鸡环状RNA circWWP1的鉴定及组织表达研究

【目的】鉴定鸡体内存在环状RNA(circRNA)含WW结构域的E3泛素蛋白连接酶1(circWWP1)的表达,并进一步探究其组织表达特征及其在鸡肌肉生长发育过程中的作用及可能作用机制,为研究circWWP1对鸡肌肉发育的调控机制奠定基础。【方法】利用PCR扩增、DNA测序、RNase R酶消化、放线菌素D处理鉴定circWWP1的真实性和稳定性,采用实时荧光定量PCR检测circWWP1的组织表达特征。利用在线软件预测circWWP1 miRNA的结合位点及其靶基因,利用Cytoscape 3.9.1软件构建circWWP1-miRNA-mRNA网络图,并进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】鸡circWWP1真实存在且稳定表达,耐受RNase R酶的消化和放线菌素D处理。circWWP1在成年鸡各组织中广泛表达,胸肌中表达量显著高于其他组织(P<0.05);仅在22日龄雏鸡胸肌和腿肌组织中表达;成年鸡胸肌、腿肌组织中circWWP1表达量均显著高于22日龄雏鸡(P<0.05)。circWWP1-miRNA-mRNA网络调控分析获得3个靶向miRNA(gga-miR...     

外源胰岛素和能量限饲对鸡PPP1R3C表达的效应

旨在检测PPP1R3C在爱拔益加肉鸡不同组织中的表达情况,探究外源胰岛素和能量限饲对鸡体胰岛素敏感组织中PPP1R3C表达的影响。试验一,取不同发育阶段的雌性肉鸡（E14、E19、D7和D21,n=10）组织样,通过qRT-PCR技术检测PPP1R3C在不同时期胸肌中的表达;试验二,腹腔注射胰岛素（INS）或PBS,取两组注射后不同时间点（0、15、120和240 min,n=5）的D24雄性肉鸡组织样,检测PPP1R3C在肉鸡不同组织中的表达,探究外源胰岛素处理对肉鸡胰岛素敏感组织中PPP1R3C表达的影响;试验三,取D18雌性肉鸡,一组饲喂常规日粮（n=20）,另一组饲喂限制30%能量的日粮（n=20）,饲喂至48天屠宰取样,探究30%能量限饲对肉鸡PPP1R3C表达的影响;试验四,D7雌性肉鸡随机分为3组,对照组、15%能量限饲组和15%蛋白限饲组（n=10）,分别饲养至D21屠宰取样,探究能量限饲是否具有剂量依赖性。结果表明：1）PPP1R3C在胸肌组织中高表达,其次是心和腿肌组织（P<0.05）。2）PPP1R3C表达量呈现了明显随鸡发育而升高的趋势。3） INS注射显著下调了胸肌中PPP1R3C的表达,在注射后120 min时PPP1R3C的表达显著低于0和15 min （P<0.05）;PBS注射后胸肌中PPP1R3C的表达没有显著差异,在注射后120和240 min时,INS组PPP1R3C表达显著低于PBS组（P<0.05）。INS注射也降低了肝中PPP1R3C的表达,在INS处理15 min时PPP1R3C的表达已显著低于0 min （P<0.05）;PBS注射后肝中PPP1R3C表达处于动态平衡,在注射后120 min时,INS组PPP1R3C表达显著低于PBS组（P<0.05）。胰岛素注射后在腹脂中出现了与胸肌和肝相反的结果,在胰岛素注射后15 min时PPP1R3C的表达显著高于0、120、和240 min （P<0.05）,而0、120、和240 min之间没有显著差异;PBS注射后腹脂中PPP1R3C表达没有显著变化,在注射后15 min时,INS组PPP1R3C表达量显著高于PBS组（P<0.05）。4）30%能量限饲导致PPP1R3C在胸肌和肝中的表达均显著下调（P<0.05）。5）15%能量限饲和15%蛋白限饲不能显著影响胸肌中PPP1R3C的表达。以上研究表明,PPP1R3C在胸肌中表达最高,并随着个体发育表达上升,且外源胰岛素对PPP1R3C的表达效应具有明显的组织特异性。30%能量限饲可产生类似于外源胰岛素的效应,且能量限饲存在一定的剂量依赖性,本研究结果为进一步揭示鸡PPP1R3C功能奠定了基础。     

