中草药泰山磐石散加减方对小鼠肠道微生物菌群的影响

为了解中草药泰山磐石散加减方对小鼠肠道微生物菌群的影响,本试验选取45只SPF级昆明小鼠,分为对照A组、试验B组和试验C组。试验B组和C组小鼠分别用0.86 g/mL的中草药泰山磐石散方灌胃0.3和0.4 mL,对照A组灌胃蒸馏水0.4 mL,每天灌胃2次,间隔8 h,连续7 d。第8天采集对照组和试验组小鼠直肠部位粪便样品,从每份样品中提取微生物基因组总DNA,采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示,中草药泰山磐石散对小鼠粪便中微生物α多样性指数（Chao1和Shannon）呈波动性变化,试验B和C组与对照A组的Chao1指数差异极显著（P<0.01）;通过检测小鼠对照组与试验组粪便中的微生物,在门水平上,有9大优势菌门,其中与对照A组相比,试验组肠道微生物Proteobacteria、Verrucomicrobia丰度显著降低（P<0.05）;而Saccharibacteria、Tenericutes丰度显著或极显著增加（P<0.05;P<0.01）;在科水平上,有19大优势菌科,其中与对照组相比,试验组肠道微生物Lactobacillaceae、Desulfovibrionaceae、Coriobacteriaceae、Porphyromonadaceae、Family_XIII和Bifidobacteriaceae丰度显著降低（P<0.05）;在属水平上,有18大优势菌属,其中与对照A组相比,试验B、C组肠道微生物Lactobacillus、Desulfovibrio和Enterorhabdus丰度显著降低（P<0.05）,而试验C组的肠道微生物Alloprevotella、Bacteroides、Lachnospiraceae_UCG-006和Faecalibaculum丰度显著增加（P<0.05）。本试验中草药泰山磐石散加减方能够有选择性的促进小鼠肠道内Bacteroidetes的生长,从而抑制Proteobacteria有害菌的生长,增强糖和脂肪代谢,最终通过改善肠道微生物多样性的结构,使整个肠道微生物多样性达到一个新的平衡。     

3～6月龄伊犁马肠道微生物群落多样性的研究

本试验旨在研究3~6月龄伊犁马肠道微生物群落的多样性,揭示断奶前马驹肠道菌群演替的规律,从微生物学角度为此阶段马驹生长发育及肠道健康研究提供理论依据。试验选取平均体重为(89.75±8.81)kg、出生日期相同的3月龄伊犁马5匹,进行为期90 d的饲养试验。分别在试验的第0天(即试验开始的前1天)、第30天、第60天、第90天采集马驹粪便样品,从每份样品中提取微生物基因组总DNA,采用Illumina HiSeq测序技术检测样品微生物群落多样性。结果显示:1)对5匹马驹的20份粪样进行测序,共获得有效序列数157 665条,获得平均操作分类单元(OTUs)1 117个。2)马驹粪便中微生物群落α多样性指数(ACE、Chao1、Shannon和Simpson指数)随着马驹月龄的增加呈波动性变化,但各时间点之间均无显著性变化(P0.05)。3)在门水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、螺旋体菌门(Spirochaetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、无壁菌门(Tenericutes)、放线菌门(Actinobacteria)、TM7、广古菌门(Euryarchaeota),其中以厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门及疣微菌门的丰度较高;在科水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为芽孢杆菌科(Bacillaceae)、莫拉氏菌科(Moraxellaceae)、动球菌科(Planococcaceae)、肉杆菌科(Carnobacteriaceae)、BS11、RFP12、乳杆菌科(Lactobacillaceae)、瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)、紫单胞菌科(Porphyromonadaceae);在属水平上,马驹粪便中10大优势菌分别为不动杆菌属(Acinetobacter)、德库菌属(Desemzia)、乳杆菌属(Lactobacillus)、Ureibacillus、Paludibacter、芽孢杆菌属(Bacillus)、埃希式杆菌属(Escherichia)、肉食杆菌属(Carnobacterium)、密螺旋体属(Treponema)、艰难杆菌属(Mogibacterium)。由此得出,采用Illumina HiSeq测序技术能够准确地对3~6月龄伊犁马肠道微生物群落进行分类研究;厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门是3~6月龄伊犁马肠道内的优势菌门。     

