延黄牛ARID5B基因多态性及其与体尺和肉质性状的相关性研究

试验旨在研究延黄牛富含AT相互作用功能域5B（AT-rich interactive domain 5B,ARID5B）基因多态性及其与体尺和肉质性状的相关性。选取18月龄的99头延黄牛母牛为研究对象,利用PCR测序查找ARID5B基因13个外显子的SNP位点,通过HRM分型的方法分析SNP位点的多态性,使用SPSS 19.0软件分析该基因多态性与延黄牛体尺和肉质性状的关联性。结果表明,延黄牛ARID5B基因外显子10 Chr28：18186635 bp处存在A/G突变,有3种基因型：AA、AG和GG,其中AA基因型为优势等位基因型,A为优势等位基因;经卡方适合性检验,该SNP位点在延黄牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）,但A/G突变位点的杂合度相对较低,在延黄牛群体中的变异较小,属于中度多态（0.25 < PIC < 0.5）。关联分析结果表明,ARID5B基因外显子10 GG基因型与延黄牛体尺性状中的体高、胸围和腹围以及肉质性状中的肌内脂肪含量存在显著差异（P<0.05）。本试验揭示了ARID5B基因与牛肉用性状的相关性,为探讨其作为有效遗传标记的可行性提供了参考,为延黄牛分子育种提供试验依据。     

延黄牛ALDH1A1基因多态性及其与体尺和肉质性状的相关性研究

为揭示乙醛脱氢酶1A1(ALDH1A1)基因多态性对延黄牛体尺和肉质性状的影响,实验以ALDH1A1基因作为体尺和肉质性状的候选基因,以16月龄的99头延黄牛母牛为研究对象,采用PCR扩增产物Sanger直接测序的方法对延黄牛ALDH1A1基因13个外显子的单核苷酸多态性(SNP)进行研究,利用SSPS19.0软件分析ALDH1A1基因SNP位点与体尺和肉质性状的关联性。结果表明:在延黄牛ALDH1A1基因第4外显子处检测到T/G突变,且引起编码氨基酸的改变;经卡方适合性检验,该SNP位点在延黄牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,但T/G突变位点的杂合度(He)相对较低,在延黄牛群体中的变异较小,属于低度多态(PIC0.25),仅能提供少量遗传信息;关联分析结果表明,ALDH1A1基因第4外显子不同基因型与延黄牛体尺性状中的十字部高、胸围、腹围和管围存在显著相关(P0.05),与肉质性状中的背膘厚存在显著相关(P0.05),与肌内脂肪具有一定的相关性(P0.05)。综上所述,ALDH1A1基因外显子在延黄牛中存在多态性,且与延黄牛体尺和部分肉质性状存在显著性差异,能否作为延黄牛肉质和体尺性状的遗传标记有待于扩大样本数量进一步验证。     

秦川牛IRS-1基因多态性与体尺和肉质性状的相关性

旨在研究秦川牛IRS-1基因外显子的多态性,及其与秦川牛体尺和肉质性状的相关性。选取384头同等饲养条件下的18～24月龄健康秦川牛母牛为研究对象,采用PCR-SSCP技术结合DNA测序技术检测IRS-1基因外显子上存在的SNPs位点,并将其与秦川牛体尺和肉质性状进行关联分析。经DNA测序发现,在IRS-1基因外显子的2 346(B1位点)和2 394bp处(B2位点)分别发生了G→A和C→G突变,经分析发现,分别为氨基酸序列第782处Glu和798处Leu的同义突变。通过SSCP带型分析分别出现CC、CD和AA、AB 2种基因型,均未检测出第3种纯合基因型;卡方检验显示,B1位点在所检测牛群中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而B2位点则处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态(P<0.01);且B1处CC基因型为优势基因型,C为优势等位基因,处于低度多态状态;B2处基因型AA为优势基因型,A为优势等位基因,处于低度多态状态;关联分析表明,B1位点不同基因型个体间在体斜长、腰角宽、胸围和眼肌面积方面差异显著(P<0.05),B2位点在腰角宽、胸深和背膘厚方面差异显著(P<0.05)。将2个突变位点合并基因型进行单倍型分析发现,双杂合基因型个体(ABCD)除背膘厚和肌间脂肪含量外其他所分析的各性状均显著高于其他基因型组合,且多标记位点的组合效应值高于单标记位点。结果提示,IRS-1基因对秦川牛体尺及部分肉质性状有显著的影响,可以作为秦川肉牛新品系培育早期选择的候选基因,其中组合ABCD可能是影响秦川牛体尺和胴体性状的最佳基因型组合。     

