小麦K-CMS保持系的SRAP鉴定及遗传多样性分析

为更好地对小麦K-CMS保持系的遗传背景进行分析,筛选优良亲本,以进一步提高小麦杂交育种的效率。利用SRAP技术,对30份小麦K-CMS保持系的遗传背景进行研究,以SRAP标记在30个品种之间扩增的多态性位点数据,采用Nei和Li的方法,计算品种间的遗传距离;以2年田间试验得到的品种株高、穗长、小穗数、穗下节长、穗粒草重、穗粒数、穗粒重、旗叶长等表现型性状平均数经正态标准化后,采用欧氏距离计算品种间遗传距离,再比较分析。分析表明,82对SRAP引物揭示出多态性,多态率68.3%,获得208条多态性谱带,平均每对引物产生3.68条多态性谱带,表现出较高的多态性。基于分子标记的聚类分析结果与系谱分析结果基本一致。若以整个遗传距离的总平均数作尺度对聚类图的结果进行分类,大致可分为6类。Mantel检测表明,SRAP标记数据计算的遗传距离矩阵和表现型计算的遗传距离矩阵存在极显著的相关性0.8123(t=11.325t0.01)。SRAP标记是检测品种间遗传差异的有效方法,可为小麦K-CMS保持系种质资源遗传差异的研究提供理论依据。研究还证实,一个骨干亲本与由其衍生出来的品种(系)之间的遗传差异一般较小。     

不同类型抗虫棉品种基于RAPD的遗传多样性分析

以97014、 BR-S-10和sGK321等14份不同类型的抗虫棉花品种(系)为基础,利用RAPD分子标记技术,对这些棉花品种(系)的遗传多样性进行了研究.结果表明,从210个随机引物中筛选出21个引物能在14份抗虫棉品种(系)间扩增出稳定性较好的多态性片段,筛选的21个引物在该品种(系)群体中共扩增了137个RAPD标记,其中多态性标记57个,占总标记数的42.2%,平均每条引物扩增6.52条带.利用Jaccard遗传相似系数计算了14份抗虫棉品种(系)的RAPD数据的距离矩阵,按UPGMA方法进行聚类,发现14个品种(系)间的遗传距离在0.0351～1.056之间.聚类分析表明,14个棉花品种可分为2大类4亚类,揭示了抗虫棉花品种种质资源的多样性,大多数品种的遗传基础比较狭窄.     

SSR标记应用于烟草品种遗传多样性研究

SSR标记是进行植物遗传多样性研究的理想技术。本研究应用最近公布的烟草SSR标记分析了13个云南省烟草主栽品种的遗传多样性。对92对分布于烟草24个连锁群的SSR标记引物筛选发现20对在这些品种之间存在多态性。20个SSR位点上共检测到52个等位基因,平均每对引物等位基因数为2.6个。根据SSR标记多态性计算了不同品种之间的遗传距离（GD）,13个品种之间遗传距离介于0.0090-0.4286之间,平均距离为0.2237,说明品种间遗传差异较小。SSR标记技术将在烟草的基因标记定位及分子辅助育种中发挥重要的作用。     

芍药属组间杂交后代真实性的EST-SSR鉴定

芍药属组间杂交可改良现有芍药属种质资源,其后代真实性的分子鉴定可为高效育种提供技术支持。本实验室前期以芍药组、牡丹组植物为父母本进行组间杂交,成功获得了后代。本研究拟进一步以4个组间杂交组合中的24个植株为材料,进行EST-SSR分子标记鉴定。研究结果表明：利用7个亲本从29对芍药属引物中筛选出的11对引物在亲本中具有多态性,因此用以PCR扩增。在对PCR扩增产物进行荧光毛细管电泳分析的基础上,从24株单株中,鉴定出20株具有父(母)本特异性条带,可判定为真杂种。该结果为这些杂交后代的遗传背景提供了分子证据,所确立的EST-SSR分子标记技术可用于芍药属植物组间杂交后代的早期鉴定,以提高杂交效率。     

