最大似然树。所获得的pcox1序列长度一致,均为250 bp,种内变异在0~2.5%之间。种系发育分析表明,8个鸡蛔虫分离株位于同一分枝。由于鸡蛔虫pcox1序列种内相对保守,种间差异较大(6.9%~15.3%),故可作为种间遗传变异研究的标记,研究结果为进一步研究鸡蛔虫的群体遗传结构奠定了基础。     

湖南省鸡蛔虫线粒体cox1和nad1基因的序列测定及种系发育分析

本研究旨在阐明湖南省鸡蛔虫分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位l基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并用pcox1和pnad1序列构建鸡蛔虫与其它科蛔虫的种群遗传关系。作者应用聚合酶链反应(PCR)扩增鸡蛔虫虫株的pcox1和pnad1,应用ClustalX1.81程序对序列进行比对,然后用Phylip3.67程序MP法和Mega4.0程序NJ法绘制种系发育树,并用Puzzle5.2程序构建最大似然树。所获得的pcox1和pnad1序列长度均为394和408bp,种系发育树表明,20个分离株鸡蛔虫位于同一分枝。由于鸡蛔虫pcox1和pnad1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记。本研究系首次报道鸡蛔虫的pcox1和pnad1序列,从而为鸡蛔虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础。     

多头带绦虫湖南分离株核糖体18S基因系统进化分析

为阐明多头带绦虫湖南分离株核糖体小亚基(18S rRNA)基因序列的遗传变异情况,并用18S序列构建多头带绦虫与其他带科绦虫的种群遗传关系。利用PCR技术扩增多头带绦虫的18S基因,应用Clustal X1.81程序对序列进行比对,再利用Mega4.0程序进行NJ法绘制种系发育树。结果显示:所获得的18S基因序列长度一致,均为1 080 bp,基因序列存在一定的遗传差异。种系发育分析结果显示,所有的多头带绦虫分离株与已知多头带绦虫位于同一分支。多头带绦虫18S基因序列种内相对保守,种间差异较大,可以作为种间遗传变异研究的标记,从而为多头带绦虫的群体遗传研究奠定基础。     

鸡蛔虫凉山州分离株线粒体ATP6基因的序列测定和种系发育分析

利用PCR技术,对分离自四川省凉山州17个鸡蛔虫分离株的线粒体ATP合成酶F0亚单位6基因(ATP6)的全序列进行扩增和分析。测序结果显示,所获得的鸡蛔虫ATP6全序列长度均为597bp,有25个变异位点,共检测到11个单倍型,种内变异为0.0~2.4%。种系发育树显示,所有鸡蛔虫分离株聚在同一分支,能与其他蛔虫相鉴别。结果表明,鸡蛔虫的ATP6基因序列种内变异小,种间差异大,故可作为分子标记用于鸡蛔虫的种间鉴定;鸡蛔虫凉山州分离株存在一定的遗传变异和遗传多样性。本研究结果为鸡蛔虫的分子分类、分子流行病学调查和种群遗传的进一步研究奠定了基础。     

猎豹狮弓蛔虫线粒体cox1基因的序列测定及系统发育分析

以来源于湖南省长沙生态动物园猎豹体内的狮弓蛔虫为研究对象,利用保守引物,通过聚合酶链反应(PCR),扩增猎豹狮弓蛔虫线粒体细胞色素c氧化酶I亚基基因(cox1)部分序列(pcox1),并用pcox1序列构建与其他相关蛔虫的进化关系。将获得的序列,用Clustal X 1.83程序进行比对,用Phy ML 3.0程序中的最大似然树法(ML)绘制种系进化树。结果显示:样品pcox1序列长度均为367 bp,种内相对保守(1.4%～6.8%),种间变异显著(9.7%～21.4%);种系发育关系指示,猫科动物狮弓蛔虫分离株位于同一分支,犬科动物狮弓蛔虫分离株位于另一分支。由于狮弓蛔虫cox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为狮弓蛔虫种间遗传变异研究的标记。     

