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【目的】 评估当前西藏主要牦牛群体遗传多样性,梳理不同地区群体间遗传结构,明确西藏5个牦牛群体(阿里牦牛、斯布牦牛、娘亚牦牛、类乌齐牦牛和帕里牦牛)的保种情况和种群间系统发育关系。【方法】 利用13个微卫星标记(SSR)对5个牦牛群体共计195个个体进行基因分型,并对各群体的等位基因数量、基因杂合度、多态信息含量及群体间遗传距离等遗传参数进行评估。【结果】 阿里牦牛群体等位基因数最多(6.43),类乌齐牦牛等位基因数最少(5.00);观测杂合度范围为0.5311(娘亚牦牛)~0.5995(类乌齐牦牛)。各群体内偏离Hardy-Weinberg平衡的位点数为5(类乌齐牦牛)~9(阿里牦牛)个;群体内近交系数最高为0.172(阿里牦牛),且4个群体(阿里牦牛、娘亚牦牛、斯布牦牛和帕里牦牛)存在显著近交风险(P<0.05)。从遗传结构来看,所有群体间均为显著遗传分歧(P<0.05),STRUCTURE分析结果显示,5个牦牛群体划分为3个簇,其中阿里牦牛较其他牦牛群体具有更为丰富的遗传背景。系统发育树结果表明,不同群体间系统发育关系相对独立,且与种群栖息地分布不一致。主坐标分析(PCoA)结果显示,不同群体间部分个体存在较近亲缘关系,表明不同群体间存在遗传物质交流。【结论】 5个西藏牦牛群体具有丰富的遗传多样性水平,且种群系统发育关系相对独立,但多数群体存在群体事件风险。本研究不仅有助于明确西藏牦牛地方种群遗传多样性水平,同时可为今后的保种策略提升提供理论参考。 相似文献
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利用8个微卫星标记分析7个鸭群体的遗传多样性 总被引:1,自引:0,他引:1
研究应用8个微卫星标记对7个鸭群体进行了遗传多样性检测。利用等位基因频率计算了各群体的基因杂合度、多态信息含量及群体间的遗传距离,并根据遗传距离进行了聚类分析。结果表明:8个微卫星标记中除SMO13(PIC=0.480)和APL83(PIC=0.372)为中度多态外,其余标记均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸭群体间遗传多样性分析和系统发生关系分析。7个鸭群体在微卫星座位的平均杂合度在0.514~0.646,最高的莆田黑鸭为0.646,最低的康贝尔鸭为0.514。从聚类分析结果来看,北京鸭与中型母本、小型母本聚为一类;康贝尔鸭和金定鸭聚为一类;莆田黑鸭与山麻鸭聚为一类。 相似文献
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不同地方乌骨鸡种群遗传多样性的微卫星DNA分析 总被引:19,自引:2,他引:19
利用家禽基因组中的10个微卫星标记,对位于不同地区6个乌骨鸡种群的等位基因频率、各群体的遗传杂合度、群体间的遗传距离等进行了分析,并根据遗传距离对这几个乌骨鸡种群进行了聚类分析。结果表明,各乌骨鸡群体的遗传多样性较为丰富,并具有较高的选择潜力。各乌骨鸡种群间有一定的遗传距离,UPGMA聚类分析表明,黑凤乌骨鸡与白凤乌骨鸡最先被聚在一起,四川山地乌骨鸡黑羽系与川南山地乌骨鸡被聚为一类,草科鸡与旧院黑鸡被聚为一类。 相似文献
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为了解中国双峰驼群体的遗传多样性及不同种群间的遗传进化关系,本研究采用微卫星标记技术,对中国阿拉善驼、青海驼、南疆驼、北疆驼、肃北驼、苏尼特驼6个双峰驼群体进行了遗传多样性分析。通过计算杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、有效等位基因(Ne)、Shannon信息指数等分析群体内遗传变异,通过计算F-统计量、基因流、遗传分化系数、遗传距离等分析群体间遗传进化关系。结果显示,10个微卫星位点共检测到了89个等位基因,平均每个位点检测到8.9个等位基因;所有位点均属中高度多态位点(YWLL08除外),平均PIC值在0.488~0.752之间;6个群体观测杂合度值(0.355~0.448)都低于期望杂合度值(0.643~0.703);几乎所有位点的Shannon指数都>1,且处于哈代-温伯格不平衡状态(P< 0.05)。群体间遗传分化系数Fst值为0.059,处于较低程度的中等分化状态; 6个双峰驼群体的平均Fis值均为正值,说明6个双峰驼群体都存在不同程度的近交。基于标准遗传距离DS和遗传距离DA进行聚类分析,南疆驼和北疆驼聚为一支,阿拉善驼、青海驼、肃北驼、苏尼特驼4个群体聚为一支。研究表明,中国双峰驼遗传多样性丰富,群体内遗传变异较大,存在一定近交现象;群体间存在着一定的基因流动,群体间的分化主要由群体内的遗传变异造成;6个群体分为2个类群。 相似文献