应用PCR-DGGE分析南美白对虾肠道微生物多样性

从南美白对虾肠道中提取微生物基因组总DNA,以细菌16SrRNA基因通用引物341F/534R进行V3高变异区域PCR扩增,长约200bp的PCR产物纯化后经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的特征DNA指纹图谱。通过DGGE图谱的半定量分析,发现样品的优势群落明显。结果表明,PCR-DGGE是研究水产动物肠道微生物多样性的可行方法。     

猪不同发育阶段肠道微生物菌群特征分析

为研究不同生长发育阶段猪肠道微生物菌群结构与特征的差异,本研究将50头28日龄体重8 kg左右的杜×长×大断奶仔猪随机分为5栏,分别在第60、90、120、150、180日龄饲喂前,从每栏随机挑选5头猪,每头采取100 g左右的新鲜粪样,采用16S rRNA高通量测序技术对微生物多样性进行研究。结果显示:通过菌群分类学分析发现,不同时期猪肠道微生物分布于22个门、42个纲、74个目、119个科、321个属和579个种,厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroides)、螺旋体门(Spirochaetae)为主要优势菌门,不同时期的特异菌群显著差异;对丰度值前30的肠道菌群与血液免疫抗体浓度进行相关性关联分析发现,IL-2浓度与12个菌群存在显著相关性,IL-6浓度与14个菌群存在显著相关性,IgG浓度与12个菌群存在显著相关性,IgM浓度与11个菌群存在显著相关性,IgA浓度与26个菌群存在显著相关性。综上表明,猪肠道微生物菌群结构与组成在不同生长发育阶段均存在显著差异,对猪免疫性能具有重要作用。     

日粮添加功能性纤维对妊娠母猪繁殖性能和肠道微生物的影响

文章旨在研究妊娠母猪日粮中添加功能性纤维对其繁殖性能和肠道微生物的影响,试验将200头经产妊娠母猪随机分为4组,每组5个重复,每个重复10头猪,对照组饲喂基础日粮,试验Ⅰ组、试验Ⅱ组、试验Ⅲ组分别在基础日粮中添加0.5%、1.0%、1.5%功能性纤维,试验结果显示,3个试验组母猪妊娠90 d、分娩前背膘厚均极显著低于对照组（P <0.01）;各组产活仔数、窝均断奶头数、仔猪初生窝重、断奶窝重、断奶均重显著高于对照组（P <0.05）,试验Ⅱ组产健仔数极显著高于其余组别（P <0.01）;各组妊娠晚期（110 d）粪便中各菌门相对丰度显著高于对照组（P <0.05）。试验结果表明,日粮添加功能性纤维可降低妊娠晚期母猪背膘厚,调节肠道微生物菌群,提高繁殖性能,但功能性纤维适宜添加比例仍有待进一步研究。     

泌乳期母兔乳中微生物多样性变化规律研究

本试验旨在探究泌乳期母兔乳中微生物群落组成与多样性变化。选用3胎次妊娠母兔12只,分别于泌乳第0天（分娩后0.5 h内,L0）、第3天（L3）、第7天（L7）、第21天（L21）、第35天（L35）,取母兔新鲜乳汁进行16S rDNA测序和生物学信息分析。结果显示：1) alpha多样性方面,Chao1和Observed＿species指数表现为L0、L21极显著高于L7(P<0.01),L3显著高于L7(P<0.05);Shannon指数表现为L0显著高于L7(P<0.05),L21极显著高于L3、L7(P<0.01);Simpson指数表现为L21显著高于L7(P<0.05)。2)beta多样性方面,L0、L21、L35的微生物组成相似。3）在门水平上,L7的厚壁菌门（Firmicutes）相对丰度极显著低于L0、L35(P<0.01),显著低于L21(P <0.05);L7的拟杆菌门（Bacteroidetes）相对丰度极显著低于L3、L21(P<0.01),显著低于L0(P<0.05);L7的变形菌门（Proteobacte...     

