热应激条件下荷斯坦奶牛后段肠道差异微生物分析

本试验旨在分析热应激条件下，热应激耐受奶牛和热应激易感奶牛后段肠道菌群组成的差异，寻找与热应激相关的后段肠道微生物，为利用饲养管理和遗传选择等手段提高奶牛耐热能力提供理论依据。选择体况相近且健康的1胎中国荷斯坦泌奶牛19头，利用奶牛夏季上午直肠温度（MRT）和下午直肠温度（ART）差值（RTD）将其分为热应激易感组（H组，10头）和热应激耐受组（L组，9头）。采用Illumina PE250测序平台测定两组个体粪便中细菌16S rDNA V3~V4区序列，利用生物信息学方法筛选两组个体的差异微生物。结果表明：①L组的Shannon指数和Chao1指数高于H组，但组间差异不显著（P>0.05）。②在门水平，两组个体的厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和变形菌门（Proteobacteria）的相对丰度之和均占总菌的95%以上；在属水平，L组中YRC22和普雷沃氏菌属（Prevotella）的相对丰度显著高于H组（P<0.05），且YRC22、Prevotella的相对丰度与ART、RTD、呼吸评分（RS）、直肠温度极值（RTR）及流涎评分（DS）等5项热应激相关指标均呈负相关关系。③与热应激相关的6项指标（MRT、ART、RTD、RS、DS、RTR）中，RS、DS和MRT在冗余分析（RDA）结果中R2较大，表明这3项指标与奶牛后段肠道微生物菌群相关程度较大。综上所述，热应激影响奶牛后段肠道菌群结构，Prevotella是热应激相关的后段肠道微生物。     

基于16S rRNA测序探究杜洛克猪饲料利用率与肠道菌群的关系

为探究杜洛克猪饲料利用率与肠道菌群的关系,本研究计算了91头杜洛克公猪30～100 kg的校正饲料转化率(FCR),选择FCR数值最高和最低各10头猪分别作为HFCR组和LFCR组,采用微生物16S rRNA基因测序技术分析两组间肠道微生物多样性、组成与结构差异,并对差异微生物功能进行预测。结果显示:两组间肠道微生物在总体Alpha多样性指标上无显著性差异,但在微生物组成上存在多个显著差异的菌属;Fimicutes和Bacteroidetes为杜洛克猪的优势菌门,Prevotella、norank_f_Ruminococcaceae和Lactobacillus是主要的优势菌属;在门水平上,HFCR组WPS-2的丰度显著高于LFCR组;在属水平上,HFCR组个体中unclassified_f_Ruminococcaceae、unclassified_o_Bacteroidales、norank_p_WPS-2和rc4-4的丰度显著高于LFCR组,Collinsella、norank_f_Enterobacteriaceae、Staphylococcus、1-68和norank_o__Streptophyta的丰度显著低于LFCR组。KEGG分析发现,LFCR组和HFCR组肠道菌群基因主要富集在Amino sugar and nucleotide sugar metabolism、Purine metabolism、Glycolysis/Gluconeogenesis和Pyrimidine metabolism等功能通路,但在两组间并无显著差异。本研究结果为利用肠道微生物提高猪的饲料利用率提供了一定的参考和数据基础。     

不同纤维来源饲粮和细胞壁降解酶对猪肠道微生物菌群多样性的影响

本试验旨在利用末端限制性片段长度多态性技术研究不同纤维来源饲粮和细胞壁降解酶对猪肠道微生物菌群多样性及其组成结构的影响。试验选用8头平均体重为(35.0±2.5)kg的"杜×长×大"三元杂交生长猪,统一安装回肠末端T型瘘管,随机分为4组,每组2个重复。试验分4期,每期每组猪按4×4拉丁方设计饲喂小麦麸、小麦麸加酶、大豆皮和大豆皮加酶4种试验饲粮之一。每期预试期15 d,正试期6 d。试验结果表明:1)大豆皮饲粮组猪回肠食糜微生物的多样性显著高于小麦麸饲粮组(P0.05)。2)小麦麸饲粮组显著提高猪回肠食糜中普氏菌属(Prevotella)和乳酸杆菌属(Lactobacillus)的丰度(P0.05),而大豆皮饲粮组则显著提高猪回肠食糜中瘤胃球菌属(Ruminococcus)及粪便中拟杆菌属(Bacteroides)、毛螺菌属(Lachnospira)的丰度(P0.05)。3)添加细胞壁降解酶显著提高各饲粮组猪回肠食糜中Lachnospira、真细菌属(Eubacterium)及粪便中Lachnospira的丰度(P0.05),但也同时降低了回肠食糜中Lactobacillus、Prevotella及粪便中Lactobacillus、Bacteroides和克雷伯氏菌属(Klebsiella)的丰度(P0.05)。综上所述,纤维饲粮可显著提高猪肠道内非淀粉多糖降解菌的丰度,而细胞壁降解酶则可选择性改变肠道微生物菌群的多样性及其组成。     

