桑属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对桑属的 9个种 3个变种共 13份桑种质和构属构树的ITS序列进行了测定。结果表明 :桑属植物ITS1长度平均约为 189bp;桑属 5 8SrRNA为 15 2bp ;ITS2长度平均为 2 12bp ;桑属植物ITS序列G +C含量为 6 0 %左右。用DNASTAR软件构建了桑属植物ITS序列的系统发育树 ,并探讨了参试桑种质的亲缘关系。     

四川江安大白李与重庆开州地方李的亲缘关系比较试验

长江上中游地区是世界李的原产地,李品种资源丰富,传统主栽品种为江安大白李;为了快速甄别重庆地方李与江安大白李之间的亲缘关系,加快重庆地方良种李新品种培育,该文采用DNA条形码技术,运用分子鉴定方法,从分子水平对重庆开州区选择的开州晚熟李与江安大白李进行matK、rbcL、ITS序列测定和比对,构建物种NJ进化树,快速鉴定两者之间的亲缘关系,指导地方李新品种培育。通过对开州晚熟李和江安大白李叶片样品的matK、rbcL、ITS序列测定,发现两种地方李的3种序列中,ITS、rbcL序列NJ进化树均表现为梳子状,差异不明显,两者之间达不到区分“种”的程度;matK序列NJ进化树之间有明显的差异。研究表明,开州晚熟李与江安大白李亲缘关系较近,属同种植物,但两者存在品种间遗传差异,通过进一步的培育有望育成新品种。     

3种冠环线虫rDNA-ITS的PCR扩增及序列分析

本试验利用PCR扩增3种冠环线虫5个样品的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8S片段,将PCR扩增产物纯化后直接进行序列测定和分析。序列比对和分析结果显示,所测样品ITS1-5.8S-ITS2的长度范围为748~843 bp,总变异位点(包括gaps)119个,简约信息位点18个;其中ITS1和ITS2的长度范围分别为367~370 bp和228~320 bp,变异位点分别为14个和105个,简约信息位点均为9个。所有测试样品的5.8S片段完全相同,长度为153 bp。5条序列ITS1区的G+C含量(48.0%~48.5%)明显高于ITS2区(37.7%~40.3%)。通过序列两两比对,3种冠环线虫ITS1和ITS2的种间差异性分别为1.9%~3.5%和5.6%~31.8%;而种内差异性分别为0~0.5%和0~0.9%。并且所测序列与GenBank中已知序列的同源性为99.07%~99.41%。本研究认为,ITS序列可以作为冠环线虫种类鉴定的分子标记。     

12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列与亲缘关系分析

报道了12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列长度、G+C%、变异位点及亲缘关系,分析了它们的栽培适生范围。ITS序列576-590 bp,G+C%59.45-60.17,27个变异位点。TrnL-F基因间区920-923bp,G+C%34.02-34.24,5个变异位点,rps16内含子929bp,G+C%32.51-33.26;19个变异位点。神农架华桑♀与珙县川桑有较近的亲缘关系,宜长江流域栽植。龙桑、龙须桑、新疆白桑、剑持、小官桑与神农鸡桑1号、改良鼠返、乌克兰白桑有较近的亲缘关系,雅安白桑与神农架山桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以北栽植。雅周桑与湖北蒙桑4号、四川高海拔鸡桑有较近的亲缘关系,宜在长江流域山区栽植。广东桑"大十"与湖北白桑、越南白桑、印度55有较近的亲缘关系,钦州长果桑与斯里兰卡桑3号有较近的亲缘关系,咸丰长穗桑与利川长穗桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以南栽植。     

南充云雾山野生白桑 育2号 新疆白桑ITS序列及系统位置

研究了南充云雾山野生白桑、育2号、新疆白桑ITS序列长度、G+C%、变异位点和系统位置。ITS序列长度均为576bp,G+C百分含量分别为59.55%,59.55%,59.72%,南充云雾山野生白桑、育2号45位为A、505位、560位T;新疆白桑45位A、505位G、560位T。系统位置均在BranchesⅡ,与剑持、瑞穗桑同一分支。白桑ITS序列没有地理迁移的变化,是较早分化的物种。育2号、新疆白桑与剑持、瑞穗桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以北栽培。ITS序列信息位点有限,在分析桑属的系统学时,需要另找片段,或与其它片段联合分析。     

