“大五星”天然三倍体枇杷株系的SSR分析

利用从103对简单重复序列(SSR)引物中筛选出的62对多态性引物,对8份"大五星"天然三倍体枇杷株系和1份二倍体枇杷单株进行PCR扩增,共扩增出152个等位位点,每个位点扩增出2~3个等位基因,平均2.45个,引物多态信息量介于0.099至0.586之间,平均多态信息量为0.358.62对SSR引物将供试枇杷株系完全区别开,各株系间Dice相似系数范围为0.493~0.954,A376与A368株系之间的Dice相似系数最高,A313与A332株系之间的Dice相似系数最低.在62对引物中,CL22.Contig1,NZ02b01,Hi15h12,EJ014,CH04c06和CH01h02共6对引物能鉴定出A379,A322,A348和A332这4个"大五星"天然三倍体枇杷株系的倍性.     

云南大花香水月季居群遗传多样性的SSR分析

利用简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记技术对云南省分布的8个大花香水月季天然居群遗传性进行了分析,结果表明:所选用的12对SSR引物,共扩增出72个位点,其中多态性位点70个,占总条带数的97.22%;在物种水平上,总居群的Nei's基因多样性指数(He)和香农指数(J)分别为...     

真姬菇栽培菌株的ITS和SSR分析

采用ITS和SSR分子标记技术,对27个真姬菇菌株进行遗传分析.通过内转录间隔区(ITS)区域测定和比较分析,结果显示:供试菌株ITS序列长度为594 bp,与GenBank上登录的真姬菇菌株ITS序列相似度为99%以上,在种的水平上证明供试菌株为真姬菇.利用简单重复序列(SSR)标记技术和转移扩增技术,根据香菇、糙皮侧耳、灰盖鬼伞基因组序列设计引物,对真姬菇供试菌株基因组DNA进行扩增.从54对引物中筛选出23对能够扩增出稳定带型且菌株之间带型差异明显的SSR引物.利用23对引物对全部供试菌株进行扩增,共扩增133条条带,其中多态性条带为108条,多态性比率达到81.2%.UPGMA聚类分析结果表明:大部分常规栽培菌株和工厂化栽培菌株聚在不同组,说明两者之间的遗传背景存在明显差异.根据获得菌株的特有SSR标记分析表明:利用7对引物可以将工厂化栽培菌株区分开,其中2个工厂化栽培菌株各自具有1条特异条带,其他工厂化栽培菌株均可通过引物组合法区分开.     

基于家蚕转录组测序的SSR序列分析

本研究对家蚕中肠、脂肪体进行转录组测序,分析SSR位点的分布规律和特征.结果表明,从17915个Unigene中共检测到1339个SSR位点,分布在960个Unigene中.SSR位点的基序长度以1 bp为主,随着基序长度的增加,SSR位点数量逐渐减少,SSR位点间的距离和平均长度逐渐增加.家蚕SSR单核苷酸基序类型以...     

苦荞全基因组SSR位点挖掘及遗传多样性分析

苦荞是一种重要的杂粮作物.利用GenBank数据库中苦荞的8条染色体基因组序列进行SSR标记挖掘,并基于Primer 3.0设计SSR引物,筛选多态性高的引物进行遗传多样性评价.共检测到51 485个SSR位点,平均发生频率为114.07 Mb-1,二核苷酸重复型最多(78.20％),其次为三核苷酸重复型(17.76％...     

果梅SSR反应体系的优化

以果梅品种小叶猪肝为试材 ,研究了果梅SSR技术中PCR反应体系的主要成分对SSR扩增结果的影响 ,并比较了采用聚丙稀酰胺凝胶及琼脂糖电泳检测扩增产物多态性的差异。结果表明 :在PCR反应体系中 ,Mg2 + 的最适浓度范围为1 89～ 2 83mmol·L-1;dNTP最适浓度为 0 2 4mmol·L-1;引物的最适浓度为 0 38μmol·L-1;Taq 聚合酶在 2 6 5 μL反应体系中宜加入 1U。利用此反应体系 ,对 2 4个果梅代表品种进行了SSR反应 ,用 8%的非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳检测 ,扩增产物在 10 0～ 2 0 0bp之间 ,不同品种间DNA谱带多态性丰富。琼脂糖电泳检测的DNA多态性不如聚丙稀酰胺凝胶丰富     

