绵羊(ATAG)n四碱基微卫星位点的筛选及其在亲子鉴定中的应用

本试验旨在筛选绵羊高度多态性四碱基微卫星遗传标记,建立适用于绵羊亲子关系鉴定的实验体系。试验以小尾寒羊为主要研究对象,从已有的绵羊参考基因组序列出发,基于全基因组序列筛选法共筛选出53个（ATAG）_n四碱基重复微卫星位点,然后通过基因分型数据共筛选出30个扩增效果好、多态信息含量（PIC）丰富的四碱基重复微卫星位点;30个位点的基因分型结果表明,共扩增出253个等位基因,平均等位基因数为8.433,等位基因数均>5,多态信息含量在0.566~0.898,观测杂合度（Ho）范围在0.548~0.903,期望杂合度（He）范围在0.631~0.921,平均期望杂合度为0.776;哈代-温伯格平衡检验30个位点均处于遗传平衡状态。随后根据PCR的扩增效率从获得的30个多态性位点中筛选出22个微卫星位点用于亲权排除概率的计算,根据多态信息含量的大小由高到低依次增加位点数进行组合。结果表明,在两个亲本的基因型均未知的情况下,标记位点数为15个时,累积排除概率可达到99.99%,其中单个位点的第一非亲排除率（non-exclusion probability of the first parent,NE-1P）介于0.321~0.663之间。利用建立的亲子鉴定体系对16只具有系谱记录的小尾寒羊样本进行检测,结果共鉴定出4个具有高置信度的绵羊家系,鉴定结果与系谱记录完全一致。本试验为绵羊分子系谱的构建、亲子鉴定以及保障绵羊育种工作的正常开展奠定重要基础。     

微卫星标记BMS2508在4个山羊品种中的遗传多样性研究

微卫星DNA又称简单序列重复、短串联重复序列和简单序列长度多态性,广泛存在于真核生物基因组中.微卫星多态性是由于减数分裂过程中不等交换造成变异而产生的,具有保守性,其核心序列为2～6 bp,重复约10～20次,属于等显性遗传.自1989年在人类基因组研究发现微卫星多态性后,目前在马、牛、猪、绵羊和鸡等动物基因组中也筛选出了大量的微卫星标记,但山羊等动物中则相对较少.     

主要家畜种基因组连锁图现状和展望

对主要家畜种基因组研究中用多态遗传标记,如微卫星标记、RFLP等,制作遗传连锁图现状进行了综述。在过去近半个世纪中,家畜基因组遗传连锁图的研究随着遗传标记技术,特别是DNA 微卫星等多态标记的迅速发展,取得了很大进展。其中主要介绍了主要家畜种牛、猪、绵羊、马和家禽基因组遗传连锁图发展的现状以及将来的发展趋势。     

深县猪保种群遗传多样性简化监测方法研究

为建立深县猪种群多样性监测的简化指标体系,试验采集河北省深县猪4个世代179头猪样本,采用联合国粮农组织和国际动物遗传协会联合推荐的27个微卫星标记进行群体遗传多样性分析,对27个微卫星标记进行两阶段、多梯度抽样,并根据抽样群体和总群体的多态信息含量（PIC）值的变化确定适宜抽样微卫星位点数,再以4个世代样本进行验证。结果表明,选取8个微卫星位点时与全部位点的比较相对偏差可控制在5%以内,且以各分世代的验证比较相对偏差在10%左右,通过比较确定以S0155、S0228、SW632、S0090、CGA、S0101、S0227、SW122这8个微卫星位点构成的简化指标体系可较好地反映深县猪种群遗传多样性的变化。因此,深县猪的保种群群体遗传多样性监测可以简化为检测这8个微卫星位点,同时本研究采用的方法也可为其他保种群的遗传多样性监测方法的简化处理提供参考。     