基于三种分子标记的栽培金鸡菊遗传多样性及亲缘关系分析

利用ISSR、核基因ITS2、叶绿体基因psbA-trnH和trnL-F三种分子标记对100个国内外广为种植的栽培金鸡菊(Coreopsis)种质进行遗传多样性和亲缘关系分析，以期为栽培金鸡菊的分类鉴定、育种及指纹图谱构建提供更多分子依据。结果表明：三种分子标记均显示沙漠金鸡菊与其余材料亲缘关系较远；12条ISSR引物扩增出总条带153个，多态性条带149个，多态性条带百分比为97.39%，在遗传距离为0.664处整体可划分为4类；ITS2,psbA-trnH和trnL-F序列大小分别为171bp~175bp,252bp~426bp和698bp~703bp；基于psbA-trnH和trnL-F序列的母系溯源整体可分为6类，二者合并后定义了9个单倍型，两色组和歧序组是具有特殊舌状花色的金鸡菊品种重要的母系材料，轮叶金鸡菊‘月光’和短毛金鸡菊‘虹光’等品种源于远缘杂交；ITS2序列将整体划分为5类，定义了63个单倍型，大部分单倍型只对应一个种质，ITS2序列有望作为金鸡菊品种鉴定的DNA条形码。     

基于ITS标记分析湖北省收集桑种质资源的亲缘关系

利用ITS标记从分子水平探讨湖北省境内收集的5个野生桑种、1个栽培桑种、1个变种共17份桑种质资源与外省区的6份桑种质资源之间的亲缘关系,为发掘和利用该地区特有的桑种质资源打下基础。结果表明,基于ITS标记的系统进化树与经典分类方法的结果接近,其中湖北省的4份华桑与四川省的川桑有较近的亲缘关系,同在一个分支;收集的3份蒙桑、1份变种鬼桑、1份鸡桑、5份白桑、1份山桑与广东桑、浙江省的瑞穗桑、云南省的滇桑之间有较近的亲缘关系,并与收集的2份长穗桑以及来自广西的钦州长果桑同在一个分支。利用DnaSP软件分析供试桑种质材料的ITS序列核苷酸多样性,符合被子植物ITS致同进化(concerted evolution)规律,变异主要发生在ITS1。利用AMOVA分析供试桑种质材料的遗传变异主要发生在种间,种间遗传变异率为79.49%,种内遗传变异率为20.51%(P0.001)。分布于湖北省的桑种质资源处于抗寒屏障范围,是桑属植物迁移到此地后形成的类群。     

四川几个特色桑品种ITS序列与亲缘关系分析

测定了盘桑2号、圌桑2号、圌桑10号、圌桑14号、圌桑6号、圌桑11号、圌桑12号等7个特殊桑树品种资源的ITS序列,长度均为576bp,A+T%=40.45[233],C+G%=59.55[343],其中114 a,176 c,167 g,119 t,无变异位点。最大简略法(MaximumParsimonyMethod,MP)分析亲缘关系,均分在一个分支,亲缘关系差异不大。用分子方法分析桑树品种的亲缘关系时,可先用ITS分析品种的大致的亲缘关系范围,再用RAPD、AFLP、SSR、ISSR等方法进行细分。     

固原鸡线粒体DNA控制区全序列测定及分析

固原鸡是宁夏唯一的地方鸡品种资源,具有肉质细嫩、味道鲜美、营养丰富等遗传特性。该试验采用PCR和直接测序的方法测定固原鸡(白羽、麻羽、红羽)线粒体DNA(mtDNA)控制区(D-loop)全序列,结果表明固原鸡3个类群线粒体DNA控制区全序列长度分别为1230bp、1231bp或1232bp。分析种内的遗传变异,3个类群固原鸡共发现6个变异位点,其中4个转换,2个缺失/插入,没有观测到颠换;A、T碱基含量占59.9%~60.0%,G、C碱基含量占40.0%;固原鸡与其它8种禽类的D-loop基因序列同源性的分子进化树聚类结果表明固原鸡不同类群与红色原鸡亲缘关系最近。     