鸡肠道微生物研究进展

鸡肠道内定植着数量众多且种类丰富的微生物群落。鸡肠道微生物群不仅影响肠道发育,并且在免疫防御、生长发育、生理状态和健康方面也有重要调节作用。微生物测序技术不断发展为肠道微生物群与宿主间相互作用机制的研究提供了重要技术支撑。因此,文章就近年来有关鸡肠道微生物定植特性、影响因素、功能、调控方法及研究技术等方面进行综述,旨在为对鸡肠道微生物的功能及调控鸡营养物质吸收、生长发育、免疫防御、品种选育、新品系培育等方面的深入研究提供一定的参考数据。     

应用复合有机酸提高仔猪与母猪生产及抑制肠道中有害微生物的探讨

酸化剂应用于养猪饲料除了改善动物本身生产性能外,还具有抑制病原菌的特性,有可能取代抗生素以减轻环保的压力,就营养的观点来看,酸化剂还是猪只的热能来源。     

繁殖周期内大白猪母猪肠道菌群特征分析

为了探究繁殖周期内母猪肠道菌群的演替规律和结构特征,试验从山东省莱西市某猪场选取12头大白猪母猪为研究对象,采集其空怀期(配种前2天)、妊娠早期(妊娠第28,42,56天)、妊娠末期(妊娠第70,84,98天)、分娩期(分娩当天)及哺乳期(泌乳第7,14,21天)繁殖周期5个阶段11个时间点的新鲜粪便样本,提取粪便样本基因组DNA,采用16S rRNA高通量测序技术进行测序,分析大白猪母猪繁殖周期不同阶段肠道微生物的多样性及在门、科、属水平上的组成结构特征。结果表明：大白猪母猪繁殖周期肠道微生物在空怀期时的α多样性最低,随着妊娠的进行,α多样性逐渐上升,在妊娠末期达到最高,进入分娩期后急剧下降,但分娩期与哺乳期差异不显著(P>0.05)。空怀期、妊娠早期、妊娠末期、分娩期和哺乳期5个阶段的平均物种数量在400～800种之间,妊娠末期时的物种数量最多,且除空怀期和妊娠早期物种数量差异不显著(P>0.05)外,其余繁殖阶段间均差异显著或极显著(P<0.05或P<0.001)。母猪繁殖周期不同阶段的β多样性存在差异(P=0.001),空怀期与妊娠早期β多样性相似性最高...     

妊娠后期和泌乳期饲粮添加姜粉对母猪和哺乳仔猪抗氧化性能的影响

本试验旨在研究妊娠后期和泌乳期饲粮添加姜粉对母猪和哺乳仔猪抗氧化性能的影响。试验采用2×2析因试验设计,分2个饲养阶段(妊娠后期和泌乳期)进行,每个饲养阶段设2个姜粉添加水平(0、1.0%)。结果表明,在妊娠后期饲粮中添加姜粉,显著提高了母猪血清中超氧化物歧化酶(SOD)活性、总抗氧化能力(T-AOC)和谷胱甘肽(GSH)含量,降低了母猪血清中丙二醛(MDA)含量(P0.05);在泌乳期饲粮中添加姜粉,显著提高了母猪血清和乳中SOD活性、T-AOC和GSH含量(P0.05);而在妊娠后期和泌乳期饲粮中分别单独添加姜粉时,均显著提高了仔猪血清GSH含量(P0.05)。2个时期均添加姜粉对母猪血清、母乳和仔猪血清抗氧化效果最佳。由此可见,在妊娠后期和泌乳期饲粮中添加1.0%姜粉均能够提高母猪和哺乳仔猪的抗氧化性能,且2个阶段不存在交互作用,在妊娠后期和泌乳期同时添加时效果最好。     

