豫西脂尾羊CIDEa基因的克隆、序列分析与组织表达

试验旨在对豫西脂尾羊诱导细胞凋亡DNA片段化因子45样效应因子A （cell death-inducing DNA fragmentation factor 45-like effectors A，CIDEa）基因进行克隆及生物信息学分析，并检测其在豫西脂尾羊不同组织中的表达。以豫西脂尾羊脂肪组织RNA为模板，采用RT-PCR方法扩增并克隆豫西脂尾羊CIDEa基因完整CDS区序列，对测序结果进行了相关生物信息学分析，并对CIDEa基因在豫西脂尾羊心脏、肝脏、肺脏、脾脏、肾脏、瘤胃、小肠、背最长肌、皮下和内脏脂肪组织中的表达进行了分析。结果显示，豫西脂尾羊CIDEa基因CDS区序列长660 bp，编码219个氨基酸；豫西脂尾羊与绵羊、水牛、黄牛、藏羚羊、猪和人的CIDEa基因同源性分别为99.1%、96.8%、96.2%、98.8%、85.0%和79.4%。蛋白理化性质分析表明，CIDEa蛋白分子质量为24.38 ku，理论等电点（pI）为9.12，属于碱性蛋白。跨膜结构和信号肽预测分析表明，CIDEa蛋白不含跨膜结构和信号肽。亚细胞定位分析表明，豫西脂尾羊CIDEa蛋白分布在细胞质（47.8%）、线粒体（26.1%）、细胞核（17.4%）、液泡（4.3%）和内质网（4.3%）。蛋白质三级结构预测发现，CIDEa蛋白结构具有2个α-螺旋、4个β-折叠及一些无规则卷曲。实时荧光定量PCR结果表明，CIDEa基因在豫西脂尾羊脂肪组织（皮下和内脏脂肪组织）中表达量较高，其他组织中表达量从高到低依次为小肠、肝脏、脾脏、瘤胃、心脏、肾脏、肺脏、背最长肌。这些结果可为进一步研究CIDEa基因在肉羊脂质代谢中的功能及羊肉品质调控提供基础资料。     

豫西脂尾羊INSIG1基因克隆、序列分析及组织表达

胰岛素诱导基因1(INSIG1)是脂质合成与分解的重要调控基因,为了研究豫西脂尾羊INSIG1基因序列特征及其组织表达规律,试验采用Trizol法提取组织样RNA,RT-PCR扩增后克隆得到INSIG1基因序列并进行分析;采用实时荧光定量PCR法检测INSIG1 mRNA表达情况,并对结果进行比较分析。试验成功克隆了豫西脂尾羊INSIG1基因,其编码区长831 bp,编码276个氨基酸;基因的同源性分析表明,豫西脂尾羊INSIG1基因编码区与绵羊(XM_015095466.2)的亲缘关系相似性达99.64%,编码氨基酸序列的相似性达99.28%;蛋白理化性质分析表明,其分子质量为29.58 ku,理论等电点(pI)为9.07,属于稳定的碱性疏水性蛋白;跨膜结构、信号肽和亚细胞定位分析表明,该蛋白包含5个跨膜结构,没有信号肽,主要分布在细胞质;蛋白质三级结构预测发现,INSIG1蛋白结构含有6个α-螺旋和部分无规则卷曲;实时荧光定量PCR结果表明,INSIG1基因在肝脏中表达量最高,其次为肺脏、小肠和尾脂,肌肉中表达量最低。本研究完善了豫西脂尾羊的数据库,为INSIG1基因的功能及其在肉羊脂肪沉积过程中的作用机制提供了依据。     