ISSR和EST-SSR标记在检测中国、日本和肯尼亚茶树品种遗传多样性上的比较分析

本研究利用ISSR和EST-SSR标记对中国13个、日本4个与肯尼亚5个茶树品种的遗传多样性进行分析,重点比较了ISSR和EST-SSR在多态性位点数、引物解析能力、多态性信息含量和标记系数等方面的差异。结果表明在位点检测能力上ISSR明显高于EST-SSR,每条ISSR引物可检测的平均条带数（12.5）比每对EST-SSR引物（3.1）高三倍。ISSR标记的Rp值是EST-SSR标记的6.3倍,其多态性信息含量（PIC）和标记系数（MI）也明显高于EST-SSR,这表明ISSR具较高的多态性位点检测能力和较高的标记效率。EST-SSR揭示的Nei基因多样性（H=0.28）高于ISSR（0.21）,这种差异进而会影响到遗传距离和聚类分析的结果。在检测中国、日本和肯尼亚茶树品种的遗传差异上,两种标记表现出较一致的趋势,中国茶树品种在多态性位点数量、Nei基因多样性、遗传距离上均大于日本和肯尼亚的茶树品种。研究还表明,由于EST-SSR可检测到等位位点的变异,它比ISSR可以更准确地反映和揭示供试品种的遗传多样性水平。同时由于单个EST-SSR标记检测到的位点数量较ISSR标记少,且特异性较强,谱带较易分辨,因此比ISSR标记更适用于对大量样本的分析。     

小麦矮秆种质山农11069-5矮秆基因的遗传分析及分子定位

小麦矮秆种质山农11069-5株高65 cm左右,综合农艺性状较好。本研究对山农11069-5的赤霉酸反应和矮秆性状的遗传特点进行了鉴定分析,并对其矮秆基因进行了分子标记定位。结果表明,山农11069-5的矮秆性状受一个不完全显性主效基因控制,在苗期外施赤霉酸反应不敏感;利用1980对SSR、EST-SSR引物对山农11069-5的矮秆基因进行了连锁标记分析,筛选出3个连锁标记KSUM062、Wmc89和Wmc48,它们与矮秆基因的遗传距离分别为1.1 c M、3.4 c M和4.3 c M,其中KSUM062是一个EST-SSR标记;将山农11069-5的矮秆基因定位在染色体4BS上。     

基于SSR的四川花生遗传多样性分析

[目的]研究旨在了解四川花生资源的遗传多样性及表型性状与分子标记的关联分析,为花生分子育种及资源库构建提供理论依据。[方法]鉴定分析57份不同来源花生资源材料的4个农艺性状及4个品质性状,并利用SSR标记研究57份花生材料的遗传多样性,对SSR标记与表型性状进行聚类及关联分析。[结果]表型性状鉴定结果显示花生资源的8个性状中,6个变异较大、多样性较好。67对SSR引物中,有效引物39对,获得多态性条带53条,平均每个引物扩增1.36条,平均Nei"s 基因多样性0.2288、平均Shannon"s 指数0.3695,最远遗传距离为0.51。SSR分子标记聚类分析将57份资源聚为2大类群,GLM分析发现多个与蛋白质含量、株高、含糖量的关联标记。[结论]研究结果表明,四川不同区域间花生遗传多样性较丰富,品种类型单一,聚类及关联分析结果可为四川花生突破性新品种选育的亲本选择提供提供重要参考。     

基于苎麻转录组测序的SSR序列分析及EST-SSR标记开发

为加快苎麻分子遗传学研究和分子标记辅助育种,本研究利用转录组测序技术开发苎麻EST-SSR标记,筛选到48 547条Unigene,覆盖31 Mb的片段长度,对所筛选到的Unigene进行SSR分析后,利用Primer 3.0批量设计引物,随机挑选1 214对EST-SSR引物对表型性状差异较大的8份苎麻种质资源进行PCR扩增及聚丙烯酰胺电泳检测,以期得到可利用的EST-SSR标记。结果发现,在48 547条Unigene中含有SSR的共有13 770条,共有19 964个SSR位点,平均每2.43条EST发现一个SSR、每1.55 kb含有1个SSR。在19 964个SSR位点中,主要为单、二核苷酸,占总数的83.6%,三核苷酸重复单元占14.98%,其余核苷酸重复单元占比共为1.42%;去掉单核苷酸重复单元,共设计3 579对SSR引物,从中随机选择1 214对EST-SSR引物对8份苎麻种质进行SSR引物筛选及多态性分析。1 214对引物中有216对引物表现出良好的多态性,占总引物的17.79%;扩增条带数为2～5;Shannon指数为0.233 8～1.461 5;PIC值为0.110 3～0.700 9。通过遗传相似性分析,上述8份种质遗传相似性系数为0.669 0～0.859 5,在相似系数为0.72处可将8份种质分为3类。本研究开发的EST-SSR引物可为苎麻及其近源物种遗传多样性分析,遗传图谱构建及分子标记辅助育种等研究提供帮助。     

