3个地理居群泥蚶核糖体DNA ITS区的RFLP分析(英文)

利用PCR-RFLP方法对3个地理居群泥蚶的核糖体DNAITS区进行分析,从分子水平探讨三者的遗传多样性及亲缘关系。结果表明:在选用的6种限制性内切酶中,BstHHI、HaeIII和Sse9I为多态性的限制性内切酶,MspI、RsaI和TaqI为单态性限制性内切酶。对酶切图谱进行数理统计后发现宁波海区泥蚶群体内核苷酸多样性指数π值为0.0017,温州海区泥蚶π值为0.0016,而莆田海区泥蚶π值为0.0011,说明宁波海区泥蚶群体内遗传多样性最大,温州海区群体内遗传多样性次之,莆田海区群体内遗传多样性最小。对所有酶切图谱的复合单倍型进行统计,共发现10种复合单倍型,其中宁波海区泥蚶群体内所含的复合单倍型类型最多为7种,其他2个海区均为6种,进一步证实宁波海区泥蚶群体内遗传多样性最大。另外,通过比较发现每个地理居群都有其特有的复合单倍型,如ABBABA型和BAABAA型复合单倍型是宁波海区泥蚶样本特有的,AAABBA型复合单倍型是莆田海区泥蚶样本特有的,温州海区泥蚶样本则具有AAACAA、BCAABA2种特有的复合单倍型。依据3个地理居群泥蚶间的净遗传距离Pnet值及聚类分析结果可知,莆田与温州海区泥蚶间亲缘关系最远(Pnet=0.0008),宁波与温州海区泥蚶间亲缘关系最近(Pnet=0.0003),宁波与莆田海区泥蚶间亲缘关系介于以上二者之间(Pnet=0.0004)。     

温州乐清湾三个泥蚶群体遗传多样性的初步研究

采用形态判别分析和RAPD分析相结合的方法,对温州乐清湾地区三个泥蚶群体:乐清湾泥蚶,福建泥蚶,和韩国泥蚶三个群体的遗传多样性进行了初步的分析。结果表明:(1)在分子水平上,乐清湾泥蚶群体与韩国群体的亲源关系最为接近,而与地理位置更为接近的福建群体亲缘关系较远。(2)根据形态判别分析,乐清湾泥蚶群体与福建泥蚶群体亲缘最近,而与韩国较远。(3)韩国泥蚶群体的遗传多样性最高,乐清湾泥蚶群体次之,福建泥蚶群体最低。三者的平均遗传杂合度和群体内的遗传距离分别为0.275 4和0.304 8,0.257 5和0.240 1,以及0.247 3和0.211 5,但总体来说,三者的遗传多样性都保持比较高的水平。(4)随机引物S.418,S.359和S.431扩增的结果有乐清湾泥蚶群体特有的条带,其可以作为区分乐清湾泥蚶与其它两种泥蚶的分子标记。     

温州乐清湾三个泥蚶群体遗传多样性的初步研究

采用形态判别分析和RAPD分析相结合的方法,对温州乐清湾地区三个泥蚶群体:乐清湾泥蚶,福建泥蚶,和韩国泥蚶三个群体的遗传多样性进行了初步的分析。结果表明:(1)在分子水平上,乐清湾泥蚶群体与韩国群体的亲源关系最为接近,而与地理位置更为接近的福建群体亲缘关系较远。(2)根据形态判别分析,乐清湾泥蚶群体与福建泥蚶群体亲缘最近,而与韩国较远。(3)韩国泥蚶群体的遗传多样性最高,乐清湾泥蚶群体次之,福建泥蚶群体最低。三者的平均遗传杂合度和群体内的遗传距离分别为0.275 4和0.304 8,0.257 5和0.240 1,以及0.247 3和0.211 5,但总体来说,三者的遗传多样性都保持比较高的水平。(4)随机引物S.418,S.359和S.431扩增的结果有乐清湾泥蚶群体特有的条带,其可以作为区分乐清湾泥蚶与其它两种泥蚶的分子标记。     

