红鳍东方 SREBP-1和 SREBP-2基因克隆及表达分析

为了研究红鳍东方 SREBP-1和 SREBP-2基因的功能及在脂肪代谢中的分子机制,从红鳍东方脂肪组织提取总 RNA,反转录获得 cDNA 模板,利用设计的引物 PCR 扩增获得 SREBP-1和 SREBP-2开放阅读框（ORF）, SREBP-1基因 ORF 区的 cDNA 序列长度为3330 bp,编码1109个氨基酸,SREBP-2基因 ORF 区的 cDNA 序列为3444 bp,编码1147个氨基酸。实时荧光定量 PCR 检测 SREBP-1基因在红鳍东方不同组织中的表达特征,结果表明, SREBP-1在脑组织中表达丰度最高,其次为眼、脂肪组织、肠、鳃、脾脏、心脏及肝脏,在肌肉中表达丰度最低。将SREBP-1连接到原核表达载体 pET32a 上,利用 IPTG 对重组质粒 pET32a-SREBP-1在大肠杆菌 Rosetta（DE3）进行诱导表达,SDS-PAGE 电泳显示在141 kDa 处有特异性的条带出现。     

红鳍东方鲀综合生态养殖模式

东方鲀俗称河鲀、延巴鱼、黑腊头,是近海暖水性鱼类。东方鲀的血液、卵巢、肝脏和消化道等内脏含有剧毒,误食会使人中毒致命,但其肌肉无毒（或含微毒）,只要将鱼的内脏彻底清除,清洗干净,煮熟煮透后就可食用,或经过盐渍干制等处理后,食用更安全。     

红鳍东方鲀幼鱼相互残食的因子研究

为了有效预防红鳍东方鲀(Takifugu rubriges)鱼互相残食现象,提高育苗成活率。本研究以红鳍东方鲀为实验对象,于2011年4-7月期间,选取全长9.8~24.9 mm的红鳍东方鲀进行试验观察。研究了密度、浑浊度、饥饿、投喂状态、规格对每种鱼苗相互残食的影响程度。试验结果表明：全长9.8~24.9 mm的红鳍东方鲀幼鱼相互残食现象很激烈,死亡主要是由头先型相互残食引起的。投喂状态、个体大小差异、放养密度、饥饿对红鳍东方鲀幼鱼的相互残食行为影响极显著,投喂不充分是导致红鳍东方鲀幼鱼发生相互残食的主要原因,当密度为4尾/L时,投喂不充分,相互残食死亡率最高为58%。     

木薯MeSnRK2-1基因克隆及表达分析

蔗糖非发酵型蛋白激酶SnRKs在植物应对非生物胁迫的过程中具有非常重要的功能。本研究利用PCR技术从木薯栽培种KU50中克隆得到一个SnRK2家族基因,命名为MeSnRK2-1,对其进行了序列比对和进化树分析,并利用荧光定量技术对该基因在多种处理下的表达模式进行分析。结果表明,该基因的开放阅读框全长为1 062 bp,编码354个氨基酸,进化树分析显示MeSnRK2-1与橡胶树和麻疯树中的同源蛋白亲缘关系较近。此外,荧光定量结果表明MeSnRK2-1在转录水平受到高盐胁迫、H2O2和低温的诱导作用的同时也受到了ABA和甘露醇的抑制作用。这些结果表明MeSnRK2-1在多种非生物胁迫下的信号转导通路中可能具有重要的功能。本研究为后续深入探索MeSnRK2-1的功能以及木薯的逆境生理提供理论和物质基础。     

红鳍东方鲀与蟹、虾、贝多品种池塘生态高效混养试验

<正>红鳍东方鲀属硬骨鱼纲、鲀形目、鲀科、东方鲀属,俗称黑艇巴、黑腊头、河豚等,其体型肥大,肉质细腻,味道鲜美,我国沿海渔民自古以来就有食用红鳍东方鲀的习惯。为探索红鳍东方鲀在我国北方池塘生态高效混养技术,近年我们进行了红鳍东方鲀与蟹、虾、贝多品种池塘生态高效混养试验,现将试验总结如下:一、试验条件1.池塘条件试验池面积2.333公顷,平均水深1.6米,底质为泥沙底,设进、排水闸门各1个,池底向排水闸倾斜,     

橡胶树HbDHAR2基因克隆及表达分析

脱氢抗坏血酸还原酶(DHAR)通过调节抗坏血酸水平在植物生长发育和抗逆过程中发挥重要作用.为明确橡胶树DHAR基因的序列特征、表达特性以及潜在的生物学功能,采用RT-PCR技术,从橡胶树中克隆了DHAR基因HbDHAR2.该基因开放阅读框为639 bp,编码212个氨基酸.预测HbDHAR2蛋白等电点为5.69,分子量...     

