贵州省畜禽源葡萄球菌和链球菌快速鉴定双重PCR方法的建立及应用

为建立一种可准确、快速鉴定畜禽临床病例常见病原葡萄球菌和链球菌的双重PCR方法,本试验选取葡萄球菌的nuc基因和链球菌的EF-TU基因保守片段分别设计合成了1对特异性引物,构建可同时快速鉴别葡萄球菌和链球菌的双重PCR体系,并进行反应条件优化,筛选出最佳引物浓度和退火温度;应用该方法对其他73株革兰氏阳性临床分离细菌进行检测,评价该方法的特异性;将培养的葡萄球菌和链球菌倍比稀释计数后鉴定检测方法的敏感性;应用该检测方法对贵州省部分畜禽葡萄球菌和链球菌临床分离样本进行检测。结果显示,所建立的方法最佳引物添加量均为1μL,最佳退火温度为56℃;其他73株供试菌株检测结果均无扩增条带出现,所建双重PCR方法具有较好的特异性;敏感性试验结果显示,葡萄球菌和链球菌敏感度分别达1.50 ng/μL和1.44 pg/μL;临床样本复检结果显示,73株临床分离细菌中葡萄球菌40株(54.79%)、链球菌33株(45.21%),与传统细菌分离鉴定方法的符合率为97.26%。本试验建立了一种特异、敏感和快速鉴定贵州省畜禽葡萄球菌和链球菌病原的双重PCR方法,为临床病例快速诊断及流行病学调查提供了有效技术。     

快速鉴定猪链球菌和马链球菌兽疫亚种双重PCR方法的建立

本试验旨在建立一种快速、特异、敏感的双重PCR鉴定猪链球菌和马链球菌兽疫亚种病原检测方法。根据猪链球菌GDH蛋白和马链球菌类 M 蛋白的基因保守区分别设计引物,优化了该双重PCR检测方法的引物浓度及比例,并筛选了其最佳退火温度;用该双重PCR反应体系以其他几株阴性菌株为对照,检测了该反应体系的特异性。以新鲜培养的猪链球菌倍比稀释后进行菌落计数,对该检测方法的敏感性进行了鉴定。M-like和GDH引物的加入量均为1 μL(20 pmol/L),最佳退火温度为52.3℃;该双重PCR反应体系有较高敏感性,检测马链球菌兽疫亚种和猪链球菌的敏感度分别达100和10 CFU;特异性试验结果显示,常见的5种病原菌在该双重PCR体系中无特异性条带出现;临床应用该方法分离鉴定了1株猪链球菌和2株马链球菌兽疫亚种。本试验建立了一种能同时检测猪链球菌和马链球菌兽疫亚种的双重PCR方法,且该方法应用快速、特异且敏感。     

罗非鱼链球菌双重荧光PCR方法的建立及临床应用

为构建一种无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)和海豚链球菌(Streptococcus iniae)的双重荧光PCR检测方法,根据筛选的海豚链球菌LysR基因和无乳链球菌Sip基因设计特异性引物和探针,优化反应浓度和退火温度,建立标准曲线,分析方法的敏感性、特异性和重复性,最后进行方法的初步应用。结果显示：当无乳链球菌引物和探针浓度分别为0.20和0.16μmol/L,海豚链球菌引物和探针浓度分别为0.20和0.32μmol/L,且退火温度为53℃时,建立的双重荧光PCR方法荧光曲线标准,线性关系线良好,有较高的扩增反应效率;无乳链球菌和海豚链球菌最低检测限分别为29.6和10.7 CFU/mL,与猪链球菌2型(Streptococcus suis serotype 2)和其他8种常见的水生动物疫病病原体无交叉反应,重复变异系数均小于2%;临床样品及人工污染样品检测结果与细菌分离鉴定方法符合率为100%。结果表明,本研究建立的罗非鱼链球菌双重荧光PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可同时对无乳链球菌和海豚链球菌进行检测,为罗非鱼链球菌病的临床诊断和研究...     

