绍兴鸭微卫星DNA遗传多样性分析

采用鸭的6个高度多态且分布在不同连锁群上的微卫星标记,对原种绍兴鸭种群中48个体和青壳II系绍兴鸭种群中34个体分别进行遗传多样性分析,共检测到152个等位基因,每个微卫星座位上等位基因数介于20～30,基因频率分布在0～0.2,在两个种群中每个微卫星标记的杂合度及多态信息含量均在0.8以上。原种绍兴鸭在3个座位上处于Hardy-Weinberg不平衡状态,而青壳II系绍兴鸭在2个座位上处于Hardy-Weinberg不平衡状态,而且它们都在AY493314座位处于Hardy-Weinberg不平衡状态。研究结果表明:原种绍兴鸭与青壳II系绍兴鸭群体内均存在丰富的遗传多样性。     

秦川牛微卫星基因位点遗传多样性分析

利用PCR 技术和电泳银染技术检测了秦川牛BM2113、IDVGA2、TGLA44、IDVGA27、ETH10、ILSTS005、和IDVGA46等7个微卫星位点的多态性分布,计算了各个基因座的表观及期望杂合度、有效等位基因数、多态信息含量、固定指数和Shannon信息熵。结果显示,秦秦川牛群体的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,所选微卫星位点可用于秦川牛遗传多样性评估。     

利用微卫星标记分析糜子资源的遗传多样性

用种特异性SSR标记分析40份糜子种质资源的遗传多样性。研究发现5对引物共检测出13个等位变异位点,平均每对引物2~3个,平均每个SSR位点2.6个。Shannon指数为0.67~1.08,平均0.88。多态信息指数为0.46~0.67,平均0.58。在相似系数0.594处,将40份材料分为6类。第一类来自北方春糜子区和华北夏糜子区,包含14份材料;第二类来自东北春糜子区、西北春夏糜子区和北方春糜子区,包含6份材料;第三类来自北方春糜子区,包含5份材料;第四类来自东北春糜子区和北方春糜子区,由5份材料组成;第五类来自北方春糜子区,包括8份材料;第六类来自东北春糜子区和北方春糜子区,由2份材料组成。本研究旨在为中国糜子种质资源的评估和有效利用提供数据参考。     

雷州山羊和隆林山羊遗传多样性的微卫星分析

为了调查中国热带、亚热带主要山羊品种的遗传资源现状,应用14对微卫星引物,检测了隆林山羊和雷州山羊不同分布地区的群体遗传多样性水平。隆林山羊（柳州）、隆林山羊（百棚）、雷州山羊（徐闻）、雷州山羊（海南）各群体平均多态信息含量（PIC）分别为0.645、0.600、0.483、0.518;平均杂合度（H）分别为0.281、0.421、0.121、0.157;平均等位基因数（k）分别为5.17、4.93、4.64、4.5,3组数据综合说明两个山羊品种遗传多样性相对匮乏,群体遗传变异较低;NJ法聚类显示,隆林山羊两个群体聚为一类,再与雷州山羊（徐闻）聚在一起,最后为雷州山羊（海南）,这与两个品种的来源及地理分布基本一致。此研究结果为中国热带、亚热带山羊品种资源开发利用提供了基础资料和科学数据。     

‘早胜牛’微卫星基因位点遗传多样性分析

为了从分子水平上分析‘早胜牛’的遗传多样性,采用PCR技术和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术检测了‘早胜牛’IDVGA46、ILSTS005、IDVGA27、TGLA44、IDVGA2、BM2113和ETH10这7个微卫星位点的多态性分布,并计算‘早胜牛’各个微卫星位点基因座的等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度、多态信息含量。结果显示:112头‘早胜牛’样品在7个微卫星位点上共有25个等位基因,平均等位基因数为3.5714,平均有效等位基因数为3.0004,平均期望杂合度为0.6996,平均多态信息含量为0.6526。分析结果表明‘早胜牛’群体的遗传杂合度比较高,遗传多样性丰富,所选的微卫星座位点可用于‘早胜牛’遗传多样性评估。     