4个不同地理群体中华鳖pomc基因PCR-RFLP分析

为探讨不同地理群中华鳖的pomc基因的多态性,建立区分中华鳖不同地理群的分子遗传标记,采用PCR-RFLP的方法扩增得到4个不同地理群(太湖鳖群体、沙鳖群体、台湾鳖群体和黄河鳖群体)中华鳖的pomc基因,比较4个地理群中华鳖的pomc基因的同源性,构建遗传进化树,对其亲缘关系进行分析,并用AccⅡ、BscBⅠ、AsuⅠ和TscⅠ4种限制性内切酶对pomc基因进行酶切分析。结果显示： 4个不同地理群的中华鳖均能扩增出786 bp的pomc基因。亲缘关系分析表明：在遗传上台湾鳖和沙鳖亲缘关系较近,而太湖鳖与黄河鳖亲缘关系较近。用酶切分析pomc基因扩增产物,结果表明:用AccⅡ内切酶对4种中华鳖pomc基因进行酶切,其中沙鳖切出303 bp和483 bp 2个条带,而其他3个种属的中华鳖只有1个786 bp的条带。用BscBⅠ酶对4种中华鳖pomc基因进行酶切,其中台湾鳖和沙鳖切出351 bp和435 bp 2个条带,而其他2个种属的中华鳖只有1个786 bp的条带。用AsuⅠ酶对4种中华鳖pomc基因进行酶切,其中台湾鳖和黄河鳖切出349 bp和437 bp 2个条带,而其他2个种属的中华鳖只有1个786 bp的条带。用TscⅠ酶对中华鳖pomc基因进行酶切,其中黄河鳖和太湖鳖切出349 bp和437 bp 2个条带,而其他2个种属的中华鳖只有1个786 bp的条带。这4个限制性内切酶的联合使用分析,可使这4个地理群的中华鳖在分子水平都得到明确的鉴定。从这4个地理群的中华鳖pomc基因核苷酸序列的显著差异和酶切位点的变化,进一步证明pomc基因可以作为区分这4个不同地理群中华鳖的分子遗传标记。     

40株尖镰孢菌SRAP遗传多样性分析

[目的]明确尖镰孢菌种内遗传多样性与亲缘关系为尖镰孢菌的分类鉴定及该类病害综合防控提供理论依据。[方法]本试验利用筛选出的12对SRAP引物,对40株尖镰孢菌进行PCR扩增,用POPGENE Version 1.32软件计算遗传多样性参数,用NTSYS-pc Version 2.10s软件对供试菌株进行聚类分析与主成分分析。[结果]共扩增出125个谱带,多态性位点比例达100%,平均每对引物产生多态性条带10.4条。供试菌株的平均Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)分别为0.1 876和0.3 139。晋中地区菌株的Nei's基因多样性指数和Shannon's指数均最大(0.172,0.2876),遗传分化水平最高,多样性最丰富。地理群体间遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.3 106、1.1 098,省内3个居群间的遗传距离较其与河北居群间的遗传距离近,表明4个尖镰孢菌群体间存在一定的遗传分化,群体内遗传多样性大于群体间的多样性。地理群体间遗传距离与地理距离存在一定的相关性。聚类与主成分分析结果表明,菌株SRAP类群划分与其寄主和地理来源没有明显相关性。[结论]供试尖镰孢菌遗传分化明显,但亲缘关系相对较近。     

3个群体团头鲂mtDNA D-loop区段的限制性片断长度多态性分析

对采自于天津市蓟县、宁河县以及山西省太原市的3个人工繁殖群体共136尾团头鲂Megalobrama amblycephala的mtDNA D-loop区段进行PCR扩增,用14种核酸内切限制酶酶切后,进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析。结果表明:在14种内切酶中,9种有酶切位点;蓟县和太原两个群体(90尾鱼)中,个体间没有变异,只有一种单倍型,两群体内的单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数均为0;宁河县群体46尾鱼中存在2种单倍型,有2个个体与蓟县和太原群体的XspⅠ和MboⅠ酶切图谱不同,其单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0.0850、0.001312;宁河县群体与蓟县(或太原)群体间的核苷酸歧化距离以及Rogers遗传距离分别为0.000015和0.0435;χ2检验结果显示,3个群体间的遗传差异不显著(P>0.05)。可以认为团头鲂mtDNA D-loop区段的遗传多样性很低。     