基于RAD-seq技术的金银花SSR标记开发及鉴定

[目的]通过开发特异性高的多态性分子标记位点,以弥补金银花在简单重复序列(SSR)标记方面的匮乏,推动金银花在遗传资源管理及良种鉴定等方向的研究,为后续全基因组测序及组装策略奠定基础.[方法]运用RAD-seq技术对2份金银花样品进行简化基因组测序,利用MISA软件识别contig上的SSR序列并对各类型序列特征进行归...     

枇杷核基因组DNA提取方法的改良及其SSR分析

[目的]获得高质量基因组DNA,探讨并改进快速提取枇杷基因组DNA的方法。[方法]比较了3种传统的基因组DNA提取方法并对CTAB法进行改良,同时以27对适用苹果属扩增的SSR特异引物,对15种枇杷品种和2个组合的杂交后代进行PCR扩增,分析品种扩增片断多态性构建聚类关系树,统计了杂种后代等位性位点。[结果]改良CTAB法所提取的DNA具有良好的质量;27对引物15个品种中扩增出33个多态性片段,用NTYST软件进行分析聚为6类;一个杂种杂交后代扩增出32条片段,确定22个等位位点。[结论]改良CTAB适合于快速提取枇杷基因组DNA,SSR在枇杷基因组中具有多态性。     

天然四倍体红江橙与其二倍体的植株形态学和遗传组成比较

对天然四倍体红江橙与其二倍体的植株形态学和基因组遗传组成进行了比较.天然四倍体红江橙植株表现出与二倍体明显不同的植株形态特征,尤其是:生长较缓慢,树冠较小,树高与干周为二倍体的0.89和0.83倍;春梢长度仅为二倍体的0.7倍,春梢成熟叶片叶形指数减小,为二倍体的0.87倍,叶片厚度增加明显,为二倍体的1.36倍、对天然红江橙四倍体基因组遗传组成的GISH与SSR分析显示,天然四倍体红江橙是由二倍体加倍而来的同源四倍体,但又与二倍体基因组的遗传组成存在DNA水平上的变异.     

黑果枸杞基因组SSR标记开发及遗传多样性分析

【目的】开发黑果枸杞基因组SSR标记并验证其有效性,为黑果枸杞SSR分子开发应用提供依据。【方法】利用Illumina Hiseq 2500测序平台对2年生的黑果枸杞Lr-01无性系的基因组进行PE150测序,用MISA软件对获得的基因组序列进行检索与分析。在此基础上,以18份宁夏枸杞、1份中国枸杞、23份黑果枸杞和6份其他枸杞种质为供试材料,利用Primer 3.0设计SSR引物,进行SSR引物筛选和多样性验证。【结果】在黑果枸杞中共检索到2 326条Scaffolds, 含有2 494个SSR位点,每5.29 kb就有1个SSR位点,优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的59.18%,27.11%和11.75%。重复基元类型共21种,其中类型最多的为单核苷酸重复A/T,占总数的56.05%;其次为二核苷酸重复AT/AT,占总数的12.35%。从设计的SSR引物中,随机挑选合成150对引物进行PCR扩增,筛选出10对高多态性SSR引物,分析其在48份枸杞种质中遗传参数,结果共检测到186个等位基因,平均为19个;观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量平均值分别为0.615,0.834和0.817。UPGMA聚类分析结果表明,48份枸杞种质被分为2个类群,其中类型Ⅰ包括23份种质,全部为黑果枸杞;类型Ⅱ包括25份种质,主要为宁夏枸杞。分析结果显示,48份枸杞种质群体结构和群体种质资源遗传结构均可分为2个类群,与聚类分析结果基本一致。【结论】通过高通量测序技术开发黑果枸杞SSR标记是一种简单而高效途径,这些SSR标记为黑果枸杞种质资源的遗传多样性分析及遗传图谱构建等研究提供了可靠的标记选择。     

硫酸二甲酯处理豫杂一号泡桐丛枝病幼苗形态变化及其SSR分析

以豫杂一号泡桐丛枝病幼苗为材料,研究了硫酸二甲酯处理对其幼苗形态和基因组DNA的SSR扩增位点的影响.结果表明,质量浓度为15 mg·L-1的硫酸二甲酯处理3 h幼芽形成的幼苗仍呈现丛枝病幼苗症状,而质量浓度等于15 mg·L-1、处理5 h或大于25mg·L-1、处理超过3 h的幼芽形成的幼苗形态上均呈现健康状态,但...     

