RT-PCR检测猪瘟病毒方法的建立与应用

建立RT PCR检测猪瘟病毒的方法。根据已发表的猪瘟病毒E2基因 (囊膜糖蛋白gP55基因 )序列 ,设计合成了一对特异性引物 ,扩增片段的大小为 50 7bp ,用RT PCR技术对石门系标准株和 1 0株分离株进行检测。结果这对引物对标准株和 1 0株分离株均能扩增出与预期大小相符 50 7bpRT PCR产物 ,而对其他 6种猪病病原核酸的扩增结果为阴性。该RT PCR可检出 1 0 0pg的猪瘟病毒RNA模板 ,对人工感染猪不同组织样品进行检测 ,结果对白细胞抽提的核酸样品检出率最高为 1 0 0 % (2 4 / 2 4 ) ,其次为扁桃体、脾、肾 ,检出率为 83 3 % (2 0 / 2 4 ) ,再者为淋巴结 ,检出率为66 7% (1 6/ 2 4 )。对送检的 1 9份疑似猪瘟的病死猪病料组织进行RT PCR检测 ,结果有 1 6份样品为猪瘟病毒阳性。兔体交叉反应试验结果RT PCR阳性的 1 6份病料中 ,有 1 4份样品被判为含有猪瘟病毒 ,其他病料兔体交叉反应试验结果全为阴性     

猪瘟RT-PCR ELISA诊断方法的建立

将RT—PCR方法和高灵敏度的地高辛检测系统相结合，先建立猪瘟病毒（classicalswinefevervirus，CSFV）的RT—PCR方法，用地高辛标记RT—PCR产物；再建立CSFV的PCR—ELISA方法，用生物素标记的探针在链亲和素包被的微量板孔中杂交捕获地高辛标记的PCR产物，最后进行免疫显色得出结果。试验主要对RT—PCRELISA的各种反应条件进行了优化，确定了1mg／L的链亲和素、50μg／L生物素标记的探针、1：3000抗地高辛的过氧化物酶、37C杂交2h等为最适反应条件。该方法的敏感性比常规琼脂糖凝胶电泳检测高100倍以上，克服了组织样品中CSFV含量少而难以检测的困难，为猪瘟的早期诊断和分子流行病学调查提供了一条新途径。     

口蹄疫病毒RT-PCR检测和分型方法的建立及初步应用

参考GenBank中各个血清型口蹄疫病毒3D、vp1、2A基因的标准序列，设计引物P1／P2和S1／S2。建立用于检测口蹄疫病毒及其利用引物S1／S2克隆片段同源性比较而确定血清型的RT-PCR方法。通过敏感性试验检测，2对引物均可以检测到10TCID50的病毒量；特异性试验的检测，2对引物对正常细胞、牛黏膜病病毒、猪瘟病毒、水疱性口炎病毒、牛传染性鼻气管炎病毒的检测结果均为阴性。利用该方法对病牛的流涎液体、水疱液体、舌皮组织、感染犊牛心脏等组织进行检测初步结果显示：该方法可以对O型和AsiaⅠ型口蹄疫病毒进行特异性检测，能够用于口蹄疫急性及亚临床感染的诊断及流行病学调查。     

猪瘟病毒巢式RT-PCR检测方法的建立与应用

为建立一种快速、特异、灵敏的检测猪瘟病毒（classical swine fever virus,CSFV）巢式RT-PCR（nested RT-PCR）方法,本研究参照GenBank中公布的CSFV E2基因保守区域序列设计2对特异性引物,以CSFV总RNA为模板,优化反应条件,建立CSFV nested RT-PCR方法,对其进行特异性、敏感性和重复性试验;利用所建立的方法对35份临床疑似CSFV感染样品进行了应用检测,并对阳性PCR产物进行克隆测序鉴定。结果表明,本研究成功建立了CSFV nested RT-PCR检测方法,能够特异性地扩增CSFV,但对ST正常细胞对照和其他8种病原对照未扩增出任何条带;稳定性和重复性好;敏感性高,最低检测病毒含量为1 TCID₅₀;自35份疑似CSFV感染样品中检出19份阳性样品,PCR阳性产物克隆测序结果表明均为CSFV E2基因片段。本研究成功建立了CSFV nested RT-PCR检测方法,可用于CSFV的快速检测,为CSF的早期检测诊断提供了特异、灵敏的方法。     

