鸡IGFBP-2基因的遗传多态性及其遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法检测京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡4个鸡品种胰岛素样生长因子结合蛋白2(IGFBP-2)第2内含子部分序列和第3外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长和繁殖性能的遗传效应。结果表明:在该区域中,共检测到4个等位基因,10种基因型。χ2检验结果表明,除边鸡外其余3个品种群体在该座位均达到Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联分析结果显示,除开产蛋重和12周龄体重外,其他生长和繁殖性状在不同基因型间均存在显著差异(P<0.05)。因此,推测IGFBP-2基因对个体的生长和繁殖性能有一定影响,将IGFBP-2基因应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快鸡的育种进程。     

京海黄鸡IGFBP-1基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析

以京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡等4个鸡品种为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因子结合蛋白1(insulin-like growth factor-binding protein-1,IGFBP-1)第4外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长性能的遗传效应。结果显示,在IGFBP-1第4外显子区检测到2处变异(5550T→C、5692AAT插入)。对于P3扩增片段,在尤溪麻鸡群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,在AA鸡和边鸡品种中检测到AA和AB 2种基因型,京海黄鸡中只检测到AA基因型;对于P4扩增片段,在4个鸡品种中均检测到CC、CD、DD 3种基因型。最小二乘分析结果表明,京海黄鸡3种基因型个体的初生重存在显著差异(P＜0.05)。     

京海黄鸡IGFBP-1基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析

以京海黄鸡、AA鸡、尤澳麻鸡、边鸡等4个鸡品种为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因r结合蛋白1(insulin-Like growth factor-binding protein-1,IGFIIP 1)第4外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长性能的遗传效应.结果显示,在IGFBP-1第4外显子区检测到2处变异(5550T→C,5692AAT插入).对于P3扩增片段,在尤溪麻鸡群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,在AA鸡和边鸡品种中检测到AA和AB 2种基因型,京海黄鸡中只检测到AA基因型;对于P4扩增片段,在4个鸡品种中均检测到CC、CD、DD 3种基因型.最小二乘分析结果表明,京海黄鸡3种基因型个体的初生重存在显著差异(P<0.05).     

Genetic Effects of IGF-Ⅰ and IGFBP-1 Genes on the Growth Traits in Jinghai Yellow Chicken

旨在对IGF-Ⅰ和IGFBP-1基因部分SNPs与鸡生长性状进行关联分析.试验以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP方法检测2个候选基因的单核苷酸多态性(SNPs),采用一般线性模型(GLM)分析基因型与生长性状的遗传效应.结果表明,IGF-Ⅰ基因外显子3序列的60 bp处有A→G的点突变,在京海黄鸡中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因频率为0.613,B等位基因的频率为0.387;IGFBP-1基因外显子2序列的21 bp处有A→T的点突变,104 bp处有T→C的突变,在京海黄鸡中检测到CC、CD和DD 3种基因型,C等位基因频率为0.558,D等位基因频率为0.442.IGF-Ⅰ基因BB基因型个体4周龄体质量显著高于AA和AB型个体(P＜0.05);IGFBP-1基因DD基因型个体8周龄体质量显著高于CC基因型个体(P＜0.05),4、12和16周龄体质量差异极显著(P＜0.01).因此,推测这些SNPs对京海黄鸡生长性状具有一定的影响,应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快育种进程.     

ACVR1基因对京海黄鸡生长和繁殖性状的遗传效应研究

以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对ACVR1基因外显子多态性进行研究。结果表明,ACVR1基因20190 bp处发生G→A突变,检测到AA、AB和BB 3种基因型。A等位基因频率为0.9075,B等位基因频率为0.0925。基因型与生长和繁殖性状的关联性分析发现,BB基因型鸡的开产体重极显著高于AA基因型鸡(P<0.01),AA基因型鸡300日龄体重显著高于BB基因型鸡(P<0.05)。由此初步推断,ACVR1基因可能对京海黄鸡的产蛋和发育有一定的影响,A为体重的优势基因,B为产蛋的优势基因。     

京海黄鸡POU1F1基因多态性及其与生长性能的遗传效应分析

采用PCR-SSCP和DNA测序技术检测POU1F1基因在京海黄鸡中的单核苷酸多态性(SNPs),并对不同基因型与京海黄鸡生长性能的相关性进行了分析.结果表明:在POU1F1基因第三外显子第5 231 bp位置有A→T碱基的点突变,在京海黄鸡群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,A等位基因的频率为0.500,B等位基因的频率为0.500.基因型与生长性能的关联分析得知:POU1F1基因不同基因型显著影响京海黄鸡各周龄体重,AB型显著高于从型和BB型(P<0.01).因此,推测POU1F1基因可能是影响鸡生长性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因,并且能够在分子标记辅助选择中用于对鸡生长性状的遗传改良和固定.     

