转录组测序技术在猪繁殖与呼吸综合征病毒研究中的应用

猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)能导致母猪繁殖障碍及仔猪呼吸困难等症状,严重威胁全球养猪业的健康发展。目前,PRRSV的致病机制及其与宿主的互作机理并不完全清楚。近年来,随着高通量测序技术的快速发展,转录组测序技术已被广泛应用于PRRSV的研究中,为深入解析PRRSV的致病机理及其与宿主的互作机制提供了一种全新的研究工具。作者从感染应答、蛋白功能、毒株、疫苗、抗病品种5个方面对近年来转录组测序技术在PRRSV研究中的应用进行了综述分析,对其筛选的差异表达基因(DEGs)和通路进行总结,以期为未来PRRSV转录组学研究提供参考。     

Dual RNA-seq技术及其在宿主-病原体相互作用中的研究进展

利用转录组测序技术(RNA-sequencing, RNA-seq)进行转录组分析是了解病原体入侵宿主分子变化的重要工具,在同时分析病原体与宿主转录组时,RNA-seq技术需要分别构建病原体及宿主的cDNA文库,再将其各自映射到病原体及宿主参考基因组中,而互作转录组测序技术(Dual RNA-seq)无需分离两物种,只需构建一个转录组文库,便能同时对两个(或多个)研究对象进行测序和分析,可以直观地揭示病原体和宿主相互作用过程中转录组学动态变化,因此Dual RNA-seq技术被广泛应用到人类疾病和生物感染模型的相互作用研究中。为了解Dual RNA-seq技术及其在宿主-病原体相互作用研究中的前景,就Dual RNA-seq技术概述以及近年来该技术在原核生物、真核生物以及病毒研究中的应用现状及发展前景进行综述。Dual RNA-seq技术可为病原体与宿主相互作用的研究提供新视角,有助于更好地识别和理解感染过程中病原体和宿主的转录组学变化,从而揭示潜在的新靶点或生物标记物。     

非洲猪瘟病毒与宿主细胞相互作用研究进展

非洲猪瘟(ASF)自2018年8月在我国暴发,对养猪业构成巨大威胁.该病是由非洲猪瘟病毒(ASFV)引起的家养猪高热、急性和高死亡率的出血症和淋巴组织坏死症;认识和了解病原ASFV与宿主的相互作用是理解致病机制的基础和疫病防控的前提.本文对ASFV与宿主细胞受体和内体系统的互作、基因转录和蛋白合成系统的互作、细胞凋亡和内质网应激系统的互作、天然免疫干扰素应答系统的互作、抗原递呈细胞的互作五个方面现有研究进展进行综述;并试图在此基础上理解ASFV的免疫保护和免疫逃逸作用,思考ASFV与宿主互作中需要回答的问题,为研制保护性疫苗和深入认识ASF致病机制提供线索.     

鸡对马立克氏病病毒免疫应答的转录组和蛋白质组研究

近年来兴起的病毒基因组或部分目的基因以及蛋白表达分析技术,为人们更好地认识宿主对马立克氏病病毒(MDV)的免疫应答机制提供了有利帮助。本文主要综述了从转录组学和蛋白质组学开展的有关MDV致病机理、宿主对MDV反应、MD遗传抗性或易感性以及疫苗诱导的免疫反应等方面的最新研究进展,并讨论了应用miRNA以及RNAi技术对基因、蛋白和信号通路在MDV与宿主相互作用中发挥重要作用的效应单位进行功能分析。     

鸡对马立克氏病病毒免疫应答的录组和蛋白质组研究

近年来兴起的病毒基因组或部分目的基因以及蛋白表达分析技术,为人们更好地认识宿主对马立克氏病病毒(MDV)的免疫应答机制提供了有利帮助.本文主要综述了从转录组学和蛋白质组学开展的有关MDV致病机理、宿主对MDV反应、MD遗传抗性或易感性以及疫苗诱导的免疫反应等方面的最新研究进展,并讨论了应用miRNA以及RNAi技术对基因、蛋白和信号通路在MDV与宿主相互作用中发挥重要作用的效应单位进行功能分析.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒感染对宿主细胞信号转导通路影响的研究进展

猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)是猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome, PRRS)的病原,能够引起猪的繁殖障碍和呼吸系统疾病,目前尚未完全了解其致病机制。近年来,人们对于PRRSV感染后引起的相关信号通路变化进行了深入研究,许多信号通路传导机制不断被阐释,但仍缺乏系统性的探究,通过对PRRSV感染宿主后引起的相关信号通路变化研究做综述总结,以期为PRRSV研究提供新的思路。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒致病机制及防制研究进展

猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)属动脉炎病毒科,动脉炎病毒属,感染猪可引起猪繁殖与呼吸障碍综合征,是一种严重危害养猪业的病毒.本文综述了近年来PRRSV与宿主细胞间关系及其致病机制方面的研究进展,并对预防猪繁殖与呼吸综合征的几种疫苗的研制及特点进行了比较分析,为今后猪繁殖与呼吸综合征的控制提供参考.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒N蛋白与核糖体蛋白S20相互作用对病毒复制的影响