饲粮中添加发酵豆粕对断奶仔猪粪便菌群多样性的影响

本试验采用高通量测序技术,研究饲粮中添加发酵豆粕对断奶仔猪粪便菌群多样性的影响。选取36日龄“杜×长×大”仔猪80头,随机分为A、B、C、D组,D组为对照组,饲喂基础饲粮;A、B、C组为试验组,分别在基础饲粮中添加5%、10%、15%的发酵豆粕。试验结束采集4组仔猪的粪便,采用Illumina MiSeq高通量测序技术对其中细菌的16SrRNA基因的V3~V4区序列进行测序。结果表明:1)菌群的平均有效序列数为47218条;在97%的相似水平下共产生了3581个操作分类单元(OTUs);共检测到12个门、21个纲、33个目、64个科、111个属和137个种。2)α多样性指数在各组间均无显著性差异(P>0.05),但B组的Shannon指数最高,菌群最丰富。β多样性分析表明,4组菌群在统计学上存在显著差异(P<0.05),分组效果较好。3)门水平的优势菌为厚壁菌门,科与属水平的优势菌分别为乳酸菌科和乳酸菌属。B组的厚壁菌门相对丰度显著高于D组(P<0.05),乳酸菌属相对丰度显著高于A、D组(P<0.05),但与C组间差异不显著(P>0.05)。4)菌群主要参与的代谢通路为糖类代谢、氨基酸代谢、能量代谢、核酸代谢、辅酶和维生素代谢。除核酸代谢外,其余4种代谢通路中,B组菌群的相对丰度最高并依次为C、A、D组。综上所述,在仔猪饲粮中添加10%的发酵豆粕,能增加肠道菌群的多样性,显著增加肠道中厚壁菌门、乳酸菌科和乳酸菌属等有益菌的相对丰度,维持肠道的健康,促进营养物质的代谢。     

应用Illumina-MiSeq高通量测序技术分析脱氧雪腐镰刀菌烯醇对小鼠肠道菌群的影响

本试验旨在研究脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)对小鼠肠道微生物多样性、物种丰度的影响。选用平均体重为20 g的BALB/c小鼠40只,随机分成对照组(灌胃灭菌生理盐水)和DON组(灌胃1.8 mg/kg BW DON),每组20个重复,每个重复1只小鼠,连续灌服28 d。试验结束后,收集新鲜粪便,每组随机选取3份,用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析微生物群落结构和组成的变化。结果表明,1)与对照组相比,DON组测序数量减少(P0.05)。2)DON组降低了Alpha、Beta多样性,Shannon指数较对照组显著降低(P0.05)。3)在门水平,与对照组相比,DON组显著降低了拟杆菌门(Bacteroidetes)和脱铁杆菌门(Deferribacteres)的物种丰度(P0.05),显著提高了变形菌门(Proteobacteria)的物种丰度(P0.05)。在属水平,与对照组相比,DON组显著降低了副类杆菌属(Parabacteroides)、理研菌属(Rikenella)、Algoriphagus、Mucispirillum、嗜甲基菌属(Methylophilus)、Francisella的物种丰度(P0.05),显著提高了梭菌属(Clostridium)、Robinsoniella、A llobaculum、A kkermansia的物种丰度(P0.05)。4)聚类分析显示,DON组与对照组的肠道微生物相似性降低。由此可见,DON能显著影响小鼠肠道微生物菌群多样性及物种丰度,提示DON致肠道损伤与这些肠道菌群的变化密切相关。     