猪性别鉴定双重PCR方法的建立

哺乳动物的后代性别选择往往引起社会的关注。在畜牧业养殖生产中，公母畜个体在生长速度及生产价值等方面存在差异，人们往往希望后代是雌性，以满足经济要求，因此早期性别鉴定技术十分关键。有性精液技术在后代性别选择方面具有较高的准确性和可重复性，但目前对含X、Y精子的鉴定方法尚不十分准确。为快速鉴别猪的性别，研究建立了一种可靠、准确、简便的猪DNA样品双重PCR性别鉴定的方法。首先从NCBI获得了猪X性染色体特异性遗传基因A激酶锚定蛋白4(AKAP4)和Y染色体特异性遗传基因性别决定基因（SRY）的序列，设计双重PCR引物，测试引物的特异性扩增产物；之后对双重PCR扩增条件进行升级优化以获得最佳的反应条件，确定了反应的灵敏度；最后对20个猪DNA样品进行了盲检，性别鉴定结果均正确，准确率高、灵敏度高。实验获得的双重PCR方法为今后猪生产中性别鉴定提供了基础数据。     

快速鉴定猪肉和牛肉多重PCR方法的建立及初步应用

建立了快速有效地鉴定猪肉和牛肉的多重PCR方法.根据GenBankTM登陆的猪和牛的线粒体基因序列设计特异性引物,通过PCR条件优化建立起多重PCR方法,并评价该方法的敏感性和特异性.结果表明,该多重PCR方法能特异性扩增到目的大小的牛和猪线粒体基因片段:该方法不能扩增羊、鸡、狗等8种常见动物线粒体基因组片段;该方法最...     

链球菌、金黄色葡萄球菌、沙门菌和大肠杆菌多重PCR检测方法的建立及应用

根据NCBI上已收录的链球菌ef-tu基因、金黄色葡萄球菌nuc基因、沙门菌hut基因和大肠杆菌23SrRNA基因的序列,设计并合成4对特异性引物,通过优化多重PCR的反应条件,建立了能够同时检测4种细菌混合感染的多重PCR诊断方法。特异性分析结果表明,应用该方法可以从链球菌、金黄色葡萄球菌、沙门菌和大肠杆菌以及4种细菌的混合物中扩增出4条大小分别为197、278、495和652bp的特异性条带,其他对照组的检测结果均为阴性;敏感性分析表明,该方法对4种病原菌基因组DNA的检出量分别为链球菌25.6pg、金黄色葡萄球菌33.2pg、沙门菌35.7pg、大肠杆菌52.1pg;人工模拟感染样本检测表明,该方法能从混合感染的病料中特异地检测出4种病原菌。本试验建立的多重PCR方法具有特异性强,敏感度高,稳定性好的特点,可以有效的检测链球菌、金黄色葡萄球菌、沙门菌和大肠杆菌的混合感染。     

2型鲤疱疹病毒双重PCR快速检测方法的建立及应用

为建立快速检测2型鲤疱疹病毒(CyHV-2)的方法,本研究针对CyHV-2三联体蛋白基因的两段保守序列设计特异性引物,建立了CyHV-2双重PCR检测方法,并对反应条件进行优化,扩增的目的片段分别为218 bp和369 bp。特异性试验显示仅CyHV-2扩增出特异性片段,其它病毒均呈阴性;灵敏性试验表明该方法最低可以检测到3×102拷贝/μL的病毒量。对2012年~2013年采集自江苏、湖北、江西、宁夏等地的鲫鱼(Carassius auratus)样品进行检测,结果表明,该方法检测样品的阳性率为87%。以上结果表明建立的双重PCR方法具有良好的特异性和敏感性,可以用于CyHV-2的快速检测和病原流行病学调查。     

FRRSV和PCV-2双重PCR检测方法的建立及应用

根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)美洲型标准株(ATCCVR-2332)的ORF7保守序列和猪圆环病毒2型(PCV-2)(AF381175)的ORF2基因保守序列,设计合成了两对特异性引物。用这两对引物,通过优化的PCR条件,对PRRSV阳性毒株反转录后的cDNA模板和PCV-2毒株的DNA模板进行双重PCR扩增,同时得到两条与试验设计相符的432bp(PRRSV)和630bp(PCV-2)特异性条带,建立了同时检测PRRSV和PCV-2的双重PCR方法。并用此方法对在安徽省不同地区所采集的72头份病猪的淋巴结、肺、肝、脾、肾等组织进行检测,证明建立的PCR方法可用于临床诊断。     

双重实时荧光PCR快速检测猪链球菌2型方法的建立及应用

根据GenBank上公布的MRP与CPS2J的开放性阅读框保守序列,运用BEACON Desigener 2.0软件设计和合成了2对引物和其相应的荧光探针,优化各个反应物的浓度和实时荧光PCR循环程序,建立从组织中直接检测2型链球菌主要毒力因子MRP与CPS2J的实时荧光PCR方法.双重实时荧光PCR检测2型猪链球菌方法能够从病料中直接检测2型猪链球菌并可以检测出该菌的主要毒力基因MRP,运用该方法可以最低检测到24CFU/mL 2型猪链球菌,并且与其他血清型链球菌和其他病原菌无交叉反应.特异性良好.通过对8个样品在3个不同时间的检测.结果显示该方法的稳定性和重复性均很好.     