旨在筛选并鉴定与猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)核衣壳蛋白(N蛋白)相互作用的宿主蛋白。本试验通过构建猪肺酵母cDNA文库、酵母双杂交、免疫共沉淀、激光共聚焦、过表达和干扰试验等手段,筛选与N蛋白互作的宿主蛋白并研究其对PRRSV复制的影响。结果显示：N蛋白和核糖体蛋白S20(RPS20)在酵母细胞内发生互作,免疫共沉淀和激光共聚焦试验进一步确定N蛋白和RPS20蛋白互作并共定位于细胞质中。过表达和干扰试验证实RPS20能够影响HP-PRRSV在细胞内的增殖。本研究丰富了PRRSV与宿主因子互作的网络,为进一步研究RPS20蛋白在PRRSV感染过程中的生物学功能奠定了基础。     

转录组测序技术在鹅产业相关研究中的应用

鹅是一种重要的经济动物,其肉中蛋白质含量很高,脂肪含量很低,被贵州省列为重点发展的绿色健康食品之一。随着转录组测序技术的发展,应用转录组学解析鹅的繁殖性能、肉质与生长性状、宿主与病原的关系、皮肤毛囊等的分子调控机制,成为近年来研究的热点。通过研究鹅遗传资源,解析其分子调控机制,进而对鹅进行育种工作,推动鹅产业发展。笔者对近年来鹅相关的研究进行综述,旨在为后续研究提供参考资料。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒入侵宿主细胞途径研究进展

病毒入侵宿主细胞是其完成自身复制周期的首要步骤。全面解析病毒入侵宿主细胞途径可深入揭示病毒感染及其致病机制,有助于制定更为有效的抗病毒策略。猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)是具有囊膜的单股正链RNA病毒,对全球养猪业造成巨大的经济损失。以往研究报道PRRSV主要通过网格蛋白介导的内吞途径(CME)入侵宿主细胞。近年来研究发现,除CME外,PRRSV还会采取其他途径入侵宿主细胞。本文通过总结PRRSV入侵宿主细胞途径的最新研究进展,以期加深人们对PRRSV的认识,并为防控该病毒提供新的思路。     

单细胞转录组测序技术及其在动物繁殖中的应用进展

动物繁殖在动物种群发展和生命进化的过程中起到群落延续、物种演化、进化变异等至关重要的作用。繁殖是各种生殖细胞的动态变化和互作效应的结果,对生殖细胞动态变化机制进行解析是了解动物繁殖过程的基础。单细胞转录组测序技术在群体细胞中以单细胞维度深入解读信息,逐步成为解读细胞类群异质性、关键基因筛选、相关通路表达、细胞互作等具有复杂性、多样性、动态性的生物学问题的首要选择。目前,单细胞转录组测序技术已经开始从动物生殖细胞的角度对动物繁殖的相关机制进行更深入的探究,以此进一步研究动物繁殖的相关过程。因此,本文主要对单细胞转录组测序技术的相关内容以及其在动物繁殖中的相关应用进行总结。     

A型流感病毒与宿主互作的研究进展

为成功建立感染并在宿主体内进行高效复制和扩散,流感病毒需要与宿主蛋白进行紧密的互作。因此,鉴定与流感病毒生命周期密切相关的宿主蛋白,对阐明流感病毒的致病机理以及发现新的抗病毒靶点非常关键。随着后基因组时代研究技术的不断更新,尤其是高通量生物技术以及生物信息学技术的迅猛发展,加速了对流感病毒与宿主相互作用的深入了解。而用系统生物学手段来分析病毒与宿主的相互作用也为了解流感病毒感染宿主的潜在机制提供基础。文章在简要介绍目前研究病原与宿主相互作用相关技术的基础上,系统地论述了当前流感病毒与宿主相互作用的研究进展,并提出未来研究流感病毒与宿主相互作用可能的发展方向。     

PRRSV非结构蛋白抑制宿主先天性免疫的分子机制

自20世纪80年代被发现以来,猪繁殖和呼吸障碍综合征(PRRS)给全球养猪业带来了巨大的经济损失,PRRS的防控也成为了世界性难题。先天性免疫系统在宿主抵抗病毒感染的过程中发挥着重要作用,然而猪繁殖和呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)采取了多种策略干扰了该系统中的信号转导通路,引起了宿主明显的免疫抑制现象。总结了PRRSV利用其非结构蛋白(Nsp1、Nsp2、Nsp4、Nsp11)逃逸宿主先天免疫的机制,介绍了PRRSV致病、引起免疫抑制的机理,以期为PRRSV的防控及新型疫苗与药物的研发提供新的思路和方法。     

