西瓜种质资源遗传多样性的SRAP分析

【研究目的】研究西瓜材料之间的亲缘关系及其分类,为进一步利用和创新材料、培育新的品种提供依据;【方法】采用SRAP技术对64份西瓜种质资源的遗传多样性进行了研究;【结果】从700多个引物组合中筛选出了51个条带清晰、多态性高的引物组合来分析供试材料,共产生431条扩增带,其中243条带具有多态性,多态性频率平均为56.4%,除去非洲野生型57号材料,其它材料间多态率为39.4%。将243条多态性SRAP条带,利用NTSYS软件计算了64个材料间的遗传相似系数,其变化范围为0.47~0.97,除非洲野生型材料57号等4个差异较大的材料,其它材料间变化范围仅为0.87~0.97;【结论】说明目前西瓜育种的大多数材料间同源性较高,遗传分化较小,其遗传基础非常狭窄。该研究结果对利用特殊种质、合理选择杂交亲本具有一定的参考价值。     

青蒿种质资源遗传多样性的SRAP分析

以45份青蒿种质为试材,将分子标记SRAP(sequence-related amplified polymorphism)应用于青蒿种质资源的遗传多样性研究.利用TREECONW软件分析遗传相似系数,UPGMA方法聚类,构建亲缘关系系统图.结果表明:30对引物组合共得到382条扩增条带,其中有312条呈现多态性,占81.7%,从DNA分子水平显示出供试种质遗传多样性较为丰富.遗传相似系数变化范围0.683 6～0.857 1.聚类分析表明,青蒿种质亲缘关系与来源地无明显相关性,仅在小分支中表现出一定的地域相关性.     

山杏种质资源遗传多样性的SRAP分析

本研究利用SRAP分子标记对25个山杏无性系的遗传多样性进行了分析。结果表明从100对引物中筛选稳定性好,多态性高的22对引物用于25个山杏无性系多态性条带的扩增,共扩增出564条带,其中多态性条带443条,多态性达78.5%。应用NTSYS软件计算相似系数,最低为0.227,最高为0.956,将25个山杏无性系在相似系数0.625处分成8个类群,从而明确了各种质间的亲缘关系。研究结果可为山杏杂交育种亲本的选配提供理论数据和技术参考。     

甘蓝种质资源遗传多样性的SRAP分析

本研究利用26对SRAP引物组合对46份甘蓝材料的遗传多样性和亲缘关系进行了分析,以期为甘蓝亲本选配提供参考。结果表明这26对引物共扩增出稳定清晰的条带439条,其中多态性条带为227条,多态性位点比率为51.7%。根据SRAP扩增结果,应用NTSYSpc2.1数据分析软件计算各品种间的遗传相似系数,结果表明这些材料间的遗传相似系数的变化范围是0.41～0.99。在相似性系数为0.568的水平上,可将46份甘蓝品种分为4大类,除第4类是形态特征明显有别于其它材料的抱子甘蓝外,其余3类结球甘蓝的主要聚类依据是其开花时间依次间隔一个星期左右。     

菜心种质资源遗传多样性的SRAP分析

为了合理利用菜心种质资源及提高菜心的育种效率,以44份菜心为试验材料,采用SRAP分子标记对菜心及其近缘种进行了遗传多样性分析。结果表明,27对引物共扩增出稳定清晰的条带418条,其中多态性条带为171条,多态性位点比例为40.2%。根据SRAP扩增结果,应用NTSYSpc2.1数据分析软件计算各品种间的遗传相似系数,表明这些材料间的遗传相似系数的变化范围是0.509~0.900。在相似系数为0.638的水平上,可将44份菜心分为2大类,第一类包括来自湖南的紫红菜薹,另一类包括其他所有绿叶菜薹品种。     

