海南三亚斑节对虾野生种群mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列的多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对海南三亚野生斑节对虾(Penaeus monodon)20个个体的mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到16S rRNA基因的495 bp的核苷酸序列和控制区序列470 bp的核苷酸片段。用Clustal X软件对16S rRNA和控制区序列进行了比对,通过ARLEQUIN 2000软件对所得线粒体16S rRNA基因片段和控制区序列进行了比较分析。16S rRNA序列检测出17个多态位点,8种单倍型；控制区序列检测出100个多态位点,17种单倍型。该种群16S rRNA序列基因多样度(H)和碱基多样度(π)分别为0．700和0．0045；控制区序列的H和π分别为0．984和0．0480。研究结果表明：16S rRNA序列不适应斑节对虾的种群遗传多样性分析；控制区序列适应斑节对虾种群遗传多样性研究。     

深圳海域斑节对虾野生种群线粒体控制区序列的多态性分析

采用聚合酶链式反应技术对深圳斑节对虾种群的20个个体进行了分析,通过对mtDNA的控制区基因序列进行扩增,获得了大小约为650bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了526bp的核苷酸序列。用Clustal_X排序软件对控制区序列进行了对位排列。通过Mega软件对所得线粒体控制区序列的片段进行比较,共检测出114个碱基存在变异,其中包括84个简约信息位点,5个碱基存在插入/缺失;并用Mega的“Pairwise distance”计算个体间的相对遗传距离。结果表明:其序列差异(转换 颠换)在0·010~0·154之间,得出20个个体有20种单倍型;并构建了UPGMA和NJ系统树。运用DNASP软件计算所得该群体核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)分别为0·05278和27·500。研究结果表明:深圳斑节对虾野生种群控制区序列个体变异程度很大,该种群的遗传多样性水平很高,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。     

中国南海野生斑节对虾5个地理群体线粒体16S rRNA基因序列比较分析

对中国南海海域5个斑节对虾野生群体三亚群体(SY)、深圳群体(SZ)、阳江群体(YJ)、湛江群体(ZJ)、北海群体(BH)100个样品的16S rRNA 序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序.用CLUSTAL_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对.通过ARLEQUIN软件对所得100个16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型.三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性(π)依次分别为0.004 35,0.005 86,0.010 50,0.010 81,0.011 68.三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单倍型多样性(H)依次分别为0.689 5, 0.521 1, 0.573 7, 0.600 0, 0.721 1.对5个野生群体的16S rRNA序列进行FST分析,结果表明湛江、北海群体分别与三亚、深圳两个群体有显著的遗传差异,其余群体之间的遗传差异不显著.对5个群体进行AMOVA分析结果表明,5个群体间存在显著性遗传差异.对5个群体构建分子系统树,结果表明,三亚和深圳群体之间的亲缘关系最近;北海、湛江群体与三亚、深圳群体的亲缘关系很远.实验表明,中国南海海域5个斑节对虾野生群体可以为斑节对虾的选择育种提供两个基础群体:一个是三亚、深圳野生原种基础群体;另一个是湛江和北海野生原种基础群体.     

中国南海斑节对虾5个地理群体线粒体18S rRNA基因序列比较分析

摘要：本文对中国南海海域5个斑节对虾野生群体（三亚群体（SY）、深圳群体（SZ）、阳江群体（YJ）、湛江群体（ZJ）、北海群体（BH））100个样品的 16SrRNA 序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序。用Clustal_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个mtDNA16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性（π）依次分别为0.00435,0.00586,0.01050,0.01081,0.01168。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单倍型多样性（H）依次分别为0.6895, 0.5211, 0.5737, 0.6000, 0.7211。对5个野生群体的16S rRNA序列进行FST分析,结果表明湛江、北海群体分别与三亚、深圳两个群体有显著的遗传差异,其余群体之间的遗传差异不显著。对5个群体进行AMOVA分析,结果表明5个群体间存在显著性遗传差异。对5个群体构建分子系统树,结果表明：三亚和深圳群体之间的亲缘关系最近;北海、湛江群体与三亚、深圳群体的亲缘关系很远。以上结果表明,中国南海海域5个斑节对虾野生群体可以为斑节对虾的选择育种提供两个基础群体：一个是三亚、深圳野生原种基础群体;另一个是湛江和北海野生原种基础群体。     