H1N1亚型流感病毒感染A549细胞的环状RNA表达分析

通过对甲型H1N1流感病毒感染A549细胞前后表达的环状RNA进行鉴定,筛选病毒感染引起的差异表达环状RNA,为进一步研究环状RNA在流感病毒感染过程中的调控作用奠定基础。本研究从病毒感染和PBS处理的A549细胞中提取RNA,构建测序文库后进行全转录组测序。通过生信分析,鉴定了病毒感染前后宿主细胞表达的环状RNA。以未感染组为对照,使用EdgeR包,筛选条件：■、P value<0.05,筛选获得感染前后的细胞中差异表达的环状RNA。使用ClusterProfiler包对差异表达环状RNA的来源基因进行GO和KEGG分析。最后通过荧光定量PCR、外切核糖核酸酶处理、Sanger测序等手段验证了病毒感染前后宿主细胞内部分环状RNA的差异表达。结果表明：流感病毒感染细胞后,环状RNA的表达数目增加。感染组和未感染组分别鉴定到1 101和676个环状RNA表达,这些环状RNA广泛分布在所有染色体上,其中大部分(约60%)长度在300～1 000 nt,约20%的环状RNA长度超过2 000 nt。基于基因位置关系的分析发现,75%～82%的环状RNA源自外显子,12%～17%源自正链...     

环状RNA在畜牧学中的研究进展

环状RNA(circRNA)是一种广泛、稳定存在于哺乳动物中的不具备5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴且具有独特闭环结构的内源性非编码RNA,具有高度保守性、组织特异性、阶段特异性以及高度稳定性等优点。按形成方式主要分为内含子circRNA、外显子circRNA、外显子-内含子circRNA以及基因间circRNA。目前对其功能的研究主要集中在与miRNA的互作、蛋白调控以及癌症等疾病方面。文中就circRNA的生物合成、功能及在畜牧学中的研究进展进行综述,以期为畜牧分子育种研究提供理论支撑。     

环状RNA在畜禽中的研究进展

环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类通过共价键连接而成的非编码闭合环状RNA(non-coding RNA,ncRNAs),主要由外显子或内含子构成,在真核生物体内广泛表达且大多定位于细胞质,具有稳定性高、特异性表达和序列保守性强等特征.circRNA可通过调节基因转录、充当miRNA的海绵体等...     

水牛PPARG来源环状RNA的鉴定及表达谱分析

为鉴定前期转录组测序分析结果的可靠性,并从中挖掘水牛脂肪沉积潜在环状RNA（circular RNA,circRNA）,本研究对10个来源于过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARG）基因的circRNA进行鉴定,根据测序获得的候选circRNA序列信息,设计对向引物进行半定量检测和普通测序以获得真实存在的circRNA,采用实时荧光定量PCR分析其在水牛不同组织和不同部位脂肪组织中的表达谱,半定量检测其在不同物种间的保守性。结果显示,10个候选circRNA中,有5个circRNA可以检测到,测序验证序列与转录组测序分析获得的序列一致,其中2个circRNA可设计出特异性的定量引物,这2个circRNA主要在脂肪组织中表达,且在不同部位脂肪组织中的表达量存在差异;另外3个circRNA在黄牛、牦牛、猪和小鼠的脂肪组织中均有表达,序列长度一致,序列相似度高。以上研究结果提示,转录组测序分析获得的结果可靠,其中有2个circRNA主要在脂肪组织中表达,且物种间保守,可作为研究水牛脂肪沉积的候选基因。     