花椰菜种质资源遗传多样性SRAP标记分析

为了从分子水平上揭示花椰菜种质资源间的亲缘关系,为其种质搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础。本研究采用SRAP分子标记技术对24份花椰菜种质资源进行遗传多样性研究。从30个引物组合中筛选得到23对多态性引物组合,共检测到257条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数从5到20不等。其中多态性片段为185条,多态性比例为71.98%,表明花椰菜种质间具有相对丰富的遗传多样性。相似系数分析表明种质间遗传相似系数为0.5491~0.9626,平均为0.7490。SRAP分子标记聚类分析结果显示来源和地域可作为花椰菜种质聚类的农性状之一。     

新疆薰衣草种质资源遗传多样性SRAP分析

为给薰衣草育种研究提供科学依据,本研究采用SRAP分子标记技术对65份薰衣草种质资源遗传多样性及亲缘关系进行评价,结果表明11对多态性引物共扩增出192个条带,其中多态性条带182个,多态性比率为94.79%。65份薰衣草的遗传相似系数范围为0.510 4～0.885 4,平均值为0.650 2;遗传距离范围为0.121 7～0.693 1,平均值为0.337 3;等位基因数(Na)为1.963 5,有效等位基因数(Ne)为1.555 6,Nei's基因多样性指数(He)为0.320 3,Shannon信息指数(I)为0.479 3。聚类分析把供试材料分为4个类群:第Ⅰ类群包括35份、第Ⅱ类群包括1份、第Ⅲ类群包括1份和第Ⅳ类群包括28份种质。本研究表明新疆薰衣草种质资源的遗传背景相对狭窄,为了创制优异的薰衣草新品种,需要引入更多亲缘关系较远的薰衣草种质资源。     

基于SRAP的藜麦种质资源遗传多样性分析

采用SRAP分子标记分析了60份藜麦种质的遗传多样性。结果表明,筛选出的11对SRAP引物共扩增出60条特异性带,引物多态信息含量(PIC)均值为0.3199;等位基因数(N_a)均值为1.9375;有效等位基因数(N_e)均值为1.5384;Nei’s基因多样性指数(H′)均值为0.3135;香农信息指数(I)均值为0.4711。60份藜麦种质材料的遗传相似系数平均值为0.6748,在遗传相似系数0.69和0.72处,可将60份藜麦材料分为4大类和9个亚类。     

基于SRAP标记的大蒜种质资源遗传多样性分析

采用SRAP分子标记技术对18个大蒜群体的遗传多样性进行分析,用Popgene 32软件计算遗传多样性参数,并采用NTSYS pc21-2软件进行种质间的UPGMA聚类分析和基于遗传一致度的群体间聚类分析.结果表明,22对引物扩增出161条多态性条带,引物的多态性信息指数(PIC)在0.6357～0.8897之间.种质...     

地方晒烟种质资源SRAP标记的遗传多样性分析

解析地方晒烟种质资源的遗传背景,为晒烟种质的高效利用提供依据。本研究筛选多态性丰富的14对SRAP引物组合,对贵州省内广泛地理来源的136份地方性晒烟资源进行遗传多样性分析,根据Model-base和NJ聚类进行遗传结构分析。结果表明:参试材料具有较高的遗传多样性,共扩增出250个稳定的多态性位点,多态性位点比率为97.6%,有效等位基因数(Ne)为1.22,Nei's基因多样性指数(H)为0.15,Shannon's信息指数(I)为0.26,材料间平均遗传距离为0.778,多数材料间亲缘关系较远。Model-base遗传结构分析和NJ聚类结果一致,将总材料划分为三大亚群,亚群Ⅰ包含46份资源,亚群Ⅱ包含47份资源,亚群Ⅲ包含43份资源,划分结果与材料的地理来源关系不大,三个亚群多样性依次为:亚群Ⅱ亚群Ⅰ亚群Ⅲ。     