冷应激对雏鸡肠道微生物的影响研究进展

肠道微生物通过影响肠道形态、营养、肠道疾病的发病机制和免疫反应,对保持机体健康有重要作用。冷应激是雏鸡阶段面临的一大挑战,雏鸡在受到冷应激后表现下痢、精神萎靡等症状,严重降低育雏的成活率。造成雏鸡下痢的主要原因是雏鸡机体发生免疫抑制;肠道菌群失衡,大肠杆菌、沙门菌及产气荚膜梭菌等肠道等有害菌群丰度增加,有益菌丰度降低;菌群发生移位,沙门菌属在结肠之前的远端回肠至盲肠之间。在雏鸡日粮中添加益生元、植物提取物、酸化剂等饲料添加剂能促进肠道有益菌的增殖,预防和缓解冷应激造成的影响,改善肠道健康。冷应激对雏鸡影响的相关机制研究和饲料添加剂促进肠道有益菌增殖的机制还需进行深入研究。     

不同年龄大熊猫肠道菌群及其酶活特征分析

旨在探究年龄对大熊猫个体肠道微生态的影响。本研究采集大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)(J_1(亚成年大熊猫个体)、J_2(成年大熊猫个体)、J_3(老年大熊猫个体))的新鲜粪便,基于16S rRNA基因技术,测定不同年龄的大熊猫个体肠道细菌组成,分析其物理和化学特征及酶活特异性,利用冗余分析(redundant analysis,RDA)分析大熊猫肠道微生物菌群丰度与其环境因子之间的关系。结果表明:在门水平上,变形菌门的相对丰度随着年龄的增加而升高,厚壁菌门的相对丰度随着年龄的增加而降低;在属水平上,链球菌属的相对丰度随着年龄的增加而降低;淀粉酶和纤维素酶的酶活力在J_2肠道最高,淀粉酶活力在J_3肠道最低,纤维素酶活力在J_1肠道最低,蛋白酶活力在J_1肠道最高,在J_3肠道最低;厚壁菌门和拟杆菌门的相对丰度均与淀粉酶活力和还原糖含量呈正相关,变形菌门的相对丰度与还原糖含量和氨基酸含量呈负相关。研究表明,不同年龄大熊猫个体的肠道微生物菌群的表现特征不同,其肠道细菌优势菌的相对丰度与其消化酶等环境因子存在相关性;建议需对亚成年大熊猫加强饮食和生活环境管理,并可以通过添加益生菌等方式加强对老年大熊猫肠道健康的管理。     

16S rRNA测序揭示猪日增重与肠道微生物的关系

为了探讨杜洛克公猪肠道微生物菌群与日增重的关系,根据91头杜洛克公猪平均日增重的高低,选择极端高低组各10头分为低组(LADG)和高组(HADG),收集粪便,利用16S rRNA测序分析LADG和HADG 2组猪的粪便微生物多样性和组成,并对其功能进行预测。结果:2组的alpha多样性差异不显著(P0.05);杜洛克猪的2个优势菌门是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),优势菌属是普氏菌属(Prevotella)和乳酸菌属(Lactobacillus);LADG组中螺旋体门(Spirochaetes)、软壁菌门(Tenericutes)、WPS-2和疣微菌门(Verrucomicrobi)4个菌群的丰度要显著高于HADG组(P0.05),HADG组中的巨球型菌(Megasphaere)、粪杆菌属(Faecalibacterium)和韦荣氏菌(unclassified_f_Veilionellacece)3个菌群的丰度显著高于LADG组;HADG组中的微生物在疾病代谢通路,如嘌呤代谢和核黄素代谢高度富集,LADG组微生物在分泌系统等通路高度富集。试验结果提示:HADG组可能有较高的代谢水平,LADG组的分泌系统可能更发达。本研究丰富了杜洛克猪的早期选种的理论依据,并为理解早期宿主与微生物的相互作用提供了帮助。     