特克塞尔羊和地方绵羊品种微卫星DNA多态性分析及群体间杂种优势预测

文章宗旨是利用5个微卫星标记分析5个绵羊品种的遗传结构变异,了解特克塞尔羊和地方绵羊品种的遗传多样性及亲缘关系,以期为种质资源合理利用和保护提供理论依据.根据5个绵羊品种在5个微卫星位点的等位基因组成及频率进行群体遗传统计分析.5个微卫星座位在5个绵羊品种中共检测到78.0个等位基因,各位点的等位基因数(Na)11.0～19.0个;5个绵羊品种平均多态信息含量(PIG)为0.615 2～0.7373,平均基因杂合度(He)为0.671 1～0.7820.特克塞尔羊与晋中绵羊的标准遗传距离(DS)为最大(1.6668),其余依次为广灵大尾羊(1.3062)、小尾寒羊(1.095 9)、乌珠穆沁羊(0.8308).表明5个微卫星座位均为高度多态位点,可作为有效遗传标记用于绵羊品种的遗传多样性及品种间遗传关系分析;5个绵羊品种在5个微卫星位点遗传变异大、多态性丰富.据DS推测,特克塞尔羊(Texel)与晋中绵羊(Jinzhong sheep)杂交可望获得较大的杂种优势,与广灵大尾羊(Guangling Large-tailed sheep)、小尾寒羊(Small-tailed Han sheep)的杂种优势次之,与乌珠穆沁羊(U jumqin sheep)杂种优势稍小.     

鲁西黄牛和渤海黑牛群体遗传多样性的RAPD分析

本研究采用RAPD分子遗传标记技术,检测了鲁西黄牛和渤海黑牛群体的遗传多样性现状,从30对10碱基的随机引物中,筛选出4对多样性丰富的引物,对鲁西牛和渤海黑牛进行了群体遗传多样性检测。共得到RAPD标记位点224个,多态性位点191个,占检测总位点数的85.27%。其中,鲁西黄牛的总位点数为109个,多态性位点为95个,占总位点数的87.16%;渤海黑牛的总位点数为115个,多态性位点数96个,占总位点数的83.48%。各个引物检测到的RAPD位点数在14-35个之间,扩增片段的大小在300bp以上。分析结果表明,鲁西牛群体的遗传多样性高于渤海黑牛群体的遗传多样性。     

利用14个微卫星标记分析新疆北疆绵羊群体遗传多样性

研究利用14个微卫星标记,对新疆北疆9个绵羊群体的遗传多样性和系统发生关系进行了分析。结果表明:14个微卫星位点在9个绵羊群体中的多态信息含量(PIC)除BM1824、OarCP20为低、中度多态外,其余12个微卫星均为高度多态。绵羊群体的平均PIC为0.711,H为0.740,No为9.2,Ne为4.760。中国美利奴羊和新疆细毛羊与其他7个绵羊群体遗传距离较远;巴什拜羊与杂交F_1代、杂交F_2代和杂交F_3代遗传距离较远;哈萨克羊、阿勒泰羊、巴什拜羊和也木勒羊遗传距离较近;各绵羊品种与其来源、育成史和地理分布一致。     

绵羊基因组研究进展

过去几年中,家畜基因组计划取得了巨大进展。已经构建了猪、鸡、牛、绵羊和马的遗传图谱,其遗传标记间距在5-20cM。这些图谱对于家畜中与重要经济性状相关的基因或遗传标记的鉴定非常重要。文章从绵羊的遗传图谱、物理图谱、重要经济性状基因及QTL定位等方面对绵羊基因组的研究进展作了简要阐述。     

云南地方绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

利用29个微卫星标记,对云南4个地方绵羊品种遗传多样性进行了检测,统计了各品种的等位基因频率,计算了遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离。结果表明,29个微卫星位点除BM1206为中度多态,BM315为低度多态外,其余位点均为高度多态,各绵羊品种PIC值都在0.8左右,有较丰富的遗传多样性。     

微卫星标记BM3413和OB2在5个绵羊群体中多态性的研究

选萨福克羊、德国美利奴羊、特克塞尔羊、乌珠穆沁羊以及右玉本地绵羊5个绵羊群体共250只,通过耳组织提取基因组DNA,用2对微卫星引物进行PCR扩增,通过电泳分型、凝胶成像系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型,计算基因频率、多态信息含量（PIC）和杂合度等,从分子水平上分析5个绵羊品种的遗传多态性。结果表明：BM3413和OB2这2个位点的等位基因数分别为7和8,多态信息含量PIC〉0.5,杂合度为0.827 1～0.846 7,均属于高度多态性位点,用于作为与生产性能相关的遗传标记是较理想的。     