广东割手密SSR遗传多样性分析

割手密是甘蔗近缘野生种之一,在甘蔗育种中具有重要地位和作用。本研究采用Genomic-SSR和EST-SSR两种类型分子标记对来自广东各个地区的67个割手密种质进行分析。在20对SSR引物上共检测到341个多态性条带,每个引物上的平均多态性为17.05,其中11个Genomic-SSR的平均多态性为20.82,9个EST-SSR的平均多态性为12.44。广东割手密在Genomic-SSR上的多态性显著高于EST-SSR上的多态性。MantelTest分析表明:通过Genomic-SSR、EST-SSR以及Genomic-SSR+EST-SSR三种方法所计算的试验材料的遗传距离矩阵之间都呈极显著相关(p<0.01),说明应用两种类型SSR获得的各个材料间的遗传关系具有较高的一致性。广东割手密在20对SSR引物上的遗传多样性指数介于0.1064~0.2916之间,平均多样性指数为0.1943;各个材料间的遗传距离为0.0063~0.3082之间,平均为0.1935。UPGMA聚类分析表明:广东割手密之间的遗传关系和地理来源存在一定的相关,由南向北存在较为显著的地理分化。     

7个粳稻SSR和SRAP分子标记遗传距离比较及其与产量性状杂种优势的关系

本研究选用产量性状有显著差异的7个粳稻品种,按照Griffing双列杂交方法Ⅳ配制21个杂交组合,用SSR和SRAP分子标记分析亲本遗传距离及其与粳稻产量性状杂种优势问的关系,并比较分析两种分子标记在估算遗传距离时的差别.结果表明,每对SSR引物产生1～11条多态性带,平均3.8条,而每对SRAP引物组合产生1～15条多态性带,平均5.2条.SRAP引物所扩增的条带数和多态性何点数分别是SSR引物的3.3倍和1.3倍.两种分子标记对遗传相似系数较小的品种进行聚类分析时可获得一致的结果,但对遗传相似系数较大的品种进行聚类分析时所得结果并不一致;粳稻产量性状杂种优势的表现大小因件状和杂交组合不同而异;F_1杂种产量性状的表现与亲本自身的性状特点和互补关系密切,用SSR和SRAP分子标记遗传距离难以预测粳稻杂种后代的产量表现和杂种优势强弱.     

文心兰EST-SSR标记的开发及其在遗传多样性分析中的应用

本研究基于NCBI数据库中文心兰的EST序列,对其EST-SSR标记进行分析,并设计了20对EST-SSR引物用于30个文心兰品种遗传多样性性分析研究。对3 183条文心兰EST序列进行搜索,共检索出274个SSR位点,检出率为8.61%。二核苷酸重复类型是文心兰EST-SSR的主要重复类型,占60.58%。通过PCR扩增检测到13对引物有扩增产物,其中10对引物有多态性,平均每对引物扩增到10个多态性条带,各引物的多态性比率分布为75.00%~100.00%,多态性信息含量变化范围为0.69~0.93。聚类分析发现30个文心兰品种间的遗传距离变化在0.04~0.58,且在遗传距离为0.39处可将30个文心兰品种分为7大聚类群。     