不同耐热性中国荷斯坦奶牛产奶量差异分析

本研究通过评定热应激条件下奶牛呼吸评分和流涎指数,将中国荷斯坦泌乳奶牛划分为热应激耐受组(2 271头)和热应激易感组(2 024头),利用固定效应模型和混合效应模型考虑场、胎次和泌乳阶段等因素,比较热应激期奶牛直肠温度差异及奶牛在不同时期的产奶性能差异。结果表明,热应激耐受组奶牛直肠温度显著低于热应激易感组(P0.05);在非热应激期(5月),热应激耐受奶牛与热应激易感奶牛的平均日产奶量接近,热应激耐受奶牛的较低(低0.68kg),但差异不显著(P0.05);在热应激期(7~8月),两组奶牛产奶量均有下降,热应激耐受组奶牛平均日产奶量下降幅度(与5月相比)低于热应激易感组,尤其是在热应激最严重的8月(下降幅度分别为18.06%与23.01%)。以上试验结果表明,热应激环境下通过呼吸评分与流涎指数可有效判断奶牛的耐热性。本试验结果可为奶牛热应激反应评价及奶牛养殖过程中通过量化奶牛热应激反应,及时采取措施降低热应激的损失提供一定理论依据。     

饲料中添加植物乳杆菌对细鳞鲑生长及肠道菌群多样性的影响

本试验旨在研究饲料中添加植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)对细鳞鲑生长及肠道菌群多样性的影响。以基础饲料为对照组,在基础饲料中添加1×106CFU/g植物乳杆菌为试验组,每组3个重复,每个重复25尾平均体重5～8 g的细鳞鲑,在室内养殖56 d后,取中后肠段内容物及其黏膜,提取微生物DNA,采用高通量测序技术检测肠道菌群多样性。结果显示:与对照组相比,饲料中添加植物乳杆菌可显著增加细鳞鲑的特定生长率(P0.05)。α多样性分析显示试验组肠道菌群多样性(Shannon指数、Simpson指数)和丰富度(Ace指数、Chao指数)均较对照组显著降低(P0.05)。β多样性分析发现试验组和对照组肠道菌群分群明显。在门水平上,试验组肠道菌群中厚壁菌门(Firmicutes)的丰度达96.03%,而对照组主要由几个丰度较大的菌门组成,分别为厚壁菌门(23. 79%)、蓝细菌门(Cyanobacteria)(23. 30%)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(8.95%)、螺旋菌门(Spirochaetae)(6.67%)和放线菌门(Actinobacteria)(5.35%)。在属水平上,试验组肠道菌群中丰度大于1%的菌属仅有3个,为乳杆菌属(Lactobacillus)(58.94%)、微小杆菌属(Exiguobacterium)(26.00%)和肠球菌属(Enterococcus)(10.62%),总丰度达95.66%,而对照组丰度大于1%的菌属达11个,但总丰度仅为58.24%,主要有未命名_蓝细菌门(unclassified_Cyanobacteria)(23.30%)、劳尔氏菌属(Ralstonia)(11.70%)、短螺旋体属(Brevinema)(6.67%)和普氏菌属(Prevotella)(3.90%)。综上,饲料中添加植物乳杆菌能促进细鳞鲑的生长,提高其肠道中乳酸菌的比例,抑制其他菌群的生长,降低肠道菌群的多样性。     