3个地理居群泥鳅的同工酶生化遗传分析

【目的】探讨3个不同地理居群(黄河、长江、珠江流域)泥鳅群体的遗传变异特性及其亲缘关系。【方法】采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)技术和同工酶谱分析方法,检测并分析黄河、长江、珠江流域各30尾泥鳅的10种同工酶(乳酸脱氢酶(LDH)、过氧化物酶(POD)、酯酶(EST)、α-淀粉酶(α-AMY)、苹果酸脱氢酶(MDH)、葡萄糖6磷酸脱氢酶(G6PDH)、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化氢酶(CAT)、碱性磷酸酯酶(ALP)、ATP酶(ATPase))基因的多态性,并采用Nei’s数据处理方法分析泥鳅群体间的遗传变异特性和亲缘关系。【结果】在所分析的10种同工酶中,记录到30个基因座位,以其主要的等位基因频率低于0.99为标准,从泥鳅3个群体中各检测到7～9个多态基因位点,其多态位点比例为0.2333～0.3000,平均预期杂和度为0.05865～0.07629;3个地理居群泥鳅群体的遗传偏离指数均为负值;泥鳅种内遗传相似性很高,为0.9838～0.9965。【结论】泥鳅群体的遗传多样性在淡水鱼中处于较高水平,但其群体遗传结构不够合理,会对以后泥鳅种质资源的保护产生较大影响;3个地理居群泥鳅群体从分类上还属于同一个种群。     

基于SSR-PCR标记的新疆喜盐鸢尾居群遗传多样性分析

利用SSR分子标记对新疆喜盐鸢尾9个地理居群进行了遗传多样性研究。结果表明,新疆喜盐鸢尾具有较高的遗传多样性,6对引物共扩增出45个位点;物种水平上Nei’s基因多样性指数为0.294 9,Shannon多样性指数为0.467 2,种内总基因多样性为0.294 9;居群内基因多样性为0.246 8,71.58%的遗传变异存在于居群内,28.42%的遗传变异存在于居群间;居群间的遗传分化系数为0.284 2,基因流为1.259 3。UPGMA遗传距离聚类结果表明,生态地理条件相似的居群优先聚集。     

麦冬遗传多样性的RAPD分析及分子指纹图谱构建

以福建莆田、泉州、福安等地及浙江崇寿、湖北襄樊、四川三台等地34个自然居群的麦冬类植物为试材,以80 条 10 碱基随机引物进行RAPD 分析,研究百合科植物麦冬及山麦冬不同自然居群间的遗传多样性。试验筛选出15条有效引物,共扩增获得 1566条DNA多态性带,通过聚类分析,构建DNA 分子系统树图,确定了其居群及种间亲缘关系。结果表明,不同自然种群间麦冬类植物遗传差异明显,具有丰富的遗传多样性,其中野生资源比栽培类型遗传多样性更大;不同自然居群间遗传差异与地理分布联系并不紧密,而与形态差异联系较密切。     

不同地理种源大百合(Cardiocrinum giganteum)过氧化物酶同工酶分析

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳对云南哀牢山十里河、云龙县新塘乡及临沧市凤翔镇3个大百合居群39个样品的过氧化物酶(POD)同工酶进行了研究,并依据不同居群间酶带特征分析了不同地理种源大百合(Cardiocrinum giganteum)的遗传多样性.结果表明,临沧种源和云龙种源的遗传差异较小,而十里河种源和临沧种源的遗传差异较大,居群内具有丰富的遗传多样性.     