基于EST-SSR的木薯分子标记遗传连锁图谱的构建

此实验以木薯推广品种‘KU50’为母本,‘SC124’为父本通过杂交得到包含240个单株的F1分离群体,利用300对EST-SSR引物,20对SSR和20对SRAP引物组合对亲本和部分群体株系进行多态性分子标记筛选,共获得具有多态性的引物110对。在此基础上,利用这110对多态性引物对该F1群体进行分子标记的多态性分析,共获得269个多态性标记。利用JoinMap 3.0软件对这269个多态性标记进行分组和遗传图谱构建,最后获得了一张包含140个标记的木薯分子遗传连锁图谱,其中EST-SSR标记111个,SSR标记22个,SRAP标记7个;共21个连锁群,其中连锁群1和3（LG1、LG3）上的标记位点最多（15个）,LG21标记位点最少（2个）。此遗传连锁图谱的总长度为1314.775 cM,单个连锁群最长为132.904 cM（LG3）,最短为0.431 cM（LG19）,标记间平均长度9.391 cM。     

芒果EST-SSR位点分析及引物开发

本研究通过芒果转录组数据开发EST-SSR标记,以期为芒果的分子辅助育种和不同品种的资源鉴定提供有效的检测手段。利用MISA软件分析芒果叶片和果实两个组织转录组结果中得到的SSR信息,经PCR验证扩增产物,分析不同品种间的亲缘关系。对芒果组装的99 328个Unigene中,其中含有SSR的序列Unigene数目为4 877个,发生频率,即含SSR的Unigene数目/总Unigene数目(4 877/99 328)是4.91%。芒果转录组中查到SSR位点6 405个。从中随机筛选31对引物,经PCR扩增后进行6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,并选出8对引物扩增具有多态性。利用DPS数据处理软件对得到的条带数据化并进行非加权组平均法UPGMA聚类分析,构建系统发生树得到8个芒果品种间的遗传距离和亲缘关系。芒果转录组测序EST-SSR分析能够为开发EST-SSR标记提供理论依据,此标记可为芒果遗传多样性分析、遗传亲缘关系及图谱构建提供研究基础。     

高粱SSR和EST-SSR标记在割手密中的通用性分析

目前, 割手密中开发的分子标记有限, 为增加其分子标记数量, 本研究对高粱分子标记在割手密中的通用性进行分析。选用高粱的 29对基因组 SSR标记和 20对 EST-SSR标记在割手密种质 GSM39中进行筛选, 以评价其通用性。进一步利用 14份割手密材料评价标记的多态性和遗传多样性。结果显示： 70%的 EST-SSR引物在割手密中得到成功扩增, 可用的 EST-SSR引物中多态性比率占 50%。SSR引物在割手密中的通用性比率只有 34.5%, 但多态性比率为 70%。14对多态性引物在 14份割手密中共检测到33个等位基因, 平均观测等位基因数为2.4286, 平均有效等位基因数为1.7, 平均观测表观杂合度为0.544, 平均期望杂合度为 0.3858, Nei’ s基因多样性指数平均值为 0.3716。结果表明, EST-SSR引物的通用性高于 SSR引物, 但 SSR引物的多态性更高。这对割手密遗传多样性研究和比较基因组学研究具有重要意义。     

早籼稻浙106与近缘系的主要遗传鉴别方法研究

对遗传背景较为接近的不同近缘系水稻品种的鉴别是水稻育种和种业部门常常遇到的问题,本文为了明确早籼稻浙106和近缘系浙205、浙206、浙207共4个品种(系)的主要遗传差异,利用形态标记鉴别技术和SSR分子标记鉴别技术对4个品种(系)的主要农艺性状、种子形态及基因组DNA进行性状考查。结果表明:4个材料具有各自所特有的外观形态标记,但只运用形态标记很难来鉴别浙106与近缘系,从选用的32对引物中筛选出13对在品种(系)间表现明显的多态性特征的引物,SSR分子标记结合形态标记用于浙106和近缘系间的品种鉴别较为合适。     