妊娠后期和泌乳期日粮添加生姜、八角和丹参对母猪抗氧化性能和繁殖性能的影响

试验旨在研究妊娠后期和泌乳期日粮中添加生姜、八角和丹参对母猪抗氧化性能和繁殖性能的影响。试验选择胎次一致、平均体重(164.28±1.30) kg的莱芜黑猪妊娠经产母猪36头,随机分为4个处理,每个处理9个重复。对照组饲喂基础日粮,试验组在对照组的基础上分别添加10g/kg姜粉、5g/kg八角粉和10g/kg丹参粉(即Cont.组、GIN组、SA组和DS组)。结果表明,GIN组、SA组和DS组母猪血清中GSH含量、初乳中乳蛋白含量及初乳T-AOC均显著高于Cont.组(P<0.05);GIN组和DS组初乳中乳脂含量均显著高于Cont.组(P<0.05),SA组和DS组初乳中乳糖含量显著高于Cont.组(P<0.05);各处理间窝产活仔数、21 d成活率、仔猪初生窝重和21 d窝重均无显著差异(P>0.05)。综上所述,日粮中添加10g/kg生姜、5g/kg八角和10g/kg丹参可提高母猪血清和初乳的抗氧化水平,提高初乳营养价值,但对母猪繁殖性能无影响。     

Effects of Dietary Ginger Root,Star Anise and Dan-shen Root on Antioxidant Status and Reproductive Performance of Sows during Late Gestation and Lactation

The experiment was conducted to study the effects of diatary ginger root, star anise and dan-shen root on antioxidant status and reproductive performance of sows during late gestation and lactation.A total of 36 Laiwu Black pregnant sows with average weight of 164.28 kg±1.30 kg and similar parity were randomly divided into 4 treatments with 9 replicates per treatment.The control group was fed a basal diet, and the experimental groups were fed the basal diet supplemented with 10 g/kg ginger root, 5 g/kg star anise and 10 g/kg dan-shen root, respectively(ie Cont., GIN, SA, DS groups).The results showed that the concentrations of glutathione in serum and milk protein in colostrum, activity of total antioxidant capacity in colostrum of GIN, SA and DS groups were significantly higher than that of Cont.group(P<0.05).The concentration of milk fat in colostrum of GIN and DS groups were higher than that of Cont.group(P<0.05).Comparing to Cont.group, the concentration of lactose in colostrum was significantly higher(P<0.05) of SA and DS groups.All groups had similar number of born live, 21 d survival rate, birth weight of born and 21 d weight of born(P>0.05).In conclusion, dietary supplementation of 10 g/kg ginger root, 5 g/kg star anise and 10 g/kg dan-shen root could increase antioxidant status of serum and colostrum of sows, improve the nutritional value of colostrum, but had no effect on reproductive performance.     

High Throughput Sequencing to Study the Effect of Chronic Renal Failure on the Diversity and Gene Function Prediction of Gut Microbiota in Dogs