基于cox3基因分析蛇源裂头蚴种系发育关系

为分析野生蛇源裂头蚴与其它绦虫的种群遗传关系,本研究采集湖南省8个地区野生蛇肌肉中的裂头蚴,采用PCR方法对其线粒体cox3基因序列进行扩增、测序及分析。结果显示,湖南省8个裂头蚴分离株cox3基因核苷酸部分序列长度均为342 bp,其cox3基因核苷酸同源性为98.2%～100.0%,种内遗传差异性为0～1.8%,与其它科绦虫cox3基因核苷酸同源性为63.4%～73.9%,种间遗传差异较大,为26.1%～36.6%。cox3基因的系统进化分析结果显示,湖南省8个裂头蚴分离株与已知猬迭宫绦虫位于同一分支,与其它绦虫所属分支相隔较远。上述结果表明,蛇源裂头蚴线粒体cox3基因序列种内差异远低于种间差异,可以作为研究蛇源裂头蚴种系遗传变异的分子标记。本研究为蛇源裂头蚴的分子流行病学及其群体遗传研究奠定了基础。     

西昌市鸡蛔虫线粒体cyt b和nad1基因的遗传变异分析

为研究西昌市鸡蛔虫的种内遗传变异和系统发生关系,用线粒体细胞色素b(cyt b)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶亚单位Ⅰ(nad1)基因全序列分析了17个鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异,并用cyt b和nad1序列构建鸡蛔虫与其他蛔虫的种系发育关系。测序结果显示:17株鸡蛔虫cyt b和nad1全序列长度分别为1 104 bp和876 bp,碱基变异率分别为02.4%和02.3%;分别检测到10个和7个单倍型,总的单倍型多样性分别为0.897±0.056和0.824±0.064,核苷酸多样性分别为0.004 70±0.001 61和0.004 21±0.001 65,平均遗传距离分别为0.005和0.004。构建的种系发育树均显示17个鸡蛔虫西昌分离株与其他国家/地区的鸡蛔虫分离株聚类形成一个分支,与鸽蛔虫的亲缘关系最近,与其他蛔虫所属的分支相隔较远。研究结果表明鸡蛔虫西昌分离株的遗传变异程度低,且cyt b基因比nad1基因更适合作为研究鸡蛔虫种内遗传变异的分子标记。     

犬弓首蛔虫线粒体cox1基因的克隆及序列分析

本研究旨在阐明我国犬弓首蛔虫(Toxocara canis)湖南分离株线粒体细胞色素c氧化酶第I亚基(cox1)基因部分序列(pcox1)的遗传变异情况,并用其与其它弓首蛔虫的pcox1序列构建进化关系。应用PCR扩增犬弓首蛔虫虫株的pcox1,将所获得的序列应用Mafft 7.122程序进行比对,然后用Phy ML 3.1程序ML法绘制种系发育树。本实验扩增所获得的pcox1序列长度一致,均为394 bp,种内变异在0~2.5%之间,种间差异为8.2%~11.6%。种系发育分析结果表明,12个犬弓首蛔虫分离株位于同一分支。由于犬弓首蛔虫pcox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间鉴定检测研究的遗传标记,本研究结果为犬弓首蛔虫的分类、鉴定和群体遗传结构奠定了基础。     

猪囊尾蚴西昌分离株线粒体cox1和nad1基因的序列测定与种系发育分析

应用PCR技术对3个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸还原酶第一亚基(nad1)基因部分序列进行扩增,分析其遗传变异,并用Mega 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊尾蚴种系发育关系。测序结果显示,猪囊尾蚴的cox1基因全序列长度为1 620bp,nad1基因部分序列长度为796bp。cox1和nad1基因序列均存在一定的遗传变异,且cox1基因序列的变异高于nad1序列。种系发育分析结果显示,所有猪囊尾蚴分离株构成一个分支,3个西昌分离株均属于猪带绦虫亚洲基因型。结果表明,cox1和nad1基因均可用于猪带绦虫的分子分类,为猪带绦虫病/猪囊尾蚴病的分子诊断奠定了基础。     

