利用微卫星标记分析两个吉富罗非鱼群体的遗传差异

[目的]评价不同吉富罗非鱼群体的遗传多样性,筛选出鉴别不同群体的分子标记,为吉富罗非鱼种质资源保护及其新品种选育提供理论依据.[方法]对48尾来自两个不同群体的吉富罗非鱼进行尾静脉采血,抽提其基因组DNA,应用微卫星标记技术判定其等位基因和基因型,然后采用GenAlEx 6.2、Cervus 3.0和Populations软件进行数据分析,计算有效等位基因数(Ne)等群体遗传多样性相关参数,对两个吉富罗非鱼群体进行遗传差异分析.[结果]从50对微卫星引物中筛选出23对扩增产物稳定、条带清晰、特异性好的引物,扩增出的DNA片段大小在110～388 bp.利用23个微卫星位点,从两个吉富罗非鱼群体中共检测到89个等位基因和163种基因型,平均每个位点的等位基因数(Na)3.8个、基因型7.1种.两个吉富罗非鱼群体的平均观察杂合度(Ho)分别为0.6383和0.5957,平均期望杂合度(He)分别为0.5759和0.5559;23个位点在两个群体中平均多态信息含量(PIC)分别为0.5131和0.4942,平均固定系数(FIS)分别为-0.1184和-0.0718;两个群体间的遗传距离(DA)为0.1287,平均遗传分化系数(FST)为0.135.UNH911、GM141、GM287、GM134等4个位点在两个群体中扩增的条带存在明显差异.[结论]两个吉富罗非鱼群体遗传多样性水平较高,均存在杂合子过剩现象,群体间遗传分化程度中等,具有较强的环境适应能力,且选育空间大.UNH911、GM141、GM287、GM134等4个微卫星位点可作为鉴别两个吉富罗非鱼群体的分子标记,也可用于分子标记辅助育种研究.     

6个罗非鱼群体的遗传多样性及遗传关系研究

【目的】探讨6个罗非鱼群体内的遗传多样性及群体间的遗传关系。【方法】利用20个微卫星标记分析6个罗非鱼群体的遗传多样性,研究其群体内遗传多样性和群体间遗传关系。【结果】19个微卫星位点扩增产物具有多态性,每个位点平均等位基因数为7.63;吉富尼罗罗非鱼、广东尼罗罗非鱼、美国尼罗罗非鱼和埃及尼罗罗非鱼遗传多样性较高,其平均杂合度分别为0.6150,0.5999,0.5927和0.6227,平均多态信息含量分别为0.6070,0.5302,0.5095和0.5205,平均有效等位基因数分别为2.8663,3.1321,2.6495和3.3668;而广东和美国2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低,其平均杂合度分别为0.3548,0.3805,平均多态信息含量分别为0.2817和0.2807,平均有效等位基因数分别为1.9338和1.7077。UPGMA系统树分析结果表明,6个罗非鱼群体分为2支,其中2个奥利亚罗非鱼群体聚为一支,4个尼罗罗非鱼群体聚为一支。【结论】4个尼罗罗非鱼群体具有丰富的遗传多态性,而2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低。19个微卫星标记均可用于罗非鱼群体的遗传多样性和系统发生关系的分析。     

新疆褐牛种群遗传多样性分析

[目的]检测新疆褐牛的遗传多样性及其不同居群(杂交类型)的亲缘关系.[方法]采用8对微卫星分子标记对新疆褐牛的4个群体进行遗传多样性与遗传结构分析.[结果]在192个个体扩增得到72个等位基因,每个位点平均等位基因数(A)为9.4个新疆褐牛群体的平均预期杂合度(HE)为0.716 2,平均观察杂合度(H0)为0.695 4,群体处于遗传平衡状态.群体平均多态信息含量和平均杂合度较高,4个群体8个位点的平均多态信息含量分别为0.673 6、0.622 0、0.626 5和0.541 3.群体基因流BM2133位点最大(7.0965),BM1824位点最小(2.112 8),各位点平均基因流为4.008 9,4个群体间存在一定的基因交流.4个群体间的遗传变异为5.87;,另外94.13;的遗传变异由个体间的差异产生.基因流不是主导新疆褐牛种群遗传结构的关键因素.聚类分析显示4个群体可按遗传距离分为两类.[结论]新疆褐牛4个群体的遗传多样性丰富,可作为育种材料培育牛的新品种与新疆褐牛新类型.     