豫西脂尾羊INSIG1基因克隆、序列分析及组织表达

胰岛素诱导基因1（INSIG1）是脂质合成与分解的重要调控基因，为了研究豫西脂尾羊INSIG1基因序列特征及其组织表达规律，试验采用Trizol法提取组织样RNA，RT-PCR扩增后克隆得到INSIG1基因序列并进行分析；采用实时荧光定量PCR法检测INSIG1 mRNA表达情况，并对结果进行比较分析。试验成功克隆了豫西脂尾羊INSIG1基因，其编码区长831 bp，编码276个氨基酸；基因的同源性分析表明，豫西脂尾羊INSIG1基因编码区与绵羊（XM_015095466.2）的亲缘关系相似性达99.64%，编码氨基酸序列的相似性达99.28%；蛋白理化性质分析表明，其分子质量为29.58 ku，理论等电点（pI）为9.07，属于稳定的碱性疏水性蛋白；跨膜结构、信号肽和亚细胞定位分析表明，该蛋白包含5个跨膜结构，没有信号肽，主要分布在细胞质；蛋白质三级结构预测发现，INSIG1蛋白结构含有6个α-螺旋和部分无规则卷曲；实时荧光定量PCR结果表明，INSIG1基因在肝脏中表达量最高，其次为肺脏、小肠和尾脂，肌肉中表达量最低。本研究完善了豫西脂尾羊的数据库，为INSIG1基因的功能及其在肉羊脂肪沉积过程中的作用机制提供了依据。     

奶山羊CIDEa基因的克隆、序列分析与组织表达

为获得奶山羊CIDEa基因序列并检测其在乳腺组织中的表达,采用RT-PCR技术从奶山羊乳腺组织扩增CIDEa基因序列,利用生物信息学软件对其进行预测分析,并采用荧光定量PCR检测CIDEa在干奶期和不同泌乳时期乳腺组织中的表达。结果表明:通过克隆测序得到奶山羊CIDEa基因CDS区660 bp,编码219个氨基酸,与GenBank公布的绵羊、牛、人和猪的核苷酸序列同源性分别为99%、96%、85%、85%。奶山羊CIDEa蛋白属于碱性、不稳定亲水蛋白,不存在跨膜结构和信号肽;蛋白主要定位在细胞质、线粒体和细胞核。CIDEa蛋白结构主要由α螺旋、β折叠和不规则卷曲组成。奶山羊CIDEa在泌乳前期、盛期和中期乳腺组织中表达量均显著高于干奶期(P<0.05)。说明CIDEa可能参与奶山羊乳腺的泌乳过程,为进一步研究其在奶山羊乳腺组织中的功能及对乳品质的调控作用奠定基础。     

牦牛TBC1D7基因克隆、生物信息学及表达分析

为探究西藏牦牛Tre2-Bub2-CDC16结构域家族成员7(TBC1D7)基因的特征及结构,利用RT-PCR克隆了TBC1D7基因的CDS区序列,并对其进行了生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR(qPCR)检测了TBC1D7基因在牦牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉及脂肪组织的表达水平。结果表明,牦牛TBC1D7基因的CDS区全长为882 bp,共编码293个氨基酸;系统进化树分析结果表明,西藏牦牛与野牦牛的亲缘关系最近,与兔的最远;生物信息学分析结果表明,牦牛TBC1D7蛋白不存在信号肽和跨膜结构,属于亲水性蛋白,主要存在细胞核中,且该蛋白具有24个潜在的磷酸化位点,蛋白的高级结构由α-螺旋（65.53%）、延伸连（3.75%）、β-转角（3.75%）和无规则卷曲（29.96%）构成。qPCR检测结果显示,TBC1D7基因在西藏牦牛脾脏组织中的表达最高,极显著高于其他组织（P <0.01）。     