浙江彩虹明樱蛤群体的形态和遗传多样性分析

采用形态判别分析和SRAP标记相结合的方法,对浙江沿海彩虹明樱蛤8个群体尤其是乐清湾群体的形态和遗传多样性进行了分析,结果表明:(1)乐清、温岭与台州的群体具有相似的形态结构,而与宁波、舟山群体则差异较大;可以利用形态特征对乐清湾与舟山、宁波湾彩虹明樱蛤群体进行初步鉴别;(2)与舟山、宁波相比,浙江乐清湾群体遗传多样性比较高;乐清湾群体聚为一支,表明它们之间具有更高的遗传相似性。形态和SRAP研究结果一致表明,各群体在形态和遗传相似性方面基本反映了各群体的地理关系,但乐清湾养殖群体与宁波群体更为相近,乐清湾彩虹明樱蛤养殖群体可能会对乐清湾野生群体造成种质混杂。     

基于AFLP分子标记的不同类型野生桂花种群遗传结构分析

桂花Osmanthus fragrans具有极高的经济价值和观赏价值。研究野生桂花种群的遗传多样性有利于为新品种的选育以及野生桂花资源的保护提供重要的依据。利用扩增片段长度多态性(AFLP)技术对江西全南(衰退型)和福建长汀(稳定型)这2个桂花自然种群96个个体进行了遗传多样性评估。7对引物组合共检测到330个清晰位点,其中多态位点276个,占83.64%。在物种水平,桂花的Shannon多态性信息指数(I)为0.428 3,Nei’s基因多样性(He)为0.285 6,表明桂花具有丰富的遗传多样性;在种群水平,福建长汀种群的多态性指数均高于江西全南种群,表明包含不同世代、具有较好自然更新能力的长汀种群携带更丰富的遗传信息;分子方差分析(AMOVA)表明:桂花的遗传变异主要存在于种群内(71%),种群间的遗传变异只占29%;2个种群间存在一定的遗传分化(Gst=0.161 6),种群间基因流较小(Nm=2.594 9)。     

青蛤不同地理群体遗传结构差异的AFLP分析

[目的]探讨青蛤种群遗传多样性水平和遗传分化特征。[方法]采用AFLP技术对我国山东潍坊(WF)、江苏南通(NT)、浙江宁波(NB)、浙江温州(WZ)沿海共4个青蛤地理群体的遗传结构差异进行了分析。[结果]5对引物共得到261个位点,4个群体的多态位点比例平均为82.95%,其中WZ群体最高(86.97%),NT群体最低(78.93%);4个群体Nei’s基因多样性指数分别为0.258 1、0.252 6、0.271 3和0.277 6,香农多样性指数分别为0.394 7、0.383 0、0.412 0和0.421 4;群体遗传变异主要来自于群体内,占96.39%;WF和NT群体、NB和WZ群体遗传关系较近,聚类分析分别先聚在一起。[结论]研究的青蛤4个群体遗传基础较好,且尚未有明显的遗传分化。     

不同地区克氏原螯虾遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术对中国随州、济南、宁波和常熟4个地区克氏原螯虾(Procambarus clarkii)野生群体的遗传多样性进行了研究。结果表明,5对选择性引物在4个群体120个个体中,共扩增出276个位点,多态位点241个;4个群体的杂合度分别为0.200 9、0.200 9、0.228 2、0.143 7,Shannon’s指数分别为0.292 9、0.292 9、0.339 9、0.213 9,可见4个克氏原螯虾群体均具有丰富的遗传多样性。分子变异分析结果显示,39.76%的遗传变异由群体间贡献,60.24%的变异分布于群体内个体之间,遗传分化指数FST=0.397 65(P<0.01),说明4个群体存在较明显的遗传分化。利用MEGA3.0软件构建的UPGMA系统进化树显示随州、济南群体差异小,可聚为一类,宁波、常熟群体各为一类。     