猪瘟病毒荧光RT-PCR快速检测方法的建立

以猪瘟病毒5＇端非编码区为靶核酸序列设计引物和探针，建立了一步法荧光RT-PCR检测猪瘟病毒。荧光RT-PCR仅检测出猪瘟C株、T株，未能检测出牛病毒性腹泻病毒（BVDV）、猪呼吸系统冠状病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪细小病毒、伪狂犬病病毒、猪生殖与呼吸综合征病毒、PK-15细胞和牛睾丸原代细胞；对猪瘟病毒T株的扩增反应产物进行了测序分析，与预期序列相符。荧光RT-PCR的检测极限可达到1 TCID50／mL，整个试验流程只需2h。采用荧光RT-PCR和抗原捕获ELISA同时检测临床病料、猪副产品共207份样本，两种方法的检出率分别为17．4％和13．5％，两者符合率为95．7％（198／207）；荧光RT-PCR的检出率高于ELISA，两者差异显著。结果表明，建立的荧光RT-PCR可用于猪产品、临床病料中猪瘟病毒的快速检测。     

口蹄疫O型病毒二温式RT-PCR检测方法的建立及初步应用

试验通过对口蹄疫病毒核苷酸序列的比对分析,在O型口蹄疫病毒的P1基因保守区,设计1对特异性引物,应用均匀设计法优化反应参数,建立口蹄疫O型病毒二温式RT-PCR检测方法。对该法进行特异性试验、敏感性试验检测。结果表明,该二温式RT-PCR方法只对口蹄疫O型病毒敏感,对其他血清型的口蹄疫病毒及常见的猪病病毒均不敏感;扩增条带与预期目的片段大小相符,扩增片段经克隆、测序发现与引物所在基因序列的同源性为100%;检测病毒RNA的敏感性为1.665 pg/μL,其敏感性与三步法PCR敏感性检测结果没有差异。运用该法对54头攻毒试验的动物进行检测,阳性鉴定结果与三步法PCR鉴定结果一致,与三步法PCR相比该法节省了20 min,表明所建立的口蹄疫O型病毒二温式RT-PCR方法是一种准确、快速、特异、敏感的检测方法。     

基于Erns基因的猪瘟病毒一步法RT-PCR快速检测方法的建立和应用

根据猪瘟病毒Erns基因保守序列设计了1对引物,建立了检测猪瘟病毒一步法反转录-聚合酶链（RT-PCR）方法,并对其特异性、敏感性进行了研究。该一步法RT-PCR对CSFV扩增结果为阳性,对照毒株扩增结果均为阴性;对猪瘟病毒检测的灵敏性为10 pg总RNA量。以上结果表明,该一步法RT-PCR特异性强、敏感性高、简便、快速,可用于猪瘟的早期确诊和病毒鉴定。     

口蹄疫病毒通用型和A型二重实时荧光RT-PCR检测方法的建立

为建立一种快速、敏感、特异的口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)分型鉴别诊断实时荧光RT-PCR(Fluorescence quantitative,FQ-PCR)检测方法,根据O、A、AsiaⅠ三种血清型FMDV保守基因序列,设计能够检测到FMDV的特异性通用检测引物和A型检测引物,以及不同荧光素标记的MGB探针。通过对PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立了FMDV通用型和A型二重实时荧光RT-PCR检测方法,并对该方法进行了特异性、敏感性、重复性试验;利用所建立的方法,对123份疑似FMDV感染的临床样品进行了检测。结果显示,建立的FMDV通用型、A型二重实时荧光RT-PCR检测方法在10~1～10~7拷贝/μL模板范围内有很好的线性关系;对pGEM-T/FMDV-T和pGEM-T/FMDV-A重组质粒出现阳性扩增信号,但对正常细胞培养物对照和其他7种病原对照未扩增出特异性曲线;自123份疑似FMDV感染样品中,检出10份FMDV-T阳性,6份FMDV-T/FMDV-A双阳性并且与基因测序结果一致。结果表明,本研究建立的FMDV通用型、A型二重实时荧光RT-PCR检测方法重复性好、敏感性高、特异性强,最低检测模板浓度为10拷贝/μL,可用于FMDV的快速分型检测,为FMDV的早期检测及临床诊断提供了新方法。     