环状RNA在雌性家畜生殖过程中的表达及作用研究进展

环状RNA(circular RNA,circRNA)是由线性前体mRNA通过反向剪接产生的一种单链共价闭合的环状长链非编码RNA分子,参与调节真核生物的基因表达。随着高通量测序技术的发展,越来越多的circRNA在雌性哺乳动物生殖系统中被发现,但其在动物生殖发育过程中的功能研究尚处于起步阶段。本文就circRNA的形成、特点、功能及其在雌性家畜生殖过程中的作用进行综述,以期为深入探究circRNA调控雌性家畜生殖发育的机制奠定理论基础。     

鸡的体重控制技术

产蛋鸡和种鸡如终日自由采食,充分饲养,则会引起体重增加过快、性成熟早、蛋小、产蛋量不高、饲料消耗多、种鸡繁殖力下降、易感染疾病、死亡率增加等不良后果。因此,在这些鸡的育成期和产蛋初期,一般要进行体重控制,实行限制饲     

育成鸡的限饲与注意事宜

1育成鸡的营养特点日粮蛋白质水平不宜过高。育成鸡性腺开始活动,喂蛋白质水平过高的饲料会加快鸡的性腺发育,使鸡早熟,然而鸡的骨骼不能充分发育,致使鸡的骨骼细,体型较小,开产时间虽有所提前,但蛋重偏小,产蛋持续性差,因而总产蛋量也少。喂蛋白质水平较低的饲料,可抑制性腺发育,并保证骨骼充分发育。日粮含钙不宜过多。育成期就喂以高钙饲料会降低母鸡体内保留钙的能力,到产蛋时就不能对钙有较好的利用效能,影响产蛋性能。2对育成鸡限饲的好处可节省饲料10%～15%,控制生长速度,推迟性成熟5～10天,并可减少产蛋初期小蛋,增加种蛋合格率。能…     

环状RNA及其与动物生殖关系的研究进展

环状RNA(circRNA)是一类单链共价闭合的环状非编码RNA,长度约为100个核苷酸,是由线性前体mRNA通过反向剪接产生的内源转录产物,可调节真核生物的基因表达.随着下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术、基因沉默(小干扰RNA)技术和CRISPR/CAS技术等分子生物学技...     

环状RNA及其与动物生殖关系的研究进展

环状RNA(circRNA)是一类单链共价闭合的环状非编码RNA,长度约为100个核苷酸,是由线性前体mRNA通过反向剪接产生的内源转录产物,可调节真核生物的基因表达。随着下一代测序(next-generation sequencing, NGS)技术、基因沉默(小干扰RNA)技术和CRISPR/CAS技术等分子生物学技术的发展和应用,极大地促进了环状RNA研究的进程。circRNAs具有多种生物学功能,对真核细胞的增殖、分化、自噬和凋亡等具有重要的调节功能。文章综述了circRNAs在调控卵泡发育、精子发生、胚胎发育与着床等生殖方面的研究概况,以期为circRNAs在动物生殖领域的深入研究提供参考。     

香猪3种组织环状RNA的表达及其功能分析

本研究旨在探索环状RNA（circular RNA,circRNA）在香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌的表达及其潜在功能。本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法,分析香猪皮肤、皮下脂肪及背最长肌circRNA的表达,对3种组织特有circRNA亲本基因进行GO和KEGG富集分析,对样品组织结构功能相关亲本基因中circRNA结合的靶miRNA进行预测。从香猪3种组织表达谱中共鉴定出6 483个circRNAs,皮肤、皮下脂肪及背最长肌分别鉴定出4 575、5 180、5 219个circRNAs,其中特异性表达的分别有83、234、586个;circRNAs在染色体上分布广泛,主要来源于外显子,少数来源于内含子和基因间隔区;多数circRNAs表达量较低;皮肤特有circRNAs的亲本基因主要参与蛋白水解、RNA转运、缝隙连接等过程,其中NF1、MAPK1等亲本基因与皮肤性疾病相关,可能以circRNAs的形式发挥作用,其中亲本基因MAPK1中的circRNA（circ-MAPK1）可结合miR-18a、miR-132、miR-411等,可能参与调控胶原蛋白的形成;皮下脂肪特有circRNAs的亲本基因富集于脂肪细胞生长、发育及癌症等信号通路,ABHD5、PTPN11等亲本基因与脂肪代谢有关,circ-PTPN11结合的miR-103、miR-107、miR-199a-5p等参与调控脂肪细胞增殖、分化及脂质沉积;背最长肌特有的circRNAs亲本基因富集于癌症、感染、肌肉发育等过程,ROCK2、PPP1CC等基因与肌细胞分化及肌肉收缩相关,circ-PPP1CC结合的miR-339、miR-181a、miR-181b等参与调控肌细胞分化、增殖及生长。综上,本研究筛选出的circRNAs及其结合的miRNAs可能参与皮肤胶原蛋白形成、脂肪沉积、肌细胞分化成熟等生物学过程。     