木薯MeCIPK1基因克隆及表达分析

CIPK蛋白是一类植物特有的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,已在多个物种中被证实参与逆境胁迫应答。本研究利用PCR技术从木薯栽培种KU50中克隆得到一个CIPK家族基因,命名为Me CIPK1,该基因的开放阅读框全长为1 137 bp,编码379个氨基酸。生物信息学分析表明Me CIPK1蛋白含有CIPK家族保守的丝氨酸/苏氨酸激酶结构域和NAF结构域,与橡胶树和麻疯树中的氨基酸序列同源性最高。利用荧光定量PCR研究Me CIPK1在多种处理下的表达模式,结果表明Me CIPK1在转录水平受到ABA、高盐胁迫、干旱胁迫和低温的抑制作用,同时受到氧化胁迫的诱导作用,故此推测Me CIPK1在木薯应答多种非生物胁迫的过程中可能会发挥重要作用。本研究结果为后期深入分析木薯Me CIPK1基因的功能提供理论基础。     

马铃薯StPR1基因克隆及表达特异性分析

为了探究病程相关蛋白(Pathogenesis related protein,PR蛋白)与马铃薯抗病的相关性,检验其在马铃薯中抗软腐病、青枯病、干腐病的能力。在前期的马铃薯抗病性研究中对PRs的17个家族基因结合转录组数据进行分析及基因的筛选,最终确定PR1为试验的研究对象。选用马铃薯大西洋品种为材料,由黑龙江省农科院提供,主要进行StPR1基因的克隆,并对其进行生物信息学分析;将真菌接骨木镰孢、燕麦镰孢以及导致软腐病和青枯病等细菌为胡萝卜软腐欧文氏菌、菊欧氏菌、胡萝卜软腐欧文氏菌马铃薯黑胫亚种、茄科雷尔氏菌接种到马铃薯块茎后进行StPR1基因表达特异性分析。结果显示,StPR1基因长度为540 bp,编码179个氨基酸,蛋白质疏水性及亲水性预测PR1蛋白序列的GRAVY值在+4～-3之间,含有亲水区及疏水区,蛋白质二级结构预测其属于混合型蛋白,蛋白质三级结构预测发现其为紧密复杂的螺旋结构,具有SCP_PR-1_like保守结构域,其与辣椒PR1基因在一个进化分支上,相似性较高。qRT-PCR结果显示,StPR1基因的表达量表现为抗真菌胁迫高于细菌胁迫,并预测其抗干腐病的能力强于抗软腐病及青枯病的能力。综上所述,当马铃薯受到外界病原菌侵害时,StPR1在马铃薯的抗病过程中发挥着重要的作用。     

文心兰OnERS1全长基因克隆及表达分析

为了了解乙烯信号受体在文心兰切花衰老中的作用,利用RACE技术克隆了文心兰乙烯受体基因OnERS1(Gen Bank登录号为KP410729)。生物信息学分析表明,OnERS1基因编码631个氨基酸,分子量为70 773.7,等电点为6.82,是跨膜蛋白,与其它植物的ETR乙烯受体蛋白的相似性在74%~99%之间,属ETR1类乙烯受体。基因表达分析结果表明,OnERS1基因在根和蕊柱中表达量最高,在叶片、侧瓣和花萼中次之,在茎和唇瓣中表达量最低;文心兰切花衰老期间OnERS1基因的表达量在第0~6 d持续增加,第6 d后突然下降,第8 d后下降到一个极低的水平。与此同时,花器官中的乙烯释放从第8 d之前缓慢上升,第8~10 d急剧升高。OnERS1基因的时空表达特异性表达说明它可能与花衰老有关。     