吉富罗非鱼亲本家系遗传结构与体质量的相关性分析

[目的]筛选出与吉富罗非鱼体质量相关的分子标记,为其家系选育及分子标记辅助育种奠定基础.[方法]以10个吉富罗非鱼亲本家系为研究对象,利用微卫星标记技术测定其遗传多样性参数,统计各家系间的遗传相似性系数(Ⅰ)和遗传距离(DA),并对遗传参数与体质量进行相关性分析.[结果]10个吉富罗非鱼亲本家系间遗传变异不明显,有效等位基因数(Ae)为2.65～3.02,多态信息含量(PIC)为0.52～0.57,观测杂合度(Ho)为0.94～0.98,期望杂合度(He)为0.62～0.66,固定系数(Fis)为-0.65～-0.52,说明27个基因座均表现为杂合子过剩(Fis＜0).27个微卫星基因座中,与雄鱼体质量相关的微卫星标记有UNH899、UNH906和UNH913,与雌鱼体质量相关的微卫星标记有UNH899、UNH222、UNH846、UNH913和UNH999,且不同基因型间雌、雄性罗非鱼体质量均存在显著差异(P＜0.05).[结论]吉富罗非鱼亲本家系存在杂合子过剩现象,属高度多态性群体,遗传信息丰富,具有较大的遗传潜力和选育空间,其中UNH899和UNH913是雌、雄性吉富罗非鱼体质量的相关通用标记或共有基因座,但两性间的最重体质量控制基因型不同.     

暗纹东方鲀微卫星筛选和群体遗传多样性分析

为了解长江野生暗纹东方鲀群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5%)能扩增出特异性条带。利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方鲀群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为5.1。10个位点平均观察杂合度(Ho)为0.820 0,平均期望杂合度(He)为0.692 8,平均多态信息含量(PIC)为0.630 0。8个位点表现为高度多态(PIC>0.5),2个位点表现为中度多态(0.25相似文献   

中国美利奴羊(新疆型)及其杂交后代群体遗传多态性研究

[目的]研究4个微卫星标记在3个绵羊群体中的遗传多态性,以期找到与生长性状相关的遗传标记,为标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]采用微卫星标记技术研究4个微卫星标记在3个绵羊群体(中国美利奴羊、中国美利奴羊与德国美利奴羊的杂交后代、中国美利奴羊与萨福克羊的杂交后代)中的遗传多态性,利用Popgene( Versionl.32)软件计算等位基因频率(P)、基因杂合度(H)、有效等位基因数(Ne);用PIC - CALC软件计算多态信息含量(PIC).[结果]4个微卫星标记在3个绵羊群体中共检测到26个等位基因,平均每个标记检测到6.5个等位基因,平均有效等位基因数(Ne)分别为4.384 8、5.4520、5.006 8,平均杂合度(H)分别为0.771 3、0.812 2、0.799 6,平均多态信息含量(PIC)分别为0.742 2、0.785 3、0.770 6.[结论]4个微卫星标记在3个绵羊群体中均表现为高度多态,可以用作绵羊遗传多样性的评估,可望作为生长性状选择的遗传标记.     