延黄牛FGF19基因多态性与肉质性状的关联分析

研究旨在探究延黄牛成纤维细胞生长因子19(Fibroblast Growth Factor 19,FGF19)基因多态性与肉质性状的相关性。实验收集106头延黄牛背最长肌组织,采用PCR混池及Sanger技术探索延黄牛FGF19基因存在的SNP位点与肉质性状进行关联分析。结果显示,延黄牛FGF19基因第2内含子存在3个SNPs位点：Chr29:46943179A>G、Chr29:46943605T>A和Chr29:46943660G>A均存在3种基因型;χ2检验结果显示：第1、3处突变位点均显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）,而第2处则处于平衡状态（P>0.05）;多态信息含量均表现为中度多态（0.25G位点AA基因型个体部分氨酸含量显著大于GG基因型;Chr29:46943605T>A位点的AA基因型个体蒸煮损失和眼肌面积极显著大于TT基因型,TT基因型个体压榨水分极显著小于TA基因型;AA基因型个体部分氨基酸含量显著大于TT基因型;Chr29...     

黄牛SH2B1基因多态性及其与体尺性状的关联性分析

为探讨SH2B1基因在黄牛中的组织表达规律和遗传多态性,采集3头2周岁秦川母牛的6种组织,构建SH2B1基因的组织表达谱;此外,以4个中国地方黄牛品种为研究对象,包括秦川牛、郏县红牛、巴山牛和南阳牛,结合DNA测序技术检测SH2B1基因的多态位点,并将其与秦川牛生长发育的指标进行了关联分析。qPCR结果表明,SH2B1基因在秦川牛组织中呈泛表达状态,并在背最长肌组织中表达最高。DNA测序分析在SH2B1基因的第4内含子和3′UTR共发现了2个单核苷酸多态位点,分别命名为C6073T和T8067C。关联性分析结果表明,C6073T能够显著影响体长、坐骨端宽和胸围,而T8067C能能够显著影响体长和体高。综上所述,笔者推测SH2B1基因可以作为影响秦川牛生产性能的遗传标记候选基因。     

延边黄牛PLIN基因多态性及其与胴体和肉质性状的相关性分析

为探究延边黄牛脂滴包被蛋白（perilipin,PLIN）基因遗传多态性及其对胴体和肉质性状的影响,试验选取70头30月龄健康延边黄牛公牛,采集颈静脉血液及其12~13肋间背最长肌以提取延边黄牛DNA样本,并测定胴体与肉质性状,采用直接测序方法检测PLIN基因SNP位点,结合延边黄牛胴体、肉质数据与PLIN基因遗传多态性进行关联分析。结果显示,在延边黄牛PLIN基因外显子3 103与156 bp处存在2个突变位点：g.103 C→T和g.156 T→C,均为错义突变。g.103 C→T位点存在CC、CT两种基因型,CC基因型为优势基因型（0.81）,C基因为优势等位基因（0.90）,表现为CT基因型个体脂肪含量、宰前重、胴体重、背膘厚均显著高于CC基因型个体（P<0.05）;g.156 T→C位点存在TC、TT两种基因型,TT基因型为优势基因型（0.83）,T基因为优势等位基因（0.92）,表现为TC基因型个体的宰前重、胴体重及背膘厚均显著高于TT基因型个体（P<0.05）。卡方检验结果表明,延边黄牛在PLIN基因外显子3的2个SNPs位点均达到Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）,杂合度较低,属于低度多态（PIC<0.25）。综上,PLIN基因g.103 C→T和g.156 T→C位点对延边黄牛部分胴体与肉质性状存在一定影响,该位点可作为延边黄牛胴体、肉质性状的潜在标记,PLIN基因可以作为延边黄牛品种选育的候选基因和潜在分子标记。     