根据mtDNA控制区序列分析野生唇 的种群遗传结构

为了掌握不同地理种群唇(鱼骨)(Hemibarbu labeo)的遗传多样性和遗传结构,探讨其亲缘地理演化过程,研究分析了乌苏里江、长江、黑龙江、鸭绿江和牡丹江5大水系,8个地理群体(n=42)的mtDNA控制区404 bp片段的变异,该片段共有26个变异位点,变异率为6.43%,平均核苷酸多样性为0.011 5.42尾样本共检测到18个单倍型,这8个地理群体是以HT1和HT2单倍型为中心向外辐射演化的.AMOVA分析结果表明,群体内变异为59.29%,同一水系群体间变异为23.50%,不同水系群体间变异为17.20%,以上变异均达到显著水平(P＜0.05),群体间配对FST分析结果表明,同一水系内有些群体间差异也达到了显著水平.聚类分析发现,最大简约法(MP)和最大似然率法(ML)结果基本一致,嘉荫群体(HRJY)和四川群体(YRSC)绝大部分个体被聚在一支,鸭绿江群体(YRLJ)聚在一支,这与单倍型网络的分析结果一致,以上结果表明唇(鱼骨)的遗传多样较为丰富,黑龙江流域的唇(鱼骨)保持了祖先单倍型,其他地理群体为黑龙江流域内群体向不同方向演化的结果,并且部分地理群体已经形成了特有的单倍型.     

斑节对虾等位酶遗传分析

应用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，对斑节对虾的养殖群体进行了8种等位酶的电泳检测和谱带遗传分析，确定了15个等位酶位点和19个等位基因，其中只有1个位点是多态的，它是Est-1（P0.95标准），有一个等位基因的位点有Est-2、Sod-1、Ldh-1、Adh-1、Sdh-1、Sdh-2、Me-1、Me-2、Mdb-1、Mdh-2、Mdb-3；有二个等位基因的位点有Est-1、Sdh-3、Aat-1、Aat-2、本研究揭示了斑节对虾群体等位酶位点及其等位基因带谱的变异式样，为斑节对虾的遗传育种及遗传结构的研究提供了一批 等位酶位点及其等位基因的参考图谱。     

中国对虾养殖群体与野生群体线粒体控制区序列的比较

比较分析了中国对虾养殖群体与野生群体mtDNA控制区序列。研究结果显示,在长度为563 bp的mtDNA控制区片段中,中国对虾养殖群体与野生群体序列间存在一定程度的遗传差异。野生群体的基因多样度为0.967 2,略高于养殖群体(0.938 0),两群体间未检测到共享单倍型;野生群体mtDNA控制区核苷酸多样度为0.010 6,养殖群体核苷酸多样度为0.009 4,略低于野生群体的核苷酸多样度。基于K-2P模型计算得到中国对虾两群体间的平均遗传距离为0.010 8,野生群体个体间平均遗传距离为0.010 7,养殖群体个体间平均遗传距离为0.009 5;单倍型最小跨度树和NJ系统树均未检测到显著的谱系结构。确切P检验显示两群体间没有随机交配现象(P= 0.000 9)。两群体间的F_ST值为0.069 8(P=0.00),表明两群体间存在显著的遗传分化。     