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研究利用微卫星遗传标记分析10个绵羊种群的群体间和群体内遗传变异,旨在为杂交育种和新品系选育提供科学依据.结果表明:微卫星BP33、CSSM018、IDVGA46和MCMl48在10个种群中均表现出高度多态,检测到的平均有效等位基因数分别为7.9、6.7、5.2和4.6个;等位基因丰度分别为5.6、5.0、4.4和4.1个;平均多态信息含量分别为0.80、0.77、0.69和0.63;群体内平均杂合度(Hs)分别为0.863、0.837、0.754和0.695,说明这些群体中存在丰富的遗传变异.估计的Wright的Fst统计量为0.092,说明总群体中,大约9%的遗传变异来源于群体间.此外,用3种方法探讨了利用单个和多个微卫星基因座进行个体分配测定的准确性. 相似文献
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贵州地方水牛群体遗传多样性的微卫星分析 总被引:1,自引:0,他引:1
利用11个微卫星标记分析了贵州6个地方水牛群体的遗传多样性。结果表明:6个水牛群体的平均杂合度和平均多态信息含量均高,其范围分别为0.7450~0.7922和0.7021~0.7605。以黔南水牛和毕节水牛之间的遗传距离最远为0.3084。由UPGMA聚类法得到系统聚类图,读图能清晰、客观地反映6个水牛群体的地理分布、遗传分化特点和亲缘关系远近程度,这些研究为贵州地方水牛的遗传资源评估、保护与开发利用提供了分子水平的遗传学依据。 相似文献
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微卫星分子标记分析四川绵羊群体遗传多样性 总被引:2,自引:0,他引:2
为探究四川省6个绵羊群体的遗传多样性,实验应用12个微卫星标记计算基因频率、有效等位基因数、杂合度及多态信息含量来评估群体内遗传多样度,通过遗传距离聚类图、群体结构推测图、主成分分析及群体间分子方差分析来评估群体间遗传关系。结果表明:6个绵羊群体在12个微卫星位点的平均有效等位基因数为3.006~3.176,平均多态信息含量变化为0.559~0.612,平均期望遗传杂合度为0.610~0.670;6个绵羊群体间的遗传关系与地理分布情况及育成史实不完全一致,但遗传距离聚类图、群体结构推测图和主成分分析结果均显示,6个绵羊群体中布拖黑绵羊类群与贾洛绵羊类群遗传关系更近;6个绵羊群体间方差组分F统计量结果为0.112 39,处于中度分化水平。 相似文献
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利用7个恒河猴源微卫星标记和4个人源微卫星标记共11个标记,分析了来源于束埔寨(Pop1)、老挝(Pop2)、越南1(Pop3)和越南2(Pop4)共4个群体食蟹猴的遗传多样性.研究结果显示,所选择的11个微卫星位点表现出很高的多态性,群体内的多态性较低,存在较严重的近亲交配.Hardy-Weinberg平衡检测说明4个群体在这11个位点上均处于不平衡状态,可能存在较严重的人工选择繁育.亚群体内的固定指数平均为0.526 2,说明群体内存在近亲交配;亚种群间的固定指数均值为0.016 6,说明各群体间的遗传分化很小;各位点上的基因流均值为14.814 2,说明其交流很活跃,可有效地防止因遗传漂移而产生的遗传分化.从基于Nei氏标准遗传距离的UPGMS聚类图看出,先是Pop3和Pop4聚为一类,再和Pop1聚在一起,最后和Pop2聚在一起,其结果和其地理分布所表现的遗传差异一致. 相似文献
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福安水牛的分子遗传多样性研究 总被引:3,自引:0,他引:3
福安水牛是福建省地方优良品种之一,为了进一步阐明其群体遗传结构和遗传多样性,采用8对微卫星引物对福建福安、闽清、古田及南靖等4个福安水牛群体,共计130头样本进行检测分析。结果表明:福安水牛4个群体8个微卫星座位共有78个等位基因,其中4个群体共享的等位基因为50个,非共享等位基因28个。各等位基因频率介于0.015 2~0.527 8之间;共检测到基因型6~29种;4个群体的平均多态信息含量、杂合度、有效等位基因数分别为0.817 2±0.023 0、0.820 4±0.029 4和5.85±0.84;根据奈氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析,结果表明:遗传距离最远的是闽清群体与南靖群体(0.351 8),遗传距离最近的是福安群体与闽清群体(0.183 2)。 相似文献
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利用微卫星标记对宁强矮马和蒙古马遗传多样性的研究 总被引:2,自引:0,他引:2
通过8个微卫星位点的多态性检测对宁强矮马和蒙古马共83个个体进行了遗传多样性分析。计算各微卫星位点的等位基因频率、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)、杂合度(H)和F统计量。结果表明:8个微卫星座位中HMS2变异最大,HTG6变异最小;蒙古马的Ne、PIC、H的平均值均高于宁强马;总群体的平均遗传分化系数Fst为0.017(P<0.01),群体内近交系数Fis为0.171(P<0.01)。说明蒙古马和宁强矮马虽外形和性能上有很大差异,但在品种形成和进化上有着较近的遗传关系。 相似文献