基于微卫星标记的中华鳖淮河品系遗传多样性分析

为了解中华鳖淮河品系的遗传多样性和遗传结构。本研究利用25个微卫星DNA标记分别对淮河品系中华鳖(淮河鳖)、黄河品系中华鳖(黄河鳖)和日本品系中华鳖(日本鳖)3个品系的遗传结构和系统进化进行分析。淮河鳖、黄河鳖和日本鳖的平均等位基因数(N_A)分别为5.08、5.44和6.20,平均有效等位基因数(N_E)分别为2.696、2.733和3.221,淮河鳖期望杂合度(H_E)为0.572高于黄河鳖(0.556),低于日本鳖(0.603),日本鳖遗传多样性最高,淮河鳖次之,黄河鳖最为贫乏。25个微卫星位点多态性均较高,淮河鳖、黄河鳖、日本鳖平均PIC为0.513、0.498和0.558,淮河鳖和日本鳖均属高度多态(PIC>0.5),黄河鳖为中度多态(0.25ST)分析显示,淮河鳖与黄河鳖之间属于中度分化(0.05 ST<0.15),淮河鳖与日本鳖、黄河鳖与日本鳖之间均属于高度分化(0.15ST     

水稻微卫星标记与遗传多样性的检测

遗传多样性是种内不同群体之间或一个群体内不同个体遗传变异的总和。千百年来，人类就是利用遗传多样性来培育新的农作物品种以对抗新虫害、新病害以及适应多变的气候和环境条件。检测手段从形态到分子水平的发展使得对遗传多样性的检测产生了质的飞跃，微卫星标记等位基因多态性高，通过PCR对其进行测定简单经济，作为第二代分子标记在检测物种的遗传多样性方面是一类很有应用价值的遗传标记。本文概述了微卫星标记在检测水稻遗传多样性中的应用及其数理统计的方法。     

基于trnH-pbsA序列的8种葱属植物系统遗传多样性分析

本研究主要通过对薤白、蒜、大葱、香葱、蒙古韭、阿拉善韭、宽叶韭、黄花葱8种葱属植物trnH-pbsA基因片段进行PCR扩增并测序,使用clustal X1.83、MEGA6.06等软件进行序列分析并构建系统进化树。PCR扩增显示宽叶韭未检出条带,其余7种葱属植物的trnH-pbsA序列长度在618 bp到626 bp之间,经MEGA6.06软件处理分析得到636个位点,序列中共501个保守位点,107个变异位点和104个简约信息位点。GC含量在34.9%~35.8%之间,种间的遗传距离在0.000~0.166之间,同源性在80%~99%之间。分子进化树表明,薤白与其余7种葱属植物分开,蒙古韭和阿拉善韭自展支持率为48%,蒜和香葱自展支持率为18%。薤白与其余7种葱属植物亲缘关系较远,大葱和香葱亲缘关系较近。     

苹果加工品种遗传多样性分析

中国长期以栽培鲜食苹果为主，对加工专用苹果还比较陌生。随着苹果产业链的不断延伸，中国以苹果浓缩汁为主的苹果加工业发展迅速，现已成为世界第一大苹果浓缩汁出口国。苹果酒等加工产品也在开发之中，对加工品种的需求日益迫切，因此了解苹果加工品种的生物学和遗传特征将有助于中国苹果加工品种的育种创新。     

甘蓝型油菜人工合成种遗传多样性分析

用RAPD及SSR技术对98份甘蓝型油菜人工合成种与46份甘蓝型油菜品种(系)进行遗传多样性分析。30条随机引物共扩增出332条带,其中多态性带309条,多态性比率为93.07%。33对SSR引物共扩增出134条带,其中多态性带129条,多态性比率为96.27%。经聚类分析与主成分分析,表明甘蓝型油菜人工合成种遗传多样性十分丰富。因此通过人工     

基于ITS序列研究南药益智遗传多样性

海南岛益智及其姜科资源丰富,本研究基于ITS序列分析技术来研究海南岛不同居群益智及其姜科资源的遗传多样性。在海南岛内采集23份样品,其中益智样品18份,其他姜科植物样品5份,并从GenBank中获取3份山姜属植物的ITS序列作为研究系统的外群。通过软件Mega5.1比较分析了益智及其姜科植物的遗传距离和ITS序列的变异位点和信息位点,构建了NJ系统树等分析了益智种内与其姜科植物种群间的遗传多样性。研究结果表明海南岛不同居群的益智种内ITS序列无差异,未发现遗传变异位点,而姜科植物种间差异显著,表明其遗传多样性丰富。本研究为南药益智的种质资源的保护和可持续利用奠定理论基础。     

云南野生大蜜蜂(Apis dorsata)群体遗传多样性的微卫星分析

为了阐明大蜜蜂的群体遗传特征,评价云南地区大蜜蜂的遗传多样性,本研究利用14对微卫星引物对采自云南省的35群野生大蜜蜂进行了群体遗传变异检测和遗传多样性分析。在大蜜蜂群体中共检测到51个等位基因,平均等位基因数为3.642 9,平均有效等位基因数2.809 2,平均期望杂合度为0.573 0,平均多态信息含量为0.524 3。根据Nei’s遗传距离用UPGMA方法对35群大蜜蜂进行亲缘关系分析,结果聚为A,B,C,D共4个支系。结果表明云南大蜜蜂群体遗传多样性相对贫乏,分化程度较低。     