延边黄牛TG基因多态性与胴体和肉质性状相关性分析

选取105头延边黄牛为研究对象,利用克隆测序的方法寻找延边黄牛甲状腺球蛋白(thyroglobulin,TG)基因多态性,采用PCR-RLFP方法进行多态性检测,并与胴体和肉质性状进行了关联分析。结果表明,在TG基因第48外显子上发现C218T和A430G2个突变位点,其中C218T位点的不同基因型与大理石花纹存在显著相关,CC基因型个体大理石花纹等级显著高于CT型个体(P<0.05)。A430G位点的不同基因型与宰前活重和眼肌面积存在显著相关,GG基因型个体的宰前活重和眼肌面积显著高于AA型和AG型个体(P<0.05)。其他性状在2个位点的不同基因型间差异不显著。因此,C218T和A430G位点可能是影响延边黄牛胴体和肉质性状的分子标记。     

延边黄牛ME1基因多态性及其与肉质性状的相关性分析

为了探讨延边黄牛苹果酸酶1(ME1)基因多态性及其与肉质性状的相关性,试验选取了100头6月龄健康无疾病延边黄牛,进行PCR扩增、基因多态性分析及肉质性状的测定,分析了延边黄牛ME1基因多态性与肉质性状的相关性。结果表明:在延边黄牛ME1基因中共检测到ME1-1、ME1-2 P1、ME1-2 P2、ME1-2 P3、ME1-8、ME1-10、ME1-14共7个多态性位点,基因型频率和基因频率各不相同;在ME1-1位点上,pH值和屠宰率指标AA、AG基因型与GG基因型相比存在显著差异(P0.05),背膘厚指标AA、GG基因型与AG基因型相比存在显著差异(P0.05);在ME1-2 P1和ME1-2 P2位点上,蒸煮损失指标纯合基因型与杂合基因型相比存在显著差异(P0.05);在ME1-2 P3位点上,蒸煮损失、眼肌面积、肌内脂肪含量指标AA、AC基因型与CC基因型间存在显著差异(P0.05);在ME1-8位点上,背膘厚、眼肌面积和肌内脂肪含量指标纯合基因型与杂合基因型相比存在显著差异(P0.05);在ME1-14位点上,眼肌面积指标CC、CT基因型与TT基因型相比存在显著差异(P0.05)。说明ME1基因多态性与肉质性状间存在显著相关。     

延边黄牛PRKAG3基因的多态性及其与肉质性状的相关性分析

为了对延边黄牛屠宰后进行肉质性状测定,试验选取30头延边黄牛的全血为试验材料,采用氯化钠法提取DNA,采用PCR-SSCP技术分析PRKAG3基因在延边黄牛中的多态性。结果表明:在全长289 bp的DNA序列中,发现有3处发生了单核苷酸变异,分别是C-T、G-T和A-C,形成AA、CC、AC 3种基因型。PRKAG3基因P3和P9位点多态性与延边黄牛的肉质性状进行分析,引物P3位点多态性与肉质pH值存在极显著相关(P0.01),与剪切力存在显著相关(P0.05);引物P9位点多态性与肉质pH值存在显著相关(P0.05)。说明PRKAG3基因可以作为延边黄牛肉质的候选基因。     

延边黄牛CAST基因16内含子基因多态性与肉质性状相关性分析

钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)基因多态性主要与肉品嫩度相关,与其他肉质性状相关的报道较少。研究采用PCR-SSCP方法对321头延边黄牛CAST基因16内含子进行SNPs多态性检测,并对该座位基因型多态性与肉质性状进行差异显著性分析。结果表明:延边黄牛该座位具有高多态性;该位点基因型多态性与蒸煮损失、亚麻酸含量及肉色等多种肉质性状相关;该位点与肉品多时间点亮度、红色度、黄色度、彩色度及彩色角都存在相关性,但未表现出普遍规律。研究证明,牛中CAST基因与除肉质嫩度外其他肉质性状存在相关性。     

牦牛FASN基因多态性及其与肉质性状的相关性研究

利用PCR-SSCP技术,对甘南牦牛、大通牦牛和天祝白牦牛的FASN基因第3内含子进行SNPs筛选,并将筛选到的突变位点与牦牛部分肉质性状进行相关性分析.结果发现,3个牦牛群体在第3内含子检测到g.5477 C→T的突变,由此产生3种基因型：HH、HG、GG.相关性分析表明,HH基因型和HG基因型个体的脂肪含量显著高于GG基因型个体（P＜0.05）.HH、HG、GG 3种基因型对失水率、熟肉率、pH24值和剪切力的影响差异不显著（P＞0.05）.     