荔枝种质遗传多样性的SRAP分析

为评价荔枝种质的遗传多样性,从88对SRAP引物中筛选出22对多态性高、稳定性好的引物,用于研究46个荔枝品种.每对引物组合产生6～19条谱带,其中多态性条带284条,占总带数的97.93%.46个种质的相似系数在0.469～0.838之间,平均相似系数为0.644.其中,秤砣与红荔的相似性系数最大,亲缘关系最近;小丁香与三月红、三月红与A13两对相似系数最小,亲缘关系最远.UPGMA聚类分析显示,在相似系数为0.644处46份荔枝供试品种被划分为4个类群,并且来源地相同的品种间亲缘关系较密切.22对多态性引物中,引物me7-em2在海垦18中扩增出1条特征谱带,引物me3-em7在水东中也扩增出1条特征谱带,而仅凭这1条特征带就可以将荔枝品种海垦18或水东与其它材料区别开来.这说明SRAP标记可用于荔枝的品种鉴定和群体遗传结构的研究.     

贵州核桃农家品种种质资源遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP分子标记技术对采自贵州省盘州市、普安县、贵阳市、兴义市、毕节市、威宁县、沿河县种源地的168份核桃农家种样品进行遗传多样性分析.结果表明,从132对引物组合中筛选出了19对图谱带型清晰、丰富、重复性好的引物组合;168份样品用这些引物组合共扩增出309条清晰可重复的条带,其中多态性条带281条,多态性比率为...     

53份大薯种质资源SRAP标记的遗传多样性分析

利用SRAP分子标记技术对中国南方53份大薯种质资源进行了遗传多样性的分析,筛选获得49对多态性SRAP引物。Genalex的分析结果表明,各位点差异等位基因(Na)平均为1.640,有效等位基因(Ne)平均为1.437,Shannon指数(I)平均为0.361,多样性平均(h)为0.246,多态性信息含量(p)为62.5%。聚类分析的结果表明,供试材料的遗传相似性系数在0.354 2~0.885 4之间,均值为0.630 0。在遗传相似性系数(GS)为0.60时将供试材料分为5类,来自同一地区的种质并未聚在一起。     

贵州饲用燕麦种质资源的SRAP遗传多样性分析

为了开发利用贵州的野(逸)生饲用燕麦资源,对收集的部分资源进行了SRAP遗传多样性分析,从100对引物中筛选出了30对谱带清晰并呈现多态的引物用于研究22份燕麦资源,其结果如下:(1)30对引物共扩增出204条条带,其中89条为多态性条带,多态性条带比例为43.63%;GS值的变化范围为0.715 7～0.990 2,平均值为0.844 6。表明供试燕麦材料具有较为丰富的遗传多样性。(2)对所有燕麦材料进行聚类分析,在GS值为0.85处聚为4类,结果表现出一定的地域性规律,即来源相同或生态坏境相似的材料大致聚在一起。     

苦荬菜种质资源SRAP遗传多样性与亲缘关系分析

本研究利用SRAP分子标记技术研究30份苦荬菜(Ixeris polycephala)间遗传关系和遗传多样性,从209对引物组合里筛选出32对条带清晰,多态性好的引物组合。扩增总条带数430条,多样性条带381条,多态性百分率88.60%;栽培驯化新品系平均遗传相似系数0.837,苦荬菜品种平均遗传相似性系数为0.805,POPGENE分析得知基因多样性指数变幅0.128 3~0.260 3,Shannon指数变幅0.189 8~0.394 3,其中栽培驯化新品系多态性条带、基因多样性指数、Shannon指数要略高于苦荬菜品种,说明栽培驯化新品系与苦荬菜品种有一定的相似性,其遗传多样性水平要略高于苦荬菜品种;UPMGA聚类分析将30份苦荬菜划分为6个类群,6个苦荬菜品种与18个栽培驯化新品系划分在第I类群,野生种被划分在其余5个类群中,聚类分析与主成分分析结果相对一致。基于SRAP标记分析不同类型间苦荬菜遗传关系,为牧草新品种选育优良杂交组合提供重要的理论依据。     