猪GRP78基因克隆、生物信息学分析及组织表达谱研究

本研究旨在克隆猪葡萄糖调节蛋白78(glucose-regulated protein 78,GRP78)基因,并进行生物信息学分析,探讨其在猪不同组织中的表达情况。根据GenBank上公布的猪GRP78基因序列(登录号:XM_001927795.6)设计引物,PCR扩增及测序获得猪GRP78基因CDS序列,使用在线软件分析GRP78的理化性质、跨膜结构、信号肽、疏水性、保守结构域、二级结构和三级结构,并进行同源性比对及系统进化树构建,利用实时荧光定量PCR方法检测猪GRP78基因在各组织中的表达情况。结果显示,猪GRP78基因CDS区长1 965bp,可编码654个氨基酸。生物信息学分析表明,GRP78理论分子质量为72.3ku,等电点(pI)为5.06,半衰期为30h,其水溶液在280nm处的消光系数为30 495,肽链N端为蛋氨酸(Met),不稳定系数为32.39,属于稳定蛋白。脂肪系数为85.40,总平均疏水指数为-0.496,无跨膜结构,存在信号肽序列,说明该蛋白属于分泌型蛋白;GRP78蛋白只包含1个超家族保守结构域:HSP70结构域。蛋白二级结构分析显示,GRP78蛋白中α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲分别为40.06%、20.49%、8.10%和31.35%。同源性比对结果显示,猪GRP78基因与人(登录号:NM_005347.4)、小鼠(登录号:NM_001163434.1)、大鼠(登录号:NM_013083.2)、山羊(登录号:XM_005687138.3)、牛(登录号:NM_001075148.1)核苷酸序列的同源性分别为93%、91%、90%、95%、95%,氨基酸序列的同源性分别为99%、98%、98%、99%、99%,各个物种之间GRP78基因保守性较高。实时荧光定量PCR结果显示,GRP78基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、小肠、胃、卵巢、输卵管、乳腺、小脑、大脑、垂体等组织中均有表达,在心脏、脾脏、肺脏中相对高表达。本研究结果为今后深入研究GRP78基因的生物学功能提供了基础材料。     

绵羊TRA2B基因的克隆、序列信息与表达分析

旨在研究绵羊TRA2B基因的结构与功能,探讨其在两品种脂尾型绵羊脂肪等不同组织中的表达和调控特性。采用RT-PCR克隆TRA2B基因编码区(CDS)并对其进行生物信息学分析;Real-time PCR检测广灵大尾羊和小尾寒羊8月龄公羊共8只心、肝、肾、小肠、睾丸、肾周及尾脂肪组织、股二头肌中TRA2B基因mRNA的表达。结果表明,TRA2B基因CDS区长867bp,编码288个氨基酸。生物信息学分析表明,TRA2B为不稳定的水溶性蛋白,无信号肽和跨膜域,有2个O-糖基化位点和70个磷酸化位点,109~196氨基酸残基为RRM保守结构域。TRA2B基因mRNA在所检测的组织中均有一定的表达,睾丸中表达量最高,显著高于肾、肾周脂肪与尾脂(P0.05)以及肝、股二头肌和小肠中的表达量(P0.05),心中表达量最低(P0.05)。品种间总mRNA表达量差异不显著(P0.05),品种因素显著影响该基因组织间的表达(P0.05)。TRA2B可能在绵羊繁殖及脂质代谢中发挥重要作用。为深入研究TRA2B在绵羊中的基因功能提供了理论基础。     

广灵大尾羊TP53INP2基因的克隆、生物信息学分析及其在不同脂肪组织中的表达研究

本研究旨在克隆绵羊TP53INP2基因CDS区,分析基因mRNA序列及其编码蛋白的性质,并检测该基因在5种脂肪组织中的表达情况.选择广灵大尾羊为研究对象,PCR扩增TP53INP2基因的CDS区,生物信息学软件分析其性质,实时荧光定量PCR检测脂肪组织表达量.结果显示:绵羊TP53INP2基因CDS全长为675 bp,...     