大别山牛CART基因多态性与体尺性状相关性研究

[目的]为了探索CART基因与大别山牛体尺性状的相关性。[方法]采用PCR扩增、测序和生物信息学方法。[结果]发现大别山牛CART基因第一内含子存在T253C变异,第二内含子存在A1467G变异,关联分析发现T253C位点突变与大别山牛体高和腹围显著相关(P0.05),A1467G位点突变与管围和腰角宽差异相关(P0.05)。[结论]CART基因SNPs对大别山牛体高、腹围、腰角宽和坐骨端宽的体尺性状均有不同程度的影响,可以尝试将其作为大别山牛新品系培育的主效候选基因或与主基因紧密连锁的分子标记。     

延边黄牛黑皮质素受体-4基因多态性及其与肉质性状的相关性分析

试验旨在探索调控肉牛脂肪沉积的关键基因对肉质性状的影响,筛选影响肉牛育肥性状的候选基因。本研究以157头24月龄、体重相近的延边黄牛为研究对象,利用PCR扩增直接测序的方法,分析了延边黄牛黑皮质素受体-4（melanocortin-4 receptor,MC4R）基因的SNPs及其与肉质性状的相关性。结果发现,延边黄牛MC4R基因在1 069 bp处存在C→G突变,导致L （亮氨酸）转变为V （缬氨酸）,引起蛋白质二级结构在166、243、280位氨基酸处出现α螺旋、β折叠丢失,导致三级结构中β转角的空间位置改变。经关联分析表明,该位点与延边黄牛背膘厚、亮度、黄度都存在不同程度的相关,其中GG基因型背膘厚与屠宰后黄度（3 d）显著高于CC和CG基因型（P＜0.05）;GG、CG基因型屠宰后亮度显著高于CC基因型（P＜0.05）。说明该位点与延边黄牛肉质性状存在显著相关,该突变位点可作为潜在的分子标记。     

延边黄牛脂蛋白脂肪酶基因多态性及其与肉质性状的关联分析

为探究延边黄牛脂蛋白脂肪酶（lipoprteinlipase,LPL）基因遗传多态性及其对肉质性状的影响,本试验以80头健康的30月龄延边黄牛背最长肌作为试验材料,运用PCR直接测序法和高分辨率熔解曲线技术（HRM）对LPL基因的SNP位点进行检测,分析了试验群体的遗传效应,并与延边黄牛的肉质性状数据进行关联分析。PCR直接测序结果表明,延边黄牛LPL基因存在2个多态性位点（g.6215 A>G和g.18341 C>T）,其中g.6215 A>G位点表现为2种基因型：AA与AG,优势等位基因为A;g.18341 C>T位点表现为2种基因型：CC和CT,C为优势等位基因;对文献中2个位点的检测结果表明,g.355427 T>A位点表现为2种基因型：AA与AT,A为优势等位基因;c.322 G>A位点的HRM分型结果显示并未分型。这些多态性位点全部呈中度多态（0.25<PIC<0.5）,并处于Hardy-Weinberg平衡状态。HRM分型结果显示,这3个SNPs位点与延边黄牛肉质性状存在显著相关：g.6215 A>G位点与延边黄牛胴体重及脂肪、蛋白、水分含量有显著关联,表现为AG基因型个体胴体重、脂肪含量显著高于AA基因型个体（P<0.05）,AA基因型个体蛋白及水分含量显著高于AG基因型个体（P<0.05）;g.18341 C>T位点与延边黄牛宰前活重、胴体重及背膘厚有显著关联,表现为CT基因型个体这些性状均显著高于CC基因型个体（P<0.05）;g.355427 T>A位点AT基因型个体宰前活重、背膘厚和脂肪含量均高于AA基因型个体（P<0.05）。综上,LPL基因g.6215 A>G、g.18341 C>T和g.355427 T>A位点对延边黄牛的肉质有显著影响,LPL基因可以作为延边黄牛品种选育改良工作的优势候选基因和有效分子标记。     