微卫星标记BM3413和OB_2在5个绵羊群体中多态性的研究

选萨福克羊、德国美利奴羊、特克塞尔羊、乌珠穆沁羊以及右玉本地绵羊5个绵羊群体共250只,通过耳组织提取基因组DNA,用2对微卫星引物进行PCR扩增,通过电泳分型、凝胶成像系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型,计算基因频率、多态信息含量(PIC)和杂合度等,从分子水平上分析5个绵羊品种的遗传多态性.结果表明:BM3413和OB2这2个位点的等位基因数分别为7和8,多态信息含量PIC＞0.5,杂合度为0.827 1～0.846 7,均属于高度多态性位点,用于作为与生产性能相关的遗传标记是较理想的.     

中国美利奴(新疆军垦型)羊遗传多样性的微卫星分析

利用6个微卫星标记,采用PCR扩增,对200只中国美利奴(新疆军垦型)羊基因组DNA的遗传多样性进行了检测。统计了各位点的多态信息含量(PIC)、遗传杂合度(H)、有效等位基因数(E)和基因纯合率(Rh)等遗传指标。结果表明:除BMS772(PIC=0.2571)为中度多态外,其余微卫星位点均为高度多态;群体的平均PIC、H、E、Rh分别为0.5446、0.5684、2.5695和0.6165,此品种绵羊基因多态性和遗传多样性相对贫乏,而基因纯合率相对较高;只有BM6506位点处于哈代-温伯格平衡(P>0.05)。     

新疆13个绵羊品种及1个杂交群体遗传多样性的微卫星分析

利用7个微卫星标记对新疆13个绵羊品种和1个杂交群体的遗传多样性进行了检测。统计了各品种的等位基因组成、平均有效等位基因数(E),利用等位基因频率计算出各品种的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和品种间的遗传距离。结果表明,7个微卫星位点均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于绵羊品种之间遗传多样性和系统发生关系的分析。各品种的分子系统发生关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。     

结构基因座和微卫星标记应用于绵(山)羊群体遗传分化的比较研究

对湖羊、同羊及长江三角洲白山羊的随机样本分别进行14个结构基因座和7个微卫星标记的遗传检测,比较由两种遗传标记获得的群体基因平均杂合度(H)、多态信息含量(PIC)及群体有效等位基因数(Ne);分别根据两种类型的基因频率资料,计算3个群体间的标准遗传距离并加以比较。结果表明:由微卫星等位基因频率获得的群体基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数显著大于结构基因座获得的,但在三群体中变化趋势是一致的;由结构基因座资料计算的3个群体间标准遗传距离为0 0268～0 2487,微卫星标记资料计算的3个群体间标准遗传距离为:0 2321～1 2313,绵山羊间显著大于绵羊群体之间。提示:结构基因座和微卫星标记一致揭示3群体内的遗传变异;同羊>湖羊>长江三角洲白山羊;微卫星标记较结构基因座标记更能表达近缘种间进化趋异水平,可将FCB11、MAF33、AE101、FCB128及FCB304位点作为研究绵山羊近缘种间遗传分化的标志性位点。     

四个微卫星标记在苏钟猪中的多态性分析

微卫星标记是近年来发展起来的一种检测基因DNA多态性的新型DNA标记,因其数量多、分布广、多态性丰富及检测方便等优点而倍受推崇。本文利用四个微卫星标记分析其在苏钟猪中的遗传多样性。结果表明,四个微卫星座位在苏钟猪中均存在较高的遗传多样性,基因杂合度为0．5962～0．8823;多态信息含量为0．5146～0．8709;有效等位基因数为2．4768～8．4935。以上结果表明,本研究采用的四个微卫星标记可以作为苏钟猪的遗传多样性的标记辅助选择。     