广西麻鸡kpna3基因克隆、生物信息学及组织表达分析

为了探究广西麻鸡核转运蛋白α3(karyopherin subunit alpha 3, kpna3)的结构和组织表达谱，试验采集了6只120日龄广西麻鸡的大脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、胰腺、睾丸、肾脏、腺胃、肌胃、胸肌、腿肌、腹脂、背部皮脂组织，克隆了kpna3基因并进行生物信息学和组织表达谱分析。结果表明：kpna3基因全长1 572 bp,共编码523个氨基酸。kpna3基因序列与原鸡、雉鸡、绿头鸭、鸽、人和小鼠的相似性分别为99.6%、98.3%、95.9%、95.4%、88.1%和88.5%;与原鸡的亲缘关系最近，其次是雉鸡，然后依次绿头鸭和野鸽；kpna3蛋白分子质量为35.86 ku,等电点为9.43,为不稳定的亲水碱性蛋白，不含跨膜结构和信号肽。kpna3基因在广西麻鸡大脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、胰腺、睾丸、肾脏、腺胃、肌胃、胸肌、腿肌、腹脂、背部皮脂14个组织中均有表达，在肌胃中表达量显著高于其他组织(P<0.05)。说明成功克隆广西麻鸡kpna3基因的编码区(coding sequence, CDS)序列，在肌胃组织中表达量高可能与基因功能有关。     

西农萨能奶山羊SERPINA1基因克隆、生物信息学及组织表达分析

本研究旨在克隆西农萨能奶山羊SERPINA1基因的CDS区,采用生物软件和在线预测工具进行生物信息学分析,通过实时荧光定量PCR技术检测SERPINA1基因在西农萨能奶山羊各组织间mRNA的表达水平。根据GenBank中山羊SERPINA1基因CDS区序列(登录号:XM_018066209.1),利用Primer Premier 5.0软件设计特异性引物,RT-PCR扩增目的基因,构建原核表达载体测序后对序列进行生物信息学分析;采集西农萨能奶山羊心脏、肝脏、脾脏、肺脏、乳腺、肾脏、肌肉、瘤胃和小肠组织,提取组织RNA,反转录为cDNA模板,设计特异性定量引物,进行实时荧光定量PCR,检测SERPINA1基因在不同组织中的表达差异。结果显示,西农萨能奶山羊SERPINA1基因CDS区全长1 326 bp,编码441个氨基酸;同源性比对分析显示,西农萨能奶山羊与山羊、绵羊、牛和小鼠SERPINA1基因核苷酸序列同源性分别为100%、98.6%、95.7%和71.6%,与山羊亲缘关系最近,其次是绵羊。SERPINA1蛋白分子质量为48.71 ku,等电点为5.71,为跨膜亲水蛋白;SERPINA1氨基酸序列分别有62个磷酸化位点,3个跨膜区结构。组织表达分析显示,SERPINA1基因在西农萨能奶山羊肝脏组织中显著高表达(P0.05),其次是乳腺组织,在肺脏组织中表达量最低。研究结果为进一步探究SERPINA1基因在奶山羊乳蛋白合成代谢中的作用提供理论依据。     

山羊RPL27A基因克隆及组织表达特性分析

为研究山羊核糖体蛋白L27A （ribosome protein L27A，RPL27A）基因结构及其相关的生物学功能，试验采集简州大耳羊的14种组织样品（心脏、肝脏、脾脏、背最长肌、皮下脂肪等），利用RT-PCR扩增并克隆获得山羊RPL27A基因序列，通过在线工具进行生物信息学分析；采用实时荧光定量PCR技术检测RPL27A基因在各个组织及不同分化阶段的皮下前体脂肪细胞中的表达水平。结果显示，山羊RPL27A基因CDS区长447 bp，可编码148个氨基酸。生物信息学分析表明，RPL27A基因在不同的物种间具有较高的保守性，RPL27A蛋白是不稳定的亲水碱性蛋白，其与脂代谢及脂肪沉积相关的RPS18、RPL26、RPL34、RPL32、RPL37A等核糖体蛋白存在相互作用，RPL27A蛋白没有跨膜结构域，且无信号肽，亚细胞定位表明其主要存在于细胞质中。实时荧光定量PCR结果显示，RPL27A基因在山羊心脏、肝脏、脾脏、肾脏、肺脏、背最长肌、皮下脂肪等14种组织中均有广泛表达，且在瘤胃中表达水平最高，在臂三头肌和股二头肌中也存在较高的表达水平，均显著高于其他组织（P<0.05）；RPL27A基因在成脂诱导60 h的山羊皮下脂肪细胞中的表达水平显著高于分化前（P<0.05）。本研究成功克隆了山羊RPL27A基因CDS序列，并揭示了RPL27A基因在山羊14种组织中的表达特性，研究结果可为阐明RPL27A基因对山羊脂肪细胞分化的调控机制提供材料。     