环状RNA及其在生殖发育中的研究进展

环状RNA(circular RNA, circ-RNA)是一类由初始转录RNA反向剪接,形成的闭合环状RNA分子,广泛存在于真核细胞中。因不受RNA外切酶切割,所以稳定存在时间长。主要通过海绵吸附作用竞争性结合miRNA调节基因表达。circ-RNA分子鉴定及其生理调控作用成为近几年生命科学领域的研究热点,本文从circ-RNA的生成过程、在早期胚胎发育调控以及配子发育过程中的数量和作用等方面进行了综述。     

反刍动物重要经济性状相关环状RNA的研究进展

circRNA是一类共价闭合环状RNA,具有表达特异性及序列较稳定的特点。目前,对circRNA的研究主要集中在调控基因表达的作用上。circRNA在人类疾病的发生,动物细胞的增殖、分化、自噬和凋亡过程中均发挥着重要作用。circRNA可发挥分子海绵作用,调控目的基因的表达,也可翻译生成蛋白质,对生物体的生长发育发挥重要作用。该文对circRNA的研究特征及其在反刍动物中的研究进展做一个总结,为进一步探讨circRNA在动物生长发育中的调控作用提供帮助。     

环状RNA的生物学功能及其在家禽中的研究进展

近年来随着高通量测序和生物信息学的发展,环状RNA(circular RNA,circRNA)在生物学领域作为新起之秀备受关注.circRNAs是一种内源性的非编码RNA(non-coding RNA,ncRNAs),通常是由pre-mRNA的反向剪接(back-splicing)而来,形成一个共价闭合环.circRN...     

环状RNA在病原感染中的作用机制研究进展

环状RNA(circRNA)是一类缺乏5′和3′游离末端的共价闭合非编码RNA,在真核细胞中高度保守且普遍存在。与线性RNA相比,环状RNA对RNase R不敏感,在细胞中更稳定存在。同时,环状RNA可作为连接非编码RNA和mRNA的重要桥梁,通过多种机制调控各种生理、病理过程。近年来许多研究表明了环状RNA在病毒、细菌等病原微生物感染中的作用机制,环状RNA可作为感染性疾病诊断及预后的分子生物标志,在感染性疾病的治疗与防控中发挥重要作用。论文就环状RNA的生物学功能及其在病原感染中的作用进行综述,以期为深入研究感染性疾病的致病机制,制定有效的防控措施提供参考。     

A型塞内卡病毒感染PK-15细胞环状RNA表达谱分析

【目的】分析A型塞内卡病毒(Seneca virus A,SVA)感染猪肾上皮细胞(PK-15)后环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱的变化,探究circRNAs在SVA感染过程中发挥的潜在调控作用。【方法】本研究基于Illumina HiSeq 2000平台对SVA感染及对照PK-15细胞circRNAs转录组进行测序,并对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能及KEGG通路富集分析,通过实时荧光定量PCR对新发现的circRNAs进行表达水平鉴定。【结果】转录组测序结果显示,SVA感染组、PK-15细胞对照组中共有432种circRNAs被发现。在SVA感染PK-15细胞中,87种circRNAs表达水平相对对照组PK-15细胞显著上调,74种circRNAs表达水平显著下调。对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能注释分析表明,SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于核仁、细胞器膜和细胞大分子代谢、发育等生理过程。KEGG通路富集结果显示,SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于胞吞过程、cAMP信号通路、Rap...