O型和Asia1型口蹄疫病毒感染RT-PCR鉴别诊断方法的建立

根据GenBank中O型和Asia1型口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)的vp3、vp1和2A基因序列,并与其它血清型FMDV的对应基因序列进行比较,设计用于扩增O型和Asia1型FMDV vp1基因的特异性引物,建立O型和Asia1型FMDV RT-PCR鉴别诊断方法。本方法首先用通用型引物进行RT-PCR,确定是否为FMDV感染,然后用特异性引物鉴别O型或Asia1型FMDV的感染。用vp1基因序列分析进行符合性试验,验证了该方法所具有的特异性和敏感性。本方法可用于O型和Asia1型FMD的快速诊断及流行病学调查。     

猪瘟病毒RT-PCR检测方法的研究

为建立一种能够快速、确切诊断猪瘟（CSF）的方法,根据GenBank上已发表的猪瘟病毒（CSFV）核酸序列设计并合成了一对能特异性扩增CSFV基因片段的引物,经过条件优化后,建立了检测CSFV的RT-PCR方法,扩增病毒核酸片段长508bp。试验证明,该方法具有良好的特异性、敏感性、重复性和稳定性,简便、快速、高效,为CSFV的快速准确诊断及进一步的CSF流行病学研究提供了重要的技术手段。     

用RT-PCR技术检测盐渍猪肠衣中猪瘟病毒的研究

参考GenBank中发表的猪瘟病毒（CSFV）序列，设计一对CSFV特异性PCR引物；从CSFV感染猪盐渍小肠中提取总RNA，经逆转录后进行PCR扩增，在盐渍小肠中成功扩增出与预期大小（168bp）一致的特异性条带，而正常猪和感染猪伪狂犬病病毒的猪小肠扩增结果均为阴性。用本方法对20例不同稀释浓度的盐渍猪肠衣样本进行检测，结果显示比经典抗原检测方法（抗原捕获ELISA法）具有更高的敏感性。实验表明，本RT—PCR技术能应用于盐渍猪肠衣的CSFV检测，为快速、准确检测盐渍猪肠衣中CSFV提供了一条新途径。     

用荧光定量RT-PCR方法检测猪瘟病毒

为了建立能特异检测不同基因型猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV),同时又能区分其他瘟病毒的基因检测方法,本实验针对CSFV基因组5′端非编码区设计并合成了简并引物和TaqMan探针,在优化反应条件的基础上,成功地建立了特异检测CSFV的荧光定量RT-PCR检测方法。再以已知滴度的CSFV石门株血毒总RNA反转录产物建立标准品,该标准品可以用于定量临床样品中的CSFV滴度,所建立的荧光定量PCR方法可以灵敏地检测出10~(-0.82)个TCID_(50)病毒含量。最后用建立的方法对108份临床样品进行检测并同时进行病毒分离,荧光定量PCR方法检测出73份阳性样品且与病毒分离的符合率为100%,而常规RT-PCR只检测出54份阳性样品,表明本荧光定量RT-PCR法在检测猪瘟病料上具有潜在的应用价值。     

猪瘟Erns基因在大肠杆菌中的高效表达

提取猪瘟病毒石门系强毒株的基因组RNA,用RT_PCR扩增其Erns基因的cDNA,将其克隆到原核表达载体pPROEXTMHTc中,然后转化大肠杆菌DH5α,经IPTG诱导,Erns基因获得高效表达。SDS_PAGE分析显示,表达的重组融合蛋白表现分子量约为31ku。Westernblot分析表明,重组蛋白具有良好的免疫原性。重组蛋白可用于制备诊断抗原,用于标记疫苗接种和野毒感染的鉴别诊断。     

猪瘟疫苗中牛病毒性腹泻病毒2型的检测

为对上海某猪场送检的一份猪瘟疫苗进行牛病毒性腹泻病毒(BVDV)检测,本研究将猪瘟疫苗样品接种于MDBK细胞,盲传15代后仍无致细胞病变效应,但间接免疫荧光试验表明接种该疫苗后的MDBK细胞能够被单克隆抗体BZ-53(BVDV-2)识别。采用BVDV-1和BVDV-2的5’-UTR的通用检测引物和针对BVDV E2的引物,对样品RNA进行RT-PCR检测,结果显示,样品能够扩增出约288 bp的BVDV特异性片段;此外,5’-UTR和E2基因片段的测序分析结果表明分离株属于BVDV-2,并且其E2基因与牛源XJ-04株(BVDV-2)的E2基因同源性最高(92.3%),而与猪源ZM-95株(BVDV-1)的E2基因同源性较低(64.5%)。由此证明,该猪瘟疫苗中的确污染有一株BVDV-2株。     