不同体色翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)群体遗传结构研究

采用微卫星分子标记技术分析黄色(HS)、黑斑色(HB)、红纹色(HW) 3个不同体色翘嘴鳜群体的遗传多样性及遗传结构。3个不同体色群体平均观测杂合度在0.540～0.687之间;平均期望杂合度在0.562～0.631之间,各群体均具有较高的遗传多样性。遗传距离、相似度、遗传分化系数、聚类树分析均显示HB与HW群体间遗传关系较近。STRUCTURE群体结构分析显示,3群体被分为2个亚群,HS群体集中在亚群I,HB、HW群体集中在亚群II。30个位点中的大多数位点偏离Hardy-Weinberg平衡,应增加选育群体的有效数量,防止种质衰退。符号检验和Wilcoxon符号秩次检验中HW群体显著或极显著偏离突变-漂移平衡,需进一步扩大选育群体。总体来说,3个不同体色翘嘴鳜群体遗传多样性较高,可作为开发新体色翘嘴鳜品系的基础群体。     

福寿螺3个地理群体遗传多样性的ISSR分析

[目的]探讨我国不同地区福寿螺的遗传多样性和遗传结构。[方法]应用ISSR分子标记技术对我国江苏苏州、福建漳州、广东珠海3个不同地理群体福寿螺的遗传多样性和遗传结构进行了分析。[结果]从77个ISSR引物中筛选出3个引物对福寿螺3个群体60个样品进行扩增,得到33个清晰的扩增位点,多态位点为31个。江苏、福建和广东3个福寿螺群体的Shannon′s指数分别为0.353 6、0.424 70、.279 6,由此分析,其遗传变异主要来自于群体内个体间。福寿螺UPGMA聚类图显示,广东群体和福建群体首先聚在一起,再与江苏群体聚类。3个群体的遗传多样性处于相同水平上,且遗传多样性高低依次为福建群体>江苏群体>广东群体。[结论]3个地区福寿螺群体产生一定的遗传分化,表明福寿螺具有广适性的遗传特性。     

基于线粒体Cyt b基因的南海北部金钱鱼种群遗传结构分析

【目的】分析南海北部金钱鱼（Scatophagus argus）遗传多样性,明确其群体演化历史和分布动态,为金钱鱼养殖育种及其种质资源的合理开发利用提供科学依据。【方法】以采自福建东山（DS）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）、广西北海涠洲岛（BH）、广西钦州（QZ）、广西防城港（FC）及越南清化（TH）等南海北部的7个金钱鱼地理群体为研究对象,基于线粒体DNA细胞色素b基因（Cyt b）序列分析,利用DnaSP 5.10统计南海北部金钱鱼群体的单倍型、单倍型多样性指数（H_d）和遗传多样性指数（π）,通过邻接法（NJ）构建单倍型的系统发育进化树,以Network 4.6中的中介连接网络法构建单倍型网络图,并综合Tajima’s D检验、Fu’s Fs检验及核苷酸错配分布等方法分析金钱鱼群体的历史动态。【结果】7个金钱鱼地理群体的291条Cyt b基因序列定义为33个单倍型（Hap1~Hap33）,其中单倍型Hap1、Hap2和Hap7是南海北部金钱鱼在长期进化过程中形成的稳定优势基因型。7个金钱鱼地理群体的H_d为0.54103~0.77436,π为0.00112~0.00171,群体内遗传距离为0.00113~0.00171,遗传分化系数（F_st）为-0.01734~0.00364,基因流（Nm）为137.03888~inf。不同地理群体的单倍型均无规律地散布在单倍型系统发育进化树上,不存在与地理群体明显对应的系统分支,也未表现出明显的地理聚群分布特征。金钱鱼群体内个体间的遗传变异为100.74%,说明遗传变异全部来源于群体内个体间,即南海北部金钱鱼群体既无群体分化,也无以琼州海峡分隔的组群分化。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验结果均为显著负值,且核苷酸错配分布呈单峰分布,推测南海北部金钱鱼群体发生过群体扩张,且扩张事件约发生在3.4万年前,属于更新世晚期。【结论】南海北部7个金钱鱼地理群体的遗传多样性符合高单倍型多样性低核苷酸多样性类型,群体间遗传距离较小,亲缘关系较近,遗传分化不明显,且群体间存在频繁的基因交流,具有高度的遗传同质性,符合南海北部金钱鱼是一个随机交配种群的假设。