甘薯扩展蛋白IbEXPA2基因克隆和表达分析

扩展蛋白(Expansin)是细胞壁的重要组成成分,参与细胞壁的舒张,与植物器官生长发育密切相关。甘薯是一种块根类作物,其块根不仅是繁殖器官,也是储能器官,因此,开展甘薯块根生长膨大机理研究具有重要意义。本研究在前期转录组学研究基础上,克隆到一个可能与块根膨大相关的扩展蛋白基因IbEXPA2,并进行生物信息学和qPCR表达分析。生物信息分析表明,IbEXPA2编码253个氨基酸,包含DPBB＿1和Pollen＿allerg＿1结构域,具有一段信号肽及23个氨基酸的跨膜结构域。该基因编码的蛋白与三裂叶薯expansin-A4蛋白(登录号:XP＿031109781.1)的同源性最高,为98.03%;时空表达分析表明该基因在甘薯品种‘西瓜红’和‘桂经薯8号’块根中表达显著高于纤维根,‘西瓜红’生长的各个时期块根中表达均显著高于茎和叶,在移栽50 d时表达量最高,为对照纤维根的8.49倍;‘桂经薯8号’生长多数时期在块根中的表达也显著高于茎和叶,在移栽35 d时表达量最高,为对照的8.11倍。推测该基因参与甘薯块根生长膨大调控。     

椰子NCED2基因克隆及逆境响应表达分析

顺式-环氧类胡萝卜素双氧合酶(9-cis-epoxy carotenoids dioxygenase, NCED)是ABA生物合成间接途径的关键限速酶,在植物逆境响应中有重要作用。本研究利用RT-PCR从‘文椰2号’椰子中鉴定出NCED2基因。结果表明,CnNCED2基因长度为1 845 bp,编码614个氨基酸。其蛋白主要由α-螺旋、无规则卷曲、β-转角和延伸连构成,为亲水蛋白。在CnNCED2的启动子序列上发现了TC重复序列、MBS、LTR等与逆境密切相关的顺式作用元件,以及CGTCA模序、TGA元件、TGACG模序、ABRE等与植物激素相关的顺式作用元件。基因表达分析发现CnNCED2受低温和干旱胁迫诱导,分别在低温处理后12 h和干旱处理后6 h达到峰值,而盐胁迫处理抑制NCED2的表达。本研究分析了CnNCED2在3种逆境胁迫下的表达特征,对椰子抗性育种有一定参考作用。     

百合LdGASA1基因克隆与生物信息学及表达分析

本研究从百合小鳞茎发育不同阶段蛋白质组数据中,筛选出调控鳞茎发育的上调表达基因LdGASA1,对其进行克隆、生物信息学分析及表达分析。序列分析显示LdGASA1基因全长725 bp,编码区CDS序列为336 bp,编码111个氨基酸。结构域分析显示,LdGASA1第52至第111个氨基酸含有一个典型的GASA保守结构域。其理化性质分析显示,编码蛋白质理论等电点(pI)为9.1,不稳定系数为35.14,属于稳定的疏水性蛋白,亚细胞定位预测该蛋白最可能定位在细胞质中,其二级结构主要为无规则卷曲(65.86%)和α-螺旋(22.52%),另外含有少量延伸链(12.60)和β-折叠(9.01%)。通过RT-qPCR分析发现LdGASA1基因在小鳞茎出现前表达量相对较低,主要在小鳞茎形态建成和发育阶段表达,且在小鳞茎形态基本建成(35 d)时表达量达到最高。本研究结果为探索GASA基因调控百合生长发育的机制打下基础。     

黄瓜CsAP2基因克隆及表达模式

本研究利用同源克隆方法从黄瓜(Cucumis sativus L.)顶芽中克隆获得APETALA2 (AP2)同源基因Cs AP2的cDNA序列。序列分析表明,CsAP2基因c DNA序列的完整开放阅读框(ORF)为1 452 bp,编码483个氨基酸,其分子质量为53 359,理论等电点为5.59。多序列比对和系统进化分析表明,CsAP2位于A类基因AP2分支,包含两个保守的AP2结构域。CsAP2与甜瓜CmAP2的同源性最高,为97.7%。CsAP2定位在细胞核。实时荧光定量PCR显示,CsAP2基因在营养器官中和四轮花器官中均有表达。     

大豆GmNramp2a基因克隆及亚细胞定位和组织表达分析

为了初步研究大豆(Glycine max)天然抗性相关巨噬蛋白(natural resistance associated macrophage protein,Nramp)家族基因的功能,本研究克隆了一个大豆GmNramp成员基因GmNramp2a.生物信息学分析表明,GmNramp2a基因包含4个外显子,开放阅读框...     