ITS序列在橄榄地方品种资源鉴定中的应用

为了探讨更精确有效地鉴定橄榄品种资源及其遗传多样性的分子技术,利用测序方法测定了橄榄品种(系)的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列(包括ITS1,5.8S和ITS2)。结果表明,橄榄ITS区序列总长度为629-634bp,长度变异仅为5bp,其中ITS1区为232-237bp,ITS2区为234-239bp,5.8SrDNA均为165bp,且高度保守无变异位点。橄榄品种(系)间ITS序列变异位点较少,仅有17变异位点占总碱基数的5.93%,简约信息位点7个占总碱基数1.51%,单一信息位点10个占总碱基数的2.16%,并且ITS1序列较ITS2序列变异丰富。因此,利用ITS序列中变异位点可以作为特异DNA指纹鉴定位点,为部分品种(系)的鉴定依据,但是仅仅利用ITS序列还难以鉴定区别所有的橄榄品种资源。     

西北部分地区猪蛔虫rDNAITS基因序列测定及遗传变异分析

为了摸清西北部分地区猪蛔虫内转录间隔区(ITS)的遗传变异特点,扩增了猪蛔虫ITS基因,进行测序,依据GenBank公布的ITS序列将测序结果截为ITS1、5.8S及ITS2三段,分析比对各段序列的差异性。结果显示,所有样品ITS序列长约1 000bp,其中ITS1、5.8S和ITS2的长度分别为450bp~453bp、159bp、272bp,种内差异分别为0~0.2%、0、0。基于ITS1的种系发育分析表明,23个猪蛔虫样品均位于同一分支,而与贝蛔属蛔虫分属两个不同分支。ITS1序列不能作为区分西北不同地区猪蛔虫的种内分子标记,但可以作为区分蛔属蛔虫与贝蛔属蛔虫的种间分子标记,研究结果为猪蛔虫的鉴定和分子流行病学调查提供了基础资料。     

黄鳝胃瘤线虫ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析

本研究旨在阐明黄鳝胃瘤线虫湖南分离株的核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区(ITS)及5.8 S rDNA序列的遗传变异情况,并用ITS序列重构胃瘤线虫与其它线虫的种群遗传关系.利用聚合酶链反应(PCR)扩增胃瘤线虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析.结果显示所获得的胃瘤线虫ITS及5.8 S rDNA序列总长存在一定差异(922～927 bp),其中包含部分的18S、28 S及全部的ITS-1 (350～351 bp)、5.8S(102 bp)及ITS-2 (340～344 bp)序列.本研究系国内首次报道胃瘤线虫的ITS序列,其结果为黄鳝胃瘤线虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础.     

金荞麦内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析

以2份金荞麦为材料,对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增,均获得长约700 bp的特异性产物。测序结果表明,金荞麦1号样品包含ITS序列660 bp,金荞麦2号样品包含ITS序列646 bp,在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金荞麦ITS的序列比对表明,其同源率为80.2%~93.1%,变异位点主要在ITS1,表现出较丰富的遗传多样性。采用邻接法构建了金荞麦的系统进化树。     