用套式RT-PCR技术检测石蜡包埋组织中的猪瘟病毒RNA

利用套式反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,对实验性感染猪瘟病毒猪的福尔马林固定石蜡包埋组织标本中的病毒RNA进行检测,将所扩增产物点样于尼龙膜上进行Dot-blotting鉴定,扩增结果与各器官的病理组织学变化进行了比较。从攻毒对照组猪的肝脏、脾脏、肾脏、淋巴结和扁桃体中检出了猪瘟病毒RNA,未从免疫攻毒猪只的脏器中检出猪瘟病毒RNA;所有扩增产物经Dot-blotting鉴定均得到了阳性信号;病毒基因的检出率与猪瘟病毒导致的病理组织学变化程度相一致。本试验成功建立了套式RT-PCR技术检测石蜡包埋组织中的猪瘟病毒RNA方法,为猪瘟病毒的诊断和回顾性分析提供了技术手段。     

实时荧光RT-PCR快速检测猪源性食品中猪瘟病毒的研究

为快速检测食品中的猪瘟病毒(CSFV),本研究参照GenBank中登录的CSFV序列,设计引物及特异性TaqMan探针,利用实时荧光PCR技术,以质粒作为阳性标准品,建立特异、敏感、重复性好的CSFV快速定量检测方法.用本方法对几种不同猪源性食品(盐渍肠衣、鲜肉和腌肉)中的CSFV进行检测,结果显示该方法比普通RT-PCR具有更高的敏感性.本研究表明,该实时荧光RT-PCR能用于猪源性食品中的CSFV检测.为快速、准确检测动物源性食品中CSFV提供一条新途径.     

猪瘟病毒FJFQ-39株的毒力鉴定

为探索一种相对客观、稳定的方法鉴定猪瘟病毒(CSFV)FJFQ-39株的毒力.本研究采用2×103TCID50的FJFQ-39株分别肌肉接种6头敏感猪,通过RT-nPCR 检测扁桃体和血液监测动物感染情况,对动物临床症状和病理变化进行系统评分,结合体温分析,判定病毒毒力.同时用相同剂量的石门株接种4头敏感猪作对照.FJFQ-39和石门接种猪的扁桃体和血液均检测到CSFV核酸;FJFQ-39接种猪的最大临床症状评分(CS)平均值为3.53.5±1.0、病理评分(PS)平均值为3.3±0.9(低于5),平均最高体温为39.3±0.2℃(低于40℃);石门接种猪的最大CS平均值为25.5±2.1、PS平均值为29.5±2.4(大于15),平均最高体温为41.8±0.2℃(高于41.0℃).实验结果表明:猪瘟病毒FJFQ-39株和石门株均成功感染了动物;评分系统结合体温测定评价CSFV毒力是可行的;FJFQ-39 属于低毒力株,而石门属于强毒株.     

Genetic typing of classical swine fever virus

Three regions of the classical swine fever virus (CSFV) genome that have been widely sequenced were compared with respect to their ability to discriminate between isolates and to segregate viruses into genetic groups. Sequence data-sets were assembled for 55 CSFVs comprising 150 nucleotides of the 5' non-translated region, 190 nucleotides of the E2 envelope glycoprotein gene and 409 nucleotides of the NS5B polymerase gene. Phylogenetic analysis of each data-set revealed similar groups and subgroups. For closely related viruses, the more variable or larger data-sets gave better discrimination, and the most reliable classification was obtained with sequence data from the NS5B region. No evidence was found for intertypic recombination between CSFVs. A larger data-set was also analysed comprising 190 nucleotides of E2 sequence from 100 CSFVs from different parts of the world, in order to assess the extent and global distribution of CSFV diversity. Additional groups of CSFV are evident from Asia and the nomenclature of Lowings et al. (1996) [Lowings, P., Ibata, G., Needham, J., Paton, D., 1996. J. Gen. Virol. 77, 1311-1321] needs to be updated to accommodate these. A tentative assignment, adapting rather than overturning the previous nomenclature divides CSF viruses into three groups with three or four subgroups: 1.1, 1.2, 1.3; 2.1, 2.2, 2.3; 3.1, 3.2, 3.3, 3.4. The expanding data-base of CSFV sequences should improve the prospects of disease tracing in the future, and provide a basis for a standardised approach to ensure that results from different laboratories are comparable.