藏羊MSTN基因克隆、生物信息学及组织表达分析

【目的】 对藏羊肌肉生长抑制素（myostatin，MSTN）基因进行克隆和生物信息学分析，检测其在藏羊不同组织中的表达，为探究MSTN基因在藏羊中的生物学功能提供参考。【方法】 以藏羊背最长肌组织cDNA为模板，克隆藏羊MSTN基因完整CDS区序列并测序，用SeqMan程序对测序结果进行拼接，并用BLAST在线程序对组装后的序列进行分析鉴定。用生物信息学软件进行相似性比对、系统进化树构建及生物信息学分析，用实时荧光定量PCR检测MSTN基因在藏羊不同组织中的表达量。【结果】 藏羊MSTN基因CDS全长为1 128 bp，编码375个氨基酸。藏羊MSTN基因氨基酸序列与绵羊、牦牛、牛、猪、恒河猴、人、黑猩猩、犬、鸡及斑马的相似性依次为100.0%、93.4%、93.4%、95.2%、94.4%、94.2%、94.4%、93.1%、87.8%和87.5%；系统进化树分析结果表明，藏羊与绵羊的亲缘关系最近，与斑马和鸡的亲缘关系最远。藏羊MSTN蛋白属于亲水性分泌蛋白，且具有不稳定性，不含跨膜结构，含1个信号肽，存在31个潜在的磷酸化位点、2个N-糖基化修饰位点，主要分布在线粒体和细胞质中；MSTN蛋白二级结构以无规卷曲为主，其次是α-螺旋、延伸链和β-转角；三级结构预测结果与二级结构一致。实时荧光定量PCR结果显示，MSTN基因在藏羊不同组织中均有表达，其中在臂三头肌和半腱肌的表达量显著高于肺脏、下丘脑、心脏、肝脏、十二指肠、瘤胃和肾脏（P<0.05）。【结论】 成功克隆了藏羊MSTN基因；该基因在藏羊肌肉中的表达量高于内脏组织。该结果为进一步研究MSTN基因对藏羊肌肉生长发育的调控机制奠定了基础。     

山羊ACSS2基因的克隆、序列分析及组织表达研究

本研究旨在对山羊乙酰辅酶A合成酶2(acetyl-CoA synthetase 2,ACSS2)基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在山羊不同泌乳时期乳腺组织中的表达量变化。以山羊乳腺组织RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增并克隆山羊ACSS2基因完整CDS区序列,对测序结果进行生物信息学分析,并对ACSS2基因在山羊不同泌乳时期乳腺组织中的表达量进行分析。结果显示,山羊ACSS2基因CDS区序列长2 106 bp,编码701个氨基酸;山羊ACSS2基因与牛、马、人、犬、猪、小鼠和鸡的同源性分别为97.8%、92.0%、91.3%、91.3%、91.1%、88.1%和73.3%。蛋白理化性质分析结果表明,ACSS2蛋白分子质量为78.72 ku,理论等电点为6.03,属于酸性蛋白;跨膜结构和信号肽分析表明,ACSS2蛋白不含跨膜结构和信号肽;结构域分析表明,该蛋白含有1个乙酰辅酶A合成酶N端结构域。亚细胞定位分析结果表明,该蛋白主要分布在内质网(44.4%)、线粒体(33.3%)、细胞质(11.1%)和细胞核(11.1%)中。蛋白质结构预测发现ACSS2蛋白含有α-螺旋(29.10%)、延伸链(21.54%)、β-转角(9.84%)及无规则卷曲(39.52%)。实时荧光定量PCR分析结果表明,ACSS2基因在不同泌乳时期均有表达,其中在泌乳中期表达量最高,在干奶期表达量最低。本试验结果为进一步研究山羊ACSS2基因在脂质代谢过程中的功能及转录调控机制提供了参考。     