北方旱地红小豆DREB2A基因克隆及表达分析

脱水响应元件结合蛋白(DREB)转录因子在植物干旱和热胁迫应激调控中具有重要功能。为提高红小豆在北方干旱缺水条件下的产量,本研究以拟南芥DREB2A基因序列为依据,从红小豆基因组数据库中鉴定出了1个DREB2A的同源基因(Vigna angularis,登录号为XP_017429189.1)。经基因表达分析,结果表明:此基因为拟南芥DREB2A的直系同源基因,编码的蛋白不具有信号肽的作用,二级结构主要以无规则卷曲为主,而且含有多种逆境性转录因子。通过物种间系统进化树分析发现,该基因与红小豆DREB2A亲缘关系近的植物是沙冬青。荧光定量PCR技术分析结果表明,在红小豆非生物胁迫的调控中红小豆DREB2A也起到重要作用。本研究为阐释红小豆抗逆分子机制提供理论基础。     

玉米ZmNACx基因克隆及表达分析

NAC转录因子在植物发育和逆境应答中具有重要的作用。本研究从玉米中克隆了一个NAC基因ZmNACx。该基因开放阅读框长900 bp,编码299个氨基酸,预测分子量约为33.539 k D,等电点为8.18。推测的氨基酸序列中含有1个高度保守的NAM结构域。亚细胞定位预测ZmNACx蛋白定位于细胞核。进化树分析发现,ZmNACx和Os NAC1分为一个分支。组织特异性表达模式分析表明在检测的所有组织中ZmNACx都有表达,在根中表达量最高,在叶中表达量最低。ZmNACx基因的表达受干旱诱导,说明玉米ZmNACx基因可能参与玉米对干旱胁迫的应答。     

牡丹PsDXS基因克隆及表达分析

为了探究PsDXS在牡丹萜烯生物合成途径中的作用,本研究以牡丹'皇冠'为材料,采用RT-PCR技术克隆PsDXS基因的cDNA序列,对其序列进行生物信息学分析,并通过qRT-PCR技术分析其在不同花期及器官中的表达模式.结果显示,该基因开放阅读框长度为2 136 bp,编码711个氨基酸;PsDXS蛋白具有Transk...     

香樟IDI基因克隆及表达分析

为了克隆香樟异戊烯基焦磷酸异构酶(isopentenyl diphosphate isomerase,IDI)基因,并进行生物信息学分析,为香樟植物萜类化合物的生物合成研究提供基础。本研究以香樟植物为试样,在转录组测序数据的基础上设计引物,应用RT-PCR技术克隆香樟IDI基因,通过实时定量PCR方法检测IDI基因在香樟根、茎和叶中表达量,利用生物信息学方法对IDI基因编码的蛋白进行表征。结果表明,香樟IDI基因长度868 bp,开放读码框(ORF)为708 bp,编码235个氨基酸,编码蛋白的分子量为27.04 kD,等电点为5.13,蛋白的二级序列结构主要为α-螺旋。经预测香樟IDI是一个定位于细胞质,不含信号肽的亲水性稳定蛋白,具有异戊烯基焦磷酸异构酶的特征结构域。系统进化树分析表明,香樟IDI与野生型马来西亚蕉的亲缘关系较近。实时定量PCR结果表明,IDI在香樟茎中的表达量高于根和叶。本研究成功从香樟中克隆了IDI基因并进行了表征分析,为深入研究香樟IDI基因在萜类合成中的功能提供帮助。     

中间锦鸡儿CiWRKY2基因克隆与表达分析

通过RACE技术从中间锦鸡儿中克隆得到一个WRKY转录因子编码基因CiWRKY2,该基因g DNA为3 224 bp,含有4个内含子;cDNA长2 032 bp,开放阅读框1 725 bp,可以编码574个氨基酸,蛋白分子量大小约为63.29 kD,等电点为7.65。系统进化分析发现,CiWRKY2与豆科植物WRKY相似度最高,属于第一类WRKY蛋白。亚细胞定位显示CiWRKY2蛋白定位于细胞核。实时荧光定量结果表明CiWRKY2主要在叶、根中表达,并且该基因转录水平的表达受到干旱、盐碱、高温、低温和ABA诱导,表明CiWRKY2基因可能在植物抗逆中起到一定作用。