基于宏基因组学解析瘤胃微生物调节荷斯坦奶牛乳蛋白含量的研究

本试验旨在研究相同饲粮结构及饲养环境下,基于宏基因组学解析乳蛋白含量与瘤胃微生物之间的潜在关系。以荷斯坦奶牛为研究对象,选择乳蛋白含量长期偏高(3.7%)、长期偏低(3.0%～3.3%)的奶牛各3头,采集瘤胃内容物,通过宏基因组学方法分析二者之间的潜在调节作用。结果表明:拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌纲(Bacteroidia)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、拟杆菌目(Bacteroidales)、栖瘤胃普雷沃氏菌(Prevotella ruminicola)相对含量在2组间呈现显著差异(P0.05),其中Prevotella ruminicola为主要差异微生物,并首次发现三角酵母属(Trigonopsis)可能对调节乳蛋白含量具有一定作用。在乳蛋白含量长期偏高的奶牛瘤胃内,与乳蛋白前体物生成过程相关的氨基酸代谢和其他氨基酸代谢功能基因的相对丰度显著升高(P0.05),与蛋白质降解及氨基酸代谢过程密切相关的COG0542、COG0612、COG1404、COG1506、 COG2755、 COG4870基因的相对丰度显著升高(P0.05),COG1404基因相对丰度富集度最高,其在微生物降解蛋白质过程中通过表达多肽酶发挥功能。综上,在相同饲粮结构及饲养环境下,瘤胃内Prevotella ruminicola和Trigonopsis这2种微生物相对含量的差异对调节乳蛋白含量具有一定作用;微生物通过高表达COG0542、COG0612、COG1404、COG1506、COG2755、COG4870基因增强瘤胃内蛋白质降解及氨基酸代谢作用,影响乳蛋白前体物合成情况,进而调节乳蛋白的含量。     

酿酒酵母培养物替代抗生素对断奶仔猪生长性能、养分消化率及盲肠微生物区系的影响

本试验旨在研究酿酒酵母培养物替代抗生素对断奶仔猪生长性能、养分消化率以及盲肠微生物区系的影响。试验选用体重相近的28日龄断奶仔猪180头,随机分成3组,每组4个重复,每个重复15头仔猪。对照组饲喂基础饲粮,抗生素组在基础饲粮的基础上添加75 g/t金霉素+50 g/t吉他霉素+10 g/t维吉尼亚霉素,酿酒酵母培养物组在基础饲粮的基础上添加5 kg/t的酿酒酵母培养物。试验期38 d。结果显示:1)酿酒酵母培养物组断奶仔猪平均日增重显著高于对照组(P0.05),料重比显著低于对照组(P0.05),且与抗生素组相比没有显著性差异(P0.05)。2)酿酒酵母培养物组的粗蛋白质、粗脂肪和磷的表观消化率均显著高于对照组(P0.05),且与抗生素组相比没有显著性差异(P0.05)。3)与对照组相比,饲粮添加酿酒酵母培养物和抗生素对断奶仔猪盲肠微生物多样性均没有显著性影响(P0.05),但是均可以影响断奶仔猪盲肠微生物的菌群丰度。其中,对照组瘤胃球菌科UCG-005(Ruminococcaceae UCG-005)的相对丰度显著高于抗生素组和酿酒酵母培养物组(P0.05)。而与对照组相比,饲粮添加酿酒酵母培养物显著降低了螺旋体门(Spirochaeates)的相对丰度(P0.05),而饲粮添加酿酒酵母培养物和抗生素均显著降低了克里斯滕森菌科R-7群(Christensenellaceae R-7 group)、大肠埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和密螺旋体属2(Treponema 2)的相对丰度(P0.05),饲粮添加酿酒酵母培养物组有提高普雷沃氏菌属2(Prevotella 2)(P=0.064)、普雷沃氏菌属7(Prevotella 7)(P=0.058)以及普雷沃氏菌属9(Prevotella 9)(P=0.072)相对丰度的趋势。与抗生素组相比,饲粮添加酿酒酵母培养物有提高普雷沃氏菌属7相对丰度的趋势(P=0.072)。与抗生素组和对照组相比,酿酒酵母培养物组四大主菌门的总相对丰度显著提高(P0.05)。综上所述,饲粮添加酿酒酵母培养物能够提高断奶仔猪的生长性能,降低腹泻率,提高养分消化率,改善盲肠微生物的菌群丰度,降低肠道致病菌的丰度,达到与添加抗生素相似的饲喂效果。     