撒坝猪TNS3基因CDS序列生物信息分析及组织表达检测

为了研究撒坝猪张力蛋白3(tensin3,TNS3)基因的结构和功能,以及在不同组织中的表达情况,试验对撒坝猪TNS3基因外显子区域进行了PCR扩增,所得序列与NCBI中序列进行比较分析,利用生物信息学软件对撒坝猪TNS3基因的结构、理化性质及其编码蛋白信号肽、跨膜结构、亚细胞定位、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构、三级结构和CpG岛等进行了分析,并讨论撒坝猪TNS3基因与其他物种氨基酸序列的进化关系;采用实时荧光定量PCR法检测TNS3基因在不同组织中的表达情况。结果表明:撒坝猪TNS3基因序列与NCBI上公布的野猪TNS3基因序列中的CDS区相比存在4个碱基突变;撒坝猪TNS3蛋白是疏水蛋白,也是不稳定蛋白;该蛋白不存在信号肽,无跨膜结构,主要在细胞外膜上发挥生物学作用,存在磷酸化位点和糖基化位点;该蛋白的三级结构由α-螺旋(17.87%)、β-转角(4.62%)、延伸链(14.22%)和无规则卷曲(63.29%)构成;TNS3基因在不同物种进化过程中分化明显;撒坝猪TNS3基因有6个CpG岛和3种高度保守的结构功能域;撒坝猪TNS3基因在肝脏中的表达量最高,其次为大脑、背脂、肾脏、脾脏、肺脏,而在大白猪背最长肌中的表达量比撒坝猪高(P0.05)。说明TNS3基因与猪生长性状相关。     

藏山羊PID1基因克隆及组织表达分析

研究旨在获得藏山羊磷酸酪氨酸互作结构域(phosphotyrosine interaction domain containing l,PID1)基因序列,并进一步分析该基因的生物学特性以及揭示其组织表达规律。以藏山羊为材料,利用RT-PCR技术克隆PID1基因,利用荧光定量PCR检测其组织表达特性。结果表明,藏山羊PID1基因CDS区为654bp,编码217个氨基酸,为无跨膜结构的酸性不溶类蛋白。同源性分析表明,藏山羊与山羊的同源性较高为99%,且处在进化树的同一个分支上。PID1在藏山羊的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、脂肪、背最长肌、股二头肌和臂三头肌等组织中均检测到表达,但在脂肪组织中表达水平最高(P0.01)。研究获得了藏山羊PID1基因序列,其在脂肪组织中的表达水平最高。     