葡萄品种钟山红玉与钟山红杂交后代的SSR鉴定及葡萄果实性状遗传倾向分析

以母本钟山红葡萄、父本钟山红玉葡萄及其50株杂交F₁代植株为试验材料,通过简单重复序列(SSR)分子标记技术分析亲本与子代间的亲缘关系并绘制遗传关系聚类图,通过测定杂交F₁代与父母本的果实基本品质及酚类物质含量等指标,以进一步了解钟山红玉、钟山红及其杂交F₁代的遗传规律。结果表明,通过SSR分子标记技术检测,发现含有父母本特征性条带的杂交F₁代占比不低于86%,杂交F₁代与父母本的遗传相似系数为0.857～1.000,果实基本品质性状呈广泛分离的现象,符合数量性状的遗传特点。F₁代果皮中的总花色苷含量呈低于双亲遗传的特点,果肉中总类黄酮含量、原花色素含量呈超高亲遗传的特点,但是果实颜色的遗传受到多基因的调控,还需要进一步研究。     

67份枇杷属种质资源遗传多样性的SSR分析

利用从枇杷上开发的SSR引物对67份枇杷属种质资源进行了遗传多样性分析.从59对引物中筛选出17对 多态性较高且稳定的引物,17对引物共扩增出53条谱带,每对引物扩增2至6条谱带,平均扩增3.12条.供试材 料相似系数介于0.53~1.00之间,平均多态信息含量(PIC)为0.436,平均观察等位基因数为3.118,平均有效等 位基因数为2.166,平均Nei’s基因多样性为0.507,平均Shannon信息指数为0.821,平均观测杂合度为0.637,平 均期望杂合度为0.511,表明供试材料具较丰富的遗传多样性.聚类分析表明,可将67份材料分为4类,野生品种 和栽培品种在聚类结果中没有被区分开,但是绝大多数是被区分开的.栽培枇杷也没有因果肉颜色而分别聚类.此 外,对野生枇杷和栽培枇杷中部分材料的分类作了探讨.     

大五星枇杷的丰产栽培技术

大五星枇杷平均果重81g,最大194 g,是目前国内果型最大的枇杷品种,果面极其美观,果皮橙红、肉质细滑、化渣、味浓甜、口感极佳、品质上等.栽后第二年试果,早熟,4月上中旬成熟,综合性状超过早钟6号.价格高,一般市场价达16～20元/kg,市场销路好,具有产业化开发的良好前景.     

浅谈大五星枇杷的丰产栽培技术

大五星枇杷果肉柔软多汁,风味甘甜,富含人体所需的各种营养元素。常食枇杷可止咳、润肺、利尿、健胃、清热,是重要的营养果品和保健果品,越来越深受人们的喜爱。本文以兴仁县马金河小流域项目区为例,重点探讨了大五星枇杷的丰产栽培技术。     

光皮桦SSR分子标记体系的建立

采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B. platyphylla var. japonica和欧洲白桦B. pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记（SSR）反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别对影响聚合酶链式反应（PCR）反应的因素进行分析。结果表明：在20 μL反应体系中,模板DNA用量、Mg²⁺浓度、脱氧核糖核苷酸（dNTPs）浓度、引物浓度、T_aq DNA聚合酶用量分别为60 ng,1.500 mmol·L^－1,0.175 mmol·L^－1,2.500 mmol·L^－1,1.0 × 16.67 nkat时结果最好;引物退火温度比日本白桦扩增时提高1 ℃时效果佳。PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳后随机挑取其中3对引物扩增的多态性片段进行克隆测序,对引物的通用性做进一步检验,序列经比对后得到的与原物种序列相似度（max ident值）均在95.0%以上。可见,近缘种日本白桦和欧洲白桦的SSR引物可以在光皮桦上应用。图7表2参17     