基于线粒体基因组序列对羊蛔虫的种系发育分析

为了明确羊蛔虫的分类学地位,本研究首先对羊蛔虫的线粒体基因组全序列进行测定和分析,并基于其蛋白编码基因序列构建了种系发育关系。结果表明,羊蛔虫的线粒体基因组序列全长14 288bp,编码36个基因,包括12个蛋白质编码基因(cox1-3、nad1-6、nad4L、atp6和cytb)、22个tRNA基因、2个rRNA基因和2个非编码区,其与人蛔虫和猪蛔虫的线粒体基因组核苷酸序列的相似性分别为98.7%和98.2%,种系发育树显示,羊蛔虫、人蛔虫和猪蛔虫位于同一进化支,亲缘关系很近。这些研究结果提示羊蛔虫、人蛔虫和猪蛔虫可能属于同一物种。本研究为羊蛔虫在分类、演化、分子流行病学和控制等方面的基础研究提供了基本数据。     

猪蛔虫线粒体cox3基因部分序列的比较分析

以采自广东4个不同地方的猪蛔虫为研究对象,PCR扩增其线粒体细胞色素c酶第3亚基(cox3)基因的部分序列并进行序列测定,测序之后与网上已发表的相关蛔虫的cox3序列进行比较分析。结果显示所有样品都扩增出了520 bp的cox3的部分序列,序列分析表明,不同地区的猪蛔虫样品cox3序列之间存在的种内差异在0.2%～2.8%,与网上发表犬弓首蛔虫、猫弓首蛔虫、马来西亚弓首蛔虫的相应序列差异明显,分别是16.8%～17.4%、18.0%～19.5%、18.2%～18.7%。研究结果为进一步研究猪蛔虫的分子遗传和种群遗传学奠定了基础。     

金丝猴毛首线虫线粒体cox1基因序列分析

为阐明金丝猴毛首线虫线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基（cox1）基因部分（pcox1）序列的遗传变异情况,以长沙生态动物园金丝猴体内分离的毛首线虫作为研究对象,根据cox1序列构建其与其他毛首线虫的进化发育关系。使用PCR方法扩增金丝猴毛首线虫线粒体cox1,然后将所测得的序列应用Clustal X 1.81程序进行比对,最后用Mega 5.0程序NJ法绘制种系发育树。结果显示,本实验扩增获得的6条毛首线虫分离株cox1序列长度一致,均为411 bp,种内变异为0。种系发育分析结果表明,这6条毛首线虫分离株位于同一分支。鉴于金丝猴毛首线虫的cox1基因种内保守,而种间差异大（24.0%~34.1%）,因此可以作为种间鉴定检测研究的遗传标记。本研究结果为进一步研究金丝猴毛首线虫的群体遗传结构奠定了基础。     

基于ITS基因分析蛇源曼氏迭宫绦虫种系发育关系

为了开展曼氏迭宫绦虫(Spirometra mansoni)种系发育分析,本试验基于18S rRNA和5.8S rRNA基因保守区设计引物用于扩增包含18S rRNA、5.8S rRNA及核糖体内部转录间隔1区(ITS-1)的靶片段,对蛇体内分离的绦虫进行基因组DNA提取,然后采用PCR方法扩增目的基因,将所得序列进行测序比对并构建进化树分析。PCR结果显示,扩增片段大小为737 bp,序列经分析发现包括18S rRNA 17 bp,5.8S rRNA 421 bp,ITS-1片段为304 bp。同源性分析显示,其与猬迭宫绦虫同源性最高,高达86%;遗传进化树表明,其与猬迭宫绦虫广州株(FJ886754.1)最为接近,与微小膜壳绦虫(AF461124.1)关系最远。综上所述,本次分离的绦虫为曼氏迭宫绦虫,ITS-1基因可作为良好的分类工具区别不同种的迭宫绦虫。