牛乳中无乳链球菌PCR快速检测方法的建立

目前,国内外对无乳链球菌的检测方法已有一定的研究基础,但多数是基于无乳链球菌rRNA操纵元件16S～23S rDNA间隔区序列而建立的方法.以表面免疫相关蛋白(surface immunogenic protein,SIP)基因为检测序列的PCR方法尚未见报道.     

牛乳中无乳链球菌PCR快速检测方法的建立

根据GenBank公布的的SIP基因序列,设计一对特异性引物,通过对PCR方法的优化,建立了牛无乳链球菌性乳房炎的快速PCR检测方法。用建立的PCR检测方法对患牛乳中无乳链球菌总DNA进行扩增．获得大小为945bp的DNA片段。特异性试验表明,停乳链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠杆菌DNA均未扩出条带;敏感性试验表明,该对引物能够检测到的最低DNA浓度为1．25ng;重复试验表明该方法具有良好的重复性和稳定性。     

猪源粪肠球菌和屎肠球菌多重PCR快速鉴定方法的建立

粪肠球菌和屎肠球菌是引起猪感染发病的优势肠球菌种,以肠球菌的16S rRNA基因设计属特异性引物,利用SodA基因多态性设计种特异性引物,同时优化反应条件,建立了能同时测定猪源粪肠球菌和屎肠球菌多重PCR方法。通过特异性和敏感性分析,该方法能扩增出肠球菌属特异性片段及粪肠球菌和屎肠球菌种特异性片段;对粪肠球菌敏感性为0...     

猪源粪肠球菌和屎肠球菌多重PCR快速鉴定方法的建立

粪肠球菌和屎肠球菌是引起猪感染发病的优势肠球菌种,以肠球菌的16 S rRNA基因设计属特异性引物,利用SodA基因多态性设计种特异性引物,同时优化反应条件,建立了能同时测定猪源粪肠球菌和屎肠球菌多重PCR方法。通过对来源于猪的临床菌株、粪便菌株和鲜猪肉菌株进行测定,均能成功扩增出属特异性片段和种特异性片段。经过与快速生化鉴定试剂盒(Vitek-32)和16 S rRNA测序方法比较,多重PCR与16 S rRNA测序方法对猪的临床菌株、粪便菌株和鲜猪肉菌株的鉴定符合率100%;与Vitek-32鉴定符合率为62.3%,其中,与分离于感染猪的临床菌株符合率仅有46.7%,特别是感染猪的屎肠球菌,符合率仅为22.3%。     

PCR鉴定牛肉方法的建立及初步应用

依据牛１．７０９卫星ＤＮＡ序列设计了１对引物，建立了ＰＣＲ鉴定生、熟牛肉的方法。应用本方法特异地扩增出预期的牛２１８ｂｐＤＮＡ片段，其检测敏感度对生牛肉达３３．６ｆｇＤＮＡ，对熟牛肉和高压牛肉为０．３２ｐｇ。运用该引物均可扩增出水牛、牦牛、奶牛、黄牛肉单一的相同大小的ＤＮＡ条带，而对马、山羊、绵羊、骆驼、鹿、猪等１５种动物肉的ＤＮＡ扩增则呈阴性。扩增片段经ＨａｅⅢ酶切分析确认，所得１２９、７９、１０ｂｐ片段与微机分析结果一致。利用本法对１０３份生、熟牛肉及其制品进行鉴定，检出率为１００％。对各种样品检测，均可在６ｈ内完成。     

Real-time PCR和常规PCR方法快速鉴定肉骨粉中的牛源性成份

疯牛病是一种严重危害动物和人类健康的疾病,其病原朊病毒可以通过食物链进行传播,因此建立准确的检测牛源性成份的方法非常重要.我们采用常规PCR和Real-time PCR中的TaqMan技术建立了快速鉴定牛源性成份的方法,使用Chelex-100提取肉骨粉中的DNA,过程简单可靠仅需要20min左右.对不同含量的牛肉骨粉进行检测,常规PCR能够检测到的最低含量是0.001%,而Real-time PCR对相同的样品进行检测所得到的灵敏度更高,最高可达到0.0001%,两种PCR方法的鉴定过程都非常简单快速,各需要2 h左右.这两种方法可以根据各实验室的不同条件作为肉骨粉鉴别的常规检测方法.     