马铃薯种质资源遗传多样性分析及杂交子代SRAP鉴定

探讨马铃薯种质资源的遗传多样性并准确鉴定马铃薯杂交子代身份的真实性是马铃薯分子育种工作研究的重要内容。本研究基于SRAP分子标记分析54份马铃薯种质资源遗传多样性,并对"青薯7号(♀)"×"陇薯3号(♂)"杂交组合的50个杂种F1单株进行分子鉴定。结果表明:(1)从88对引物组合中筛选出12对主带清晰、条带丰富、多态性好的引物组合,对54份马铃薯种质资源的遗传多样性进行分析;共扩增出谱带215条,其中多态性条带180条,多态性比率为83.72%,多态性较高。(2)通过UPGMA法对54份马铃薯种质材料聚类分析显示,54份供试材料品种间遗传相似系数为0.55~0.83,平均为0.61;在遗传相似性系数0.645 6处,可将54份种质资源分为6大类群,包括5个复合组和1个独立类;54份马铃薯种质材料物种水平多样性条带百分率(PPB)为83.72%、Shannon多样性信息指数(I)为0.502 8±0.185 7、Nei's基因多样度指数(H)为0.335 5±0.148 1、平均每个位点上的观察等位基因数(Na)为1.990 7±0.096 2、平均每个位点的有效等位基因数(Ne)为1.565 1±0.323 2。这些结果说明,供试马铃薯品种间的遗传多样性相对丰富,遗传差异较大。(3)应用两个亲本之间17对具有父本特征条带的SRAP引物对"青薯7号(♀)"×"陇薯3号(♂)"杂交组合的50个杂种F1代进行子代真实性分子鉴定,初步判定所有杂种F1均为真实的杂交种。本研究结果可为马铃薯亲本的筛选及杂交子代早期鉴定提供理论数据和技术参考。     

基于SRAP分子标记的黑龙江紫苏种质资源遗传多样性分析

为研究紫苏遗传多样性,后续选育紫苏新品种,本研究运用SRAP分子标记方法,通过使用21对SRAP引物对100份紫苏种质资源进行SRAP分子标记遗传多样性分析。结果显示100份紫苏样品,紫苏种质遗传多样性单群体观察等位基因(Na)为1.976 6,有效等位基因数(Ne)为1.685 9,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.388 3,Shannon信息指数(I)为0.567 6,表明紫苏种质遗传多样性较为丰富。紫苏种质遗传多样性多群体观察等位基因(Na)为2.500,有效等位基因数(Ne)为1.980,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.495,Shannon信息指数(I)为0.711。组间显著性为0.03,差异性较大,说明各群体之间遗传差异性大;组内差异不显著,说明组内群体遗传纯合度高。试验结果为紫苏种质资源的精准评价、核心种质的构建和紫苏品种的选育提供数据支撑。     

豇豆种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP和SSR分析

为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41 份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65 对SRAP引物和10 对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31 对SRAP引物和5 对SSR引物,对41 份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2 种PCR扩增共获230 条扩增条带,其中SRAP检测到196 条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3 条,多态性 片段为161 条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34 条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8 条,多肽性片段为25 条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP 和SSR 标记的结果,利用UPGMA 构建了41 份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674 以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41 份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。     

以SRAP和EST-SSR标记分析芝麻种质资源的遗传多样性

利用SRAP和EST-SSR分子标记对192份国内外芝麻种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,2种标记都能很好地揭示品种间遗传关系;在31对SRAP引物组合扩增的270个等位基因中多态性占62.08%,平均每对引物可以检测5.45个;25对SSR引物扩增的136个等位基因中56.28%呈多态性,平均每对检测引物产生3.04个。UPGMA聚类结果显示,在相似性系数为0.70时,192份材料可被分为3个类群;阈值为0.75时类群Ⅰ又可分为6组,表明芝麻品种遗传多样性比较丰富。我国南部地区芝麻品种遗传多样性(多样性指数H_i=2.572)较中部(H_i=2.117)和北部地区 (H_i=2.114)丰富。分析结果将有助于更好地保护和利用芝麻种质资源,并为育种工作提供依据。