斑节对虾养殖群体遗传多样性的同工酶和RAPD分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）和RAPD方法对厦门养殖斑节对虾（Penaeus monodon Fabricius）群体的遗传多样性进行分析。9种同工酶共检测到21个座位，其中多态座位13个，多态座位比例为61．90％，预期杂合度0．151，观察杂合度0．120，Hardy—Weinberg遗传偏离指数（d）为-0．208，存在杂合子缺失。经x^2拟合度检验，多数座位偏离Hardy—Weinberg平衡，表明群体未达到随机交配。14个10bp引物共获得了83个标记，单个引物获得的标记数为2～11个，平均每个引物扩增出5．93个座位，其中多态标记数68个，多态位点比例为81．93％，杂合度为0．246，基因多样性为0．260，Shannon’S信息指数为0．397。两种方法均表明该斑节对虾养殖群体的遗传多样性水平较高，但可能已有近交衰退发生。     

斑节对虾的遗传育种研究

斑节对虾(Penaeus monodon)俗称草虾,是世界三大养殖虾类之一。广泛分布于印度洋和西太平洋,也是我国本土优质对虾资源之一,但尚未形成遗传稳定的养殖品系,养殖种苗除少数来自海捕外,绝大多数通过人工繁殖获得。供人工繁殖的亲虾主要来自两方面:一是捕捞野生怀卵虾,二是通过摘除眼柄和人工诱导野生雌虾性成熟和产卵,但二者均依赖野生资源。斑节对虾养殖的迅速发展对野生资源造成了极大的压力,过度开发势必引起种质的退化;同时,长期依赖野生亲体培育苗种产生了一些弊端,如亲体携带病毒,养殖对象生长减慢,抗病力下降等。因此,为保护野生资源和阻止野生虾类遗传多样性的丧失,尽快形成遗传稳定的养殖品系显得尤为迫切。     

浙江三门湾日本蟳群体线粒体16SrRNA基因序列多态性

采用聚合酶链式反应(PCR)技术对浙江三门野生日本蟳20个个体的mtDNA 16SrRNA基因进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到495 bp的核苷酸序列片段。测序结果经比对校正后,获得三群体16SrRNA基因一致序列,片断长为495 bp,其中变异位点15个,简约位点11个,总变异为3.03%。在测得的495 bp目的DNA片段中,碱基T、C、A、G平均组成分别为35.2%、17.9%、35.3%和11.6%,其A+T含量(70.5%)远高于G+C含量(29.5%)。在20个个体中共检测到7个单倍型,单倍型多样性为0.642,核苷酸多样性为0.448%。根据Kimura遗传距离的计算结果,各单倍型之间的遗传距离为0.2%~2.68%。16SrRNA构建的NJ系统发育树表明,梭子蟹属的远洋梭子蟹和青蟹属的拟穴青蟹亲缘关系较近,与蟳属的日本蟳亲缘关系较远,与形态和RAPD研究结果一致。     

罗非鱼海豚链球菌16S rRNA基因的序列测定和系统进化分析

为了从分子水平上对1株致病性罗非鱼链球菌进行分类学鉴定,利用原核生物16SrRNA基因通用引物对分离纯化的罗非鱼致病性链球菌进行16S rRNA基因的克隆及序列分析。结果扩增出长约1.5 kp目的片段,测序得到1条长度为1 447 bp核苷酸序列。核苷酸相似性分析表明,序列与NCB I公布的海豚链球菌(Streptococcus iniae,S.iniae)SCCF5L菌株16SrRNA基因核苷酸序列相似性最高(99.4%),暂称为中国广西株(S.iniae-CGX)。同时,亲源关系较近的S.iniae、S.difficilis和S.agalactiae代表菌株构建的系统发育进化树显示,所得菌株与S.iniae代表菌株组成同一进化分支,与S.agalactiae代表菌株组成的另一进化分支距离较近(95.5%),而与S.difficilis代表菌株组成的进化分支距离较远(92.3%)。上述研究证实,本试验从发病罗非鱼脑组织分离到的致病性链球菌为海豚链球菌。     

Genetic diversity in the Indian population of Penaeus monodon (Fabricius, 1798) as revealed by mtDNA sequence analysis