泗棉3号理想株型的遗传及分子标记研究

构建了泗棉3号×CARMEN组合的RIL群体,研究棉花高产株型性状的遗传规律和分子机理。对该群体的株型性状进行遗传模型分析,结果表明,这些性状的最适模型都是主基因 多基因遗传模型,说明存在控制这些性状的主基因,同时,株型性状是以多基因遗传为主。用2523对SSR引物,进行双亲的多态性检测,有62对SSR引物具有多态性,产生65个稳定的多态性位点。利用复合区间作图法进行QTL检测,共检测到5个稳定可靠的株型性状的QTLs,为3个株高/果枝长度比的QTLs,以及株高、果枝长度的QTLs各1个,这些QTLs都是在2个环境中或以2个环境平均数检测到的。单标记分析,还检测到9个稳定可靠的株型性状的QTLs。检测到的QTLs和筛选到的分子标记,可以用于对株型性状的MAS。     

基于表型性状和EST-SSR分子标记的参薯种质资源遗传多样性分析

为明确中国南方8个省份收集的42份参薯栽培种的遗传背景,本研究利用表型性状和EST-SSR标记分析该种质资源群体的遗传多样性。结果表明,11个表型性状的变异系数区间为9.52%～80.95%。根据11个表型性状,对42份参薯种质资源进行聚类分析,发现这些种质资源可被分为两个主要类群。此外,利用83对EST-SSR引物共筛出56对具有多态性,共扩增到117个条带,其中102个为等位变异位点,每对引物检测出的多态性位点为1～4个,每个引物平均多态性位点为1.82个。采用NTSYS-pc 2.10对EST-SSR标记扩增位点获得的基因型数据进行分析,发现42份样品遗传相似性系数介于0.367 3～0.935 1之间,平均值为0.651 2,当遗传相似性系数为0.674 0时,可将42份样品划分为三大类。本研究结果说明中国南方参薯具有较丰富的遗传多样性,为进一步的特异种质资源的筛选提供理论依据。     

花生栽培种SSR遗传图谱的构建

花生栽培种品种间分子多态性相对缺乏, 至今未构建出较完整的分子遗传图谱。本研究以粤油13和阜95-5为亲本, 通过杂交构建包含184个F6重组自交系的遗传作图群体。采用652对genomic-SSR引物和392对EST-SSR引物对亲本进行多态性检测, 从中筛选出121对多态性引物, 在亲本中共检测到123个多态性位点。利用作图群体对多态性SSR位点进行遗传连锁分析, 获得包含108个SSR标记(102个genomic-SSR标记和6个EST-SSR标记), 涉及20个连锁群, 总长568 cM, 平均图距为6.45 cM的花生栽培种遗传图谱。与前人构建的花生野生种(A. duranensis × A. stenosperma, AA genome)SSR遗传图谱比较, 初步确定本研究构建的遗传图谱中有11个连锁群与野生种遗传图谱的6个连锁群存在同源关系。     

利用RAPD标记对彩色棉遗传多样性的分析

以新彩棉1号、2号和71份彩色棉材料为基础,利用RAPD标记对彩棉品种之间分子标记遗传差异进行研究。从240个随机引物中筛选出10个引物能在73份彩棉材料间扩增出稳定性较好的多态性片段。73份彩棉材料的欧氏遗传距离在1.00～4.79之间。按类平均距离法进行聚类分析表明,这些彩色棉材料可分为7组,品种间的遗传关系与品种自身的系谱有关,大多数品种的遗传基础比较狭窄。     

11个茶树品种遗传多样性的ISSR和TRAP比较分析

【研究目的】分析茶树种质资源的遗传多样性,比较ISSR和TRAP在茶树中的标记效率;【方法】用12个ISSR引物和18个TRAP引物组合分别对11个茶树品种的基因组DNA进行扩增;【结果】ISSR引物共产生61条带,多态性带占83．6％,遗传距离变化范围在0．231～0．707。TRAP引物共产生69条带,多态性带占79．7％,遗传距离变化范围为0．200～0．755。基于两种标记的聚类结果存在一定的差异,TRAP聚类结果能较好地体现供试品种的亲缘关系、地域特性和树型特点,与传统的基于形态特征建立的分类结果比较一致。在11个茶树品种间以及在亲缘关系比较近的黄旦、铁观音、毛蟹、白样观音4个品种间,ISSR的标记指数MI值都高于TRAP的MI值;【结论】ISSR具有更大的标记效率。也具有较高的多样性检测能力;TRAP比ISSR更适合于茶树特异种质资源和重要农艺性状的筛选。