湖羊保种群和商品群遗传多样性的微卫星分析

为了了解实施湖羊保种措施后群体遗传多样性状况,试验根据绵羊6号染色体遗传图谱和多胎FecB基因有关资料,选择位于绵羊FecB基因附近的6个微卫星位点(BMS2508、LSCV043、300U、GC101、Bulge5、471U)作为标记,分析其在湖羊保种群和普通商品群以及带有湖羊血统的中国美利奴肉用多胎品系杂交群中的遗传多样性。结果表明:6个微卫星位点均为多态性位点,在3个绵羊群体中分别检出34个、33个和29个等位基因,其中21个等位基因为3个群体所共有;平均多态信息含量分别为0.5054,0.4559,0.5329;保种群的有效等位基因数、遗传多样性和杂合度等均高于普通群,表明湖羊保种群具有较高的基因多样性。结果说明湖羊保种效果显著,但同时应加强稀有频率基因的保护。     

中国美利奴(新疆军垦型)A品系、B品系绵羊群体遗传结构研究

利用位于绵羊不同染色体的9个微卫星标记对新疆紫泥泉国家二级种羊场中国美利奴(新疆军垦型)A品系、B品系绵羊基因组DNA的遗传多样性进行了检测。统计了中国美利奴(新疆军垦型)A品系、B品系绵羊在9个位点的平均杂合度(H)、有效等位基因数(E)、9个微卫星位点的等位基因频率多态信息含量(PIC)和位点平物多态信息含量(PIC)以及中国美利奴(新疆军垦型)A品系、B品系绵羊基因座频率的抽样估计等遗传指标。研究表明:9个微卫星位点在中国美利奴(新疆军垦型)A品系、B品系中均存在遗传多态性,其中5个与产毛性状相关的位点可作为区分A、B品系的依据(5个位点为BM6438、ILSTS004、BM143、BM6516、BM1824);通过分析各品系的遗传结构和特性,如等位基因频率等,对中国美利奴绵羊的选育提高有帮助。     

牛X染色体的辐射杂交图（BTAX）

本研究构建了一个详尽的牛X染色体辐射图谱，其含有微卫星和表达基因在内的20个新标记。以5000rad处理90个杂交细胞系，构建了全基因组辐射杂交板。各个标记的保留频率范围从XIST基因的7％～8％到TGLA325基因的31．1％。在6．0 LOD分数标准下把所有位点定位在5个连锁群中，从X染色体标记分析连锁图可以看出连锁群包含重复的微卫星位点，因此，这些连锁群可以被相应定位。这张RH图和牛细胞遗传图的标记序列是一致的。因此，牛与人的比较图谱包括5个区段的基因，而且其序列是保守的(虽然其反向在带有长短臂的染色体模式图中不同)，3个区段的颠倒解释了2个X染色体全 部基因顺序的差异。     

SRY基因和MCM158、MAF45鉴定哺乳动物性别

为了研究SRY基因和Y染色体上微卫星标记对性别鉴定的影响,试验以哺乳动物为研究对象,采用多重PCR技术扩增绵羊和牛基因组中Y染色体上的2个微卫星标记和SRY基因,根据其基因型进行性别鉴定,试图通过一次DNA扩增同时提供性别鉴定和基因分型的信息。结果表明:所设计的SRY基因引物具有高度特异性,是性别鉴定的主要依据;Y染色体上的MCM158、MAF45两标记由于特异性不好而不适用于性别鉴定。     

贵州白香猪的遗传检测

选取27个微卫星位点,应用PCR技术对贵州白香猪的2个品系进行遗传质量监测。结果在所选的27个微卫星位点中,共有24个位点获得稳定的扩增结果,其中SW911位点与S0026两个位点在群体内表现为单态纯合。2个品系有效等位基因、平均多态信息含量、平均杂合度、基因纯合率和平均近交系数分别为1.8310、1.7951、0.3436、0.3249、0.4329、0.4188、52.63%、58.55%、0.5377、0.5605。结果表明微卫星标记可用于检测贵州白香猪的遗传质量,也可用于分析封闭群的遗传多态性。是一种有潜力的试验动物遗传学检测标记。