陕南水牛微卫星DNA遗传多样性研究

【目的】分析4个陕南水牛群体的遗传多样性,为陕南水牛品种的资源保护和开发利用提供理论支持。【方法】利用10对微卫星引物,采用PCR扩增和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对192头陕南水牛(分别采自城固、南郑、宁强和汉滨4个群体,每群体48头)进行了遗传多样性检测,统计了各群体的等位基因频率、等位基因数、有效等位基因数(Ne)、遗传杂合度(H)、各群体间的奈氏标准遗传距离及多态信息含量(PIC),根据遗传距离进行了聚类分析。【结果】4个陕南水牛群体在10个微卫星位点共发现104个等位基因,其中有8个特有等位基因,等位基因频率为0.0052～0.3490,总群体各位点平均有效等位基因数为4.0174～13.1469;10个微卫星位点平均多态信息含量为0.7007～0.8932,均为高度多态;平均杂合度为0.7550～0.9288。聚类分析结果显示,城固群体与南郑群体首先聚在一起,然后依次同宁强、汉滨水牛群体聚在一起。【结论】10对微卫星标记可作为有效的遗传标记用于陕南水牛遗传多样性的分析;陕南水牛群体变异程度多样性丰富,选育程度较低;聚类分析结果符合陕南水牛的地理分布格局和产区的自然环境,4个群体之间遗传差异较小,遗传一致性程度较大。     

两个人工选择奥利亚罗非鱼群体系统发育 及其遗传多样性分析

[目的]了解人工选择偏好对奥利亚罗非鱼遗传多样性的影响,为今后人工选育及生产提供参考依据.[方法]对两个奥利亚罗非鱼群体(那马群体和武鸣群体)各70尾个体的线粒体DNA的D-loop区序列、CoI基因和Cytb基因进行测序及系统进化研究,并选用20对微卫星标记对其遗传多样性进行分析.[结果]基于D-loop区序列两个群体共检测出32个单倍型,其中共享单倍型6个;基于CoI基因共检测出23个单倍型,其中共享单倍型16个;基于Cytb基因共检测出14个单倍型,其中共享单倍型10个.基于D-loop区序列、CoI基因和Cytb基因单倍型分别构建的系统发育进化树显示,武鸣群体和那马群体的个体交错在一起,地理差异不明显,且采用NJ法和ME法构建系统发育进化树的进化拓扑结构基本相似.20对微卫星引物均能在奥利亚罗非鱼中获得稳定有效的扩增条带,其中有18个微卫星位点呈多态性;那马、武鸣群体的平均等位基因数(Na)分别为6.5000和7.9444,平均有效等位基因数(Ne)分别是3.9857和4.7268,平均观测杂合度(Ho)分别为0.7123和0.7752,平均期望杂合度(He)分别为0.9614和0.9711、平均Nei期望杂合度分别为0.7017和0.7636,均表现为武鸣群体略高于那马群体.两个群体的遗传分化系数(Fst)在不同微卫星位点间差异明显,其变化范围为0.0173(GM241)~0.2318(UNH868),平均0.0997;从单群体近交系数(Fis)和总群体近交系数(Fit)来看,所有微卫星位点的数值均为负值.[结论]经短期人工选择的武鸣群体奥利亚罗非鱼遗传多样性较被长期人工选择的那马群体遗传多样性丰富,即短期内的不同人工选择偏好对线粒体DNA的遗传影响较小.     

应用微卫星标记分析一个日本锦鲤人工养殖群体的遗传多样性

采用12对微卫星引物,对一个日本锦鲤(Japanese koi)人工养殖群体的遗传多样性进行了检测.结果表明:该日本锦鲤群体在12个微卫星位点的平均等位基因数(Na)为4.916;群体的平均观测杂合度(Ho)为0.177 8;平均期望杂合度(He)为0.636 6;平均多态信息含量为0.554 9,表明其遗传多样性呈中等水平.     

凡纳滨对虾遗传多样性的微卫星DNA分析

通过对5个微卫星座位的聚合酶链式反应(PCR)扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测,探究凡纳滨对虾群体的遗传多样性。结果表明,供试的凡纳滨对虾群体在5个微卫星位点上有2~4个等位基因,平均等位基因数3个,平均杂合度0.5755,平均多态信息量0.4864,平均有效等位基因数2.5053。全群基因纯合度0~0.8,平均0.3917。显示凡纳滨对虾群体遗传多样性水平处于中度多态。     