细口杯环线虫形态学和分子特征分析

为探讨细口杯环线虫(Cylicocyclus leptostomum)的分类地位和系统发育关系,本试验利用数码显微镜对细口杯环线虫进行了形态观察,运用PCR扩增其核糖体DNA内部转录间隔区(rDNA-ITS)序列,并从GenBank中下载12种圆线虫的ITS序列,以马圆形线虫(Strongylus equinus)为外群,运用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统发育树。结果显示,细口杯环线虫中等大小,口囊呈圆柱形,宽度大于深度,口囊底部有小齿;口囊壁前端薄,后端基部有明显的环箍形增厚;外叶冠由20～24个小叶组成,内叶冠由50～60个小叶组成;食道漏斗较小;雄虫生殖锥较长,呈圆锥形;雌虫尾部直,尾尖呈指形;所测ITS序列总长度为837bp,其中ITS1长366bp,5.8S长153bp,ITS2长318bp;ITS1的GC含量(46.0%)明显高于ITS2(39.8%);经BLAST同源性比对分析,本研究线虫ITS序列与GenBank上登录的同种线虫序列(登录号:AJ004849、Y08587)同源性达99.85%,与阿氏杯环线虫的同源性达99.0%,与杯环属内其他线虫的同源性仅为93.33%～98.45%;ITS序列种间差异远大于种内差异;系统进化分析显示,细口杯环线虫与阿氏杯环线虫的亲缘关系较近,而与杯环属内其他线虫的亲缘关系相对较远。综上所述,ITS序列可作为鉴定寄生线虫的分子遗传标记,证实所采标本是细口杯环线虫,并首次在国内报道了细口杯环线虫的ITS序列,为该线虫的进一步研究奠定基础。     

湖南省猬迭宫绦虫ITS及5.8S rDNA的克隆及序列分析

利用聚合酶链反应(PCR)扩增猬迭宫绦虫rDNA的ITS-1、5.8S及ITS-2片段,将PCR扩增出的片段纯化后克隆至pGEM-T Easy载体,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果显示,所获得的ITS及5.8S rDNA序列总长存在一定差异,为1 369~1 393 bp,包含部分的18、28S及全部的ITS-1(662~687 bp)5、.8S(138 bp)及ITS-2(457~475 bp)序列。由于猬迭宫绦虫ITS序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记。     

4种犬科动物黑素皮质激素受体1基因序列比对及遗传进化分析简

基于GenBank中已公布的家犬(Canis familiaris)、赤狐(Vulpes vulpes)、北极狐(Alopex lagopus)和貉(Nyctereutes procyonoides)黑素皮质激素受体1(MC1R)基因序列,利用BioEdit 7.0等生物信息软件,对4种犬科动物MC1R基因进行序列比对和遗传进化分析。结果表明,家犬、赤狐、北极狐及貉MC1R基因为单一外显子,编码区序列长度均为954 bp,碱基组成表现为C＞G＞T＞A,且G+C百分含量高于A+T;编码区碱基序列中共检测到20个突变位点,包括16个单一突变和4个简约突变,转换类型多于颠换,核苷酸和氨基酸序列同源性较高;赤狐与北极狐间的遗传距离最短,邻近法(NJ)、最小进化法(ME)和非对组算数平均法(UPGMA)3种方法构建的进化树基本一致,赤狐与北极狐首先聚为一簇,貉比家犬、赤狐和北极狐分化时间更早。     

Analysis on Genetic Diversity and Phyletic Evolution of mtDNA Cytb Gene in Zhongdian Yak

In order to investigate the genetic diversity and the origin of evolutionary relationship of Zhongdian yak,we analyzed the complete sequence of 15 individuals Cytb gene,its sequence polymorphism was analyzed,and the phylogenetic tree was constructed.The results showed that the length of the nucleotide sequence were 1 140 bp,with nucleotide frequencies of 26.3%,31.8%,13.1% and 28.8% for T,A,G and C,respectively.Three haplotypes were identified of 15 individuals,with 3 polymorphic sites,including two conversions,one transversion,haplotype diversity was 0.2571 and nucleotide diversity was 0.00035.Phylogenetic analysis suggested that Zhongdian yak and Bos mutusc clustered firstly,then gathered with Bison bison,which indicated that there were high genetic similarity and closer genetic relationship,genetic similarity with other cattle genus was relatively low.Combining with the proof of molecular biology and paleontology,the result supported the point that Bos grunniens and Bos mutus were classified as an alone genus in Bovinae.