微卫星分子标记揭示的杂草稻遗传多样性及群体分化

为了明确不同地理位置杂草稻群体的遗传多样性现状、遗传分化水平以及杂草稻群体之间的基因流。本研究利用24对SSR引物对来自黑龙江、吉林、辽宁、江苏和广东共17个杂草稻群体的469份杂草稻样本进行的遗传多样性及遗传分化分析。结果表明杂草稻群体的总体遗传多样性较为丰富(I=0.36, He=0.23),不同杂草稻群体间的遗传多样性指数差异较大,He在0.07～0.35之间。AMOVA分析结果表明,杂草稻群体70%的变异来源于群体间,30%的变异来源于群体内。聚类分析显示,相邻地区的种群间相似性较高,江苏省杂草稻的不同种群间存在较高遗传分化;遗传分化与基因流结果表明,17个杂草稻种群间总的Nm值为0.117,总Fst值为0.694。地理位置较近的种群间Nm普遍较高,Fst较低;而地理位置较远的种群间Nm普遍较低,Fst较高。总之,本实验中的杂草稻群体总体的遗传多样性水平较高,群体之间的遗传多样性指数差异较大;杂草稻群体间的遗传分化显著大于群体内的分化,符合遗传距离的空间隔离模型;杂草稻群体间和地区间有一定水平的基因流,本研究对理解杂草稻在农田生态系统中的适应性进化及制定杂草稻控制策略具有重要意义。     

菜豆DUS测试标准品种SSR遗传多样性分析

为了对《植物新品种特异性,一致性和稳定性测试指南菜豆》标准品种选用的合理性进行评价,为测试指南进一步的修订和完善提供分子层面的参考依据,本研究对菜豆DUS测试标准品种的遗传多样性进行分析。结果显示,33对核心引物在26个标准品种中共检测到214个等位变异,平均每对引物检测到了6.49个等位变异,该套引物的Shannon's信息指数在0.515 8～2.125 7之间,均值是1.295 7;多态信息含量(PIC)处于0.248 0～0.860 9之间,平均值为0.604 0。26个标准品种的遗传相似系数在0.03～0.85之间,平均值为0.31,表明品种间遗传多样性较丰富,标准品种选择较为合理。其中仅‘双阳大花皮’和‘大家花雀蛋间’的遗传相似系数大于0.8,且二者在测试指南中均只指示一个性状,可以根据这一结果开展进一步田间对比试验,尝试减少标准品种数量,提高DUS测试效率。     

玉兰亚属及其近缘种植物遗传多样性分析

为了探析玉兰亚属(Subgenus Yulania)亲缘关系及遗传多样性,掌握玉兰亚属更多分子身份信息,本研究采用SSR分子标记技术,以14种玉兰亚属及其9个近缘种植物为材料,利用毛细管电泳技术进行检测,根据结果对23份材料进行聚类分析,并构建了玉兰亚属及其近缘种的指纹图谱。18对引物共检测到251个多态位点,多态性比率达100%。PIC含量变化范围为0.750 8～0.948 2,平均0.879 4。Nei's基因多样性指数最大为0.499 8,最小为0.043 0,Shannon信息指数变化范围为0.105 7～0.692 9,平均值0.213 5。结果表明,供试材料具有较丰富的遗传多样性,玉兰亚属、木兰亚属(Subgenus Magnolia)及含笑属(Michelia) 3个类群明显分开,在遗传相似系数0.776处供试玉兰亚属材料可分为4个组:紫玉兰组(section Tulipastrum)、玉兰组(sect.Yulania)、望春玉兰组(sect. Buergeria)、朱砂玉兰组(sect. Soulangeana)。建议将新种红花玉兰(Magnolia wufengensis)归并到玉兰组,不建议将含笑属与玉兰亚属合并。天目木兰(Magnolia amoena)与黄山木兰(Magnolia cylindrica)亲缘关系较近,紫玉兰(Magnolia liliflora)与望春玉兰组亲缘关系较近,源自美洲的渐叶木兰品种‘黄鸟’玉兰(Magnolia acuminata'Yellow Bird')与中国的各种玉兰亲缘关系较远。本研究分析了玉兰亚属及其近缘种的遗传多样性及亲缘关系,获得了指纹图谱,可为玉兰亚属种质资源的系统分类及种质鉴定提供依据。     