山谷型藏羊公羊瘤胃和粪便微生物多样性研究

为了研究青藏高原山谷型藏羊公羊胃肠道微生物组成结构,试验采集了10只放牧+补饲饲养方式下的周岁山谷型藏羊公羊的瘤胃和直肠内容物(指粪便),分别提取其基因组DNA,采用16S rDNA V3～V4扩增子高通量测序技术分析了瘤胃和粪便样品微生物门和属水平组成结构、标志微生物、α和β多样性及微生物功能。结果表明：山谷型藏羊瘤胃和粪便样品共得到5 383个分类操作单元(operational taxanomic units, OTUs),其中2 144个OTUs为瘤胃样品所特有,1 860个OTUs为粪便样品特有,1 379个为二者共有。瘤胃微生物优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和浮霉菌门(Planctomycetes),相对丰度分别为53.2%、34.9%和3.1%;优势菌属为理研菌科＿RC9＿肠道菌群(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)和普式菌属＿1(Prevotella＿1),相对丰度分别为13.5%和12.0%。粪便微生物优势菌门为拟杆菌门、厚壁菌门和疣微菌门(Verrucomicrobia),相对丰度分别为47....     

核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响

试验旨在研究核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群丰度和多样性的影响,初步揭示核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响。选取240只1日龄本地土杂鸡,随机分为2组,1个对照组和1个试验组,每个组设4个重复,每个重复30只。试验组于28日龄开始在饮水中添加核桃青皮水提物,6周后,每个重复采集10份肉鸡肛门棉拭子,利用Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3-V4区扩增产物进行双端测序,分析微生物群落结构多样性。高通量测序结果显示,所有样本共含有个17菌门和48个菌属;多样性指数分析结果表明,饲喂核桃青皮水提物的肉鸡肠道菌群丰富度增加。从门水平分析,厚壁菌门(Firmicutes)丰度升高了2.21%(P0.05),变形杆菌门(Proteobacteria)丰度降低了2.22%(P0.05);从属水平上分析,大肠杆菌属(Escherichia)丰度降低了5.35%(P0.05),肠球菌属(Enterococcus)丰度升高了9.63%(P0.05)。本研究结果表明,饲喂核桃青皮水提物后肉鸡肠道菌群多样性显著增加(P0.05),据此推测,核桃青皮水提物能有效调节肉鸡肠道菌群并有益于肠道健康。     

不同添加剂处理全株玉米青贮对奶牛瘤胃发酵参数和菌群结构的影响

本试验旨在研究不同添加剂处理的全株玉米青贮对奶牛瘤胃发酵参数和菌群结构的影响。选取2～4胎、泌乳期、体重、产奶量相近的健康荷斯坦奶牛80头,随机分为4组,每组20头,分别饲喂用无添加剂(CK组)、有机酸制剂(OA组)、菌制剂(LAB组)、菌酶复合制剂(LABE组)处理的全株玉米青贮饲粮,试验期共70 d,其中预试期10 d,正试期60 d。结果表明:1)与CK组相比,试验组奶牛的干物质采食量均有所提高,但差异不显著(P0.05),OA组、LAB组、LABE组产奶量分别提高了4.5%、1.1%、5.4%(P0.05)。2)不同添加剂处理的全株玉米青贮对瘤胃内pH、氨态氮/总氮(NH3-N/TN)、总挥发性脂肪酸(TVFA)、丁酸含量和乙酸/丙酸的影响不显著(P0.05),LABE组乙酸含量极显著高于OA组和LAB组(P0.01),LABE组丙酸含量显著高于OA组和LAB组(P0.05)。3)4组间Chao1、Observed species、Shannon、Simpson指数均差异极显著(P0.01),且各指数均为LABE组OA组LAB组。4)试验组奶牛瘤胃液厚壁菌门(Firmicutes)相对丰度均高于CK组,变形菌门(Proteobacteria)相对丰度均低于CK组,但差异不显著(P0.05)。试验组梭菌属(Clostridium)相对丰度极显著低于CK组(P0.01),CK组类普雷沃氏菌科下一属(YRC22)相对丰度极显著低于3个试验组(P0.01),LAB组和OA组颤螺旋菌属(Oscillospira)相对丰度显著高于CK组(P0.05),与LABE组差异不显著(P0.05)。由此可见,不同添加剂处理全株玉米青贮能够影响奶牛瘤胃微生物多样性,对瘤胃菌群具有一定调节作用,且菌酶复合制剂效果最佳。     