奥尼罗非鱼及其亲本的微卫星分析

运用SSR技术对奥利亚罗非鱼（Oreochromis aureus♂）、尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus♀）及其杂交子代（O．aureus♂×O．niloticus♀）的遗传多样性进行了研究。从12对微卫星引物中筛选出8个微卫星特异性位点,其中奥利亚罗非鱼（♂）特异位点7个;尼罗罗非鱼（♀）5个;杂交子代6个。利用这8个位点检测3个群体的遗传结构,共检测到63个等住基因,平均等位基因2．4394个,奥利亚罗非鱼（♂）、尼罗罗非鱼（♀）和杂交子代的平均观测杂合度分别为O．7083、0．9015和0．9787;平均期望杂合度分别为0．5341、0．5761和0．6435,平均多态信息含量（PIC）分别为0．4133、0．4693和0．5584。结果表明,3个群体的遗传多样性水平都较高,其中杂交子代群体的遗传多样性水平最高,奥利亚罗非鱼群体遗传多样性最低;基于Nei＇s遗传距离的聚类分析显示尼罗罗非鱼（♀）和杂交子代的遗传距离较近。     

SPF莱航鸡种群的微卫星多态性分析

【研究目的】利用5个微卫星位点对两个SPF莱航鸡封闭群进行了遗传检测,探讨群体内的遗传多态性,以期为实验用鸡遗传质量监测提供理论依据。【方法】PCR扩增后用ABI-3100Avant全自动基因分析仪进行电泳检测,用Genemapper3.1软件进行片段大小分析,收集电泳结果并进行基因分型。【结果】5个微卫星标记在A、B两个鸡群中共检测到20个等位基因,平均为4个;两个鸡群的平均杂合度为0.6211,平均多态信息含量为0.6663,表明所选标记在SPF莱航鸡群中有较高的多态性;adl176位点的180峰仅出现在A群中,188、191两峰在两个群体中的频率相差极大,可作为品系鉴定的理想引物。【结论】大部分微卫星具有多态性,若进行大范围筛查,必能找到一些特异位点为遗传监测所用。     

利用多重荧光PCR分析秦川牛遗传多样性

[目的]分析秦川牛的遗传多样性,加强对该品种资源的保护。[方法]利用15个微卫星座位,运用多重荧光PCR技术对59头秦川牛个体的基因组DNA进行扩增,通过等位基因频率、多态信息含量、基因杂合度和有效等位基因数分析秦川牛品种的遗传多样性。[结果]结果表明:在15个座位的等位基因数为5～18个,平均等位基因数为10.3个;各座位上的杂合度都较高,平均杂合度为0.7959;平均有效等位基因数为5.3066;15个座位中多态信息含量为0.6441～0.8649,均为高度多态。[结论]通过荧光标记可用于牛品种遗传多样性的分析,并可为进一步QTL定位和标记辅助选择研究提供参考。     

凡纳滨对虾3个亲本及其子代群体的SSR分析（摘要）（英文）

利用微卫星标记技术,采用8对微卫星引物对凡纳滨对虾3个亲本群体（OI Q、SIS Q、Kona Bay Q）及其子一代（OI Z、SIS Z、Kona BayZ）共计120个个体进行遗传分析。计算6个群体在8个微卫星位点上的平均等位基因数（Na）、平均有效等位基因数（Ne）、平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）、平均多态信息含量（PIC）和平均Hardy-Weinberg平衡指数（D）,以上各参数均采用群体遗传学分析软件POP-GENE3.2处理,同时根据Nei的方法计算群体间的遗传距离和遗传相似系数。运用MEGA3.0软件,采取UPGMA方法根据6个群体的遗传距离进行聚类。结果表明：8对微卫星引物在6个群体中共检测到28个等位基因,每个位点的等位基因数为2 ～6个,平均等位基因数为3.5;各位点的期望杂合度均比观测杂合度高;多态信息含量（PIC）值为0.479 4 ～0.769 9,说明这8个位点在凡纳滨对虾中具有较高的信息含量。在亲本和子代群体遗传结构分析中,子代的有效等位基因数、杂合度和多态信息含量等指标均略低于亲本群体,但子代的遗传多样性并未受到太大影响,仍保持较好的遗传力。     