7种兰属种质表型性状遗传多样性分析

为了解兰属种质间的亲缘关系,提高兰属种质的利用效率,从43个形态特征对7种280份兰属种质进行了遗传变异分析、主成分分析及聚类分析。结果表明,兰属种质表型多样性丰富,数量性状变异程度高,种间平均变异系数(CV值)在13.17%~38.89%之间,其中春兰多样性最为丰富,各性状变异系数均在20%以上。质量性状Shannon-Weaver多样性指数(I)种间平均在0.10~1.69之间,其中I值最小的是花被片数量,最大的是花的主色及花瓣主色;种内以大花蕙兰各性状I值较大,其次是春兰,多样性丰富;墨兰种内稳定性较好。所有种质唇瓣以有斑点、无条纹占多数;萼片以无斑点居多。主成分分析筛选出对总体方差累计贡献率达89.407%的4个主成分,可反映7种兰属种质的总体形态表现。在卡方距离3.73处可分为两大类,一类包含大花蕙兰和杂交兰;其余5种国兰聚为第二类;春兰和蕙兰种间距离最短,其次是杂交兰和大花蕙兰。本研究为兰属种质间的亲缘关系提供了理论依据。     

基于叶绿体片段序列的苹果属植物遗传多样性

从叶绿体基因水平上研究中国原产苹果属植物的遗传多样性以及不同种在不同区域范围的单倍型的系统进化关系,为其起源演化、保护和利用提供依据。基于叶绿体基因间区trnH-psbA、trnS-trnG spacer+intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF,对来源于12个省区的722份苹果属植物种质进行序列分析,4个区域合并之后片段长度为4 120 bp,共有579个多态性变异位点和100个单倍型,核苷酸多样性(Pi)和单倍型多样性(Hd)分别为0.009 52和0.879,两者最高的区域为trnH-psbA(Hd=0.808,Pi=0.034 09)。Tajima′s D检验中,4个cpDNA区域合并后的Tajima′s D值为-1.503 16,在P>0.10检测水平上不显著,遵循中性模型。AMOVA分析表明,遗传变异主要存在于种群间和种内居群内。单倍型分布及网络结构分析结果表明,邻接网络中心位置的缺失单倍型闭合成环,苹果属不同种具有不同的演化路线,各个种间以及同种种质在不同地域起源演化过程中具有错综复杂的关系,相对古老的单倍型H₆和H     

四种金鱼的遗传多样性研究

利用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对红白龙睛蝶尾、狮头、黑龙睛、红白高头珍珠鳞四个品种金鱼进行基因组DNA的遗传多样性分析。在事先优化的条件下,试验从选用的40个随机引物中筛选出8个有效引物。共检测到72个清晰稳定的位点,大小为300bp～2500bp,其中48个位点具有多态性,各品种的多态位点比例分别为38.98%,40.29%,48.61%,30.56%,Shannon信息指数为0.1704～0.2954。遗传距离显示四个品种金鱼有一定遗传分化,其中狮头与红白高头珍珠鳞遗传距离最大(0.2303),红白龙睛蝶尾与黑龙睛遗传距离最小(0.0784)。利用UPGMA进行聚类分析表明,红白龙睛蝶尾和黑龙睛亲缘关系最密切,其次是狮头,最后为红白高头珍珠鳞。引物OPY17扩增获得的350bp片段为红白高头珍珠鳞的特异分子标记,可用于红白高头珍珠鳞的鉴别。     

基于转录组序列的胡萝卜EST-SSR标记开发及遗传多样性分析

胡萝卜(Daucus carota var. sativa)是一类重要的全球性蔬菜作物。为了全面了解其转录组SSR位点特点,并开发胡萝卜EST-SSR分子标记,本试验对胡萝卜的根、茎、叶混合组织进行转录组测序分析,共获得42 668条Unigene,其中6 611条Unigene序列中含有8 241个SSR位点,SSR发生频率为15.49%,平均分布为0.665 0 kb。主要优势重复序列为二核苷酸,占总SSR的45.35%。以48份胡萝卜为材料,从60对SSR引物中筛选出21对条带清晰稳定、多态性高的引物,其中有11对引物多态信息含量(PIC)大于0.500 0,属于高多态性引物,这些引物占开发引物的52.38%,表明筛选出的21对SSR引物具有较好的遗传多样性。聚类分析可将48份胡萝卜材料在相似系数为0.687 2处分为四类,聚类结果与胡萝卜颜色和产地存在一定的相关性。试验结果为胡萝卜的种质资源鉴定、品种鉴别和分子标记辅助育种等研究提供理论依据。