双重PCR检测奶牛隐性乳房炎大肠杆菌与无乳链球菌方法的建立及应用

为快速检测奶牛隐性乳房炎主要致病菌大肠杆菌和无乳链球菌,分别针对2种致病菌16S-23S rRNA和16S rRNA基因设计2对特异性引物,优化并确立双重PCR反应体系。特异性检测表明,对其他对照菌株未扩增出目的条带;敏感性试验表明,该双重PCR对大肠杆菌、无乳链球菌的最小检测浓度分别为10~2、10~3cfu/mL。同时采用双重PCR与细菌学检查法对送检的96份奶样进行检测,结果双重PCR检出63份大肠杆菌阳性、54份链球菌阳性;细菌学方法检出29份大肠杆菌阳性、37份链球菌阳性。说明本研究建立的双重PCR方法敏感、快速,可用于检测大肠杆菌和无乳链球菌引起的奶牛隐性乳房炎。     

禽类链球菌PCR检测方法的建立

为了建立快速、有效的鉴别禽类链球菌诊断方法,根据禽类链球菌16S rRNA基因的保守区域设计特异性引物,建立了检测禽类链球菌PCR方法.结果表明,针对16S rRNA基因为引物建立的PCR方法能准确的检测禽类链球菌,通过特异性和灵敏度试验表明,该方法具有快速、特异、实用等优点,可作为禽类链球菌鉴别诊断的有效手段.     

犬细小病毒和犬冠状病毒双重PCR方法的建立及应用

根据GenBank中犬细小病毒(CPV)和犬冠状病毒(CCV)基因序列各设计了一对引物,经试验条件的优化,建立了检测CPV的PCR方法和CCV的RT-PCR方法,扩增目的片段大小分别为337 bp和852 bp.在此基础上建立了检测CPV和CCV双重PCR方法.该双重PCR方法能特异的扩增CPV和CCV,且分别扩增出1...     

微卫星引物PCR快速鉴定兔皮肤病原真菌方法的建立及应用

本研究旨在借助微卫星引物PCR和聚类分析软件,建立一种快速准确鉴定兔皮肤病原真菌的分子生物学方法.本试验以寡核苷酸重复序列(GACA)4为引物,首先对3种常见兔皮肤病原真菌(须癣毛癣菌、犬小孢子菌和石膏样小孢子菌)标准菌株的DNA进行扩增,然后用NTSYS-pc2.10软件分析其DNA指纹的多态性,并根据其多态性的差异进行鉴定分析.最后,用上述方法对临床上的分离株进行鉴定分析,并与传统的形态学鉴定方法进行比较.结果表明,3种不同的兔皮肤病原真菌均呈现不同的DNA指纹,且条带差异明显;聚类分析图显示,同种病原真菌的DNA指纹有很高的相似性(90％～100％);该方法对分离株的鉴定结果与形态学鉴定结果一致.可见,通过微卫星引物PCR结合聚类分析软件可以准确、快速地鉴定兔皮肤病原真菌.     

多重PCR检测奶牛乳腺炎金黄色葡萄球菌、无乳链球菌、停乳链球菌和酵母菌方法的建立与应用

参照GenBank发表的序列，在金黄色葡萄球菌、无乳链球菌和停乳链球菌16SrRNA与23SrRNA之间的区域设计了3对引物，参照念珠菌和隐球菌的18SrRNA的序列设计1对引物，建立了检测金黄色葡萄球菌、无乳链球菌、停乳链球菌和酵母真菌4种乳腺炎主要致病菌的多重PCR方法。参照Skladny的方法制备模拟了细菌感染l临床标本。结果表明：本试验建立的多重PCR方法具有较好的特异性，多重PCR方法检测乳样中的金黄色葡萄球菌的细菌最小浓度为10^4CFU／mL，检测无乳链球菌、停乳链球菌和酵母真菌的细菌最小浓度分别为10^4CFU／mL、10^3CFU／mL和10^3CFU／mL。通过对采自临床型乳腺炎（46个）和隐性乳腺炎（167个）动物共计213个乳样分别用传统细菌学培养法和多重PCR方法进行检测，多重PCR对金黄色葡萄球菌和酵母真菌的检测具有更高的检出率（P〈0．01），但该方法对无乳链球菌和停乳链球菌的检出率与培养法差异不显著（P〉0．05）。