lncRNA在顶复门原虫感染中的作用机制

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是一种核酸长度>200 nt、不编码或具有有限编码能力的RNA,早期一直被认为是遗传暗物质,但伴随分子生物学技术的进步,越来越多的lncRNAs被发掘。研究表明,lncRNA作为基因表达的关键调控因子,能在组蛋白修饰、转录调控和转录后调控等方面影响基因表达,几乎参与所有的细胞生物学过程。顶复门原虫是一类专性胞内寄生虫,入侵机制复杂,对顶复门原虫与宿主的互作研究已成为新型抗虫药物的研发基础。近年来研究发现,lncRNA作为一类新型调控因子广泛参与到顶复门原虫与宿主细胞相互作用中,包括感染免疫、发育分化和信号传导等细胞生物学过程,既可帮助宿主抵御寄生虫入侵,也可协助寄生虫在胞内增殖发育,对疾病的发生发展具有重要的调控作用。笔者通过对lncRNA的生物学分类及其在细胞生理过程中的主要功能进行概述,综合近年来lncRNA在以弓形虫、疟原虫和隐孢子虫为主要代表的顶复门原虫的相关研究,系统梳理了lncRNA在宿主免疫反应、寄生虫发育分化和表观遗传调控等方面的作用机制,以期为顶复门原虫致病机理研究及高效防控技术研发提供新的思...     

新型鹅细小病毒感染鸭的肝、胸腺、回肠转录组差异表达分析

旨在探究新型鹅细小病毒(novel goose parvovirus,NGPV)与宿主细胞相互作用的分子致病机制.本研究采用转录组测序技术对感染NGPV SD株14 d雏鸭的肝、胸腺和回肠进行分析.结果 显示:感染组回肠上调基因有78个,下调基因有31个;感染组胸腺上调基因有111个,下调基因有78个;感染组肝中上调基...     

猪繁殖与呼吸综合征病毒致病机制及防治研究进展

猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）属动脉炎病毒科,动脉炎病毒属,感染猪可引起猪繁殖与呼吸障碍综合征,是一种危害严重的病毒。本文综述了近年来PRRSV与宿主细胞间关系及其致病机制方面的研究进展,并对预防猪繁殖与呼吸综合征的几种疫苗的研制及特点进行了比较分析,为今后猪繁殖与呼吸综合征的控制提供参考。     

牛支原体脂质相关膜蛋白诱导胎牛肺细胞差异表达的转录组学研究

为阐明牛支原体(Mycoplasma bovis,M.bovis)脂质相关膜蛋白(LAMPs)诱导胎牛肺(EBL)细胞的免疫应答机制,本研究采用转录组测序(RNA-seq)技术结合生物信息学方法分析M.bovis LAMPs诱导EBL细胞产生的差异表达基因。本实验首先分别构建LAMPs诱导组与对照组EBL细胞的c DNA文库并对其进行高通量测序,利用MAS3.0软件对差异表达基因进行筛选,结果显示共筛选得到706个差异表达基因,其中上调和下调差异基因分别为364个和342个;GO注释显示,差异表达基因编码蛋白主要与细胞黏附、免疫应答以及细胞增殖等相关;利用荧光定量PCR对部分差异表达基因(PIM2、F2RL1以及PTPN2)的表达情况进行验证,结果与RNA-seq测序结果相符。本研究为进一步阐述M.bovis的致病机制及宿主的免疫应答机制提供依据。     

转录组测序在林草植物抗逆性研究中的应用

生物和非生物胁迫对农作物产量和生态环境造成极大的威胁,林草植物对外界环境具有较强的适应能力,因此挖掘林草植物抗逆基因,分析其抗逆机制已经成为当下的研究趋势。随着科学技术的发展,利用生物测序技术研究植物抗逆的分子机制已成为当今植物逆境生理和分子生物学研究的一个重大课题,其中转录组测序(RNA-seq)研究是揭示植物抗逆机理以及筛选抗逆基因的主要研究技术。以Roche/454、Illumina/Solexa和ABI/SOLID为代表的二代测序技术(NGS)发展迅速,相较于传统测序手段具有成本低、测序时间短、高通量等优点,已被广泛应用于全基因组、RNA-seq和miRNA测序等研究。因此,RNA-seq技术可加快林草植物抗逆机制的研究和抗逆基因资源的挖掘,从而为农作物、优良林草植物抗逆性遗传改良和新品种培育奠定基础。本研究详细介绍了近年来NGS技术在林草植物应对病虫害、高温、冷害、盐、干旱以及土地贫瘠等方面的转录组学的研究进展,最后针对转录组测序的发展趋势和应用前景进行了展望。     

PRRSV感染仔猪腹股沟淋巴结组织病理学观察及转录组分析

为探究猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)感染仔猪导致的腹股沟淋巴结的组织病理学变化及致病机制，对PRRSV感染仔猪腹股沟淋巴结进行组织病理学观察及转录组分析。结果显示，PRRSV感染仔猪腹股沟淋巴结肿胀出血，镜检观察可见淋巴组织结构模糊，淋巴细胞减少，出血；淋巴小结数量减少，界限不清，生发中心大量淋巴细胞坏死。基于Illumina测序平台，运用RNA-seq技术进行建库测序和生物信息分析，发现TLR8、CCL5、CCL8、IFNG、IRF5、TNFSF13B等炎性因子差异性表达，Toll样受体通路、NF-κB信号通路、TNF信号通路等通路被激活，提示这些细胞因子及信号通路参与PRRSV感染引起的淋巴结炎的病理变化过程。