鸡IGFBP-2基因的多态性及其与生长、繁殖性状的关系

采用PCR-SSCP方法检测京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡等4个鸡品种胰岛素样生长因子结合蛋白2（IG-FBP-2）第3内含子部分序列、第4外显子及3′调控区的多态性,并分析其对京海黄鸡生长和繁殖性能的遗传效应。结果显示,IGFBP-2基因在P1、P3引物扩增片段中存在PCR-SSCP多态性。对于P1扩增片段,在京海黄鸡和AA鸡中都检测到EE、EF和FF这3种基因型,在尤溪麻鸡和边鸡中只检测到EE型;测序表明FF型与EE型相比有2处突变（3746T→G,3753CC→TT）;京海黄鸡3种基因型之间300日龄蛋质量、300日龄体质量、出生体质量、8周龄体质量的最小二乘均值差异显著（P〈0.05）。对于P3扩增片段,在4个鸡群体中都检测到GG、GH和HH这3种基因型;测序表明HH型与GG型相比有1处缺失（4415GCGGGAAG）;京海黄鸡3种基因型之间除出生体质量外,其他生长和繁殖性状的最小二乘均值差异均不显著（P〉0.05）。因此,推测IGFBP-2基因可能是影响鸡生长和繁殖的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁。     

京海黄鸡IGFBP-3基因外显子1和内含子1部分序列多态性及其与生长繁殖性状的相关性

以京海黄鸡母鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对JGFBP-3基因外显子1及内含子1部分序列多态位点进行研究,并计算基因型频率、基因频率、卡方值和部分遗传多态性指标.结果表明,在外显子1上没有检测到多态位点,在内含子1上检测到1个多态位点,该位点为中度多态,在160 bp处发生T到G的突变,导致BB、AB型的56日龄体重显著大于AA型(P<0.05),AA型的11月产蛋数显著大于BB、AB型(P<0.05).由此初步推断,内含子1对产蛋及生长发育很可能有一定的促进作用,A为产蛋的优势基因,B为体重的优势基因.     

肌细胞生成素基因多态性对京海黄鸡繁殖性状的遗传效应研究

本研究旨在探讨肌细胞生成素(myogenin,MyoG)基因多态性与鸡繁殖性状间的相关性。以378只京海黄鸡为研究对象,采用PCR-SSCP技术研究MyoG基因外显子的多态性。运用最小二乘法分析这些突变位点形成的基因型与京海黄鸡繁殖性状间的相关性。结果表明,MyoG基因外显子1上存在1个G102A突变,外显子3上存在1个T36C突变,分别形成基因型AA、AB、BB和CC、CD、DD。关联分析结果显示,基因型AA、AB和BB在京海黄鸡繁殖性状上无显著差异（P＞0.05）;基因型CC和DD在京海黄鸡开产体重上存在显著差异（P＜0.05）,在其余性状上各基因型差异均不显著（P＞0.05）。因此,推测MyoG基因对京海黄鸡的繁殖性状无显著影响,为探索鸡育种过程中的标记辅助选择提供参考资料。     

京海黄鸡IGF-I基因与生长和屠体性状的关联分析

实验将类胰岛素生长因子I(IGF-I)作为研究鸡生长、屠体性状的候选基因,以京海黄鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对京海黄鸡的,IGF-I基因5'非编码区和第1外显子进行SNPs检测和基因型分析,探讨IGF-I基因的多态性与鸡生长、屠体性状之间的关系.在IGF-I基因5'端非编码区上发现1个突变,统计结果显示:活重、腿肌重、半净膛重和全净膛重在不同基因型之间均存在显著差异(P<0.05),AA基因型显著高于BB基因型个体.结果表明:该基因可能调控鸡生长、屠体性状或与控制生长、屠体性状的主基因连锁.由此推测,可以将IGF-I基因作为鸡生长、屠体性状的辅助标记.     

STAT5b基因2个SNPs位点与京海黄鸡生长和繁殖性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法检测京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡4个鸡品种STAT5b基因5′调控区部分序列的多态性,并分析其对京海黄鸡生长和繁殖性状的遗传效应,利用PHASE软件对2个多态位点进行单倍型分析。在5′调控区检测到C-1591T、G-250A 2个SNPs;单倍型分析产生4种单倍型H1(CG)、H2(TG)、H3(CA)、H4(TA),单倍型组合H1H4对初生重有极显著影响(P0.01);单倍型组合H3H4与8、16周龄体重存在正相关(P0.05),单倍型组合H1H2对开产蛋重有极显著影响(P0.01);单倍型组合H3H4的开产体重极显著高于其他单倍型组合(P0.01);在300日龄体重上,单倍型组合H1H1和H1H3显著高于H4H4(P0.05)。京海黄鸡STAT5b基因5′调控区的多态性对其生长和繁殖性状有一定影响,但是否可以作为影响京海黄鸡生产性状的遗传标记需进一步研究。     