奶水牛固醇携带蛋白2基因克隆、生物信息学分析及其组织表达检测

本研究旨在对水牛固醇携带蛋白2(sterol carrier protein 2,SCP2)基因进行克隆及生物信息学分析,并检测其在水牛不同组织中的表达。以黄牛SCP2基因(登录号:NM_001033990.3)为种子序列成功克隆了水牛SCP2基因完整CDS区,该序列长1 632bp,可编码543个氨基酸;其与黄牛、绵羊、山羊、白鲸、人、家犬和家猫的同源性分别为95.9%、93.4%、92.4%、89.4%、88.3%、86.3%和86.9%,说明SCP2基因CDS区在不同物种间具有较高的保守性。聚类分析则表明水牛与黄牛的分子进化关系最近;氨基酸序列分析表明,SCP2蛋白的分子式为C_(2602)H_(4131)N_(709)O_(774)S_(298),分子质量为58.66ku,理论等电点(pI)为8.59,不稳定系数为27.94,平均亲水性为-0.215,属于碱性、稳定、亲水蛋白质;二级结构分析表明水牛SCP2蛋白由α-螺旋、无规则卷曲和延伸链构成,其中α-螺旋占35.54%,无规则卷曲占48.99%,延伸链占15.47%,与三级结构预测结果一致;亚细胞定位分析表明,水牛SCP2蛋白分布在细胞质(43.5%)、过氧化物酶体(21.7%)、线粒体(17.4%)、细胞核(13.0%)和细胞骨架(4.4%);跨膜结构和信号肽预测分析表明,水牛SCP2蛋白不含跨膜结构和信号肽;磷酸化位点分析发现,水牛SCP2蛋白有13个Ser、3个Thr和2个Tyr可能成为蛋白激酶磷酸化位点;蛋白质结合位点预测结果显示,水牛SCP2蛋白含有12个蛋白质结合位点和1个多核苷酸结合位点;实时荧光定量PCR结果表明,水牛SCP2基因在肝脏中表达量最高,其他组织中表达量从高到低依次为乳腺、淋巴、肾脏、大肠、胃、肺脏、脾脏、卵巢、垂体、大脑和心脏。本试验为今后进一步探讨SCP2基因的功能奠定了基础。     

猪GRP78基因克隆、生物信息学分析及组织表达谱研究

本研究旨在克隆猪葡萄糖调节蛋白78（glucose-regulated protein 78，GRP78）基因，并进行生物信息学分析，探讨其在猪不同组织中的表达情况。根据GenBank上公布的猪GRP78基因序列（登录号：XM_001927795.6）设计引物，PCR扩增及测序获得猪GRP78基因CDS序列，使用在线软件分析GRP78的理化性质、跨膜结构、信号肽、疏水性、保守结构域、二级结构和三级结构，并进行同源性比对及系统进化树构建，利用实时荧光定量PCR方法检测猪GRP78基因在各组织中的表达情况。结果显示，猪GRP78基因CDS区长1 965 bp，可编码654个氨基酸。生物信息学分析表明，GRP78理论分子质量为72.3 ku，等电点（pI）为5.06，半衰期为30 h，其水溶液在280 nm处的消光系数为30 495，肽链N端为蛋氨酸（Met），不稳定系数为32.39，属于稳定蛋白。脂肪系数为85.40，总平均疏水指数为-0.496，无跨膜结构，存在信号肽序列，说明该蛋白属于分泌型蛋白；GRP78蛋白只包含1个超家族保守结构域：HSP70结构域。蛋白二级结构分析显示，GRP78蛋白中α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲分别为40.06%、20.49%、8.10%和31.35%。同源性比对结果显示，猪GRP78基因与人（登录号：NM_005347.4）、小鼠（登录号：NM_001163434.1）、大鼠（登录号：NM_013083.2）、山羊（登录号：XM_005687138.3）、牛（登录号：NM_001075148.1）核苷酸序列的同源性分别为93%、91%、90%、95%、95%，氨基酸序列的同源性分别为99%、98%、98%、99%、99%，各个物种之间GRP78基因保守性较高。实时荧光定量PCR结果显示，GRP78基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、小肠、胃、卵巢、输卵管、乳腺、小脑、大脑、垂体等组织中均有表达，在心脏、脾脏、肺脏中相对高表达。本研究结果为今后深入研究GRP78基因的生物学功能提供了基础材料。     