应用Illumina-MiSeq高通量测序技术分析脱氧雪腐镰刀菌烯醇对小鼠肠道菌群的影响

本试验旨在研究脱氧雪腐镰刀菌烯醇(DON)对小鼠肠道微生物多样性、物种丰度的影响。选用平均体重为20 g的BALB/c小鼠40只,随机分成对照组(灌胃灭菌生理盐水)和DON组(灌胃1.8 mg/kg BW DON),每组20个重复,每个重复1只小鼠,连续灌服28 d。试验结束后,收集新鲜粪便,每组随机选取3份,用Illumina-Mi Seq高通量测序技术分析微生物群落结构和组成的变化。结果表明,1)与对照组相比,DON组测序数量减少(P0.05)。2)DON组降低了Alpha、Beta多样性,Shannon指数较对照组显著降低(P0.05)。3)在门水平,与对照组相比,DON组显著降低了拟杆菌门(Bacteroidetes)和脱铁杆菌门(Deferribacteres)的物种丰度(P0.05),显著提高了变形菌门(Proteobacteria)的物种丰度(P0.05)。在属水平,与对照组相比,DON组显著降低了副类杆菌属(Parabacteroides)、理研菌属(Rikenella)、Algoriphagus、Mucispirillum、嗜甲基菌属(Methylophilus)、Francisella的物种丰度(P0.05),显著提高了梭菌属(Clostridium)、Robinsoniella、A llobaculum、A kkermansia的物种丰度(P0.05)。4)聚类分析显示,DON组与对照组的肠道微生物相似性降低。由此可见,DON能显著影响小鼠肠道微生物菌群多样性及物种丰度,提示DON致肠道损伤与这些肠道菌群的变化密切相关。     

鲜饲料与混合饲粮对咖啡貂(Mustela iutreola)肠道微生物多样性的影响

本试验旨在研究鲜饲料与混合饲粮对咖啡貂(Mustela iutreola)肠道微生物多样性的影响。随机选取20只成年雄性咖啡貂,分为2组,分别饲喂鲜饲料和混合饲粮,每组10只。屠宰后取后肠内容物,提取肠道细菌基因组。利用16S rDNA高通量测序技术,分析和比较不同序列的分类学水平,研究肠道微生物多样性。结果表明:在2组水貂后肠中,细菌主要归类于6个门,其中厚壁菌门为水貂肠内相对丰度最高的细菌,混合饲粮组和鲜饲料组相对丰度分别为84.08%和83.50%(P=0.36),其次分别为变形菌门(9.37%和7.22%)(P=0.36)、放线菌门(3.85%和5.72%)(P=0.28)、未分类细菌门(1.69%和2.18%)(P=0.47)、蓝细菌门(0.66%和0.85%)(P=0.07)以及拟杆菌门(0.11%和0.32%)(P=0.36),这6个门占所有细菌的99%以上。混合饲粮组乳酸杆菌属细菌相对丰度最高(29.9%),魏斯氏菌属相对丰度次之(21.7%),而鲜饲料组魏斯氏菌属相对丰度最高(32.2%),乳酸杆菌属相对丰度次之(22.2%),其他细菌相对丰度相似。混合饲粮组和鲜饲料组水貂肠道菌群在聚类分析上差异不显著(P0.05),但混合饲粮组差异大的个体数量多于鲜饲料组。综上所述,饲喂营养水平相似,但饲粮组成不同的咖啡貂肠道内细菌组成相似,但不同细菌相对丰度不同,混合饲粮组后肠菌群个体差异较大,分析表明在本研究中饲粮组成是影响咖啡貂肠道菌群差异的主要因素。     

高通量测序研究甲苯咪唑对黑猩猩肠道菌群的影响

为了探讨甲苯咪唑对黑猩猩肠道菌群结构与多样性的影响,试验收集5只健康成年黑猩猩用药前及用药1 d、3 d、7 d 4组的新鲜粪样,采用高通量测序技术对用药前后肠道菌群结构组成和多样性进行生物信息学分析。结果表明:1)服用甲苯咪唑前后的4个时间点之间,肠道菌群Alpha多样性未发生显著差异(P0.05)。2)在门水平,用药7 d组螺旋体门(Spirochaetes)显著低于用药前组(P0.05),WPS-2门(Wittenberg polluted soil 2)显著低于用药1 d组(P0.05),放线菌门(Actinobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia)显著低于用药3 d组(P0.05)。3)在属水平,假单胞菌属(Pseudomonas)、RFN20属、YRC22属、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、罗斯氏菌属(Roseburia)、普式粪杆菌属(Faecalibacterium)、氨基酸杆菌属(Acidaminobacter)、密螺旋体属(Treponema)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)之间差异显著(P0.05)。说明甲苯咪唑驱虫用药不会引起黑猩猩肠道菌群多样性的改变,但对门和属水平上一些菌群的丰度均存在显著影响。     