延边黄牛PRKAG3基因多态性及其与肉质性状的相关分析

采用PCR-SSCP方法对120头延边黄牛PRKAG3基因的多态性进行检测,共发现C6529T、T6605C、A6608G和G6685A4个SNPs;单倍型分析产生4种单倍型H1(CCGA)、H2(CCGG)、H3(TCGA)、H4(TCGG),其中H1为优势单倍型,其频率为0.590。结果表明:单倍型H3与蒸煮损失存在负相关(P0.05);单倍型H1与pH1、pH24呈正相关(P0.05),与L*24值负相关(P0.05);单倍型H4与油酸存在负相关(P0.05),与谷氨酸、丝氨酸、苏氨酸、精氨酸、丙氨酸和脯氨酸存在正相关(P0.05)。     

延边黄牛骨骼肌特异性钙蛋白酶基因多态性及其与肉质性状关系的研究

Calpain3(CAPN3)在肌肉组织中特异表达,其多态位点与畜禽诸多生产性状相关。本研究采用PCR-SSCP方法,设计2对基因特异性引物CAPN3-1、CAPN3-3,对96头延边黄牛CAPN3基因进行了SNPs检测,并将其与部分肉质性状进行了方差分析。试验结果显示,分别在CAPN3基因54982bp处发现A→G突变,56094bp处发现G→A突变。方差分析结果表明,2个位点中各个基因型与肉质嫩度、蒸煮损失均无显著相关性,CAPN3-3片段BB基因型仅在第3天时的pH显著高于AA纯合型个体(P0.05)。2个位点与肉质色度方差分析结果显示,2个位点中各个基因型黄色度呈显著相关(P0.05),与肉色中其他色度无相关性。CAPN3-1位点处,BB基因型较AA、AB基因型具有更高的黄色度值,此规律并不随时间的延续而改变,而在CAPN3-3位点处则无此规律。     

苏太猪CAST基因多态性与肉质性状的相关性研究

采用PCR-RFLP方法对72头苏太猪的钙蛋白酶抑制蛋白(calpastatin,CAST)基因遗传多态性与肉质性状的相关性分析。对CAST基因第6内含子上MspⅠ、HinfⅠ、RsaⅠ三种酶切位点进行检测,结果表明:CAST基因第6内含子上,MspⅠ酶切位点的3种基因型间在肌肉的嫩度、pH值、系水力水平指标上均差异显著(P0.05);HinfⅠ酶切位点的3种基因型间在肌内脂含量指标上差异显著(P0.05),在肌肉嫩度上差异极显著(P0.01)。RsaⅠ酶切位点上也发现了3种基因型,但各基因型的不同性状间差异不显著(P0.05)。     

延黄牛ALDH1A1基因内含子4多态性及其与肉用性状的相关性分析

试验旨在研究乙醛脱氢酶1A1（acetaldehyde dehydrogenase 1A1,ALDH1A1）基因内含子4多态性及其对延黄牛肉用性状的影响。选取99头18月龄延黄牛母牛,采用PCR扩增产物Sanger直接测序法测定99头延黄牛ALDH1A1基因内含子4的单核苷酸多态性（SNP）,运用SPSS 19.0软件分析ALDH1A1基因内含子4 SNP与延黄牛肉用性状（体高、体斜长、十字部高、胸围、腹围、管围、体重、背膘厚、眼肌面积和肌内脂肪）的关联性。结果显示,延黄牛ALDH1A1基因内含子4存在C/T突变位点,共发现3种基因型：TT、TC和CC,2种等位基因：T和C,其中TC为优势等位基因型,C为优势等位基因。卡方适合性检验结果发现,该SNP在延黄牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。群体遗传参数分析发现,该突变位点的杂合度（He）相对较低,表明其在延黄牛群体中的变异较小,该位点属于中度多态（0.250.05）。结果表明,ALDH1A1基因内含子4在延黄牛中存在突变,能否作为延黄牛肉用性状的遗传标记有待于扩大样本数量进一步研究。