静原鸡DERA基因生物信息学分析及组织表达研究

【目的】分析2-脱氧-D-核糖-5-磷酸醛缩酶(2-deoxyriboaldolase, DERA)CDS区序列特征及其在静原鸡不同组织和不同生长发育时期的表达水平,为进一步研究DERA基因在静原鸡肌肉中的调控机制提供参考。【方法】以42日龄静原鸡胸肌cDNA为模板,克隆DERA基因完整CDS区,测序并进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测DERA基因在静原鸡不同生长发育阶段(7、42、126、180日龄)胸肌、腿肌和42日龄不同组织(心脏、脾脏、肝脏、肾脏、肺脏、胸肌和腿肌)中的表达水平。【结果】静原鸡DERA基因CDS区全长699 bp,编码232个氨基酸,与环颈雉的相似性最高,为99.1%,表明DERA蛋白氨基酸序列在进化过程中保守性较高。DERA属于稳定蛋白,平均亲水系数为0.175,属于疏水性蛋白;存在跨膜结构,没有信号肽,属于跨膜蛋白。蛋白结构域是一种deoC/LacD家族醛缩酶域,二级结构包含α-螺旋、延伸链和无规则卷曲。蛋白互作网络分析表明,DERA蛋白与PGM2、TPI1、TKT等蛋白存在互作关系。DERA基因在静原鸡肾脏、胸肌、腿肌、心脏、肝脏、肺脏、脾...     

从江香猪OB基因序列及对皮下脂肪前体细胞的调控研究

本文旨在探究从江香猪肥胖基因(OB sese,OB)的结构、性质以及在脂肪沉积过程中的表达调控,为进一步以从江香猪为肥胖症动物研究模型提供基础数据。研究通过提取纯种从江香猪、苏香杂交猪和大白猪心脏、肺脏、肝脏、脾脏、肾脏、大肠、小肠、脂肪、背最长肌9个组织的总RNA,逆转录后经qRT-PCR检测不同猪种不同组织中mRNA的表达水平,扩增从江香猪OB基因全长CDS序列;测序后进行生物信息学分析,构建pEGFP-C1-OB表达载体并瞬时转染至培养的从江香猪皮下脂肪前体细胞中,检测各脂质代谢相关基因的表达规律。结果表明:OB基因在从江香猪各组织器官中均有表达,其在脂肪组织中的表达水平极显著高于其他组织;与GenBank登记的野猪(Sus Scrofa)序列相比较,存在241 bp处(T→C)和462处(G→T)2个同义突变位点;氨基酸第1位至22位为蛋白信号肽区域,同时存在一个螺旋跨膜结构,概率为84.63%。表达载体转染细胞后,OB基因上调导致神经肽Y(Neuropeptide Y,NPY)、乙酰辅酶A羧化酶A(Acetyl CoA carboxylase A,ACACA)、3-磷酸甘油酰基转移酶(Glycerol-3-phosphate acyltransferase,GPAM)的表达水平极显著提高,而二酰基甘油酰基转移酶1基因、脂蛋白脂酶、过氧化物酶体增殖激活受体γ、脂肪酸合成酶的表达水平极显著降低。     

牛HSL基因的克隆和生物信息学分析

旨在克隆牛HSL基因的CDS序列,并对该基因进行生物信息学、组织表达谱分析。根据GenBank登录的牛HSL基因序列(NM_001080220)设计1对引物,对牛组织样品中的HSL基因CDS序列进行RT-PCR扩增及序列测定;利用半定量RT-PCR方法检测HSL基因在牛各组织中的表达情况;利用生物信息学软件对其所编码的牛HSL蛋白进行分析。结果显示,获得的牛HSL基因CDS全长为2271bp,编码756个氨基酸,与GenBank登录的牛HSL基因同源性最高,为99.9%。HSL蛋白含有一个HSL-Nsuperfamily保守结构域,无信号肽结构,具有疏水性。半定量RT-PCR显示,HSL基因在检测的心脏、脾脏、肺脏、肾脏、肝脏、大网膜、皮下脂肪、肌肉8种组织中均有表达,其中在大网膜和皮下脂肪中表达量较高,在肾脏、脾脏、肝脏、肺脏、肌肉和心脏中度表达。该试验可为研究牛HSL蛋白的结构和功能提供参考。