京海黄鸡促性腺激素释放激素受体基因密码子特性分析

为了了解鸡促性腺激素释放激素受体(gonadotropin releasing hormone receptor, GnRHR)基因的密码子特性,以便于为GnRHR基因的表达选择合适的外源表达系统,本研究使用在线工具CUSP、CHIPS及CodonW软件对鸡GnRHR基因的密码子特性进行分析,并与鸡、模式动物基因组和其他动物GnRHR基因密码子特性进行比较.结果显示,京海黄鸡GnRHR基因的ENc值较小,具有较强的密码子偏好性,且偏好以G/C结尾的密码子, GnRHR基因CDS序列中,GC含量大于AT含量;CodonW软件计算结果表明,京海黄鸡GnRHR基因密码子中,密码子GCC、ATC、CTC、CTG、CGC、CGG、AGC、TCC和GTG(RSCU>2)偏好性较强,且均以G/C结尾.对31条鸡基因分析表明鸡偏好密码子中有12种G/C结尾的密码子.与大肠杆菌、酵母菌和小鼠基因组密码子使用频率比较显示,京海黄鸡GnRHR基因密码子偏好性与3种生物相差很大,不适合进行外源表达.与其他动物GnRHR基因密码子偏好性比较显示,禽类GnRHR基因偏好含有或以G/C结尾的密码子,而其他物种的GnRHR基因无强烈的偏好性.聚类分析结果表明,亲缘关系近的物种之间倾向于拥有相同的密码子偏好性.     

京海黄鸡卵巢转录组研究:基因结构分析与新基因发掘注释

本试验通过对京海黄鸡卵巢组织进行转录组分析,旨在为完善京海黄鸡部分基因结构和发掘新基因提供参考。选取高、低产京海黄鸡各4只,利用转录组测序(RNA-Seq)技术对其卵巢转录组进行测序,然后对得到的测序数据进行生物信息学分析。测序数据经过质量控制后,8个样品共得到484 992 074条有效数据(Clean Reads),总计61.09 Gb。筛选出1 445 264个京海黄鸡品种内SNP位点,其中位于基因区的SNP位点916 108个,位于基因间区的SNP位点552 168个。8个样品中平均新预测的可变剪接12 883个,并对7 481个基因结构进行了优化。与所选的参考基因组序列对比分析,共发掘4 431个新基因,通过与各数据库进行序列对比,1 809个新基因得到功能注释。本研究通过转录组测序技术检测了京海黄鸡卵巢组织的基因结构,为进一步完善京海黄鸡的基因结构信息及发掘潜在的新基因提供分子水平的依据。     

京海黄鸡斑联蛋白基因外显子9 SNP位点及其与屠宰性能的相关性研究

以京海黄鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术检测斑联蛋白(zyxin)基因外显子9的SNP,探讨zyxin基因该位点多态性与京海黄鸡屠宰性状之间的关系。结果发现该位点存在1个SNP突变位点,表现为3种基因型:AA、AB和BB。统计分析表明,公鸡的胸肌重AA基因型显著高于AB基因型(P＜0.05),活体重和屠体重AA基因型显著高于BB基因型(P＜0.05);母鸡的活体重、头重、爪重和屠体重AA基因型显著高于BB基因型(P＜0.05),全净膛重AA基因型显著高于AB基因型(P＜0.05)。     

京海黄鸡中HOXC10基因表达规律及其生物信息学分析

同源异型盒基因（homeobox genes,HOX）是在酵母乃至人类等几乎所有的真核细胞中均表达的一类基因。为了探究HOXC10基因表达规律及其生物信息学,采用qRT-PCR方法研究HOXC10基因在8周龄京海黄鸡心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌、腿肌、下丘脑和卵巢组织中的表达规律,检测其在300日龄高、低产组卵巢组织的表达差异,并通过多种在线软件对原鸡HOXC10基因进行生物信息学分析。结果显示,HOXC10基因在京海黄鸡腿肌中表达丰度极显著高于其他组织（P < 0.01）,且300日龄高产组中HOXC10基因表达丰度显著低于低产组（P < 0.05）。原鸡HOXC10基因序列与火鸡、野鸽、绿头鸭、人、小鼠、牛、猪、山羊及非洲爪蟾的同源性分别为77.4%、94.8%、98.6%、68.3%、67.9%、66.0%、59.0%、68.1%和79.4%;HOXC10基因共编码354个氨基酸,其中丝氨酸的含量最高,潜在的磷酸化位点有24个,在280~342的氨基酸序列内存在一个同源结构域,蛋白质亚细胞主要定位在细胞核中,且不包含跨膜结构。HOXC10基因在京海黄鸡生长和繁殖的基因调控网络中发挥了重要作用。