莱芜仔猪肠道菌群组成初步分析

猪的肠道菌群组成与种类及健康状态密切相关,研究健康、品种优良的猪的肠道菌群组成对于养猪业的发展具有积极意义。本研究采用16SrRNA高通量测序方法对10日龄莱芜哺乳仔猪腹泻仔猪的粪便进行测序分析。结果显示,健康仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）;腹泻仔猪共有优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,共有优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）。此外,两组比较,Lactobacillus、Escherichia-Shigella、Prevotella＿9、Fusobacterium、Prevotellaceae属在腹泻仔猪组丰度水平高,而Acinetobacter、Jeotgalibaca、Treponema＿2、Psychrobacter属在健康仔猪组丰度水平高。本研究结果为莱芜猪肠道菌群多样性研究提供基础数据,并为后期调节肠道菌群、促进猪的健康成长提供参考依据。     

高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物群落特征

为了研究高产期不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物多样性特征,探究肠道微生物与蛋鸡产蛋水平之间的关联性。应用16SrRNA基因V4~V5区进行高通量测序,检测高产期3个产蛋水平(高产组/低产组/极低产组:6只/6只/3只)蛋鸡粪便样品微生物的组成与菌群分布。结果表明:厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)在3组中均为优势菌群(≥1%),但各自占比在3组中有所差异;在属水平上,高产组中乳杆菌属丰度(66.05%)是极低产组(20.93%)的3倍;PCoA检测显示不同产蛋水平蛋鸡微生物群落结构差异明显,乳酸杆菌属是不同产蛋水平蛋鸡肠道微生物菌群差异的主要菌属,推测其在肠道微生物中的占比与产蛋水平存在着关联性。     

归芪益母复方制剂对产后奶牛瘤胃微生物和短链脂肪酸的调节

本试验旨在探究归芪益母复方制剂对产后奶牛瘤胃微生物和短链脂肪酸的调节作用。将19头待产的健康荷斯坦奶牛随机分为两组,对照组10头,试验组9头。试验组奶牛产后每天灌服归芪益母复方制剂500 mL,对照组奶牛每天灌服等体积饮用水,连续6 d。产后第7天晨饲前采集瘤胃液,采用16S rRNA高通量测序和GC-MS/MS靶向代谢组学技术对两组奶牛瘤胃菌群的丰度和短链脂肪酸的含量进行了测定。结果表明,与对照组相比,试验组奶牛瘤胃变形菌门(Proteobacteria)、Escherichia-Shigella属和拟杆菌属(Bacteroides)的菌群丰度极显著升高(P<0.01),乳杆菌属(Lactobacillus)和Subdoligranulum属菌群丰度显著升高(P<0.05)。试验组奶牛瘤胃丙酸(P<0.05)和异丁酸(P<0.01)含量明显升高。本研究从瘤胃微生物菌群及短链脂肪酸角度揭示了归芪益母方对产后奶牛的保健机制。     

类志贺邻单胞菌感染对鲟鱼肠道菌群多样性的影响

采用人工肌肉注射类志贺邻单胞菌(Pseudomonas shigella)后,以针对细菌16S rRNA基因高通量测序技术进行感染鲟鱼肠道菌群组成和多样性分析,结果显示:感染组鲟鱼肠道菌群多样性指数(Chaol、ACE、observed_species、 Shannon和Simpson)均显著低于对照组(P<0.05);感染组和对照组鲟鱼肠道优势菌群均为梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteriodia)和厚壁菌门(Firmicute),但感染组鲟鱼肠道拟杆菌门细菌丰度显著小于对照组(P<0.05),而变形菌门(特别是邻单胞菌属)细菌丰度显著大于对照组(P<0.05)。结果表明,类志贺邻单胞菌感染能导致鲟鱼肠道菌群物种多样性和丰度显著变化,为鲟鱼细菌性疾病防控提供了科学依据。