新高系梨9个品种SSR 标记分析

为了有效区分和利用亲缘关系较近的新高系梨品种,利用简单序列重复（SSR）分子标记技术对新高系梨9个品种进行了多态性分析、遗传相似性和聚类分析。从12对引物中筛选出3对多态性高、分辨能力强的引物,在供试材料中共扩增出22条带,其中多态性带22条,多态性达100%;每对引物扩增出的条带数4 ～ 9条不等,平均为7.3条;且这3对引物组合可以成功地区分全部供试品种。9份材料之间遗传相似系数变化范围为0.47 ～ 0.91,平均值为0.67,揭示出它们的遗传基础相对比较狭窄。加权成组配对法（UPGMA）聚类分析结果表明,供试材料可以分为3个组和2个亚组,其中新高Pyrus pyrifolia ‘Niitaka’和黄金‘Whangkeum Bae’,大果水晶‘Sujeong’和华丰‘Huafeng’的相似系数最大,为0.91,说明其亲缘关系最近;天皇‘Yewang’和鲜黄‘Sunhwang’分别单独聚为一类,并对其结果的原因进行了初步探讨。图3表3参17     

山枇杷基因组DNA的提取及自然群体内ISSR遗传多样性分析

为探究山枇杷基因组DNA提取方法及群体内个体之间的遗传多样性,以采自福建省戴云山脉九仙山山枇杷(Garcinia multiflora)自然群体的41份叶片样品为材料,比较2种改良十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB)对其基因组DNA的提取效果,并通过简单序列重复区间—聚合酶链式反应(ISSR-PCR)扩增反应体系分析其群体内遗传多样性。结果表明,CTAB-2法通过适当提高CTAB浓度,添加聚乙烯吡咯烷酮(PVP)和酚—氯仿—异戊醇,获得的基因组DNA纯度和质量较好;筛选的11条ISSR引物共扩增85个条带,其中多态性条带61条,占71.76%;NTSYS 2.10e软件设定阈值(GS)为0.78,该山枇杷样品归为4个类群,样品遗传相似系数介于0.588-0.929,平均为0.779,说明该群体的遗传基础较宽;利用STRUCTURE 2.2软件将样品分为4个类群,结合后验概率(Q值)分布表表明部分个体之间存在较丰富的遗传信息交流。     

牡丹EST资源的SSR信息分析

首先对NCBI数据库下载获得的2204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004bp出现1个SSR.在牡丹EST-SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复.A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%.牡丹EST-SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31bp.     

有色大麦研究进展

研究不同粒色大麦品种(系)的遗传差异,为有色籽粒大麦的品种选育奠定基础。

基于大麦7条染色体上的51个简单重复序列 (simple sequence repeats,SSR)标记位点,分析25份不同粒色大麦品种(系)的遗传差异。

在25份参试品种(系)基因组中,51个SSR位点发生2~16个等位变异,PIC值变幅为0.491~0.922。品种(系)间的遗传相似系数变幅为0.569~0.872,其中wn6与wn16的遗传相似系数最小,wn16与wn17的遗传相似系数最大。聚类分析结果显示：3个黑色籽粒品系(wn-16、wn-17、wn-18)聚为第1类,3个紫黑色籽粒品种(wn-13、wn-14、wn-15)和6个蓝色籽粒品种(wn-20、wn-21、wn-22、wn-23、wn-24、wn-25)聚为第2类,5个褐色籽粒品种(wn-1、wn-2、wn-3、wn-4、wn-5)、3个黄色籽粒品种(wn-6、wn-7、wn-8)和4个紫色籽粒品种(wn-9、wn-10、wn-11、wn-12)聚为第3类。

相同粒色的大麦品种(系)具有较高的遗传相似性,wn-6与wn-16、wn-6与wn-18、wn-1与wn-24等配对品种(系)的遗传相似系数较低,可用作有色籽粒大麦品种选育的杂交亲本。