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利用10个微卫星DNA标记对七个家兔品种进行了遗传检测。利用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,计算了七个家兔品种(9个家兔群体)样本在10个微卫星基因座上的等位基因频率、微卫星的多态信息含量(PIC)、各群体遗传杂合度、群体间的遗传距离、并根据遗传距离对这几个群体进行了聚类分析。结果表明:所选择的10个微卫星位点在所检测群体中均表现了较好的多态性,平均多态信息含量为0.569905。平均杂舍度范围在0.5885~0.6826。表明所研究的家兔品种的遗传多样性较丰富,还可以做进一步的选择利用。根据遗传距离所做的聚类分析图表明吉戎-Ⅰ系和吉戎-Ⅱ系、哈尔滨大白兔、塞北兔的亲缘关系依次较近,与它们的培育历史相吻合。 相似文献
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DENG Ting-xian PANG Chun-ying ZHU Peng LU Xing-rong DUAN An-qin LIANG Xian-wei 《中国畜牧兽医》2016,43(11):2989-2996
This study was aimed to investigate the genetic diversity of swamp buffalo breeds in China.The analysis of genetic diversity was performed in 40 buffalo individuals from 8 buffalo breeds(Dechang buffalo,Dehong buffalo,Wenzhou buffalo,Guizhou buffalo,Xilin buffalo,Fuzhong buffalo,Murrah buffalo and Nili-Ravi buffalo)by 30 microsatellite loci and LabChip chip test method.The results showed that 332 alleles at 30 microsatellite loci were found in 8 buffalo breeds,the average values of gene diversity and PIC were 0.7808 and 0.7554,respectively.Cluster analysis indicated that Dechang buffalo and Dehong buffalo firstly clustered together,followed by Fuzhong buffalo,Guizhou buffalo,Wenzhou buffalo and Xilin buffalo.Moreover,Murrah buffalo and Nili-Ravi buffalo clustered together.Our findings revealed that the 30 microsatellite loci could be used as an effective genetic marker for the analysis of genetic diversity among the buffalo breeds,which enriched the current SSR marker resources in buffalo. 相似文献
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为探究中国沼泽型水牛品种或类群的遗传多样性,本研究采用了沼泽型水牛30个微卫星标记结合LabChip芯片检测法对德昌水牛、德宏水牛、温州水牛、贵州水牛、西林水牛、富钟水牛及两个引进品种摩拉水牛、尼里-拉菲水牛等40个样本进行了检测和遗传多样性分析。结果表明,在30个微卫星DNA标记上共发现332个等位基因,平均基因多样性和PIC值分别为0.7808和0.7554。聚类分析结果显示,德宏水牛和德昌水牛先聚为一类,随后与富钟水牛、贵州水牛、温州水牛、西林水牛聚为一类;摩拉水牛与尼里-拉菲水牛聚为一类。本研究证实了所选的30个沼泽型水牛微卫星DNA标记可作为有效的遗传标记用于水牛品种间的遗传多样性分析,同时也丰富了当前的水牛微卫星标记资源。 相似文献
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四川地方乌骨鸡种群遗传变异的微卫星DNA分析 总被引:11,自引:0,他引:11
利用10个微卫星标记,对四川不同地区5个乌骨鸡种群的等位基因频率、各群体的遗传杂合度、群体间的遗传距离等进行了分析,并根据遗传距离对这几个乌骨鸡种群进行了聚类分析。结果表明,各乌骨鸡群体的遗传多样性较为丰富,并具有较高的选择潜力。各乌骨鸡种群间有一定的遗传距离,UPGMA聚类分析表明,四川山地乌骨鸡黑羽系与川南山地乌骨鸡被聚为一类,草科鸡与旧院黑鸡被聚为一类。 相似文献