凡纳滨对虾三个亲本及其子代群体的SSR分析

利用微卫星标记技术,采用8对微卫星引物对凡纳滨对虾3个亲本群体（OIQ、SISQ、Kona Bay Q）及其子一代（OIZ、SISZ、Kona Bay Z）共计120个个体进行遗传分析。结果表明,8对微卫星引物在6个群体中共检测到28个等位基因,每个位点的等位基因数为2～6个,平均等位基因数为3.5;各位点的期望杂合度均比观测杂合度高;多态信息含量（PIC）值为0.4794～0.7699,说明这8个位点在凡纳滨对虾中具有较高的信息含量。在亲本和子代群体遗传结构分析中,子代的有效等位基因数、杂合度和多态信息含量等指标均略低于亲本群体,但子代的遗传多样性并未受到太大影响,仍保持较好的遗传力。     

洪山鸡20个微卫星座位的DNA多态性分析

[目的]对洪山鸡进行20个微卫星座位的多态性分析,为对其有效保护和开发利用提供科学依据。[方法]利用聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳技术,对随机抽取的50只洪山鸡进行20个微卫星标记的多态性检测。[结果]在20个微卫星座位中共检出176个等位基因,平均每对引物可检出8.8个等位基因,基因频率在0.011 1～0.555 6间分布,平均有效等位基因数为5.755 5,平均杂合度为0.791 3,平均多态信息含量为0.781 9。[结论]该研究表明被检测的洪山鸡群遗传变异大,具有丰富的遗传多样性。     

7个微卫星标记对5个肉用绵羊品种的遗传多样性分析

[目的]为肉用绵羊的品种资源保护和杂交利用提供理论依据。[方法]利用7个微卫星标记分析国外3个绵羊品种和我国2个地方绵羊品种的遗传多样性,研究其品种内遗传变异和种间遗传关系。[结果]从5个绵羊品种中共检测到105个等位基因,在各群体中每个微卫星座位上均可检测到5个以上等位基因,说明7个微卫星标记含有丰富的遗传信息。位点平均杂合度和品种平均杂合度分别为0.790 1~0.889 7和0.795 1~0.867 5,属于高度杂合位点和高度杂合品种。7个位点均为高度多态位点,PIC为0.762 6~0.879 6,而5个绵羊品种的平均PIC为0.770 3~0.865 0。NJ系统树分析表明3个国外绵羊品种遗传关系较近。[结论]7个微卫星标记均具有高度多态性,可用于绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。     

5个鹅品种微卫星遗传多样分析

选用10个微卫星引物对四川白鹅、豁眼鹅、莱茵鹅、朗德鹅、扬州鹅5个鹅品种进行遗传多样性分析。结果表明:5个鹅品种的10个微卫星座位共检测到272个等位基因,平均基因数为5.4个,5个鹅品种在10个微卫星座位上的基因频率存在一定差异,其平均基因杂合度为0.708 1,平均多态信息含量为0.661 8。其中,扬州鹅平均基因杂合度最高,为0.756 8,遗传多样性最丰富;朗德鹅平均遗传杂合度最低,为0.670 7。     

基于D-Loop序列的罗非鱼选育群体遗传变异分析

对吉富品系尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)不同世代选育群体D-loop序列进行测定和分析,47个样本经重排比较后获得902 bp的同源序列。共检测到225个变异位点,占分析位点数的24.94%。同源序列中多态位点比例随着选育世代数的累进,呈现出降低的趋势。核苷酸多样性指数也呈现出同样的降低趋势,F0、F6、F7、F8、F9分别为0.074 02、0.068 72、0.064 15、0.049 52、0.044 55。多态位点比例、核苷酸多样性指数在不同世代间的变化趋势一致表明,随选育的进展,选育群体逐步纯化。选育基础群体F0与F6、F7、F8、F9之间的遗传距离呈增大趋势,表明较短时间内的人为选择可以造成与长期地理隔离效应相当的群体遗传分化。研究亮点:(1)长期以来人们不能清晰地理解选育过程中群体内遗传特征所发生的变化。采用现代分子遗传分析手段对罗非鱼选择育种群体进行遗传特征分析研究,是对鱼类育种实践的重要理论补充。(2)控制区序列变异分析表明随选育的进展,选育群体出现逐步纯化。(3)采用D-loop序列分析可以检测群体选择压力造成的遗传学效应。