Genetic diversity in the Indian population of the tiger shrimp Penaeus monodon was determined by using partial sequence data of the mitochondrial DNA (mtDNA) control region (D‐loop) and the 16S rRNA gene. Eight populations from different geographical locations (Mumbai, Kochi, Mangalore, Kakinada, Gopalpur, Chilika, Paradeep and Andaman) were collected and analysed. The amplified polymerase chain reaction products of size 577 bp for the control region and 472 bp for 16S rRNA were sequenced in both directions and data were analysed through clustal , arlequin , mega and phylip . A significant genetic structure was found among the Indian populations. The mtDNA control region proved to be a powerful marker in comparison with 16S rRNA for population studies of this species. The east coast population was more genetically diverse than the west coast. The Andaman population was found to be the most diverse among all the populations. The populations on the west coast were found to be genetically more structured and differentiated than the populations on the east coast. The results revealed a high level of genetic diversity and also distinct population structuring of P. monodon, suggesting great possibilities of genetic improvement for growth and other economic traits.     

广西钦洲湾养殖牡蛎线粒体16S rRNA基因片段序列变异分析

采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎Crassotea ariakensis Fujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增，获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，经同源排序，得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点，包括1个碱基插入／缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型，这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离，并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支，一支有19个个体，占73．08％；另一支有7个个体，占26．92％；2支间序列差异为3．54％。据此得出结论：钦洲湾养殖牡蛎应存在两大种群或是2个亚种，其差异是否到了种间的分界限，还需进一步研究证实。     

5种经济海胆线粒体16SrRNA基因片段的序列分析

对光棘球海胆、中间球海胆、马粪海胆,海刺猬和紫海胆线粒体DNA 16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和测序,得到395 bp的可信片段。通过ClustalX 1.83和Mega 3.0软件对所得线粒体16SrRNA片段序列进行比较,共检测到118个碱基变异,其中简约信息位点为33个。应用Mega 3.0计算各种间的相对遗传距离,以糙海参为外类群,得到NJ系统树和MP系统树,系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1000次循环检验。结果表明,马粪海胆与光棘球海胆的亲缘关系较近,其次为中间球海胆,而紫海胆、海刺猬与这3种海胆的关系相对较远。     

4种河蓝蛤线粒体COI和16S rRNA基因序列的种间遗传分析

对光滑河蓝蛤Potamocorbula laevis、黑龙江河蓝蛤P.amurensis、焦河蓝蛤P.ustulata、红肉河蓝蛤P.rubromuscula4个野生种共40个个体的线粒体COI和16SrRNA基因片段进行了扩增和测序,经过筛选和剪切,得到长度为650bp和450bp的片段。序列分析显示,序列的碱基组成中G+C含量较低,16SrRNA基因种间和种内的变异较低,COI基因片段种内和种间的变异较高。以沙海螂Mya arenaria为外群,用MEGA 4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,通过遗传距离和系统进化树可以看出,4种河蓝蛤未能达到不同种之间显著的遗传分化。     

3种野鲮亚科鱼类16SrRNA基因序列分析

野鲮亚科(Labeoninae)隶属鲤形目(Cypriniformes)中的鲤科(Cyprinidae,约有26个属近300个种。为研究其在鲤科鱼类中的系统发育关系,以16S rRNA基因作为遗传标记进行鲤科鱼类的系统发育分析。通过PCR方法, 扩增了长度为361-362 bp的3种野鲮亚科鱼类的16S rRNA基因部分序列,序列比对得到364个排列位点,其中94个为信息位点,占全部位点的26.8%。用Mega 2.1软件的NJ法构建分子系统树,结果表明:野鲮亚科鱼类没有形成单系类群,野鲮亚科的鲮、角鱼与鲤亚科的鲤、鲫形成姐妹群,然后再与野鲮亚科的麦鲮和露斯塔野鲮聚在一起,说明鲮与鲤亚科鱼类具有较近的亲缘关系。