This study aimed to investigate the effect of chronic renal failure(CRF) on the gut microbiota diversity and predict the gene function of the flora. A total of 30 2-year-old dogs were selected and randomly divided into the chronic renal failure model group (CRF, established by renal artery ligation), sham operation control group (Sham) and healthy control group (HCG). All animals were fed normally during the 56 days of test period. The serum creatinine (Scr), blood urea nitrogen (BUN) and urine protein / creatinine ratio (UP/C) were detected regularly during the experiment. The effects of chronic renal failure on the structure, diversity and function of gut microbiota were analyzed according to the result of bacterial 16S rDNA sequencing from fresh feces collected without contamination. The flora markers index (FMI) was constructed based on the principal component Logistic regression analysis of different microbiota in CRF group to predict the development of chronic renal failure. The results showed that: 1) The levels of Scr, BUN and UP/C in CRF group from the start of the 28th day of the experiment were significantly higher than those of HCG group and Sham group (P<0.05), and significantly higher than that of the first day of CRF group (P<0.05). 2) Compared with those before chronic renal failure (CRF group at day 0 and 28), HCG group and Sham group, the Chao 1 diversity and Shannon diversity of gut microbiota in CRF group at day 56 were significantly lower (P<0.05), while the relative abundance of Bacteroidetes, Proteobacteria and Actinobacteria significantly increased and the number of Firmicutes significantly decreased (P<0.05). 3) LEfSe analysis showed that 20 species were enriched in CRF group, mainly including Pseudomonas, Escherichia, Proteus and so on, and most of them had negative correlation with other intestinal bacteria. Functional prediction revealed that genes of those different species were mainly enriched in amino acid metabolism, sugar biosynthesis and metabolism and carbohydrate metabolism in CRF group. The area under ROC curve (AUC) of the FMI constructed with those species enriched was 0.788, which could be used as the intestinal microbial marker for CRF in dogs. In summary, chronic renal failure can reduce the diversity of intestinal microbiota, lead to the imbalance of bacterial structure and change of bacterial function. Moreover, the enriched gut microbiota in CRF group can be used as the intestinal microbial marker of CRF in dogs, and the best prediction effect can be obtained by FMI.     

高通量测序研究慢性肾衰竭对宠物犬肠道菌群多样性的影响及基因功能预测分析

旨在通过高通量测序研究慢性肾衰竭（chronic renal failure,CRF）对宠物犬肠道菌群多样性的影响,并预测分析菌群的基因功能。本研究选取30只2岁健康犬,随机等分为慢性肾衰竭模型组（CRF,肾动脉结扎法制备）、假手术对照组（Sham）和健康对照组（HCG）,常规饲养,试验周期56 d。试验过程中,定期检测血肌酐（Scr）、血尿素氮（BUN）和尿蛋白/肌酐比（UP/C）,无菌采集新鲜粪便进行细菌16S rDNA测序,分析慢性肾衰竭对犬肠道菌群结构、多样性与功能的影响,并以CRF组差异菌群为自变量进行主成分Logistic回归分析,构建菌群标志物综合指数（FMI）用于慢性肾衰竭预测。结果显示：1）从试验后第28天开始,CRF组Scr、BUN和UP/C分别显著高于自身试验前、HCG组和Sham组（P<0.05）。2） CRF组不同时间点肠道菌群有显著差异,第56天时的Chao 1指数、Shannon指数均降低,拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形杆菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）的相对丰度增加,厚壁菌门（Firmicutes）数量减少,与0 d和28 d比较差异显著（P<0.05）,与同时间点HCB组及Sham组比较差异显著（P<0.05）。3）组间菌群LEfSe分析发现,CRF组富集了20个物种,主要包括假单胞菌属（Pseudomonas）、埃希氏菌属（Escherichia）和变形杆菌属（Proteus）等,这些物种与肠道其他菌属间多呈负相关关系;差异物种基因主要富集在氨基酸代谢、糖生物合成和代谢以及碳水化合物代谢等代谢途径。用这些差异物种构建的FMI,其ROC曲线AUC为0.788,可作为犬CRF的肠道微生物标志物。以上结果表明,慢性肾衰竭可以使犬肠道菌群多样性降低、菌群结构失调以及菌群功能改变,且CRF患犬肠道中富集的菌群可作为该病的肠道微生物标志物,以FMI预测效果最好。     

脂肪酸代谢与肠道微生物定植的相互作用

油脂作为机体三大主要营养素之一,除了为机体供给和储存能量外,也参与机体代谢调节。饮食油脂及其代谢物与肠道微生物群的关系对宿主的生理和代谢具有重要意义。脂肪酸的组成和含量会影响肠道内微生物的平衡,肠道微生物也会影响后肠短链脂肪酸的含量,从而影响机体能量供应和健康状态。本文综述了机体中肠道微生物与脂肪酸的相互作用及其机制,以期为饮食中脂肪酸种类的选择以及配比提供理论依据。